miR-126-5p在沙子岭猪睾丸组织差异表达分析及功能预测

利用实时荧光定量PCR(Real-time PCR)检测miR-126-5p在沙子岭猪睾丸组织8个不同发育时期(E90、D1、D30、D60、D90、D120、D150、D180)表达量,以了解其在动物睾丸发育及精子生成中的作用。利用miRanda、TargetScan和mirWalk 3个数据库预测miR-126-5p靶基因并取交集,利用David在线软件分析miR-126-5p靶基因的生物功能。结果表明,miR-126-5p在胚胎期(E90-D1)睾丸组织中高表达,而在生长期(D1-D90)表达量下调,但在沙子岭猪性成熟(D120)后表达量又上调,其中D1表达量最高,D90表达量最低,且二者与其他7个时期均差异极显著(P0.01);D30、E90、D180相互之间差异不显著(P0.05),且分别与其余各时期差异极显著(P0.01);D120与D30差异显著(P0.05),与其余各时期差异极显著(P0.01);D150与D60之间差异不显著(P0.05),二者分别与其余各时期差异极显著(P0.01)。miR-126-5p靶基因参与细胞增殖、凋亡、分化、细胞通讯、迁移及蛋白质转运等生物学过程(P0.001);靶基因分子功能包括蛋白二聚体活性、配体依赖性核受体活性(P0.001);KEGG分析显示miR-126-5p靶基因参与TGF-β、MAPK、细胞黏附等信号通路(P0.01)。结合miR-126-5p在睾丸组织不同发育时期表达差异结果及其靶基因功能预测结果,miR-126-5p可能参与沙子岭猪生殖细胞分化及精子生成调控,本研究为miR-126-5p在动物精子生中的作用及其调控机制的研究提供依据。     

沙子岭猪跨膜与卷曲螺旋域2(TMCO2)基因克隆、生物信息学及组织差异表达分析

利用RACE法克隆沙子岭猪TMCO2基因cDNA全长并进行生物信息学分析,应用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)对TMCO2基因在沙子岭猪D30时期8个不同组织(睾丸、肌肉、肺、心脏、肾脏、肝脏、脾脏、脂肪)及睾丸组织8个不同发育阶段(E90、D1、D30、D60、D90、D120、D150、D180)进行差异表达分析。结果表明:TMCO2基因克隆所得片段长740 bp,其中ORF区为546 bp,编码181个氨基酸。qRT-PCR结果显示,沙子岭猪D30时期TMCO2 mRNA在睾丸组织中表达量最高,其次为脾脏组织,而在其他组织中表达量极低,其中睾丸组织与其他组织表达量差异均为显著(P0.05);睾丸组织不同发育时期中,TMCO2 mRNA在D180时期表达量达到最高,在D1和D150时期表达量略有下降,其中D180与其他时期的差异均为极显著(P0.01),E90、D1、D30、D60 4个生长发育期时期表达量差异不显著(P0.05)。本试验首次克隆了沙子岭猪TMCO2基因cDNA全长并检测了其在猪不同组织及睾丸组织不同发育阶段表达量,为进一步研究TMCO2基因功能奠定基础。     

沙子岭猪ASB17基因克隆、生物信息学分析及组织差异表达研究

本研究利用RACE法克隆沙子岭猪ASB17基因cDNA全长并进行生物信息学分析,应用实时荧光定量PCR对ASB17基因在沙子岭猪D30时期9个不同组织（睾丸、肌肉、小肠、肺脏、心脏、肾脏、肝脏、脾脏、脂肪）及睾丸组织8个不同发育阶段（E90、D1、D30、D60、D90、D120、D150、D180）进行差异表达分析。结果显示,ASB17基因克隆所得片段长1 135 bp,其中ORF区为888 bp,编码295个氨基酸。实时荧光定量PCR结果显示沙子岭猪D30时期ASB17 mRNA在睾丸中表达量最高,其次为脂肪及脾脏,而在肌肉及小肠中表达量最低,其中睾丸与肌肉、小肠及肺脏中表达量差异显著（P<0.05）;睾丸组织不同发育时期中,ASB17 mRNA在D120、D150时期表达量达到最高,在D180时期表达量略有下降,其中E90、D1、D30、D60与D90、D120、D150、D180时期差异极显著（P<0.01）;D90与D180时期差异不显著（P>0.05）,与其余时期均差异极显著（P<0.01）;沙子岭猪性成熟期D120、D150、D180 3个时期表达量差异不显著（P>0.05）。本试验成功克隆了沙子岭猪ASB17基因cDNA全长并检测了其在猪不同组织及睾丸组织不同发育阶段表达量,为进一步研究ASB17基因功能奠定基础。     

