鸡MHC-B-F基因外显子2、3的SNPs分析

本研究分别选择10个个体通过直接测序并与Ncbi下载的13条鸡MHC-B-F基因序列合并分析了外显子2、外显子3中的单核苷酸多态性位点。结果在外显子2264个碱基的序列中发现了44个核苷酸变异位点,其中有24个引起了氨基酸的改变,在外显子3273个碱基的序列中发现了42个核苷酸变异位点,其中有26个引起了氨基酸的改变。而且核苷酸序列的同源性均高于氨基酸序列的同源性。     

鸡MHC基因B-G区域的生物信息学分析

根据鸡主要组织相容性复合体（MHC）基因B-G区域外显子2的序列设计引物,采用直接测序的方法对该区域（207bp）进行序列测定,并对所获得核苷酸序列进行生物信息学分析。结果显示：该片段中碱基T、C、A、G的平均含量分别为22.0%、19.8%、24.8%、33.4%,C＋G含量为53.2%,T＋A含量为46.8%,C＋G含量高于T＋A含量;同时检测到27个核苷酸变异位点,导致14个氨基酸位点的变异;16条序列进行单倍型构建获得16种单倍型,单倍型多样度达到了高的多样水平。试验结果表明,鸡MHC-B-F基因外显子2的序列表现出了高度的多态性,而且其序列的多态性更多地表现在氨基酸水平上。     

鸡MAOA基因外显子6的SNP分析

研究采用PCR-SSCP方法分析了吐鲁番斗鸡和新罗曼鸡单胺氧化酶A基因外显子6部分序列的多态性。结果表明：吐鲁番斗鸡单胺氧化酶A基因外显子6存在1个单核苷酸多态性（SNP）位点T-102C,产生AA、AB两种基因型;新罗曼鸡未检测到多态,只表现AA一种基因型。χ^2适合性检验结果表明：2个鸡种均处于Hardy—weinberg平衡状态（P〉0．05）,说明吐鲁番斗鸡单胺氧化酶A基因外显子6位点基因型频率的分布与新罗曼鸡差异极显著（P〈0．01）。     

鸡CAST基因编码区的单核苷酸多态与肌纤维性状的相关研究

为了探讨CAST基因作为影响鸡肌肉嫩度性状候选基因的可能性,本研究以四川大恒家禽育种有限公司培育的优质鸡新品系为试验材料,采用PCR-SSCP方法对鸡钙蛋白酶抑制蛋白（Calpastatin,CAST）基因的部分编码区进行单核苷酸多态性（SNPs）检测。结果发现了1个多态性位点（G—T）,且在试验鸡群中检测出AA、BB和AB3种基因型。利用SAS（8．01）软件统计分析了3种基因型与优质鸡肌纤维性状的相关性。结果表明：CAST基因的多态性对鸡肌纤维密度和直径有着显著的影响（P〈0．05）,同日龄鸡群AA型个体的肌纤维密度高于AB型、肌纤维直径低于AB型,且均达到显著水平（P〈0．05）,而AA与BB型、BB与AB型间差异不显著（P〉0．05）;同体重鸡群BB型个体的肌纤维密度高于AB型、肌纤维直径低于AB型,且均达到显著水平（P〈0．05）,而AA与BB型、AA与AB型间差异不显著（P〉0．05）。试验结果提示：CAST基因对鸡肌纤维性状具有重要作用,推测可以利用该位点对鸡肌肉嫩度性状进行标记辅助选择。     

猪HK2基因第17外显子多态与胴体和肉质性状的相关性研究

采用PCR—RFLP技术,分析了HK2基因第17外显子中MspI的酶切突变多态位点（A171G）在6个群体186头猪中的多态性分布及其与胴体性状和肉质性状间的相关性。研究结果表明：3个纯种猪群和3个杂交猪群中A和B等位基因频率分布情况较一致,均为B等位基因占绝对优势;在6个群体中,没有发现AA基因型个体,AB与BB基因型效应与胴体长、肋骨数和眼肌面积的相关性极显著（P〈0．01）,与肩部背膘厚、胸腰椎间背膘厚、三点平均背膘厚、眼肌高度、眼肌宽度、肥肉率、瘦肉率和肌内脂肪等性状的相关显著（P〈0．05）。该位点是否可用作改良猪胴体、肉质性状的标记位点并在标记辅助选择中加以应用还有待进一步的研究。     

