金华猪回肠、结肠真菌结构及其与体脂沉积的相关性研究

本试验旨在探究不同肥瘦率的金华猪回肠、结肠真菌菌群结构差异及其与体脂沉积的相关性.试验选择270日龄的同批次金华猪35头,测定背膘厚、眼肌面积和瘦肉率,并选择瘦肉率最低(高脂肪组,H组)和最高(低脂肪组,L组)的金华猪各5头,采集回肠、结肠内容物用于真菌测序分析.结果表明:1)不同肥瘦率金华猪的瘦肉率与背膘厚存在显著差...     

莱芜仔猪肠道菌群组成初步分析

猪的肠道菌群组成与种类及健康状态密切相关,研究健康、品种优良的猪的肠道菌群组成对于养猪业的发展具有积极意义。本研究采用16SrRNA高通量测序方法对10日龄莱芜哺乳仔猪腹泻仔猪的粪便进行测序分析。结果显示,健康仔猪共有优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,共有优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）;腹泻仔猪共有优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）,共有优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）。此外,两组比较,Lactobacillus、Escherichia-Shigella、Prevotella＿9、Fusobacterium、Prevotellaceae属在腹泻仔猪组丰度水平高,而Acinetobacter、Jeotgalibaca、Treponema＿2、Psychrobacter属在健康仔猪组丰度水平高。本研究结果为莱芜猪肠道菌群多样性研究提供基础数据,并为后期调节肠道菌群、促进猪的健康成长提供参考依据。     

金华猪回肠菌群结构和脂肪酸结合蛋白发育性变化与脂肪沉积的相关性研究

本试验旨在研究金华猪回肠菌群结构和脂肪酸结合蛋白发育性变化及其与脂肪沉积的相关性。试验分别选取45（D45）、90（D90）、150（D150）和270（D270）日龄体重相近的健康金华猪各4头，测定其体重和背膘厚；并采集回肠黏膜及其内容物，通过荧光定量PCR测定回肠黏膜中脂肪酸结合蛋白基因的表达，采用基于16S rRNA基因的高通量测序分析金华猪回肠菌群结构。结果表明：1）随着日龄的增加，金华猪体重和背膘厚均显著增加（P<0.05）。2）回肠黏膜中脂肪酸结合蛋白（fatty acids binding protein，FABP）编码基因FABP1、FABP2和FABP4表达量随着日龄的增加均呈显著增加（P<0.05）。3）厚壁菌门（Firmicutes）和拟杆菌门（Bacteroidetes）为金华猪回肠的优势菌门；在属水平上，狭义梭菌属1（Clostridium sensu stricto 1）、乳酸菌属（Lactobacillus）、土孢杆菌属（Terrisporobacter）、Romboutsia和链球菌属（Streptococcus）为主要优势菌属；随着日龄的增加，狭义梭菌属1（Clostridium sensu stricto 1）和链球菌属（Streptococcus）相对丰度先增加后降低；乳酸菌属（Lactobacillus）、土孢杆菌属（Terrisporobacter）和Romboutsia相对丰度先降低后增加；PCoA分析表明，各日龄有显著不同的聚类。4） Spearman相关性分析表明，金华猪回肠黏膜中脂肪酸结合蛋白FABP1、FABP2和FABP4表达水平与背膘厚的相关性系数分别为0.480 1、0.597 9和0.795 3；金华猪回肠菌属Epulopiscium和Mycoplasma与脂肪酸结合蛋白FABP1、FABP2和FABP4和背膘厚的相关性系数范围分别为0.38~0.76、0.45~0.64。由此可见，金华猪回肠菌群结构和脂肪酸结合蛋白表达水平呈现发育性变化，且与脂肪沉积存在一定的相关性。     

