松辽黑猪背最长肌持水力相关基因的分析

为探讨松辽黑猪背最长肌持水力的分子遗传学机理,利用基因芯片技术对松辽黑猪群体内背最长肌持水力高和低的个体进行了转录分析,利用实时定量PCR对部分转录差异基因进行了检测。差异表达分析显示,共有657个基因显著变化;差异基因经G分类显示,主要参与脂肪细胞因子信号通路、胰岛素信号传导、氨基酸代谢、脂类代谢等生物学过程;所验证的PGM1、PPARGC1α、CXCL14基因与芯片结果基本一致。     

民猪和大白猪背最长肌差异表达基因的筛选与注释

为了筛选民猪和大白猪背最长肌中的差异表达基因,本研究采用高通量测序技术,构建了民猪(脂肪型)和大白猪(瘦肉型)背最长肌组织的数字基因表达谱,对差异表达的数字基因进行了筛选与注释,并进行了GO和通路的功能显著性富集分析.结果表明,民猪和大白猪分别获得5 000 000多条可用的标签数据(Clean tag),其中拷贝数大于100的标签所占比例最高,分别为88.62％和84.62％;完全比对到正义链上,且1个标签仅比对到1个基因的分别为2 351 788和2 388 175条.以大白猪为对照组,民猪与之相比,差异倍数在2倍以上的共有1 098个基因,其中44个上调表达,1 054个下调表达,有11个基因只在民猪中表达,256个基因只在大白猪中表达,差异表达基因中包括多个与肌内脂肪含量、脂类代谢、肉色、嫩度和肌肉生长发育相关的基因或转录子.民猪和大白猪分别预测到了23 853个和34 731个定位在猪基因组不同位置的新转录本,其中包含存在1个碱基错配的标签.民猪和大白猪之间的差异基因在细胞所处位置方面显著富集的条目有细胞质、膜旁细胞器、色素粒、水解性液泡、部分细胞内等共计18个;在基因分子功能方面显著富集的条目有蛋白结合和氧化还原酶活性2个;在参与的生物过程方面显著富集的条目有对压力的应答、对活性氧的应答和羧酸代谢过程等14个.显著富集的通路共计11个,按照P值从小到大的顺序,溶酶体、PPAR信号通路和胆汁酸合成通路为差异最显著的3个通路.本研究结果可为今后挖掘新基因和研究影响猪肉品质的遗传因素等提供理论依据.     

利用RNA-seq技术筛选火毛撒坝猪和杜洛克猪背最长肌差异基因

本研究旨在利用RNA-seq技术研究中国地方猪种火毛撒坝猪优良性状的分子机制,发掘和鉴定地方猪种肉质性状和适应性的主效基因.屠宰火毛撒坝猪和杜洛克猪各4头,取背最长肌组织提取RNA,使用转录组测序筛选出差异表达的基因后进行GO和KEGG分析,研究了火毛撒坝猪和杜洛克猪2个猪种间3683个差异显著表达基因.结果表明,在富...     

苏姜猪不同生长阶段背膘组织差异表达基因及其调控通路分析

【目的】比较苏姜猪背膘组织生长发育过程中基因表达谱的差异,挖掘影响背膘组织生长发育的关键基因。【方法】选择1、3、6和8月龄(M1、M3、M6、M8)4个生长时期苏姜猪背膘组织进行高通量转录组测序,组成3个比对组(M1 vs M3、M3 vs M6、M6 vs M8)进行差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs)的筛选,并进行功能富集和表达趋势分析。【结果】转录组测序显示,M1 vs M3、M3 vs M6、M6 vs M8组分别筛选到1 869、296、1 257个DEGs。功能富集显示,Wnt信号通路、细胞外基质-受体相互作用等信号通路在M1 vs M3组表现活跃,PI3K-Akt信号通路、AMPK信号通路、丁酸代谢、柠檬酸循环等信号通路在M6 vs M8组表现活跃。基因表达趋势分析显示,富含半胱氨酸的酸性分泌蛋白(secreted protein, acid and rich in cysteine, SPARC)、组织蛋白酶S(recombinant cathepsin S,CTSS)、Kruppel样因子7(Kruppel-lik...     

