猪PCK1基因SNPs检测及其与生长育肥性状的关联分析

本实验旨在研究猪磷酸烯醇丙酮酸羧激酶1(Phosphoenolpyruvate Carboxykinase 1,PCK1)基因SNPs及其与生长育肥性状之间的关系，为猪育种提供新的标记资源。本研究以美系大白猪为研究对象，采用直接测序的方法检测PCK1基因内部的多态性位点，并与生长育肥性状进行关联分析。结果发现在美系大白猪中共检测到PCK1基因11个SNPs，关联分析结果显示，PCK1基因多态性位点rs713611695与初生重、达100 kg体重日龄极显著相关，与眼肌面积显著相关；多态性位点rs324442589与达100 kg体重日龄和体长性状显著相关、与眼肌面积极显著关联；多态性位点rs699149356与活体背膘厚极显著相关；多态性位点rs321585061与初生重极显著关联；多态性位点rs331839879与初生重极显著关联、与左乳头数显著关联；多态性位点rs335103760与初生重和眼肌面积极显著关联；多态性位点rs341303544与初生重极显著关联、与体长显著关联。连锁不平衡分析结果显示，多态性位点rs321585061与rs702046790、rs321585061与...     

猪MC4R基因Asp298Asn位点多态性及其与生长性状的关联

采用PCR-RFLPs方法对杜洛克、长白、大白3个品种共569头种猪的黑素皮质素受体-4(melanocortin-4 receptor,MC4R)基因的Asp298Asn位点多态性进行检测,分析了不同基因型对7个生长性状的影响。结果表明:3个品种均以GA基因型频率最高,大白猪等位基因A的频率高于G,杜洛克和长白则相反;在杜洛克中,GA基因型个体达100 kg体重日龄最短(P0.05),50~100 kg阶段的日增重最大(P0.05),100 kg活体背膘厚最薄(P0.05);在大白猪中,AA基因型个体达50 kg体重日龄、达100 kg体重日龄最短(P0.01),50~100 kg、30~100 kg阶段的日增重提高(P0.01),100 kg活体背膘厚最薄(P0.05);长白猪不同基因型在所有性状上的差异均不显著(P0.05)。研究结果进一步证实MC4R基因Asp298Asn位点确实与某些品种猪的生长性状显著关联,但在不同品种中,该位点的具体效应可能有所不同。     

全基因组关联分析鉴定大白猪生长性状遗传变异及候选基因

生长性状是猪重要的经济性状之一，提升生长性状是生猪遗传改良的主要目标。为鉴定与猪生长性状显著相关的位点，筛选与猪生长性状相关的功能基因，本研究利用GeneSeek Genomic Profiler(GGP)猪50K SNP芯片对1 805头大白猪百公斤日龄（Age to 100 kg,AGE）、百公斤背膘厚（Backfat Thickness to100kg,BF）、眼肌深度（LoinMuscleDepth,LMD）3个性状进行全基因组关联分析。结果显示，AIREMLF90软件计算AGE、BF和LMD遗传力分别是0.17、0.53和0.28，属于中高遗传力性状。AGE与BF遗传相关为-0.08，表型相关为-0.16，均为负相关关系。AGE与LMD遗传相关为-0.11，表型相关为-0.36，均为负相关关系。BF与LMD遗传相关为0.04，表型相关为0.12，均为正相关关系。AGE筛选到6个全基因组水平显著SNPs和10个染色体水平显著SNPs,BF筛选到11个全基因组水平显著SNPs和10个染色体水平显著SNPs,LMD筛选到3个全基因组水平显著SNPs和11个染色体水平显著SNPs。利...     