宁乡猪不同生长阶段结肠微生物菌群特征分析

本研究以宁乡花猪为实验对象，旨在通过16S rDNA高通量测序技术探究5个不同生长阶段（30、70、150、200、250日龄）结肠微生物菌群的结构及特征差异，分析各个阶段微生物组成及多样性。结果显示：宁乡猪结肠微生物多样性只在30日龄与200日龄间差异显著，而微生物丰度30日龄与70～250日龄间差异显著、70～150日龄与200日龄间差异显著；通过菌群分类学分析发现，在不同生长阶段结肠微生物菌群分布于23个门（Phylum）、41个纲（Class）、85个目（Order）、141个科（Family）、294个属（Genus）；在门水平，厚壁菌门（Firmicutes）与拟杆菌门（Bacteroidota）为宁乡猪结肠微生物主要优势菌门，梭杆菌门（Fusobacteriota）与互养菌门（Synergistota）只存在于30日龄中；在属水平，乳酸杆菌属（Lactobacillus）、颤螺旋菌科（Oscillospiraceae＿UCG＿005）、普式菌属（Prevotella）、梭状芽孢杆菌属（Clostridium＿sensu＿stricto＿1）、链球菌属（Streptococ...     

金华猪和长白猪粪便微生物移植小鼠的肠道古菌结构分析

本试验旨在比较肥胖型的金华猪和瘦肉型的长白猪肠道古菌结构的差异,分析菌群移植小鼠肠道古菌结构。采集金华猪和长白猪的新鲜粪便,通过灌胃移植到经广谱抗生素处理过的小鼠肠道中,提取2种猪粪便及其移植小鼠的盲肠内容物总基因组DNA,使用古菌通用引物对古菌16S rRNA的V4区进行PCR扩增,通过Illumina Hiseq测序平台对扩增产物进行高通量测序,使用QIIME等软件对测序序列进行分析统计。结果表明:金华猪和长白猪粪便及其移植小鼠盲肠内容物中的古菌主要包含3个门,分别为奇古菌门(Thaumarchaeota)、广古菌门(Euryarchaeota)和泉古菌门(Crenarchaeota),其中金华猪粪便中广古菌门的丰度高于长白猪;在属水平上主要包含4个已知属,优势属为餐古菌属(Cenarchaeum)。二者移植小鼠的盲肠内容物古菌结构,在门水平上,移植小鼠的奇古菌门比例占70%以上;奇古菌门的古菌几乎全部来源于餐古菌属;在门和属的水平上,金华猪和长白猪粪便移植小鼠的盲肠古菌结构无显著差异(P0.05),但基于操作分类单元(OTU)水平的主成分分析显示出很好的组内聚集。由此可见,奇古菌门的餐古菌属是金华猪和长白猪粪便和其移植小鼠盲肠中的优势古菌;金华猪粪便中广古菌门的丰度高于长白猪粪便,且二者移植小鼠盲肠内容物之间古菌结构在OTU水平上存在一定的差异。     

人工养殖对尼罗罗非鱼肠道菌群的影响

试验旨在研究人工养殖对尼罗罗非鱼肠道菌群的影响。研究采用16S rDNA测序方法对野生（YS）和人工养殖（YZ）尼罗罗非鱼的肠道内容物进行测序,分析比较两者肠道菌群生物丰富度及多样性差异。结果表明,在野生环境下,尼罗罗非鱼肠道中Actinobacteriota、Proteobacteria和Firmicutes为主要优势菌群;在人工养殖环境下,Actinobacteriota、Proteobacteria和Cyanobacteria为主要优势菌群。肠道菌群多样性的分析表明,YZ组群落多样性指数低于YS组（P<0.05）。门水平上,YZ组的Proteobacteria、Acidobacteriota、Bacteroidota和NB1-j菌门低于YS组（P<0.01或P<0.05）,Cyanobacteria、Dependentiae高于YS组（P<0.01或P<0.05）。属水平上,YZ组的norank＿f＿norank＿o＿Chloroplast、 Mycobacterium、 Paeniclostridium、 IMCC26207、 Methylocys...     

