基于SNP芯片分析安庆六白猪群体遗传结构

为了更好地保护和利用安庆六白猪这一优良种质资源,本实验使用“中芯一号”（Illumina CAUPorince50KSNP）芯片对118头健康成年安庆六白猪个体进行了SNP分型,其中包括18头公畜,100头母畜,平均检出率达98.86%。首先通过Plink(V1.90)与R语言软件对该群体进行主成分分析,发现18头公畜大致形成4个群落,100头母畜随机分布。其次,利用Gmatrix(V2)与R语言软件进行基于G矩阵的基因组亲缘关系分析。118头安庆六白猪群体中个体间平均IBS遗传距离值为0.276 9±0.041 7,公猪个体间平均遗传距离值为0.273 8±0.042 0。通过对群体中每个个体的ROH统计,共检测出3 847个ROH片段,平均每个个体中大约有33个ROH片段且ROH总长度约为255.19 Mb,群体的平均近交系数值为0.107,证明该群体近交积累较多。最后使用邻接（Neighbor-Joining, NJ）法并且基于G矩阵结果对该群体进行了家系划分,将18个公畜样本划分为5个家系。通过上述多种分析发现该群体内个体间有一定的近交趋势,所以之后在针对该群体的育种与保种上尽...     

基于70 K SNP芯片分析济宁青山羊保种群体的遗传结构

旨在探究山东济宁青山羊保种群体的遗传多样性、亲缘关系及家系结构。本研究利用Illumina 70 K Goat SNP芯片对40只成年济宁青山羊全基因组范围内的SNP进行检测,利用Plink软件、GCTA工具和R语言,对济宁青山羊的遗传结构、亲缘关系和近交系数进行分析,以期揭示个体之间的亲缘关系。结果共得到67 088个SNPs,个体的基因型检出率达到了98%以上;通过Plink(V1.90)软件质控,过滤掉一个样本,剩余的SNPs有57 991个,其中85.5%的SNPs具有多态性;各位点平均有效等位基因数为1.697,平均多态信息含量(PIC)为0.283,最小等位基因频率(MAF)为0.293,群体平均观察杂合度(Ho)为0.409,平均期望杂合度(He)为0.418;济宁青山羊保种群体的平均状态同源(IBS)遗传距离为0.333 4。23只种公羊的平均IBS遗传距离为0.330 3,IBS遗传距离和G矩阵结果均表明部分种羊之间有亲缘关系。在40只个体中共检测到347个长纯合片段(ROH),基于ROH值计算的群体平均近交系数为0.047 9,近交程度低,群体遗传多样性丰富。基于I...     

基于SNP芯片撒坝猪保种群体的遗传结构分析

试验旨在从分子水平分析撒坝猪保种群体的遗传结构变化以及遗传多样性 ,拓宽遗传背景 ,指导和促进撒坝猪的保种工作。 利用“京芯一号”SNP 芯片对云南省楚雄州种猪场 100 头保种撒坝猪群体的 DNA 进行遗传群体结构分析。 结果表明：撒坝猪保种群体的有效群体含量(Ne)为 21,群体的多态性标记比例(PN)为 0.533,群体的期望杂合度(He)为 0.263,观察杂合度(Ho)为 0.275;G 矩阵表明公畜与母畜之间基因组亲缘关系呈中等;100 头撒坝猪保种群体可分为 A ～ G 7 个家系;在 100 头撒坝猪保种群体中,共检测到 3552 个长纯合片段(ROH),长度在 8.20 ～621.32 Mb,每头撒坝猪含有 2 ～ 53 个 ROH,且平均个体 ROH 长度为(319.38±111.39)Mb。 该撒坝猪保种群体基于ROH 的近交系数(F_ROH)平均为 0.130,中位数大于 0.125。 本研究表明,该保种撒坝猪群体内家系数量适中,个别家系公畜数量较少,各家系个体数差异明显,群体中可能存在非撒坝猪的外来血缘,个体亲缘关系呈中等程度,近交程度较高...     