大白猪ENO3基因多态性及其与生长性状的关联分析

【目的】挖掘大白猪β-烯醇化酶(β-enolase, ENO3)基因单核苷酸多态性(SNP)位点,分析SNP间的连锁不平衡程度及其与生长性状的相关性。【方法】选取大白母猪316头,采用混合DNA样本PCR扩增产物测序,确定ENO3基因SNP位点。采用GenoPlexs分型技术对每个个体的目标SNP位点进行基因分型,并与大白猪体重达100 kg时的日增重、日龄、背膘厚、眼肌面积和眼肌厚进行连锁不平衡和关联分析,探究ENO3基因SNP与大白猪生长性状的相关性。【结果】共鉴定出9个SNPs位点,均为已知SNPs,其中rs196953768与rs324943047、rs345530479、rs329283992完全连锁(D’=1,r²=1),与rs342598032呈强连锁(D’=1,r²=0.99);rs327882211与rs341541240、rs325279236呈强连锁(D’=1,r²>0.7)。ENO3基因rs196953768及完全连锁位点与大白猪体重达100 kg时的日龄和日增重均呈显著相关(P<0....     

测定站种猪生产性能测定的比对

本文对河北省种畜禽质量监测站2014—2015年的种猪性能测定数据包括30~100 kg平均日增重、30 kg体重日龄、100 kg体重日龄、100 kg体重活体背膘厚、100 kg体重眼肌面积、饲料转化率和抗体监测结果进行了分析。结果表明,同一品种在不同季节生长性能存在差异,如大白和长白品种30 kg体重日龄冬春季明显大于夏秋季(P<0.05),杜洛克品种100 kg体重眼肌面积和测定期饲料转化率冬春季明显大于夏秋季(P<0.05),不同品种种猪生长性能存在差异,如达30 kg体重日龄杜洛克明显高于大白和长白,校正达100 kg体重眼肌面积杜洛克猪>大白种猪>长白猪,且杜洛克猪与大白种猪、长白猪差异显著(P<0.05),测定期饲料转化率,杜洛克猪>长白猪>大白猪,且杜洛克猪与大白猪差异显著(P<0.05)。猪群免疫合格率与死淘率呈负相关等关系,即总体免疫合格率较高的猪群,死淘率也相应较低。     

杜洛克猪生长和繁殖性状的遗传参数估计和遗传进展分析

本研究旨在对杜洛克猪生长与繁殖性状进行遗传参数估计，评估其遗传进展和探讨群体遗传参数变化。收集江西某核心育种场杜洛克猪育种群2014—2021年共30 319条目标性状测定记录（达100 kg体重日龄、达100 kg体重背膘厚、总产仔数、产活仔数），使用DMU软件多性状动物模型估计目标性状群体遗传参数和个体育种值，并统计这些性状在多年选育中遗传参数的变化。结果表明，杜洛克猪达100 kg体重日龄和达100 kg体重背膘厚估计遗传力分别为0.31±0.02、0.29±0.07，属于中高遗传力性状，总产仔数和产活仔数估计遗传力分别为0.09±0.01、0.05±0.01，属于低遗传力性状。达100 kg体重日龄在长期的选育中取得了较大的遗传进展，而达100 kg体重背膘厚、总产仔数、产活仔数则遗传进展较小。针对上述生长性状和繁殖性状的不同特点，应制定合理的选育手段，及时有效地开展遗传评估，以获得准确的个体育种值，并指导生产应用，加快群体的遗传改良。     

基于中心测定站的杜洛克、大白、长白公猪生长性能比较

本研究利用河北省种畜禽质量监测站种猪质量监督检验测试中心2010—2018年的公猪生长测定数据，通过协方差分析，比较了杜洛克、大白和长白猪3个品种以及不同品系的生长性能。最终有来自52个场的2 522头公猪用于分析，包括525头杜洛克、1 416头大白猪和581头长白猪，3个品种分别有4、6、6个品系。结果表明，长白猪除饲料转化率显著优于大白猪外，其他5个性状性能与大白、杜洛克猪接近，杜洛克的3个瘦肉率性状表现最优。英系杜洛克生长速度、瘦肉率和饲料转化率在4个品系中表现最好，加系和美系相差不大。在大白猪中，加系大白猪达100 kg体重日龄、平均日增重和100 kg活体背膘厚表现最好，瑞系大白猪的100 kg眼肌面积和估计瘦肉率最高。2012年之后，3个品种日增重开始缓慢提高；饲料转化率保持在2.10～2.20；达100 kg体重日龄在155 d上下浮动；背膘厚逐渐降低且渐趋稳定，估计瘦肉率稳定在55%～56%范围内。     

