猪3号染色体上与产仔性状和窝内仔猪初生重整齐度显著关联的标记鉴定

试验旨在寻找与猪产仔性状和窝内仔猪初生重整齐度显著关联的分子标记,为猪繁殖性状的遗传改良提供依据。在课题组前期进行的猪全基因组清扫分析的基础上,选定猪3号染色体上的2个SNPs位点（rs338309012和rs335824784）,利用目标序列捕获测序分型技术,在丹系大白猪和美系大白猪群中对这2个SNPs位点与猪产仔性状（包括总产仔数、产活仔数、死胎及木乃伊胎数等）及窝内仔猪初生重整齐度进行关联分析。结果显示,rs338309012位点与总产仔数、木乃伊胎数显著关联（P<0.05）,AC基因型母猪的总产仔数、木乃伊胎数均显著高于CC基因型（P<0.05）;rs335824784位点与有效活仔数、木乃伊胎数显著关联（P<0.05）,与产活仔数和死胎数极显著关联（P<0.01）,不同基因型对产活仔数和有效活仔数的影响为GG > CG > CC,与之相反,对窝内仔猪初生重的变异系数、死胎及木乃伊胎数的影响为GG < CG < CC。因此,rs335824784位点GG基因型猪不仅产活仔数多,而且窝内仔猪初生重整齐,死胎和木乃伊胎数低,可以作为提高猪产仔性状和窝内仔猪初生重整齐度的分子标记。     

猪SRRM3基因多态性与母猪产仔数性状的关联分析

本实验旨在探究猪SRRM3基因单核苷酸多态性（SNP）位点rs326267396与母猪产仔数性状的关系。基于前期GWAS数据筛选出与母猪产仔数性状相关的候选基因SRRM3,本研究选取465头大白猪作为实验对象,通过Sanger测序检测SRRM3基因内SNP位点,并与母猪产仔数性状进行关联分析。SRRM3基因rs326267396位点存在G>T突变,且检测出GG、GT、TT 3种基因型。结果显示GT基因型个体较多,GG基因型和GT基因型个体的总产仔数、产活仔数和健仔数都显著高于TT基因型个体,且总产仔数和产活仔数的加性效应达到显著水平,而健仔数的加性效应与母猪产仔数的显性效应均未达到显著水平。此外,定量结果显示猪SRRM3基因在卵巢、子宫和心脏组织中高表达,其中在子宫组织中表达量最高;采用生物信息学方法预测出与SRRM3基因rs326267396位点不同亚型结合的转录因子发生变化;以及SRRM3基因可能通过与CDC5L蛋白（调节卵母细胞的减数分裂和成熟）结合参与调控母猪的繁殖性能。综上,SRRM3基因rs326267396位点与产仔数性状显著相关,推测SRRM3基因可作为大白猪繁殖...     

大白猪FST基因多态性与生长和繁殖性状的关联分析

本实验旨在研究卵泡抑素（FST）基因多态性与猪生长、繁殖性状的关系,为母猪生长、繁殖性能提供新的遗传标记。选用大白猪为实验对象,采用DNA混池测序对猪FST基因多态位点进行筛选,利用GenoPlexs?基于多重PCR的靶向测序基因型分型技术对候选单核苷酸多态性（SNP）进行分型,并与大白母猪出生重、达100 kg时的生长性能（日增重、背膘厚、体重日龄、眼肌面积和眼肌厚）、母系指数、父系指数、繁殖指数、出生乳头数、终身繁殖性能（总产仔数、产活仔数、死胎数、产仔窝重、仔猪21日龄窝重和妊娠期）进行关联分析。结果显示,在FST基因中筛到3个单碱基突变,分别为g.32808636G>A、g.32809116A>G、g.32809757T>A。其中g.32809116A>G为同义突变,突变后未改变FST基因mRNA二级结构。FST基因的g.32808636G>A、g.32809116A>G、g.32809757T>A 3个位点完全连锁遗传（D’=1,R2=1）,且表型值完全相同,对父系指数、出生乳头数、终身产仔窝重、死胎数、100 kg眼肌面积和眼肌厚有...     