基于SNP芯片分析邓川牛保种群体的遗传结构

为评价邓川牛保种个体之间的遗传结构,有效保护和利用纯种邓川牛种质资源,本研究使用牛100K SNP芯片对100头邓川牛（46头公牛和54头母牛）保种个体进行了单核苷酸多态性（SingleNucleotide Polymorphism, SNP）测定,通过Plink(V1.90)、GCTA(V1.94)、Mega X(V10.0)和R等软件对邓川牛遗传多样性、亲缘关系、近交程度及家系结构进行分析。结果表明,100头邓川牛保种群体的有效群体含量、平均最小等位基因频率、平均多态信息含量分别为2.6、0.221±0.145、0.244±0.117;邓川牛保种群体的平均观察杂合度、平均期望杂合度分别为0.313±0.147、0.321±0.145。群体平均遗传距离为0.263 8±0.024 4,46头公牛的平均遗传距离为0.264 8±0.021 9;状态同源（Identity by State,IBS）距离矩阵与基因组亲缘关系矩阵（G矩阵）分析结果均表明,邓川牛保种群大多数个体之间具有中等程度的亲缘关系。100头邓川牛个体共检测到3 999个连续性纯合片段（Runs of Homozygos...     

基于SNP芯片对陆川猪进行遗传多样性与遗传结构分析的研究

陆川猪是我国优良的地方品种,但由于非洲猪瘟的影响导致其养殖量急剧下降,对其进行种质资源保护刻不容缓。本研究旨在通过SNP芯片分析陆川猪遗传结构和遗传多样性,为该群体后续保种策略提供一定的参考。本研究基于269头能繁公母猪SNP芯片信息,分析该群体遗传结构、亲缘关系、家系划分以及近交系数。结果显示,该群体部分个体遗传关系较近,IBS遗传距离在0.09～0.31,平均值为0.25;通过聚类分析和G矩阵结果,将269头陆川猪分为3个家系,分别有9、3、6头公猪,母猪在家系间存在交叉;ROH分析发现该群体平均ROH长度为（503.77±8.89）Mb,主要分布在388～475 Mb,FROH主要分布在0.13～0.23,其平均FROH为0.21±0.004。研究表明,该群体陆川猪家系较少,ROH数量多且较长,近交风险较大,急需引入外源血统丰富其遗传多样性,并根据芯片结果,合理规划配种策略,降低群体近交水平。     

基于SNP芯片分析青峪猪保种群体的遗传结构

为了更好地了解青峪猪在世代更替过程中遗传结构的变化,更好的保护和利用青峪猪遗传资源,本研究利用50K SNP芯片,对青峪猪保种群内141头（26头公猪,115头母猪）健康成年个体进行SNP测定,通过多种分析软件对青峪猪保种群体和各个世代进行系谱校正,进而实施群体遗传多样性、遗传距离以及遗传结构变化等分析。结果显示,该封闭保种群由3个重叠世代构成,群体有效含量为12头,且整个群体可以分为6个含有公猪的家系和1个不含公猪的家系。其中,第3世代的有效群体含量最少,仅为3头,多态性标记比例随着世代的增加不断下降;141头青峪猪的平均遗传距离为（0.260 4±0.025 2）,26头种公猪的遗传距离为（0.263 3±0.023 7）。随着繁殖世代的增加,各世代群体的遗传距离有轻微的上升趋势,部分种猪之间的亲缘关系和遗传距离较近;在141头青峪猪群体中共检测到1 481个基因组上长纯合片段（runs of hemozygosity,ROH）,78.01%的长度在200 Mb以内,基于ROH值计算的近交系数表明整个群体的平均近交系数为0.055,且各世代的近交系数在不断上升,到第3世代时已经达到了0.075。综上所述,通过对青峪猪分子水平的群体遗传结构研究表明,该保种群体在闭锁的继代繁育过程中存在群体遗传多样性损失,需要加强选配或导入外血以确保青峪猪遗传资源的长期保存。     

运用SNP芯片评估马身猪保种群体的遗传结构

旨在研究马身猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系和家系结构.本研究利用Illumina CAUPorince 50K SNP芯片检测39头保种马身猪的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP);采用Plink软件计算最小等位基因频率、多态信息含量、观察杂合度和期望杂合度,分析保种...     

