猪DDX家族成员基因结构与表达特性分析

为了系统研究DDX解旋酶家族成员在猪生长发育中的作用,试验采用生物信息学方法和实时荧光定量PCR检验技术,对猪DDX家族的42个成员的基因结构、理化性质、功能结构域、聚类进化树、GO功能,以及在大白猪和马身猪盲肠组织中的表达情况进行了研究。结果表明：猪DDX家族除DDX28和DDX53基因没有内含子外,其他成员均含有外显子和内含子,且外显子平均数量为16个,内含子平均数量为15个。除8号染色体外,其他染色体上均有猪DDX家族成员分布。该家族成员均为疏水蛋白并且大多数不稳定,具有多个亚细胞定位,整体来看主要分布于细胞核中。猪DDX家族成员共预测到了15个保守基序,其中DDX1、DDX11、DDX19B、DDX26、DDX36、DDX39A、DDX58和DDX60基因缺失D-E-A-D保守基序,有10个保守基序出现在超过30个成员的序列中,同时不同成员有相同的基序类型和特定的基序排列顺序。聚类分析将猪DDX家族42个成员分为6大簇,其中DDX2和DDX48、DDX21和DDX50、DDX43和DDX53、DDX5和DDX17具有高度同源性,支持率为100%。该家族大多数成员具有ATP依赖性...     

苏钟猪脂蛋白脂肪酶的组织表达谱及其生物信息学分析

为进一步了解猪LPL基因的结构和功能,本研究以苏钟猪为试验对象,利用实时荧光定量PCR方法,分析该基因在苏钟猪5种不同组织(心脏、肝脏、肾脏、皮下脂肪和背最长肌)中RNA水平的表达谱信息;对苏钟猪LPL基因的CDS区域进行了克隆测序,并用生物信息学方法分析了苏钟猪LPL蛋白水平的结构和功能.结果表明:LPL基因在各组织中的mRNA表达丰度为:皮下脂肪＞心脏＞肾脏＞背最长肌＞肝脏,其中皮下脂肪的表达量显著高于其他组织(P＜0.01),且公猪背最长肌中的表达量显著高于母猪(P＜0.01),公猪与母猪间的眼肌面积和瘦肉率性状均差异显著(P＜0.05).猪LPL基因编码含479个氨基酸的蛋白,理论等电点为4.99,具有疏水性,存在信号肽,是分泌型蛋白,与牛、绵羊、家猫等的亲缘关系较近.LPL对苏钟猪的皮下脂肪、心脏、肾脏、肌肉等组织的脂肪沉积有重要影响,可成为苏钟猪肉质改良育种中的重要候选基因.     

金华猪PPARGC1A基因克隆、生物信息学分析及组织表达研究

试验旨在研究过氧化物酶体增殖物激活受体γ辅助激活因子1α（PPARGC1A）在金华猪和大白猪中的遗传特征和表达情况,探究PPARGC1A基因在mRNA水平和蛋白质水平的表达模式。以金华猪和大白猪为试验动物,分别提取背脂组织的总RNA,根据GenBank中公布的猪PPARGC1A基因序列（登录号：NM_213963.2）设计编码区和实时定量PCR引物,以猪GAPDH基因和β-actin蛋白作为内参,应用多种生物信息学方法对PPARGC1A基因编码蛋白进行功能分析,并通过实时荧光定量PCR及Western blotting检测其在金华猪背脂中的表达水平。结果表明,金华猪PPARGC1A基因CDS区全长2 361 bp,编码786个氨基酸,该蛋白分子大小90 336.01 u,其中丝氨酸（ser）所占比例最高（13.7%）,色氨酸（Trp）所占比例最低（0.8%）。同源性比对结果显示,金华猪PPARGC1A基因与山羊、牛和绵羊的同源性较高,分别为95.0%、94.9%和94.9%,在物种进化中具有较强的保守性;金华猪PPARGC1A蛋白不稳定指数为74.88,属于不稳定亲水蛋白,无跨膜结构,其二级结构由α-螺旋、延伸链、β-转角及无规则卷曲4种结构组成,所占比例分别为26.59%、5.73%、5.73%和61.96%,PPARGC1A蛋白同源建模经折叠、弯曲等一系列复杂的过程获得三级结构模型;实时荧光定量PCR试验和Western blotting试验结果一致,显示PPARGC1A基因在背脂较厚的金华猪中表达量显著低于瘦肉型的大白猪（P<0.05）。本研究为探明PPARGC1A基因对猪脂肪沉积的分子生物学功能提供了理论基础。     