杜洛克猪HMGA1基因多态位点与生长、饲料利用性状的关联分析

试验对HMGA1基因的两个SNPs位点进行分析,研究了HMGA1基因核苷酸多态性与生长、饲料利用性状的关联性。利用大白猪和民猪重测序结果比较发现了HMGA1基因的两个SNPs位点（g.-543 T > C和g.1356 C > T）,利用Sequenom质谱测序平台对杜洛克猪g.-543 T > C和g.1356 C > T位点进行基因分型,并分析该位点多态性与生长、饲料利用性状的关联性。结果发现,杜洛克猪群体g.-543 T>C位点,CT与CC基因型相比,90日龄体重升高了2.15 kg（P<0.05）,30 kg体重日龄降低了3.21 d（P<0.05）,断奶重升高,剩余采食量降低,100 kg体重日龄减少,30~100 kg平均日增重、40~90 kg平均日采食量、40~90 kg平均日增重均降低。杜洛克猪群体g.1356 C>T位点,CC与TT基因型相比,90日龄体重升高了0.37 kg（P<0.05）;平均日采食量降低0.13 kg/d（P<0.05）,100 kg背膘厚降低0.43 mm（P<0.05）,剩余采食量降低了70.42 g（P<0.05）,30 kg体重日龄降低了0.56 d（P<0.05）;40~90 kg平均日采食量降低了0.17 kg（P<0.05）,断奶重升高,100 kg体重日龄增大,30~100、40~90 kg平均日增重均降低;CT与TT基因型结果与上结果类似。结果初步表明HMGA1基因两个SNPs位点的突变有利于杜洛克猪的生长、饲料利用效率的提高。     

美系仔猪的断奶重与肥育阶段生长性能、背膘厚和眼肌面积的关系

为了研究不同品种的美系仔猪断奶重与其40~100 kg肥育阶段日增重、料重比、校正达100 kg体重日龄、背膘厚和眼肌面积的关系,收集分析了59头杜洛克、130头长白、190头大白母猪的相关数据。结果表明:仔猪断奶重与其40~100 kg肥育阶段的日增重呈显著或极显著正相关,与料重比和校正达100 kg体重日龄呈显著或极显著负相关,而与背膘厚和眼肌面积无关。     

出生季节和胎次等因素对扬翔华系杜洛克猪生长性能的影响

猪的生长性能受性别、遗传、营养和环境因素的共同影响。分析广西扬翔股份有限公司所属3个种猪场2015—2019年的生猪生长性能数据,研究性别、出生季节、胎次、猪场等因素对扬翔华系杜洛克猪生长性能的影响。发现不同性别扬翔华系杜洛克猪的校正达115 kg体重日龄、校正达115 kg日增重、校正达115 kg背膘厚和校正达115 kg眼肌面积等均差异极显著(P<0.01)。不同季节出生的扬翔华系杜洛克公猪校正达115 kg体重日龄差异极显著(P<0.01);不同季节出生的扬翔华系杜洛克母猪校正达115 kg体重日龄春季和夏季比较差异不显著(P>0.05),秋季和冬季比较差异不显著(P>0.05),但秋季和冬季出生的母猪校正达115 kg体重极显著大于春季和夏季出生的猪。此外,第3胎次出生的猪只校正达115 kg体重日龄最小,校正达115 kg日增重最大且与其他胎次间差异显著(P<0.05);第5胎次出生的猪只校正达115 kg体重日龄最大,校正达115 kg日增重最小且与其他胎次间差异显著(P<0.05)。扬翔华系杜洛克公猪校正达115 kg体重日龄、校正达115 kg日增重、校正达115 kg背膘厚、校正达115 kg眼肌面积在3个不同猪场间差异极显著(P<0.01)。     