VIPR-1基因12个多态位点与鸡早期产蛋性状的相关性

以鸡VIPR-1基因作为早期产蛋性状的候选基因,选取了12个多态位点对644只宁都三黄鸡进行基因型检测并分析了其与早期产蛋性状的相关性。研究表明：位于5′调控区的位点A-284G与开产日龄（P〈0.0001）、总畸形蛋数（P〈0.05）呈显著相关,等位基因G有利于产蛋量的提高;位于内含子6的位点C＋42913T与300日龄产蛋数和300日龄的总正常蛋数显著相关（P〈0.05）,CT基因型为优势等位基因型;位于内含子8的位点C＋53327T与开产日龄呈极显著相关（P〈0.01）,等位基因C有利于开产日龄的提前。     

新扬州鸡IGF-1基因多态性与早期生长速度关系的研究

以150只非同胞新扬州鸡为材料，采用PCR—RFLP法检测了该基因5’调控区DNA序列多态性，并运用线性模型统计方法分析了多态性与初生重和12周龄体重的关系。结果显示：新扬州鸡IGF-1基因5、调控区自然存在两种不同DNA序列，经。PstⅠ酶切后出现3种基因型(“-／-”、“-／ ”、“ ／ ”)，基因型分布符合哈代一温伯格定律。各基因型个体的初生重、12周龄体重的最小二乘均数存在“-／-”＞“ ／-”＞“ ／ ”的趋势，且“-／-”型个体的12周龄体重显著高于“ ／ ”型个体(P＜0．05)。     

鸡催乳素基因外显子5的多态性及Taq Ⅰ位点与边鸡繁殖性状的相关性分析

研究采用DNA池直接测序法寻找边鸡催乳素基因外显子5区域的多态位点。用PCR-RFLP技术检测发现的Taq I位点在边鸡以及3个对照鸡品种(京海黄鸡、尤溪麻鸡和AA鸡)中的单核苷酸多态性,并与边鸡的繁殖性状进行相关性分析。结果表明:在外显子5区域检测到3个突变位点(C5749T、T5821C、C5956T)。T5821C位点经Taq I酶切显示3种基因型(AA、AB和BB)。在4个鸡品种中都以A等位基因为优势等位基因。最小二乘分析表明,边鸡3种基因型个体的繁殖性状无显著差异(P>0.05)。     

边鸡胰岛素生长因子结合蛋白-3基因外显子2MspⅠ位点对繁殖性状的遗传效应分析

本研究采用PCR-RFLP技术检测边鸡类胰岛素生长因子结合蛋白-3(insulin-like growth factor binding proteins-3,IGFBP-3)基因外显子2 MspⅠ位点的单核苷酸多态性,并与边鸡的繁殖性状进行相关分析。结果表明,在边鸡IGFBP-3基因的1087 bp处检测到1个C→T的突变,显示3种基因型(CC、CT和TT),C等位基因为优势等位基因。最小二乘分析结果表明,CT基因型的开产体重显著高于CC基因型(P<0.05)。不同基因型对其余4个繁殖性状(开产日龄、开产蛋重、300日龄产蛋数及300日龄蛋重)均无显著影响(P>0.05)。     

鸡胰岛素样生长因子-1基因的遗传多态性与其体重的关系

对宁都三黄鸡、万载康乐黄鸡两个鸡种共295个样本,采用PCR RFLP技术对胰岛素样生长因子—1(cIGF 1)基因的5'端调控区进行遗传变异研究,发现该调控区的扩增产物经PstⅠ酶切后出现3种基因型(AA、AB、BB)。结果表明:性别对宁都三黄鸡这3种基因型的分布呈现显著差异(P<0 05)。分析这3种基因型与其体重的关系发现,这3种基因型对初生重、30日龄体重、60日龄体重、90日龄体重及120日龄体重影响差异均不显著(P>0 05),但体现出AA型有较高体重的趋势,公母表现出一致的规律。在万载康乐黄鸡中,均呈现出杂合优势,在8周龄及18周龄时差异不显著(P>0 05),而在12周龄表现为差异显著(P<0 05)。宁都三黄鸡公母基因型分布均符合哈代 温格伯定律,而万载康乐黄鸡基因型分布不符合哈代 温格伯定律。     