利用高密度SNP芯片分析杭猪的群体遗传结构

旨在更好地了解杭猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系和家系结构,有效保护和利用杭猪遗传资源。本研究使用50K SNP芯片对30头杭猪（4头公猪,26头母猪）保种个体进行了单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）测定,通过Plink软件对获得的基因型数据进行质控,用于最小等位基因频率、观察杂合度、期望杂合度和多态信息含量的计算,分析杭猪保种群的遗传多样性;使用Plink计算连续性纯合片段（runs of homozygosity,ROH）、构建状态同源（identity by state,IBS）距离矩阵,并计算得到基于连续性纯合片段的近交系数;采用Gmatrix软件构建G矩阵,分析杭猪保种群的亲缘关系;使用Mega X软件构建公猪进化树,分析保种群体的家系结构。结果表明,30头杭猪共得到57 466个SNPs标记,平均检出率为0.988 3±0.000 4,通过质检SNPs数为34 156;平均最小等位基因频率为0.228±0.137,平均多态信息含量为0.255±0.098;平均观察杂合度为0.359±0.181,平均期望杂合度为0.314±0.140。杭猪保种群体平均IBS遗传距离为0.241 7±0.033 6,公猪平均IBS遗传距离为0.178 3±0.025 5;G矩阵分析结果与IBS距离矩阵一致,两个结果均表明杭猪保种群部分个体之间亲缘关系较近。30头杭猪个体共检测到828个ROHs,83.33%的ROH长度在10 Mb以内,平均长度为（6.96±9.62） Mb,个体ROH平均总长度为（191.95±201.56） Mb。基于ROH的平均近交系数为0.078±0.082,其中公猪平均近交系数为0.219±0.082,说明杭猪保种群整体的近交程度不严重,但公猪存在近交。进化树结果表明,杭猪保种群体目前只有2个家系,其中1个家系包含4头公猪,另一个家系不含公猪。综上所述,杭猪保种场的保种群公猪的血缘数量少,母猪近交程度低,公猪存在近交,需要引入新血统或创建新血统来维持家系结构的平衡以利于杭猪遗传资源的长期保存,防止杭猪遗传多样性的丢失。     

SNP芯片评估柯尔克孜羊群体遗传多样性和遗传结构

旨在了解柯尔克孜羊群体的遗传多样性和遗传结构,有效地保护和利用其遗传资源。本研究利用绵羊SNP 50K v3芯片检测61只柯尔克孜种羊(31只公羊、30只母羊)个体的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP);Plink(V1.90)软件对数据进行质控,计算群体有效含量、多态标记的比例、观测杂合度、期望杂合度、多态信息含量、有效等位基因数、最小等位基因频率,分析群体的遗传多样性;Plink计算连续性纯合片段(runs of homozygosity, ROH)和近交系数F_ROH;构建状态同源距离矩阵(identical by state, IBS),并采用Gmatrix软件构建G矩阵,解析柯尔克孜羊群的遗传距离和亲缘关系;使用Mega X软件构建种公羊进化树,分析群体家系结构。结果显示,61只柯尔克孜羊共得到64 734个SNPs标记,通过质检的SNPs为56 763个;平均多态信息含量为0.273±0.112,平均观察杂合度和平均期望杂合度分别为0.368±0.140和0.368±0.130,平均最小等位基因频率为0...     

