丝羽乌骨鸡腺苷单磷酸脱氨酶1(AMPD1)基因多态性及其与肌苷酸含量相关研究

以丝羽乌骨鸡为研究素材,萧山鸡、白耳鸡、北京油鸡、茶花鸡、隐性白羽肉鸡为对照组,研究肌苷酸合成代谢过程中主要的催化酶鸡腺苷单磷酸脱氨酶1(AMPD1)基因在6个鸡品种中AMFD1基因序列多样性,结果表明：在525bp的片段中共存在10个多态位点,其中120位的A→G、355位的A→G的碱基变化仅在肌苷酸含量较高的鸡品种如丝羽乌骨鸡、北京油鸡、茶花鸡出现,推测这2个位点与肌苷酸含量密切相关。     

不同肉鸡品种黄素单氧化酶3基因频率分布研究

研究旨在检测不同肉鸡群体中鱼腥味基因FMO3关键位点c.984 AT基因型分布情况,为后续开展鱼腥味基因与鸡肉品质研究提供参考。试验群体包括8个地方品种、2个引进品种和2个专门化品系,采用PCR-RFLP和测序方法进行检测。结果表明:麻黄鸡、惠阳胡须鸡和各专门化品系均无TT基因型个体,且惠阳胡须鸡个体全部为AA基因型(非鱼腥味易感基因型);TT基因型个体在不同地方品种的频率由高到低依次为丝羽乌骨鸡(39.66%)、文昌鸡(18.95%)、清远麻鸡(11.11%)、霞烟鸡(10.84%)、广西三黄鸡(7.04%)和杏花鸡(4.55%);TT型个体在引进品种隐性白为5.26%、Ross308为1.67%。由此可见,除丝羽乌骨鸡和文昌鸡外,其他品种中鱼腥味综合征易感个体(TT基因型)频率均不高。     

华东27个地方鸡品种(品系)的遗传变异

应用30个微卫星标记对华东27个地方鸡品种（品系）进行了遗传多样性分析，计算了多态信息含量、平均杂合度和遗传距离等遗传参数，并用类平均法进行了聚类分析。结果表明：平均杂合度最高的是河田鸡，为0．6870，最低的是狼山鸡，为0．6170；27个地方鸡品种（品系）的杂合度都较高，反映了这些品种的多种多型；各品种的平均遗传距离反映了各品种分化时间的长短；UPGMA的聚类分析将27个品种（品系）聚为10类：丝绒乌骨鸡、济宁百日鸡、河田鸡、安义瓦灰鸡、仙居鸡、江山乌骨鸡、溧阳鸡、金湖乌风鸡、灵昆鸡、余干乌骨鸡、康乐鸡、萧山鸡、琅讶鸡、淮北麻鸡、淮南三黄鸡为第1类，白耳鸡为第2类，浦东鸡为第3类，崇仁麻鸡与丝羽乌骨鸡为第4类，狼山鸡与寿光鸡为第5类，鹿苑鸡、东乡绿壳蛋鸡、汶上芦花鸡各独自聚为第6、7、8类，鲁西斗鸡与宁都三黄鸡聚为第9类，漳州斗鸡独自聚为第10类。通过微卫星标记对华东27个地方鸡品种（品系）遗传变异的分析说明这些地方品种的遗传多样性极其丰富，各具特色，应促进资源优势向经济优势转化。     