大白猪PGAM2基因多态性与生长繁殖性状的关联分析

实验旨在挖掘大白猪磷酸甘油酸变位酶2(PGAM2)基因单核苷酸多态位点（SNPs），分析遗传多样性、连锁不平衡程度及其不同基因型与生长、繁殖性状的相关性。选取大白母猪316头，提取DNA，采用混合DNA样本PCR扩增产物测序，确定PGAM2基因SNPs位点。采用多重PCR靶向基因捕获技术对每个个体进行目标SNPs位点分型，并分别与大白猪初产和经产的总产仔数、产活仔数、木乃伊数和死胎数进行关联分析，与大白猪生长性状的达100 kg日龄、达100 kg背膘厚、达100 kg眼肌厚和初生重进行关联分析。共鉴定出5个突变位点，均为已知SNP，其中rs331014516和rs346188790位点为稀有突变，不适合用作分子标记；所有位点均处于Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）;rs331014516与rs346188790完全连锁，rs80977507与rs80902904完全连锁且与rs343549757强连锁；rs80977507及其完全连锁位点与初产母猪总产仔数、产活仔数显著相关；rs343549757位点与大白猪经产死胎数显著相关。这5个位点的基因型与大白猪达100 ...     

大白猪眼肌面积、估计瘦肉率和背膘厚的加权一步法全基因组关联分析

旨在使用加权一步法全基因组关联分析方法，充分利用群体的表型、系谱和基因型信息，探索与大白猪眼肌面积、估计瘦肉率和背膘厚相关的候选基因。本研究收集21 754头大白猪眼肌面积、估计瘦肉率和背膘厚的表型记录数据，其中基因型数据个体共1 259头。通过方差分析和加权一步法全基因组关联分析，确定性状显著相关的数量性状基因座(quantitative trait locus, QTL)。并进行基因注释、GO(gene ontology)功能和KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析。计算结果表明，大白猪眼肌面积、估计瘦肉率和背膘厚的遗传力分别为0.450 6±0.017 3、0.496 8±0.017 4和0.475 8±0.017 2。利用加权一步法全基因组关联分析，定位到与眼肌面积显著相关的候选QTL区域10个，与估计瘦肉率显著相关的候选QTL区域8个，与背膘厚显著相关的候选QTL区域12个。后续基因注释、GO功能和KEGG通路富集分析显示，与眼肌面积相关的候选基因36个，共富集到7个条目；与估计瘦肉率相关的候选基因29个，共富集...     

猪PPARGC1A基因多态性与生长性状的关联分析及其表达

本研究通过直接测序检测PPARGC1A基因启动子区多态位点g.17949513GA在535头杜洛克猪、长白猪以及大约克猪中的遗传结构,并与达到目标体重日龄、平均日增重等生长性状进行关联分析。利用实时荧光定量PCR检测PPARGC1A基因在大约克猪和金华猪背脂和背最长肌组织中的表达量。结果表明,在试验群体中G等位基因的频率高于A等位基因。在长白猪中基因型频率最高的是GG,而杜洛克猪和大约克猪中GA基因型的频率最高。GG基因型个体达到目标体重日龄低于AA基因型和GA基因型,平均日增重高于AA基因型。不同基因型个体之间的100 kg体重活体背膘厚和料重比差异不显著(P0.05)。PPARGC1A基因mRNA水平在大约克猪中显著高于金华猪(P0.05)。综上所述,PPARGC1A基因g.17949513GA位点与生长性状显著关联,该基因的差异表达对生长发育具有一定的影响,可作为猪生长性状选育的潜在分子标记。     

