基于表型和基因组信息评价北京油鸡保种群保种情况

旨在利用表型和基因组信息对北京油鸡随机交配保种群体近交系数、有效群体大小进行研究,评价北京油鸡保种群体保种情况。本研究以国家级北京油鸡保种场北京油鸡2019年随机交配保种群体40只鸡为研究对象,对表型记录进行整理,同时利用基因组SNP信息,使用PLINK软件分别计算基于ROH的近交系数（F_ROH）、基于纯合基因型的近交系数（F_HOM）、基于联合配子之间相关性的近交系数（F_UNI）;使用GCTA和R软件计算基于基因组关系G矩阵的近交系数（F_GRM）;使用SNeP软件估计北京油鸡历史世代的有效群体大小;使用NeEstimator软件估计基于连锁不平衡方法的当前世代的有效群体大小;使用R软件的PerformanceAnalytics包对F_ROH、F_HOM、F_GRM和F_UNI等不同算法所得近交系数进行相关性分析,评价北京油鸡的保种情况。结果显示,1979—2019年以来,北京油鸡保种群体凤冠、胫羽、五趾等典型的外貌特征明显且百分比稳定;保种群有效群体大小从98世代前的595逐渐降至13世代前的176;2019年北京油鸡随机交配保种群体F_ROH为0.079 8,与F_GRM显著相关（P<0.01）,且相关系数为0.45;除此之外,F_HOM与F_GRM,F_HOM与F_UNI以及F_GRM与F_UNI之间也存在较高的线性相关。北京油鸡1979—2019年以来近交系数增长缓慢,国家级北京油鸡保种场随机交配保种群体的保种工作是十分有效的。基于目前情况,本研究建议每年随机选取一定数量的北京油鸡随机交配保种群体的个体,进行全基因组二代重测序检测,有利于对保种状况进行动态监控,以便随时调整保种工作方案。     

不同群体规模下闭锁群体遗传漂变的模拟

为了研究在施行随机留种、随机交配、世代不重叠、群体间个体无迁移、整个保种过程中基因不发生突变的原位保种群体中遗传漂变的变化情况,试验采用计算机模拟方法针对不同群体规模下闭锁群体基因频率、基因型频率在50个世代中的变化进行研究。结果表明:群体规模越大,基因频率、基因型频率在世代间波动的幅度越小,因此世代间随机遗传漂变基因被固定或丢失的概率越小。     

蜜蜂群体有效含量的计算

保种是当前蜜蜂育种工作中的一项重要任务。一般认为,保种就是妥善地保存现有蜜蜂品种资源的基因库,使它们免遭混杂,不致丢失每一种基因。为此,必须避免群体混杂,控制选择,实行随机交配,减少遗传漂变,防止近交等,这对于自然交配的“开放劳蜜蜂群体是很难做到的。直到人工授精技术应用于蜜蜂育种,才使得建立闭锁群和确定育种群的大小成为可能,使蜜蜂育种工作发生革命性变化。大家知道,在任何生物群体中,由于突变、选择、漂变和迁移等因     

不同初始基因频率下原位保种群体遗传漂变的计算机模拟

为了研究不同初始基因频率下闭锁群体基因频率、基因型频率在50个世代中的变化,试验采用计算机模拟的方法对实行随机留种、随机交配、世代不重叠、群体间个体无迁移、整个保种过程中基因不发生突变的原位保种群体进行模拟研究。结果表明:初始基因频率过高(0.9)或过低(0.1)时,基因由于世代间随机遗传漂变而被固定或丢失的风险越高;而初始基因频率为中等水平(0.3,0.5,0.7)时,基因被固定或丢失的风险相对较低,至整个模拟结束均未出现被固定或丢失的情况。说明初始基因频率过高或过低均不利于基因的保存,而中等水平的初始基因频率对保护群体基因不被固定或丢失是有利的。     