不同氧浓度下猪睾丸间质细胞转录组分析

【目的】研究不同氧浓度下猪睾丸间质细胞表达谱差异,筛选缺氧导致猪睾丸间质细胞损伤的关键基因。【方法】将猪睾丸间质细胞分为缺氧组(1%氧气,H24组)、正常组(15.75%氧气,N24组),每组3个重复,在相应条件下分别处理24 h,用CCK8法检测细胞存活率;利用转录组测序技术筛选出缺氧组和正常组睾丸间质细胞中的差异表达基因,利用DESeq 2.0软件进行差异表达基因分析,并对差异表达基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,进一步筛选与氧含量相关的调控基因。【结果】缺氧刺激24 h后,与正常组相比,缺氧组猪睾丸间质细胞存活率极显著降低(P<0.01);转录组测序共获得1 654个差异表达基因,其中1 242个基因上调,412个基因下调。GO功能富集分析发现,共获得富集条目8条,其中生物过程1条,分子功能7条;KEGG通路富集分析发现,共获得10个显著富集的信号通路,包括HIF-1信号通路、JAK-STAT信号通路和糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路等。通过GO功能和KEGG通路富集分析共获得6个与缺氧应激相关的基因,分别为信号传导及转录激活蛋白5(signal transd...     

沙子岭猪GSG1基因克隆、生物信息学分析及组织表达

采用RACE技术克隆猪GSG1(Germ Cell-specific gene 1)基因cDNA1全长并进行生物信息学分析,利用实时荧光定量PCR对GSG1基因在沙子岭猪睾丸组织8个不同发育阶段(E90、D1、D30、D60、D90、D120、D150和D180)和30日龄时9个不同组织(睾丸、肌肉、小肠、肺、心脏、肾脏、肝脏、脾脏和脂肪)的表达量。结果表明:GSG1基因cDNA全长为1 257 bp,含1个长993 bp的开放阅读框,编码330个氨基酸。实时荧光定量PCR结果显示,GSG1基因在睾丸组织中的表达量最高,显著高于其余8个组织(P0.05),且其在肌肉、小肠、肺脏、心脏、肾脏和脂肪中的表达水平极低;GSG1基因在睾丸组织的E90、D1、D30和D60这4个发育时期的表达量较低,显著低于D90、D120、D150和D180这4个时期(P0.01)。本试验首次克隆了猪GSG1基因cDNA全长并检测了其在不同组织和不同发育阶段睾丸组织的表达,为进一步研究其调控猪睾丸发育和精子生成的机制奠定了理论基础。     

基于RNA-seq数据鉴定苏姜猪肉质性状相关基因

试验通过对苏姜猪背最长肌和腿肌进行转录组分析,旨在挖掘影响苏姜猪肌肉肉质性状的候选基因。选取90和180日龄苏姜猪各3头,利用RNA-seq技术对90日龄苏姜猪背最长肌、180日龄苏姜猪背最长肌和腿肌进行测序,对差异表达基因进行GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析。结果显示,180日龄苏姜猪背最长肌和90日龄苏姜猪背最长肌中有1 655个基因差异表达,其中474个基因表达上调,1 181个基因表达下调,GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析发现,474个表达上调基因主要参与肌肉纤维、转录调节、钙信号通路、MAPK信号通路、胰岛素信号通路、FOXO信号通路等生物学功能,1 181个表达下调基因主要参与免疫、造血、溶酶体、绑定、酶活性等生物学功能;180日龄苏姜猪背最长肌和腿肌中有383个基因差异表达,其中70个基因表达上调,313个基因表达下调,GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析发现,70个表达上调基因未能显著富集,313个表达下调基因主要参与细胞分化增殖、肌肉发育、细胞外基质、cGMP-PKG信号通路等生物学功能。本试验获得了苏姜猪背最长肌和腿肌组织的转录组信息,筛选出6个与苏姜猪肉质性状相关的候选基因：FOXO1、FOXO3、FOXO4、MYF6、A-FABP和H-FABP,为深入研究苏姜猪肉质性状的分子机理奠定基础。     