饲粮中添加谷氨酰胺对安哥拉兔肠道微生物结构的影响

为探究谷氨酰胺对安哥拉兔肠道菌群结构和多样性的影响，本试验选取8月龄体重、产毛量相近的安哥拉兔12只，随机分为2组，每组6个重复，每个重复1只兔。对照组饲喂基础饲粮，谷氨酰胺组在基础饲粮中添加0.9%谷氨酰胺，饲喂1个剪毛周期后，采集各试验兔新鲜粪便样品，采用Illumina MiSeq测序平台进行肠道菌群16S RNA高通量测序分析。结果表明：与对照组相比，饲粮中添加0.9%谷氨酰胺后，安哥拉兔肠道菌的Chao指数、Shannon指数显著提高（P<0.05）。在门水平上，家兔肠道中优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、髌骨细菌门（Patescibacteria）和放线菌门（Actinobacteria）；与对照组相比，饲粮中添加谷氨酰胺能显著降低厚壁菌门的相对丰度（P<0.05）。在属水平上，家兔肠道内优势菌属为g＿norank＿f＿Muribaculaceae、瘤胃球菌属（Ruminococcus）和瘤胃球菌科NK4A214群（Ruminococcaceae＿NK4A214＿group）；与对照组相比，饲粮中添加谷氨酰胺显著...     

复合菌颗粒料对犊牛瘤胃发酵参数及菌群结构的影响

为研究复合菌颗粒料对犊牛瘤胃发酵参数及菌群结构的影响,试验选择出生后健康且体重相近的20头安格斯犊牛随机分为2组,每组10个重复,每个重复1头牛。对照组饲喂颗粒料不添加任何复合菌,试验组添加1%复合菌颗粒料（酵母菌、枯草芽孢杆菌、植物乳杆菌,活菌数为3×108cfu/g）。试验期共100 d,其中预饲期10 d,正试期90 d。试验结束后抽取犊牛瘤胃液并测定相关指标。结果表明：试验组微生物蛋白（MCP）含量和Simposon指数显著高于对照组（P <0.05）;试验组Shannon指数和Chao指数极显著高于对照组（P <0.01）;试验组Sobs指数、Ace指数显著高于对照组（P <0.05）。门水平上,2组的优势菌门主要是拟杆菌门（Bacteroidota）和厚壁菌门（Firmicutes）。而属水平上2组的优势菌属为Prevotella,两组第二优势菌属不同：对照组为理研菌科＿RC9肠道群（Rikenellaceae＿RC9＿gut＿group）,试验组为未分类＿f＿Muribaculaceae(norank＿f＿Muribaculaceae)。由此可见,复合菌...     

金华猪和长白猪肠道产丁酸菌相对丰度与丁酸代谢的相关性分析

本试验旨在研究金华猪和长白猪各肠段主要产丁酸菌相对丰度及丁酸代谢的相关性。选取相同条件下饲养的240日龄金华猪和长白猪各10头,分别取不同肠段内容物,采用高通量测序技术分析不同肠段主要产丁酸菌的相对丰度,实时荧光定量PCR法测定产丁酸关键功能基因丁酰-CoA:乙酰-CoA转移酶和丁酸激酶相对表达量的变化,气相色谱法测定丁酸含量。结果表明:1)金华猪空肠和回肠布劳特氏菌属(Blautia)、丁酸球菌属(Butyricicoccus)、丁酸单胞菌属(Butyricimonas)、粪杆菌属(Faecalibacterium)和真杆菌属([Eubacterium] hallii group)相对丰度显著低于长白猪(P0.05),而颤螺旋菌属(Oscillospira)和罗斯伯里氏菌属(Roseburia)相对丰度显著高于长白猪(P0.05)。在金华猪和长白猪中,布劳特氏菌属、丁酸球菌属、粪杆菌属和真杆菌属相对丰度间均呈极显著正相关(r=0.48～0.88,P0.01)。2)金华猪回肠和结肠中丁酰-CoA:乙酰-CoA转移酶和丁酸激酶基因相对表达量显著低于长白猪(P0.05)。3)金华猪空肠、回肠、结肠中丁酸含量均显著低于长白猪(P0.05)。4)金华猪和长白猪肠道中丁酰-CoA:乙酰-CoA转移酶和丁酸激酶基因相对表达量与丁酸含量呈极显著正相关(r=0.570 4～0.722 1,P0.01);2个品种对比发现,长白猪相关系数均高于金华猪。由此可见,金华猪空肠和回肠产丁酸菌相对丰度显著低于长白猪,同时金华猪结肠产丁酸关键功能基因丁酸激酶和丁酰-CoA:乙酰-CoA转移酶相对表达量显著低于长白猪,与之相对应的是金华猪空肠、回肠和结肠中丁酸含量显著低于长白猪,这也在一定程度上解释了长白猪肠道丁酸含量高于金华猪的原因。     

