罗汉果性别相关的SCAR标记筛选

以罗汉果雌雄单株各30份为试材,采用随机引物筛选法,筛选与罗汉果性别相关的RAPD标记,并根据特异片段的测序结果,将RAPD标记转化为特异性和稳定性更好的SCAR标记,以期为罗汉果的性别早期鉴定和分子辅助育种研究提供参考依据。结果表明:在330条随机引物中获得了分别与罗汉果雌性和雄性相关的RAPD引物S2124和S343。根据特异序列测序结果,对雌性特异带S2124-1K和雄性特异带S343-1.4K各自设计并合成了2对SCAR引物,经验证,SCAR引物SC2124-1K-14在62℃和SC2124-1K-8在56℃均可扩增出1 019bp的雌性特异带,SC343-1.4K-12在64℃和SC343-1.4K-4在56℃均可扩增出1 373bp的雄性特异带。这些特异的SCAR标记具有较好的应用价值,可为罗汉果的性别早期鉴定提供分子依据。     

番木瓜雄性性别的RAPD和SCAR标记

利用RAPD标记技术鉴定番木瓜雄性性状。在214条随机引物中,用引物Z18扩增得到1条雄性多态性片段,此片段存在于试验所用材料的所有雄株中而两性株和雌株没有,将其命名为Z18-1000。根据对该片段的序列分析结果重新设计了2对引物将RAPD标记成功转化成了SCAR标记,并命名为SD-1000。     

桃果实有毛/无毛性状的SCAR标记

 以桃品种‘京玉’和‘美味’的正反交69株F1 群体为试材, 利用RAPD技术扩增出了与桃果实有毛/无毛性状(G/ g) 连锁的2 258 bp的多态性片段, 经克隆、测序后, 根据获得的序列重新设计了两对引物进行SCAR转化。引物对BFP94 /BFP95在有毛和无毛个体中均扩增出了2 258 bp的片段, RAPD显示的多态性消失。利用引物对BFP96 /BFP98成功将RAPD标记转化成了SCAR标记, 并命名为SCP2022258。该标记仅在果实有毛的个体中出现, 与有毛/无毛性状的连锁距离为718 cM, 且扩增稳定, 为桃果实有毛/无毛性状育种的分子标记辅助选择奠定了基础。     

桃果实白肉/黄肉性状的RAPD标记向SCAR标记的转化研究

以桃品种京玉和美味的正反交69株F1群体为试材,利用RAPD技术扩增出了与桃果实白肉/黄肉性状连锁的899bp的多态性片段,经克隆、测序后,根据获得的序列重新设计了一对引物进行SCAR转化。利用引物对BFP15/60成功将RAPD标记转化成了SCAR标记,并命名为SCU03-900。该标记仅在果肉为白肉的个体和重组型个体中出现,与白肉/黄肉性状的连锁距离为21cM,且扩增稳定,为桃果实白肉/黄肉性状育种的分子标记辅助选择奠定了基础。     

利用RAPD和SCAR标记鉴定草莓品种

 利用RAPD和SCAR标记对32份草莓材料进行了鉴定, 结果表明: 8个RAPD引物共扩增出85个标记, 其中71个为多态性标记, 多态性比率为83。5%。25份草莓材料的RAPD图谱差异较大, 易于区分。利用具有多态性的RAPD标记, 对28份草莓试材的亲缘关系进行分析, 初步鉴定出同名异物和同物异名品种。两个RAPD标记被转化为片段长度分别为378 bp和214 bp的显性SCAR标记, 其多态性与相应RAPD标记一致。利用这两个SCAR标记对草莓品种进行了初步鉴定。     

阿月浑子性别鉴定的RAPD分析

应用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对新疆阿月浑子(PistaciaveraL.)地方品种雌、雄株进行性别鉴定的研究。通过叶片总DNA抽提、RAPD标记分析及反复的试验筛选,找到了一个适用于新疆阿月浑子的RAPD反应体系和循环参数。采用OPO08引物对雌、雄株基因组DNA扩增出性别之间差异性的核苷酸片段,证实雄性植株DNA的扩增产物有一条大约700bp的特异性条带,而雌性植株则无此特异性条带。即找到一条与阿月浑子性别相关的基因标记,表明RAPD技术可应用于新疆阿月浑子地方品种的性别鉴定。此研究是对我国雌雄异株果树阿月浑子在分子水平进行早期性别鉴定的一个尝试。     

桃花粉可育基因连锁的RAPD 标记与SCAR标记的转化

 桃品种以重阳红(花粉不育) ×大久保(花粉可育) 的52株F₁代群体为试材, 应用RAPD技术, 结合集群分组分析法(Bulked Segregate Analysis, BSA) 构建花粉可育/不育基因池, 利用180个随机引物, 筛选在花粉可育基因池中稳定扩增的一个RAPD标记OPW03-900。经过重复性验证和群体单株验证, 该标记仅在花粉可育个体(重组型除去) 中出现, 与桃花粉可育/不育位点的连锁距离为5.80cM。将该特异性片段回收、克隆、测序, 并设计一对特异SCAR引物, 再对F1代个体进行PCR扩增, 发现该特异带的位点及重组型个体的数目与RAPD扩增结果一致, 片段大小为906 bp, 命名为SCW03-906,表明RAPD标记已成功转化为与桃花粉可育基因连锁的SCAR标记。该序列已被GenBank收录, 登录号为DQ659676。     

