利用加权基因共表达网络分析筛选天农麻鸡胴体性状候选基因

旨在通过转录组测序(RNA-Seq)与加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)筛选慢速型黄羽肉鸡天农麻鸡胴体性状相关候选基因。本研究以104只天农麻鸡为素材,在126日龄时进行屠宰,测定胸肌重等7个胴体性状,采集胸肌组织进行RNA-Seq。基于RNA-Seq数据获得基因表达矩阵后,结合表型进行WGCNA分析,确定目标模块,筛选目标模块的枢纽基因,并分别进行KEGG通路富集、蛋白质互作网络(protein-protein interaction network,PPI)构建和相关性分析。104份胸肌组织RNA-Seq质控后获得15 092个基因的表达量。与胴体表型进行WGCNA,共得到19个模块,其中4个模块与胴体性状极显著相关。功能富集结果表明,目标模块内基因主要富集在ECM-受体相互作用、黏着力等通路。以|Module membership|> 0.8、|Gene significance|> 0.2为标准筛选到58个枢纽基因,并通过PPI网络构建鉴定到5个网络节点基因,整合相关性分析确定COL1A2和SPARC为最重要候选基因。本研究通过大样本量转录组分析,发现ECM-受体相互作用等通路在天农麻鸡胴体性状调控中发挥主要作用,筛选到COL1A2和SPARC是影响全净膛率性状的重要候选基因,研究结果为鉴定选育分子标记,解析胴体性状分子机制奠定理论基础,为慢速型黄羽肉鸡育种提供重要参考。     

北京油鸡和来航鸡脾脏差异表达基因的筛选与分析

为筛选北京油鸡和来航鸡脾脏组织中与抗病力差异相关的候选基因和信号通路,本研究采用高通量测序技术,构建了42日龄北京油鸡(抗病力较强)和来航鸡(抗病力相对较弱)脾脏组织的数字基因表达谱,对差异表达基因进行了GO功能分类、KEGG信号通路分析和STRING互作网络构建,并利用荧光定量PCR验证了部分差异表达基因。结果表明,以来航鸡为对照组,北京油鸡与之相比,差异倍数在2倍以上的共有1335个基因,其中693个上调表达,643个下调表达,包括多个与淋巴细胞的激活、分化和增殖、免疫器官发育等相关的基因,主要涉及到结合功能、细胞组成、细胞加工和生物学调节等功能。对通路显著性分析发现,与免疫相关生物学通路共有4个,其中BCR信号和TLR信号涉及脾脏B细胞介导的体液免疫应答反应,两条通路上的差异表达基因构成1个相互连接的互作网络,其中D79B、CD44、IL1B、SOCS1及TLR4等位于重要节点位置。为今后挖掘新基因和研究影响鸡抗病力的遗传因素等提供理论依据。     

MSTN-/-鲁西黄牛肌肉全转录组共表达网络及转录本富集分析

为了探究与牛骨骼肌发育相关的共表达网络及核心转录本,挖掘牛骨骼肌在发育过程中的调控转录本,试验采用新的fastp+kallisto+Sleuth分析方法对牛骨骼肌转录组测序数据进行分析,通过转录组测序分析筛选出两组肌肉样本差异表达的RNA,对其进行GO功能注释分析和KEGG信号通路富集分析、WGCNA分析和GSEA富集分析。结果表明：转录组测序共鉴定出32 919个转录本,按照是否满足|lbFC|≥2、P<0.05的条件共筛选出457个差异表达转录本,其中上调转录本303个,下调转录本154个。457个差异表达转录本共涉及106个GO功能注释条目和14个KEGG信号通路,差异表达转录本主要富集在与细胞周期、细胞生长密切相关的基因功能注释和信号通路中。457个差异表达转录本被划分到显著相关的3个转录本模块,棕色模块有83个转录本,蓝色模块有93个转录本,绿色模块有111个转录本,并且筛选出10个核心转录本。核心转录本多数集中在细胞黏附分子、AMPK信号通路、PI3K-Akt信号通路、肌动蛋白细胞骨架的调节等与细胞周期、细胞生长密切相关的通路中。说明牛骨骼肌发育受基因转录水平调控的影...     

