84个茶树品种遗传多样性及亲缘关系的SSR分析

利用33对多态性SSR引物对84个茶树品种进行亲缘关系和遗传多样性分析,并基于SSR数据,对供试品种进行UPGMA遗传相似性聚类分析.结果表明:参试品种具有较高的遗传多样性(共检测到94个等位位点,每个引物2～4个,平均2.85个;引物多态性信息含量为0.20～0.79,平均值为0.56;可观测等位位点数最多9个,最少...     

白花泡桐11个种源间亲缘关系的ISSR分析

[目的]对白花泡桐11个种源间亲缘关系进行ISSR分析。[方法]选取10个不同地理种源的白花泡桐个体及"绿树"(又名新桐)无性系组培苗为研究对象,采用ISSR分子标记进行分析。[结果]共筛选出22对有效引物,扩增出112条带,其中有67条多态带,多态性比例为59.82%。根据ISSR聚类分析结果,在遗传距离为0.280时,11份白花泡桐材料可分为6类,第1类为江西、福建种源个体;第2类为"绿树"无性系与湖南、湖北、河南、浙江种源个体;第3类为江苏种源个体;第4类为河北种源个体;第5类为广西种源个体;第6类为广东种源个体。[结论]筛选得到的引物可以有效地将不同种源加以区分,并且能准确地将"绿树"无性系从众多种源中鉴定出来,该研究结果一方面为白花泡桐的品种选育提供分子辅助育种的技术支持,另一方面也有助于"绿树"无性系的鉴定及知识产权的维护。     

38个紫薇品种亲缘关系的ISSR分析

紫薇是世界著名的夏季观赏花木之一,品种繁多、来源复杂,造成了紫薇品种在分类、鉴定上的困难。为探讨简单重复序列间扩增多态性(ISSR)分子标记方法在紫薇品种分类上的可行性,对引自美国的30个紫薇品种和中国的8个栽培品种进行ISSR亲缘关系分析。10条扩增带型清晰且重复性好的引物共获得81个位点,其中70条呈多态性,多态性百分比(PPB)为86.42%。38个紫薇品种的遗传相似性系数介于0.543 2~0.988 7,平均值为0.788 2。在遗传相似性系数0.736处,聚类结果(unweighted pair group method with arithmetic mean,UPGMA)显示,38个紫薇品种分为3个类群,在0.760处可进一步分为7个亚类群,表明ISSR标记技术能从分子水平上较为准确地体现紫薇品种间的亲缘关系。     

新高系梨9个品种SSR 标记分析

为了有效区分和利用亲缘关系较近的新高系梨品种,利用简单序列重复（SSR）分子标记技术对新高系梨9个品种进行了多态性分析、遗传相似性和聚类分析。从12对引物中筛选出3对多态性高、分辨能力强的引物,在供试材料中共扩增出22条带,其中多态性带22条,多态性达100%;每对引物扩增出的条带数4 ～ 9条不等,平均为7.3条;且这3对引物组合可以成功地区分全部供试品种。9份材料之间遗传相似系数变化范围为0.47 ～ 0.91,平均值为0.67,揭示出它们的遗传基础相对比较狭窄。加权成组配对法（UPGMA）聚类分析结果表明,供试材料可以分为3个组和2个亚组,其中新高Pyrus pyrifolia ‘Niitaka’和黄金‘Whangkeum Bae’,大果水晶‘Sujeong’和华丰‘Huafeng’的相似系数最大,为0.91,说明其亲缘关系最近;天皇‘Yewang’和鲜黄‘Sunhwang’分别单独聚为一类,并对其结果的原因进行了初步探讨。图3表3参17     

银杏雄株ISSR分子标记及亲缘关系分析

采用ISSR分子标记对42个银杏雄株进行亲缘关系分析。从100条引物中筛选出12条多态性引物,共扩增得到94条带,多态性条带56条,平均每个引物扩增的多态性带数为7.83条,多态性百分率为59.57%,表明银杏雄株的遗传多样性较高。用UPGMA方法进行聚类分析,在遗传相似系数为0.51水平上将42个银杏雄株分为3个类群。用EIGEN方法进行主坐标分析,建立亲缘关系的三维图。两种分类方法所获结果基本一致,雄株的亲缘关系与地区分布不完全相关,山东与江苏的部分银杏雄株试材亲缘关系较近。     