梅单瓣复瓣花的相关分子标记初探

 应用RAPD分子标记技术和SCAR 分子标记技术研究了梅单瓣花与复瓣花相关的分子标记。结果表明从34 个随机引物中筛选到一个多态性引物OPP01 , 扩增出只有单瓣花类型具有的分子量为1899 bp的DNA 特异片段, 即OPP01-DS-1899 ; 根据该序列设计大小分别为25 bp 和24bp 的一对引物SSD-1 和SSD-2 ,将RAPD 标记转为SCAR 标记, 该标记大小为1079 bp 。     

用于黄瓜白粉病抗病性鉴定的SCAR标记

将黄瓜白粉病抗性相关基因的一个共显性AFLP标记成功地转换为简单、实用的SCAR标记。根据AFLP标记片段序列信息 设计了两对特异性引物SCPM166和SCPM66。PCR扩增结果显示,SCPM166在抗病亲本、抗病单株和杂合类型单株中均扩增出了大 小为166 bp的特异片段,感病亲本与感病单株均无此特异片段,表明该SCAR标记可以鉴定纯合感病个体;SCPM66在感病亲本 、感病单株和杂合类型单株中均扩增出了大小为66 bp的特异片段,抗病亲本与抗病单株均无此特异片段,表明该SCAR标记可 以鉴定纯合抗病个体。若将两个显性SCAR标记结合起来,相当于一个共显性的SCAR标记。     

黄瓜抗炭疽病相关基因AFLP标记的SCAR转换

将黄瓜抗炭疽病相关基因的一个共显性AFLP标记成功地转换成了简单实用的SCAR标记。对AFLP标记片段进行序列测定,根据序列特点设计了特异的SCAR引物,引物长18～21 bp。PCR结果表明,引物对（1）可以扩增出131 bp和125 bp两条带,引物对（2）可以扩增出178 bp和172 bp两条带,分别为抗炭疽病的特征带和感炭疽病的特征带。将该两个标记命名为SCEM131/125和SCEM178/172,两对引物在F2单株和抗感病材料验证中符合率高达97.27%,可以用于黄瓜炭疽病的分子鉴定。     

菊花18个品种的RAPD分析

 采用RAPD 技术分析了18 个菊花品种DNA 的多态性。从80 个10 碱基随机引物中筛选出多态性频率高的3 个引物。扩增的多态性片段在600 bp～1300 bp 之间。检测出两个品种特有的分子标记, ‘大红托桂’有OPD15 (1200 bp) ,‘玉翎管’缺失OPA17 (1100 bp) 。瓣型一致的品种间基因型相似系数较高。     

中国樱桃泰山干樱S-RNase基因的克隆及序列分析

以中国樱桃品种泰山干樱为试材,利用李属植物C2、C5保守区引物,扩增花柱S-RNase基因,获得4个S等位基因,测序结果表明序列大小分别为:1608、950、796、504bp。根据同源比较发现大小为796bp的等位基因与基因库中登录的S1-RNase为同一基因,其它3个S-RNase基因为首次报道,依序列大小分别命名为S2(1608bp,登陆号EF541168)、S4(950bp,登陆号EF541173)和S6(504bp,登陆号EF541172)。序列分析表明S2-RNase在C3区存在终止密码子,导致翻译提早终止;S4-RNase的C5区前有插入片断;S6-RNase在高变区比其它S等位基因少一个氨基酸残基。氨基酸序列同源性比较分析表明,中国樱桃S-RNase与樱花、扁桃的相似性高。在系统进化树中中国樱桃的4个S-RNase基因的氨基酸序列和樱花、扁桃、甜樱桃、酸樱桃等一起归于李亚科。     

小菊花色芽变品系的SRAP鉴定

利用SRAP技术进行小菊粉色花芽变与黄色花对照的DNA多态性分析。88对引物共扩增出清晰条带1169条,分子量在147～700bp之间。芽变品种及对照遗传相似系数为0.997,遗传物质多态性为0.68%,表明芽变与对照在遗传背景上高度的一致。筛选出5对引物,获得8条可能与花色芽变基因有关的特异条带,粉色花特有条带为190、550bp(Me4-Em10)、560bp(Me5-Em1)、410bp(Me6-Em7),对照特有条带为570、557bp(Me4-Em11)及220、350bp(Me6-Em5)。这些特异条带能够在植物生长早期鉴别芽变品种与对照。推测造成小菊粉色花芽变的原因很可能是染色体结构的变异。     

