基于网络药理学分析白龙散治疗仔猪腹泻的机制

基于网络药理学预测白龙散治疗仔猪腹泻的活性成分、潜在靶点和相关通路。分析结果显示,白龙散可能通过槲皮素、β-谷甾醇、山奈酚、小檗碱等活性成分作用TNF、MAPK14、VEGFA、IL16、CASP3等关键靶点,调节IL-17等信号通路来调控炎症反应和免疫应答从而发挥治疗仔猪腹泻的作用。     

基于网络药理学探究芪翁黄柏散治疗仔猪腹泻的有效成分及作用机制

【目的】基于网络药理学预测芪翁黄柏散治疗仔猪腹泻的有效成分,并探究其作用机制。【方法】通过TCMSP数据库筛选芪翁黄柏散潜在的有效成分和靶标蛋白,利用Cytoscape 3.9.1软件构建药物成分-靶点网络;通过GeneCards和OMIM数据库检索腹泻靶点并去重,获得疾病与药物的共同靶点,导入STRING数据库并构建蛋白互作（PPI）网络,对共同靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析。【结果】共获得芪翁黄柏散37个有效成分和74个靶点,其中与疾病相交的共同靶点有68个;GO功能注释得到生物过程147个条目,细胞组分15个条目,分子功能32个条目;KEGG通路富集分析获得98个通路。槲皮素、山奈酚、豆甾醇、四氢小檗碱、小檗碱等为其有效成分,肿瘤坏死因子（TNF）、肿瘤蛋白P53（TP53）、血管内皮生长因子A （VEGFA）、白细胞介素6（IL6）、IL10、C-C基序趋化因子配体2（CCL2）、上皮生长因子（EGF）、核因子κB抑制剂α（NFKBIA）等为药物关键靶点,癌症、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B （PI3K-Akt）、丝裂原激活的蛋白激酶（MAPK）、IL17、炎症性肠病等信号通路为关键通路,还涉及到免疫应答、转录、细胞凋亡、细胞因子活性、细胞外等方面。【结论】本研究预测了芪翁黄柏散治疗仔猪腹泻的有效成分及作用机制,体现了中药多成分、多靶点、多通路的特点,并为后续研究提供方向和参考。     

基于网络药理学探讨马针颗粒治疗仔猪腹泻的作用机制

利用网络药理学分析马针颗粒治疗仔猪腹泻的药效物质基础、靶点与调控通路。通过TCMSP、Drugbank数据库对马针颗粒组方药物的重要化合物与靶点进行筛选,再通过STRING、DAVID、BIOGPS数据库分析马针颗粒治疗腹泻的靶点、信号通路与归经。结果显示,马针颗粒通过甜菜甙、异甜菜素、花生四烯酸、β–胡萝卜素、槲皮素作用TP53、TNF、JUN、CASP3等靶点调节炎症、免疫来改善仔猪腹泻。     

基于网络药理学和分子对接分析车前草防治畜禽腹泻的作用机制

为了运用网络药理学和分子对接技术分析车前草的药理活性及其防治畜禽腹泻的作用机制,本试验利用传统中药系统药理学分析平台(TCMSP)获得车前草的有效活性成分和靶点,利用Cytoscape 3.7.1软件构建车前草-活性成分-靶点网络;通过GeneCards和OMIM数据库查询腹泻疾病靶点,提取药物与疾病交集靶点;通过STRING数据库对交集靶点进行蛋白质相互作用网络(PPI)分析,使用Cytoscape 3.7.1软件进行可视化处理绘制PPI图;利用DAVID数据库对靶点进行富集分析;通过分子对接技术对有效活性成分和关键靶点进行对接验证。结果显示,车前草活性成分有木犀草素、黄芩素、豆甾醇、高车前素、6-羟基木犀草素、谷甾醇和黄芩苷,可作用于α-丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、肿瘤蛋白P53(TP53)、肿瘤坏死因子(TNF)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-3(CASP3)、白细胞介素6(IL-6)、表皮生长因子受体(EGFR)、细胞周期蛋白D1(CCND1)和基质金属蛋白酶9(MMP9)等关键靶点;GO功能富集分析显示与生物过程相关的条目154条,与细胞组分相关的条目55条,与分子功能相关...     