育肥猪粪便菌群结构及其与生长速度的相关性分析

【目的】 研究育肥猪的生长速度与粪便微生物之间的作用关系，寻找与猪生长速度相关的微生物菌群。【方法】 选取50头出生重相近的仔猪，在相同饲养环境中进行饲养管理，生病猪及时转出试验组，125日龄时按体重由高到低排序，把体重最高和最低的4头猪分别分为体重高（51.30 kg±2.57 kg，HW）、低（36.90 kg±2.50 kg，LW）组，通过16S rRNA测序，对125日龄生长育肥猪的粪便微生物区系多样性、群落组成及与生长速度的关联性进行分析。【结果】 Alpha多样性分析显示，两组间均无显著差异（P>0.05）。主成分分析结果显示，HW和LW组中能够明显区分菌群结构。粪便微生物结构组成分析表明，HW和LW组的优势菌门均为厚壁菌门、拟杆菌门和螺旋体门，优势菌属为密螺旋体属、乳杆菌属、链球菌属和未被培养菌属Muribaculaceae菌。LW组中拟杆菌门丰度极显著高于HW组（P<0.01），纤维杆菌门丰度显著高于HW组（P<0.05），而髌骨细菌门丰度显著低于HW组（P<0.05）。对粪便微生物结构组成进行差异分析发现，HW组检测到16个特有菌门，LW组检测到1个特有菌门和24个特有菌属。将肠道菌群与生长速度进行相关性分析，共发现10个菌门，18个属与体重（BW）和平均日增重（ADG）呈正相关，7个菌门和12个属与BW和ADG呈负相关。【结论】 相同日龄不同生长速度的猪粪便微生物的区系结构存在显著差异，差异菌群可能对猪的生长速度起到了一定的调控作用，本研究结果为研发益生菌和提高猪生长速度提供了参考依据。     

饲粮纤维水平对金华猪生长性能、盲肠菌群结构和短链脂肪酸含量的影响

本试验旨在研究不同饲粮纤维水平对金华猪生长性能、盲肠菌群结构和短链脂肪酸(SCFA)含量的影响。试验选取45头平均体重为54.27 kg的健康金华猪,随机分为低纤维组(LF组)、中纤维组(MF组)和高纤维组(HF组),每组5个重复,每个重复3头猪。LF组饲喂基础饲粮,MF组和HF组分别在基础饲粮中添加7.5%和15.0%苜蓿粉;LF组、MF组和HF组饲粮中的纤维水平分别为3.86%、4.55%和5.92%。试验期60 d。试验结束后,每个重复选取1头接近平均体重的猪进行屠宰,取盲肠内容物用于提取微生物基因组DNA,采用实时荧光定量PCR对特定的微生物类群进行定量分析,同时采用高通量测序分析菌群结构,并测定SCFA含量。结果表明:1)金华猪体重随着饲粮纤维水平的升高呈现上升的趋势(P0.05),平均日增重显著升高(P0.05)。2)金华猪盲肠中的优势菌门是厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、软壁菌门(Tenericutes)和变形菌门(Proteobacteria),占90%以上,其中拟杆菌门相对丰度随饲粮纤维水平升高而显著升高(P0.05)。3)在属水平上,优势菌属分别是拟杆菌目S24-7菌属(Bacteroidales S24-7 group norank)、拟普雷沃氏菌属(Alloprevotella)、普雷沃氏菌科UCG-003菌属(Prevotellaceae UCG-003)、毛螺菌科XPB1014菌属(Lachnospiraceae XPB1014group)和瘤胃球菌科UCG-005菌属(Ruminococcaceae UCG-005)等。其中,拟杆菌目S24-7菌属和拟普雷沃氏菌属的相对丰度随着饲粮纤维水平的升高而升高(P0.05)。4)与LF组相比,HF组金华猪盲肠中乳酸杆菌、梭菌群Ⅰ以及丁酰辅酶A乙酸辅酶A转移酶基因丰度显著升高(P0.05),丁酸和总SCFA含量也显著升高(P0.05)。由此可见,适当提高饲粮纤维水平可提高金华猪盲肠中拟杆菌目S24-7菌属、拟普雷沃氏菌属相对丰度以及菌群发酵产丁酸关键酶丁酰辅酶A乙酸辅酶A转移酶基因丰度,从而提高盲肠中丁酸及总SCFA的含量,最终改善金华猪的平均日增重。     