基于RNA-seq数据鉴定苏姜猪肉质性状相关基因

试验通过对苏姜猪背最长肌和腿肌进行转录组分析,旨在挖掘影响苏姜猪肌肉肉质性状的候选基因。选取90和180日龄苏姜猪各3头,利用RNA-seq技术对90日龄苏姜猪背最长肌、180日龄苏姜猪背最长肌和腿肌进行测序,对差异表达基因进行GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析。结果显示,180日龄苏姜猪背最长肌和90日龄苏姜猪背最长肌中有1 655个基因差异表达,其中474个基因表达上调,1 181个基因表达下调,GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析发现,474个表达上调基因主要参与肌肉纤维、转录调节、钙信号通路、MAPK信号通路、胰岛素信号通路、FOXO信号通路等生物学功能,1 181个表达下调基因主要参与免疫、造血、溶酶体、绑定、酶活性等生物学功能;180日龄苏姜猪背最长肌和腿肌中有383个基因差异表达,其中70个基因表达上调,313个基因表达下调,GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析发现,70个表达上调基因未能显著富集,313个表达下调基因主要参与细胞分化增殖、肌肉发育、细胞外基质、cGMP-PKG信号通路等生物学功能。本试验获得了苏姜猪背最长肌和腿肌组织的转录组信息,筛选出6个与苏姜猪肉质性状相关的候选基因:FOXO1、FOXO3、FOXO4、MYF6、A-FABP和H-FABP,为深入研究苏姜猪肉质性状的分子机理奠定基础。     

miR-450基因家族进化分析及其在沙子岭猪睾丸组织表达量分析

为探明miR-450基因家族(miR-450s)的系统进化历程及其在沙子岭猪睾丸组织不同发育时期表达规律。通过miRBase数据库检索miR-450s序列,利用Ensembl数据库信息确定miR-450s在不同物种中的基因组定位,采用MEGA 6.0构建miR-450基因家族的系统进化树,并利用RT-q PCR检测miR-450s在沙子岭猪睾丸组织不同发育期(E90、D1、D30、D60、D90、D120、D150、D180)的表达变化。miRBase数据库共检索15个物种36条miR-450s序列,且miR-450s序列具有高度保守性。基因组定位显示miR-450s位于X染色体上,均位于基因间隔区(Intergenic region,IGR),且miR-450基因家族成员在进化过程中紧密相连,可能由于串联重复所致。RT-q PCR结果显示,miR-450s在胚胎期中表达量显著高于出生后表达量(P0.01),且miR-450基因家族3个成员(miR-450a、miR-450b、miR-450c)在沙子岭猪睾丸不同发育阶段呈现出协同表达的特性。miR-450基因家族可能在猪睾丸组织发育过程中发挥重要调控作用。     

热应激下公兔睾丸组织形态和精液转录组分析

旨在深入了解公兔在热应激环境中睾丸组织形态改变及相应基因谱，对揭示热应激下公兔精液质量下降的机理具有重要意义。本研究选取了6只具有相同饲养水平，体况和体重相近的8月龄新西兰种公兔，通过建立热应激模型得到热应激组(8月份，HS)和未热应激组(5月份，NHS)各3只，分别采集2组公兔的睾丸和精液。通过HE染色，比较不同条件下睾丸组织结构的差异，并利用Illumina Hiseq高通量测序技术对精子进行转录组测序分析，通过生物信息学方法对2组样本间的差异表达基因进行GO、KEGG富集分析，并通过RT-qPCR方法验证转录组测序数据。公兔睾丸组织切片结果显示，与NHS组相比，HS组的睾丸中央出现明显的空泡化和撕裂，生精上皮较薄，受损情况显著，精子细胞数量下降。进一步以■和P<0.05为阈值，共筛选出与精子热应激响应相关的差异表达基因1 676个，包括ATP5MC1、MDH2、ALDH7A1、GAPDHS、PRPS1等，其中上调基因894个，下调基因782个。GO分析结果显示，差异表达基因富集在应激反应、蛋白质代谢过程、催化活性等相关条目上，KEGG结果显示，差异表达基因富集到MAPK、P...     