民猪,北京黑猪及长白猪背最长肌还原糖含量测定

东北民猪２１头（１１１０）、北京黑猪３３头（１７１６）及长白猪２２头（１１１１）在相近的条件下饲养至９０千克体重进行屠宰取样，测定还原糖含量。结果表明，长白猪、北京黑猪及民猪背最长肌还原糖含量分别分０．２３１９±０．０２２０、０．１８４８±０．０１９８及０．２２４４±０．２３７４毫克／克，相互之间差异不显著（Ｐ＞０．０５）。公母猪个体还原糖含量分别为０．２２３８±０．０１６７及０．２０３６±０．０１９１毫克／克，相互之间也没有显著差异（Ｐ＞０．０５）。     

北京黑猪DKK3和CCR1基因多态性检测及其与背膘厚的关联分析

旨在探讨DKK3和CCR1基因多态性及其对北京黑猪背膘厚的影响,以期能够筛选出可用于提高北京黑猪背膘厚性状的分子标记,为北京黑猪优良性状定向选育提供依据。本研究以413头健康的北京黑猪为试验材料,对其进行DNA提取、PCR扩增、基因测序筛选候选基因的SNPs,同时利用SAS 9.2软件对突变位点的不同基因型分别与北京黑猪的六七肋背膘厚和腰荐部背膘厚进行关联分析。结果显示,在北京黑猪DKK3基因的外显子区共检测到10个SNPs,包含1个可变剪切突变、1个错义突变和8个3'UTR突变,其中有4个3'UTR突变位点均与腰荐部背膘厚显著关联(P<0.05),分别为g.47443779 T>C、g.47444258 C>T、g.47444912 G>T和g.47445304 T>C,其余位点与六七肋背膘厚和腰荐部背膘厚均不显著关联(P>0.05)。在CCR1基因的外显子区共检测到3个SNPs,包含2个同义突变和1个错义突变,其中1个同义突变位点g.29229037 G>A与六七肋背膘厚显著关联(P<0.05)。对DKK3的10个SNPs进行连锁不平衡分析,结果显示,g.47443779 T>C和g.47443783 C>T处于完全连锁状态(D’=1),g.47443783 C>T和g.47443858 C>T处于完全连锁状态(D’=1),g.47444258 C>T和g.47444275 C>T呈现高度连锁状态(D’=0.98)。综上所述,DKK3和CCR1基因的SNPs分别与北京黑猪的腰荐部背膘厚和六七肋背膘厚有显著关联性,可为北京黑猪背膘厚的早期分子选育提供参考。     

不同品种绵羊背最长肌PRKAG3和LPL基因的表达差异

选取体重接近的鄂尔多斯细毛羊与昭乌达肉羊各5只,屠宰后取背最长肌检测肌内脂肪含量,用荧光实时定量PCR法检测肌肉PRKAG3和LPL基因mRNA表达水平,分析其与肌内脂肪含量的关系.结果表明,鄂尔多斯细毛羊背最长肌IMF含量显著高于昭乌达肉羊(P＜0.01);鄂尔多斯细毛羊LPL基因mRNA的表达量与鄂尔多斯细毛羊的IMF含量呈负相关(-0.44);PRKAG3基因mRNA的表达量与昭乌达肉羊的IMF含量呈负相关(-0.42),但差异均不显著;鄂尔多斯细毛羊和昭乌达肉羊背最长肌PRKAG3基因mRNA的表达量差异不显著,而鄂尔多斯细毛羊LPL基因mRNA的表达量显著高于昭乌达肉羊(P＜0.01).     

