瓜类褪绿黄化病毒山东分离物全基因组序列扩增及分析

为明确分离自山东省寿光市甜瓜上的瓜类褪绿黄化病毒(cucurbit chlorotic yellows virus,CCYV)分离物的全基因组序列信息和遗传变异情况,利用毛形病毒属Crinivirus简并引物进行RTPCR检测,利用RACE技术结合RT-PCR方法克隆CCYV山东分离物2条RNA链的全基因组序列,通过与GenBank中其它地区CCYV分离物的全长序列进行比对分析其同源性,并基于CP基因序列构建系统进化树分析其遗传变异情况。结果表明,山东分离物经RT-PCR检测和测序后确定为CCYV。CCYV山东分离物与其它CCYV分离物的RNA1链和RNA2链的全基因组序列一致性的平均值分别为99.82%和99.88%,且2条链的5′末端均比较保守,没有碱基突变的情况发生;RNA1链3′末端存在2个碱基变异,RNA2链3′末端存在1个碱基变异。CCYV不同地区分离物主要分为3个簇群,其中山东分离物和中国其它地区分离物、日本分离物、苏丹分离物、黎巴嫩分离物和塞浦路斯分离物聚类在一起。研究表明CCYV基因组序列比较保守,该病毒的分化可能与地理来源存在一定的相关性。     

瓜类褪绿黄化病毒新疆分离物基因组分析

2016年秋季,新疆维吾尔自治区吐鲁番市哈密瓜大面积发生叶片黄化和褪绿的病害,症状呈瓜类褪绿黄化病毒(Cucurbit chlorotic yellows virus,CCYV)引起的典型特征。通过CCYV的特异性引物对该疑似样本进行了RT-PCR检测,获得了预期大小的扩增片段。随后,对新疆的CCYV分离物(CCYV-Xinjiang)全长基因组进行克隆并测序,获得了CCYV-Xinjiang分离物的RNA1和RNA2全长序列信息。对CCYV-Xinjiang和来自Gen Bank数据库的其他CCYV分离物的基因组序列分析,不同分离物RNA1和RNA2两条链的一致性分别是99.65%~99.93%和99.68%~99.89%。单独对基因组的各个非翻译区(UTRs)和编码区的核苷酸变异分析,数据表明不同区域其变异程度不同,其中RNA2的3'UTR区域变异最大,而RNA1的2个UTRs区域变异最小。对已登录Gen Bank的所有CCYV分离物基因组系统进化树分析结果表明,所有分离物聚在同一个组。另外,对来自Gen Bank的18个分离物的外壳蛋白(CP)氨基酸序列进行系统进化树分析,表明来自伊朗的3个分离物分在组2(GroupⅡ),而来自亚洲其他地区的分离物均被分到组1(GroupⅠ)。基于CCYV基因组的信息,发现来自亚洲地区的CCYV的群体遗传变异很小。     

黄瓜绿斑驳花叶病毒基因组全序列分析及病害的田间调查

为明确近年来在浙江省葫芦科作物上发生的黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)基因组特征及其发生分布情况,从浙江省及上海地区的甜瓜、西瓜和瓠瓜上采集疑似样品进行RT-PCR鉴定,通过分段扩增测序的方法拼接获得基因组全序列并进行系统进化分析,利用特异性引物扩增获得CGMMV外壳蛋白(coat protein,CP)基因序列,制备CGMMV CP抗血清进行Western-blot和Dot-ELISA检测。结果显示,来自甜瓜、西瓜和瓠瓜的3个CGMMV分离物基因组全序列均具有烟草花叶病毒属典型基因组结构特征,全部由6 423 nt构成;3个全序列间的核苷酸同源性高达99.11%~99.67%,编码的CP氨基酸同源性为100%。系统进化分析发现,CGMMV不同分离物形成2个进化相关群体,3个浙江的CGMMV分离物均位于第I组内,与已报道的中国CGMMV分离物和韩国CGMMV分离物亲缘性较高。Western-blot检测表明CGMMV CP抗血清可以与感病植株中的病毒发生特异性反应,可用于CGMMV鉴定;Dot-ELISA检测发现CGMMV在浙江省和上海市的葫芦科作物上普遍存在。     

