利用Y染色体基因分析梅花鹿种公鹿的遗传多样性和父系起源

旨在利用Y染色体基因研究梅花鹿种公鹿的遗传多样性和父系起源,为梅花鹿的保种育种工作提供数据支持。对171只双阳、敖东、四平、东丰、兴凯湖、长白山和东大梅花鹿种公鹿Y染色体上的AMELY、DBY、USP9Y、SRY基因的5个片段进行PCR扩增,对PCR产物进行直接测序和生物信息学分析。结果表明,5个基因片段共筛选到8个突变位点,AMELY1、AMELY2、DBY、USP9Y、SRY基因片段分别有3、2、1、1、1个突变位点。利用DNASP5.1软件共定义了10种单倍型,分别为H1、H2、H3、H4、H5、H6、H7、H8、H9、H10,其中H1是优势单倍型,占梅花鹿种公鹿群体的49.1%,H5和H10为东丰梅花鹿种公鹿独有,H9是最原始的单倍型。171只梅花鹿种公鹿的单倍型多样性为0.696 80,核苷酸多样性为0.000 36。NJ系统进化树和structure群体结构分析结果表明,梅花鹿种公鹿有3个父系类型,分别为Y1、Y2和Y3,除双阳梅花鹿种公鹿和四平梅花鹿种公鹿均来自Y3,其余梅花鹿种公鹿群体均为多父系类型。表明我国梅花鹿种公鹿Y染色体具有较高的单倍型多样性和极低的核苷酸多样性。     

利用Y染色体AMELY基因分析中国马鹿的遗传多样性

本研究利用Y染色体AMELY基因分析中国马鹿的遗传多样性,对塔河马鹿、伊河马鹿、阿尔泰马鹿、东北马鹿、甘肃马鹿共200个个体的AMELY基因片段测序,分析马鹿Y染色体的单倍型多样性,通过构建系统进化树,研究中国马鹿的群体遗传多样性并对马鹿的父系起源进行探讨。结果显示:塔河马鹿变异位点最多,具有很高的核苷酸多样性,与其他马鹿间的遗传距离远;本试验共定义了6个单倍型,分别为A1、A2、A3、A4、A5、A6,其中塔河马鹿、阿尔泰马鹿和甘肃马鹿具有独有的单倍型;利用所获得AMELY基因序列,构建NJ和ML系统进化树发现:塔河马鹿自成一个单系;甘肃马鹿自成一个单系,伊河马鹿、阿尔泰马鹿、甘肃马鹿、东北马鹿聚成一类,阿尔泰马鹿、塔河马鹿、东北马鹿聚成一类,塔河马鹿、甘肃马鹿与其他马鹿之间可能存在基因交流。     

利用Y染色体SRY基因分析马鹿的父系起源和遗传多样性

试验旨在从分子水平上研究中国马鹿的父系起源结构和遗传多样性水平,判断各种群间的系统发育关系和亲缘关系远近。通过DNA提取、PCR扩增和直接测序的方法,对天山马鹿、阿尔泰马鹿、塔河马鹿、东北马鹿等11个群体共159头马鹿的SRY基因序列进行了检测和分析,计算碱基组成、核苷酸多样性（Pi）、单倍型多样性（Hd）以评估遗传多样性,构建单倍型网络图;以白唇鹿为外群,用邻接法（NJ）和最大似然法（ML）构建系统进化树,探讨马鹿的聚类及遗传多样性。结果显示,所获序列长度为1 615 bp,在基因中共鉴定出18个SNPs多态性位点,占核苷酸总数的1.11%,根据多态性位点鉴定出14个单倍型,优势单倍型为Hap-1,所占频率35.84%,为天山马鹿、阿尔泰马鹿、阿拉善马鹿、塔河马鹿、东北马鹿、甘肃马鹿、北美马鹿和高产鹿王种群的共有单倍型。其中,阿拉善马鹿、塔河马鹿、甘肃马鹿、川藏马鹿、北美马鹿和高产鹿王均具有独有单倍型。单倍型多样性介于0~0.857,核苷酸多样性介于0~0.00272,各亚种间遗传距离最大的是塔河马鹿与西藏马鹿（0.002406）,最小的是阿拉善马鹿与青海马鹿（0.000124）。基于邻接法和最大似然法构建的系统进化树一致,显示11个野生马鹿种群间共存在3个分支,支系S1包含全部马鹿种群,塔河马鹿、甘肃马鹿、北美马鹿和高产鹿王构成支系S2,北美马鹿构成支系S3,单倍型最小网络图与系统进化树一致。表明各马鹿种群之间的遗传多样性存在差异,塔河马鹿、高产鹿王和甘肃马鹿分别存在2个父系类型,北美马鹿存在3个父系类型,其他马鹿种群只存在1个父系类型,Hap-1在单倍型组S1中处于核心位置,其他单倍型分散分布于其周围,推测Hap-1为马鹿种群中较为原始的单倍型。     