不同背膘厚度对松辽黑猪猪肉品质及脂肪相关基因表达的影响

近年来,对于背膘厚度性状的强度选择,使猪肉品质变劣。为了研究不同背膘厚度对猪肉品质的影响以及相关脂肪生成基因的表达,本试验以松辽黑猪作为试验动物,利用B型超声波背膘测定仪测定其活体背膘厚度,选出背膘厚度极端高与极端低的个体各6头,屠宰后对背最长肌进行pH24、肉色、滴水损失、剪切力、肌内脂肪含量等肉质性状测定,分析不同背膘厚度的肉质性状是否存在差异。同时,检测了背最长肌内脂肪生成相关基因（FASN、ACACA和ME1）的表达水平,以期初探影响肉质的分子机制。结果表明：高背膘厚度组的肌内脂肪含量显著高于低背膘厚度组(p <0.05),背膘厚度对其它肉质性状影响均不显著(p>0.05)。脂肪酸合成酶(FASN)基因的表达水平在两组之间差异显著(p <0.05),且在高背膘厚度组上调表达。乙酰辅酶A羧化酶(ACACA)基因和苹果酸酶(ME1)基因的表达水平在两组间没有差异性。     

金华猪和长白猪背最长肌不同肌纤维类型表达差异

为揭示国内外猪种肌纤维组成差异及其对肉质的影响,本实验以肉质优良的地方品种金华猪和肉质欠佳的外来良种长白猪为研究对象,在比较了180 d两猪种胴体性能及肉质差异的基础上,利用荧光定量PCR方法探讨了两猪种背最长肌4种肌球蛋白重链(MyHC)亚型基因(Ⅰ、ⅡA、ⅡX、ⅡB)mR NA表达量在30、90、150、180 d的差异。结果表明:180 d金华猪活体重、瘦肉率、眼肌面积、滴水损失极显著低于长白猪(P<0.01);背膘厚、肌内脂肪含量极显著高于长白猪(P<0.01)。金华猪背最长肌中含有更多的氧化型肌纤维,特别是Ⅰ型肌纤维,酵解型肌纤维特别是ⅡB型肌纤维含量极显著地低于长白猪(P<0.01)。本研究初步揭示了两猪种在生长发育过程中肌纤维组成的品种差异,为进一步通过营养调控肌纤维类型及组成,进而改善肉质提供基础数据。     

基于转录组分析挖掘平凉红牛背最长肌肉质性状候选基因

旨在挖掘与平凉红牛背最长肌营养成分含量相关的候选基因,以提高肉品质。本研究选用相同饲养条件下30月龄及750 kg的40头阉牛,测定蛋白质、脂肪和水分3种常规营养成分的含量,分别挑选表型数据具有极端差异的高、低组,每组3个重复。通过主成分分析和比较转录组分析筛选具有显著因子载荷基因(significant factor loading genes, SFLGs)和差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs),并进行富集分析。利用所有样本的转录组数据和表型数据进行加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis, WGCNA),筛选与表型相关的目标基因模块(r>0.35且P<0.05)与Hub基因(hub genes, HGs)。针对蛋白质、脂肪和水分含量3个性状分别鉴定到91、81和80个SFLGs(第一主成分PC1和第二主成分PC2)和18、85和338个DEGs,其中PC1和PC2共有的SFLGs分别有8、4和3个,具有显著因子载荷的DEGs分别有1、3和2个,富...     

仔猪生长发育关键基因筛选和功能分析

为揭示对仔猪背最长肌和皮下脂肪组织生长发育过程起关键作用的基因,从GEO数据库下载背最长肌和皮下脂肪组织各18个转录组测序数据,采用Ensembl release 104版本的猪基因组和注释文件,进行生物信息学分析。结果显示,在所有样本中共获得79 800个转录本,其中包括29 118个mRNA、2 105个已知长链非编码RNA (lncRNA)和47 142个新的转录本。两种组织中共获得34 873个差异表达的转录本,包括12 536个差异表达的mRNA。对差异表达的mRNA进行KEGG和GO功能富集分析显示,肌节组织(sarcomere organization)、肌动蛋白细胞骨架组织(actin cytoskeleton organization)等通路与背最长肌发育性能相关,关键基因包括MYPN、TNNT1和PDLIM3等;脂肪细胞因子信号通路(Adipocytokine signaling pathway)、鞘脂信号通路(Sphingolipid signaling pathway)、脂肪酸代谢(Fatty acid metabolism)等通路与脂肪组织发育相关,关键基因包...     