大白猪BMPR-ⅠB基因多态性及其与繁殖性状的相关性研究

试验旨在研究不同品系大白猪骨形态发生蛋白受体ⅠB（bone morphogenetic protein receptor-ⅠB,BMPR-ⅠB）基因多态性及其与繁殖性状的相关性。采用Hi-SNP中高通量基因分型技术对BMPR-ⅠB基因多态位点进行分型,利用SPSS统计软件,采用最小二乘法将各位点不同基因型与总产仔数、产活仔数、死胎数、畸形头数进行相关性分析。结果显示,不同品系大白猪在BMPR-ⅠB基因746A > G和852G > A位点均未检测到多态性,804G > C位点上均表现为GG基因型为优势基因型,G为优势等位基因;960C > T位点在美系大白猪中以CC基因型频率较高,而在英系大白猪中以TT基因型频率较高,在加系大白猪中CT基因型频率较高,3个不同品系大白猪群体在804G > C和960C > T位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P > 0.05）。804G > C位点在3个不同品系大白猪中对总产仔数、产活仔数、死胎数、畸形数等繁殖性状均无显著影响（P > 0.05）。960C > T位点在美系大白猪群体中TT基因型死胎数极显著低于CC基因型1.027头（P < 0.01）;英系大白猪群体中TT基因型总产仔数显著高于CC基因型1.976头（P < 0.05）,极显著高于CT基因型2.118头（P < 0.01）;加系大白猪中TT基因型产活仔数显著高于CC基因型0.886头（P < 0.05）,死胎数、畸形头数显著低于CC基因型0.707和0.337头（P < 0.05）。960C > T位点中TT基因型可作为3个不同品系大白猪繁殖性状的标记基因型。     

大白猪BMPR-ⅠB基因多态性及其与繁殖性状的相关性研究

试验旨在研究不同品系大白猪骨形态发生蛋白受体ⅠB(bone morphogenetic protein receptor-ⅠB,BMPR-ⅠB)基因多态性及其与繁殖性状的相关性。采用Hi-SNP中高通量基因分型技术对BMPR-ⅠB基因多态位点进行分型,利用SPSS统计软件,采用最小二乘法将各位点不同基因型与总产仔数、产活仔数、死胎数、畸形头数进行相关性分析。结果显示,不同品系大白猪在BMPR-ⅠB基因746AG和852GA位点均未检测到多态性,804GC位点上均表现为GG基因型为优势基因型,G为优势等位基因;960CT位点在美系大白猪中以CC基因型频率较高,而在英系大白猪中以TT基因型频率较高,在加系大白猪中CT基因型频率较高,3个不同品系大白猪群体在804GC和960CT位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。804GC位点在3个不同品系大白猪中对总产仔数、产活仔数、死胎数、畸形数等繁殖性状均无显著影响(P0.05)。960CT位点在美系大白猪群体中TT基因型死胎数极显著低于CC基因型1.027头(P0.01);英系大白猪群体中TT基因型总产仔数显著高于CC基因型1.976头(P0.05),极显著高于CT基因型2.118头(P0.01);加系大白猪中TT基因型产活仔数显著高于CC基因型0.886头(P0.05),死胎数、畸形头数显著低于CC基因型0.707和0.337头(P0.05)。960CT位点中TT基因型可作为3个不同品系大白猪繁殖性状的标记基因型。     

大白猪ENO3基因多态性及其与生长性状的关联分析

【目的】挖掘大白猪β-烯醇化酶(β-enolase, ENO3)基因单核苷酸多态性(SNP)位点,分析SNP间的连锁不平衡程度及其与生长性状的相关性。【方法】选取大白母猪316头,采用混合DNA样本PCR扩增产物测序,确定ENO3基因SNP位点。采用GenoPlexs分型技术对每个个体的目标SNP位点进行基因分型,并与大白猪体重达100 kg时的日增重、日龄、背膘厚、眼肌面积和眼肌厚进行连锁不平衡和关联分析,探究ENO3基因SNP与大白猪生长性状的相关性。【结果】共鉴定出9个SNPs位点,均为已知SNPs,其中rs196953768与rs324943047、rs345530479、rs329283992完全连锁(D’=1,r²=1),与rs342598032呈强连锁(D’=1,r²=0.99);rs327882211与rs341541240、rs325279236呈强连锁(D’=1,r²>0.7)。ENO3基因rs196953768及完全连锁位点与大白猪体重达100 kg时的日龄和日增重均呈显著相关(P<0....     