中国西南马mtDNA ND4基因遗传多样性研究

本研究旨在分析mtDNA ND4基因在中国西南马的遗传多样性.对中国西南马6个品种(类群)142个个体的线粒体DNA ND4基因部分序列进行PCR-SSCP和序列分析.结果表明,拼接后的西南马mtDNA ND4基因序列大小为679 bp,A+T含量(55.7%)高于G+C含量(44.3%).共检测到11个核苷酸变异位点,这些变异位点可归纳为6种单倍型.核苷酸平均多样度为0.638%,表明受试西南马mtDNA遗传多样性并不十分丰富.对各单倍型进行聚类分析,结果提示中国西南马起源于2个母系祖先.     

基于mtDNA Cytb基因的马可·波罗盘羊遗传多样性与起源进化分析

为进一步明确马可·波罗盘羊(Ovis ammon polii)与家养绵羊的遗传进化关系,本试验提取20只马可·波罗盘羊的基因组DNA,并对其线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b(Cytb)基因进行PCR扩增,下载GenBank中野生绵羊和家养绵羊的mtDNA Cytb基因序列,利用邻接法(Neighbor-Joining, NJ)构建系统发育树,以阐明野生绵羊和家养绵羊遗传多样水平与起源进化关系。结果显示,马可·波罗盘羊mtDNA Cytb基因全长1 140 bp,富含A、T碱基,含量为58.3%,存在10个单倍型,平均单倍型多样性(Hd)为0.884;存在122个SNPs位点,占核苷酸总数的2.35%,其中单一多态位点2个,简约信息位点120个,均为两碱基突变,转换发生的频率远远高于颠换;平均核苷酸多样性(pi)为0.02090;平均核苷酸差异性(K)为23.826,表明马可·波罗盘羊mtDNA Cytb区单倍型和核苷酸遗传多样性丰富。系统发育分析显示,野生绵羊分为明显的三支,其中马可·波罗盘羊单独形成一支,且与盘羊西藏亚种遗传距离最近,与天山盘羊、蒙古盘羊遗传距离最远,而家养绵羊与摩弗仑羊亲缘关系较近,与盘羊亲缘关系较远。以上结果表明盘羊对家养绵羊起源进化贡献较低,支持摩弗仑羊可能是家养绵羊野生祖先的观点。     

基于线粒体细胞色素b基因(mtDNA Cytb)序列分析吉林山鸡的遗传多样性

为了解吉林山鸡种群的遗传多样性,采用PCR技术及测序技术对20只吉林山鸡的mtDNA Cytb基因序列进行了分析。结果表明,吉林山鸡mtDNA Cytb基因序列中,共检测到核苷酸多态位点11个,20个个体具有3种单倍型;吉林山鸡与美国山鸡亲缘关系较近,与北京山鸡和甘肃山鸡亲缘关系较远。     