猪背膘厚度与肌内脂肪含量的相关性研究

为了研究猪背膘厚度与肌内脂肪含量之间的关系,试验用超声波测膘仪测定了102头"杜长大"三元杂交猪的活体背膘厚度,利用索氏抽提法测定其肌内脂肪含量,并将所得的两组数据对应进行相关及回归分析。结果表明:背膘厚度与肌内脂肪含量之间存在极显著相关性和回归关系(P 0.01),且r为0.833。当背膘厚度范围在11～13 mm时,对应肌内脂肪含量在2.86%～4.28%之间,此时肉的品质风味相对较好,脂肪含量适中对人身体健康有利,也是生猪出栏最佳时间。以活体测定背膘厚度为自变量,屠体肌内脂肪含量为因变量,建立回归方程:Y=3.775 7×10~(-3)×X~(2.7650)(7 mm≤X≤16 mm),即可用于预测育肥猪适宜出栏时间。     

miR-27a和miR-378在中外猪种背最长肌中的差异表达研究

为了研究miRNA表达量与肉质风味表型指标的相关性,试验采用荧光定量PCR技术(Q-PCR)检测了4个猪种背最长肌中miR-27a和miR-378的差异表达。结果表明:背最长肌组织中2种miRNA的表达水平在4个猪种中趋于一致。相关性分析显示,2种miRNA在背最长肌中的表达水平与肌内脂肪含量和硫胺素含量呈正相关,与肌纤维直径、眼肌面积和瘦肉率呈负相关。表明miR-27a和miR-378对猪肉品质具有正调控作用,而对猪胴体品质具有负调控作用。该研究可为阐明miRNA在猪肌肉生长和脂肪沉积过程中的调控机制提供基础数据。     

滩羊和湖羊背最长肌全基因组甲基化差异分析

本研究旨在通过不同品种绵羊背最长肌的全基因组甲基化差异分析,鉴定差异甲基化区域（DMR）和差异甲基化基因（DMG）,为解析绵羊骨骼肌发育差异奠定基础。采用全基因组重亚硫酸盐测序（WGBS）技术开展了周岁龄滩羊、湖羊和滩湖F2代背最长肌全基因组DNA的甲基化水平检测和差异甲基化区域分析,探讨品种间DNA甲基化水平的差异。结果显示,全基因组范围内滩羊、湖羊和滩湖F2代胞嘧啶（C）甲基化（mC）率分别为3.55%、3.18%和3.56%,3个群体的甲基化水平基本一致。对滩羊和湖羊的甲基化水平进行比较,在不同序列环境下共检测到97 731个DMRs和10 784个DMGs。在CG、CHH、CHG序列环境下3个群体甲基化水平无显著差异。对DMGs通过基因本体（GO）和相关信号通路（KEGG）分析,共检测到419个GO条目和20个信号通路,显著富集在细胞过程、细胞组分、结合、长期抑制等相关条目中。筛选出5个与肌肉调控有关的候选基因ACTA2、ROCK1、CALD1、MYH3、MYH10。本研究绘制了滩羊、湖羊和滩湖F2代全基因组甲基化图谱,为表观遗传调控肌肉发育研究和肉质候选基因的筛选提供理论参考。     

利用MTDFREML估计大约克双肌臀种猪活体背膘厚遗传力

利用MTDFREML软件包估计大约克双肌臀种猪活体背膘厚遗传力。首先用SAS软件包对固定效应进行不同水平间差异显著性检验 ,尔后确定固定效应的水平数 ,最后用MTDFREML进行遗传参数估计 ,得出大约克双肌臀种猪 1 0 0kg体重时活体背膘厚遗传力的估值。这对于大约克双肌臀种猪的育种实践将起到一定的促进作用。     