美系大白猪生长性状全基因组关联分析

猪的生长性状是重要的经济性状之一,直接影响到养猪企业的经济效益,同时还间接反映了猪育种工作的现状和进展。为了了解猪生长性状的遗传机制,寻找与生长性状显著相关的位点,进而定位与生长性状有关联的功能基因,研究利用全基因组关联分析(Genome-wide Association Study, GWAS)研究猪的生长性状相关基因。试验选择571头美系大白猪作为研究对象,采用基于线性模型的单标记回归方法,同时借助Illumina猪80 K高密度SNP芯片(共有68 528个SNP位点)对样本个体的基因型进行分型,对大白猪的两个生长性状100 kg体重活体的背膘厚和达100 kg体重的日龄,进行了全基因组关联分析。研究将群体进行全基因组关联分析后使用FDR方法对关联分析的结果进行多重检验校正,发现了4个位于15号染色体上与100 kg体重日龄性状相关的基因组水平显著的SNP位点,分别是WU_10.2_15_142776834、WU_10.2_15_142743420、WU_10.2_15_142698412、WU_10.2_15_142730007。2个位于1号染色体上与活体背膘厚性状相关的基因组水平显著的SNP位点,分别是ALGA0005769、ASGA0004384。进而利用EnseMble在线平台的猪SusScrofa10.2版本数据库,将显著的SNP位点向上下游各扩展1 Mb进行基因富集分析,定位到了可能与生长性状有关联的基因。其中,与100 kg体重日龄相关的基因有9个,分别是SLC19A3、CCL20、DAW1、SPHKAP、RHBDD1、IRS1、COL4A4、TM4SF20、AGFG1;与活体背膘厚相关的基因有16个,分别是ONECUT1、ARPP19、MYO5A、MYO5C、GNB5、BCL2L10、MAPK6、LEO1、TMOD3、SCG3、LYSMD2、TMOD2、DMXL2、GLDN、CYP19A1、TNFAIP8L3。结论,ARPP19可以控制有丝分裂,ONEUT1具有促进细胞分裂和生长发育的功能。因此这两个基因最可能与生长性状存在功能联系。     

杜洛克公猪活体肌内脂肪含量与重要生长性状的相关性分析

为研究杜洛克公猪肌内脂肪含量与重要生长指标的相关性,试验通过B超测定了738头杜洛克公猪活体肌内脂肪以及重要的生长性状,结果表明:肌内脂肪与180日龄体重、背膘厚、眼肌面积均呈极显著正相关(P<0.01),相关系数分别为0.334、0.510和0.267;眼肌面积与初生重、180日龄体重、背膘厚呈极显著正相关(P<0....     

双肌臀大白猪生长速度遗传力估计及表征性状比较

利用mtdfreml软件包估计双肌臀大白猪达100kg体重日龄和平均日增重这两个表征生长速度性状的遗传力。具体步骤是先用sas软件包对固定效应进行不同水平间差异显著性检验。尔后确定固定效应的水平数。最后用mtdfreml进行遗传参数估计，得出双肌臀大白猪达100kg体重日龄和平均日增重两个性状的遗传力估值。这对于双肌臀大白猪的育种实践将起到一不定的促进作用。同时通过这两个性状遗传力估值的比较，验证了平均日增重较达100kg体重日龄在猪的育种实践中能更好的代表生长速度，更快的提高育种进展这一观点。     

双肌臀大白猪生长速度遗传力估计及选择性状比较

作者利用mtdfreml软件包估计双肌臀大白猪达100kg体重日龄和平均日增重这2个代表生长速度性状的遗传力。具体步骤是先用sas软件包对固定效应进行不同水平间差异显著性检验，而后确定固定效应的水平数，最后用mtdfreml进行遗传参数估计，得出双肌臀大白猪达100kg体重日龄和平均日增重2个性状的遗传力估值。结果，双肌臀大白猪达100kg体重日龄和平均日增重2个性状的遗传力估值分别为0．06和0．29。并提出了这2个性状在实际育种中的注意事项。这对于双肌臀大白猪的育种实践将起到一定的促进作用。     