基于SRY基因分析梅花鹿的遗传多样性及父系类型

试验旨在研究梅花鹿SRY基因的遗传多样性及其父系类型。选取东北亚种、北海道亚种、本州亚种、指名亚种、屋久岛亚种5个亚种的144个个体,利用试剂盒和传统酚/仿(1∶1)法进行DNA的提取,采用PCR扩增和直接测序法分析梅花鹿的核苷酸多样性(Pi)、单倍型多样性(Hd)、遗传距离及系统进化关系。结果显示,试验所获序列长度为1 613bp,在第47、62、602、1 148、1 569、1 604bp处共检测到6个SNPs多态位点,占核苷酸总数的0.3%,碱基替换以碱基转换为主。通过6个SNPs多态位点确立了6种单倍型:Hap-1、Hap-2、Hap-3、Hap-4、Hap-5和Hap-6,其中Hap-4、Hap-5和Hap-6为新发现单倍型。遗传多样性由高至低依次为:指名亚种、屋久岛亚种、东北亚种、本州亚种、北海道亚种。各亚种间遗传距离最小为北海道亚种与本州亚种的距离(0.000056),最大为东北亚种与指名亚种的距离(0.001733)。基于单倍型利用邻接法构建系统进化树,结果显示,与日本梅花鹿相比,东北亚种与马鹿关系更近,东北亚种存在两大分支,日本梅花鹿各亚种间无明显分支,其他单倍型均是由Hap-3进化而来,单倍型最小跨度网络图与系统进化树一致。结果表明,东北梅花鹿存在两大父系类型,日本梅花鹿存在一个父系类型,单倍型Hap-3是日本梅花鹿的原始单倍型。     

吉林珍珠鸡、花尾榛鸡线粒体DNA序列遗传多样性分析

为了研究吉林珍珠鸡、花尾榛鸡线粒体DNA(mt DNA)序列遗传多样性,试验采用PCR产物测序技术分别对吉林珍珠鸡、花尾榛鸡20只个体mt DNA细胞色素b(Cytb)基因序列进行分析。结果表明:在吉林珍珠鸡mt DNA Cytb基因序列中检测到核苷酸多态位点4个,20只个体具有4种单倍型;花尾榛鸡核苷酸多态位点9个,20只个体具有3种单倍型。构建系统进化树显示,吉林珍珠鸡与红色原鸡亲缘关系较近,与花尾榛鸡、山鸡亲缘关系较远。     

西藏牦牛mtDNA ND6遗传多样性及系统进化分析

为从分子水平上探究西藏牦牛的序列多态性、遗传多态性及其系统进化关系,对西藏15个牦牛类群150个个体的mtDNA ND6基因全序列进行了测定,确定了多态位点和单倍型数目,计算了单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi),并构建了分子聚类关系图和单倍型系统发育树。结果表明:西藏牦牛mtDNA ND6基因全序列长度均为528bp,T、C、A和G 4种碱基的平均比例分别为42.2%、7.6%、20.9%、29.3%,存在一定的碱基组成偏倚性。序列变异中存在转换、颠换2种核苷酸变异类型,其中转换37次,颠换2次,表现出较强的转换偏倚性。根据序列间核苷酸变异共确定7种单倍型,其中Hap_1为西藏牦牛类群的主流单倍型,其余6种单倍型为部分类群所特有。平均单倍型多样性(Hd)、平均核苷酸多样性(Pi)分别为0.2978、0.00191,揭示西藏牦牛mtDNA ND6遗传多样性较贫乏。根据遗传距离构建了分子聚类关系图,表明西藏15个牦牛类群可分为2大类;根据7种单倍型序列构建了单倍型系统发育树,表明西藏牦牛存在2个母系起源。     