白来航蛋鸡SLC45A2基因不同位点突变与银羽性状关联研究

旨在探究SLC45A2基因多态性与白来航蛋鸡银色羽之间的关系，为白来航新品系的选育以及粉壳蛋鸡配套系的培育工作提供依据。本研究首先对不同白来航鸡品系以及部分其他品种鸡的SLC45A2基因突变位点进行检测分析；后将SLC45A2基因不同基因型的白来航品系(A系和B系)分别与洛岛红公鸡杂交，观察不同品系杂交后代红羽情况，并对不同羽色子代的SLC45A2基因进行检测；最后利用分别含有第三、第四外显子突变的A、B系杂交后代(A×B)与洛岛红鸡进行正反交，进一步验证SLC45A2基因第三、第四外显子突变与金银羽性状的关系。结果表明，洛岛白鸡SLC45A2基因为第四外显子纯合突变，部分洛岛红鸡品系存在极低比例的第三外显子突变，不同白来航蛋鸡品系中同时独立存在第三或第四外显子突变或第四外显子纯合突变，其他品种鸡中不存在这两个位点的突变。同时独立存在第三、第四外显子突变的A系与洛岛红杂交后代红羽率(0.055 3)远高于在第四外显子纯合突变的白来航B系杂交后代红羽率(0.000 5),且存在第四外显子突变的杂交后代均为白色羽，而仅存在第三外显子突变的杂交子代红、白羽均有存在。根据洛岛红公鸡与不同基因型...     

广西东兰乌鸡丝羽形成分子机制的研究

广西东兰乌鸡由片羽和丝羽两个品系组成。目前丝羽形成的分子机理还不清楚。以前的研究表明,丝羽乌骨鸡的丝羽是由PDSS2基因上游C103G的突变所导致。本研究的目的是探讨C103G是否也是广西东兰乌鸡丝羽形成的分子基础。取广西东兰乌鸡丝羽和个体和片羽个体各20个血样,常规酚仿法提取基因组DNA,然后PCR扩增含-103位点的PDSS2片段。结果发现,广西东兰乌鸡丝羽鸡20个样的-103位点全部为G碱基,而广西东兰乌鸡片羽鸡20个样的-103位点全部为C碱基。本研究的结果提示广西东兰乌鸡丝羽形成的分子机制与丝羽乌骨鸡的相一致。     

中国地方品种丝羽乌骨鸡白细胞介素2基因的克隆及遗传进化分析

鸡白细胞介素2（ChIL-2)是近年来新发现的一类细胞因子。根据Sundick等发表的鸡IL-2基因序列设计一对特异性引物,从ConA体外激活的脾脏淋巴细胞中提取mRNA,通过RT-PCR方法扩增和克隆了我国地方品种丝羽乌骨鸡IL-2cDNA,丝羽乌骨鸡IL-2基因由734nt组成,编码-由143个氨基酸组成的前体蛋白,基因5’端含有17个核苷酸和3'端含有285个核苷酸组成的非编码区,3'UTR中含有4个重复的“ATTTA”序列。编码蛋白氨基酸与Kestrel,Obese和SC品系的来杭鸡比较,氨基酸的突变主要发生在28-32位,这一区域丝羽乌骨鸡和Kestrel来杭鸡相同,Obese和SC鸡相同,基因系统进化树分析表明丝羽乌骨鸡和Kestrel来杭鸡具有很近的亲缘关系,Lbese和SC鸡具有很近的亲缘关系。中国的药用鸡品种-丝羽乌骨鸡在非常保守的133位发生了氨基酸突变,我们推测这可能与该品种鸡具有很强的抗病能力有关。     

寿光鸡杂交试验

用寿光鸡与黑乌骨鸡、斗鸡和AA鸡进行杂交试验，结果表明：①寿光鸡与黑乌骨鸡杂交，其F2代体增重介于两品种之间，跖长比寿光鸡降低17．2％；羽型多表现为扁羽，约15％为丝状羽；皮肤为白色；均为5趾。②鲁西斗鸡与寿光鸡杂交F3代与寿光鸡相比，体增重降低6．3％，料重比增加5．9％，胸宽增加5．3％。③寿光鸡与AA鸡杂交，F1代增重速度比寿光鸡本身提高85．2％，料重比降低14．3％。④白乌骨鸡比黑乌骨鸡增长快，F1代比黑乌骨鸡100日龄增重提高24％，比白乌骨鸡本身增重快9．1％。     