热应激下泌乳母猪乳腺组织中circRNA的识别与鉴定

为深入研究热应激(Heat Stress,HS)对母猪泌乳性能的影响、丰富热应激母猪转录组信息,选取40头泌乳母猪进行热应激(HS组)和正常养殖(TC组)实验,每组20头,研究其泌乳性能的差别,随后各组随机选取3个样本,采用转录组学的方法研究热应激母猪乳腺中的环状RNA(circRNA)差异。结果表明:持续热应激会导致泌乳母猪泌乳量减少,血液生化指标和免疫指标发生显著改变,从而对泌乳母猪的健康形成不利影响。HS组和TC组共鉴定了来自母猪乳腺的circRNA 20 311个,筛选出187个差异表达circRNA,其中106个上调,81个下调。差异表达circRNA的宿主基因GO和KEGG功能分析发现多数亲本基因主要涉及Rab GTPase的结合、生物学过程的负调控、cAMP信号通路和HIF-1信号通路。此外,circRNA-miRNA靶标预测的构建表明,187个差异表达的circRNAs被鉴定可作为466个miRNAs的"分子海绵"。最终筛选出sscirc_078984、sscirc_098353和sscirc_135768可能参与了HS母猪的泌乳性能调节,为进一步探究HS对泌乳母猪的影响机制提供基础。     

热应激下公兔睾丸组织形态和精液转录组分析

旨在深入了解公兔在热应激环境中睾丸组织形态改变及相应基因谱，对揭示热应激下公兔精液质量下降的机理具有重要意义。本研究选取了6只具有相同饲养水平，体况和体重相近的8月龄新西兰种公兔，通过建立热应激模型得到热应激组(8月份，HS)和未热应激组(5月份，NHS)各3只，分别采集2组公兔的睾丸和精液。通过HE染色，比较不同条件下睾丸组织结构的差异，并利用Illumina Hiseq高通量测序技术对精子进行转录组测序分析，通过生物信息学方法对2组样本间的差异表达基因进行GO、KEGG富集分析，并通过RT-qPCR方法验证转录组测序数据。公兔睾丸组织切片结果显示，与NHS组相比，HS组的睾丸中央出现明显的空泡化和撕裂，生精上皮较薄，受损情况显著，精子细胞数量下降。进一步以■和P<0.05为阈值，共筛选出与精子热应激响应相关的差异表达基因1 676个，包括ATP5MC1、MDH2、ALDH7A1、GAPDHS、PRPS1等，其中上调基因894个，下调基因782个。GO分析结果显示，差异表达基因富集在应激反应、蛋白质代谢过程、催化活性等相关条目上，KEGG结果显示，差异表达基因富集到MAPK、P...     

HSP70在急性热应激蛋鸭脾脏表达变化的研究

采用半定量RT-PCR与Western-blotting方法检测相同温度、不同时间(3、5、7h)热应激处理鸭脾脏组织中HSP70基因的表达水平,以研究热应激对HSP70基因表达的影响。结果表明:与对照组相比,热应激组蛋鸭脾脏HSP70 mRNA转录水平在热应激进行到3h时呈现下降趋势,但是差异不显著;而进行到5h时则出现显著(P0.05)的回升;热应激组蛋鸭脾脏HSP70蛋白表达水平在热应激进行到5h时出现显著下降(P0.05),表明急性热应激对蛋鸭脾脏组织HSP70基因表达具有重要影响。     

基于转录组分析挖掘平凉红牛背最长肌肉质性状候选基因

旨在挖掘与平凉红牛背最长肌营养成分含量相关的候选基因，以提高肉品质。本研究选用相同饲养条件下30月龄及750 kg的40头阉牛，测定蛋白质、脂肪和水分3种常规营养成分的含量，分别挑选表型数据具有极端差异的高、低组，每组3个重复。通过主成分分析和比较转录组分析筛选具有显著因子载荷基因(significant factor loading genes, SFLGs)和差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs),并进行富集分析。利用所有样本的转录组数据和表型数据进行加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis, WGCNA),筛选与表型相关的目标基因模块(r>0.35且P<0.05)与Hub基因(hub genes, HGs)。针对蛋白质、脂肪和水分含量3个性状分别鉴定到91、81和80个SFLGs(第一主成分PC1和第二主成分PC2)和18、85和338个DEGs,其中PC1和PC2共有的SFLGs分别有8、4和3个，具有显著因子载荷的DEGs分别有1、3和2个，富...     

