基于网络药理学与分子对接探究青蒿增强鹅免疫功能的作用机制

研究旨在基于网络药理学研究日粮中添加青蒿提高鹅免疫功能的作用机制。通过Symmap数据库对青蒿的有效成分与作用靶点进行收集,通过Gene Card数据库搜寻免疫抑制的相关靶点,对两者交集靶点进行蛋白质互作分析(Protein-Protein Interaction Networks,PPI)、基因本体论(Gene Ontology,GO)、京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)途径富集分析;同时进行动物试验,对鹅生长性能及免疫相关指标进行检测。结果显示：通过数据库搜集获得179个青蒿提高鹅免疫功能的关键靶点,蛋白质互作分析显示CASP3、EGFR、IL-6、CCND1、JUN、ESR1、MAPK1、MDM2、VEGFA、GSK3B等核心靶点可能在青蒿提高鹅免疫功能的过程中起到关键作用;GO与KEGG富集分析结果显示,青蒿可能参与环加氧酶途径、DNA损伤诱导的蛋白磷酸化、肥大细胞趋化性的正向调节、一氧化氮的生物合成过程,通过p53信号通路、细胞凋亡、C型凝集素受体信号通路、VEGF信号通路、细胞衰老Toll样受...     

基于网络药理学和分子对接探究山楂调节氧化应激的作用机制

【目的】运用网络药理学和分子对接方法研究山楂调节氧化应激的活性成分及潜在作用机制。【方法】通过TCMSP数据库检索山楂的化学成分及其作用靶点;在Uniprot数据库中对所得靶点进行标准基因名转化。利用GeneCards和OMIM数据库筛选氧化应激相关靶点。通过Venny 2.1.0软件获得山楂和氧化应激的交集靶点;借助STRING数据库和Cytoscape 3.8.0软件构建山楂-主要活性成分-靶点网络和蛋白-蛋白互作网络,筛选核心靶点,随后利用AutoDockTools 1.5.7和AutoDock Vina 1.1.2软件进行分子对接。应用DAVID数据库进行GO功能富集和KEGG通路注释分析,结果由Pymol软件进行可视化作图。【结果】筛选获得槲皮素、山奈酚、异鼠李素、豆甾醇、谷甾醇、表儿茶素等山楂的主要活性成分。基于主要活性成分和氧化应激分别筛选获得185和9 647个靶点,其中山楂与氧化应激交集靶点共171个,如丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶AKT(serine/threonine-protein kinase AKT,AKT1)、细胞肿瘤抗原p53(cellular tumor a...     

番茄红素缓解酮病奶牛氧化应激的作用

利用血酮仪选取40头临床型酮病奶牛作为试验组,一共分成4组。Ⅰ组为酮病对照组,Ⅱ组为饲喂番茄红素低剂量组(0.6 g/d),Ⅲ组为饲喂番茄红素中剂量组(1.2 g/d),Ⅳ组为饲喂番茄红素高剂量组(2.4 g/d),每组10头奶牛灌服7 d,另选取10头饲养条件相同的奶牛作为健康对照组。用试剂盒对各组奶牛血清中的氧化应激、肝功能以及能量代谢指标进行检测。结果显示,与酮病对照组相比,番茄红素低、中、高剂量组中,T-AOC、GSH-Px、CAT和SOD活性显著增长,MDA含量显著减少;GLU含量显著升高,而BHBA、BUN、ALP、ALT、AST、DBil含量显著降低。结果表明,番茄红素可以缓解酮病奶牛的氧化应激、能量负平衡以及肝脏损伤,为缓解奶牛酮病提供一条新的思路。     

基于网络药理学分析女贞子促进奶牛泌乳的作用机理

为探究女贞子促进奶牛泌乳的作用机理,本试验通过BATMAN数据库检索女贞子中化学成分与作用靶点,利用NCBI数据库、STRING 11.0数据库和Cytoscape 3.7.2软件构建了活性化合物-靶点网络、蛋白质相互作用(PPI)网络和靶点-通路网络.结果表明:从女贞子中共筛选出7个活性成分,181个相关靶点;PPI...     