两种甜瓜病毒寿光分离物的分子检测与鉴定

甜瓜坏死斑点病毒(Melon necrotic spot virus,MNSV)及瓜类褪绿黄化病毒(Cucurbit chlorotic yellows virus,CCYV)近年来在瓜类种植区均大面积发生,危害较为严重,已成为制约甜瓜生产的重要因素。本研究广泛收集疑似感染MNSV及CCYV的甜瓜病叶,从中提取植物总RNA进行RT-PCR扩增,将产物分别连接到pEASYT1Simple克隆载体上,对含有目的片段的重组子进行测序及比对分析。结果显示得到了与预期结果一致的DNA序列,其扩增产物大小分别为673bp(MNSV)和877bp(CCYV)。同源性分析结果表明,MNSV和CCYV寿光分离物的核苷酸序列与中国其他地区或一些国家已报道的分离物同源性达99%~100%。     

甘肃省南瓜及西葫芦小西葫芦黄花叶病毒病鉴定

利用双抗夹心酶联免疫吸附测定(DAS-ELISA)的方法对甘肃出入境南瓜、西葫芦种子及采自河西地区显症病株叶片进行检测,在种子及病叶组织中均检测到ZYMV病毒,其中南瓜种子带毒批次占12.5%,西葫芦种子带毒批次占11.8%。根据已报道的小西葫芦黄花叶病毒(Zucchini yellow mosaic virus)基因组核苷酸序列,设计引物扩增其外壳蛋白(CP)基因,以ELISA阳性种子或病叶组织总RNA为模板,进行RT-PCR扩增,对预期大小的扩增产物进行测序,结果表明扩增获得的核苷酸序列与世界各地的ZYMV分离物CP基因具有高度一致性,综合ELISA检测和RT-PCR的结果,确定南瓜、西葫芦种子可携带ZYMV,且ZYMV是侵染甘肃瓜类作物的重要病毒种类。     

番茄斑驳花叶病毒在广东省的首次报道

番茄斑驳花叶病毒(tomato mottle mosaic virus, ToMMV)是2013年发现的烟草花叶病毒属一个新种,目前在多国(地区)有发生。本文采用小RNA深度测序及RT-PCR检测方法在广东省广州市南沙区辣椒疑似病样中检测到ToMMV,命名为番茄斑驳花叶病毒广东分离物(ToMMV-GD-2020)。采用RT-PCR分段扩增获得了ToMMV-GD-2020的基因组全序列,该分离物基因组全长6 399 nt,包含4个开放阅读框,分别编码4个蛋白。序列相似性分析表明,ToMMV-GD-2020与已登录GenBank的14个ToMMV分离物基因组序列相似性分别为99.0%～99.7%,其中与中国辽宁分离物ToMMV-LN(GenBank登录号：MN853592)的相似性最高(99.7%),与危害我国番茄、同属烟草花叶病毒属的番茄花叶病毒(tomato mosaic virus, ToMV)、番茄褐色皱果病毒(tomato brown rugose fruit virus, ToBRFV)代表分离物的相似性分别为84.6%和81.0%。系统进化分析表明,ToMMV-GD-2020...     

甘薯病毒C中国分离物全基因组序列测定及比较分析

利用RT-PCR结合RACE方法,从采自河南南阳的甘薯样品上获得甘薯病毒C中国分离物(SPVC-Ch1)的全长基因组序列。序列分析结果表明,SPVC-Ch1基因组由1 0846个核苷酸组成,3'末端包含poly(A)尾序。基因组含有1个由10 446个核苷酸构成的开放阅读框,编码一个由3 481个氨基酸残基构成的393 k Da多聚蛋白。将SPVC-Ch1与Gen Bank中登录的其他SPVC分离物序列进行比较分析发现,SPVC不同分离物间全基因组核苷酸序列相似性为92.7%~98.9%,多聚蛋白的氨基酸序列相似性为95.1%~99.2%,SPVC-Ch1与Bungo分离物的相似性最高,与C1分离物的相似性最低。系统进化树分析结果表明,SPVC-Ch1与日本的Bungo、以色列的IL、韩国的CW135和UN202等分离物形成一个分支,亲缘关系较近。这是SPVC中国分离物全基因组序列的首次报道,研究结果丰富了SPVC全基因组序列信息,有助于全面了解SPVC种群的遗传进化关系。     