猪生长激素基因在昆虫细胞中的分泌表达

将PCR将增得到pGH基因插入到带有polh启动子和gp67强信号肽序列的杆状病毒转移载体pAcGP67-A中，构建重组质粒pGP67pGH，并与线性化致死缺失型苜蓿丫纹夜蛾核多角体病毒（AcMNPV-OCC)基因组DNA共转染Sf9细胞，构建出重组病毒AcMNPV-pGP67-pGH-OC^-。感染重组病毒的Hi5细胞的表达产物的SDS-PAGE和Western blot结果表明，细胞可溶蛋白和培养液上清中均有一条分子量约为22kDa的猪生长激素特异性反应带，且培养液上清中的目的蛋白分子量比天然pGH略大一些，薄层扫描仪扫描估测可知，重组pGH分别占细胞可溶蛋白的8．98％和培养液上清总蛋白的3.61%。将表达96h的培养液上清浓缩液进行N－糖基化分析，结果显示重组pGH无N－糖基化加工修饰。     

猪生长激素基因的克隆及在哺乳动物细胞中的表达

应用RT—PCR技术克隆了猪生长激素(pGH)cDNA，该基因编码蛋白的信号肽序列与已有报道的pGH基因存在2个氨基酸残基的差异，而成熟肽却无差异。将pGHcDNA定向插入真核表达载体VRl020，构建了重组真核表达质粒VpGH；利用脂质体法转染哺乳动物细胞COS7，对转染后的COS7细胞进行RT—PCR、ELlSA和免疫荧光分析，分另1在转录和翻译水平证实了目的基因在COS7细胞中得到正确转染表达。     

猪DECR1基因在不同猪种及组织中的差异表达研究

DECR1是脂肪酸代谢途径中的关键限速酶,可作为猪脂肪沉积和肉质性能的候选基因。本研究采用实时荧光定量PCR技术测定了藏猪、滇南小耳猪和大约克夏猪肌肉、背膘和腹脂组织中DECR1基因mR NA表达量。结果表明:藏猪和滇南小耳猪脂肪组织中DECR1基因表达显著高于大约克猪(P<0.05),而肌肉组织中该基因表达品种间差异不显著(P<0.05)。研究结果表明,猪DECR1基因在脂肪组织中的表达量可能与该品种脂肪沉积能力和肉质性能有关。     

C／EBPβ基因与PPARγ基因在胎猪脂肪组织和原代培养的脂肪细胞中的表达

研究采用实时定量RT-PCR方法对发育到30,60,90日龄的胎猪脂肪组织中C/EBPB与PPARγ基因的表达情况进行检测,并且对2个基因在原代培养的脂肪细胞中的表达情况进行检测.结果显示:在30,60日龄胎猪的脂肪组织中并没有检测到C/EBPB基因的表达,在90日龄胎猪的脂肪组织检测到其低水平表达;PPARγ基因在30日龄胎猪的脂肪组织中已经表达,并且在60,90日龄胎猪的脂肪组织中仍然持续表达.在原代培养的前脂肪细胞中,2个基因均表达;诱导后C/EBPB基因的表达量在24小时达到高峰,48小时和72小时时表达量显著回落;诱导后PPARγ基因的表达量明显升高,24小时达到高峰,之后随着培养时间的延长表达量逐渐降低.     