基于网络药理学探讨苦白石颗粒治疗仔猪细菌性腹泻的作用机制

[摘要]: 目的 基于网络药理学研究苦白石颗粒治疗仔猪细菌性腹泻的主要化学成分及其作用机理,利用分子对接技术进行初步验证。方法 通过TCMSP和BATMAN数据库检索苦白石颗粒中苦参、白头翁、石榴皮、仙鹤草、肉桂和木香的化学成分,TCMSP数据库获取其潜在靶点,在GEO数据库使用R语言获得仔猪细菌性腹泻的疾病靶点,映射后得到苦白石颗粒治疗仔猪细菌性腹泻的交集靶点,String构建PPI网络并可视化,Cytoscape构建药物-活性成分-交集靶点-疾病网络图,通过Metascape 对交集靶点基因进行GO 富集以及KEGG 通路分析,并对主要活性成分和关键蛋白进行了分子对接。结果 通过数据库检索和文献补充,获得苦白石颗粒88个活性成分以及269个相对应靶点,仔猪细菌性腹泻相关的基因479个,经过映射获得靶点32个。其中潜在活性成分为槲皮素、木犀草素、山奈酚等,关键仔猪腹泻蛋白是肿瘤坏死因子、白介素6和8、金属蛋白酶和表皮生长因子等。KEGG 通路显示苦白石颗粒主要富集在IL-17、 HIF-1等信号通路。分子对接结果显示苦白石颗粒中的主要活性成分与关键蛋白有较好的亲和作用。结论 苦白石颗粒可能主要通过抑制炎症反应,调节免疫细胞因子和直接的抗感染等对仔猪细菌性腹泻发挥潜在的防治作用。     

基于网络药理学分析桑叶增强鸡抗氧化功能的作用机制

利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)和herb数据库检索收集桑叶的化学成分和靶点,运用Cytoscape3.7.2软件、NCBI数据库、STRING数据库构建并分析桑叶化合物-靶点网络和蛋白质相互作用(PPI)网络,并对靶点进行GO富集和KEGG通路富集分析,藉以分析桑叶增强鸡抗氧化功能的作用机理。结果表明,共筛选到槲皮素、芦丁、山柰酚、β-谷甾醇、β-胡萝卜素和花生四烯酸等30个有效活性成分,这些成分作用于221个靶点。其中IL-6、VEGFA、EGF、INS、CAT、CASP3、CCND1、PTGS2、IL-1B和MMP9等为核心靶点。GO功能富集和KEGG通路分析显示靶点的作用涉及分子功能、生物过程和细胞组成3个方面,并参与到NOD样受体信号通路、过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路、Toll样受体信号通路、细胞凋亡等多条代谢通路。本研究表明,理论上桑叶基于IL-6、VEGFA、EGF、INS、CAT、CASP3、CCND1、PTGS2、IL-1B和MMP9等靶点可以调控鸡的抗氧化作用,为进一步的试验验证及桑叶作为抗氧化功能饲料添加剂的开发提供了启示。     

基于网络药理学探究芪姜粉治疗猪脾胃虚寒型腹泻的效果和作用机制

为了基于网络药理学方法探究芪姜粉治疗猪脾胃虚寒型腹泻的效果和作用机制,本试验借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)对芪姜粉进行药效物质基础分析及作用靶点预测,通过GeneCards和OMIM数据库检索与腹泻相关的疾病靶点,并用Uniprot数据库进行校正;用Cytoscape 3.7.2软件构建“芪姜粉—活性成分—靶点网络图”“芪姜粉—活性成分—腹泻—靶点网络图”,利用String数据库构建蛋白相互作用(PPI)网络;在DAVID数据库中进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,以预测其作用机制。结果显示,活性成分—靶点网络包含20个活性成分和相应靶点159个,关键靶点涉及PPARG、PTGS2、PTGS1、NOS2等;PPI核心网络包含101个蛋白,关键蛋白涉及TNF、TP53、IL-6、IL-8等;GO功能富集分析得到GO条目272个(P<0.05),其中生物过程(BP)条目198个,分子功能(CC)条目23个,细胞组成(MF)条目51个;KEGG通路富集筛选得到119条信号通路(P<0.05),相关度较高的疾病依次为癌症、乙...     