基于SRY基因分析梅花鹿的遗传多样性及父系类型

试验旨在研究梅花鹿SRY基因的遗传多样性及其父系类型。选取东北亚种、北海道亚种、本州亚种、指名亚种、屋久岛亚种5个亚种的144个个体,利用试剂盒和传统酚/仿(1∶1)法进行DNA的提取,采用PCR扩增和直接测序法分析梅花鹿的核苷酸多样性(Pi)、单倍型多样性(Hd)、遗传距离及系统进化关系。结果显示,试验所获序列长度为1 613bp,在第47、62、602、1 148、1 569、1 604bp处共检测到6个SNPs多态位点,占核苷酸总数的0.3%,碱基替换以碱基转换为主。通过6个SNPs多态位点确立了6种单倍型:Hap-1、Hap-2、Hap-3、Hap-4、Hap-5和Hap-6,其中Hap-4、Hap-5和Hap-6为新发现单倍型。遗传多样性由高至低依次为:指名亚种、屋久岛亚种、东北亚种、本州亚种、北海道亚种。各亚种间遗传距离最小为北海道亚种与本州亚种的距离(0.000056),最大为东北亚种与指名亚种的距离(0.001733)。基于单倍型利用邻接法构建系统进化树,结果显示,与日本梅花鹿相比,东北亚种与马鹿关系更近,东北亚种存在两大分支,日本梅花鹿各亚种间无明显分支,其他单倍型均是由Hap-3进化而来,单倍型最小跨度网络图与系统进化树一致。结果表明,东北梅花鹿存在两大父系类型,日本梅花鹿存在一个父系类型,单倍型Hap-3是日本梅花鹿的原始单倍型。     

清远麻鸡线粒体DNA细胞色素b基因遗传多样性分析

为了更好地对清远麻鸡种质资源进行保护和开发利用，以线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b (cytochrome b, Cytb)基因为分子标记，检测了80只清远麻鸡的遗传多样性，并探讨了清远麻鸡在5个红色原鸡亚种的进化地位。结果显示：清远麻鸡mtDNA Cytb基因序列全长为1 143 bp,碱基T、C、A和G的平均比例分别是24.08%、36.38%、27.46%和12.08%。单倍型多样性(Hd)为0.585±0.038,核苷酸多样性(Pi)为0.000 87±0.000 59,平均核苷酸差异(K)为0.995。80条序列共发现13个多态位点，其中11个为单变异位点，2个为简约信息位点；基于多态位点定义了7种单倍型，系统发育树显示清远麻鸡与红色原鸡既有独立分支，又有相互交叉。清远麻鸡在mtDNA水平上呈中度遗传多样性，研究结果为清远麻鸡种质资源遗传评估、有效保种和选育利用提供了理论依据。     

圈养条件下狍种群遗传多样性分析

为了解圈养条件下长白山狍的遗传多样性现状,试验采用基因克隆方法对长白山6个狍样本线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b(Cytb)基因序列进行测定,初步探讨圈养条件下长白山狍种群的遗传结构及与西伯利亚狍、欧洲狍的遗传分化问题。结果表明:在6个狍样本mtDNA Cytb基因序列中共检测到21个核苷酸多态位点,其多态位点的比例为1.85%,6个个体具有4种单倍型。圈养狍种群的遗传多样性水平较低,建议制订更有效的繁殖计划对圈养种群进行保护,避免近亲杂交。     

石岐鸽mtDNA Cytb基因遗传多样性分析

为探究石岐鸽的遗传多样性和母系起源，研究对60只石岐鸽线粒体DNA(Mitochondrial genome,mtDNA)细胞色素b(Cytochrome b,Cytb)基因进行PCR扩增和测序，并结合GenBank中鸽Cytb基因序列进行系统发育分析。结果显示：石岐鸽mtDNA Cytb基因序列全长为1 143 bp，碱基T、C、A和G的平均比例分别为24.57%、35.79%、27.36%和12.28%；单倍型多样性为0.782±0.029，核苷酸多样性为0.001 69±0.000 04，平均核苷酸差异为1.927；共发现11个变异位点，其中8个为单一变异位点，3个为简约信息位点，基于变异位点定义了8种单倍型；石岐鸽和原鸽分为A和B两个分支，石岐鸽只分布于A分支。研究表明石岐鸽具有较高的线粒体遗传多样性，母系来源单一。     