基于网络药理学探究赪桐潜在抗奶牛乳房炎的作用机制

为了探究赪桐潜在防治奶牛乳房炎的作用机制,试验基于网络药理学,利用TCMSP数据库收集赪桐潜在抗奶牛乳房炎致病菌活性成分,在GeneCards数据库中收集与奶牛乳房炎致病菌相关的作用靶点。利用Cytoscape 3.8.2软件绘制赪桐活性成分与致病菌靶点网络图,通过将筛选到的致病菌靶点导入STRING数据库构建致病菌靶点相互作用网络,最后利用DAVID、Metascape数据库对各靶点进行GO功能注释和KEGG富集分析。结果表明:共得到赪桐潜在抗奶牛乳房炎活性成分11个,对应致病菌靶点86个;共得到97个节点,174条相互作用关系;去除游离的病菌靶点后,最终得到31个关键作用靶点。GO功能注释得到312条基因数量较大的功能注释,主要涉及细胞膜、原子核、蛋白质结合、基于转录正向调控过程、信号转导过程等。KEGG富集分析主要涉及蛋白结合通路、酶结合通路、ATP结合通路等。说明基于网络药理学预测,赪桐可通过多种活性成分作用于不同靶点,并通过调控炎症反应、氧化还原反应等过程达到防治奶牛乳房炎的目的。     

基于网络药理学探讨中药复方治疗奶牛子宫内膜炎的作用机制

【目的】 通过网络药理学对丹参、益母草、黄芩、连翘组成的中药复方进行分析,研究其有效成分治疗奶牛子宫内膜炎的潜在作用靶点,并对靶点作用通路的机制进行阐述。【方法】 利用TCMSP数据库筛选药物成分作用靶点,通过NCBI、GeneCard、geneMap、TTD、DrugBank查找奶牛子宫内膜炎的相关靶点,筛选出药物成分靶点与奶牛子宫内膜炎相关靶点的共有基因靶点,作为该中药复方治疗奶牛子宫内膜炎的预测靶点,并上传到STRING数据库建立蛋白互作(PPI)网络,通过Cytoscape 3.8.2软件根据连接度对PPI网络进行筛选,找到其核心靶点。运用Metascape数据库对核心靶点进行GO功能与KEGG通路富集分析。【结果】 从该中药复方中筛出有效活性成分133种,主要包括槲皮素、山奈酚、黄芩素、丹参酮ⅡA等,通过药物成分找到对应靶点蛋白292个,通过数据库找到奶牛子宫内膜炎的相关靶点130个,筛出中药复方治疗奶牛子宫内膜炎的预测靶点24个,其中核心靶点7个,包括肿瘤坏死因子、蛋白激酶、前列腺素内过氧化物合酶2等。GO功能富集分析得到生物过程20个条目、分子功能6个条目及细胞组分6个条目,生物过程包括脂多糖的反应、白细胞-细胞黏附的正向调节、对无机物的反应等;分子功能包括信号受体活性调节、转录辅激活子的结合、血红素结合等;细胞组分包括细胞膜筏、薄膜侧面、颗粒分泌腔等。KEGG通路富集分析涉及20个基因,参与调控的通路有9条,其中涉及基因较多的包括AGE-RAGE信号通路、癌症蛋白聚糖通路、血流剪切应力与动脉粥样硬化通路及Th17细胞分化通路。【结论】 该中药复方可能是通过调控肿瘤坏死因子、蛋白激酶、前列腺素内过氧化物合酶2等靶点,通过参与AGE-RAGE信号通路及Th17细胞的分化对奶牛子宫内膜炎产生治疗作用。     

抗氧化剂调控围产期奶牛氧化应激状态的作用机制研究进展

围产期奶牛极易发生由于能量摄入不足但输出加剧导致的能量负平衡（NEB）,而NEB的发生与奶牛在围产期形成的过氧化应激状态密切相关。过氧化应激造成的氧化损伤对奶牛的生产性能和健康危害巨大,通过营养调控手段缓解过氧化应激造成的氧化损伤是亟需解决的重要课题之一。抗氧化剂（AOX）主要包括酶类抗氧化剂和非酶类抗氧化剂,但酶类抗氧化剂的实践应用具有种种局限性,因此通过给围产期奶牛补充非酶类抗氧化剂,使其作用于各种酶类抗氧化剂间接缓解过氧化应激状态是一种有效的实施途径。本文从围产期奶牛的过氧化应激状态,AOX的生理功能与作用机制及过量添加非酶类抗氧化剂降低抗氧化系统能力等方面进行综述,为相关研究提供参考价值。     