基于SNP芯片的丫杈猪保种群体遗传结构研究

旨在研究丫杈猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系和家系结构。本研究采用“中芯一号”芯片检测了166头丫杈种猪的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP);利用Plink软件计算观察杂合度、期望杂合度、多态信息含量、最小等位基因频率,分析丫杈猪群体的遗传多样性;采用Plink软件构建状态同源(identity by state, IBS)距离矩阵和分析连续性纯合片段(runs of homozygosity, ROH),采用GCTA软件构建G矩阵,分析丫杈猪群体的亲缘关系;采用Mega X软件构建群体进化树,分析丫杈猪群体的家系结构。结果显示,166头丫杈猪共检测到45 211个SNPs位点,通过质量控制的SNP位点有36 243个;有效等位基因数为1.529,多态性信息含量为0.254,多态性标记比例为0.875,最小等位基因频率为0.233;期望杂合度为0.329,观察杂合度为0.344;状态同源平均遗传距离为0.259 5,状态同源距离矩阵和G矩阵结果均表明大部分丫杈猪呈中等程度的亲缘关系;ROH片段共有3 226个,其中40.96%的长度...     

基于50K SNP芯片的夏洛来羊遗传结构及选择信号分析

为了分析中国夏洛来羊繁育群的遗传结构及其在引入我国后因环境和人为因素所发生的改变,试验利用绵羊50K单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)芯片对75只中国夏洛来羊进行了SNP检测,分析中国夏洛来羊繁育群的亲缘关系及家系构成;同时将50K芯片数据与24只法国夏洛来羊芯片数据进行整合,分析中国和法国夏洛来羊群体遗传多样性及选择信号。结果表明：75只中国夏洛来羊的状态同源(identity by state, IBS)遗传距离在0.149 8～0.337 1之间,大部分个体之间的遗传距离较远,划分为5个家系;与法国夏洛来羊相比,中国夏洛来羊群体遗传多样性相对较低;从75只中国夏洛来羊基因组中筛选到8个候选SNPs位点(chr5:96209980、chr3:102592698、chr16:27817793、chr19:41609459、chr10:25335663、chr10:25565841、chr22:30954815、chr1:116966008),这些位点分别在乳蛋白率、产奶量、乳脂率等产奶性状和最大日增重、体重、胴体重、体内脂肪含量等...     

基于SNP分子标记的新疆野生黄花苜蓿遗传多样性分析

为揭示新疆野生黄花苜蓿的遗传多样性,研究利用SLAF-seq技术对材料进行SNP开发。结果显示,材料测序平均Q30值为96.32%,平均GC值为37.99%。研究共开发了376 641个SLAF标签,多态性SLAF标签119 331个;SNP平均完整性为24.77%,平均杂合率5.53%。供试新疆野生黄花苜蓿品系的有效等位基因数、观测等位基因数、期望杂合度、观测杂合度和Shnnon Wiener指数的平均值分别为1.380、1.594、0.220、0.117和0.327。研究表明,聚类分析将材料分为7类,PCA将材料分为3类,但样品的来源为同一个祖先。     

基于SNP芯片的云上黑山羊遗传结构分析

为从分子水平对云上黑山羊遗传结构做出评价,本研究以云上黑山羊核心群母羊108只(来自7个育种核心场、10个群体)、育种素材云岭黑山羊和努比山羊各11和14只、对照组波尔山羊10只为试验动物,用Illumina公司Iselect Goat60k芯片技术在全基因组范围内进行单核苷酸多态性(SNP)分析,并运用GenAlEx 6.5、Cervus 3.0、SNPRelate、Plink 1.07、Mega 4.0进行遗传多样性参数统计计算、主成分分析和系统进化树构建。试验获得143个样本在48 116个SNPs位点上的分型结果,其中波尔山羊10个样本单独聚集,与云上黑山羊、努比山羊、云岭黑山羊存在较大的遗传距离,较小的遗传一致度和较小的基因流,在聚类进化树中显示为一个独立分支,这些结果与波尔山羊实际遗传背景完全一致,显示出它在本研究中的对照组作用,同时证明本研究方法可行、结果可靠;云上黑山羊108个样本具有高度一致性,在聚类系统树中这些样本聚为一个大簇,而努比山羊(14个)和云岭黑山羊(11个)的样本各自聚为一簇;UPGMA进化树显示,云上黑山羊与努比山羊关系较近,与云岭黑山羊关系稍远,这与云上黑山羊育种导血方案结果相一致。云上黑山羊新品种在基因组水平上可与其育种素材明显区分,在基因组层面已具备独立品种特点。     