虹鳟酪氨酸酶基因的生物信息学分析及其在不同发育阶段和组织中的表达分析

酪氨酸酶（tyrosinase,Tyr）基因在调控动物色素合成的过程中发挥关键作用。为了解tyr基因与虹鳟（Oncorhynchus mykiss）体色变异的关系,本研究对虹鳟tyr-1和tyr-2基因进行了蛋白序列分析,并利用实时荧光定量PCR检测两种基因在野生型虹鳟（虹鳟）和黄色突变型虹鳟（金鳟）体色发生的19个不同时期和成鱼13种不同组织中的表达差异。蛋白序列分析结果表明,Tyr-1和Tyr-2都是亲水性蛋白,且蛋白结构主要是无规则卷曲和α-螺旋;实时荧光定量PCR结果显示,tyr-1基因在胚胎各时期均有表达,tyr-1基因表达量在虹鳟受精期最高,桑椹期次之,且显著高于其他时期（P<0.05）;tyr-1基因表达量在金鳟16-细胞期最高,且显著高于其他时期（P<0.05）;tyr-2基因分别从虹鳟囊胚期和金鳟原肠期开始表达,表达量均在心跳期达到最高且显著高于其他时期（P<0.05）。出膜后,tyr-1、tyr-2基因分别在虹鳟5日龄和金鳟3月龄表达量最高。在胚胎各时期中,tyr-1、tyr-2基因在虹鳟中表达量普遍高于金鳟,出膜后普遍低于金鳟。在各组织中,tyr-1基因在皮肤、眼睛、肾脏、肝脏等组织中有较高表达,tyr-2基因主要在皮肤、眼睛中有较高表达,在其他组织中表达量较低。以上结果表明,tyr-1和tyr-2基因与虹鳟体色变异具有一定的相关性,为深入阐明虹鳟体色变异机制和体色遗传改良奠定了理论基础。     

藏猪和大约克夏猪RBP5基因多态性及表达差异性分析

视黄醇结合蛋白5(RBP5)是视黄醇结合蛋白家族新成员,在脂肪代谢中有重要作用。为探索RBP5基因在猪生长发育、脂肪代谢性状中的相关性,本实验选取180日龄藏猪和大约克夏猪,在mRNA水平上对藏猪、大约克夏猪的肝脏、肾脏和腹脂组织中的RBP5基因表达量进行了RT-qPCR检测,在DNA水平上对藏猪、大约克夏猪RBP5基因3’侧翼区、5’侧翼区和CDS区进行了单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)位点筛选。2个品种猪肝脏、肾脏和腹脂中RBP5基因的mRNA相对表达量趋势基本一致,藏猪肝脏、肾脏中RBP5的表达量极显著低于大约克夏猪,腹脂中的表达量显著低于大约克夏猪,表明RBP5基因可能与脂肪沉积能力呈负相关;RBP5基因在3’侧翼区有’G²⁷⁴A、’T²⁷⁸C和’C³⁴⁶T 3个突变位点,藏猪与大约克夏猪存在极显著差异。本研究中RBP5基因的’G²⁷⁴A、’T²⁷⁸C、’C³⁴⁶T位点的多态性与mRNA表达差异...     

猪传染性胃肠炎病毒S基因在昆虫细胞中的表达

为获得具有天然活性的猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)重组S蛋白,制备针对猪传染性胃肠炎S蛋白A、D抗原位点的单克隆抗体及建立快速抗体检测方法,本研究将TGEV S基因A、D抗原位点经PCR扩增并克隆入p Fast Bac HBM-TOPO载体,经转座、转染后获得重组杆状病毒,并对重组杆状病毒进行间接免疫荧光(IFA)及Western blot分析,结果显示,TGEV S基因A、D抗原位点在杆状病毒中成功表达,其表达产物为TGE诊断试剂的制备、基因工程疫苗的研制奠定了基础。     