中国兰属植物种间及品种间亲缘关系的RAPD分析

 利用RAPD分子标记分析中国兰属(Cymbidium ) 的28个原生种和部分种的不同品种及3个杂交种共50个材料间的亲缘关系。获得250条可明显区分的DNA扩增片段, 除S143-850 bp 1条带为全部材料共有外, 其余带均为多态性位点。这些带最大的为2 100 bp, 最小的为200 bp, 以集中在1 031～300 bp的带居多。UPGMA进行聚类分析显示: RAPD的聚类树状图所呈现出的亲缘关系大体与ITS系统发育树一致。建兰亚属可能为一自然类群。大花亚属并非自然类群, 其成员之一文山红柱兰(C. Wenshanense Y.S. Wu et. ) 偏离出去而与兰亚属聚在一起。兰亚属则为一高度异质性的类群, 分散成互不关联的3支。本结果和ITS系统发育分析表明, 有必要对经典分类的兰属属下分类, 特别是兰亚属进行修订。对3个亚属中各组的划分基本与传统分类的一致。春兰品种间的多样性高于其它测试品种。     

接头连接介导的PCR 扩增马铃薯抗晚疫病基因侧翼序列研究

利用接头连接介导的PCR 技术，以前期NBS profiling 试验获得的1 条马铃薯抗晚疫病基因
片段为基础，设计巢式基因特异性引物，扩增获得两侧序列。结果表明：基因组DNA 经DraⅠ酶切后，
在已有536 bp 片段的左侧和右侧均得到序列延伸，右侧扩增得到2 301 bp，左侧扩增得到820 bp，去除
边界序列后，向左延伸789 bp，向右延伸2 273 bp，拼接后共长3 443 bp。采用GENSCAN 进行基因预测，
发现包含内含子在内的晚疫病抗性基因全长2 413 bp，在该预测基因 的UTR 区域设计特异性引物，在马
铃薯抗病和感病的基因型中扩增包含完整基因在内的2 571 bp 序列，发现该特异候选基因与晚疫病抗性相
连锁。     

应用RT-PCR和斑点杂交法检测新疆梨树上的苹果锈果类病毒

利用自行设计的方法分离提取总RNA,通过一对特异引物,分别扩增出不同梨树品种上苹果锈果类病毒的特异片段,通过对库尔勒香梨品种上获得的特异片段回收、克隆和测序。结果表明,该片段长250bp,与已发表的AF421195同源性为99%,在此基础上利用克隆的ASSVd质粒,通过RT-PCR合成了生物素标记的cDNA探针,利用该探针对梨样品进行了斑点杂交检测,取得了很好的检测效果。进一步证明该反应体系能很好地用于梨树苹果锈果类病毒的RT-PCR检测。     

苹果锈果类病毒新疆分离物的克隆和序列分析

利用自行设计的方法分离提取总RNA,通过一对特异引物,扩增出苹果锈果类病毒的全长片段,该片段通过回收、克隆和测序,结果发现该片段全长330bp,与已发表的NC_001340同源性为99.7%,仅在第126有一个碱基差异。由此证明该片段是苹果锈果类病毒的全长序列,进一步证明该反应体系能很好地用于苹果锈果类病毒的RT-PCR检测,为快速鉴定类病毒奠定了良好基础。     

草莓镶脉病毒检测方法研究

以携带草莓镶脉病毒的植株为试材,运用一种新的信息生物学算法-Insignia设计特异性扩增引物,以现行技术标准为对照验证其准确性和可行性。通过RNA反转录扩增内标基因、病毒特异性序列和技术标准特异性序列,扩增产物大小分别为295、289、600 bp,与设计一致。结果表明:该算法得到的特异性引物能较好地满足草莓病毒检测的标准,从而为草莓病毒的准确、快速检测方法提供了一条新途径。     

利用PCR技术同时鉴定番茄抗根结线虫和抗斑萎病毒基因

 利用同一PCR反应体系，对分别与番茄抗根结线虫的 基因和抗斑萎病毒(1w V)的Sw一5基因紧密连锁的SCAR标记进行了同时扩增筛选，扩增的特异性片段与单引物扩增片段完全吻合，其中与基因紧密连锁的SCAR1标记为共显性标记，抗感试材均产生750 bp的特异片段，纯合和杂合抗病基因型试材存在 I酶切位点，酶切后分别产生了570 bp、160 bp和750 bp、570 bp、160 bp的不同特异性片段，而感病基因型试材无 I酶切位点；与Sw一5基因紧密连锁的SCAR2标记为显性标记，只有抗病试材扩增出400 bD的特异性片段。经反复验证，结果稳定准确可靠，可用于在同一PCR反应体系中对两个抗病基因进行同时筛选鉴定。     

与石刁柏性别基因M紧密连锁的AFLP新标记

运用BSA法构建石刁柏雌雄基因池, 用64种AFLP引物组合共检测到4个多态性位点, 单株验证结果表明, 引物组合E-ACG/M-CTT产生的多态性片段(命名为E-ACG/M-CTT2156) 与M 基因连锁,片段大小为156 bp; 连锁遗传距离为8.33 cM。