西藏牦牛群体遗传多样性及遗传结构分析

采集西藏地区5个牦牛类群（西藏高山牦牛,类乌齐牦牛,帕里牦牛,斯布牦牛,娘亚牦牛）共49头牦牛的血样,利用全基因组重测序技术对其遗传多样性及遗传结构进行了分析,以期为西藏牦牛遗传资源的保护、开发和利用提供参考。SNP变异检测结果表明,经过滤后得到7 655 923个SNP位点;群体遗传多样性分析发现,西藏地区不同牦牛群体之间的基因杂合度差异并不显著,且均存在不同程度的杂合度下降现象,类乌齐牦牛的观测杂合度最高,为0.336 4;群体结构分析发现,5个牦牛类群之间存在基因交流现象。说明目前西藏牦牛各群体整体存在遗传多样性下降的潜在风险,需要进一步加强群体保种工作,以确保不同品种资源的多样性得到有效保护。     

引进肉用鸡种代次间的群体遗传结构分析

引进肉用鸡种代次间的群体遗传结构分析周怀军，赵万里，周勤宣（江苏省家禽科学研究所）近年来，从国外引进的十余个肉用配套鸡种，对提高我国肉鸡业的生产水平发挥了重要作用。对这些鸡种，包括祖代、父母代、商品代在内的各个代次的群体遗传结构进行遗传监测，是国人对...     

多系配套杂交群体遗传结构分析

利用8个微卫星标记对杜长大三元杂交群体5个种群，斯格配套系8个种群的遗传结构进行了分析。通过计算等位基因频率、基因杂合度、平均杂合度、多态信息含量、纯种间的遗传距离、F-统计量和迁移率进行分析。结果表明各群体的平均基因杂合度存在一定差异。纯种、祖代、父母代、商品代群体的平均座位杂合度和多态信息含量随着群体在杂交繁育体系中位置的由高到低而逐渐升高。Nei氏标准遗传距离显示，父本和母本间的遗传距离大，遗传距离大的父本和母本用于杂交，产生的杂种优势最大，这与实际的杂交组合一致。Fst衡量等位基因频率群体间方差，杜长大群体大约总变异的1．02％～15．60％来自种群间，而剩余的84．40％～98．98％来自种群内，斯格群体大约总变异的3．02％～15．22％来自种群间，而剩余的84．78％～96．98％来自种群内，斯格和杜长大纯种的遗传分化处于较小到中等之间。     

基于SNP芯片挖掘伍隍猪新遗传材料

为进一步了解伍隍猪与内江猪在群体结构、基因组信息、遗传进化上的差异,本研究主要利用50K SNP基因芯片,分别对131头伍隍猪个体和156头内江猪个体进行基因分型。结果表明：2个品种群体间的亲缘关系相对较远但存在一定的遗传联系。伍隍猪保种群的多态性标记比例（0.641 9）大于内江猪保种群（0.506 0）;且伍隍猪的LD衰减速度大于内江猪;群体有效含量分析表明2个品种在219世代内相对缩减了96.68%;进化树显示出伍隍猪、内江猪与四川其他猪种分离,但在2个群体内部有明显区分;ROH鉴定与选择信号分析发现伍隍猪在繁殖性能与耐受性等方面受到了正向选择。该结论为伍隍猪种质资源开发、利用提供了重要理论依据。     