基于网络药理学和分子对接探讨苦参碱在奶牛生产中的抗炎作用机制

本研究旨在应用网络药理学和分子对接技术探讨苦参碱在奶牛生产中的抗炎作用机制。登录中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库查找苦参碱的主要靶点,再登录PubChem以及PharmMapper数据库对苦参碱靶点进行补充,同时检索GeneCards和DisGeNET数据库获得炎症相关靶点,获取苦参碱与炎症交集靶点即为苦参碱治疗奶牛炎症的候选靶点;通过STRING数据库输入苦参碱抗炎交集靶点并构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,通过Cytoscape 3.9.1软件中的CytoNCA模块筛选该网络核心靶点,利用David数据库对苦参碱抗炎靶点进行基因本体（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。通过Autodock Tools软件对核心靶点以及活性成分进行分子对接。结果表明,苦参碱发挥抗炎作用的相关靶点有71个;PPI网络分析结果发现白蛋白（ALB）、肿瘤坏死因子（TNF）、MYC原癌基因碱性螺旋-环-螺旋转录因子（MYC）、半胱氨酸-天冬氨酸蛋白酶3(CASP3)、周期蛋白D1(CCND1)、CD44和白细胞介素-6(IL-6)是苦参碱抗炎作用的核心靶点...     

基于网络药理学分析桑叶增强鸡抗氧化功能的作用机制

利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)和herb数据库检索收集桑叶的化学成分和靶点,运用Cytoscape3.7.2软件、NCBI数据库、STRING数据库构建并分析桑叶化合物-靶点网络和蛋白质相互作用(PPI)网络,并对靶点进行GO富集和KEGG通路富集分析,藉以分析桑叶增强鸡抗氧化功能的作用机理。结果表明,共筛选到槲皮素、芦丁、山柰酚、β-谷甾醇、β-胡萝卜素和花生四烯酸等30个有效活性成分,这些成分作用于221个靶点。其中IL-6、VEGFA、EGF、INS、CAT、CASP3、CCND1、PTGS2、IL-1B和MMP9等为核心靶点。GO功能富集和KEGG通路分析显示靶点的作用涉及分子功能、生物过程和细胞组成3个方面,并参与到NOD样受体信号通路、过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路、Toll样受体信号通路、细胞凋亡等多条代谢通路。本研究表明,理论上桑叶基于IL-6、VEGFA、EGF、INS、CAT、CASP3、CCND1、PTGS2、IL-1B和MMP9等靶点可以调控鸡的抗氧化作用,为进一步的试验验证及桑叶作为抗氧化功能饲料添加剂的开发提供了启示。     

基于网络药理学和分子对接探究诃子鞣酸防治奶牛子宫内膜炎的作用机制

【目的】基于网络药理学结合分子对接技术探究诃子鞣酸防治奶牛子宫内膜炎的作用,并阐明其潜在机制。【方法】通过SwissTargetPrediction和PharmMapper数据库收集和预测诃子鞣酸的作用靶点,通过UniProt数据库标准化并去重。从OMIM和DRUGBANK数据库中获取奶牛子宫内膜炎相关基因并去重,绘制Venn图获取诃子鞣酸和奶牛子宫内膜炎交集靶点。使用STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,使用DAVID数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析。利用分子对接技术对KEGG通路富集分析后得到的关键通路靶点进行分子对接,以验证网络药理学分析结果的准确性。【结果】通过多个数据库检索及筛选获得诃子鞣酸潜在靶点基因333个,奶牛子宫内膜炎相关靶点基因342个,共有18个交集靶点。PPI结果显示,诃子鞣酸可能作用于前列腺素-内过氧化物酶合酶1(prostaglandin G/H synthase 1,PTGS1)、PTGS2、花生四烯酸12-脂氧合酶(arachidonate 12-lipoxygenase, ALOX12)、ALOX15等18个关键靶点。GO功能...     

