植物羟基肉桂酰辅酶A还原酶的生物信息学分析

分析GenBank公布的68条蕨类、裸子、单子叶和双子叶植物的CCR蛋白,发现单子叶植物CCR基因的GC含量最高,CCR一级结构的理化性质基本一致,但主要氨基酸种类和含量不同;CCR是一类无导肽、信号肽及跨膜结构域的亲水性蛋白质,N-端存在3β-羟基类固醇脱氢酶/差向异构酶/NAD结合蛋白的结构域,存在9个功能保守区;进化树表明,该基因可用于植物高等级单元的分类;同源建模表明其三级结构稳定,建模结果可靠;CCR蛋白亚细胞定位于细胞质、叶绿体和内质网,除黑麦草和番茄外,同一物种CCR不同成员的亚细胞定位基本相同.     

茶树‘紫娟’肉桂酰辅酶A还原酶基因（CCR）克隆及序列分析

通过克隆茶树肉桂酰辅酶A还原酶基因(CCR)的cDNA序列,为研究其蛋白结构和功能奠定基础。对利用cDNA-AFLP技术获得的‘紫娟’茶树成熟叶片上调的差异表达片段TDF,设计特异引物,利用RACE末端扩增技术,分别扩增出5′端和3′端目的片段,测序后进行拼接获得茶树肉桂酰辅酶A还原酶基因(CCR)cDNA全长序列,并进行序列分析。结果表明:克隆的茶树CsCCR基因cDNA全长1 259bp(GenBank登录号为KJ995737),其中开放阅读框957bp。同源比对发现,与蓖麻、丹参、草莓、番茄的CCR蛋白同源性分别为67%、68%、69%和70%。     

甘蓝型油菜乙酰辅酶A羧化酶3个亚基基因的克隆及其表达

[目的]为构建乙酰辅酶A羧化酶的叶绿体表达载体奠定基础。[方法]以从甘蓝型油菜叶片中提取的叶绿体基因组DNA为模板进行PCR扩增,克隆羧基转移酶β亚基基因。以从开花20~29 d后油菜幼胚中提取的总RNA为模板进行RT-PCR扩增,克隆生物素羧化酶和生物素羧基载体蛋白的cDNA序列。最后,乙酰辅酶A羧化酶的3个亚基基因被克隆到大肠杆菌表达载体中。[结果]SDS-PAGE分析结果表明乙酰辅酶A羧化酶的3个亚基基因分别被克隆到大肠杆菌表达载体中。乙酰辅酶A羧化酶的3个亚基基因在大肠杆菌中的表达产物分别为76.6、44.0和81.5 kD,其融合蛋白分别占总菌体蛋白的12%、10%和6%。[结论]不同品种的甘蓝型油菜生物素羧基载体蛋白cDNA序列存在较大差异。     

木质素生物合成途径中关键酶肉桂酰辅酶A还原酶研究进展综述

肉桂酰辅酶A还原酶(cinnamoyl-CoA reductase,CCR)是木质素生物合成途径中的关键酶之一,对于调控苯丙氨酸代谢途径走向木质素单体合成起到重要作用。在查阅国内外相关文献的基础上,对CCR的研究现状及进展进行了综述。     

白花泡桐羟基肉桂酰辅酶A还原酶mRNA全序列克隆及序列分析

经过对其他物种CCR mRNA序列的对比分析后,设计保守区兼并引物,首先用RT-PCR方法得到229 bp CCR mRNA部分序列,之后通过RACE(Rapid Amplification of cDNA Ends)方法,成功克隆得到包括5'UTR和3'UTR在内的CCR全部mRNA序列,并进行了分析,所得CCRmRNA全序列共1 243个碱基,CDS共999个碱基(103-1 101),编码氨基酸332,和其他多个物种的CCR序列比对结果显示相似度均在80%以上。此序列成功克隆之前,尚未见到白花泡桐木质素代谢关键酶基因的报道,这对丰富白花泡桐基因资源、有针对性的进行白花泡桐品质或材质改良有巨大的意义。     