基于ISSR标记的丁香属植物亲缘关系分析

本研究利用ISSR分子标记技术对40份丁香属种质资源进行亲缘关系分析。通过13条ISSR引物对40份丁香材料扩增共得到264条谱带,其中多态性谱带264条,多态率为100%。供试材料间的遗传相似系数在0.6553～0.9508之间。通过非加权组平均法(UPGMA)进行聚类分析,在遗传相似性系数为0.7420时,可将40份丁香属材料划分为4大类,有效的区分不同品种及变种之间亲缘关系。利用核心引物UBC836构建的DNA指纹图谱可单独鉴别出40份丁香属材料。该研究为丁香种质资源鉴定、杂交育种亲本选择等提供了帮助。     

基于SSR标记构建叶子花品种的分子身份证

以219个叶子花栽培品种为研究对象,在140对引物中筛选出20对多态性高的简单重复序列(SSR)荧光标记引物对219个品种进行扩增,共扩增出414条带型,平均每对引物扩增出20.7条;20对引物的多态性信息含量(PIC)为0.189～0.823,平均值为0.696,当PIC>0.50时可以认为该引物为高度多态性信息引物;20对引物在219个品种中共检测出219个等位基因,平均每对引物检测出10.95个;20对引物在219个品种组成的群体中,其平均有效等位基因数为4.212个,平均Shannon多样性指数为1.633,平均观测杂合度为0.430。在构建叶子花品种分子身份证方面,通过SSR标记技术,根据PIC的高低选择引物组合,采用数字与英文大小写字母相结合的方法,对不同长度的扩增片段进行赋值,最终用20对引物构建了219个叶子花品种的分子身份证,并通过在线软件进一步转换成唯一可识别的品种信息二维码。叶子花品种分子身份证和信息二维码的构建,可避免出现由于品种繁多及命名混乱而导致的同名异物和同物异名的现象,促进品种知识产权保护,做到种质可追溯。     

基于PCR-RFLP多态的部分菊属与亚菊属植物亲缘关系研究

运用PCR-RFLP技术对12份菊属与2种亚菊属植物进行了亲缘关系研究。结果发现,菊属与亚菊属植物的rbcL-EcoRⅡ、rbcL-MspⅠ、ndhF-HinfⅠ、petA-MboⅠ酶切片段均无长度多态性,而petA-MboⅡ酶切结果显示A.pacifica、A.shiwogiku的酶切图谱不同于其他菊属植物,表明菊属物种间有很近亲缘关系,且菊属与亚菊属间亲缘关系也很近,但仍存在差异。     

基于SSR标记的太湖流域粳稻地方品种遗传多样性研究

【目的】评价太湖流域粳稻地方品种的遗传多样性。【方法】利用58对SSR引物,对基于主要农艺性状构建的太湖流域粳稻地方品种核心种质库的122个品种进行DNA水平的多态性分析,并与15个现代育成品种做比较。【结果】（1）地方品种群体中53个SSR位点共检测到216个等位片段,每个多态性位点等位片段数的变化范围为2～7个,平均为4.08个;71.7%的SSR位点具有3个以上等位片段;53个位点PIC值的变化范围为0.031～0.773,平均为0.413;Nei’s基因多样性指数He为0.378;品种间遗传距离平均为0.419;12条染色体中,第5染色体平均等位片段数最多,第11染色体平均PIC值最大。（2）现代育成品种群体检测到的等位片段数、位点PIC值、Nei’s基因多样性指数和品种间遗传距离均比地方品种群体相应值小,地方品种的遗传多样性大于现代育成品种。（3）聚类分析显示,在遗传相似系数0.63处,地方品种和现代育成品种可以明确区分开来。【结论】太湖流域粳稻地方品种具有丰富的遗传多样性,且与现代育成品种有较大的遗传差异,可用以拓宽育成品种的遗传基础。     

基于SSR标记13个紫苏品种(系)的亲缘关系及遗传多样性

为紫苏种质资源利用提供参考,利用14对SSR引物对13个紫苏品种(系)提取的DNA进行PCR扩增,并对其亲缘关系进行鉴定与遗传多样性分析。结果表明:1)从13个紫苏品种(系)中共检测出51条清晰DNA条带,其中多态性条带47条,占92.16%。2)13个紫苏品种(系)的遗传距离为0.086~0.576,平均遗传距离为0.336;遗传相似性系数为0.424~0.914,平均遗传相似性系数为0.654。3)在遗传距离(SM)为0.59时,13个紫苏品种(系)可聚为2类群。类群Ⅰ为开阳紫苏(CK)1个品种(系),类群Ⅱ包括奇苏1~6号及其原种1~6号共12个品种(系)。在SM为0.67时,类群Ⅱ又可分为2部分,第1部分包括奇苏1号和奇苏6号及其原种1号和原种6号共4个品种(系);第2部分包含奇苏2~5号及其原种2~5号共8个品种(系)。在SM为0.80时,原种2号、原种3号和原种4号的亲缘关系最近,但经系选改良后,其亲缘关系已有一定距离。     

