基于网络药理学探讨植物提取物在饲料添加剂领域的研究进展

近年来,畜禽细菌耐药性不断提高,不仅影响畜禽产品品质,而且威胁人用抑菌药物储备.促生长药物饲料添加剂的禁用推动了畜禽养殖无抗化的发展,但畜牧企业面临了饲养周期延长、畜禽发病率提高等一系列难题.中草药作为饲用抗生素的替代品逐步成为了无抗化养殖的重要添加剂之一,但具体作用机制仍存在空缺.网络药理学通过计算模拟药物分子靶点,...     

基于网络药理学分析桑叶增强鸡抗氧化功能的作用机制

利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)和herb数据库检索收集桑叶的化学成分和靶点,运用Cytoscape3.7.2软件、NCBI数据库、STRING数据库构建并分析桑叶化合物-靶点网络和蛋白质相互作用(PPI)网络,并对靶点进行GO富集和KEGG通路富集分析,藉以分析桑叶增强鸡抗氧化功能的作用机理。结果表明,共筛选到槲皮素、芦丁、山柰酚、β-谷甾醇、β-胡萝卜素和花生四烯酸等30个有效活性成分,这些成分作用于221个靶点。其中IL-6、VEGFA、EGF、INS、CAT、CASP3、CCND1、PTGS2、IL-1B和MMP9等为核心靶点。GO功能富集和KEGG通路分析显示靶点的作用涉及分子功能、生物过程和细胞组成3个方面,并参与到NOD样受体信号通路、过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路、Toll样受体信号通路、细胞凋亡等多条代谢通路。本研究表明,理论上桑叶基于IL-6、VEGFA、EGF、INS、CAT、CASP3、CCND1、PTGS2、IL-1B和MMP9等靶点可以调控鸡的抗氧化作用,为进一步的试验验证及桑叶作为抗氧化功能饲料添加剂的开发提供了启示。     

基于网络药理学预测大黄芩鱼散清热解毒药效物质基础及作用分析

为探索大黄芩鱼散清热解毒功效的药效物质基础及网络调控机制,首先利用网络药理学的方法,选取大黄芩鱼散中 34 个化合物为研究对象,依据TCMSP、Uniprot 等数据库预测化合物作用靶点,利用 Cytoscape 软件构建“化合物-靶点”网络药理图。网络药理预测发现,34 个化合物可通过80 个靶点发挥作用,其中前列腺素 G/H 合酶 2（PS2）、二肽基肽酶4（DP4）、雄激素受体（ANDR)、热休克蛋白90（HSP90）、前列腺素 G/H 合酶 1（PS1）等 8 个核心靶点与抗炎、解热、免疫调节、镇痛等过程相关,推测大黄芩鱼散通过干预以上过程发挥清热解毒功效。其中主要发挥作用的单体成分有β-谷甾醇、山奈酚、汉黄芩素、芦荟大黄素、芦丁、黄芩苷、大黄酸7个,其可能为大黄芩鱼散的关键药效物质基础。[关键词] 大黄芩鱼散|网络药理学|药效物质基础|清热解毒     

基于网络药理学和分子对接分析赤芍抗氧化应激作用的活性成分及其机制

【目的】利用网络药理学及分子对接技术分析赤芍抗氧化应激作用的有效活性成分及其分子机制。【方法】运用TCMSP数据库搜集赤芍的活性成分和靶点,借助UniProt数据库对靶点进行基因名转化;通过GeneCards和OMIM数据库检索氧化应激的相关基因,利用Veeny在线平台获得赤芍与氧化应激的交集靶点,将交集靶点上传至STRING数据库和Cytoscape 3.8.0软件建立蛋白互作(PPI)网络图和赤芍-靶点-氧化应激可视化网络并进行拓扑学分析,筛选关键靶点;运用Metascape数据库对关键靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析,确定赤芍发挥抗氧化应激作用的活性成分和信号通路;运用AutoDock和PyMol软件对赤芍发挥抗氧化应激作用的核心靶点进行分子对接验证。【结果】共筛选到12个赤芍活性成分,包括黄芩素、β-谷甾醇、鞣花酸、豆甾醇、(+)-儿茶素等;赤芍活性成分与氧化应激靶点分别有76和4 873个,其中赤芍与氧化应激交集靶点共69个,包括蛋白激酶B(AKT1)、转录因子AP-1(JUN)、细胞肿瘤抗原p53(TP53)、肿瘤坏死因子(TNF)和半胱氨酸蛋白酶-3(CASP3)等...     

