基于SNP分子标记的湖羊群体遗传结构分析

旨在运用现代生物信息学技术,评估湖羊群体的遗传结构,构建详细的系谱记录。通过对40只湖羊种公羊进行单核苷酸多态性(SNP)位点检测,基于检测结果进行遗传结构分析、主成分分析和进化树构建。结果：在40只种公羊中,共检测得到952 214个SNPs;平均核苷酸多样性在0.212 9～0.242 5之间,平均观测杂合度大于平均期望杂合度,遗传分化程度值在0.370 2～0.452 4之间;状态同源(IBS)遗传距离在0.173 9～0.228 0之间,平均为0.220 9;主成分分析和系统进化树的结果一致,最终可以将40只种公羊分为14个家系,湖羊群体中大部分个体间的亲缘关系较远,具有较高的遗传多样性和选择潜力。本研究在全基因组水平上,分析了湖羊种公羊的遗传结构和亲缘关系,完善了系谱记录,为湖羊场后续育种、配种等提供了科学依据。     

基于SNP芯片分析安庆六白猪群体遗传结构

为了更好地保护和利用安庆六白猪这一优良种质资源,本实验使用“中芯一号”（Illumina CAUPorince50KSNP）芯片对118头健康成年安庆六白猪个体进行了SNP分型,其中包括18头公畜,100头母畜,平均检出率达98.86%。首先通过Plink(V1.90)与R语言软件对该群体进行主成分分析,发现18头公畜大致形成4个群落,100头母畜随机分布。其次,利用Gmatrix(V2)与R语言软件进行基于G矩阵的基因组亲缘关系分析。118头安庆六白猪群体中个体间平均IBS遗传距离值为0.276 9±0.041 7,公猪个体间平均遗传距离值为0.273 8±0.042 0。通过对群体中每个个体的ROH统计,共检测出3 847个ROH片段,平均每个个体中大约有33个ROH片段且ROH总长度约为255.19 Mb,群体的平均近交系数值为0.107,证明该群体近交积累较多。最后使用邻接（Neighbor-Joining, NJ）法并且基于G矩阵结果对该群体进行了家系划分,将18个公畜样本划分为5个家系。通过上述多种分析发现该群体内个体间有一定的近交趋势,所以之后在针对该群体的育种与保种上尽...     

基于70 K SNP芯片分析济宁青山羊保种群体的遗传结构

旨在探究山东济宁青山羊保种群体的遗传多样性、亲缘关系及家系结构。本研究利用Illumina 70 K Goat SNP芯片对40只成年济宁青山羊全基因组范围内的SNP进行检测,利用Plink软件、GCTA工具和R语言,对济宁青山羊的遗传结构、亲缘关系和近交系数进行分析,以期揭示个体之间的亲缘关系。结果共得到67 088个SNPs,个体的基因型检出率达到了98%以上;通过Plink(V1.90)软件质控,过滤掉一个样本,剩余的SNPs有57 991个,其中85.5%的SNPs具有多态性;各位点平均有效等位基因数为1.697,平均多态信息含量(PIC)为0.283,最小等位基因频率(MAF)为0.293,群体平均观察杂合度(Ho)为0.409,平均期望杂合度(He)为0.418;济宁青山羊保种群体的平均状态同源(IBS)遗传距离为0.333 4。23只种公羊的平均IBS遗传距离为0.330 3,IBS遗传距离和G矩阵结果均表明部分种羊之间有亲缘关系。在40只个体中共检测到347个长纯合片段(ROH),基于ROH值计算的群体平均近交系数为0.047 9,近交程度低,群体遗传多样性丰富。基于I...     