奶牛氧化应激研究进展

高产奶牛更容易发生氧化应激,氧化应激可以导致生物学大分子和生物膜系统的破坏,并可以增加炎症反应时的组织损伤：奶牛氧化应激的产生除了与机体的生理状态、健康状况和饲料成分有关外,环境因素也会引起氧化应激。目前主要通过饲喂抗氧化添加剂来预防奶牛氧化应激。     

基于网络药理学与分子对接探究中兽药复方乳康颗粒治疗奶牛乳房炎的作用机制

【目的】探究中兽药复方乳康颗粒(RKG)治疗奶牛乳房炎的作用机制。【方法】通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)、中医药百科全书(ETCM)平台获取中兽药复方乳康颗粒中黄芪、王不留行、益母草的有效成分及靶点,利用Cytoscape v 3.7.2构建中兽药复方乳康颗粒中药-成分-靶点网络图,从NCBI、OMIM、GeneCards、MalaCards平台获取奶牛乳房炎靶点,使用Cytoscape v 3.7.2中的Bisogenet插件对中兽药复方乳康颗粒成分靶点及奶牛乳房炎的靶点进行综合分析,构建蛋白互作(PPI)网络图,并使用DAVID进行GO功能和KEGG通路富集分析,探讨其治疗奶牛乳房炎的作用机制。采用分子对接对网络药理学预测结果进行初步验证。【结果】通过网络药理学筛选出槲皮素、山奈酚、异鼠李素等23个中兽药复方乳康颗粒相关的活性成分,文献检索得到奶牛乳房炎相关靶点有肿瘤坏死因子(TNF)、Toll样受体4(TLR4)、白细胞介素17A(IL17A)等49个,通过Bisogenet插件对其进行PPI分析后得到中兽药复方乳康颗粒作用于奶牛乳房炎的关键靶点77个,涉及到靶点肿瘤蛋...     

奶牛乳腺炎防治的免疫学和药理学机制

奶牛乳腺炎是一种复杂的多因素疾病，给世界各国奶牛业造成了巨大的经济损失，而至今未能提出一个彻底解决的办法。本文综述了奶牛乳腺炎的致病因素、乳腺的免疫机制和乳腺炎治疗的药理学机制方面的研究进展，重点剖析了乳腺特殊的免疫体系和乳腺炎治疗的药理学特点，分析阐明了奶牛乳腺炎免疫和治疗失败的原因。     

硒对奶牛热应激的缓解及其作用机制研究进展

当奶牛处于热应激的高温环境下,机体易发生氧化应激损伤和各种炎症反应,进而表现出产奶量和乳品质的降低,造成严重的经济损失。硒是反刍动物必需的微量元素,参与机体抗氧化、抗炎功能的调控,具有缓解奶牛热应激的能力。本文综述了热应激对奶牛的危害及其防治措施、饲粮添加硒对奶牛的影响及其对热应激的缓解,并从机体氧化应激-炎症反应-免疫功能三方联动的角度总结了硒缓解奶牛热应激可能的作用机制,以期为生产中奶牛热应激的防治及硒产品的合理使用提供参考。     

基于网络药理学探究中药黄连抗菌作用机制

试验旨在基于网络药理学方法探究中药黄连主要活性成分的抗菌作用机制。从TCMSP数据库筛选黄连有效成分及作用靶点,利用Uniprot数据库转化成相应靶点基因,将活性成分和靶点基因导入Cytoscape 3.6.1软件,构建活性成分-靶点网络图。再结合GeneCards数据库检索黄连抗菌相关靶点,将核心靶点基因上传至STRING平台,构建蛋白相互作用网络,最后,利用DAVID数据库对关键靶点进行GO生物学过程分析和KEGG通路富集分析。结果显示,黄连9种有效成分作用于105个抗菌靶点参与22条生物学过程（生物过程18条、分子功能3条、细胞组成1条）和19条相关信号通路。其中黄连的主要有效成分为槲皮素、氢化小檗碱、氧化小檗碱、小檗碱和巴马汀等;抗菌作用靶点为IL2、VCAM1、STAT1、NOS2、TGFB1、CASP9、MMP1、NFKBIA和CXCL10等;参与的生物学过程主要包括炎症反应、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调节、对脂多糖的反应、凋亡过程的负调节、细胞黏附等;主要作用于Toll样受体信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、NF-κB信号通路等。本试验结果表明,黄连可能通过槲皮素、小檗碱、巴马汀等活性成分作用于IL2、VCAM1、STAT1等关键靶标参与Toll样受体信号通路、TNF信号通路联合发挥抗菌作用,充分体现了黄连多成分、多靶点、多通路的抗菌作用机制,为进一步深入阐明黄连抗菌机制提供理论参考。     