杜仲叶免疫调节机制的网络药理学分析及验证

基于网络药理学及小鼠免疫抑制模型方法探讨杜仲叶免疫调节的作用机制。该研究通过TCMSP数据库筛选出3个杜仲叶活性成分,Uniprot和Swiss Target数据库预测到306个相关联的靶基因,经与OMIM、GeneCards数据库对比,获得105个免疫失调与杜仲叶的交集基因,通过Cytoscape3.8.2软件构建“活性成分-基因”网络。利用STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用分析,构建蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI),CytoNCA进行网络拓扑学分析,筛选出21个核心靶点,并对核心靶点进行基因本体(GO)富集分析与KEGG通路分析。结果发现,杜仲叶中的山奈酚、槲皮素、绿原酸等主要化合物通过调节肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素6(IL-6)、血管内皮生长因子A (VEGFA)、白细胞介素1β(IL-1β)等关键靶点,参与IL-17、肿瘤坏死因子信号通路等,从而发挥免疫调节作用。通过腹腔巨噬细胞体外试验和环磷酰胺免疫抑制体内试验探讨杜仲叶提取物的免疫调节作用,结果显示,1 000～5 000μg·mL^-1浓度的杜仲叶提取物可促进腹腔巨噬细胞增殖和吞噬...     

丹参提取物、蒲公英提取物及其复方对肉鸡生长性能、免疫功能和抗氧化能力的影响

本试验旨在探究丹参提取物、蒲公英提取物及其复方对肉鸡生长性能、免疫功能和抗氧化机能的影响。选取192只1日龄雄性科宝-500肉鸡,随机分成4组,每组6个重复,每个重复8只鸡。对照组饲喂基础饲粮,试验组分别在基础饲粮中添加0.1%的丹参提取物（丹参提取物组）、0.1%的蒲公英提取物（蒲公英提取物组）、0.05%的丹参提取物+0.05%的蒲公英提取物（复方组）。试验期42 d。结果显示：1）与对照组相比,22～42日龄,复方组肉鸡的平均日增重显著提高（P<0.05）,蒲公英提取物组和复方组肉鸡料重比显著降低（P<0.05）;1～42日龄,试验组肉鸡的平均日增重均显著提高（P<0.05）,料重比均显著降低（P<0.05）。2）与对照组相比,42日龄时,丹参提取物组和复方组肉鸡胸腺指数显著提高（P<0.05）,且复方组肉鸡脾脏指数显著提高（P<0.05）。各试验组之间相比,复方组肉鸡42日龄脾脏指数显著高于蒲公英提取物组（P<0.05）;与对照组相比,试验组肉鸡21日龄血清免疫球蛋白A(IgA)、免疫球蛋白G(IgG)、免疫球蛋白M(IgM)含量和42...     

基于网络药理学和分子对接分析车前草防治畜禽腹泻的作用机制

为了运用网络药理学和分子对接技术分析车前草的药理活性及其防治畜禽腹泻的作用机制,本试验利用传统中药系统药理学分析平台(TCMSP)获得车前草的有效活性成分和靶点,利用Cytoscape 3.7.1软件构建车前草-活性成分-靶点网络;通过GeneCards和OMIM数据库查询腹泻疾病靶点,提取药物与疾病交集靶点;通过STRING数据库对交集靶点进行蛋白质相互作用网络(PPI)分析,使用Cytoscape 3.7.1软件进行可视化处理绘制PPI图;利用DAVID数据库对靶点进行富集分析;通过分子对接技术对有效活性成分和关键靶点进行对接验证。结果显示,车前草活性成分有木犀草素、黄芩素、豆甾醇、高车前素、6-羟基木犀草素、谷甾醇和黄芩苷,可作用于α-丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、肿瘤蛋白P53(TP53)、肿瘤坏死因子(TNF)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-3(CASP3)、白细胞介素6(IL-6)、表皮生长因子受体(EGFR)、细胞周期蛋白D1(CCND1)和基质金属蛋白酶9(MMP9)等关键靶点;GO功能富集分析显示与生物过程相关的条目154条,与细胞组分相关的条目55条,与分子功能相关...     