公猪胚胎期和成年期睾丸组织转录组差异分析

睾丸是雄性动物的生殖器官，具有产生雄激素和雄性生殖细胞的功能。因此，睾丸的发育形态对猪养殖生产具有重大影响。本实验选取DLY公猪胚胎期（妊娠105 d）和成年期（日龄200 d）睾丸为研究对象，对睾丸组织进行形态学观察和高通量转录组测序，并对差异表达基因进行功能富集分析。形态学观察结果表明：相较于雄性胎猪，成年公猪生精小管直径更大，生精上皮更厚，已有完整的生精结构，并可见各发育阶段精子细胞。转录组测序结果表明，共鉴定出6 296个差异表达基因。差异基因显著富集在精子发生、多细胞生物发育和细胞分化等生物过程，可能在代谢、细胞黏附、细胞周期和AMPK等通路发挥作用。本研究结果揭示了公猪胚胎期和成年期睾丸组织的形态学和转录组学的差异，为后期猪睾丸发育研究提供参考。     

4个发育期香猪睾丸中piRNA簇的生物信息学分析

为明确piRNA簇(Piwi-interactiing RNA Clusters)在香猪睾丸发育过程中的表达规律和调节作用,本实验选择4个发育期的雄性香猪12头:断奶期(2月龄)、初情期(3月龄)、性成熟期(6月龄)和体成熟期(12月龄),构建了4个小RNA文库,经小RNA测序,研究睾丸piRNA簇的数量、分布、来源、功能以及表达规律。结果显示:从4个发育期睾丸组织中共发现了758个piRNA簇,其中198个簇2个及2个以上发育期共表达。piRNA簇在染色体上的分布不均匀,6号、14号染色体最为密集,Y染色体上没有检测到piRNA簇。4个发育期香猪睾丸中58%以上的piRNA簇处于低丰度表达(CPM1),转座因子(TE)衍生的piRNA簇比例随月龄增加而下降,cDNA里检测到的piRNA簇保持较高数量。对piRNA簇来源基因进行GO分析,发现主要富集于binding功能,从中发现3个piRNA簇(簇Clu-003、簇Clu-033和簇Clu-025)与精子发生相关。这些研究结果提示piRNA簇影响香猪睾丸的发育过程。     

基于iTRAQ技术挖掘德保猪睾丸内调控繁殖的关键蛋白

为了筛选德保猪性成熟前后睾丸中差异表达蛋白(differentially expressed proteins, DEPs),试验选取相同饲养环境下的健康且无亲缘关系的1月龄(性成熟前)与6月龄(性成熟后)德保公猪各3头,采集它们的睾丸并提取蛋白质,利用同位素标记相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantification, iTRAQ)技术对性成熟前后德保猪睾丸中DEPs进行分析,并对DEPs在GO、KOG、KEGG数据库中进行功能注释及通路分析。结果表明：在性成熟前后德保猪睾丸中共鉴定7 767个蛋白,筛选出611个DEPs,其中在性成熟后德保猪中显著上调的DEPs 347个,显著下调的DEPs 264个;397个蛋白在GO数据库中得到注释,并富集到53条GO term中,包括细胞过程、生物调节、代谢过程、催化活性等信号通路;409个蛋白在KOG数据库中得到注释,并富集到24种功能,包括信号转导机制、翻译后修饰、蛋白周转、监督等功能;329个蛋白在KEGG数据库得到注释,并富集到287条通路中,包括代谢途径通路、吞噬体...     

ZBED6基因对巴马香猪脾发育的作用机制分析

ZBED6基因作为一个转录因子,能够与IGF2结合进而调节肌肉的生长发育。但其在脾生长发育中的作用尚不清楚,本研究利用RNA-seq测序技术比较ZBED6基因敲除巴马香猪（ZBED6-KO）和同日龄野生型巴马香猪（WT）的脾组织转录组,探究ZBED6基因对巴马香猪脾组织的发育影响。利用t检验对ZBED6-KO猪和WT猪脾组织大小的表型差异及ZBED6直接调控的靶基因IGF2的表达量进行显著性分析。提取ZBED6-KO猪和WT猪脾组织的总RNA,在Illumina Hiseq 2500平台进行RNA-seq分析。以猪Sus scrofa11.1为参考基因组,用转录组分析的标准流程筛选ZBED6-KO猪和WT猪脾组织中的差异表达基因。用DAVID在线网站对差异表达基因进行GO和KEGG富集分析。然后,随机选取7个差异表达的基因,利用实时荧光定量PCR技术验证测序结果的准确性与可靠性。结果显示,与WT猪相比,ZBED6-KO猪脾的重量和IGF2基因表达量均显著增加（P<0.05）,表明ZBED6基因的敲除对巴马香猪脾组织的生长发育有一定的促进作用。测序结果显示,各样本至少获得4G的数据量,每个样本的Clean Ratio及Q30比率均在90%以上,83.94%以上的reads可比对在猪的参考基因组上,表明测序数据质量良好,真实可靠;对测序数据进行转录组分析,共筛选到161个差异表达基因,其中上调基因90个,下调基因71个;差异表达基因的层次聚类分析显示,ZBED6-KO猪的3个个体（spleen1、spleen3、spleen6）的表达模式相似,WT的3个个体（spleen2、spleen4、spleen5）的表达模式相似,进一步证明测序数据的准确可靠;GO和KEGG富集分析中,富集到10条显著的GO条目以及5条显著的信号通路,2条与肌肉发育相关的通路;实时荧光定量PCR试验随机检测7个差异表达基因的表达模式与RNA-seq分析结果相一致,证实了测序数据的可靠性。以巴马香猪为模型,利用RNA-seq技术研究ZBED6基因的敲除对中国地方猪脾发育的作用影响,为挖掘ZBED6基因的更多功能提供了基础。     