蚕豆萎蔫病毒2号安徽分离物全基因组序列测定与分析

利用酶联免疫和RT-PCR技术对采自安徽地区的蚕豆病株进行检测,确定其病原为蚕豆萎蔫病毒2号Broad bean wilt virus 2(BBWV2)。为明确BBWV2安徽分离物(BBWV2-AH)的分类地位,克隆了该分离物的全基因组序列,分析了其基因组特征。结果表明,BBWV2-AH RNA1全长为5 944 bp(GenBank登录号:KY606992),含有1个ORF;BBWV2-AH RNA2全长3 587bp(GenBank登录号:KY606993),含有1个ORF。全序列核苷酸和氨基酸相似性分析显示,BBWV2-AH RNA1与BBWV2其他分离物的核苷酸、氨基酸相似性分别为78.4%~96%和87.1%~99%;BBWV2-AH RNA2与BBWV2其他分离物的核苷酸、氨基酸相似性分别为76.8%~95.5%和88.2%~98.3%。全基因组核苷酸序列系统发育分析显示,BBWV2-AH RNA1与中国的BBWV2-Hunan RNA1的亲缘关系最近,而BBWV2-AH RNA2与韩国的多个分离物聚集在一起,再与中国的分离物BBWV2-B935形成一个分支。     

甘薯褪绿斑病毒山东分离物全基因组扩增及遗传进化分析

为了解甘薯褪绿斑病毒(sweet potato chlorotic fleck virus, SPCFV)在山东省的发生及遗传进化情况,分别于2019年和2020年采集了131份甘薯样品,针对SPCFV进行病毒检测、全基因序列扩增、序列分析及遗传进化树构建。结果显示：SPCFV两年的检出率分别为7.1%和5.6%,所有SPCFV感染样品中皆为SPCFV与其他病毒的复合侵染。通过RACE和RT-PCR获得CFV-SD1和CFV-SD2两个全基因组序列,全长均为9 105 bp;与已报道分离物核苷酸序列一致性为72.9%～89.5%。全基因组遗传进化分析显示所有SPCFV分离物聚为两簇。且从不同样品中获得6个SPCFV山东分离物的外壳蛋白(coat protein, CP)序列,基于CP氨基酸序列开展遗传进化分析表明,山东分离物均归于亚洲类群的第一簇(Asian isolates 1)。氨基酸偏好性分析显示,CP氨基酸序列N端前35位同样存在多变区。本研究表明了山东省已成为SPCFV的常发区域,且病毒群体存在多样性,研究结果为指导SPCFV的有效防控提供了理论依据。     

侵染西葫芦的中国南瓜曲叶病毒的检测及序列分析

2019年山东种植的西葫芦上广泛发生病毒病,症状与之前常发症状有差异,发病植株叶片向下卷曲、黄化,植株矮化。为明确引起此次西葫芦病毒病的病原,我们以田间采集的10份西葫芦病叶为材料,进行PCR扩增并测序。测序结果显示扩增片段核苷酸序列与我国广东的中国南瓜曲叶病毒(SLCCNV)南瓜分离物(MW389917.1)一致性最高。根据同源序列设计引物,经PCR扩增获得SLCCNV全长序列,DNA-A 全长为2 730 bp(OM692270.1)、DNA-B 全长为2 711 bp(OM692269.1),经序列比对发现DNA-A序列与已登录的SLCCNV一致性为89.65%~99.42%,其中与我国广东的SLCCNV-GDHY南瓜分离物(MW389917.1)一致性最高,为99.42%;DNA-B序列与已登录的SLCCNV一致性范围为81.82%~97.29%,其中与我国广东的SLCCNV-GDHY南瓜分离物(MW389918.1)一致性最高,为97.29%。因此推测引发山东西葫芦病毒病的病原物是SLCCNV,由于该病毒是在山东西葫芦上首次发现,将其命名为SLCCNV-SD。前人已报道SLCCNV可侵染南瓜、甜瓜、烟草、番茄等作物,但SLCCNV可侵染西葫芦在国内未见报道。     

烟草蚀纹病毒山东分离物全基因组序列的克隆和保守性分析

为利用RNA介导的病毒抗性策略,培育抗性稳定或抗多烟草蚀纹病毒（Tobacco etch virus,TEV）株系的转基因植株,采用RT-PCR及5＇-RACE方法克隆了烟草蚀纹病毒山东分离物TEV-SD1的全基因组序列。TEV-SD1全基因组核苷酸序列长度为9494 bp,包含1个9165 bp的开放阅读框架（open reading frame,ORF）,编码3054个氨基酸。将TEV-SD1基因组序列与GenBank中已公布的4个TEV全基因组序列和11个外壳蛋白（coat protein,CP）基因序列比对分析发现,各分离物CP基因间的核苷酸和氨基酸序列平均相似性分别为96.65%和98.31%,高于其它功能基因间的相似性;各分离物CP基因3＇端核苷酸序列相似性平均为96.55%,高于5＇端序列。聚类分析发现TEV在自然界中的分子变异与其寄主关系密切。     