爱拔益加肉鸡和北京油鸡脂肪代谢及其相关基因表达的比较研究

为了探讨引起爱拔益加(AA)肉鸡和北京油鸡脂肪沉积表观差异的内在因素,本研究比较了AA肉鸡(56日龄)与北京油鸡(56日龄和114日龄)的体脂沉积、血脂代谢、脂肪细胞因子浓度、脂肪代谢相关酶活性以及相关基因mRNA的表达量.试验选用1日龄AA肉鸡60只和北京油鸡120只,分别随机分为6个重复.结果表明,56日龄AA肉鸡腹脂率高于同日龄的北京油鸡(P<0.05),但是低于114日龄的北京油鸡(P<0.05).56日龄从肉鸡血浆总甘油三酯、游离脂肪酸和脂联素浓度,血浆脂蛋白酯酶和肝脏苹果酸脱氢酶活性均低于56日龄和114日龄北京油鸡(P<0.05).56日龄AA肉鸡肝脏载脂蛋白A-Ⅰ(apoA-Ⅰ)基因mRNA表达量高于56日龄和114日龄北京油鸡(P<0.05),脂联素基因mRNA表达量高于114日龄北京油鸡(P<0.05).56日龄AA肉鸡腹脂中的甘油三酯脂酶(ATGL)基因和心脏型脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因mRNA表达量高于114日龄的北京油鸡(P<0.05),脂肪型脂肪酸结合蛋白(A-FABP)基因mRNA表达量低于114日龄北京油鸡(P<0.05);56日龄AA肉鸡腹脂过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARγ)基因mRNA表达量低于56日龄北京油鸡(P<0.05).腹脂A-FABP基因mRNA表达量与腹脂率显著正相关(P<0.05);腹脂ATOL基因、过氧化物酶体增殖物激活受体α(PPARα)基因、肝脏apoA-Ⅰ基因和脂联素基因mRNA表达量均与腹脂H-FABP基因mRNA表达量显著正相关(P<0.05).结果提示:北京油鸡血浆脂蛋白酯酶和肝脏苹果酸脱氢酶活性高于AA肉鸡,从而导致较高的血浆总甘油三酯和游离脂肪酸浓度,这可能是北京油鸡脂肪沉积较高的内在因素之一.A-FABP基因是造成2个品种腹脂沉积量差异的关键基因,H-FABP基因是脂类代谢通路上的关键基因.     

鸡lncRNA-MSTRG.15568.9及其预测靶基因的表达

试验旨在了解在鸡睾丸中高表达的1个长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)及其预测靶基因的时空表达规律,研究二者在鸡弱精子症中的调控作用。根据弱精子症和正常北京油鸡公鸡睾丸转录组测序筛选到的1个高表达的lncRNA(MSTRG.15568.9),采用顺式(cis)作用模式预测其潜在靶基因SPAG4(sperm-associated antigen 4),进一步采用实时荧光定量PCR方法进行表达量分析。分别选择3只0、5、20、30、45、60周龄正常北京油鸡公鸡,检测MSTRG.15568.9与SPAG4基因在不同周龄公鸡睾丸中的表达量差异;选择30周龄3只正常公鸡,采集睾丸、肝脏和脾脏等8个部位组织样品,检测MSTRG.15568.9与SPAG4基因在不同组织间的表达规律;选择45周龄弱精子症公鸡和正常公鸡各3只,对比MSTRG.15568.9与SPAG4基因在睾丸的表达量差异。结果显示,MSTRG.15568.9与SPAG4存在明显的时空表达差异,且二者表达趋势基本一致。在不同周龄的鸡睾丸组织中,MSTRG.15568.9和SPAG4的表达趋势相近,MSTRG.15568.9在20周龄的表达量显著高于0、5、30、45、60周龄(P0.05),0和5周龄表达量显著低于20、30、45和60周龄(P0.05);SPAG4在45周龄表达量最高,其次是20周龄(P0.05)。MSTRG.15568.9和SPAG4在睾丸和肝脏中的表达量均显著高于脾脏、肾脏等组织(P0.05);在正常睾丸组织中的表达量均显著高于弱精子症睾丸组织(P0.05)。综上所述,MSTRG.15568.9与SPAG4基因具有较明显的组织表达特异性,且MSTRG.15568.9可能调控SPAG4基因的表达,参与精子发生与精子活力调控;但其具体作用机制需要进一步探索。本研究可为鉴定与鸡弱精子症调节机制相关的功能基因提供参考。     