猪多潜能性维持因子5基因遗传多态性及其与繁殖性状的关联分析

旨在研究猪多潜能性维持因子5( Dppa5)基因的遗传多态性及其与母猪繁殖性状的遗传效应.通过基因池测序的方法寻找该基因的突变位点,并采用PCR-RFLP进行基因型检测,最后将其与大白猪和北京黑猪的繁殖性状进行关联分析.结果表明:(1)在猪Dppa5基因外显子上存在2个错义突变位点(g.363 T＞C和g.844 G＞T).(2)2个位点在大白猪和北京黑猪上均表现出多态性.(3)2个位点对经产母猪的仔猪初生窝质量的影响显著,对总产仔数和产活仔数的影响不显著.结合已有的研究结果分析,可将该基因作为影响母猪繁殖性状的候选基因之一做进一步研究.     

猪MAP2K6基因多态性及其与经济性状的关联分析

本实验旨在探究猪丝裂原活化蛋白激酶激酶6(Mitogen-Activated Protein Kinase Kinase 6,MAP2K6)多态性与猪重要经济性状的关系,为猪育种提供新的标记资源。实验选用法系大白猪为研究对象,采用质谱技术对猪MAP2K6基因的SNPs位点进行基因分型,同时利用线性混合模型分析单个标记位点与猪重要经济性状的相关性,共检测出4个SNPs,通过与生长育肥和乳头数性状的关联分析表明,rs345304630(SNP1)、rs325278117(SNP2)和rs332017877(SNP3)与达100 kg体重日龄和右乳头数显著相关,rs325752048(SNP4)与眼肌面积显著相关;连锁不平衡结果表明,MAP2K6基因SNP1、SNP2和SNP3处于强连锁不平衡状态。结果提示,在育种进程中,通过对优质基因型的选择来缩短母猪达100 kg体重日龄,增加母猪的泌乳和带仔能力,对提高哺乳仔猪的存活率和断奶重具有重要意义,也可为猪生长育肥和乳头数性状的分子标记的挖掘和利用提供一定的理论依据。     

大白猪OPN与FSH-β基因多态性对其繁殖性能的影响

为探讨OPN和FSH-β基因多态性与大白母猪繁殖性状的相关性,研究采用了PCR和琼脂糖凝胶电泳技术对1 011头大白猪群体中OPN和FSH-β基因的多态性进行检测,并对不同基因型的总产仔数、产活仔数、健仔数、木乃伊胎、死胎、窝重等繁殖性状进行了关联性分析。分析结果表明,经产母猪中OPN基因AB型个体的总产仔数和健仔数显著比AA型个体少0.35头/胎和0.23头/胎(P 0.05);经产母猪FSH-β基因AB型的总产仔数显著高于BB型0.2头/胎(P 0.05)。在初生窝重性状上AB基因型显著高于AA基因型0.54 kg/胎(P 0.05);经产母猪中合并基因型BBAA型的总产仔数比ABBB型多0.45头/胎。大白猪OPN-FSHβ合并基因型中最优分子标记组合为BBAA,OPN和FSH-β基因对大白猪的繁殖性状有一定的影响。     

