永登七山羊全基因组选择信号检测分析

旨在检测永登七山羊群体基因组选择信号,挖掘永登七山羊有价值的种质特性基因。本研究以4个绵羊群体(永登七山羊、岷县黑裘皮羊、兰州大尾羊和滩羊)共40个个体为研究对象,利用简化基因组测序(specific-locus amplified fragment sequencing, SLAF-seq)技术检测全基因组范围内的单核苷酸多态性位点(SNPs)。基于SNPs数据集,通过elgensoft软件进行主成分分析;运用Treemix软件分析基因流事件;利用群体遗传分化指数(Fst)和核苷酸多样性比值(πratio)进行全基因组选择性清除分析,取top 5%Fst和πratio的交集以确定基因组受选择区域,并对候选基因进行GO和KEGG富集分析。结果共得到1 658 596个群体SNPs;主成分分析(PCA)发现永登七山羊能够独立分群,基因流表明永登七山羊和兰州大尾羊存在较弱的基因交流。以永登七山羊为试验群体,岷县黑裘皮羊、兰州大尾羊和滩羊为参考群体进行选择清除分析,3个比较组的受选择区域分别检测出424、294、301个候选基因;GO和KEGG分析结果表明,候选基因分别显著富集在65、79、...     

兴国灰鹅微卫星标记的遗传多样性分析

为了解兴国灰鹅的遗传多样性,揭示其群体遗传结构,利用10个微卫星标记对兴国灰鹅进行哈代-温伯格平衡(HW)检验,统计群体基因频率、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)、等位基因(Na)和有效等位基因(Ne)等。结果显示:10个微卫星标记位点共检测到30个Na,其中Ne为20.549个;Ho、He及PIC值最高的标记为CKW21,分别为0.700、0.734 5、0.679 5;群体平均Ho为0.384、He为0.477 5,平均PIC为0.411 1,表明兴国灰鹅遗传多样性丰富;经HW检验,兴国灰鹅在10个标记位点中存在3个不平衡点,表明群体的遗传结构处于一个逐渐不平衡的状态。     

利用微卫星标记分析广西六画山鸡群体遗传结构

为探讨广西六画山鸡的群体遗传结构,利用微卫星标记技术分析18个微卫星位点的多态信息含量(PIC)、有效等位基因数(Ne)、期望杂合度(He)和观察杂合度(Ho),利用卡方检测群体在18个位点的平衡状态。结果显示,广西六画山鸡群体的平均PIC为0.4945;平均Ne为2.4787个;平均He为0.5537;平均Ho为0.5182。18个微卫星位点有4个位点处于Hardy-weinberg不平衡状态(P0.05)。说明广西六画山鸡具有较丰富的遗传多样性,具有继续保种价值和开发潜力。     

新疆南疆7个地方绵羊品种遗传多样性的微卫星分析

利用14对微卫星引物,以新疆南疆7个地方绵羊群体作为研究对象,分析了7个绵羊品种的遗传多样性。通过计算基因频率、平均杂合度(H)、多态信息含量(PIC)、有效等位基因数(Ne),并根据Nei氏标准遗传距离,进行聚类分析。结果表明:绵羊群体的PIC为0.692,H为0.725,所有位点平均8.4个等位基因,平均4.48个有效等位基因,各绵羊品种聚类结果与其来源、育成史和地理分布基本一致。     

基于70 K SNP芯片分析济宁青山羊保种群体的遗传结构

旨在探究山东济宁青山羊保种群体的遗传多样性、亲缘关系及家系结构。本研究利用Illumina 70 K Goat SNP芯片对40只成年济宁青山羊全基因组范围内的SNP进行检测，利用Plink软件、GCTA工具和R语言，对济宁青山羊的遗传结构、亲缘关系和近交系数进行分析，以期揭示个体之间的亲缘关系。结果共得到67 088个SNPs,个体的基因型检出率达到了98%以上；通过Plink(V1.90)软件质控，过滤掉一个样本，剩余的SNPs有57 991个，其中85.5%的SNPs具有多态性；各位点平均有效等位基因数为1.697,平均多态信息含量(PIC)为0.283,最小等位基因频率(MAF)为0.293,群体平均观察杂合度(Ho)为0.409,平均期望杂合度(He)为0.418;济宁青山羊保种群体的平均状态同源(IBS)遗传距离为0.333 4。23只种公羊的平均IBS遗传距离为0.330 3,IBS遗传距离和G矩阵结果均表明部分种羊之间有亲缘关系。在40只个体中共检测到347个长纯合片段(ROH),基于ROH值计算的群体平均近交系数为0.047 9,近交程度低，群体遗传多样性丰富。基于I...     