鸡HSP90AA1基因SNP检测及启动子区CpG岛的甲基化研究

试验旨在获得鸡热休克蛋白90α(HSP90AA1)基因序列并分析其基因结构和相关遗传变异,检测HSP90AA1基因启动子区CpG岛的甲基化状态,初步探索HSP90AA1基因在肌肉组织生长发育中的作用。以文昌鸡和北京油鸡为试验材料,利用PCR扩增鸡HSP90AA1基因组序列;通过基因测序寻找该基因中的单核苷酸多态性(SNP)位点;使用在线软件MethPrimer预测鸡HSP90AA1基因中CpG岛的位置;应用MassArray质谱法检测鸡胸肌中HSP90AA1基因启动子区CpG岛的甲基化水平,比较分析文昌鸡和北京油鸡HSP90AA1基因的甲基化差异。结果显示,在鸡HSP90AA1基因组中共发现7个SNPs位点,分别位于启动子区(A-189G,C-109T)、第1外显子(A+6G)、第2外显子(C+343T)、第2内含子(A+634G、A+836G)和第7内含子(A+3449G);鸡HSP90AA1基因包含10个外显子和9个内含子,其启动子区存在1个CpG岛,位于-1 802～-469bp处;在HSP90AA1基因启动子区共检测了42个CpG位点的甲基化水平,文昌鸡和北京油鸡中分别有9个(CpG_16.17.18、CpG_21.22.23、CpG_32.33和CpG_57)和4个CpG位点(CpG_1、CpG_5.6和CpG_57)在胸肌生长发育过程中发生甲基化改变。结果表明,文昌鸡与北京油鸡HSP90AA1基因序列信息和启动子区CpG岛的甲基化水平不同,这可能导致两种鸡对于应激反应具有不同的耐受程度。以上试验结果将为文昌鸡和北京油鸡生长发育规律、系统选育等方面的研究提供表观遗传学依据。     

不同体重鹅肝脏转录组的功能分析

旨在探讨肝调节营养物质吸收转化影响鹅平均日增重的分子机制。本研究依据平均日增重将70日龄的四川白鹅进行分组(高:H;中:M;低:L),然后采用RNA-Seq技术分析各组肝RNA表达,筛选出差异表达基因,并对其进行功能富集及聚类关联分析。结果显示,H、M和L组的平均日增重差异显著(P0.05),分别为(52.24±0.41)、(44.44±0.42)和(37.80±0.47) g·d~(-1)。从测序数据分别鉴定出14 632、14 651和14 819个表达基因,其中有13 776个基因共表达。Top 100的基因表达量占所有基因表达量的65.38%～70.37%,其中,有85个共表达基因,17个特异性表达基因。鉴定出435个差异表达基因,主要富集于细胞凋亡、蛋白重折叠、胰岛素分泌、营养反应、细胞增长、氨基酸转运、cAMP信号通路等生物学过程。聚类构建的5个差异表达基因模块与平均日增重和脂质代谢指标显著相关(|r|≥0.75,P0.05)。总体而言,本研究鉴定了体重相关的潜在候选基因和代谢通路,初步探讨了肝调节营养物质吸收转化影响鹅体重的分子机制,以使人们更深入地了解肝代谢如何影响鹅的体重及有助于设计新的选择策略来改善鹅的生产。     