基于SNP芯片撒坝猪保种群体的遗传结构分析

试验旨在从分子水平分析撒坝猪保种群体的遗传结构变化以及遗传多样性 ,拓宽遗传背景 ,指导和促进撒坝猪的保种工作。 利用“京芯一号”SNP 芯片对云南省楚雄州种猪场 100 头保种撒坝猪群体的 DNA 进行遗传群体结构分析。 结果表明：撒坝猪保种群体的有效群体含量(Ne)为 21,群体的多态性标记比例(PN)为 0.533,群体的期望杂合度(He)为 0.263,观察杂合度(Ho)为 0.275;G 矩阵表明公畜与母畜之间基因组亲缘关系呈中等;100 头撒坝猪保种群体可分为 A ～ G 7 个家系;在 100 头撒坝猪保种群体中,共检测到 3552 个长纯合片段(ROH),长度在 8.20 ～621.32 Mb,每头撒坝猪含有 2 ～ 53 个 ROH,且平均个体 ROH 长度为(319.38±111.39)Mb。 该撒坝猪保种群体基于ROH 的近交系数(F_ROH)平均为 0.130,中位数大于 0.125。 本研究表明,该保种撒坝猪群体内家系数量适中,个别家系公畜数量较少,各家系个体数差异明显,群体中可能存在非撒坝猪的外来血缘,个体亲缘关系呈中等程度,近交程度较高...     

基于SNP芯片分析邓川牛保种群体的遗传结构

为评价邓川牛保种个体之间的遗传结构,有效保护和利用纯种邓川牛种质资源,本研究使用牛100K SNP芯片对100头邓川牛（46头公牛和54头母牛）保种个体进行了单核苷酸多态性（SingleNucleotide Polymorphism, SNP）测定,通过Plink(V1.90)、GCTA(V1.94)、Mega X(V10.0)和R等软件对邓川牛遗传多样性、亲缘关系、近交程度及家系结构进行分析。结果表明,100头邓川牛保种群体的有效群体含量、平均最小等位基因频率、平均多态信息含量分别为2.6、0.221±0.145、0.244±0.117;邓川牛保种群体的平均观察杂合度、平均期望杂合度分别为0.313±0.147、0.321±0.145。群体平均遗传距离为0.263 8±0.024 4,46头公牛的平均遗传距离为0.264 8±0.021 9;状态同源（Identity by State,IBS）距离矩阵与基因组亲缘关系矩阵（G矩阵）分析结果均表明,邓川牛保种群大多数个体之间具有中等程度的亲缘关系。100头邓川牛个体共检测到3 999个连续性纯合片段（Runs of Homozygos...     

基于SNP芯片分析青峪猪保种群体的遗传结构

为了更好地了解青峪猪在世代更替过程中遗传结构的变化,更好的保护和利用青峪猪遗传资源,本研究利用50K SNP芯片,对青峪猪保种群内141头(26头公猪,115头母猪)健康成年个体进行SNP测定,通过多种分析软件对青峪猪保种群体和各个世代进行系谱校正,进而实施群体遗传多样性、遗传距离以及遗传结构变化等分析.结果 显示,该...     

基于SNP芯片对陆川猪进行遗传多样性与遗传结构分析的研究

陆川猪是我国优良的地方品种,但由于非洲猪瘟的影响导致其养殖量急剧下降,对其进行种质资源保护刻不容缓。本研究旨在通过SNP芯片分析陆川猪遗传结构和遗传多样性,为该群体后续保种策略提供一定的参考。本研究基于269头能繁公母猪SNP芯片信息,分析该群体遗传结构、亲缘关系、家系划分以及近交系数。结果显示,该群体部分个体遗传关系较近,IBS遗传距离在0.09～0.31,平均值为0.25;通过聚类分析和G矩阵结果,将269头陆川猪分为3个家系,分别有9、3、6头公猪,母猪在家系间存在交叉;ROH分析发现该群体平均ROH长度为（503.77±8.89）Mb,主要分布在388～475 Mb,FROH主要分布在0.13～0.23,其平均FROH为0.21±0.004。研究表明,该群体陆川猪家系较少,ROH数量多且较长,近交风险较大,急需引入外源血统丰富其遗传多样性,并根据芯片结果,合理规划配种策略,降低群体近交水平。     