基于简化基因组测序的娄门鸭遗传多样性评价

旨在通过分析娄门鸭保种群体的遗传多样性和群体结构来评估保种效果。本研究在娄门鸭保种群中随机选择同一世代163只90日龄的健康个体(39公,124母),翅静脉采血后提取基因组DNA,利用简化基因组测序技术检测全基因组范围内的单核苷酸多态性(SNPs); 利用R软件计算个体水平的多态信息含量(PIC)、固定指数(Fix-index)、香农信息指数(SHI)、基因多样性指数(Nei)、有效等位基因数(Ne)以及本研究自创的相对多态信息含量(rPIC)等6个遗传多样性指标,并比较分析了不同染色体水平的遗传多样性指标; 同时利用admixture软件分析群体遗传结构,gcta软件分析群体主成分和个体间的亲缘关系,并分析连续性纯合片段(runs of homozygosity,ROH)以及基因组近交系数F_ROH,评估保种效果。结果显示,163只娄门鸭个体共检测到622 205个SNPs位点,质控过滤后得到374 455个高质量SNPs位点,其中50.70%的位点分布在NC_040046、NC_040047、NC_040048和NC_040049四个染色体中。娄门鸭群体PIC、Nei、Ne、SHI和rPIC指标值分别为0.154 1、0.192 9、1.336、0.296 9和0.410 9,对于SNPs而言,该群体38.80%的SNPs位点属于高度多态性位点,遗传多样性较为丰富; Fix-index值为0.320 8,说明娄门鸭群体出现了分化,这与遗传结构、PCA和亲缘关系分析将娄门鸭群体划分为3个群体的结果一致。PIC、Nei、Ne和SHI四个指标分别在不同染色体上的分布规律均一致,且4个指标两两相关性均达到0.97以上,而Fix-index与其他4个指标的相关性较低,在0.23以下,说明可以选择Fix-index以及PIC等少数指标来评估娄门鸭群体的遗传多样性。163只娄门鸭个体共检测到2 966条ROH,ROH片段长度主要集中在0~2 Mb区间; 基于ROH得到的基因组近交系数F_ROH在公、母鸭中分别为0.027 5和0.043 3,说明娄门鸭保种群近交程度较低; 具体到染色体水平,NC_040068、NC_040074染色体的F_ROH值分别达到0.352 4和0.319 3。结果提示,娄门鸭保种群的遗传多样性较丰富,群体基因组近交系数较低,但个别染色体的近交系数较高,且群体出现了部分分化。后续保种中可以将遗传结构分析得到的3个分化的亚群个体之间进行适当的非随机交配,消除目前的群体分化现象,并重点监测染色体近交系数较高的基因组区域,避免个别染色体近交系数上升过快。     

基于SNP芯片监测通城猪的保种效果

旨在基于SNP芯片信息分析通城猪保种群的群体结构和遗传多样性,对保种效果进行监测。本研究利用“中芯一号”50K SNP芯片对68头通城猪的全基因组SNP进行扫描,通过以下两方面评估保种效果：1）群体结构。通过群体分层、遗传距离、亲缘关系以及公猪基因组家系等分析,研究通城猪个体间的群体结构;2）遗传多样性。估算等位基因频率、有效等位基因数、多态信息含量、多态性标记比例、杂合度、核苷酸多样性等多态性和杂合性相关参数估计遗传多样性,分析有效群体含量和连续性纯合片段（runs of homozygosity,ROH）,综合评估保种效果。结果显示：1）保种群无明显分层,遗传距离为0.27,亲缘系数为0.17;2）基因组等位基因频率为0.77,有效等位基因数为1.52,多态信息含量均值为0.31,多态性标记比例为88.28%,观测杂合度为0.32,期望杂合度为0.31;20世代前通城猪有效群体含量为105头,当前世代有效群体含量为94头;ROH共计有184个,平均ROH长度为23.71 Mb,其中28.80%的长度在15~20 Mb之间;基因组近交系数为0.04%,具较低水平的近交程度。通城猪保种群是一个没有分层的纯种群体,具有丰富的遗传多样性,得到了有效保护。