基于网络药理学探究中药黄连抗菌作用机制

试验旨在基于网络药理学方法探究中药黄连主要活性成分的抗菌作用机制。从TCMSP数据库筛选黄连有效成分及作用靶点,利用Uniprot数据库转化成相应靶点基因,将活性成分和靶点基因导入Cytoscape 3.6.1软件,构建活性成分-靶点网络图。再结合GeneCards数据库检索黄连抗菌相关靶点,将核心靶点基因上传至STRING平台,构建蛋白相互作用网络,最后,利用DAVID数据库对关键靶点进行GO生物学过程分析和KEGG通路富集分析。结果显示,黄连9种有效成分作用于105个抗菌靶点参与22条生物学过程（生物过程18条、分子功能3条、细胞组成1条）和19条相关信号通路。其中黄连的主要有效成分为槲皮素、氢化小檗碱、氧化小檗碱、小檗碱和巴马汀等;抗菌作用靶点为IL2、VCAM1、STAT1、NOS2、TGFB1、CASP9、MMP1、NFKBIA和CXCL10等;参与的生物学过程主要包括炎症反应、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调节、对脂多糖的反应、凋亡过程的负调节、细胞黏附等;主要作用于Toll样受体信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、NF-κB信号通路等。本试验结果表明,黄连可能通过槲皮素、小檗碱、巴马汀等活性成分作用于IL2、VCAM1、STAT1等关键靶标参与Toll样受体信号通路、TNF信号通路联合发挥抗菌作用,充分体现了黄连多成分、多靶点、多通路的抗菌作用机制,为进一步深入阐明黄连抗菌机制提供理论参考。     

基于网络药理学与分子对接探究青蒿增强鹅免疫功能的作用机制

研究旨在基于网络药理学研究日粮中添加青蒿提高鹅免疫功能的作用机制。通过Symmap数据库对青蒿的有效成分与作用靶点进行收集,通过Gene Card数据库搜寻免疫抑制的相关靶点,对两者交集靶点进行蛋白质互作分析(Protein-Protein Interaction Networks,PPI)、基因本体论(Gene Ontology,GO)、京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)途径富集分析;同时进行动物试验,对鹅生长性能及免疫相关指标进行检测。结果显示：通过数据库搜集获得179个青蒿提高鹅免疫功能的关键靶点,蛋白质互作分析显示CASP3、EGFR、IL-6、CCND1、JUN、ESR1、MAPK1、MDM2、VEGFA、GSK3B等核心靶点可能在青蒿提高鹅免疫功能的过程中起到关键作用;GO与KEGG富集分析结果显示,青蒿可能参与环加氧酶途径、DNA损伤诱导的蛋白磷酸化、肥大细胞趋化性的正向调节、一氧化氮的生物合成过程,通过p53信号通路、细胞凋亡、C型凝集素受体信号通路、VEGF信号通路、细胞衰老Toll样受...     

基于网络药理学的鹿茸调节免疫作用机制

运用网络药理学方法,探索鹿茸有效成分在免疫调节中的作用机制,在BATMAN-TCM数据库中筛选出鹿茸的有效成分并获得相应的目标信息,通过Genecards、0MIM得到免疫相关靶点信息,使用String平台建立蛋白相互作用网络,使用DAVID数据库对鹿茸调节免疫作用靶点进行GO富集分析和KEGG通路分析,利用R x64 3.4.3软件绘制GO、KEGG富集分析高级气泡图。结果表明：得到活性成分-免疫作用靶点33个,鹿茸涉及生物过程主要有炎症反应、蛋白质合成、癌症通路、NF-κB信号通路等。     