利用甘蓝型与白菜型油菜杂交选育复果油菜

利用甘蓝型与白菜型油菜杂交选育复果油菜ＩｎｄｕｃａｔｉｏｎｏｆＰｏｌｙｓｉｌｉｑｕａＲａｐｅｓｅｅｄＴｈｒｏｕｇｈＣｒｏｓｓｉｎｇＢｅｔｗｅｅｎＢｒａｓｉｃａｎａｐｕｓａｎｄＢｒａｓｉｃａｃａｍｐｅｓｔｒｉｓ利用复果作为增加油菜单株和群体角果数、提高...     

肉桂酰辅酶A还原酶(CCR)的底物制备及酶学特性研究

采用原核表达体系和HPLC法,分别获得肉桂酰辅酶A还原酶(CCR)及其反应底物———香豆酰CoA酯,并对CCR酶学特性进行研究分析。结果表明,通过酶学方法和HPLC的分离纯化能够得到较高浓度和纯度的CCR反应底物;重组毛白杨CCR的最适反应温度是37℃,最适pH值为6.25,Km值为5.664μmol/L,Vmax为4.09 nmol/Ls。     

白菜型油菜PDAT1基因的克隆及生物信息学分析

磷脂二酰甘油酰基转移酶(phospholipid:diacylglycerol acyltransferase 1,PDAT1)催化三酰甘油合成的最后一步反应,在生物质能源领域有良好的应用前景。本试验克隆得到白菜型油菜PDAT1的2条编码区序列,分别命名为BrPDAT1-1和BrPDAT1-2。BrPDAT1-1CDS全长2 007bp,编码668个氨基酸残基组成的肽链;BrPDAT1-2CDS全长1 794bp,编码597个氨基酸残基组成的肽链。生物信息学分析表明:BrPDAT1-1与AtPDAT1的相似度为91.08%,BrPDAT1-2与AtPDAT1的相似度为82.86%,两序列都编码一个无信号肽的亲水性稳定蛋白,跨膜结构域分析表明AtPDAT1和BrPDAT1-1都有1个跨膜结构域,而BrPDAT1-2无跨膜结构域。BrPDAT1-1和BrPDAT1-2蛋白序列均含有卵磷脂-胆固醇-酰基转移酶超家族保守结构域。     

正义、反义、干涉调控肉桂酰辅酶A脱氢酶基因对烟草的影响

肉桂酰辅酶A还原酶(Cinnamoyl-CoA reductase,CCR)是在木质素合成途径中起到关键作用的酶,负责催化肉桂酰辅酶A类物质的还原反应生成相应的醛类化合物.分离得到毛白杨CCR基因的cDNA.将CCR基因以正义、反义和干涉的形式,通过农杆菌介导的方法转入烟草中,Southem杂交以确定转基因成功.在获得的转基因植株中,所有下调基因的植株都表现出可溶性酚酸含量下降,木质素含量也有明显的下降趋势,纤维素含量则有上升,可能是对木质素含量下降的一种代偿性增长.植物细胞壁组分的含量变化表明CCR基因可能是一个控制木质素代谢途径的一个很好的调控点.     

青藏高原白菜型油菜与甘蓝型油菜远缘杂交亲和性研究

为研究青藏高原白菜型油菜与甘蓝型油菜远缘杂交的亲和性,对白菜型油菜与甘蓝型油菜及配制的正反交组合的杂交结实率和亲和指数进行测定,并对杂交F_1代形态学、花粉活力和自交亲和性分析。结果表明:白菜型油菜与甘蓝型油菜杂交,以甘蓝型油菜作母本,结实率和亲和指数较高;甘蓝型油菜与白菜型油菜正反交F_1代组合均表现为自交亲和,植物学性状均偏向于母本,自交亲和性表现为甘蓝型油菜F_1(甘蓝型油菜×白菜型油菜)F_1(白菜型油菜×甘蓝型油菜)白菜型油菜,自交亲和指数分别为20.37、6.30、1.59、0.51,花粉活力表现为甘蓝型油菜白菜型油菜F_1(甘蓝型油菜×白菜型油菜)F_1(白菜型油菜×甘蓝型油菜)。     