基于网络药理学探究乌梅散加减方治疗猪传染性胃肠炎的作用机制

【目的】借助网络药理学手段探究乌梅散加减方治疗猪传染性胃肠炎(TGE)的作用机制。【方法】利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、Swiss TargetPrediction获取乌梅散加减方的活性成分与作用靶点,应用公共比较毒理基因组学数据库(CTD)获取TGE的相关靶点,使用STRING数据库绘制乌梅散加减方与TGE交集靶点的蛋白互作(PPI)网络图,利用DAVID对交集靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析,探究乌梅散加减方治疗TGE的作用机制。【结果】从乌梅散加减方中共筛选到槲皮素、山柰酚、芒柄花素等125种活性成分和JUN原癌基因(JUN)、肿瘤坏死因子(TNF)、信号传导与转录激活因子3(STAT3)等58个作用靶点。GO功能富集分析显示,共得到生物过程138个条目,涉及免疫反应、血管内皮因子生成、RNA聚合酶Ⅱ启动子对pri-miRNA转录的正调控等;细胞组分13个条目,涉及胞外区、细胞外空间、膜筏等;分子功能32个条目,涉及细胞因子活性、生长因子活性、白细胞介素2(IL2)受体活性等。KEGG通路富集分析显示,共得到135条信号通路,其中IL17信号通路、Th1...     

基于网络药理学和分子对接探究连参止痢颗粒治疗猪腹泻的作用机制

【目的】利用网络药理学和分子对接方法研究连参止痢颗粒治疗猪腹泻的作用机制。【方法】运用中药系统药理学分析平台（TCMSP）、中医药百科全书（ETCM）平台搜索连参止痢颗粒中黄连、白头翁、苦参、诃子、甘草的有效活性成分和作用靶点,利用Cytoscape 3.7.2软件绘制药物有效成分-靶点网络图;从NCBI、OMIM、GeneCards、MalaCards平台获取猪腹泻靶点,将疾病和药物交集蛋白靶点上传至STRING 11.5数据库,利用Cytoscape 3.7.2软件构建蛋白-蛋白互作（PPI）网络图,并利用微生信平台对核心靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析。通过分子对接技术对关键有效活性成分和核心靶点进行对接验证。【结果】经筛选获得连参止痢颗粒药物的有效活性成分96个,药物作用靶点208个,疾病靶点1 785个。PPI结果显示,连参止痢颗粒作用于猪腹泻的关键靶点为Jun原癌基因（JUN）、丝裂原活化蛋白激酶14（MAPK14）、MYC原癌基因（MYC）、NFKB抑制剂α（NFKBIA）、原癌基因RELA（RELA）、胱天蛋白酶3（CASP3）、肿瘤坏死因子（TNF）、MAPK1、白细胞介素6（IL6）、雌激素受体1（ESR1）等。GO功能筛选得到生物过程6个条目,细胞组分和分子功能各2个条目。生物过程主要富集在RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录正调控、正调控IL8的产生、正调控序列特异性DNA结合转录因子活性、细胞对脂多糖的反应、凋亡过程的负调控和RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录调控;细胞组分主要富集在细胞核和细胞质;分子功能主要富集在RNA聚合酶Ⅱ核心启动子近端区域序列特异性DNA结合和DNA结合。KEGG通路富集分析获得53条通路,其中2条信号通路与猪腹泻密切相关。分子对接结果显示,连参止痢颗粒的关键有效活性成分与猪腹泻靶点具有良好的结合活性。【结论】连参止痢颗粒可能主要通过芒柄花黄素、芳香膜菊素、3,3'-二甲基槲皮素、松香素、硫酸奎尼丁、高丽槐素、1-甲氧基菜豆素、异甘草素等有效成分靶向JUN、RELA、MYC、NFKBIA、MAPK14、CASP3、TNF、MAPK1、IL6等靶点分子,调控沙门氏菌感染和IL17等信号通路,从而达到治疗猪腹泻的目的。     

The Target and Pathway of Gegen Qinlian Decoction in Treating Swine Diarrhea Based on Network Pharmacology