大白猪ZnT基因家族生物信息学分析及组织表达研究

【目的】 分析大白猪溶质载体30A （ZnT）基因家族成员的生物学特性,并检测其在猪不同组织中的表达水平,为研究ZnT基因家族调控锌的代谢提供科学依据。【方法】 使用多种生物信息学软件对猪ZnT基因家族10个成员（ZnT1~ZnT10）进行序列分析,包括基序、保守结构域、跨膜结构域、进化树、蛋白相互作用分析;使用实时荧光定量PCR方法检测ZnT基因家族在6月龄大白猪心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、卵巢、乳腺中的表达差异。【结果】 ZnT1~ZnT10基因定位到猪的8条染色体上,分子质量在41.61~85.30 ku之间;等电点介于6.27~9.30之间,其中ZnT6等电点最高为9.30,ZnT1等电点最低为6.27。ZnT基因家族中,除ZnT3外都属于稳定蛋白,除ZnT5、ZnT9外都含有6层跨膜结构域,除ZnT6、ZnT9外所含基序顺序均一致,Cation-efflux是ZnT基因家族共有的保守结构域。ZnT6与ZnT2、ZnT3、ZnT7、ZnT9蛋白关联程度最高,ZnT1与ZnT3蛋白关联程度最高,ZnT8与其他家族成员间关系较远。ZnT基因家族序列在哺乳动物进化过程中相对保守。ZnT基因家族的10个基因在大白猪肺脏中相对表达量较高,在心脏中相对表达量较低,除ZnT5、ZnT7、ZnT9外的ZnT基因家族的其他成员在肌肉中几乎不表达。【结论】 ZnT家族属于跨膜结构蛋白,所含基序顺序基本一致,Cation-efflux是ZnT基因家族共有的保守结构域。ZnT基因家族多数成员在大白猪肺脏中表达量最高,在心脏和肌肉中相对表达量较低。     

猪肌内脂肪沉积相关基因的筛选及其表达特性分析

【目的】通过分析马身猪和大白猪背最长肌转录组测序数据,筛选肌内脂肪沉积相关基因,并对其表达特性进行分析。【方法】采集180日龄马身猪和大白猪背最长肌,采用RNA-Seq技术对其进行转录组测序,筛选差异表达基因并进行GO功能和KEGG通路富集分析;采用GeneCards在线查询基因功能,进一步筛选与肌内脂肪沉积相关的差异基因;采用实时荧光定量PCR技术检测差异基因在2个品种猪不同组织以及肌内脂肪细胞成脂分化过程中的表达变化。【结果】获得2个品种猪背最长肌差异表达基因共280个,其中128个表达显著上调,152个表达显著下调。GO功能富集分析注释到46个条目,其中生物过程24条,分子功能8条,细胞组分14条。KEGG通路分析显著富集到PPAR信号通路、MAPK信号通路和脂肪细胞因子信号等脂肪沉积相关通路。GeneCards功能查询获得TRAF2、DUSP1、ACOT4、NR4A1、SLC27A6、PLIN5共6个与脂肪沉积相关的基因。实时荧光定量PCR分析表明,马身猪和大白猪背最长肌中NR4A1、DUSP1、PLIN5基因表达量差异显著或极显著(P<0.05;P<0.01),T...     

牦牛酪蛋白基因家族的克隆及组织表达分析

本研究旨在克隆牦牛酪蛋白基因家族(CSN1S1、CSN1S2、CSN2和CSN3)的CDS区序列,鉴定其在牦牛不同组织中的表达水平。选取4岁龄左右处于泌乳期的健康类乌齐母牦牛3头,屠宰后分别采集乳腺、心脏、肝脏、骨骼肌组织,分别提取组织总RNA并反转录为cDNA,设计酪蛋白基因家族特异性引物扩增酪蛋白基因家族序列,进行生物信息学分析,并利用实时荧光定量PCR法分别检测酪蛋白家族基因mRNA水平。结果显示,克隆得到CSN1S1、CSN1S2、CSN2和CSN3基因cDNA序列分别为919、832、805和715bp,其CDS区全长分别为645、669、690和585bp,分别编码214、222、259和194个氨基酸残基。类乌齐牦牛酪蛋白基因家族与黄牛亲缘关系最近,其次是印度水牛,而与单胃动物猪的亲缘关系最远。组织表达结果显示,酪蛋白基因家族在组织中广泛表达,其中在乳腺组织中的表达量最高,其次是骨骼肌组织。在乳腺组织中CSN1S1、CSN1S2、CSN2基因之间表达量差异不显著(P>0.05),但CSN2基因表达量显著高于CSN3基因(P<0.05)。以上结果为酪蛋白基因家族在牦牛乳腺蛋白质代谢调控机制的研究提供了参考依据。     