广西三种甜瓜病毒分离物的分子检测与鉴定

瓜类褪绿黄化病毒Cucurbits chlorotic yellows virus(CCYV)、甜瓜黄化斑点病毒Melon yellow spot virus(MYSV)及甜瓜坏死斑点病毒Melon necrotic spot virus(MNSV)是近年来报道侵染瓜类作物的新病毒,在个别种植区大面积发生,对生产构成严重威胁。为了解3种病毒在广西的发生情况,先后到各西甜瓜种植区进行了调查,并采集疑似CCYV、MYSV及MNSV的甜瓜病叶样品,提取病叶总RNA,通过特异性引物分别进行一步法RTPCR扩增,电泳结果显示RT-PCR产物与预期大小一致的序列条带;将扩增产物分别连接到pMD19-T克隆载体上,挑选阳性克隆子进行序列测定及比对分析。结果表明:CCYV、MYSV和MNSV广西分离物的CP基因序列与其他已报道核苷酸序列一致性分别达95.1%~100%、96.5%~99%和83.7%~92.5%。     

侵染青蒿的烟草曲茎病毒的分子鉴定及基因组结构特征分析

菜豆金色花叶病毒属病毒是一类在全球热带及亚热带地区造成严重经济损失的植物病毒,田间杂草是这类病毒重要的中间寄主。 本研究从云南省玉溪市采集了表现黄脉的青蒿植株,通过PCR扩增、克隆及测序从样品中获得两条菜豆金色花叶病毒属病毒DNA-A全基因组序列,分别为YN6393-23和YN6393-27,其全长均为2 739 bp,相似性为100%。序列分析发现,YN6393-23和YN6393-27的核苷酸序列与烟草曲茎病毒Tobacco curly shoot virus(TbCSV）的分离物YN4584的核苷酸序列相似性最高,为99.45%。根据国际病毒分类委员会对菜豆金色花叶病毒属病毒种的分类标准,全基因组序列相似性大于91%则为同种病毒,表明此病毒分离物为烟草曲茎病毒的一个分离物。这是菜豆金色花叶病毒属病毒侵染青蒿植株的首次报道。     

大豆花叶病毒沈阳分离物全基因测序及系统进化分析

对采自辽宁省沈阳市大豆生产田的大豆花叶病毒沈阳分离物(SMV-SY)进行了基因全序列的克隆及序列分析。经提取叶片总RNA,进行了RT-PCR鉴定。结果表明,其SMV-SY整条基因组由9 587个碱基组成,编码多聚蛋白的开放阅读框位于第132～9 335 nt,得到全基因序列上传至NCBI数据库,获得登录号为MK350280; BLAST比对结果显示,SMV-SY与其他分离物全基因组核苷酸序列之间的一致性在90.94%～96.86%;与国内外SMV不同分离物构建全基因组核苷酸序列系统进化树。分析表明,其与中国哈尔滨、江苏、以及伊朗和美国的分离物亲缘关系较近,与中国河北、重庆、南昌、广西、以及韩国和加拿大的分离物关系较远。     