鸡肠炎沙门氏菌ompA基因的克隆与B细胞表位预测

根据Gen Bank中的鸡肠炎沙门氏菌ompA基因序列,设计了1对引物,成功克隆出鸡肠炎沙门氏菌ompA基因,扩增产物大小为1053bp。采用DNA Star Protean程序,综合运用二级结构、亲水性、可塑性和抗原性指数等参数,对鸡肠炎沙门氏菌ompA基因的氨基酸序列进行了B细胞表位预测,为进一步研究鸡肠炎沙门氏菌表位疫苗和分子诊断技术的建立奠定基础。     

VIPR-1基因5′调控区多态位点与鸡就巢性的关联分析

本研究旨在探索血管活性肠肽I型受体(Vasoacitve intestinal peptide type I receptor,VIPR-1)基因5′调控区(-496～-1bp)多态性及其单倍型效应对鸡就巢性的影响,寻找影响肉鸡就巢性的分子标记,为降低或者剔除肉鸡就巢行为的育种研究提供相应依据。采用测序技术对498只清远麻鸡VIPR-1基因5′调控区进行多态性检测及基因型分析,利用最小二乘均数对VIPR-1基因5′调控区的多态位点与就巢性状进行相关分析,利用PHASE软件对多态位点进行单倍型分析。结果,VIPR-1基因5′调控区存在12个多态性位点,G-359T、G-266T、A-134G、A-94G、C-72G对18～43周龄的就巢持续天数影响达到显著水平(P<0.05),A-94G位点对18～54周龄的就巢率的影响达到显著水平(P<0.05);构建的单倍型对18～54周龄的就巢持续天数的影响达到极显著水平(P<0.01)。最小二乘分析结果表明,CCTGGGAAGCAG/TTGGGGAAGCAC型个体的就巢持续天数比其它单倍型个体极显著的延长(P<0.01)。结果表明,VIPR-1基因5′调控区(-496～-1bp)可能存在影响鸡就巢行为的分子标记,CCTGGGAAGCAG/TTGGGGAAGCAC型个体对鸡就巢性具有较大的遗传效应,可作为分子标记应用于家鸡就巢行为的筛选。     

鸡Caspase-1基因SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR检测方法的建立

为了建立快速定量检测鸡Caspase-1基因的方法,本研究根据鸡Caspase-1基因序列设计特异性检测引物,PCR扩增Caspase-1基因片段,构建pMD-Caspase-1重组质粒.以该重组质粒为标准品进行荧光定量PCR扩增,建立标准曲线,并通过反应条件优化、特异性、敏感性及重复性等试验,建立了鸡Caspase-...     

鸡贫血病毒VP3基因的克隆及诱导人肺癌A549细胞凋亡的研究

为了观察鸡贫血病毒VP3基因在人肺癌A549细胞中的凋亡诱导情况,试验用PCR方法扩增了鸡贫血病毒的VP3基因,并将其克隆于真核表达载体pcDNA3.1上,构建含VP3基因的重组体,在体外利用LipofectamineTM2000介导的基因转染法将pcDNA-VP3转入人肺癌A549细胞中,用RT-PCR法检测VP3基因在细胞中的表达状况,同时利用流式细胞术检测验证VP3基因诱导凋亡的方式.结果表明:试验获得了VP3基因正确插入的真核表达载体;转染后VP3基因在细胞中得到了表达;鸡贫血病毒的VP3基因确以凋亡的方式诱导了肺癌细胞A549凋亡.     

禽腺病毒血清4型感染鸡组织中NLRP3基因转录水平的实时荧光定量PCR分析

旨在分析禽腺病毒血清4型(FAdV-4)感染鸡组织中NLRP3基因的转录水平,本研究设计鸡NLRP3特异性引物,利用RT-PCR扩增NLRP3基因180 bp片段并克隆至pMD-18T载体,制备重组质粒pMD-18T-NL-RP3.以pMD-18T-NLRP3质粒作为标准品进行荧光定量PCR并建立标准曲线.通过反应条件...     

