梨离体植株中苹果茎沟病毒的脱除技术

为建立苹果茎沟病毒(ASGV,Apple stem grooving virus)的有效脱除方法,以3个梨品种的离体植株为材料,比较了4种脱毒方法对ASGV的效果.结果 显示,3个梨品种的离体植株在茎尖培养、茎尖病毒醚处理、茎尖变温热处理和茎尖病毒醚加变温热处理后,其平均脱毒率分别为50.0％、70.8％、69.6％和...     

香石竹斑驳病毒(CarMV)云南分离物CP基因的克隆和序列分析

 香石竹斑驳病毒(CarMV)是侵染香石竹的主要病毒。关于该病毒的株系和不同地区分离物的病毒核酸序列研究报道较少。     

苹果茎沟病毒柑橘碎叶株系的分布与序列分析

为明确苹果茎沟病毒(apple stem grooving virus,ASGV)柑橘碎叶株系(citrus tatter leaf virus,CTLV)在中国柑橘产区的发生分布及其分子特性,于2017—2021年对我国12个柑橘主产区开展系统调查,并采用多重比对以及系统发育分析法对CTLV的全序列进行分析。结果表明,从12个柑橘主产区采集的2 012份疑似样品中检测出413份感CTLV阳性样品。除陕西省外,其余11个柑橘主产区样品中均检测出CTLV,并且柚类样品中CTLV的检出率最高,达到32.31%。对分离获得的22株CTLV毒株和已知的7株CTLV以及5株ASGV毒株进行全序列分析,发现所有34株毒株的核苷酸序列相似性为78.6%～99.8%,且CTLV序列的保守性较高。此外,与其他4株ASGV毒株相比,本研究中22株CTLV毒株与ASGV-MK毒株(GenBank登录号为MZ127820.1)具有更近的亲缘关系。推测CTLV中国毒株间的亲缘关系可能与其采样地和寄主品种有关。     

苹果茎沟病毒陕西分离物基因组序列与生物学研究

苹果茎沟病毒(Apple stem grooving virus,ASGV)是苹果上最主要的病毒病害之一。本研究在陕西省咸阳市武功镇的‘秦冠’病树叶片样品中检测到了ASGV,将其命名为苹果茎沟病毒咸阳(ASGV-XY)分离物。通过RT-PCR结合RACE的方法,克隆了ASGV-XY的全长基因组。序列核酸一致性分析表明,ASGV-XY与已知的其他ASGV分离物具有较低的核酸一致性;系统发育分析证明,ASGV-XY与其他的ASGV分离物相比,处于独特的分类地位;ASGV-XY可以侵染苋色藜、昆诺藜、西方烟、心叶烟、芸豆等草本寄主。该结果丰富了ASGV的遗传多样性,对防治病毒病害具有重要指导意义。     

甘蔗花叶病毒福建分离物外壳蛋白基因的克隆及序列分析

 A fujian isolate of Sugarcane mosaic virus named SCMV-FJ was isolated from infected sugarcane. Cloning and sequence analysis of the coat protein gene of this isolate was carried out. A pair of primers was designed and synthesized based on the nucleotide sequences of coat protein genes of sugarcane mosaic viruses reported. The coat protein gene of SCMV-FJ was amplified from the extracted total RNA of the infected sugarcane by using RT-PCR, and cloned into the pMD18-T vector. The sequencing result indicated that the cloned segment included a 1137 bp open reading frame(ORF) and a 228 bp 3' untranslated region, in which the ORF comprised the whole coat protein and part of the nuclear inclusion b. The nucleotide and the deduced amino acid sequences of the coat protein gene were compared with those of the other isolates or strains of SCMV subgroup reported in GenBank. The result showed that it shares 56.8%-97.1% and 55.3%-99.4% homology in nucleotide and the putative amino acid sequences, respectively, with the highest amino acid homology of 99.4% with SCMV-D. Thus it was identified as a SCMV-D. This experiment provided a rapid, sensitive and relatively inexpensive method for RT-PCR detection of SCMV. At the same time, the cloning of SCMV-FJ coat protein gene provided the foundation for plant gene engineering against SCMV.     

西瓜花叶病毒2号新疆昌吉分离物外壳蛋白基因核苷酸序列分析

 利用RT-PCR从新疆昌吉地区表现花叶、疱斑、扭曲等症状的南瓜病株上检测到西瓜花叶病毒2号新疆昌吉分离物(简称WMV-2-XJ-CJ),并测定了该分离物外壳蛋白(CP)基因序列。序列分析表明,新疆昌吉分离物CP基因全长850个核苷酸,编码197个氨基酸。与国内外报道的12个WMV-2CP基因相比,其核苷酸序列同源性为92.6%~98.3%,由此推导的氨基酸序列同源性为94.7%~99.3%。新疆昌吉分离物在CP N'端可变区明显不同于国内外报道的核苷酸序列。WMV-2新疆昌吉分离物与日本和郑州分离物较其它国家和地区的分离物多出6个核苷酸,但其核苷酸及其推导的氨基酸序列差异较大。新疆昌吉分离物外壳蛋白有2个氨基酸残基明显不同于其它分离物,其中蚜传株系的特征结构域DAG突变为DAE。     