中国北京油鸡和引进白来航蛋鸡免疫性状的比较

选取同期孵化出雏的中国地方鸡种北京油鸡(Beijng-You Chicken,BYC)和引进蛋鸡品种白来航鸡(White Leghorn,WL)各250只母雏,在相同饲养条件和免疫程序下饲养,测定和对比异嗜性粒细胞(Heterophil)数量、淋巴细胞(Lymphocyte)数量和异嗜性粒细胞/淋巴细胞比率(Heterophil/Lymphocyte,H/L)、白细胞总数(Blood white cell count,BWCC)、绵羊红细胞(Sheep blood red cell,SRBC)免疫抗体滴度和不同日龄的禽流感(Avian Influenze,AI)、新城疫(Newcastle disease,ND)的免疫抗体滴度等免疫性状的差异.试验结果表明①北京油鸡的H/L值为0.36±0.21,白来航蛋鸡为0.52±0.51,二者呈极显著差异(P＜0.001);北京油鸡的白细胞总数明显高于白来航蛋鸡(P＜0.001);②SRBC抗体滴度在两品种之间差异不显著(P＞0.05);③14、28日龄两次免疫禽流感疫苗(H5N1毒株)后,在免疫后21、41、71、105天的4个测定日中,两个品种的禽流感免疫抗体滴度值均呈现先升高后降低的变化趋势,北京油鸡在4个测定日龄的AI免疫滴度值都均高于白来航蛋鸡,差异均达到极显著水平(P＜0.001);④同期免疫新城疫疫苗(LaSota毒株),在免疫后21、41、71和105天测定ND抗体滴度,北京油鸡在免疫后21天时达到最高,之后随日龄的增长而呈逐渐降低趋势;白来航蛋鸡在免疫后41天时抗体滴度水平达到最高,以后随日龄增长而下降.4个测定日龄的ND滴度水平北京油鸡均高于白来航蛋鸡.该研究结果初步显示,中国地方鸡种北京油鸡和引进白来航蛋鸡品种的免疫性状具有明显的遗传差异,北京油鸡的综合免疫性能和抗应激能力优于白来航蛋鸡.     

ZBED6基因敲除猪肾脏转录组分析

【目的】 探究锌指BED结构域结合蛋白6(zinc finger BED domain-containing protein 6,ZBED6)基因敲除对猪肾脏组织基因转录表达的影响,并解析ZBED6基因调控猪肾脏代谢的靶基因及其通路。【方法】 对8月龄ZBED6基因敲除巴马香猪(ZBED6 KO)和同月龄野生型巴马香猪(WT)的肾脏组织(n=3)进行总RNA提取,利用实时荧光定量PCR检测胰岛素样生长因子2(insulin-like growth factor 2,IGF2)和差异基因的表达量;以Illumina Hiseq高通量测序技术对ZBED6 KO和WT猪肾脏组织mRNA进行转录组测序(RNA-Seq),用猪Sus scrofa 11.1作为参考基因组序列,通过生物信息学软件TopHat、Cufflink、Cuffmerge和Cuffdiff对测序数据进行分析,筛选ZBED6 KO和WT猪肾脏组织中的差异表达基因,对差异表达基因进行层次聚类和KEGG通路富集分析,并通过实时荧光定量PCR验证RNA-Seq结果中差异表达基因的可靠性。【结果】 实时荧光定量PCR结果显示,ZBED6 KO猪肾脏IGF2基因mRNA表达量显著高于WT猪(P<0.05)。测序共获得78 G数据量,每个样本比对率在87.3%以上,测序质量良好;ZBED6 KO和WT猪肾脏组织之间共检测到25 213个基因,以调整后P<0.05和log₂|FoldChange|>2为筛选标准,得到299个差异表达基因,其中上调的基因103个,下调的基因199个。热图和主成分分析(PCA)结果显示,ZBED6 KO和WT组猪肾脏基因组内表达模式相似,组间表达模式不同;KEGG通路富集分析显示,差异基因主要参与视黄醇及疾病代谢相关通路。ZBED6基因敲除后,其中有9个差异表达基因(CYP2C42、AOX1、ENSSSCG00000036274、RDH16、CYP2A19、ENSSSCG00000022724、CYP26B1、CYP1A1、RDH5)被富集到视黄醇代谢通路中,可能参与调控猪肾脏代谢平衡。实时荧光定量PCR检测发现,7个差异表达基因(CYP2C42、AOX1、RDH16、CYP2A19、CYP26B1、CYP1A1、RDH5)的表达模式与RNA-Seq分析结果一致,证实RNA-Seq结果的可靠性。【结论】 本试验利用RNA-Seq技术分析了ZBED6基因敲除对巴马香猪肾脏代谢的影响,其通过调控肾脏多个下游基因表达,从而影响其代谢相关信号通路,试验结果为阐明ZBED6基因功能提供了材料。     