基于SNP芯片分析青峪猪保种群体的遗传结构

为了更好地了解青峪猪在世代更替过程中遗传结构的变化,更好的保护和利用青峪猪遗传资源,本研究利用50K SNP芯片,对青峪猪保种群内141头(26头公猪,115头母猪)健康成年个体进行SNP测定,通过多种分析软件对青峪猪保种群体和各个世代进行系谱校正,进而实施群体遗传多样性、遗传距离以及遗传结构变化等分析。结果显示,该封闭保种群由3个重叠世代构成,群体有效含量为12头,且整个群体可以分为6个含有公猪的家系和1个不含公猪的家系。其中,第3世代的有效群体含量最少,仅为3头,多态性标记比例随着世代的增加不断下降;141头青峪猪的平均遗传距离为(0.260 4±0.025 2),26头种公猪的遗传距离为(0.263 3±0.023 7)。随着繁殖世代的增加,各世代群体的遗传距离有轻微的上升趋势,部分种猪之间的亲缘关系和遗传距离较近;在141头青峪猪群体中共检测到1 481个基因组上长纯合片段(runs of hemozygosity, ROH),78.01%的长度在200 Mb以内,基于ROH值计算的近交系数表明整个群体的平均近交系数为0.055,且各世代的近交系数在不断上升,到第3世代时已经达到了0.075。综上所述,通过对青峪猪分子水平的群体遗传结构研究表明,该保种群体在闭锁的继代繁育过程中存在群体遗传多样性损失,需要加强选配或导入外血以确保青峪猪遗传资源的长期保存。     

利用高密度SNP芯片分析杭猪的群体遗传结构

旨在更好地了解杭猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系和家系结构,有效保护和利用杭猪遗传资源。本研究使用50K SNP芯片对30头杭猪（4头公猪,26头母猪）保种个体进行了单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）测定,通过Plink软件对获得的基因型数据进行质控,用于最小等位基因频率、观察杂合度、期望杂合度和多态信息含量的计算,分析杭猪保种群的遗传多样性;使用Plink计算连续性纯合片段（runs of homozygosity,ROH）、构建状态同源（identity by state,IBS）距离矩阵,并计算得到基于连续性纯合片段的近交系数;采用Gmatrix软件构建G矩阵,分析杭猪保种群的亲缘关系;使用Mega X软件构建公猪进化树,分析保种群体的家系结构。结果表明,30头杭猪共得到57 466个SNPs标记,平均检出率为0.988 3±0.000 4,通过质检SNPs数为34 156;平均最小等位基因频率为0.228±0.137,平均多态信息含量为0.255±0.098;平均观察杂合度为0.359±0.181,平均期望杂合度为0.314±0.140。杭猪保种群体平均IBS遗传距离为0.241 7±0.033 6,公猪平均IBS遗传距离为0.178 3±0.025 5;G矩阵分析结果与IBS距离矩阵一致,两个结果均表明杭猪保种群部分个体之间亲缘关系较近。30头杭猪个体共检测到828个ROHs,83.33%的ROH长度在10 Mb以内,平均长度为（6.96±9.62） Mb,个体ROH平均总长度为（191.95±201.56） Mb。基于ROH的平均近交系数为0.078±0.082,其中公猪平均近交系数为0.219±0.082,说明杭猪保种群整体的近交程度不严重,但公猪存在近交。进化树结果表明,杭猪保种群体目前只有2个家系,其中1个家系包含4头公猪,另一个家系不含公猪。综上所述,杭猪保种场的保种群公猪的血缘数量少,母猪近交程度低,公猪存在近交,需要引入新血统或创建新血统来维持家系结构的平衡以利于杭猪遗传资源的长期保存,防止杭猪遗传多样性的丢失。     

运用SNP芯片评估马身猪保种群体的遗传结构

旨在研究马身猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系和家系结构.本研究利用Illumina CAUPorince 50K SNP芯片检测39头保种马身猪的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP);采用Plink软件计算最小等位基因频率、多态信息含量、观察杂合度和期望杂合度,分析保种...     