IGFBP3基因对猪主要生长性状的影响

为了研究IGFBP3基因对猪主要生长性状的影响,试验采用PCR-RFLP方法对大白猪、杜洛克猪、长白猪IGFBP3基因的多态性及IGFBP3基因型对体长、体高、瘦肉率、活体背膘、肌肉厚度、0~100 kg日增重、30~100 kg日增重、100 kg体重日龄等主要生长性状的影响进行研究。结果表明:三个猪群中均以IGFBP3基因多态杂合子AG基因型占优势,杜洛克猪与长白猪在该位点上偏离Hardy-Weinberg平衡,三个品种猪IGFBP3基因的多态信息含量(PIC)均表现为中度多态。IGFBP3基因的GG基因型对大白猪的体高、瘦肉率的影响较大,对杜洛克猪的瘦肉率、肌肉厚度的影响较大,对长白猪的0~100 kg日增重的影响均接近显著水平。说明GG基因型猪具有体高与瘦肉率较高、生长较快的特点。     

仔猪初生重对育肥期生长性状及采食性状的影响

本试验旨在研究杜洛克种公猪初生重对其育肥期生长性状和采食性状的影响。选取230头杜洛克仔猪,按初生重分为高初生重组和低初生重组,在同一饲养标准下饲养至(100±5)kg体重,记录生长性状和采食性状表型数据,用于后续分析。结果表明:高初生重组的30～100 kg日增重、达到100 kg体重时眼肌面积、瘦肉率、体长、体高和管围等生长性状均显著高于低初生重组(P<0.05);而低初生重组的体重达100 kg所用时间显著长于高初生重组(P<0.01);而高初生重组的100 kg体重背膘厚和100 kg体重肌内脂肪含量与低初生重组无显著差异(P>0.05);高、低初生重组的平均日采食量、日采食时间、日采食次数、平均每次采食时间、平均每次采食量和平均采食速率等采食性状无显著差异(P>0.05);低初生重组在30～100 kg的耗料增重比极显著高于高初生重组(P<0.01)。高初生重的杜洛克仔猪相较于低初生重仔猪在育肥期表现出更快的生长速度和更低的耗料增重比,且体尺特征更加优秀。     

杜洛克猪HLCS基因多态位点与生长发育性状的相关性分析

本研究旨在明确羧化全酶合成酶(holocarboxylase synthetase,HLCS)基因突变与杜洛克猪生长发育性状的相关性。利用Illumina SNP60芯片测序结果研究HLCS基因的突变位点,分析突变位点的多态性信息、突变位点与生长发育性状的关联性及突变位点的单倍型。结果显示,杜洛克猪HLCS基因具有4个SNPs位点:Ssc13:200455646 TC、Ssc13:200458655 GC、Ssc13:200504530 GT、Ssc13:200551864 TG,均符合Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05),呈现中度多态性。关联分析结果发现,Ssc13:200455646 TC位点TT基因型100 kg背膘、剩余采食量均显著高于TC和CC基因型(P0.05);Ssc13:200458655 GC位点GG基因型个体100 kg背膘、剩余采食量均显著高于CG和CC基因型(P0.05);Ssc13:200504530 GT位点GT基因型平均日采食量、平均日增重均显著高于TT基因型(P0.05),GT基因型个体100 kg日龄显著小于TT基因型(P0.05);Ssc13:200551864 TG位点TG基因型平均日采食量、平均日增重均显著高于GG基因型(P0.05),TG基因型个体100 kg日龄显著小于GG基因型(P0.05);其余性状各位点不同基因型间无显著差异(P0.05)。Ssc13:200455646 TC和Ssc13:200458655 GC位点呈现高度连锁,Ssc13:200504530 GT与Ssc13:200551864 TG位点呈现高度连锁。结果表明,HLCS基因4个SNPs位点的多态性与杜洛克猪的剩余采食量、平均日采食量、平均日增重、100 kg日龄和100 kg背膘均具有显著相关性,可为猪的生长发育遗传改良奠定基础。