大白猪产仔数相关基因多态性及其遗传效应

为比较繁殖性状主效基因对不同品系大白猪产仔性能的影响,以便在不同品系大白猪选种实际应用提供依据,本试验采用PCR-RFLP技术,分别对促卵泡素亚基β(FSHβ)、催乳素受体(PRLR)、视黄醛结合蛋白(RBP4)、核受体辅激活蛋白Ⅰ(NCOA1)、瘦素(LEP)等5种与繁殖性状相关候选基因的基因型频率以及不同基因型的总产仔数和产活仔数在英系、美系大白猪群体中进行了检测与关联分析。结果显示:NCOA1和LEP基因多态位点分别在英系和美系大白猪中未检测到BB基因型,其他基因多态位点均存在AA、AB、BB等3种基因型,在美系大白猪群体中5个基因多态位点均符合Hardy-Weinberg平衡定律(P>0.05);而在英系大白猪群体中除在FSHβ、NCOA1、LEP基因多态位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)外,在PRLR、RBP4基因多态位点处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P<0.01)。各基因不同基因型与产仔性状关联分析结果表明,无论是英系大白猪还是美系大白猪,FSHβ基因多态位点在窝总产仔数和产活仔数中均表现为BB型为有利基因型,在美系大白猪中BB型较AA型总产仔数高1.6961头(P<0.05),产活仔数高1.696 9头(P<0.05),但在英系大白猪中不存在显著差异(P>0.05);LEP基因在英系大白猪中BB型为有利基因型,分别较AA型母猪总产仔数高0.790 7头、产活仔数高1.409 3头(P<0.05),而在美系大白猪中不存在显著差异(P>0.05);PRLR、RBP4、NCOA1基因对产仔数不存在显著差异(P>0.05)。     

大白猪PTGS2基因外显子2多态性及其与繁殖性状的关联分析

试验旨在研究前列腺素内过氧化物合酶2（prostaglandin-endoperoxide synthase 2,PTGS2）基因的单核苷酸多态性,并将其与大白猪的繁殖性状进行关联分析,为猪分子遗传标记提供依据。以美系及法系纯种大白猪基因组DNA为模板,构建DNA混合池,通过克隆测序比对,检测猪PTGS2基因的遗传变异;采用PCR-RFLP技术对多态性位点进行基因分型,并与目标性状进行关联分析。结果显示,在猪PTGS2基因外显子2上存在1个g.86A>G碱基突变,并具有Msp Ⅰ酶切位点多态性,且在大白猪群体中检测到AA、AG和GG 3种基因型;哈迪-温伯格平衡检验结果显示,在法系大白猪群体中,PTGS2基因g.86A>G多态性分布达到遗传平衡状态（P>0.05）。关联分析结果表明,在美系大白猪群体中,AA基因型初产母猪弱仔数显著少于AG基因型（P<0.05）,AA基因型经产母猪初生窝重显著高于AG基因型（P<0.05）;在法系大白猪群体中,GG基因型个体总产仔数、健仔数和初生窝重均高于AA和AG基因型,但未达到显著水平（P>0.05）。PTGS2基因外显子2 g.86A>G多态性位点显著影响初生窝重和弱仔数,可作为猪分子标记辅助选择育种的潜在位点。     

PRLR、RBP4基因多态性分布及其对大白猪产仔数的影响

为了研究猪繁殖性状候选主效基因PRLR、RBP4多态性在大白猪群中的遗传效应,并应用于遗传改良,试验检测了278头大白母猪的基因多态性分布,分析了2个基因多态性位点不同基因型与该群体1418胎总产仔数和产活仔数的遗传效应。结果表明,PRLR基因位点上优势等位基因为B,其频率为0.538;头胎、二胎和所有胎次各基因型母猪的总产仔数大小均为BBABAA,经产胎次各基因型母猪则为ABBBAA,但均没有显著差异,产活仔数的分析也得到了相似的结果;RBP4基因位点在该群体中均为AA型纯合子。     

大白猪繁殖性状全基因组关联分析

本研究利用全基因组关联分析（GWAS）挖掘与大白猪总产仔数（TNB）、产活仔数（NBA）和健仔数（NHP）相关的候选基因。选择1 100头大白猪为实验材料，通过提取耳尾组织样DNA并利用“中芯一号”芯片进行基因型分型，采用PLINK v1.9对获得的基因型数据进行质控后用于GWAS研究。rMVP软件对每个SNP与性状做关联分析，确定出显著位点。结果表明：对于TNB性状共有3个SNPs呈基因组水平或染色体水平显著；NBA性状共有4个SNPs呈基因组水平或染色体水平显著；NHP分析得到18个SNPs呈基因组水平或染色体水平显著。在上述显著SNPs附近共有23个候选基因，根据基因功能注释推测ESR1、ZP3、YWHAG、HSPB1、MDH2、PCCB是能够影响繁殖性状的重要候选基因。     