甘蓝型油菜脂肪酶基因BnGLIP1的克隆与分析

植物GDSL脂肪酶是一个重要的脂肪酶家族,具有水解酶活性,在植物体内参与众多的生理活动。从甘蓝型油菜中克隆到1个GDSL类型脂肪酶基因,将其命名为BnGLIP1。该脂肪酶基因编码的蛋白有360个氨基酸,含有20种氨基酸,分子质量为39 545.35 u,理论等电点为4.95。生物信息学分析表明,该蛋白属于稳定性蛋白,可能为亲水性蛋白;编码蛋白的N端具有信号肽序列,推测可能为外分泌蛋白;蛋白质二级和三级结构显示α螺旋和无规则卷曲所占比例较高。组织特异性表达分析表明,BnGLIP1在甘蓝型油菜的根、茎、茎尖、叶、花、角果、种子等中均有表达,其中角果中的表达量最高,茎中最低。干旱、高盐等胁迫处理均能诱导BnGLIP1的表达,表明BnGLIP1脂肪酶基因在植物的胁迫响应中发挥作用。     

象草CCR基因的克隆与生物信息学分析(英文)

[目的]从能源植物象草中克隆出参与木质素生物合成的肉桂酰辅酶A还原酶基因(CCR)的cDNA序列及全长DNA序列,进而分析其序列特征。[方法]采用传统RT-PCR及RACE技术克隆象草CCR序列,并利用NCBI,ProtParam,ProtScale,TMHMM,TargetP,SignalP,Pfam20.0,Prosite,Swiss-Model和ClustalW2等在线分析程序以及DNAman,DNAstar和MEGA5软件对得到的序列进行生物信息学分析。[结果]克隆得到了象草CCR包含编码区和3’非翻译区的长为1316bp的cDNA序列以及包含5个外显子和4个内含子的全长为6133bp的DNA序列。通过生物信息学分析得知,象草CCR基因编码长为369个氨基酸的蛋白,该蛋白二级结构元件以无规则卷曲和α-螺旋为主,属于依赖NAD表异构酶/脱氢酶家族,其辅助因子结合区域和底物结合位点高度保守。[结论]成功从象草中克隆出肉桂酰辅酶A还原酶基因。它具有CCR同源基因典型的特征。获得的各种生物信息学数据为今后开展此酶的深入研究以及对象草的更好利用提供了一定的理论参考价值。     

甘蓝型油菜DGAT1重复基因的克隆与表达分析

二酰甘油酰基转移酶(Diacylglycerol acyltransferase,DGAT1)是十字花科植物种子三酰甘油积累主要的贡献者。甘蓝型油菜为异源四倍体,存在多个DGAT1重复基因,目前还缺乏对这些基因的系统研究。以甘蓝型油菜为试验材料,根据TAIR已公布的拟南芥DGAT1基因序列在BRAD数据库中进行BLAST比对,根据比对得到的2个白菜型油菜与2个甘蓝的DGAT1基因序列设计引物,利用RT-PCR技术获得4个甘蓝型油菜DGAT1包含完整编码区的基因片段,并对所得到片段进行测序和生物信息学分析。结果表明:克隆得到的基因片段分别为BnDGAT1-1,1 509bp;BnDGAT1-2,1 533bp;BnDGAT1-3,1 515bp;BnDGAT1-4,1 506bp。这4个基因具有极高的相似性,BnDGAT1-1与BnDGAT1-2、BnDGAT1-3与BnDGAT1-4的2个基因相似度均高达97%以上。跨膜结构分析表明BnDGAT1-1与BnDGAT1-2这1对基因所编码的蛋白质含有9个跨膜结构域,而BnDGAT1-3与BnDGAT1-4这对基因所编码的蛋白质含有8个跨膜结构域。包含有BnDGAT1-1与BnDGAT1-3的基因对BnDGAT1-a与包含有BnDGAT1-2与BnDGAT1-4的基因对BnDGAT1-b在含油量不同的各种甘蓝型油菜种子中表达无明显差异,表明这2对DGAT1基因的表达差异并不是影响所选材料种子含油量的决定因素。     