SSR分子标记技术研究紫菜薹资源的亲缘关系(英文)

[目的]利用SSR分子标记技术研究紫菜薹资源的亲缘关系。[方法]用从大白菜引物中筛选出的65对引物,对收集到的45份紫菜薹地方资源进行SSR分析,并对结果进行聚类分析。[结果]试验共筛选出23对SSR引物;聚类分析表明,紫菜薹亲缘关系表现出较为明显的地域性,大致可分为四川、湖南、湖北3个类群;同时,45份资源的相似系数都大于0.5(介于0.5470～0.9107之间),表明紫菜薹各品种间亲缘关系较近,遗传基础较为狭窄。[结论]该研究为紫菜薹地方品种资源的鉴定、保护以及育种利用提供了理论和技术依据。     

基于SSR标记的中国绿豆种质资源遗传多样性研究

【目的】分析中国栽培绿豆种质资源的遗传多样性、亲缘关系和遗传分化,为资源的有效利用、新基因的挖掘和新品种选育奠定基础。【方法】利用40对SSR引物对18个不同地理来源（共272份种质）的绿豆群体进行遗传多样性分析。【结果】共检测到125个等位基因,平均等位基因数（NA）为3.1个,平均有效等位基因数（NE）为1.8个,平均Nei’s基因多样性（H）为0.4233,平均多态性信息含量(PIC)为0.3497,平均期望杂合度（He）为0.4241,平均Shannon信息指数（I）为0.6754,比较发现,河北、山东和安徽是绿豆资源遗传变异较为丰富的地区;平均观测杂合度（Ho）为0.1001,种群内总近交系数（Fis）为0.6759,表明中国绿豆种质间存在一定程度地近交现象;18个参试群体整体水平上的基因流（Nm）值为0.6936,种群间遗传分化系数（Fst）为0.2649,遗传变异水平较高;基于Popgene软件的聚类结果可将272份参试个体聚为2大类,将18个参试群体分为3大类,群体间地理来源越近,亲缘关系也越近。【结论】中国绿豆种质资源遗传多样性较高;地理生态条件等对绿豆种质资源的遗传变异影响很大;群体间遗传分化较大,但同时也存在一定程度地近交现象。     

黑稻资源遗传多样性的SSR分析

利用24对SSR引物比较了来自中国6个省市的29个黑稻品种的遗传多样性。结果表明,24对引物在上述品种中共检测到76个多态位点;多态位点的等位基因丰度、遗传多样性指数和平均香农指数分别为3.17、0.5287和0.9058,品种间遗传相似系数变异在0.0833-0.9583之间,说明黑稻中存在丰富的遗传多样性。利用品种间的遗传相似系数进行聚类分析,可将29份材料分为3个类群,其SSR分子标记分析表现出一定的地域相关性。     

甘肃黄河沿岸39份枣品种亲缘关系的SSR分析

为了解甘肃黄河沿岸枣品种的遗传多样性,用SSR分子标记对39份枣品种进行遗传分析。20对SSR引物共扩增出142个条带,多态性条带百分率达100%。每对引物扩增的条带数为3～13个,平均每对引物扩增的条带数为7.10个,扩增片段大小为70～300 bp。引物BFU0308扩增的条带数最多,为13条,扩增条带最少的引物为JSSR198和JSSR289,各有3条。用NTSYS-pc V2.10软件计算的39份枣品种的遗传距离（GS）为0.000 0～0.993 8,平均遗传距离为0.558 7。结果表明,39份枣品种间遗传差异较大,遗传多样性丰富。UPGMA聚类图将39份枣品种分为两大类群Ⅰ和Ⅱ,第Ⅱ类群又分为4个亚群。结果表明,枣品种间的亲缘关系与品种原产地有一定相关性。亲缘关系近的品种有晋矮4号和晋矮3号、鸣山大枣、敦煌大枣、小口枣和开口酥等。SSR聚类分析结果也证实“大王枣”是与晋矮4号、晋矮3号起源相同的品种,“冷白玉2”是芒果冬枣类品种,“晋赞大枣”是壶瓶枣的同源品种。SSR分子标记技术揭示了甘肃黄河沿岸枣品种具有丰富的遗传多样性和复杂的亲缘关系,为有效解决枣品种命名混乱问题提供了依据,也为进一步研究和利用这些枣种质资源提供了依据。     