不同品种鸡对肠炎沙门氏菌人工感染初期免疫应答反应的差异

本试验以中国地方鸡种北京油鸡(Beijing-You chicken,BJY)和引入蛋鸡品种白来航鸡(White Leghorn,WL)为试验对象,通过人工感染肠炎沙门氏菌(Salmonella Enteritidis,SE),研究两个不同遗传背景新生雏鸡在接种沙门氏菌后,部分免疫指标和相关基因的变化规律,揭示两品种鸡在早期对SE感染抗性的的异同点。选择1日龄的北京油鸡和白来航鸡各40只,隔离舱饲养,相同日粮水平条件下,两侧胸肌各注射8.7×108cfu·mL-1沙门氏菌0.5mL,分别在攻毒后12、24、72和144h(12hpi、24hpi、72hpi、144hpi)测定IgY、IL-6和TNF-α血清介质变化,荧光定量检测血液载菌量、盲肠组织中TLR4受体、DNMT3a、DNMT3b和DNMT1甲基转移酶基因的表达情况。结果表明:(1)攻毒沙门氏菌后,北京油鸡的IgY、IL-6、TNF-α血清介质水平显著高于白来航鸡(P0.05);(2)在12hpi、24hpi和72hpi,血液载菌量品种间差异不显著(P0.05),但在144hpi白来航鸡血液中载菌量显著高于北京油鸡(P0.05);(3)在24hpi,TLR4受体在北京油鸡盲肠组织中的表达显著高于白来航鸡;北京油鸡与白来航鸡DNMT3a、DNMT3b和DNMT1甲基转移酶基因在两品种间的表达差异显著(P0.05)。结果提示,北京油鸡和白来航鸡对沙门氏菌的免疫性状具有明显的遗传差异,北京油鸡对沙门氏菌的抗性优于白来航鸡。     

部分地方鸡种肤色伴性遗传观察

试验对泰和鸡、仙居鸡、固始鸡、北京油鸡、萧山鸡、狼山鸡 (N系 )进行肤色伴性遗传观察。结果表明 :泰和鸡常染色体上含有一对黑色素基因“PP” ,仙居鸡、萧山鸡、北京油鸡性染色体上含有“Id”基因 ,狼山鸡、固始鸡、泰和鸡性染色体上含有“id”基因 ,泰和鸡与含有“Id”基因鸡种 (仙居鸡、萧山鸡、北京油鸡 )杂交 ,F1代肤色能自别雌雄 ,公鸡为黄皮肤 ,母鸡为黑皮肤     

基于RNA-Seq技术的京海黄鸡卵巢组织转录本预测及新基因挖掘

鸡及许多物种的全基因组测序及相关基因图谱都已宣告完成,但由于注释方法的局限性,还存在许多遗漏的新基因及对现有基因的误差注释。RNA-Seq技术是基于第2代测序技术的转录组学研究方法,该研究利用高通量测序技术对8只（高产组4只、低产组4只）300日龄体重一致、饲养条件相同、产蛋数存在差异的京海黄鸡的卵巢组织所有RNA反转录而成的cDNA文库进行测序,通过分析RNA-Seq获得的京海黄鸡卵巢组织转录组数据,共发现4 431个新转录本,并将所有新转录本与GO、NR、Swiss-Prot、KEGG数据库进行比对和分析,发现了很多潜在的新基因并进行功能注释,为鸡基因组的进一步完善及功能基因的挖掘提供了数据基础。     

北京油鸡羽速基因分子检测及其对生产性能的影响

通过对北京油鸡雏鸡进行羽速表型判定,并与ev21基因插入位点分子检测结果比对,二者之间一致性达到99%,证实羽速基因在北京油鸡群体中属于性连锁基因,具备建立自别雌雄配套系的遗传基础.对不同羽速类型北京油鸡母鸡生产性能分析发现,不同羽型油鸡母鸡8-22周双周末体重差异不显著(P>0.05),42～44周龄总产蛋数以及相同...     