黄籽羽衣甘蓝和白菜型油菜杂交再合成甘蓝型油菜研究

为了将携带有黄籽基因的芸薹属C和A染色体组结合在一起,开展了黄籽羽衣甘蓝和黄籽白菜型油菜种间杂交再合成甘蓝型油菜研究.在MS+1.0 mg/ L BA+0.2 mg/ L NAA+7 %蔗糖+300 mg/ L CH培养基上培养授粉10 d后的40个子房获得2个白菜型油菜×羽衣甘蓝杂种,其中1个自然加倍成为双二倍体.再合成甘蓝型油菜双二倍体和单倍体分别结黑籽和红褐籽.     

甘蓝型油菜BnTIR1基因的克隆和表达特征分析

植物的转运抑制应答因子1(transport inhibitor response 1,TIR1)作为生长素的受体,在生长素信号的感知与转导过程中发挥重要作用。采用RACE技术从中双9号中克隆了甘蓝型油菜BnTIR1全长c DNA序列和基因组序列。BnTIR1的DNA序列为2 502 bp,包含2个内含子;c DNA序列为2 355 bp,ORF为1 824 bp,其编码蛋白含607个氨基酸。预测发现,BnTIR1蛋白存在AMN1保守结构域。qRT-PCR结果表明,BnTIR1在甘蓝型油菜根、茎、叶、芽、花、角果中均有表达,但表达水平不同,在叶中表达水平最高,花中最低;干旱和ABA均可诱导BnTIR1表达,暗示其可能参与植物逆境胁迫响应过程。     

甘蓝型油菜乙酰辅酶A羧化酶(ACCase)基因SNP分析

为了解甘蓝型油菜材料乙酰辅酶A 羧化酶(ACCase)基因单核甘酸多态性及其与含油量的关系,该文采用 高、低含油量的自交纯合系材料各6份,克隆了其同质型ACCase基因,经双向测序后用DNASTAR 软件进行 CLUSTAL分析,并用DNASP软件进行SNP多态性计算.结果表明:在供试材料共88824bp的基因组核苷酸序 列中共检测到317个SNPs,出现频率为1/279;其中发生在编码区的SNP有179个,非编码区138个;ACCase基 因编码区的变异小于非编码区;非同义突变平均数(Ka)与同义突变平均数(Ks)比值小于1,表明该基因比较保守. 在高含油量材料组中发现了一个明显高于低含油量材料的突变热点区,位于5000~6500bp(即全基因序列的第 10088到11588bp)之间,该突变热点区包含了4个外显子和3个内含子,编码同质型ACCase的第1279到1648 位共368个氨基酸的序列,这段序列位于生物素羧基载体蛋白(BCCP)与羧基转移酶(CT)功能域之间.此变异区域 与ACCase活性及含油量的关系值得进一步研究.     

白蜡虫脂酰辅酶A还原酶基因家族鉴定及序列分析

【目的】对白蜡虫脂酰辅酶A还原酶(fatty acyl-CoA reductase,far)基因家族进行鉴定和序列分析。【方法】以泌蜡昆虫白蜡虫作为材料,利用生物信息学分析方法对白蜡虫far基因家族进行鉴定。【结果】在白蜡虫基因组中共鉴定到30个far候选基因,其中22个FAR结构域包含完整的1个NAD(P)H结合结构域和1个FAR C结构域。基序分析表明：多数白蜡虫FAR含有13个保守基序。白蜡虫far基因有6～11个外显子、5～10个内含子。白蜡虫FAR系统进化分析表明：白蜡虫FAR成员聚为2类。对不同物种FAR进行的系统进化分析表明：FAR聚类主要与物种亲缘关系有关,与功能的相关性不大。共线性分析与氨基酸相似性分析显示：亲缘关系相近的物种FAR相似性更高,一般同物种内FAR相似性最高。【结论】本研究有助于了解白蜡虫far基因家族的进化,为深入研究白蜡虫far基因家族参与不同的功能奠定基础。     