基于网络药理学预测青蒿缓解奶牛氧化应激的作用机制

运用网络药理学分析青蒿的药理成分及其作用网络,探讨其缓解奶牛氧化应激的作用机制。通过TCMSP数据库确定青蒿的化合物组成并筛选活性成分靶点,使用Uniprot找到对应靶点基因;OMIM、Gene Cards和CTD数据库查找与氧化应激(热应激)有关的病理靶点。用Venny 2.1对活性成分靶点与氧化应激疾病的靶点取交集后导入STRING数据库,建立蛋白质互作(PPI)网络并应用Cytoscape 3.9.1软件进行可视化处理及获取核心靶点。DAVID数据库对活性成分和氧化应激疾病的共同靶点基因进行GO功能注释和KEGG通路富集,应用Cytoscape软件构建成分-靶点-通路的网络图。结果表明,青蒿的化合物组成共筛选到19个活性成分及217个对应的靶点基因,氧化应激对应靶点基因共11 442个。成分与氧化应激交集靶点基因共有136个,Cytoscape筛选得到5种关键活性成分和33个关键靶点。PPI网络分析共得到11个核心靶点基因,GO功能注释细胞组分、生物学过程、分子功能各320、37、105个条目,KEGG通路富集分析得到170条通路。综上,青蒿可通过多成分、多靶点、多通路抗奶牛氧化...     

基于网络药理学和分子对接分析苦参碱抗PRRSV的作用机制

本研究旨在利用网络药理学及分子对接技术从抗炎角度探讨苦参碱抗猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的作用机制.利用PharmMapper 服务器和Genecards疾病数据库获得苦参碱发挥抗炎作用的潜在靶点;使用STRING在线分析平台结合Cytoscape软件构建靶蛋白相互作用(protein-protein inte...     

基于网络药理学技术探讨桑椹治疗便秘的作用机制

本文运用网络药理学方法探讨桑椹的主要活性成分、靶点,初步研究其治疗便秘的药理学作用机制,为进一步深入探讨其药理学作用提供新线索。通过检索数据库的方法筛选出桑椹的主要活性成分、靶点及便秘相关靶点,构建成分-靶点-疾病数据库,导入Cytoscape软件构建网络,获取靶点信息。筛选出关键靶点,利用String进行蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络构建,利用DAVID系统进行GO富集和通路富集分析。从TCMSP数据库中筛选得到桑椹活性成分12种,其作用靶点共370个;从Gene Cards和OMIM疾病相关靶点数据库中检索得到便秘相关靶点452个,取交集后得到桑椹治疗便秘作用靶点共211个。这些靶点主要涉及锌离子结合、氧化还原酶活性、液泡、药物反应与炎症应答等生物学过程,和PPAR信号通路、酒精性肝病、糖尿病并发症AGR受体信号通路、脂质与动脉粥样硬化及流体剪切应力与动脉粥样硬化多条信号通路。本研究发现,网络药理学方法初步揭示了桑椹治疗便秘的主要药理学机制。     

基于网络药理学探讨白龙散治疗鸡腹泻的作用机制

【目的】采用网络药理学技术与方法预测白龙散治疗鸡腹泻的物质基础、作用靶点和通路。【方法】通过中药系统药理学分析数据库TCMSP筛选中药复方白龙散中的白头翁、黄连、龙胆的有效活性成分及其潜在作用靶点。通过GeneCards和OMIM数据库检索鸡腹泻的相关疾病靶点。利用Venny平台获得药物和疾病的交集靶点。将交集靶点上传至STRING数据库进行分析,构建蛋白互作(PPI)网络图并获得关键靶点,并进一步对关键靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析。【结果】共筛选得到活性成分27个,药物靶点57个,疾病靶点4 207个;药物与疾病交集靶点45个。PPI网络发现原癌基因蛋白质C(MYC)、雌激素受体1(ESR1)、白细胞介素-6(IL-6)、G1/S-specific周期蛋白D1(CCND1)等45个蛋白可能是白龙散治疗鸡腹泻的关键靶点。GO功能富集分析确定了112个条目,KEGG通路富集分析确定了22条通路。【结论】中药复方白龙散主要通过槲皮素、山奈酚、异鼠李素等多个化学成分调控转录因子AP-1(JUN)、MYC、ESR1、IL-6等靶点,作用于细胞因子-细胞因子受体相互作用、肿瘤抑制蛋白(...     