番木瓜环斑病毒山东分离物的全基因组序列分析

Papaya ringspot virus (PRSV) is a major limiting factor to cucurbit production worldwide. One zucchini sample showing symptoms of leaf mosaic and fruit ringspot was collected from Ji’nan city of Shandong province. Primary experiments showed that the sample was infected with PRSV, which was designated as PRSV-SD accordingly. The complete genomic fragment of PRSV-SD was obtained with RT-PCR. The results of sequencing showed that the full genomic sequence of PRSV-SD was 1 0337 nucleotides (nt) excluding the 3′- terminal poly (A) tail. The 5′- and 3′-untranslated regions (UTR) were 90 and 206 nt, respectively. The putative polyprotein was 3 346 amino acids in length. Comparison of the PRSV-SD isolate with 18 other PRSV isolates revealed that they shared nucleotide identities of 82.1%~89.3% at the complete genomic levels and amino acid identities of 90.6%~94.7% for the polyprotein. No recombination was detected throughout the genome of PRSV-SD. Phylogenetic analysis with complete genomic sequences indicated that the PRSV isolates were clustered into two major groups: Asia and America and PRSV-SD was clustered to the Asia group. Selection pressure analysis revealed that all of the 11 proteins of PRSV-SD were under negative selection, but positive selection sites were detected in P1, P3, 6K1, NIa-pro and NIb. Our research results provide a theoretical foundation for the detection and prevention of PRSV. Key words:Papaya ringspot virus; complete genomic sequence; phylogenetic analysis; selection pressure; recombination 中图分类号:S436.429; Q939.46 文献标识码:A 文章编号:0412-0914(2018)02-0285-04 番木瓜环斑病毒(Papaya ringspot virus,PRSV)属于马铃薯Y病毒科(Potyviridae)马铃薯Y病毒属(Potyvirus)^[1]。根据寄主范围可划分为P和W 2个株系,其中P株系侵染番木瓜(Carica papaya L.)和葫芦科(Cucurbitaceae)作物,而W株系只侵染葫芦科作物,两者血清学反应密切相关。PRSV可引起植株叶片褪绿、花叶、卷曲等症状,在果实表面形成环斑。 PRSV于20世纪40年代末在美国首次报道,目前该病毒在巴西、印度、波兰等国均有发生^[2]。2000~2001年,PRSV使我国海南番木瓜损失严重。2005年以来,我国广东、四川先后检测到PRSV侵染罗汉果、苦瓜等葫芦科作物^[3]。2016年从山东西葫芦上检测到PRSV,该分离物属于W株系^[4]。我国关于PRSV进化的研究大多集中于P株系,有关W株系全基因组序列分析的报道相对较少。为了进一步研究我国PRSV-W株系的基因组特性,为PRSV的监测预警提供依据,我们测定了PRSV山东分离物的全基因组序列,并进行了核苷酸和氨基酸序列一致率、重组、系统发育和基因选择压力分析。 2期黄显德,等:番木瓜环斑病毒山东分离物的全基因组序列分析 植物病理学报48卷 1 材料与方法 1.1 材料 发病西葫芦样品采自山东省济阳县。大肠杆菌DH5α由本实验室保存。植物总RNA提取试剂盒TRIzol、DNA凝胶回收试剂盒等均购自北京全式金公司;Taq DNA聚合酶、 pMD18-T克隆载体等购自TaKaRa公司;SuperScript^TM Ⅳ逆转录酶购自Invitrogen公司。其他生化试剂及普通化学试剂均为进口或国产分析纯。 1.2 实验方法 1.2.1 扩增策略及引物合成 根据GenBank中PRSV基因组序列,设计引物分4段扩增基因组序列。根据所得序列设计5′-RACE引物扩增5′-端片段。测序后用SeqMan拼接得到全基因组序列。所用引物详见表1。 1.2.2 植物总RNA提取及RT-PCR扩增 按照RNA提取试剂盒说明书进行植物总RNA提取。以总RNA为模板,用随机引物反转录合成cDNA。通过4次PCR和5′-RACE扩增PRSV-SD基因组片段。 1.2.3 克隆及序列测定 电泳分离PCR产物,切胶回收后连接到pMD18-T载体上,转化E. coli DH5α感受态细胞,挑选阳性克隆进行核苷酸测序。     

甜瓜黄斑病毒在海南黄瓜上的发生分布及序列分析

 应用特异性引物MYSV-L-F和MYSV-L-R对海南5个市县采集的150份疑似感染病毒病的黄瓜样品进行RT-PCR检测,在三亚、乐东和东方等3个市县的18份样品中检测到甜瓜黄斑病毒(Melon yellow spot virus, MYSV)。选取采自三亚的分离物C29(MYSV-Hainan)进行MYSV全基因组克隆及序列分析,结果表明:该分离物的L RNA、M RNA和S RNA基因组全长分别为8 918 nt、4 815 nt和3 257 nt,与已知MYSV分离物的核苷酸相似性分别为97.4%~97.7%、96.2%~97.9%和94.8%~99.8%,系统进化关系分析与相似性分析一致,序列相似值越高,系统进化关系越近。     