This experiment was conducted to explore the mechanism of Gegen Qinlian decoction in treating swine diarrhea. The chemical composition and targets of Gegen Qinlian decoction were searched by the analysis of the traditional Chinese medicine system pharmacology platform (TCMSP). The software of Cytoscape 3.7.1 was used to construct and analyze compound-targets networks, protein-protein interaction (PPI) network and key targets-signaling pathway network. The results showed that 60 active compounds including daidzein, puerarin, oroxindin and formononetin were obtained after screening. The compounds acted on 206 targets, among which TP53, TNF, IL-6, IL-8, Jun and STAT3 were the key targets. These key targets involve in PI3K-Akt signaling pathway, Viral carcinogenesis, and so on. Based on the results of network pharmacological analysis, Gegen Qinlian decoction may regulate diarrhea and fever through TP53, TNF, IL-6, IL-8, Jun, STAT3 and other targets. The paper provides theoretical basis and clues for the further study of Gegen Qinlian decoction in the treatment of swine diarrhea.     

基于网络药理学探讨葛根芩连汤治疗猪腹泻的靶点与通路

本研究旨在探讨葛根芩连汤治疗猪腹泻的靶点与通路。利用中药系统药理学分析平台（TCMSP）检测葛根芩连汤的化学成分和靶点,运用cytoscape 3.7.1软件构建并分析化合物-靶点网络、蛋白相互作用（PPI）网络和核心靶点通路网络。结果显示,经筛选后,共获得大豆苷元（daidzein）、葛根素（puerarin）、汉黄芩苷（oroxindin）、芒柄花素（formononetin）等60个活性成分,这些成分作用206个靶点,其中,TP53、TNF、IL-6、IL-8、JUN、STAT3等为核心靶点,这些核心靶点涉及磷脂酰肌醇3-激酶／蛋白激酶B信号通路、病毒致癌机制等。基于网络药理学分析结果,葛根芩连汤可能是通过TP53、TNF、IL-6、IL-8、JUN、STAT3等靶点调控腹泻与发热,本文为葛根芩连汤在猪腹泻治疗中的深入研究提供理论依据与线索。     

基于网络药理学探究中药黄连抗菌作用机制

试验旨在基于网络药理学方法探究中药黄连主要活性成分的抗菌作用机制。从TCMSP数据库筛选黄连有效成分及作用靶点,利用Uniprot数据库转化成相应靶点基因,将活性成分和靶点基因导入Cytoscape 3.6.1软件,构建活性成分-靶点网络图。再结合GeneCards数据库检索黄连抗菌相关靶点,将核心靶点基因上传至STRING平台,构建蛋白相互作用网络,最后,利用DAVID数据库对关键靶点进行GO生物学过程分析和KEGG通路富集分析。结果显示,黄连9种有效成分作用于105个抗菌靶点参与22条生物学过程（生物过程18条、分子功能3条、细胞组成1条）和19条相关信号通路。其中黄连的主要有效成分为槲皮素、氢化小檗碱、氧化小檗碱、小檗碱和巴马汀等;抗菌作用靶点为IL2、VCAM1、STAT1、NOS2、TGFB1、CASP9、MMP1、NFKBIA和CXCL10等;参与的生物学过程主要包括炎症反应、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调节、对脂多糖的反应、凋亡过程的负调节、细胞黏附等;主要作用于Toll样受体信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、NF-κB信号通路等。本试验结果表明,黄连可能通过槲皮素、小檗碱、巴马汀等活性成分作用于IL2、VCAM1、STAT1等关键靶标参与Toll样受体信号通路、TNF信号通路联合发挥抗菌作用,充分体现了黄连多成分、多靶点、多通路的抗菌作用机制,为进一步深入阐明黄连抗菌机制提供理论参考。     