基于网络药理学探究党参-甘草提取物增强断奶仔猪免疫功能的作用机制

【目的】基于网络药理学结合分子对接技术探究党参-甘草提取物对断奶仔猪免疫功能的影响及其作用机制。【方法】28日龄断奶仔猪随机分为对照组和党参-甘草低、中、高剂量组,每组12只,对照组饲喂基础饲粮,党参-甘草低、中、高剂量组分别在基础饲粮基础上添加0.5%、1%、1.5%党参-甘草提取物,连续饲喂28 d,统计各组断奶仔猪平均日增重、料重比,检测血清中IgA、IgM和IgG含量。通过TCMSP及SwissTargetPrediction数据库筛选党参-甘草潜在活性成分及其作用靶点,通过OMIM和GeneCards数据库检索免疫抑制相关靶点,获得党参-甘草增强免疫作用的潜在作用靶点,利用STRING数据库构建蛋白互作(PPI)网络,通过Metascape数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析。利用AutoDock 1.5.6和PyMOL软件对部分关键作用靶点进行分子对接验证和可视化处理,并对其结果进行验证。【结果】与对照组相比,党参-甘草提取物中剂量组断奶仔猪平均日增重、血清中IgA、IgM和IgG含量显著增加,料重比显著降低(P<0.05)。网络药理学研究表明,党参-甘草主要活性...     

基于网络药理学分析黄芪防控猪繁殖与呼吸综合征的物质基础及靶点信息

为揭示黄芪防控猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)的物质基础及靶点信息,采用网络药理学方法,从中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选黄芪的潜在活性成分、作用靶点,同时从比较毒理基因组学数据库(CTD)收集PRRS相关宿主基因,最后构建"活性成分-关键靶点"网络、蛋白互作网络,并进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果显示,从黄芪筛选出的17个潜在活性成分中,有14个潜在活性成分共计65个基因靶点与PRRS相关宿主基因交叉,其中槲皮素、山奈酚、刺芒柄花素、异鼠李素等潜在活性成分可能对治疗PRRS有重要作用,TNF、IL8、TP53、IL6、IL10、IL1B、JUN等45个蛋白靶点间存在相互作用。此外,黄芪治疗PRRS的作用机制可能涉及细胞外间隙和胞浆等组分,并可能与炎症反应、细胞凋亡、T细胞受体信号通路等生物过程相关。本研究为临床应用黄芪及其提取物治疗PRRS奠定了理论基础。     

维生素E对奶牛抗氧化功能的影响

用自制的维生素Ｅ（ＶＥ）胶囊饲喟亚临床维生素Ｅ缺乏的奶牛, ０ｄ,３０ｄ,６０ｄ对血清脂质过氧化产物丙二醛（ＭＤＡ）、超氧化物歧化酶（ＳＯＤ）和总抗氧化能力为Ｔ－ＡＯＣ）进行测定。结果发现：第３０天,第６０天血清ＳＯＤ、Ｔ－ＡＯＣ活性均高于对照组;血清ＭＤＡ含量明显低于对照组。这就提示维生素Ｅ具有很强的抗氧化能力。     

自由基与维生素E的抗氧化作用

维生素E是具有广泛生理功能的脂溶性维生素。自然界中存在着 8种形式的维生素E ,根据其侧链是否饱和 ,可分成生育酚和生育三烯两大类。而每一类又有α、β、δ、γ 4种形式。由于其结构的特殊性 ,维生素E是体内十分重要的阻断自由基链式反应的抗氧化剂。1　体内的自由基所谓自由基 (FreeRadicalFR)是指含有孤立的不成对价电子的原子或原子基团。在机体内 ,共价键断裂时 ,如果共用电子对均匀地分属两个原子或原子基团 ,从而产生含奇数电子的离子 ,就是自由基。即凡是发生单电子转移的反应都会产生自由基。体内的自由基以含氧自由基为主 ,…     

钒对肉用鸡血液抗氧化功能的影响

用150只1日龄AA肉鸡为动物模型，随机分为5个组，每组30只，每组3个重复，动态研究了日粮中不含量钒对肉用鸡血液氧自由基含量本底值、氧自由基含量峰值、血液主要抗氧化酶（SOD、GSH-Px及CAT)活性及脂质过氧化终末代谢产物丙二醛（MDA）含量的影响。结果表明，在常规饲料0.56678mg/kg钒）中添加1.0mg/kg钒对氧自由基代谢和抗氧化功能无促进作用；添加4.0mg/kg钒试验期45d后和添加16、64mg/kg钒可使肉用鸡血液氧自由基代谢紊乱，抗氧化功能受到损伤。