纯种柯乐猪与巴×柯杂交猪肠道菌群结构的研究

本试验对纯种柯乐猪与巴×柯杂交猪肠道菌群结构特性及差异性进行了研究,旨在从猪肠道微生物的角度揭示纯种柯乐猪耐粗饲特性及巴×柯杂交猪对青绿饲料的适应能力,为后期微生物添加剂的设计、柯乐猪杂交利用及标准化养殖提供依据。纯种柯乐猪和巴×柯杂交猪在同等条件下养殖,达屠宰体重后(100 kg左右),随机各选3头屠宰,取十二指肠、空肠、回肠、结肠内容物,进行高通量测序和生物学信息分析。结果显示:纯种柯乐猪与巴×柯杂交猪各肠段Alpha多样性指数差异不显著(P0.05);Beta多样性分析显示,2个品种猪大部分样品交叉聚集到一起;肠道菌群结构分析显示,纯种柯乐猪和巴×柯杂交猪小肠阶段以厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteria)为优势菌门,到了结肠阶段则是以拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门为优势菌门;纯种柯乐猪与巴×柯杂交猪结肠中有大量的纤维分解菌属,巴×柯杂交猪结肠中月形单胞菌属(Selenomonas)和脱硫弧菌属(Desulfovibrio)的相对丰度显著或极显著高于纯种柯乐猪(P0.05或P0.01),而消化球菌属(Peptococcus)、聚乙酸菌属(Acetitomaculum)、Leeia的相对丰度则显著低于纯种柯乐猪(P0.05);LEfSe分析后发现纯种柯乐猪结肠中富集着大量的产短链脂肪酸菌,其中纤维降解菌有聚乙酸菌属、瘤胃球菌科的不可培养瘤胃细菌4C0d_17(uncultured_rumen_bacterium_4C0d_17)、Leeia、拟杆菌纲、拟杆菌目,与纤维降解菌起协同作用的菌群有考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)、考拉杆菌属的uncultured_Veillonellaceae_bacterium;巴×柯杂交猪结肠中富集的纤维降解菌有月形单胞菌属、柔嫩梭菌(Clostridium leptum)。上述结果表明,在整个肠道菌群结构上,纯种柯乐猪和巴×柯杂交猪的优势菌在类别上非常接近,体现了环境相同效应,纯种柯乐猪和巴×柯杂交猪的肠道菌群结构相对稳定且相似度高;在属水平上,纯种柯乐猪和巴×柯杂交猪的结肠中纤维降解菌表现出差异,纯种柯乐猪结肠内纤维降解菌的比例较高,说明引入外源血对肠道菌群结构有一定的影响,巴×柯杂交猪对粗纤维的消化能力较弱于柯乐猪。     

丁酸梭菌后期干预对番鸭回肠和盲肠菌群结构的影响

本试验旨在通过16S r RNA基因测序技术研究饲料中添加丁酸梭菌对番鸭后期回肠和盲肠菌群结构的影响。试验选取49日龄番鸭360羽，随机分为两个组，每组9个重复，每个重复20羽。对照组饲喂基础饲粮（C组），试验组饲喂基础饲粮添加2×109CFU/kg丁酸梭菌（CB组），试验期为21 d。试验结束后，每个重复随机取1羽番鸭进行屠宰并测定腹脂、胸肌、腿肌重量，采集回肠和盲肠内容物，采用16S rRNA基因测序技术分析其菌群结构。结果表明：与C组相比，CB组番鸭的体重无显著变化（P> 0.05），腹脂率与C组相比显著上升19.5%(P <0.05)。16S rRNA基因测序结果表明，α多样性中各组差异并不显著。在门水平上，厚壁菌门（Firmicutes）、梭杆菌门（Fusobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）为番鸭回肠和盲肠的优势菌门；与C组相比，CB组回肠中厚壁菌门、梭杆菌门相对丰度增加，而拟杆菌门相对丰度减少；此外，在盲肠中变形菌门丰度有减少的趋势。在属水平上，回肠优势属...     