基于SNP芯片的内江猪群体遗传结构分析

本研究旨在分析内江猪群体的遗传结构,从而更好的保护和利用内江猪遗传资源。使用猪50K SNP芯片,对237头（24头公猪,213头母猪）内江猪进行基因组分型,分型结果经质量控制及自填充后用于后续分析。通过多种分析软件对内江猪群体的遗传结构、遗传多样性以及群体近交情况进行分析,结果发现：共有26 652个SNP位点用于分析,其有效等位基因数为1.569,多态性标记比为0.533,多态性信息含量为0.272,期望杂合度为0.338,观测杂合度为0.341,最小等位基因频率为0.249。主成分分析结果表明群体内分层不明显,根据状态同源计算的群体平均遗传距离为0.252,通过聚类分析可将24头公猪划分为10个家系。在群体基因组中共检测到7 031个长纯合片段,其平均长度为12.59 Mb,通过连续性纯合片段估计群体近交系数为0.008,通过SNP纯合性估计群体近交系数为-0.012。总体来说,内江猪群体遗传多样性较为丰富,群体遗传距离较远,近交程度较低,但存在一定的近交风险。本研究可为内江猪的保护和开发利用提供理论依据。     

基于50K SNP芯片信息的枣庄黑盖猪群体遗传结构分析

枣庄黑盖猪是我国优良地方猪种,但其核心群体主要源于不同农户,遗传背景未知,给相关保护和利用工作带来了困难,近年来全基因组测序技术的发展使得从分子层面研究其群体遗传结构成为可能。本研究使用全基因组水平50K SNP芯片检测了枣庄黑盖猪核心群200头,其中公猪12头。结果表明枣庄黑盖猪群体平均亲缘系数与平均近交系数分别为0.089 0和0.111 7;12头公猪可分为6个血统,188头母猪分为6个家系;各家系平均亲缘系数范围为0.141 3～0.239 1,平均近交系数范围为0.090 8～0.146 2,群体近交水平较低,拥有较高的遗传多样性。本研究在全基因组水平上分析了枣庄黑盖猪的群体遗传结构,为后续的种群保护及开发利用提供了分子层面的依据。     

基于SNP芯片分析徽县青泥黑猪遗传多样性和遗传结构

旨在分析徽县青泥黑猪遗传多样性和遗传结构,为其作为新遗传资源申报、保护与利用提供参考。本研究以甘肃省2个已知地方猪种（八眉猪、合作猪各20头）和待鉴定新猪种（徽县青泥黑猪28头）共68头猪为研究对象,利用“中芯一号”50K SNP芯片检测全基因组范围内单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms, SNPs）,采用多种软件分析徽县青泥黑猪遗传多样性、遗传结构、群体分化指数及亲缘关系。结果显示：共检测到55 156个SNPs,质控后剩余49 279个SNPs;徽县青泥黑猪的有效群体含量（N_e）、期望杂合度（H_e）、观察杂合度（H_o）、多态标记比例（P_N）和核苷酸多样性（P_i）分别为2.2、0.370 7、0.386 4、0.915 7、0.378 6,均高于合作猪和八眉猪,且徽县青泥黑猪的连锁不平衡系数较低,衰减速度较快;PCA显示,3个群体分别聚类,根据PC1（PC1>0）可将HX群体和HZ、BM群体区分开,进化树分析发现徽县青泥黑猪独自聚为一支,八眉猪和合作猪聚为另一大支,随后逐渐分离,群体结构显示,当K=3时,徽县青泥黑猪呈现出与八眉猪、合作猪不同的进化路线,但徽县青泥黑猪血缘较为混杂;徽县青泥黑猪与八眉猪、合作猪之间的群体分化指数分别为0.123 6和0.159 8,表明各猪种之间存在一定程度的遗传分化;IBS矩阵和G矩阵分析发现,徽县青泥黑猪大部分个体之间亲缘关系较远,少数个体亲缘关系较近。本研究基于“中芯一号”50K SNP芯片数据分析了徽县青泥黑猪的遗传多样性及遗传结构,发现徽县青泥黑猪遗传多样性高于八眉猪和合作猪,独立聚类,且与八眉猪、合作猪之间有明显的遗传分化,初步认为是甘肃地方新猪种,徽县青泥黑猪部分个体之间存在近交风险,需要加强保种,该研究为深入挖掘徽县青泥黑猪新遗传资源及合理保种利用提供参考。     