一个马铃薯X病毒分离物的外壳蛋白基因序列分析与株系鉴定

对山东省侵染马铃薯的一个马铃薯X病毒(PVX)分离物PVX—SD1的外壳蛋白(CP)基因进行了克隆和序列分析。以提纯的病毒RNA为模板，应用RT-PCR扩增目的基因，通过常规的基因克隆法将扩增的CP基因导入pUC19载体，测序。结果表明，PVX—SD1的CP基因长719bp，可编码248个氨基酸；与Gen—Bank中报道的15个有代表性的株系或分离物相比较，核苷酸同源性在80．1％-99．7％，氨基酸同源性在89．8％-100％；与欧洲株系UK3仅1个核苷酸不同，同源性为99．7％，氨基酸同源性达100％，表明它们可能为同一株系，属于X^3组．     

苹果茎沟病毒部分分离物的生物学特性与分子鉴定

通过昆诺藜接种鉴定和ELISA检测,从梨和苹果上分离获得苹果茎沟病毒(Apple stem grooving virus,ASGV)23个分离物.采用TC-RT-PCR对这些分离物进行扩增,均获得特异的扩增片段,PCR产物经5%PAGE电泳,出现大小约500、530和600bp的3种迁移率不同的泳动带型.根据PCR产物电泳迁移率的差异,选取3个来源于梨的分离物P-L4、P-6-1-17和P-3-2-67的PCR产物进行克隆与序列测定.经BLAST搜索,3个分离物的扩增片段与苹果分离物P-209的CP基因3′端核苷酸序列同源性分别为92.2%、90.4%和88.4%.3个分离物间的核苷酸序列也有较大差异,P-L4/P-6-1-17为95.5%、P-L4/P-3-2-67为90.4%、P-6-1-17/P-3-2-67为88.6%.     

番木瓜环斑病毒南瓜分离物外壳蛋白基因的克隆及序列分析

利用电镜和酶联免疫法在云南省采集到的5份南瓜病样中检测到番木瓜环斑病毒(Papayaring spot virus,PRSV)。为了进一步从分子水平确定云南省南瓜病毒病原种类,并为下一步转基因育种提供抗性基因,采用反转录PCR(RT-PCR)方法扩增了5个分离物的外壳蛋白(coat protein,CP)基因片段,并克隆到pGEM-T载体中。核苷酸序列测定表明,番木瓜环斑病毒石屏分离物(PRSV-SP)和番木瓜环斑病毒蒙自分离物(PRSV-MZ)的CP基因长873nt,编码290个氨基酸,番木瓜环斑病毒峨山分离物(PRSV-ES)、番木瓜环斑病毒版纳分离物(PRSV-BN)和番木瓜环斑病毒宾川分离物(PRSV-BC),3个分离物CP基因长867nt,编码288个氨基酸。PRSV5个分离物核苷酸序列的同源性在94%以上,氨基酸序列的同源性在96%以上。与国内外17个分离物相比,核苷酸序列同源性为89.6%~98.7%,氨基酸序列同源性为86.5%~99.6%。其中PRSV-SP和来自于越南分离物PRSV-V47无论是核苷酸序列,还是氨基酸序列同源性都达到了最高,而5个分离物与来自于巴西(PRSV-BR)、美国(PRSV-USA)、墨西哥(PRSV-Y)核苷酸序列同源性均低于90%。     

黄瓜绿斑驳花叶病毒山西西瓜分离物外壳蛋白基因序列分析

通过病毒dsRNA分离技术、非序列依赖性PCR扩增(sequence-independent amplification,SIA)技术和RTPCR等手段对采自山西太谷的西瓜病样进行了检测与鉴定,确定其为黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)所侵染。为明确CGMMV西瓜分离物(CGMMV-SXTG)的分类地位,本研究进一步克隆了CGMMV-SXTG的外壳蛋白基因(coat protein,CP)全序列并进行序列分析,系统进化树分析显示该分离物与亚洲分离物亲缘关系较近,而与欧洲分离物亲缘关系较远,表明该病毒的不同分离物在分组上可能与地域有一定的关系;接着对不同分离物的CP基因核苷酸序列和氨基酸序列进行同源性比对分析,结果表明该分离物与中国山东分离物(TANG)同源性最高,分别达到99.8%和99.6%。     