青海八眉猪现状与活体保护方法

在分析活体保护青海八眉猪品种的意义和重要性的基础上,结合青海八眉猪的资源特点和保种现状,提出保护该品种的基本原理和方法,并提出采取保护好现有血统;确保保种群规模不缩小;实行随机交配制度,确定合理的各家系公母留种比例;建立健全各项规章制度,改善饲养管理条件;加大资金、政策扶持力度,加强保种场建设;产、学、研结合,注重高新技术在保种中的应用等主要保护措施。     

沙子岭猪种质资源的保护和利用

沙子岭猪是一个古老的地方猪种,原产湘潭,是湖南省分布最广、数量最多、影响最大的优良地方品种.该品种具有性成熟早、发情明显、产仔多、耐粗饲、适应性强、瘦肉多、肉质好、杂交优势明显等优良特性.1984年以来,湘潭市政府每年拨专款资助并指定湘潭市家畜育种站具体承担保种任务.沙子岭猪保种利用群体继代选育理论,通过延长世代间隔,分层选择优秀个体组建保种核心群;交配方式采取避开全同胞的有限随机交配;世代更替采取各家系等数留种,控制近交系数上升,维持群体基因和基因型频率平衡,确保主要遗传特性.为降低基因保种存在疫情、自然灾害等风险的影响,采取集中与分散相结合的保种方式,发挥保种场保种和产区保种优势,有效保存了沙子岭猪基因资源.保种的同时,对沙子岭猪种质特性进行了研究,制定发布了湖南省沙子岭猪标准.利用沙子岭猪资源培育出了湘白猪,筛选出"双×沙"、"双×长×沙"等适合广大农村推广的优势杂交组合,通过产业化开发,建立了一批沙子岭猪优势杂交组合生产基地及优质猪肉连锁专卖店,产品远销上海、深圳等大中城市和香港澳门地区及俄罗斯、新加坡等国家.     

沙子岭猪种质资源的保护和利用

沙子岭猪是一个古老的地方猪种。原产湘潭,是湖南省分布最广、数量最多,影响最大的优良地方品种。该品种具有性成熟早、发情明显、产仔多、耐粗饲、适应性强、瘦肉多、肉质好、杂交优势明显等优良特性,沙子岭猪保种利用群体继代选育理论,通过延长世代间隔,分层选择优秀个体组建保种核心群;交配方式采取避开全同胞的有限随机交配：世代更替采取各家系等数留种,控制近交系数上升,维持群体基因和基因型频率平衡,确保主要遗传特性。为降低基因保种中存在的疫情、自然灾害等风险的影响,采取集中与分散相结合的保种方式,发挥保种场保种和产区保种优势,有效保存了沙子岭猪基因资源。保种的同时,对沙子岭猪种质特性进行了研究、制定发布了湖南省沙子岭猪标准。利用沙子岭猪资源培育出了湘白猪,筛选出“双×沙”、“双×长·沙”等适合广大农村推广的优势杂交组合,通过产业化开发,建立了一批沙子岭猪优势杂交组合生产基地及优质猪肉连锁专卖店、产品远销上海、深圳等大中城市及俄罗斯、新加坡、港澳等国家和地区。     

养鸡技术讲座 第十七讲 家禽的生产性状与选种选配

繁育工作是在生产中确立交配系统和选种选配,是从遗传学方面提高家禽群体生产力的主要途径。现根据生产的实际需要,对家禽的主要性状和选种选配方法作简要介绍: 家禽的主要性状一、繁殖性状 1.种蛋合格率指种母禽在规定的产蛋期(蛋用鸡在72周龄内;肉用鸡在62周龄内;鸭在72周龄内;鹅在70周龄内)中所产符合本品种或品系要求的种蛋数占产蛋总数的百分比。公式为:     

皖南花猪繁殖性能近交情况的初步分析

<正> 皖南山区的地方品种——皖南花猪,在历史上由于山区交通的闭塞和山岭的阻隔,形成了若干个自然团锁群体。这些群体由于长期地实行着不同程度的亲缘交配和人工选择,淘汰了大量的不良性状,逐渐形成具有一定程度的近交不衰的猪群,而成为当今比较优良的地方品种。为了研究皖南花猪的近交不衰的特性,以及为今后的保种、育种工作提供依据,对我场的皖南花猪生产群进行不同程度近交结果的观察和分析。     