板栗品种线粒体SSR遗传多样性分析

本试验通过对来自水稻和马铃薯的16对具有多态性的线粒体SSR引物进行筛选,得到2对适用于板栗的具有多态性条带的线粒体SSR引物。利用这2对多态性引物对76个板栗品种进行遗传多样性分析。结果表明2个多态性SSR位点检测到4个等位基因,平均每个位点产生2.0个等位基因。应用NTSYS2.10软件中的UPG-MA方法,对数据进行聚类分析,获得板栗资源线粒体SSR聚类图。结果表明:在相似系数0.15处可以将板栗种质资源按亲缘关系分成3组。     

云南39个野生蔷薇种间遗传多样性的SSR分析

利用简单重复序列SSR(Simple Sequence Repeat)标记技术对蔷薇属39份野生材料的遗传多样性进行了研究.用筛选出的20对SSR引物对39份材料DNA进行PCR扩增,在20个位点上共检测到249个等位基因,每一位点的等位基因变幅为6～19个,平均12.5个.材料间遗传相似系数变化范围为0.142～0.800,表明39个云南野生蔷薇种间具有丰富的遗传多样性.本研究发现,在相似系数为0.34时,基于SSR标记进行UPGMA的聚类分析将39份蔷薇野生种分为10个组,与植物形态学分类结果大体一致.

Abstract：

The genetic diversity of 39 Rosa wild species was studied by SSR (Simple Sequence Repeat).Twenty pairs of primers were used in PCR amplification with genomic DNA as template. A total of 249 alleles were detected at 20 loci. The number of alleles per locus ranged from 6 to 19, with an average of 12.5. The genetic similar coefficient ranged from 0. 142 to 0. 800, which showed that great genetic diversity existed among the 39 Rosa wild species in Yunnan based on SSR molecular markers. UPGMA cluster analysis distinctly classified the 39 wild Rosa species into ten groups at the similar coefficient 0.34, which is consistent with botanical morphological classification.     

SSR标记遗传距离与小麦杂种优势相关分析

利用异源2号、川麦28号和绵阳26号等3个优良品种(系)与繁6等37个四川小麦品种组配杂交组合,考察了F1代6个农艺性状的杂种优势表现,以及与SSR标记揭示的亲本间遗传距离的相关性。结果表明,各性状杂种优势平均值均较低,但变幅较大(-92 31%～145 1%)。小麦21条染色体上的23个SSR引物共扩增出74条带,其中66条(81 2%)具有多态性。每个SSR引物能扩增1～8条,平均为3 2条。亲本间遗传距离(GD)变幅为0 135～0 486,平均GD值为0 297,表明亲本间的遗传差异较大。除穗粒重外,各性状杂种优势与SSR标记揭示的亲本间遗传距离的相关系数均不显著,说明难以利用SSR标记遗传距离预测小麦杂种优势。     

12份蕨类材料亲缘关系的SSR分析

利用SSR分子标记技术对12份蕨类材料进行亲缘关系分析。结果表明,从180对引物中筛选出15对多态性高、重复性好的引物,对12份蕨类材料基因组DNA进行扩增,共扩增出117条带,其中多态性带98条,平均每对引物产生6．53条多态性带,多态性比例为83．76％。通过NTSYS—pc2．10e软件计算不同蕨类材料之间的遗传相似系数,并进行聚类分析。遗传分析表明,12份材料间的遗传相似系数为0．351～0．857,且聚类分析表明,遗传相似系数在0．61—0．63可将供试材料分为3个类群。应用SSR分子标记技术能较准确地分析蕨类不同材料之间的亲缘关系及遗传多样性。     

中国红、绿茶适制品种(系)遗传多样性与亲缘关系的SSR分析

[目的]探讨中国红、绿茶适制品种(系)的遗传多样性和亲缘关系,了解遗传背景对于品种适制性差异的影响与作用,为茶树育种研究提供分子生物学方面的参考.[方法]利用自主开发的具有多态性的39对SSR引物对中国157份红、绿茶适制品种(系)进行遗传多样性评价和亲缘关系分析.[结果]引物在供试材料中平均可检测4.90个等位基因,...