基于网络药理学的鹿茸调节免疫作用机制

运用网络药理学方法,探索鹿茸有效成分在免疫调节中的作用机制,在BATMAN-TCM数据库中筛选出鹿茸的有效成分并获得相应的目标信息,通过Genecards、0MIM得到免疫相关靶点信息,使用String平台建立蛋白相互作用网络,使用DAVID数据库对鹿茸调节免疫作用靶点进行GO富集分析和KEGG通路分析,利用R x64 3.4.3软件绘制GO、KEGG富集分析高级气泡图。结果表明：得到活性成分-免疫作用靶点33个,鹿茸涉及生物过程主要有炎症反应、蛋白质合成、癌症通路、NF-κB信号通路等。     

非酯化脂肪酸对奶牛氧化应激的诱导作用及其机制

处于围产期的奶牛由于能量负平衡引起脂质动员,导致大量非酯化脂肪酸(NEFA)释放进入肝脏和血液。当NEFA处于较高浓度时,可改变机体抗氧化系统与氧化系统的平衡状态,并激活核因子κB信号通路及丝裂原活化蛋白激酶信号通路,同时也会抑制核因子E2相关因子2信号通路的活化,诱发机体炎性损伤,最终诱导奶牛产生氧化应激,从而直接影响奶牛养殖业的经济效益。本文主要综述了NEFA对围产期奶牛氧化应激的诱导作用及其机制的研究进展,旨在为奶牛生产中缓解氧化应激、提高免疫机能及促进生产性能的发挥提供理论依据。     

基于网络药理学预测大黄发挥清热解毒作用的质量标志物

本研究基于网络药理学预测大黄发挥清热解毒作用的质量标志物。利用TCMSP数据库、Swiss Target Prediction服务器等筛选大黄的主要活性成分并预测其发挥清热解毒潜在作用靶点及其通路。结果表明：大黄主要通过泽兰黄醇、番泻苷、大黄酸、β-谷甾醇等14种化合物,作用于287个靶点,其中SRC、TP53、JUN、HSP90AA1、ESR1为核心靶点;主要通过钙离子、花生四烯酸代谢、TRP通道炎性介质调节等信号通路发挥清热解毒作用。由此预测到大黄发挥清热解毒作用的质量标志物为番泻苷、大黄酸,为其作用机制的进一步研究奠定了基础。     

基于网络药理学技术探讨桑椹治疗便秘的作用机制

本文运用网络药理学方法探讨桑椹的主要活性成分、靶点,初步研究其治疗便秘的药理学作用机制,为进一步深入探讨其药理学作用提供新线索。通过检索数据库的方法筛选出桑椹的主要活性成分、靶点及便秘相关靶点,构建成分-靶点-疾病数据库,导入Cytoscape软件构建网络,获取靶点信息。筛选出关键靶点,利用String进行蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络构建,利用DAVID系统进行GO富集和通路富集分析。从TCMSP数据库中筛选得到桑椹活性成分12种,其作用靶点共370个;从Gene Cards和OMIM疾病相关靶点数据库中检索得到便秘相关靶点452个,取交集后得到桑椹治疗便秘作用靶点共211个。这些靶点主要涉及锌离子结合、氧化还原酶活性、液泡、药物反应与炎症应答等生物学过程,和PPAR信号通路、酒精性肝病、糖尿病并发症AGR受体信号通路、脂质与动脉粥样硬化及流体剪切应力与动脉粥样硬化多条信号通路。本研究发现,网络药理学方法初步揭示了桑椹治疗便秘的主要药理学机制。     

茶多酚对氧化应激诱导的奶牛疾病的调控作用北大核心

围产期奶牛经历妊娠、分娩、泌乳以及高精料饲喂等一系列代谢应激及外部环境的变化,极易诱发奶牛机体产生氧化应激,进而导致抗氧化功能下降及免疫功能失调,诱发奶牛产生代谢病和炎性疾病。因此,缓解奶牛机体的氧化应激是实现奶牛高生产力的有效方式。茶多酚作为一种绿色无公害的天然抗氧化剂,将其合理地添加到奶牛的日粮中,能够提高奶牛机体的抗氧化性,有效缓解因氧化应激出现的炎性反应、免疫功能失调等问题。文章围绕由氧化应激引起的围产期奶牛代谢病和炎性疾病的发病机制以及茶多酚的调控作用进行综述,旨在为后续在奶牛生产中应用茶多酚提供思路。