球孢白僵菌SJ-05几丁质酶基因的克隆与序列分析

几丁质酶在昆虫真菌侵染寄主过程中起着重要的作用。本文对采自内蒙古准格尔旗沙棘木蠹蛾的球孢白僵菌菌株SJ-05进行了几丁质酶的基因分析,从中克隆了几丁质酶Bbchit基因,得到了重组质粒pMD19-T/chit。测序结果表明,Bbchit基因核苷酸序列阅读框架全长为1047 bp,编码348个氨基酸,推测分子量为36.924 ku,等电点为5.94。氨基酸序列比对结果表明,与球孢白僵菌Bb0062菌株（AAN41259.1）的氨基酸序列相似性最高,为99.71%。     

Capsid protein sequence gene analysis of <Emphasis Type="Italic">Apple mosaic virus</Emphasis> infecting pears

Apple mosaic virus (ApMV, genus Ilarvirus) was detected in pears, a previously non-reported virus host. No symptoms were visible on the hosts leaves. Seventeen out of 22 randomly selected pear trees in Italy (Lombardy) and in three regions in the Czech Republic were ApMV-infected. All nine newly sequenced ApMV isolates from pears had a 15-nucleotide insertion in the capsid protein gene in identical position of that of apple isolates compared with isolates from hop and prunes. The insertion is the most prominent (but not essential) modification of the capsid protein gene, which results in a phylogenetic separation of ApMV isolates into three clusters. Sequence analysis data of an additional 15 isolates revealed a sequence correlation with kernelled fruit trees (apple and pear).     

芜菁花叶病毒欧亚分离物HC-Pro基因的克隆和序列分析

 16个芜菁花叶病毒(Turnip mosaic virus,TuMV)欧亚分离物分别来自奥地利、丹麦、德国、匈牙利、尼泊尔和英国6国。利用免疫捕获反转录PCR(Immunocapture RT-PCR,IC-RT-PCR)对16个分离物的HC-Pro(Helper component pro-teinase)基因进行PCR扩增,扩增产物克隆后进行序列测定,HC-Pro基因序列长度均为1374个核苷酸,编码458个氨基酸。16个分离物的HC-Pro基因核苷酸序列同源性为79.5%~99.8%,所编码的氨基酸同源性为94.1%~99.8%。对16个分离物及GenBank上已报道的其它14个TuMV的HC-Pro基因核苷酸的系统进化树分析表明:在16个TuMV欧亚分离物中,除了来自亚洲的分离物N23属Asian-BR组,其余15个来自欧洲的分离物都属于world-B组,其中分离物H1归属world-wide亚组,另外14个分离物则归属New World亚组。     

苹果茎痘病毒RdRp基因分子变异分析

To elaborate the molecular diversity of pear-infecting ASPV in China, partial RNA dependent RNA polymerase (RdRp) fragments (P1 and P2) of four ASPV isolates were analyzed. We sequenced 17 P1 sequences and 14 P2 sequences of RdRp from 4 different isolates. Phylogenetic trees analysis based on these sequenced clones from our study and related sequences retrieved from the GenBank suggested that: 1) ASPV grouping in phylogenetic trees were related to their hosts; 2) ASPV isolates could be divided into five evolu-tionary divergent subgroups (A-E) based on partial RdRp fragments (P1 and P2), wherein one new subgroups (D) was identified in our study based on partial RdRp fragments P1. Recombination events were detected in RdRp sequences in our study. Results from our study provide important information for studying molecular characteristics of ASPV.     

来源于砂梨和桃的苹果褪绿叶斑病毒分离物部分CP基因和3′端非翻译区的序列分析

 苹果褪绿叶斑病毒（Apple chlorotic leaf spot virus, ACLSV）是引起果树病害的一种重要病毒。ACLSV寄主范围广、发生较普遍,可侵染苹果、梨等仁果类果树和桃、扁桃、李、樱桃、杏等核果类果树,据报道我国梨产区感染ACLSV达80%以上。ACLSV引起植物症状的类型与寄主种类、病毒株系有关。ACLSV为线形病毒科（Betaflexiviridae）、纤毛病毒属（Trichovirus）的代表成员^［1］。ACLSV的CP相对比较保守,研究表明不同的ACLSV分离物的CP基因具有序列多样性,存在分子变异^［2～5］,CP基因分子特性的研究可为ACLSV株系划分提供依据。来源于欧洲、亚洲和北美的桃、李等核果类果树,以及苹果寄主上的ACLSV分离物的分子变异报道较多^［2,3,5］,来源于梨寄主上的ACLSV分子变异研究较少^［4,5］。     

马铃薯A病毒CP基因的克隆与序列分析

利用根据马铃薯A病毒 (PVA)外壳蛋白 (CP)基因序列设计合成的一对引物 ,以带毒植物总RNA为模板 ,RT-PCR扩增得到长 0.8kb的目的片段。将目的片段转入大肠杆菌并进行了序列测定。测序结果与PVA其他分离物CP基因序列比较 ,发现其核苷酸同源性最高可达 99%。依据CP序列建立了PVA病毒的系统进化树并对PVA不同分离物CP氨基酸序列差异性做了分析