两种无抗制剂对育肥猪生长性能及肠道健康的影响

本试验通过在生长育肥猪饲粮中添加两种不同的无抗制剂,探究其对育肥猪生长及肠道健康的影响。选取体重为（85.95±3.48） kg的LDY三元杂交猪60头,分为对照组、试验1、2组,每组5个重复,每个重复4头猪（阉公猪和母猪各半）。对照组饲喂基础饲粮,试验1组在基础饲粮中添加0.5%的红曲合生元酵母硒锗复合制剂,试验2组在基础饲粮中添加0.5%的复方中药提取物。结果表明：①3组间生长性能各项指标均差异不显著（P>0.05）。②与对照组相比,试验1组空肠的绒毛高度（VH）、绒毛高度/隐窝深度（V/C）以及回肠的绒毛高度均显著增加（P<0.05）,试验2组空肠和回肠的绒毛高度均显著增加（P<0.05）;试验1组空肠和回肠的绒毛高度显著高于试验2组（P<0.05）。③与对照组相比,试验1和2组盲肠菌群香浓指数均显著升高（P<0.05）、辛普森指数均显著降低（P<0.05）;试验1组的香浓指数显著高于试验2组（P<0.05）。④在门水平上,与对照组相比,试验1组盲肠菌群变形菌门和放线菌门丰度均显著升高（P<0.05）,厚壁菌门丰度显著降低（P<0.05）;试验2组厚壁菌门和变形菌门丰度显著升高（P<0.05）,拟杆菌门丰度显著降低（P<0.05）;试验1组放线菌门丰度显著高于试验2组（P<0.05）,厚壁菌门丰度显著低于试验2组（P<0.05）。在属水平上,与对照组相比,试验1组链球菌属丰度显著升高（P<0.05）,苏黎世杆菌属、uncultured_bacterium_f_Muribaculaceae和乳杆菌属丰度显著降低（P<0.05）;试验2组瘤胃菌属和链球菌属丰度显著升高（P<0.05）,苏黎世杆菌属、梭菌属_13、乳杆菌属丰度显著降低（P<0.05）;试验1组梭菌属_13和链球菌属丰度显著高于试验2组（P<0.05）,试验1组uncultured_bacterium_f_Muribaculaceae、瘤胃菌属显著低于试验2组（P<0.05）。⑤试验1组Occludin、Zo-1、Claudin-1表达量显著高于对照组（P<0.05）,Occludin、Claudin-1表达量显著高于试验2组（P<0.05）。以上结果表明,红曲合生元酵母硒锗复合制剂和复方中药提取物对育肥猪肠道健康均有改善作用,但红曲合生元酵母硒锗复合制剂组饲喂效果优于复方中药提取物组。     

重庆地区3个地方品种哺乳仔猪和断奶仔猪结肠菌群比较研究北大核心CSCD

本研究旨在通过监测重庆地区特色动物品种合川黑猪、盆周山地猪和荣昌猪断奶前后的结肠菌群结构,比较分析不同猪种断奶前后的结肠菌群组成特点,探讨断奶前后2个阶段以及不同品种对仔猪肠道菌群的影响。试验样品采集于2018年4月,每个猪种随机选取5头哺乳仔猪(21~25日龄,35日龄断奶)和5头断奶仔猪(30~40日龄),无菌采集每头猪的结肠内容物,提取总DNA,利用细菌通用引物对16S rRNA的V3~V4区进行扩增,通过Illumina Hiseq测序平台对扩增产物进行高通量测序,对优化后的测序序列进行统计分析。结果表明:3个地方猪种哺乳仔猪和断奶仔猪的结肠内容物菌群主要由厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)组成。beta多样性分析发现,哺乳仔猪和断奶仔猪的结肠菌群明显分成了2簇,而3个猪种间的结肠菌群未出现明显组内聚类。在门水平上,梭杆菌门(Fusobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)和疣微菌门(Verrucomicrobia)在哺乳仔猪结肠内容物中的相对丰度均显著高于断奶仔猪(P<0.05),而不同品种间各菌门相对丰度没有显著差异(P>0.05)。在属水平上,拟杆菌属(Bacteroides)、梭杆菌属(Fusobacterium)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)、红螺菌属(Rhodospirillum)和Bradymonadales 5个主要细菌属在哺乳仔猪结肠内容物中的相对丰度显著高于断奶仔猪(P<0.05),而普氏菌属(Prevotella)、Intestinibacter和溶杆菌属(Solobacterium)等8个主要细菌属在断奶仔猪结肠内容物中的相对丰度显著高于哺乳仔猪(P<0.05);不同品种间仔猪结肠内容物中的真细菌属(Eubacterium)、红螺菌属(Rhodospirillum)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)和琥珀酸弧菌属(Succinivibrio)的相对丰度存在显著差异(P<0.05)。以上结果表明,断奶前后2个生长阶段对仔猪结肠菌群的影响较不同品种更为明显。     