云南肉山羊黑色品系遗传结构的微卫星分析

应用微卫星技术对云南肉山羊黑色品系两个群体(石林群体和寻甸群体)、两个育种素材(云岭黑山羊和努比山羊)及对照群(萨能奶山羊)基因组DNA进行了11个微卫星位点多态性分析,以期为云南肉山羊黑色品系的选育提高及开发利用提供依据.结果表明:各群体平均期望杂合度(He)和平均多态信息含量(PIC)均在0.5以上,表明5个研究群体遗传多样性丰富,其中云南肉山羊黑色品系石林群体He和PIC值在5个群体中居最高,表明这个群体遗传多样性最为丰富;遗传分化的研究表明云南肉山羊黑色品系石林群体与寻甸群体之间存在着最大的基因流(Nm=18.981)、最高的遗传一致度(0.906)、最小的遗传分化系数(Fst=0.013)及最小的遗传距离(0.099),UPGMA聚类图也显示二者最后聚为一支,说明二者遗传结构基本一致,可归为同一类群体;UPGMA聚类图还显示云南肉山羊黑色品系两个群体(石林与寻甸)与育种素材努比山羊关系最近,与另一育种素材云岭黑山羊关系稍远,而与对照群萨能奶山羊的关系最远,分属于不同的两个分支.     

云南地方绵羊品种遗传多样性的微卫星分析

利用29个微卫星标记,对云南4个地方绵羊品种遗传多样性进行了检测,统计了各品种的等位基因频率,计算了遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和群体间的遗传距离。结果表明,29个微卫星位点除BM1206为中度多态,BM315为低度多态外,其余位点均为高度多态,各绵羊品种PIC值都在0.8左右,有较丰富的遗传多样性。     

凤头白鸭与连城白鸭的群体遗传多样性分析

为系统地评价、保护凤头白鸭资源的遗传多样性,进一步对其开发利用,本研究利用12个微卫星位点(STR分型技术)对凤头白鸭与连城白鸭(各60只)2个群体的遗传多样性参数进行检测和计算。结果表明:除位点AJ272578以外,凤头白鸭群体在APL2、AJ272577、AJ272579、AJ515884、APH01、AY493256、AY4932898、CMO11等8个STR位点上的等位基因多于连城白鸭,在AJ515887、AJ515893、AY493313等3个位点上与连城白鸭相等;凤头白鸭群体的有效等位基因数(Ne)、期望杂合度(He)、观察杂合度(Ho)、多态信息含量(PIC)均大于连城白鸭;2个群体的群体内近交系数(Fis)分别为-0.02、0.09,凤头白鸭群体表现为杂合子过剩。综上,凤头白鸭群体的遗传多样性较连城白鸭更为丰富。     

云南肉山羊黑色品系遗传结构的微卫星分析

应用微卫星技术对云南肉山羊黑色品系2个群体(石林群体和寻甸群体)、2个育种素材(云岭黑山羊和努比山羊)及对照群(萨能奶山羊)基因组DNA进行11个微卫星位点多态性分析,以期为云南肉山羊黑色品系的选育提高及开发利用提供依据。结果表明:各群体平均期望杂合度(He)和平均多态信息含量(PIC)均在0.5以上,表明5个研究群体遗传多样性丰富,其中云南肉山羊黑色品系石林群体He和PIC值在5个群体中最高;遗传分化的研究表明云南肉山羊黑色品系石林群体与寻甸群体之间存在着最大的基因流(Nm=18.981)、最高的遗传一致度(0.906)、最小的遗传分化系数(Fst=0.013)及最小的遗传距离(0.099);UPGMA聚类图也显示二者最后聚为一支,说明二者遗传结构基本一致,可归为同一类群体;UPGMA聚类图还显示云南肉山羊黑色品系2个群体(石林与寻甸)与育种素材努比山羊关系最近,与另一育种素材云岭黑山羊关系稍远,而与对照群萨能奶山羊的关系最远,分属于不同的2个分支。     

利用微卫星标记分析长白山中华蜜蜂遗传多样性

利用21对微卫星标记对吉林长白山中华蜜蜂群体遗传多样性进行分析,共检测到39个等位基因,等位基因数目从1~5不等。平均等位基因数为1.8571;所有位点的平均期望杂合度(He)和平均多态信息含量(PIC)值分别为0.2068和0.1679。表明长白山中华蜜蜂群体遗传多样性较低。     