基于转录组测序挖掘广西麻鸡生长发育相关基因

【目的】通过对1和60日龄广西麻鸡腿肌进行转录组测序(RNA-Seq),筛选出广西麻鸡生长发育关键基因。【方法】选择1和60日龄健康母鸡各3只,分别采集腿肌组织,利用Illumina Novaseq^TM 6000平台进行mRNA转录组测序,利用DESeq2软件进行差异表达基因的分析,并对差异表达基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,进一步筛选出生长发育相关基因,并用实时荧光定量PCR验证转录组测序结果。【结果】转录组测序结果显示,6个样本分别获得34 296 198～41 647 642条clean reads。与1日龄腿肌相比,60日龄腿肌共获得2 304个差异表达基因,其中998个基因上调,1 306个基因下调。GO功能富集分析发现,共获得富集条目572条,其中生物过程381条,细胞组分70条,分子功能121条。KEGG通路富集分析发现,共获得34个显著富集的信号通路,其中心肌收缩、MAPK信号通路、紧密连接、肌动蛋白细胞骨架信号通路、心肌细胞中的肾上腺素能信号传导等与生长发育相关。通过GO功能和KEGG通路富集分析获得5个生长发育相关基因,分别为肌球蛋白重...     

猪睾丸组织中miR-375的表达及靶基因预测

生物信息学方法预测出miRNA-375可能的靶基因为DIAPH2和QKI,实时荧光定量法检测了靶基因在1日龄、1-7月龄军牧1号白猪睾丸组织中的表达量。结果表明,3月龄前猪睾丸组织中miRNA-375表达量极低,4-7月龄表达水平逐渐上调,差异显著。预测靶基因DIAPH2在1-7月龄呈显著下调趋势,OKI基因在1-7月龄睾丸组织中表达水平呈显著上调趋势。经SPSS13.0分析可知,不同时期睾丸组织中miRNA-375与2个预测靶基因DIAPH2和QKI的相关系数r分别是-0.396（P〈0.05）,0.411（P〈0.05）,2个预测靶基因DIAPH2和QKI之间的相关系数是0.151（P〉0.05）,靶基因DIAPH2和QKI无明显联系,初步证明DIAPH2可能是miRNA-375的靶基因,为探索猪睾丸组织发育提供了一定的研究基础。     

miR-23基因家族进化分析及其在猪睾丸组织中的表达变化

运用生物信息学方法在miRBase数据库检索到miR-23基因家族的序列,利用Ensembl数据库信息确定miR-23在基因组的位置,采用MEGA5.0构建miR-23系统进化树,再利用RT-q PCR技术定量检测其在沙子岭猪睾丸组织中7个不同发育时期(D1、D30、D60、D90、D120、D150、D180)的表达变化。结果表明:在37种物种中共搜索到82条序列,且各序列具有高度保守性,大部分位于基因间隔区。进化分析表明:各物种miR-23基因家族可能以不同的方式和速度进化而来。RT-q PCR检测结果显示,miR-23基因家族在猪睾丸组织中不同发育时期表现出相同趋势的表达规律,即出生后其表达水平有所降低,到性成熟期又呈现升高趋势。本研究对miR-23基因家族进行系统进化分析并检测其在沙子岭猪睾丸组织中表达变化规律,为进一步探明miR-23基因家族的功能及作用机制奠定基础。     