林蛙养殖场地土壤菌群结构及潜在病原菌分析

试验旨在了解林蛙养殖场地土壤菌群组成和结构特征、喷洒益生菌后的土壤菌群变化和潜在致病菌的种类与数量。试验设置3个组：养殖场地组、益生菌喷洒组和半人工养殖组,用高通量测序技术进行检测。3个试验组共获得191 588条有效序列,1 369个操作分类单元（operational taxonomic units,OTU）,经分类学鉴定分属于438个属,29个门。3组样本菌群数量较大,多样性水平也相对较高。优势菌门为变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、蓝细菌门（Cyanobacteria）、芽单胞菌门（Gemmatimonadetes）、绿弯菌门（Chloroflexi）、放线菌门（Actinobacteria）、酸杆菌门（Acidobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）;优势菌属为黄杆菌属（Flavobacterium）、热单胞菌属（Thermomonas）、Sphingopyxis、紫杆菌属（Porphyrobacter）、蓝细菌纲中未定种类（norank_c__Cyanobacteria）。各分组之间菌群多样性差异不显著,各组菌群结构相似度高。土壤中潜在的红腿病致病菌在属的水平有气单胞菌属（Aeromonas）、柠檬酸杆菌属（Citrobacter）、金黄杆菌属（Chryseobacterium）、假单胞菌属（Pseudomonas）。喷洒益生菌后土壤菌群变化不明显。本研究为全面了解东北林蛙养殖场地土壤微生物组成及变化、发掘有益微生物种类和东北林蛙疾病的预防和治疗提供理论依据。     

赤芍黄柏制剂对致病性大肠杆菌人工感染雏鸡的肠道菌群多样性的影响

为了解不同浓度赤芍黄柏制剂对致病性大肠杆菌（Escherichia coli）感染的雏鸡肠道菌群多样性的影响,本研究对240只15日龄健康雏鸡随机编号后分为空白对照组（CON）、感染组（BC）、低剂量治疗组（TL）和高剂量治疗组（TH）4个组,除对照组外,其余各组（BC、TL、TH）均使用致病性大肠杆菌进行感染,感染0.5 d后,分别用不同浓度的赤芍黄柏制剂对TL组（4 mL·L^-1灭菌水）和TH组（12 mL·L^-1灭菌水）进行饮水治疗,治疗5 d后统计各组发病率及死亡率,采用高通量测序技术检测雏鸡十二指肠肠道菌群多样性。结果显示,与感染组相比,TH组显著降低了雏鸡的发病率和死亡率（P<0.05）。菌群分析显示,赤芍黄柏制剂处理改变了雏鸡肠道菌群多样性组成,提高了乳杆菌属的丰度。CON组优势菌群以厚壁菌门、肠球菌属为主;BC组肠道优势菌群主要为厚壁菌门、变形菌门、肠球菌属、大肠杆菌属及葡萄球菌属;TL组优势菌群以厚壁菌门、乳杆菌属、肠球菌属及葡萄球菌属为主;TH组优势菌群以厚壁菌门、乳杆菌属为主。热图分析显示,乳杆菌属与发病率和死亡率呈负相关,大肠杆菌属与发病率和死亡率呈正相关（P<0.05）。综上,大肠杆菌感染及赤芍黄柏制剂治疗改变了雏鸡肠道菌群多样性及组成,而这种肠道菌群的变化可能对雏鸡腹泻发病及抗病力产生重要影响。     