中甸牦牛mtDNA ND6和COⅢ基因遗传多样性及系统进化分析

为了解中甸牦牛的遗传多样性,使其遗传资源能够得到合理开发利用,本研究对中甸牦牛15个个体mtDNA ND6基因和COⅢ基因全序列进行测定,使用MEGA5.0、DNASP5.0、Clustal X1.83等软件分析了核苷酸多样性、单倍型多样性等遗传多样性指标。结果表明:(1)中甸牦牛ND6基因全序列长528bp,4种核苷酸T、A、G、C的平均含量为20.8%、42.2%、7.6%、29.4%,存在一定的碱基组成偏倚性;COⅢ基因全序列长度为781bp,4种核苷酸T、A、G、C的平均比例为29.2%、26.1%、15.2%、29.5%。(2)在15个中甸牦牛个体的ND6基因序列中均未发现单倍型及变异位点,表明中甸牦牛mtDNA ND6基因的遗传多样性较为贫乏;在COⅢ基因序列中发现了3个单倍型,4个变异位点,其中2个转换,2个颠换。(3)在构建的系统进化树中,中甸牦牛首先与麦洼牦牛等家牦牛聚为一类,说明其属于家牦牛,其次与野牦牛聚为一类,说明中甸牦牛与野牦牛亲缘关系较近;由遗传距离分析可知,中甸牦牛与野牦牛距离最小,与亚洲水牛距离最大。此结果进一步支持了将牦牛和野牦牛划分为牛亚科牦牛属的观点。     

四川凉山地区黑绵羊Y染色体单核苷酸多态性的分析研究

为探索四川省凉山地区地方黑绵羊的遗传多样性和父系起源，本试验对黑绵羊Y染色体单核苷酸的多态性进行了分析研究。在凉山州盐源县、普格县、布拖县三个县采集43只黑绵羊公羊的抗凝全血，从血液中提取基因组DNA作为模板，通过PCR扩增Y染色体SRY基因片段后直接测序。结果显示：黑绵羊Y染色体上8个单核苷酸位点中仅一个位点检测到多态性（o Y1,G/A），据此将黑绵羊分为OAR1和OAR2两种单倍型，其个体数量占比分别为90.70%和9.30%，单倍型多样性为0.173±0.072，核苷酸多样性为0.000 38±0.000 13。本试验表明凉山地区黑绵羊Y染色体的遗传多样性较低，初步推测其可能存在两个父系起源。     

中国西南地区5个地方绵羊群体mtDNA遗传多样性及系统进化研究

采用PCR—SSCP技术及mtDNA D-loop序列分析相结合的方法，对我国云南昭通绵羊、腾冲绵羊、宁蒗绵羊及西藏的多玛绵羊、江孜绵羊5个地方绵羊群体共232个个体进行遗传多样性及系统进化分析。PCR-SSCP分析显示，在西藏的多玛绵羊和江孜绵羊中均检测到线粒体编码区的Cytb和ND2基因的3种单倍型A、B和C，且在西藏的多玛绵羊、江孜绵羊中C单倍型比例高于B型；而在云南的昭通绵羊、腾冲绵羊和宁蒗绵羊中只检测到单倍型A和B。根据不同的单倍型从5个群体中筛选出39个样品进行mtDNAD-loop区克隆测序，经过系统进化分析揭示西藏绵羊存在A、B、C3种mtDNA单倍型；而云南绵羊只存在A、B2种mtDNA单倍型。以上基于PCR-SSCP和D-loop区序列的分析结果一致提示西藏绵羊有3个母系来源，云南绵羊有2个母系来源。基于mtDNAD-loop序列的多态性分析结果显示西藏多玛绵羊和江孜绵羊的单倍型多样度（Hd）、核苷酸多样度（Pi）及平均核苷酸差异数（k）均高于云南3个地方绵羊品种，提示西藏绵羊遗传多样性较丰富，云南绵羊遗传多样性相对贫乏。     