热应激下齐兴肉兔睾丸组织的转录组分析

为研究公兔在急性热应激过程中相关基因的表达及响应的分子机制,本研究以齐兴肉兔公兔为实验对象,构建热应激公兔睾丸精子发生模型,提取热应激组和对照组睾丸组织总RNA,反转录建立cDNA文库,利用llumina Hiseq^TM测序平台进行转录组测序,对差异表达基因进行GO、KEGG富集分析及RT-PCR验证。结果表明:与对照组相比,热应激组已注释的有765个基因表达上调,37个基因表达下调。对差异显著基因进行KEGG通路富集分析,主要富集于胞吞作用、PI3K-Akt信号通路、核糖体、细胞黏附分子(CAMs)、MAPK信号通路等通路,最终筛选出3个与热应激反应、精子生成有关的基因进行RT-PCR检验,为精子发生的分子调控机制提供线索,并为耐热性家兔的育种提供理论基础。     

基于RNA_Seq技术分析对乙酰氨基酚对斑马鱼转录组的影响

为了研究对乙酰氨基酚对斑马鱼发育影响,采用高通量转录组测序RNA-seq技术对对乙酰氨基酚处理组(CAPAP组)与对照组(CO组)斑马鱼进行检测,以斑马鱼基因(danio rerio assembly version GRCz10)作为参考基因组,对检测结果进行拼接与质量评估,筛选出差异表达基因,并进行GO和Pathway功能分析。荧光定量PCR对部分与肝脏有关的差异表达基因进行验证。结果表明,CO与CAPAP组的差异表达基因数量为72个,其中上调差异表达基因40个,下调差异表达基因32个。对CO与CAPAP组差异表达基因进行GO富集分析,上调基因主要富集于47个条目中,下调基因主要富集于16个条目中,这些基因涉及生物进程和分子功能等多种生物活性方面,说明对乙酰氨基酚对斑马鱼的发育有一定的影响。     

miR-24基因家族进化及其在猪睾丸组织中的表达变化分析

通过miRBase数据库检索miR-24基因家族序列,利用Ensembl数据库信息确定miR-24家族在不同物种中的基因组定位,采用MEGA 5.0构建miR-24基因家族的系统进化树,并利用RT-qPCR检测miR-24-1及miR-24-2在沙子岭猪睾丸组织不同发育期(E90、D1、D30、D60、D90、D120、D150、D180)的表达变化。在miRBase数据库检索32个物种共66条序列,且各序列均具有高度保守性。基因组定位显示大部分物种的miR-24基因位于常染色体上。RT-qPCR结果显示,miR-24基因家族2个成员(miR-24-1、miR-24-2)在沙子岭猪睾丸不同发育阶段呈现出协同表达的规律。本研究对miR-24基因家族进行系统进化分析并检测其在沙子岭猪睾丸组织中表达变化规律,为进一步探明miR-24基因家族的功能及作用机制奠定基础。     

牛卵泡发育相关下调基因的筛选

为寻找牛卵泡颗粒细胞(GCs)凋亡的关键调控因子,阐明单胎动物卵泡闭锁调控机理,本研究对奶牛优势卵泡与从属卵泡GCs深度测序,筛选卵泡发育相关的下调基因。选取健康荷斯坦奶牛,屠宰后,分别采集卵巢上正常发育的最大卵泡(8～10 mm)与第二大卵泡(5～8mm),并结合雌激素/孕激素确定卵泡优势与否,优势卵泡(DF):E_2/P1;从属卵泡(SF)E_2/P1。分别刮取GCs,提取总RNA并建库,Illumina测序,将获得序列与牛Refseq数据库比对后,利用DESeq2软件对获得的RNA进行差异表达分析,并对其中表达下调的基因进行GO和KEGG信号通路分析,最后通过Real-time PCR对筛选出的表达下调基因进行验证。测序共获得32 346个基因,其中194个在DF中表达显著上调,502个表达下调;GO分析结果显示,这些下调基因的生物学功能共分为3大类104组,其中生物学过程相关基因占61.5%,细胞组分有关基因占25.0%,分子功能相关基因占13.5%;KEGG信号通路分析,共发现5条通路,其中基因富集最为显著的是癌症通路;从下调基因中筛选出4个在牛卵泡发育过程中可能会起抑制作用的基因,QRT-PCR结果显示,PPP1R14A、QRFPR和EGR1在DF和SF中的表达趋势与深度测序结果一致,OLA1在DF和SF中的表达趋势与深度测序结果正好相反,但差异不显著。本研究筛选出的4个表达下调基因可能是牛卵泡发育过程中抑制卵泡发育的候选基因。