枸芪多糖对育肥猪肠道菌群多样性及组成的影响北大核心CSCD

本试验旨在研究枸芪多糖对育肥猪肠道菌群多样性及组成的影响。选用180头80日龄的健康育肥猪,随机分为2组,每组6个重复,每个重复15头猪。对照组饲喂基础饲粮,试验组在基础饲粮中添加1‰的枸芪多糖,试验期为3个月。采集育肥猪盲肠内容物,提取样本中细菌基因组DNA,进行16S rDNA基因高通量测序。结果显示:1)试验组肠道菌群的Ace指数、Chao指数和Shannon指数均显著高于对照组(P<0.05)。2)在门水平上2组的两大优势菌均为拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes),对照组梭杆菌门(Fusobacteria)及梭杆菌属(Fusobacterium)的相对丰度显著高于试验组(P<0.05),互养菌门(Synergistetes)及互养菌属(Synergistes)的相对丰度显著低于试验组(P<0.05)。3) 2组在属水平上的优势菌均为拟杆菌属(Bacteroides),试验组巨单胞菌属(Megamonas)和螺杆菌属(Helicobacter)的相对丰度显著低于对照组(P<0.05)。由此得出,饲粮中添加枸芪多糖可提高育肥猪肠道菌群的丰富度和多样性,通过促进有益菌厚壁菌门、互养菌门与抑制有害菌变形菌门、梭杆菌属和螺杆菌属的增殖优化肠道菌群平衡,建立更健康的肠道菌群结构。     

复方中草药添加剂对生茸期梅花鹿瘤胃发酵及菌群结构的影响

试验旨在研究复方中草药添加剂对生茸期梅花鹿瘤胃发酵及菌群结构的影响。选取12头梅花鹿，随机分为2组，对照组饲喂基础饲粮，试验组饲喂基础饲粮+10 g/（头·d）复方中草药添加剂，预试期7 d，正式饲喂49 d。结果表明：(1)试验组瘤胃pH显著高于对照组（P<0.05），而丙酸浓度显著低于对照组（P<0.05）。(2)试验组Chao1和Ace指数显著低于对照组（P<0.05）。(3)在门水平上，试验组厚壁菌门和广古菌门的相对丰度显著高于对照组（P<0.05），而未分类细菌和放线菌门的相对丰度显著低于对照组（P<0.05）；在属水平上，试验组克里斯滕森菌科＿R-7菌属、醋酸菌属、瘤胃球菌属和瘤胃球菌科＿NK4A214菌属的相对丰度显著高于对照组（P<0.05）。综上所述，添加10 g/（头·d）的复方中草药添加剂能够提高生茸期梅花鹿瘤胃p H，降低瘤胃菌群丰富度并改变菌群结构。     

断奶马驹小肠菌群多样性分析

本试验旨在研究断奶马驹十二指肠、空肠和回肠菌群的多样性，为全面评价断奶后马属动物小肠发育、健康、功能等提供参考依据。选取6匹平均体重为（147.08±4.86） kg的哈萨克断奶马驹为研究对象，在相同的饲养管理和饲粮营养水平条件下饲养60 d。采集断奶马驹十二指肠、空肠和回肠的内容物，采用16S rRNA高通量测序技术检测各肠段内容物中菌群的多样性。结果显示：1）断奶马驹十二指肠菌群的ACE指数和PD＿whole＿tree指数均显著高于空肠（P<0.05）。2）在门水平上，厚壁菌门是十二指肠、空肠和回肠中最主要的优势菌，其次是变形菌门和拟杆菌门，其中空肠中厚壁菌门的相对丰度比回肠提高了26.98%(P<0.05)，回肠菌群中变形菌门和梭杆菌门的相对丰度显著或极显著高于十二指肠和空肠（P<0.05或P<0.01）。在科水平上，回肠中肠杆菌科和巴斯德氏菌科的相对丰度均显著高于空肠（P<0.05），且巴斯德氏菌科的相对丰度还显著高于十二指肠（P<0.05）；十二指肠中瘤胃球菌科的相对丰度较空肠提高了156.04%(P<0.05)。在属水平上，回肠中肠...