基于微卫星分子标记评估广西东兰乌鸡异地保种效果

为了探讨广西东兰乌鸡异地小群体保种的效果,本研究利用21对荧光标记微卫星引物对广西东兰乌鸡原产地和广西壮族自治区畜牧研究所保种场(异地)群体的群体有效等位基因数(Ne)、观察杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、Nei′s期望杂合度和多态信息含量(PIC)进行了分析。结果显示:广西乌鸡原产地保种群体Ne、Ho、He、Nei′s期望杂合度和PIC分别为3.7784、0.6685、0.7004、0.6931和0.6468,异地保种群体的相应各指数分别为3.4046、0.6553、0.678、0.6692和0.6202。所有指数在原产地和异地群体中差异均不显著(P0.05)。研究提示广西地方鸡品种采取异地小群体保种的方法是可行的。     

摩拉水牛二酰甘油酰基转移酶2基因的多态性检测

本研究旨在检测水牛二酰甘油酰基转移酶2(diacylglycerolacylt-ransferase,DGAT2)基因的单核苷酸多态性(SNP),探究摩拉水牛多态性位点的群体遗传特征。以广西水牛研究所的57头摩拉水牛为材料,PCR扩增DGAT2基因的部分序列(外显子2及内含子2、3),通过常规测序法检测其SNP,并运用遗传多样性分析软件(POPGENE)和SPSS软件对群体的多态性位点进行基因频率、基因型频率、多态信息含量(PIC)、有效等位基因数(Ne)及遗传杂合度(He)的检测。结果表明,在摩拉水牛DGAT2基因外显子2和内含子2、3上共发现了9个SNPs位点(IVS2.54GA、IVS2.158AG、EVS2.191AG、EVS2.228AG、IVS3.311CT、IVS3.444AG、IVS3.451AC、IVS3.466CT、IVS3.521CT),其中EVS2.191AG位点的突变导致氨基酸由异亮氨酸突变为缬氨酸,突变位点间存在一定程度的连锁遗传但接近连锁平衡状态。从基因频率上看,IVS2.158AG、EVS2.191AG、IVS3.311CT、IVS3.451AC、IVS3.466CT和IVS3.521CT 6个SNPs位点的两个等位基因频率有较大差异,提示等位基因频率较大的基因个体可能更适合生存。9个SNPs位点在摩拉水牛品种上多处于高度多态,杂合度在0.1744~0.4975之间,说明摩拉水牛群体中DGAT2基因遗传多态性丰富,具有较大的育种价值和性状改良潜力。     

利用微卫星标记对7个山羊品种的遗传多样性研究

为了研究小香羊与相邻产区山羊品种之间的亲缘关系,利用7个微卫星位点,以波尔山羊为对照,对中国6个山羊群体进行了遗传检测,计算了各品种群体的等位基因频率、平均杂合度(He)、平均多态信息含量(PIC)和平均有效等位基因数(Ne),同时分析了各品种群体内和群体间的遗传变异,并根据遗传距离进行了NJ聚类。结果表明,各群体的He、PIC、Ne分别为0.778~0.823、0.766~0.809、4.707~5.767;川东黑山羊和川东白山羊聚为一类,乌羊和南江黄羊聚为一类,其次是马头山羊、小香羊,最后是波尔山羊。微卫星标记分析结果与它们的地理分布及品种形成相一致。     

南京地区圈养黄颊长臂猿核心种群的遗传多样性分析

黄颊长臂猿属于IUCN濒危物种,仅分布于老挝、越南和柬埔寨。该物种微卫星的研究尚未报道。本研究,对黄颊长臂猿SSR位点进行筛选,并对南京地区圈养黄颊长臂猿种群进行了遗传多样性分析,统计了等位基因数、有效等位基因数,计算了群体杂合度、多态信息含量(PIC)、亲缘系数等参数。结果显示,共获得黄颊长臂猿11个多态性微卫星位点,等位基因数在2—5之间,多态信息含量为0.175—0.701,观测杂合度(Ho)为0.067—0.8,期望杂合度(He)为0.191—0.770,其个体间亲缘系数普遍偏高。该圈养群体遗传多样性属于中度多态,为圈养种群的科学化管理提供依据。     

两个黄河鲤鱼群体遗传多样性的微卫星标记分析

为了给河南黄河鲤鱼的遗传资源提供较为准确的基础数据,对其种质资源进行保护和利用,研究利用微卫星标记技术,以河南黄河鲤鱼的人工养殖群体和野生群体为试验对象,对黄河鲤鱼进行遗传多样性分析。结果表明:两个黄河鲤鱼群体在6个微卫星位点上均检测出16个等位基因。人工养殖和野生鲤鱼群体平均有效等位基因数(Ne)分别为2.350和2.085。对人工养殖群体、野生群体和将两个群体混合进行计算分析后,各群体的无偏观测杂合度(Ho)分别为0.614,0.576和0.601,无偏期望杂合度(He)分别为0.569,0.535和0.559;多态信息含量(PIC)的平均值分别为0.474,0.428和0.468,6个位点的PIC为0.304~0.864。对两个不同鲤鱼群体的6个微卫星位点的遗传分化分析结果显示,除了微卫星位点HLJ483上的遗传分化系数(Fst)大于0.05外,其余位点的Fst均小于0.05,符合种群间无遗传分化的标准(Fst=0~0.05),6个位点Fst的平均值为0.02,各个位点基因流(Nm)均大于1,其平均值为12.202。说明本研究采用的两个黄河鲤鱼群体的遗传多样性较为丰富,其遗传种质资源目前尚处于安全状态。     