基于全基因组重测序SNP分析宁蒗高原鸡保种群的群体遗传多样性和群体遗传结构

旨在分析宁蒗高原鸡保种群的群体遗传多样性和群体遗传结构,以期更好的保护和利用宁蒗高原鸡这一种质资源。本研究利用全基因组重测序技术检测宁蒗高原鸡（n=57）、大围山微型鸡（n=20）、尼西鸡（n=11）和独龙鸡（n=10）群体的单核苷酸多态性（single-nucleotide polymorphism, SNP）,以群体观测杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、多态性标记比例（P_N）、核苷酸多态性（Pi）、次等位基因频率（Maf）以及连锁不平衡（linkage disequilibrium, LD）衰减情况分析群体遗传多样性;使用主成分分析、系统发育树、群体结构分析探究不同品种的群体遗传结构;以群体分化指数（Fst）评估品种间的分化程度,以状态同源（identity by state, IBS）、G矩阵和群体近交系数(F_ROH)分析宁蒗高原鸡保种群体的亲缘关系。结果显示,宁蒗高原鸡群体的观测杂合度（Ho）为0.212,小于其0.221的期望杂合度（He）,而大围山微型鸡、独龙鸡和尼西鸡的Ho均高于He,表明宁蒗高原鸡群体遗传多样性较为丰富;LD衰减分析表明,4个品种的衰减速度由快到慢依次为宁蒗高原鸡、大围山微型鸡、尼西鸡、独龙鸡,说明宁蒗高原鸡群体遗传多样性最高,基因组受选择程度最低;主成分分析和系统发育树结果表明,宁蒗高原鸡分为3个支系,大围山微型鸡与宁蒗高原鸡、独龙鸡和尼西鸡之间的遗传背景差异较大;群体结构分析显示,当K=2时为最优分群数,宁蒗高原鸡血统较为复杂,独龙鸡和尼西鸡血统较为相似;群体遗传分化结果发现,宁蒗高原鸡与大围山微型鸡、尼西鸡、独龙鸡之间均出现中等程度的分化,而独龙鸡和尼西鸡之间的遗传分化指数较小;IBS矩阵和G矩阵分析发现,宁蒗高原鸡保种群体间大部分个体亲缘关系较远,少数个体亲缘关系较近。以上结果表明,宁蒗高原鸡与大围山微型鸡、尼西鸡、独龙鸡之间均存在中等程度的分化,宁蒗高原鸡保种群体的遗传多样性较为丰富,但保种群体间存在一定的近交趋势,应建立有效的育种方案,加强保种,避免近交衰退。     

基于SNP芯片分析川南黑山羊保种群体的遗传结构

为分析川南黑山羊保种群的遗传结构,本研究使用山羊65K SNP芯片对289只川南黑山羊（40只公羊和249只母羊）进行了单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism,SNP）测定,通过Plink（V1.90）、GCTA（V1.94）、MegaX（V10.0）和R软件对川南黑山羊保种群体的遗传结构及近交程度进行分析。结果表明,289只川南黑山羊保种群体的多态标记比例（Proportion of Polymorphic Marker,P_N）为87.6%;有效群体含量（Effective Population Content,Ne）、多态信息含量（Polymorphism Information Content,PIC）、最小等位基因频率（Minor Allele Frequency,MAF）分别为22.5、0.285、0.261;观察杂合度（Observed Heterozygosity,Ho）、期望杂合度（ExpectedHeterozygosity,He）分别为0.363、0.366;群体平均遗传距离为0.291,基于ROH的平均近交系数为0.036,保种群所有公羊可划分为17个家系,满足保种场的血缘数量要求。综上所述,川南黑山羊保种群体总体上近交水平较低,近交衰退风险低,但群体多态性偏低,需引入纯种血缘,扩大保种群体核心群。     