基于网络药理学分析白头翁汤治疗猪腹泻的作用机制

试验利用网络药理学研究方法尝试揭示白头翁汤治疗猪腹泻的活性成分、作用靶点及其基因功能、信号通路的机制。首先在中药系统药理学分析数据库中检索白头翁汤的所有化学成分、作用靶点,进而利用STRING、DAVID、NCBI数据库,Cytoscape软件构建化合物-靶点网络、蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络、靶点-通路网络,研究白头翁汤治疗猪腹泻的作用机制。通过化合物的口服利用度和类药性筛选得出白头翁汤11个活性化合物,化合物-靶点网络结果显示,11个活性化合物含有63个相应靶点;白头翁汤作用于猪腹泻的PPI网络图包含45个靶点,主要靶点是雌激素受体1（estrogen receptor,ESR1）、CREB结合蛋白（CREB binding protein,CREBBP）、丝裂原活化蛋白激酶1（mitogen-activated protein kinase 1,MAPK1）、雄激素受体（androgen receptor,AR）等,与猪腹泻靶点基因直接相关的靶点是拓扑异构酶Ⅱβ（DNA topoisomerase Ⅱ,TOP2B）、ESR1、ESR2、糖皮质激素受体（glucocorticoid receptor,NR3C1）、AR和细胞核受体共激活剂2（nuclear receptor coactivator 2,NCOA2）;白头翁汤-猪腹泻PPI网络图关键靶点GO富集条目为5个,其中生物过程、分子功能、细胞组成相关的条目分别有3、1、1个;白头翁汤作用于猪腹泻PPI网络图KEGG信号通路有1条。白头翁汤可能主要通过金鱼草素、掌叶防己碱、8-异戊烯基二氢茆酚-7-葡糖苷、延胡索乙素、足叶草脂素、黄麻苷和8-羟基松脂醇等调控TOP2B、ESR1、ESR2、NR3C1、AR和NCOA2等靶点,基因功能富集于磷脂酶C激活G蛋白偶联受体信号通路、腺苷酸环化酶激活肾上腺素能受体信号通路、DNA模板转录、类固醇结合、细胞膜的组成部分,以及通过KEGG信号通路中神经活性的配体-受体相互作用信号通路来治疗猪腹泻。     

基于网络药理学和分子对接分析苦参碱抗PRRSV的作用机制

本研究旨在利用网络药理学及分子对接技术从抗炎角度探讨苦参碱抗猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的作用机制.利用PharmMapper 服务器和Genecards疾病数据库获得苦参碱发挥抗炎作用的潜在靶点;使用STRING在线分析平台结合Cytoscape软件构建靶蛋白相互作用(protein-protein inte...     

基于网络药理学探讨中药复方治疗奶牛子宫内膜炎的作用机制

【目的】 通过网络药理学对丹参、益母草、黄芩、连翘组成的中药复方进行分析,研究其有效成分治疗奶牛子宫内膜炎的潜在作用靶点,并对靶点作用通路的机制进行阐述。【方法】 利用TCMSP数据库筛选药物成分作用靶点,通过NCBI、GeneCard、geneMap、TTD、DrugBank查找奶牛子宫内膜炎的相关靶点,筛选出药物成分靶点与奶牛子宫内膜炎相关靶点的共有基因靶点,作为该中药复方治疗奶牛子宫内膜炎的预测靶点,并上传到STRING数据库建立蛋白互作(PPI)网络,通过Cytoscape 3.8.2软件根据连接度对PPI网络进行筛选,找到其核心靶点。运用Metascape数据库对核心靶点进行GO功能与KEGG通路富集分析。【结果】 从该中药复方中筛出有效活性成分133种,主要包括槲皮素、山奈酚、黄芩素、丹参酮ⅡA等,通过药物成分找到对应靶点蛋白292个,通过数据库找到奶牛子宫内膜炎的相关靶点130个,筛出中药复方治疗奶牛子宫内膜炎的预测靶点24个,其中核心靶点7个,包括肿瘤坏死因子、蛋白激酶、前列腺素内过氧化物合酶2等。GO功能富集分析得到生物过程20个条目、分子功能6个条目及细胞组分6个条目,生物过程包括脂多糖的反应、白细胞-细胞黏附的正向调节、对无机物的反应等;分子功能包括信号受体活性调节、转录辅激活子的结合、血红素结合等;细胞组分包括细胞膜筏、薄膜侧面、颗粒分泌腔等。KEGG通路富集分析涉及20个基因,参与调控的通路有9条,其中涉及基因较多的包括AGE-RAGE信号通路、癌症蛋白聚糖通路、血流剪切应力与动脉粥样硬化通路及Th17细胞分化通路。【结论】 该中药复方可能是通过调控肿瘤坏死因子、蛋白激酶、前列腺素内过氧化物合酶2等靶点,通过参与AGE-RAGE信号通路及Th17细胞的分化对奶牛子宫内膜炎产生治疗作用。