地方畜禽品种保种方法的可行性浅析

1 前言 保种就是要保存一切与特定生态条件相联系的基因及基因组合体系.现有地方家畜品种的保种方法都是以群体遗传学理论为基础,尽量控制群体近交增量为原则,通过增大群体有效含量,确定合适的公母畜比例和留种方式,避免近亲交配及延长世代间隔来实现的.根据群体遗传学理论虽然可以指导地方畜禽品种的保种,对基因是否丢失及丢失的可能性作出估计,但无法知道其真实情况,加上保种资金投入有限,群体有效含量低,这样就不可避免地会出现优良基因的丢失.所以,现有的地方畜禽品种保种方法并不能有效地保存好已有的遗传资源.     

保种和选育相结合的综合指数制订方法

保种与选育是动物育种中对立统一的两个方面 ,为现代育种学家所共识。解决这个矛盾的一个有效途径应该是将保种与选育结合起来 ,即在不断提高动物生产性能同时 ,兼顾那些有必要或值得保护的性状与性能。综合选择方法是动物多性状选择改良的一种有效方法 ,那么在育种工作中如何在不使保种特性丢失和性能下降的条件下制订综合选择指数呢 ?倘若保种性状就是选育性状 ,只需给该性状的遗传改进量施加一定的约束即可 ;当保种性状不是选育性状 ,并且与选育性状间存在着遗传相关时 ,如果将保种与选育性状的表型值放在一起制订综合选择指数 ,通过限制…     

浅谈内江猪品种资源保护的现状及对策

1目前保种情况按照农业部和四川省畜牧食品局的要求,我场根据地方猪种系统保护理论,采用活体有限群体保种,依据确定保护的目标性状即独特种质特性,开展持续选育的动态保种方案,对内江猪进行保种。一是持续的选种育种,严格按照保种方案进行,对出现产仔数不高、生长发育不好等问题的猪只及时淘汰,坚决不能选入生产群;二是加大性能测定数量,做好选育工作,并逐年加大测定数量,2011年测定了486头,2012测定了     

畜禽遗传资源保存的计算机模拟研究

运用计算机模拟方法产生畜禽品种的模拟保种群体,进行畜禽群体的保种研究。笔者考虑了选择、群体有效含量、性状的遗传力水平、控制性状的基因效应以及基因位点间的连锁强度等共24个参数组合,每种参数决定一个模拟群并且重复5次,共产生120个模拟群体,实验进行50世代。由模拟群体所得结果,讨论群体以及不同基因效应模型下群体生产性能均值、近交系数、基因丢失和群体基因频率等的变化,为实际畜禽保种工作提供理论依据。     

民猪不同保种方案的保种效果与经济评价

根据盛志廉（１９８９）提出的保种、选育、利用相结合的系统保种思想．考虑到现实的一些条件．目前在兰西民猪保种场最可行的保种方案也是小群体保种、在保种场,以保种为中心。对东北民猪进行适当选育以保持其原有性能。并生产纯种民猪或（和）杂交猪以实现对民猪的利用。参考国内外有关猪小群体活体保种之经验、从兰西种猪场的实际出发、总结了三种可能的民猪保种方案。现分别对每种方案的保种效果做出分析与经济评价。为寻找适宜民猪的科学保种方法提供依据。１只保留纯种民猪、全群随机交配的保种选留模式这是最传统的保种方式。在保种…     