基于70K SNP芯片评估牙山黑绒山羊保种群体的遗传结构

试验旨在探究牙山黑绒山羊核心种群的遗传多样性,分析群体遗传结构和群体内个体间的亲缘关系,并评估保种效果。使用GGP Goat 70K芯片对50只牙山黑绒山羊（公母各25只）核心群个体进行SNP分型,并使用Plink进行质控后,开展遗传多样性分析、群体亲缘关系分析以及群体家系结构分析。结果显示质控后共获得54 668个SNPs位点用于后续分析。遗传多样性分析结果为：各标记位点的最小等位基因频率为0.2541,平均期望杂合度为0.3263,平均观察杂合度为0.3292,多态信息含量为0.3263,多态性标记比例为85.85%,表明牙山黑绒山羊核心种群遗传多样性丰富。群体亲缘关系分析结果表明：该群体的ROH平均长度为9.89 Mb,46.94%为5～10 Mb的片段,基于ROH的平均近交系数为0.074 7,近交程度较低。主成分分析可见,该核心群可分为3个亚群;群体的平均IBS遗传距离为0.309 0,与G矩阵结果相似度较高,说明个体间的亲缘关系较近。群体的家系结构分析结果提示公羊大致可分为3个群体,10个家系,与主成分分析结果一致;其中一个家系中公羊多达16只,揭示各家系间个体数差异明显,需增加小家系群体的留种率。综上所述：牙山黑绒山羊群体遗传多样性丰富,保种效果较好;群体近交程度较低,但个体间亲缘关系较近,公羊的血统数量较少,各家系间个体数差异明显;牙山黑绒山羊后期繁育需通过制定合理的选种选配方案,结合引入新的血统,扩大核心种群数量,增强其保种效果。     

SNP芯片评估柯尔克孜羊群体遗传多样性和遗传结构

旨在了解柯尔克孜羊群体的遗传多样性和遗传结构,有效地保护和利用其遗传资源。本研究利用绵羊SNP 50K v3芯片检测61只柯尔克孜种羊(31只公羊、30只母羊)个体的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP);Plink(V1.90)软件对数据进行质控,计算群体有效含量、多态标记的比例、观测杂合度、期望杂合度、多态信息含量、有效等位基因数、最小等位基因频率,分析群体的遗传多样性;Plink计算连续性纯合片段(runs of homozygosity, ROH)和近交系数F_ROH;构建状态同源距离矩阵(identical by state, IBS),并采用Gmatrix软件构建G矩阵,解析柯尔克孜羊群的遗传距离和亲缘关系;使用Mega X软件构建种公羊进化树,分析群体家系结构。结果显示,61只柯尔克孜羊共得到64 734个SNPs标记,通过质检的SNPs为56 763个;平均多态信息含量为0.273±0.112,平均观察杂合度和平均期望杂合度分别为0.368±0.140和0.368±0.130,平均最小等位基因频率为0...     

基于SNP芯片的丫杈猪保种群体遗传结构研究

旨在研究丫杈猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系和家系结构。本研究采用“中芯一号”芯片检测了166头丫杈种猪的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP);利用Plink软件计算观察杂合度、期望杂合度、多态信息含量、最小等位基因频率,分析丫杈猪群体的遗传多样性;采用Plink软件构建状态同源(identity by state, IBS)距离矩阵和分析连续性纯合片段(runs of homozygosity, ROH),采用GCTA软件构建G矩阵,分析丫杈猪群体的亲缘关系;采用Mega X软件构建群体进化树,分析丫杈猪群体的家系结构。结果显示,166头丫杈猪共检测到45 211个SNPs位点,通过质量控制的SNP位点有36 243个;有效等位基因数为1.529,多态性信息含量为0.254,多态性标记比例为0.875,最小等位基因频率为0.233;期望杂合度为0.329,观察杂合度为0.344;状态同源平均遗传距离为0.259 5,状态同源距离矩阵和G矩阵结果均表明大部分丫杈猪呈中等程度的亲缘关系;ROH片段共有3 226个,其中40.96%的长度...     