京海黄鸡卵巢转录组研究:基因结构分析与新基因发掘注释

本试验通过对京海黄鸡卵巢组织进行转录组分析,旨在为完善京海黄鸡部分基因结构和发掘新基因提供参考。选取高、低产京海黄鸡各4只,利用转录组测序(RNA-Seq)技术对其卵巢转录组进行测序,然后对得到的测序数据进行生物信息学分析。测序数据经过质量控制后,8个样品共得到484 992 074条有效数据(Clean Reads),总计61.09 Gb。筛选出1 445 264个京海黄鸡品种内SNP位点,其中位于基因区的SNP位点916 108个,位于基因间区的SNP位点552 168个。8个样品中平均新预测的可变剪接12 883个,并对7 481个基因结构进行了优化。与所选的参考基因组序列对比分析,共发掘4 431个新基因,通过与各数据库进行序列对比,1 809个新基因得到功能注释。本研究通过转录组测序技术检测了京海黄鸡卵巢组织的基因结构,为进一步完善京海黄鸡的基因结构信息及发掘潜在的新基因提供分子水平的依据。     

鸡AMPD1基因PCR-SSCP分析与相关性状的研究

5′-磷酸腺苷脱氨酶1(AMPD1)是嘌呤代谢中的一种重要酶类,它的功能是催化AMP(一磷酸腺苷)脱氨,生成肌苷酸(IMP),从而影响肉质风味。试验采用单链构象多态性(PCR-SSCP)技术,以隐性白羽肉鸡、白来航蛋鸡和两个地方品种(北京油鸡、三黄胡须鸡)纯系鸡为试验材料,对AMPD1基因进行SNPs检测和基因类型判别。卡方检验结果表明: 除三黄胡须鸡和隐性白羽肉鸡、北京油鸡和白来航鸡间差异不显著(P>0.05)外,其他各品种间差异极显著(P<0.01)。AMPD1基因多态性与北京油鸡生产和屠体性状(活重、胸肌率、肌苷酸含量等)相关分析结果表明:肌苷酸含量在三种基因型间差异显著(P<0.05)。初步推断AMPD1可能为影响鸡肉中肌苷酸生成的主效基因或与主效基因相连锁。     

基于WGCNA技术研究驴肉嫩度基因及代谢物调控网络

旨在通过WGCNA技术解析转录组和代谢组数据,探究驴肉嫩度调控机制。试验动物采用24～36月龄的健康雌性广灵驴(平均体重236.10 kg),将驴肉剪切力和肌内脂肪含量作为表型数据,以每个样品3个重复进行表型数据测定。本试验基于前期研究的具有显著剪切力和肌内脂肪含量差异的14个广灵驴背最长肌样本的转录组和代谢组测序数据,运用WGCNA技术筛选与驴肉嫩度相关的基因及代谢物并进行转录组与代谢组联合分析,解析嫩度相关基因与代谢物。结果表明,利用WGCNA技术通过|r|≥0.5以及P≤0.05筛选标准得到3个与嫩度相关的关键基因模块Greenyellow、Darkgrey、Darkgreen以及2个关键代谢物模块Brown、Yellow。对关键基因模块进行GO富集分析发现,模块内基因主要在甘油磷脂的生物合成、脂质氧化、脂肪酸β-氧化、细胞大分子分解代谢过程、肌肉器官发育、钙离子结合等GO功能上富集。存在于关键模块内的基因及代谢物经KEGG功能富集分析发现,其大多集中在精氨酸和脯氨酸代谢、Wnt信号通路、蛋白质消化吸收、脂肪酸代谢、TCA循环、胰高血糖素信号通路、甘油磷脂代谢、嘌呤代谢、β-丙氨...