新疆13个绵羊群体遗传多样性及遗传分化的研究

利用10个微卫星标记对新疆13个绵羊群体的遗传多样性和遗传分化进行了分析.通过计算多态信息含量(PIC)、平均杂合度(H)、群体内近交系数(Fis)、遗传分化系数(Fst)、总群体近交系数(Fit)和基因流(Nm)等参数,评估各品种遗传多样性和品种间遗传分化.结果表明:13个绵羊群体10个微卫星标记的平均多态信息含量为...     

中国美利奴(新疆军垦型)羊遗传多样性的微卫星分析

利用6个微卫星标记,采用PCR扩增,对200只中国美利奴(新疆军垦型)羊基因组DNA的遗传多样性进行了检测。统计了各位点的多态信息含量(PIC)、遗传杂合度(H)、有效等位基因数(E)和基因纯合率(Rh)等遗传指标。结果表明:除BMS772(PIC=0.2571)为中度多态外,其余微卫星位点均为高度多态;群体的平均PIC、H、E、Rh分别为0.5446、0.5684、2.5695和0.6165,此品种绵羊基因多态性和遗传多样性相对贫乏,而基因纯合率相对较高;只有BM6506位点处于哈代-温伯格平衡(P>0.05)。     

贵州白山羊PRDM16基因表达及多态性与生长性状关联分析

为了分析贵州白山羊PRDM16(Positive Regulatory Domain Containing 16,PRDM16)基因表达水平及核苷酸变异位点（SNPs）与生长性状的关联性，本研究利用混合池测序筛选PRDM16基因变异位点，采用PopGene 32.0软件计算等位基因频率、基因型频率、遗传纯合度（Ho）、遗传杂合度（He）、有效等位基因数（Ne）和Hardy-Weinberg平衡状态；应用PIC软件计算多态性信息含量（PIC），应用RT-PCR检测PRDM16基因在不同性别白山羊背最长肌中表达水平；应用MINTAB软件分析核苷酸变异与生长性状的关联性。结果表明，贵州白山羊PRDM16基因P2区存在1个核苷酸变异位点g.342 A/G，且该位点的Ho高于He,PIC检测为中度多态，偏离Hardy-Weinberg平衡状态。RT-PCR结果表明，PRDM16基因mRNA在母羊背最长肌中的表达水平显著高于公羊。关联分析表明，贵州白山羊PRDM16基因g.342 A/G位点变异与胸围显著相关，存在等位基因A的群体具有更高的胸围指标，且等位基因间存在协同效应，杂合型群体AG较纯合型...     

福建黄兔15个微卫星标记的遗传多态性研究

为了分析福建黄兔的遗传多态性,采用微卫星DNA标记技术,检测25只福建黄兔在15个微卫星位点上的遗传变异情况,统计了等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、观察杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、香隆信息指数(I)和多态信息含量(PIC)。结果表明:福建黄兔在15个微卫星位点共检测到97个Na,Ne为3.741 4±1.641 4,Ho为0.289 7±0.103 2,He为0.696 1±0.101 2,I为1.467 7±0.345 0,PIC为0.658 5±0.110 3,其中有7个位点处于哈迪-温伯格平衡状态(P0.05);福建黄兔除了在12L1E11和Sol44微卫星位点呈现中度多态外,其余的13个微卫星位点均呈现高度多态。说明福建黄兔在这15个微卫星位点呈现较丰富的遗传多态性。     

中国地鼠微卫星DNA引物的设计及筛选

本研究旨在筛选中国地鼠微卫星位点,为中国地鼠遗传分析提供遗传标记。根据建立的中国地鼠微卫星富集文库,对筛选的含微卫星DNA序列的克隆应用引物设计软件Primer 3.0设计引物135对,选择合成11对理论上易出现影子带的引物,用20个中国地鼠个体对这些引物进行了评估。结果显示,11对引物均能扩增出谱带,这11条带的平均多态信息含量(PIC)为0.4195,平均观察杂合度(Ho)为0.3895,平均期望杂合度(He)为0.4565,每个位点的平均等位基因数为5.818。筛选出的微卫星位点均可用于中国地鼠种群遗传结构分析,这将为中国地鼠品种选育、种系评估提供更多的微卫星遗传标记信息。