湖羊的遗传多样性及保种效果评价研究

本研究采用微卫星标记技术,评估了湖州市5个保种场的湖羊遗传多样性,并对保种效果进行了分析。结果显示,5个湖羊群体间的等位基因数差异不显著,目前的保种方法保留了湖羊等位基因;5个湖羊群体各微卫星位点观测杂合度（Ho）差异极其显著,其中3个群体遗传多样性较高;期望杂合度（He）差异不显著;多态信息含量（PIC）差异不显著,且均值都高于0.5,处于高度多态,表明群体具有丰富的遗传多样性和选择潜力。进一步计算了5个湖羊群体的遗传距离,进行了聚类分析,构建了各群体的进化树,结果表明,5个群体的湖羊家系数均达到保种要求,其中4个群体杂合个体较多,可能受外源基因影响。本研究对湖羊的遗传多样性及保种效果进行了有效评估,并提出了存在的问题,有利于湖羊的种质保护和开发利用。     

随机留种下闭锁群体近交系数和基因杂合度的世代变化

在假定不发生基因突变、群体间无个体迁移的情况下,采用MonteCarlo计算机模拟方法模拟了不同群体规模、性别比例和初始基因频率下闭锁群体近交系数和基因杂合度的变化。10个双等位基因座位分别位于10条不同的常染色体上,群体内实行随机留种,随机交配,世代不重叠,且每代参与繁殖的个体数相同。模拟试验共进行了50个世代,100次重复。结果表明,群体规模较大、公畜数较多时,群体近交系数上升缓慢,基因杂合度较高;当初始基因频率处于中等水平时,群体内可保持较高的基因杂合度;群体规模太小、公畜比例过低及基因的初始频率过低或过高,均不利于群体内遗传多样性的保持。     

随机留种下闭锁群体近交系数和基因杂合度的世代变

在假定不发生基因突变、群体间无个体迁移的情况下,采用Monte Carlo计算机模拟方法模拟了不同群体规模、性别比例和初始基因频率下闭锁群体近交系数和基因杂合度的变化。10个双等位基因座位分别位于10条不同的常染色体上,群体内实行随机留种,随机交配,世代不重叠,且每代参与繁殖的个体数相同。模拟试验共进行了50个世代,100次重复。结果表明,群体规模较大、公畜数较多时,群体近交系数上升缓慢,基因杂合度较高;当初始基因频率处于中等水平时,群体内可保持较高的基因杂合度;群体规模太小、公畜比例过低及基因的初始频率过低或过高,均不利于群体内遗传多样性的保持。     

千万不可忽视良种黄牛的保种问题

阐述了良种牛保种的重要意义．基因的随机漂移、选择与杂交、近交是特定基因从群体中消失的主要原因，群体及其有效含量和系统选育的科学组织是保种的重要内容。最后介绍我国良种牛的保种方法及其存在的问题，并提出解决的办法。     

千万不忽视良种黄牛的保种问题

阐述了良种牛保种的重要意义，基因的随机漂移，选择与杂交，近交是特定基因从群体中消失的主要原因，群体及其有效含量和系统选育的科学组织是保种的重要内容，最后介绍我国良种牛的保种方法及其存在的问题，并提出解决的办法。     

应用微卫星标记评估寿光鸡的保种情况

寿光鸡是国家级地方优良品种,原产于山东省寿光市,具有重要的保种价值。本研究利用微卫星标记检测两个不同保种场寿光鸡群体的遗传多样性,评估群体遗传资源现状和保种场的保种效果。结果表明:在来自山东寿光慈伦种鸡养殖场与中国农业大学动物科技学院家禽遗传资源与育种试验基地的两个寿光鸡群体中,5个微卫星标记共有等位基因53个,各微卫星标记的等位基因数为8～15;2个群体中5个微卫星位点的平均多态信息含量(polymorphism information content,PIC)分别为0.543和0.465,平均杂合度(heterozygosity, H)分别为0.601和0.523,说明各群体的遗传多样性较为丰富;2个群体间相似性系数为0.9678,Nei氏遗传距离为0.0328,UPGMA聚类结果将2个群体聚为1类,与白洛克群体明显分开,表明2个群体遗传相似性很高。研究表明两个不同保种场的寿光鸡的保种效果良好,但在遗传多样性上仍然存在一定差别,可能是保种群体大小和保种方法的不同所致,为寿光鸡这一地方品种的保种提供了部分参考与依据。