鸡传染性法氏囊病病毒VP3蛋白的原核表达及其B细胞抗原表位鉴定

为鉴定鸡传染性法氏囊病病毒(IBDV)VP3蛋白中的B细胞抗原表位,本研究将IBDV的VP3基因亚克隆于pET-28a中,构建了表达重组质粒pETVP3,经IPTG诱导在E.coli BL21(DE3)中表达了重组蛋白(rVP3).Western blot鉴定表明,rVP3能被IBDV抗血清特异性识别.同时,根据IBDV VP3的氨基酸序列,合成覆盖VP3全序列的重叠多肽,并与载体蛋白BSA藕联制备多肽人工结合抗原.Peptide-ELISA和Dot-ELISA检测结果表明VP3中有2个线性表位可以被已制备的单克隆抗体(MAb)识别,即~(728)PRDWDRLPYLNL~(739)和~(982)PKPKPKPNAPTQ~(993);Dot-ELISA结果显示,在VP3中还存在另外4个线性多克隆抗体识别位点:~(818)SLANAPQAGSKSQRA~(831),~(851)QREKD TIUSKKMETMGIYFATP~(872),~(876)ALNGHRGPSPGQLKYWQNTREI~(897)和~(961)QMKDLLLTAMEMK~(973).这些抗原表位的鉴定为开发IBD表位疫苗奠定了基础.     

鸭腺病毒3型Hexon基因的克隆及SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法的建立

鸭腺病毒3型(duck adenovirus type 3,DAdV-3)是近年来我国新发鸭源禽腺病毒。本试验根据NCBI数据库中DAdV-3 Hexon基因特征,设计特异性引物,获得番鸭源DAdV-3福建株(命名为W1FJ株)Hexon基因全长,明确其分子特征,并基于此建立检测DAdV-3的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法。结果表明,克隆的W1FJ株Hexon基因全长为2 814 bp,编码937个氨基酸,和DAdV-3(CH-GD-12-2014株)核苷酸同源性为100%,但和鸭源禽腺病毒B型(也称鸭腺病毒2型,DAdV-2,GR株)核苷酸同源性仅为76.6%。Hexon蛋白遗传进化分析表明,W1FJ株和CH-GD-12-2014株在遗传进化上形成一个独立的分支,与鸭源禽腺病毒B型和鹅源禽腺病毒A型(goose aviadenovirus A)在遗传进化上明显不同,建议将其命名为鸭源禽腺病毒C型(duck aviadenovirus C)。建立的检测DAdV-3的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法,灵敏度高,最低检测限为61拷贝/μL;特异性强,和鸭群常见传染病病原均无交叉反应,扩增产物的熔解曲线只出现1个特异性单峰,Tm值为(81.48±0.25)℃;重复性好,组内和组间重复试验变异系数分别为0.49%～1.64%和0.67%～2.40%。本试验为DAdV-3的科学分类和后续开展DAdV-3感染的流行病学调查及致病机理研究奠定基础。     

京海黄鸡MC4R基因新突变位点的分析

黑素皮质素受体(melanocortin-4 receptor,MC4R)基因突变与动物的食欲、肥胖、生长等性状有关,而鸡MC4R基因突变的研究甚少.本研究利用PCR-SSCP和DNA测序的方法,对京海黄鸡鸡群MC4R基因多态性进行了分析,发现存在2个单核苷酸多态位点,分别为第662位碱基G→C点突变和第733-734位碱基间插入一个C碱基.     

瓢鸡3个防御素基因（AvBD4、AvBD5、AvBD14）的Bi-PASA分子标记与沙门菌易感性的相关性研究

研究以3个防御素基因(AvBD4、AvBD5、AvBD14)为鸡沙门菌易感性候选基因,以瓢鸡成年鸡沙门菌阳性群体与阴性对照群体为研究对象,采用序列测定和双向PCR扩增特异等位基因标记(Bi-PASA)技术,分析了3个防御素基因变异与沙门菌易感性的相关性。结果显示:在瓢鸡每个防御素基因编码区均检测到一个引起氨基酸变异的多态位点,分别建立了3个防御素基因的Bi-PASA分子标记;AvBD5基因A799G位点与瓢鸡沙门菌易感性的相关性达到极显著水平(P=0.0039),AvBD14基因的A2096T位点达到显著水平(P=0.017),而AvBD4相关性不显著(P=0.599);根据比值比(OR)与95%CI确定了每个防御素基因的保护基因型与易感基因型。研究结果对阐明防御素基因与沙门菌易感性的关系以及建立沙门菌抵抗力鸡群具有重要意义。