崇仁麻鸡mtDNA D-loop区遗传结构与遗传多样性分析

为研究崇仁麻鸡线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)D-loop区遗传多样性和遗传结构，试验采用PCR产物直接测序的方法，测定崇仁麻mtDNA D-loop区的全序列，并与其他5个红色原鸡亚种进行系统进化关系分析。结果显示：30个样本的mtDNA D-loop区序列长度范围为1 231～1 232 bp，共发现27个多态位点，单倍型多样性（Hd）、核苷酸多样性（Pi）和平均核苷酸差异（K）数值分别为0.947、0.006 89和8.476。群体中16种单倍型划分为A、B、C和E单倍型类群。研究表明，崇仁麻鸡具有较高的线粒体遗传多样性，可能来源于不同的母系。     

中国地方猪种线粒体基因组遗传多样性及其系统发育分析

为从分子水平上探究中国地方猪种遗传多样性和分类地位,本试验采用生物信息学方法比较了6个类型共22个中国地方猪种的线粒体基因组全序列,分析了其多态性,并构建了6个类型猪种线粒体D-loop区单倍型的网络中介图以及基于线粒体D-loop序列、Cytb基因、完整编码区序列的系统进化树。结果表明,6个类型22个猪种中共检测到了144个多态位点,22种单倍型,说明地方猪种具有丰富的遗传多样性;地方猪线粒体基因组序列中核苷酸变异以转换为主,且Ti/Tv大于转换/颠换比临界值（2.0）,变异位点均符合中性突变。6个类型猪种间遗传距离均较小,且有共享单倍型。系统进化树结果表明,6种类型地方猪种主要聚为两个支系。表明线粒体D-loop序列及Cytb基因均可作为研究种内系统发育、起源进化的分子标记。     

青海省同德牦牛群体的父系遗传多样性及遗传背景探析

【目的】为从分子水平上揭示青海省同德牦牛的父系遗传多样性、群体遗传结构和遗传背景。【方法】本研究对32头同德公牦牛使用5个Y-SNPs标记（SRY4、USP9Y、UTY19、AMELY3和OFD1Y10）和1个Y-STR标记（INRA189）进行PCR扩增、测序和分型,使用BioEdit、Arlequin和Network等生物信息学软件综合分析同德牦牛的父系遗传多样性、群体遗传结构及父系起源。【结果】32头同德牦牛5个Y-SNPs标记即SRY4（969bp）、USP9Y（470bp）、UTY19（290bp）、AMELY3（971bp）和OFD1Y10（763bp）的PCR扩增产物测序长度与先前研究结果一致,INRA189标记分型分析共检测到155bp、157bp和159bp 3个等位基因;在同德牦牛群体AMELY3标记中检测到一个新的Y-SNP位点（即g.719 C>T）;基于5个Y-SNPs标记11个Y-SNPs位点和INRA189标记3个等位基因的联合分型,共确定了6种Y染色体单倍型（即Y1H1、Y1H2、Y1H3、Y1H4、Y1H5和Y2H6）,Y染色体单倍型多样度（Hd）为0.714±0.060,表明同德牦牛具有丰富的父系遗传多样性;系统发育分析显示同德牦牛由2个父系支系组成（即Y1和Y2）,提示其拥有2个父系起源。【结论】同德牦牛拥有特殊的父系遗传信息,具有丰富的父系遗传多样性,由2个父系支系组成,拥有2个父系起源。     

基于线粒体Cytb基因全序列的东流水牛群体遗传结构分析

[目的]分析安徽东流水牛群体遗传结构,为今后开展地方水牛品种研究提供依据。[方法]利用测序技术对31头东流水牛细胞色素b基因(Cytb)进行序列测定和分析,[结果]发现Cytb基因全长1 140bp,共检测到17个多态位点,构成9种单倍型,单倍型多样度为(0.544±0.107),核苷酸多样度为(0.00112±0.00091)。同时发现东流水牛Cytb基因具有两种终止密码子AGA和AGG。[结论]东流水牛遗传多样性丰富,且起源于2个母系。