甜瓜黄斑病毒在海南黄瓜上的发生分布及序列分析

 应用特异性引物MYSV-L-F和MYSV-L-R对海南5个市县采集的150份疑似感染病毒病的黄瓜样品进行RT-PCR检测,在三亚、乐东和东方等3个市县的18份样品中检测到甜瓜黄斑病毒(Melon yellow spot virus, MYSV)。选取采自三亚的分离物C29(MYSV-Hainan)进行MYSV全基因组克隆及序列分析,结果表明:该分离物的L RNA、M RNA和S RNA基因组全长分别为8 918 nt、4 815 nt和3 257 nt,与已知MYSV分离物的核苷酸相似性分别为97.4%~97.7%、96.2%~97.9%和94.8%~99.8%,系统进化关系分析与相似性分析一致,序列相似值越高,系统进化关系越近。     

两种葫芦科病毒的分子检测和致病性研究

 小西葫芦黄化花叶病毒(ZYMV)和黄瓜花叶病毒(CMV)是浙江及其周边地区侵染葫芦科植物最主要的病毒种类。本文通过RT-PCR和基因克隆,获得了侵染南瓜的CMV杭州分离物(HZ01S10)的3'端序列,通过CP氨基酸序列同源性分析,确定其属于CMV亚组I;分别以³²P标记的ZYMV和CMV基因组cDNA作为探针,用RNA点杂交方法定点检测了浙江地区自然感病的葫芦科作物中以上2种病毒的发生情况。ZYMV和CMV在葫芦科作物上的发生表现出显著的季节性差异:夏季CMV发生普遍,只有部分南瓜和甜瓜感染ZYMV;ZYMV则主要发生在秋季,同一时期未检测到CMV。此外,幼苗期接种试验显示:以上2种病毒对西葫芦(早青一代)、丝瓜(中长)、黄瓜(津绿4号)的致病性存在明显差异,供试西葫芦对ZYMV比较敏感,供试丝瓜对CMV更敏感,而供试黄瓜品种对以上2种病毒均表现抗病。复合侵染在丝瓜和西葫芦上加重病害发生程度。     

侵染梨的苹果茎痘病毒基因组序列及小RNA分析

苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus,ASPV)是危害梨(Pyrus spp.)和苹果(Malus spp.)的重要病毒。本研究采用小RNA深度测序技术获得了ASPV基因组的部分序列,在此基础上设计引物对该病毒基因组进行RT-PCR扩增,通过序列拼接得到1个来源于玉露香(Yuluxiang)梨的ASPV分离物(YLX)长度为9 291个核苷酸(nt)(不包括基因组5'末端约30个核苷酸)的基因组序列,该序列与已报道的13个ASPV分离物的基因组核苷酸序列相似性为71.6%~80.7%,与多个来自苹果的ASPV分离物系统进化关系较近。首次分析了来源于ASPV基因组的干扰性小RNA(siRNA),发现来源于ASPV基因组链和互补链的siRNA长度均以21 nt和22 nt为主,siRNA的5'端具有一定的碱基偏好性。本研究结果为深入了解ASPV的分子特性提供了重要信息。     

黄瓜绿斑驳花叶病毒海南分离物基因组测定与毒源分析

为分析2012年采自海南西瓜上具黄瓜绿斑驳花叶病毒侵染典型症状的病毒分离物CGMMV-HaiN12的分子特征和可能来源, 以病叶总RNA为模板, 分3段进行RT-PCR扩增, 测定了该分离物基因组全长序列。结果表明CGMMV-HaiN12基因组全长为6 425 bp（GenBank登录号KC852074）, 与已报道的CGMMV分离物相比, 除5′和3′端非编码区核苷酸数目略有不同外, 编码区的基因结构完全相同。CGMMV-HaiN12全基因组序列与韩国分离物AF417242的相似性为99.6%、遗传距离为0.004, 在进化树的末端两者聚为一支。将CGMMV-HaiN12与已发布的中日韩分离物的外壳蛋白基因序列进行遗传进化分析, 所有分离物在0.000~0.027的遗传距离上聚为一支, 显示这些分离物具有高度的相关性, 而与欧洲的西班牙和俄罗斯的2个代表分离物具有较大差别。在进化树末端, CGMMV-HaiN12与3个韩国分离物（AJ245440、JF838188、AF417242）、2个我国湖南分离物（JQ715592、JQ715595）聚为一支, 表明CGMMV-HaiN12可能由韩国传入, 并且与传入我国湖南的分离物高度同源。在海南本地不进行西瓜制种的情况下, 为控制CGMMV在海南的危害应加强对进入海南的西瓜和砧木种子的检疫工作。