鸡Wnt基因家族生物信息学分析及表达

【目的】试验旨在对鸡Wnt基因家族进行全面系统地调查分析,并进一步明确鸡感染新城疫病毒(Newcastle disease virus, NDV)后Wnt基因家族成员的表达模式。【方法】基于鸡基因组测序结果,通过查询Pfam和UniPort数据库获取鸡Wnt基因家族全基因组序列,构建系统进化树,分析Wnt蛋白理化性质、亚细胞蛋白定位、染色体分布、保守结构域等,并进一步研究鸡感染NDV后Wnt基因家族成员的表达模式。【结果】试验共鉴定到39个鸡Wnt基因家族成员。系统进化树分析发现,鸡与人和鼠的Wnt成员相似性较高,均有12个亚家族,即Wnt1、Wnt2(Wnt2a和Wnt2b)、Wnt3a、Wnt4、Wnt5(Wnt5a和Wnt5b)、Wnt6、Wnt7(Wnt7a和Wnt7b)、Wnt8(Wnt8a和Wnt8b)、Wnt9(Wnt9a和Wnt9b)、Wnt10a、Wnt11及Wnt16成员,但鸡缺少Wnt10b。鸡Wnt成员分布于11条染色体上,分别为Chr1、Chr2、Chr4、Chr6、Chr7、Chr12、Chr13、Chr21、Chr26、Chr27和Chr34,成员间出现1...     

猪MORC2基因克隆、生物信息学分析及组织表达定位

【目的】克隆猪的Microrchidia家族CW锌指蛋白2（Microrchidia family CW-type zinc finger 2,MORC2）基因,利用生物信息学手段分析其序列特征,并检测MORC2基因在猪不同组织中的表达情况和卵巢中的定位。【方法】以猪卵巢cDNA为模板扩增和克隆MORC2基因完整CDS区,并进行相似性比对及系统发育树构建;利用生物信息学软件对猪MORC2蛋白序列进行预测;使用实时荧光定量PCR检测MORC2基因在猪不同组织中的表达情况;利用免疫组化方法检测猪MORC2蛋白在猪卵巢中的定位情况。【结果】猪MORC2基因CDS区序列全长3 102 bp,编码1 033个氨基酸。猪MORC2蛋白氨基酸序列与人、黑猩猩、恒河猴、小鼠、牛、绵羊、鸡和斑马鱼的相似性分别为94.8%、94.6%、94.9%、91.9%、93.8%、93.9%、80.8%和64.3%。系统进化树表明,猪与灵长类亲缘关系最近,与反刍动物和啮齿类次之,与斑马鱼（鱼类）亲缘关系最远。猪MORC2蛋白分子质量为117.44 ku,理论等电点为8.16,半衰期为30 h,属于不稳定蛋白。MORC2蛋白的平均疏水性为―0.736,为亲水性蛋白,不含跨膜结构和信号肽。猪MORC2蛋白有174个磷酸化位点、81个糖基化位点;亚细胞定位属于核蛋白,细胞质次之,线粒体中有少量表达;含有经典的MORC蛋白家族结构：GHKL-ATPase、zf-CW和CC结构域。组织表达谱结果显示,MORC2基因在猪各组织中广泛表达,其中在肝脏中表达量最多,显著高于其他组织（P＜0.05）,在心脏、肺脏和肌肉中表达量较少,显著低于其他组织（P＜0.05）。免疫组化结果显示,MORC2蛋白在健康猪卵泡颗粒细胞和膜细胞中均有表达且表达量较高,在闭锁的卵泡颗粒细胞和膜细胞中表达量较少。【结论】试验成功获得猪MORC2基因完整CDS区序列,该基因在猪各组织中广泛表达,MORC2蛋白主要在健康猪的卵泡颗粒细胞和膜细胞中表达。研究结果为进一步研究MORC2蛋白调控猪卵巢发育和卵泡闭锁的分子机制提供理论依据。     