ESR、OPN和RBP4基因多态性对大白猪繁殖性状的影响

为了探讨雌激素受体（estrogen receptor,ESR）、骨桥蛋白（osteopontin,OPN）和视黄醇结合蛋白4（retinol binding proteins 4,RBP4）的多态性对大白猪繁殖性状的影响,本研究采用PCR-RFLP技术检测试验猪群ESR、OPN和RBP4基因的多态性,并分析其对大白猪总产仔数、产活仔数、健仔数、窝重、初生重、死胎、木乃伊、弱仔数和畸形数等性状的影响。结果显示,在大白经产母猪中,ESR和OPN基因的优势基因为A等位基因,RBP4基因的优势基因为B等位基因;ESR基因AB与BB基因型在总产仔数、产活仔数性状上均高于AA基因型;OPN基因在总产仔数性状上AA基因型最高,在产活仔数、健仔数、窝重性状上均为BB > AA > AB;RBP4基因在总产仔数、产活仔数、健仔数、窝重性状上均为AA > BB > AB;合并基因型分析发现ESR-RBP4最优的分子标记组合为ABAA;OPN-RBP4最优的分子标记组合为BBAA。因此,ESR、OPN和RBP4基因多态性与大白猪繁殖性状相关。     

ESR和FSH-β基因多态性对大白猪繁殖性能的影响

为探讨雌激素受体基因(ESR)和卵泡刺激素β亚基基因(FSH-β)的多态性对大白猪繁殖性状的影响,本文采用PCR和PCR-RFLP技术检测大白母猪群的ESR和FSH-β基因多态性,并分析其对大白母猪总产仔数、总活仔数、健仔数、死胎、木乃伊数和初生窝重等性状的影响。结果表明:ESR和FSH-β基因的优势基因均为B等位基因;对于初产母猪,ESR和FSH-β基因BB型比AA型在总产仔数、总活仔数、健仔数性状上高0.06~1.14头(P0.05);对于经产母猪,ESR基因BB型比AA型总活仔数、健仔数分别高0.12头和0.07头(P0.05),FSH-β基因在总产仔数、总活仔数、健仔数性状上AA型高于BB型0.04~0.24头(P0.05);合并基因型分析发现ESR和FSH-β基因的有利合并基因型在初产母猪为ABAA,经产母猪为BBAA;BBAA合并基因型在总产仔数、总活仔数、健仔数性状上分别显著高于AAAA合并基因型2.03、1.75、1.65头(P0.05)。因此,ESR和FSH-β基因多态性与大白猪繁殖性状相关。     

ESR、FSHβ及OPN基因多态性与母猪繁殖性状的关联分析

采用PCR-RFLP法对大白猪和长白猪猪群进行了雌激素受体基因(ESR)、卵泡促激素β亚基基因(FSHβ)和骨桥蛋白基因(OPN)等3个与繁殖性能相关的基因多态性检测,并对不同基因型的总产仔数、产活仔数及出生窝重进行了相关分析.结果表明:①在长白猪中,ESR和OPN基因的优势基因是A等位基因,FSHβ基因的优势基因是B等位基因;在初产母猪中,ESR基因BB型个体比AA型个体总产仔数、产活仔数及出生窝重高,FSHβ基因AA型个体比BB型个体总产仔数、产活仔数及出生窝重上高,OPN基因BB基因型个体比AA基因型个体总产仔数少1.20头,差异显著(P<0.05);在经产母猪中,OPN和FSHβ基因AA型个体比BB型个体总产仔数和产活仔数高,ESR基因总产仔数、产活仔数规律与初产母猪相反.②在大白猪群体中,ESR基因的优势基因是A等位基因,FSHβ和OPN基因的优势基因是B等位基因;在初产母猪中,ESR基因AA型比BB型个体产活仔数和出生窝重高,OPN和FSHβ基因AA型个体比BB型个体总产仔数和产活仔数高;在经产母猪中,ESR、OPN及FSHβ基因全都表现出BB型比AA型个体总产仔数和产活仔数高的趋势.     