基于50K SNP芯片评估广东省四类地方猪保种群体的遗传结构

旨在揭示广东省4类重点保护地方猪种的保种情况,评估其保种群体的遗传结构信息,辅助保护和利用地方猪种质资源。本研究采用2023年采集自6个保种场的广东省4类地方猪共488头（新丰板岭大花白猪92头、新丰板岭蓝塘猪34头、紫金东瑞蓝塘猪68头、乐家庄小耳花猪77头、壹号食品小耳花猪109头、北礤粤东黑猪108头）。使用50K SNP芯片对比了包括欧洲野猪、瘦肉型猪、其他华南地方猪以及其他中国地方猪在内的41个地方猪品种,共2 144头。质控后保留20 590个SNPs位点。对广东4类地方猪种保种群体进行遗传多样性、血缘纯度、亲缘关系以及家系结构分析。结果显示：新丰板岭大花白猪的近交系数（F值）为0.409,观测杂合度（Ho）为0.181,期望杂合度（He）为0.172,连续纯和片段（ROH）长度为475.81 Mb,连锁不平衡（LD）长度为467.88 kb,平均F_ROH值为0.212,保种场内分为5个家系;新丰板岭蓝塘猪的F值为0.316,Ho为0.210,He为0.189,ROH长度为441.76 Mb, LD长度为475.78 kb,F_ROH值为0.201,分为4个家系;紫金东瑞蓝塘猪的F值为0.239,Ho为0.233,He为0.218,ROH长度为224.13 Mb, LD长度为463.53 kb,F_ROH值为0.100,分为5个家系;乐家庄小耳花猪的F值为0.319,Ho为0.208,He为0.221,ROH长度为262.62 Mb, LD长度为460.88 kb,F_ROH值为0.117,分为7个家系;壹号小耳花猪的F值为0.435,Ho为0.173,He为0.171,ROH长度为113.41 Mb, LD长度为418.59 kb,F_ROH值为0.051,分为6个家系;北礤粤东黑猪的F值为-0.028,Ho为0.314,He为0.300,ROH长度为247.47 Mb, LD长度为467.88 kb,F_ROH值为0.110,分为5个家系。对各保种群体血缘组成进行分析,除粤东黑猪群体血缘仍大量受瘦肉型猪血缘影响,平均中国猪血缘比例为69.37%,其他4个群体均受瘦肉型群体血缘影响较小,血缘较纯,平均中国猪血缘比例大于90%,保种情况较好。综上,广东省各地方猪保种场后期应加强对地方猪的扩繁和选育工作,在保持血缘纯度稳定的情况下,降低近交程度。     

基于50K SNP芯片的夏洛来羊遗传结构及选择信号分析

为了分析中国夏洛来羊繁育群的遗传结构及其在引入我国后因环境和人为因素所发生的改变,试验利用绵羊50K单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)芯片对75只中国夏洛来羊进行了SNP检测,分析中国夏洛来羊繁育群的亲缘关系及家系构成;同时将50K芯片数据与24只法国夏洛来羊芯片数据进行整合,分析中国和法国夏洛来羊群体遗传多样性及选择信号。结果表明：75只中国夏洛来羊的状态同源(identity by state, IBS)遗传距离在0.149 8～0.337 1之间,大部分个体之间的遗传距离较远,划分为5个家系;与法国夏洛来羊相比,中国夏洛来羊群体遗传多样性相对较低;从75只中国夏洛来羊基因组中筛选到8个候选SNPs位点(chr5:96209980、chr3:102592698、chr16:27817793、chr19:41609459、chr10:25335663、chr10:25565841、chr22:30954815、chr1:116966008),这些位点分别在乳蛋白率、产奶量、乳脂率等产奶性状和最大日增重、体重、胴体重、体内脂肪含量等...