不结球白菜谷胱甘肽还原酶基因NhccGR1的克隆与表达分析

利用cDNA-AFLP技术,从芜菁花叶病毒(TuMV)侵染的不结球白菜(Brassica campestris ssp.chinensis Makino)幼叶中分离到1条编码谷胱甘肽还原酶的基因片段,通过电子克隆得到其cDNA全长为1 503 bp,编码501个氨基酸,命名为Nhc-cGR1。对该基因进行生物信息学分析,并利用实时定量PCR研究其在TuMV侵染和水杨酸(SA)、茉莉酸(JA)、乙烯(ET)诱导下的表达情况。结果表明:该基因作为病原相关基因参与了TuMV病害响应,并通过增加自身表达量来激活细胞内的信号转导途径,诱导各种防卫反应相关基因的表达;同时,SA和JA抑制该基因的表达,外施ET能诱导其正向表达。     

白菜型、芥菜型和甘蓝型油菜对低氮低磷胁迫反应的差异

以收集的94份白菜型油菜(Brassica rapa)、芥菜型油菜(Brassica juncea)、甘蓝型油菜(Brassicanapus)为材料,利用大田小区试验,设正常施肥(CK)、低氮(LN)、低磷(LP)3种处理,在成熟期考察籽粒产量、株高、一次分枝数、每角果粒数、千粒重和角果数以及低氮或低磷与正常施肥间的籽粒产量比值(氮、磷效率),研究评价不同油菜材料对低氮、低磷胁迫反应的差异和产量潜力。结果表明:甘蓝型油菜在3种处理条件下都具有最高的平均籽粒产量,生产潜力大;白菜型的氮、磷效率最高,可能携带更多氮、磷高效相关的基因;芥菜型油菜的氮、磷效率虽不及白菜型油菜,但高于甘蓝型油菜,同时还具有黄籽和角果数多、抗虫抗病性强等优良性状,二者均可为甘蓝型油菜的遗传改良提供优良基因来源。在不同施肥条件下,不同类型油菜的性状都有较大的变异,并且与其籽粒产量有不同程度的相关性,说明不同油菜种类的相关性状具有较大的遗传变异资源,且同一类油菜不同基因型或品种间也存在较大的遗传变异。     

甘蓝型油菜WRI1基因cDNA的克隆与序列分析

通过RT–PCR方法克隆了甘蓝型油菜湘油15号5个WRI1基因cDNA。测序结果显示,BnWRI1–1大小为1 248 bp,BnWRI1–2和BnWRI1–3大小为1 254 bp,BnWRI1–4、BnWRI1–5大小为1 242 bp;聚类分析结果显示,所克隆WRI1基因cDNA在进化关系上属于AP2/ERF转录因子家族,同拟南芥AtWRI1(At3G54320)同处1个分支,并且所克隆基因cDNA来自甘蓝型油菜不同的基因组;通过核苷酸序列比对分析,得到所克隆WRI1基因cDNA单核苷酸变异位点40个;特异性酶切位点分析显示,来源于A基因组的BnWRI1–1、BnWRI1–2、BnWRI1–3第892位与来源于C基因组的BnWRI1–4和 BnWRI1–5第880位的核苷酸发生变异,导致Bcl I识别位点的变化;酶切试验结果表明,采用BclI酶可区分甘蓝型油菜的AtWRI1–like WRI1 基因的A或C 基因组来源。