猪SENP1基因克隆、生物信息学分析与表达研究

试验旨在对猪SUMO特异性蛋白酶1(sentrin-specific protease 1,SENP1)基因CDS区进行克隆和生物信息学分析,并探讨SENP1基因在乙脑病毒(Japanese encephalitis virus,JEV)感染PK15细胞后的表达情况。根据GenBank中公布的猪SENP1基因预测序列(登录号:XM_013997974.2)设计特异性引物,通过RT-PCR和T/A克隆技术对猪SENP1基因CDS区序列进行克隆测序,并进行生物信息学分析,利用实时荧光定量PCR分析猪SENP1基因在JEV感染PK15细胞不同时间点(0、12、24、36、48 h)的表达情况。结果显示,猪SENP1基因CDS序列全长2 034 bp,共编码677个氨基酸。序列比对和系统进化树分析结果表明,猪SENP1蛋白序列和山羊、犬、人、牛的相似性分别为94.8%、94.2%、93.9%和93.8%,说明在这些物种中SENP1的保守性较强;猪与犬的SENP1分子亲缘关系较近。生物信息学分析结果显示,猪SENP1蛋白相对分子质量为76 825.76,等电点为8.53,体外半衰期为30 h,不稳定系数为53.59,总平均亲水指数为－0.622。SENP1蛋白不含信号肽序列,无跨膜结构域。二级结构分析结果显示,SENP1蛋白中α-螺旋、无规则卷曲、延伸链和β-转角分别占31.31%、46.68%、16.25%和5.76%。三级结构分析结果显示,猪SENP1蛋白中存在8个α-螺旋区和7个β-转角区。实时荧光定量PCR结果显示,猪SENP1基因在JEV感染的PK15细胞中呈现上调表达趋势,其中在感染后48 h SENP1基因表达量显著高于对照组(P<0.05)。本试验结果为后续深入研究SENP1基因功能提供了参考。     

中国西门塔尔牛MC3R和MC4R基因组织表达谱及其在脂肪组织中表达水平与背膘厚度的相关性研究

为探索调控肉牛脂肪沉积的关键基因表达规律,筛选影响肉牛肥育性状的候选基因,本研究采用137头18月龄肉用中国西门塔尔公牛,屠宰并采集组织样品,根据背膘厚度胴体测定值分成高、低2组,每组各选择15个个体,利用荧光实时定量技术对MC3R和MC4R基因在组织中的表达特征及其在不同个体脂肪组织中的表达水平进行分析.结果表明,M...     