大白猪和长白猪EPOR基因第4内含子多态性与繁殖性状的关联分析

本研究以大白猪和长白猪为研究对象,以促红细胞生成素受体(erythropoietin receptor,EPOR)基因作为产仔性状的候选基因,采用PCR-SSCP方法来检测EPOR基因第4内含子C\T突变多态性,研究此位点多态性与猪繁殖性状之间的关联性。结果发现,在长白猪和大白猪中存在AA、AB和BB共3种基因型,在2个群体中处于中度多态。利用SAS 8.0软件采用最小二乘法拟合线性模型,将不同基因型与总产仔数(TNB)、产活仔数(NBA)和初生重(WB)进行了关联分析,结果表明,长白猪初产母猪BB基因型个体的WB显著高于AB、AA基因型个体(P<0.05);经产母猪BB基因型个体的TNB显著高于AB基因型个体(P<0.05);B等位基因对初产母猪TNB、NBA和WB均表现为正效应。大白猪初产母猪BB基因型个体的TNB、NBA和WB都高于AA型和AB型个体,但差异均不显著(P>0.05);经产母猪AB基因型个体的WB显著高于AA基因型个体(P<0.05);B等位基因对初产母猪TNB、NBA和WB都表现为正效应。     

ESR与NCOA1基因多态性对大白猪繁殖性能的影响

为研究ESR与NCOA1基因多态性对大白猪产仔数的影响。试验采用PCR-RFLP技术检测基因多态性,并分析基因型与母猪的产仔数的关系。结果两个基因都检测到了3种基因型。分析发现经产母猪中ESR基因BB型个体的健仔数比AA型个体多0.31头,经产母猪NCOA1基因AB型个体的死胎比AA型多0.10头。经产母猪中合并基因型AAAB型的活仔数和健仔数比AAAA型多0.49和0.48头;而ABAA型个体的活仔数和健仔数比AAAA型多0.27和0.14头。结果表明,ESR和NCOA1基因对大白猪的繁殖性状有一定的影响。     

Leptin基因第3469位点基因型对合作猪繁殖性能和体尺的影响

以Leptin基因作为控制猪产仔性状和生长性状的候选基因,采用PCR-SSCP技术在合作猪群体中进行单核苷酸多态性(SNPs)检测,分析Leptin基因的遗传多样性及突变位点基因型频率与基因频率。同时,结合生长性状和母猪产仔性状记录,研究了不同基因型对产仔性状、生长性状的遗传效应。结果:通过对合作猪Leptin基因SNPs分析,检测到了2个等位基因,3种基因型。Leptin基因第3469位点的基因型效应对合作猪体重、体高、胸围、头长、头胎总产仔数、2胎总产仔数、2胎活产仔数、3胎总产仔数、3胎活产仔数和4胎活产仔数影响均显著(P0.05),而对体长、头胎活产仔数和4胎总产仔数影响不显著(P0.05)。这表明Leptin基因第3469位点的突变与合作猪的产仔数和生长性状有密切关系,Leptin基因可作为控制合作猪产仔性状和生长性状的候选基因。     

ESR、FSHβ及OPN基因多态性与母猪繁殖性状的关联分析

采用PCR-RFLP法对大白猪和长白猪猪群进行了雌激素受体基因（ESR）、卵泡促激素β亚基基因（FSHβ）和骨桥蛋白基因（OPN）等3个与繁殖性能相关的基因多态性检测,并对不同基因型的总产仔数、产活仔数及出生窝重进行了相关分析。结果表明：①在长白猪中,ESR和OPN基因的优势基因是A等位基因,FSHβ基因的优势基因是B等位基因;在初产母猪中,ESR基因BB型个体比AA型个体总产仔数、产活仔数及出生窝重高,FSHβ基因AA型个体比BB型个体总产仔数、产活仔数及出生窝重上高,OPN基因BB基因型个体比AA基因型个体总产仔数少1.20头,差异显著（P＜0.05）;在经产母猪中,OPN和FSHβ基因AA型个体比BB型个体总产仔数和产活仔数高,ESR基因总产仔数、产活仔数规律与初产母猪相反。②在大白猪群体中,ESR基因的优势基因是A等位基因,FSHβ和OPN基因的优势基因是B等位基因;在初产母猪中,ESR基因AA型比BB型个体产活仔数和出生窝重高,OPN和FSHβ基因AA型个体比BB型个体总产仔数和产活仔数高;在经产母猪中,ESR、FSHβ及OPN基因全都表现出BB型比AA型个体总产仔数和产活仔数高的趋势。