基于RNA-Seq技术挖掘绵羊背最长肌肉质性状相关基因

试验通过对小尾寒羊与巴美肉羊背最长肌进行转录组分析,旨在挖掘影响两种绵羊肉质性状的关键基因。分别选取小尾寒羊和巴美肉羊各3只,利用转录组高通量测序（RNA-Seq）技术对其背最长肌转录组文库进行测序,利用生物信息学对测序结果进行分析,筛选影响两者肉质相关的候选基因。结果发现,6个样品测序数据经质量控制后共得到120 Gb的有效数据,共筛选出333个差异基因,其中上调基因有82个,下调基因有251个。GO功能富集与KEGG Pathway显著性富集分析结果共筛选了6个与肉质性状相关的候选基因：PDK4、MYF6、PPARGC1A、SLCO4A1、FABP4、LEP。试验通过对比小尾寒羊与巴美肉羊背最长肌转录组数据,筛选影响肉质性状的候选基因,丰富了绵羊基因组信息,为进一步阐述不同品种绵羊肉质性状分子机理奠定了基础。     

miR-222在藏猪和DLY猪背最长肌和腰大肌中的表达差异研究

为了探究miR-222在藏猪和DLY猪背最长肌和腰大肌中的差异表达情况,试验选用雌性藏猪和DLY猪各6头,采用RT-PCR法检测miR-222和PGC1α在背最长肌和腰大肌中的表达情况。结果表明,在藏猪和DLY猪中miR-222在背最长肌的表达量均显著(P 0.05)高于腰大肌,而藏猪和DLY猪背最长肌的PGC1α表达量均显著(P 0.05)低于腰大肌。miR-222在猪背最长肌和腰大肌的表达特性,提示miR-222与猪的肌肉发育特性有关。     

不同发育阶段草原红牛背最长肌FABP4基因表达水平研究

实验采用实时荧光定量PCR技术对FABP4 mRNA在1、6、12和24月龄草原红牛背最长肌组织中的表达情况进行研究。结果表明:FABP4 mRNA在所检测的4个不同发育阶段均有表达,6月龄草原红牛背最长肌组织中FABP4 mRNA与另外3个时期差异极显著(P<0.01),而另外3个阶段之间差异不显著(P>0.05)。本实验为深入研究牛FABP4基因与肉质性状的相关关系奠定基础,为牛肉质性状候选基因的选择提供理论依据。     

北京黑猪AQP9和RPS10基因多态性及其与背膘厚的关联分析

旨在研究水通道蛋白9(aquaporins9,AQP9)及核糖体蛋白10(ribosomal protein S10,RPS10)基因多态性及其与北京黑猪背膘厚的相关性,以期能够获得北京黑猪背膘厚的有效标记。本研究以413头北京黑猪为研究对象,测定不同部位(肩部、6-7肋间、胸腰结合、腰荐结合)的背膘厚度。PCR扩增AQP9和RPS10基因的启动子区和外显子区序列筛选SNP位点,并将SNPs与各部位背膘厚进行关联分析。运用荧光定量PCR检测基因的差异表达。结果发现,AQP9基因启动子区有4个突变位点,其中1个SNP:rs332699245 A>C与胸腰结合处背膘厚关联显著(P<0.05),且该位点突变预测到了结合转录因子的改变;RPS10基因在3′UTR、CDS区共有8个突变位点,其中5个与背膘厚显著关联：rs80795904 C>G、rs80932213 T>C与6～7肋间背膘厚关联显著(P<0.05),rs3469834461 C>T与肩部背膘厚、四点平均背膘厚关联显著(P<0.05),rs80862457 C>T与胸腰结合处背膘厚、...     

Myogenin mRNA丰度在金华猪和长白猪背最长肌中的表达

运用半定量RT-PCR方法对不同生长阶段金华猪和长白猪背最长肌中肌细胞生成素(Myogenin,MyoG)基因mRNA的表达丰度进行测定,分析与肌肉沉积的关系.结果表明:在2种猪35、80、125日龄均可检测到MyoGmRNA,金华猪背最长肌中MyoG基因的表达随着年龄和胴体瘦肉率的增加而增加,并且MyoG基因表达与胴体瘦肉率呈正比;而长白猪背最长肌中MyoG基因的表达恰好相反.除35日龄以外品种间无显著差异.