猪CRTC3基因表达的品种差异及forskolin对其表达的影响

本试验旨在探究糖脂代谢通路关键基因CRTC3在不同品种猪肌肉和脂肪组织中的表达情况,并通过forskolin处理猪皮下脂肪前体细胞,研究forskolin对脂肪前体细胞分化聚酯和CRTC3基因表达的影响,阐明猪CRTC3基因表达与脂肪沉积的关系。试验选取杜长大猪和莱芜猪各5头,检测肌肉、脂肪组织中CRTC3的mRNA和蛋白表达水平以及脂肪代谢相关基因的mRNA表达水平;选取2头3日龄的杜长大仔猪,分离猪皮下脂肪前体细胞,待完全融合后用MDI诱导培养基诱导4 d,然后用分化培养基继续诱导4 d,完成诱导分化。Forskolin组在诱导分化的第1天即加入forskolin,使其终浓度为10μmol/L,对照组则加入同浓度的二甲基亚砜(DMSO)进行诱导分化。结果表明:在莱芜猪的背最长肌和腰大肌中,CRTC3的蛋白表达水平高于杜长大猪;在莱芜猪的皮下和内脏脂肪组织中,CRTC3及脂肪沉积相关基因过氧化物酶体增殖剂激活受体γ(PPARγ)、脂肪酸结合蛋白4(FABP4)、CCAAT/增强子结合蛋白α(C/EBPα)、围脂滴蛋白(PLIN)和瘦素(LEP)的mRNA表达水平显著或极显著高于杜长大猪(P<0.05或P<0.01),而脂肪棕色化相关基因NF-E2相关因子1(NRF1)、过氧化物酶体增殖物激活受体-γ共激活因子-1α(PGC⁃1α)、PRDM16、解偶联蛋白2(UCP2)、解偶联蛋白3(UCP3)的mRNA表达水平则显著或极显著低于杜长大猪(P<0.05或P<0.01)。进一步的研究发现,猪皮下脂肪前体细胞分化后CRTC3和脂肪沉积相关基因的mRNA表达水平极显著提高(P<0.01),脂肪棕色化相关基因的mRNA表达水平也均极显著升高(P<0.01)。10μmol/L forsko⁃lin处理能抑制猪皮下脂肪前体细胞分化,极显著升高环磷腺苷效应元件结合蛋白(CREB)和脂肪棕色化相关基因的mRNA表达水平(P<0.01),促进CRTC3的进核,极显著降低CRTC3和脂肪沉积相关基因的mRNA表达水平(P<0.01)。上述研究结果表明,CRTC3基因与猪脂肪沉积密切相关,forskolin处理可以调控猪CRTC3及脂质代谢相关基因表达,调控猪皮下脂肪前体细胞分化聚酯。     

水牛ABCD基因家族生物信息学分析及ABCD1基因表达研究

为鉴定水牛ATP结合盒（ATP-binding cassette,ABC）转运蛋白D （ABCD）基因家族成员及其在水牛中的表达,本研究利用生物信息学对水牛ABCD基因家族的染色体定位、基因结构、保守结构域、蛋白理化性质进行分析,利用实时荧光定量PCR检测ABCD1基因在水牛各组织及不同泌乳期乳腺中的表达,并用3种激素处理水牛乳腺上皮细胞,检测激素对ABCD1基因表达的影响。结果显示,从水牛全基因组中共鉴定出9个ABCD家族基因,分别为ABCD1、ABCD2、ABCD3、ABCD4,其中ABCD4基因包含6个不同转录本（ABCD4X1-ABCD4X6）,ABCD1~ABCD4 4个基因分别位于X、4、6、11号染色体;序列分析发现,ABCD家族基因包含9~22个内含子,编码444~741个氨基酸,分子质量为49.63~83.41 ku,等电点为6.43~9.64;共找到ABC_membrane_2、Endonuclease_5、ABC_tran 3个ABCD家族基因所共有的功能基序。ABCD基因家族可分为4个亚族,系统进化树显示,ABCD基因高度保守。共线性分析表明,水牛和奶牛之间存在7对直系同源的ABCD家族基因。不同组织定量表达结果表明,ABCD1基因在水牛15个组织中均有表达,其中在脂肪组织中表达量最高。不同泌乳时期的乳腺组织定量表达结果显示,ABCD1基因在50 d表达量达到最高,整个泌乳期呈现低-高-低表达模式。用不同浓度催乳素、雌二醇、孕酮分别处理水牛乳腺细胞,当催乳素、雌二醇和孕酮浓度分别达到2.0、0.3和4.5 μg/mL以上时,ABCD1基因表达量显著高于对照组。结果表明,水牛ABCD基因家族包含9个基因,其中ABCD1基因参与泌乳调控,本研究为进一步探讨ABCD家族基因在水牛乳腺中的功能提供了参考依据。