7种地方鸡蛋品质及繁殖相关基因分析

为探讨萧山鸡、仙居鸡、江山乌骨鸡、丝羽乌骨鸡、龙游麻鸡、灵昆鸡和白耳黄鸡7个地方鸡种的蛋品质差异，本研究选取199～201日龄7个品种鸡的鸡蛋各30个，检测其蛋品质相关指标并对繁殖相关基因进行分析。结果显示：仙居鸡平均蛋重低于其他6种地方鸡的平均蛋重（P<0.05）；龙游麻鸡的蛋白高度高于丝羽乌骨鸡（P<0.05）；丝羽乌骨鸡蛋黄颜色高于仙居鸡和白耳黄鸡（P<0.05）；龙游麻鸡鸡蛋哈氏单位高于白耳黄鸡、江山乌骨鸡和丝羽乌骨鸡（P<0.05）；仙居鸡、丝羽乌骨鸡和萧山鸡的蛋黄比例高于灵昆鸡和白耳黄鸡（P<0.05）;7个地方鸡品种的蛋品质在蛋壳强度上没有显著差异；仙居鸡平均产蛋量最高。仙居鸡垂体相关基因（如GNRH1、FSHβ和PRL）的表达高于除乌骨鸡外的其他鸡种，这可能与其较高的产蛋能力有关。本实验结果表明蛋品质性状在不同鸡种间差异显著且地方鸡种在蛋品质性状上有优异的潜能。     

YAMUNA系自别雌雄白来航鸡

中央家禽研究所(印度北方邦lzatnasar市)家禽遗传资源研究室主任G.V.Rao,采取一系列育种技木,将地方品种Kadakanath鸡的慢羽性状(取决于一对等位基因)引入了白来航鸡,从而培育出了一种性连锁慢羽白来航品系,取名为“Yamuna”系。要得到白别准(?)的一日龄雏鸡,用Yamuna系母鸡(慢羽)同通常的白来航(快羽)公鸡交配即可。     

鸡lmbr1基因外显子16的SNP检测和单倍型分析

外显子16是鸡lmbr1基因最大的外显子,本研究进行了该外显子在丝羽乌骨鸡和白洛克肉鸡间的SNP检测和单倍型分析。研究表明,鸡lmbr1外显子16的PCR-SSCP基因型在两个品种间的分布存在明显差异,测序从24个个体中检测到4个变异位点,其中T32C变异在两个品种间存在明显差异,丝羽乌骨鸡均含有32T(纯合的TT或杂合的TC),白洛克肉鸡在T32C位点都为纯合的CC;单倍型分析从24个个体中检测到5种单倍型,丝羽乌骨鸡和白洛克肉鸡的单倍型存在明显的差异,hap1和hap2是丝羽乌骨鸡的特异性单倍型,hap5是白洛克肉鸡的特异性单倍型,hap3和hap4主要存在于白洛克肉鸡中,在丝羽乌骨鸡中的比例极少。     

Identification of single-nucleotide polymorphisms in 5' end and exons of the PRKAG3 gene in Hubbard White broiler, Leghorn layer, and three Chinese indigenous chicken breeds

5′‐AMP‐activated protein kinase plays an important role in regulating the level of ATP in the presence of metabolic stress. Previous studies revealed that polymorphisms in 5′‐AMP‐activated protein kinase gamma 3 subunit (PRKAG3) gene are associated with meat quality in pigs. In the present study, single‐nucleotide polymorphisms (SNPs) in the 5′‐end and exons of chicken PRKAG3 gene were identified with the method of single‐strand conformation polymorphism in Hubbard ISA White broiler, Leghorn layer, and three Chinese indigenous chicken breeds, Tibet Chicken, Shouguang Chicken and Beijing Yellow Chicken. Two SNPs in the 5′‐end of the gene and 10 SNPs in exons 3, 4, 9 and 11, of which three caused amino acid substitutions, were identified in the PRKAG3 gene of the five chicken breeds. The results will facilitate further study on the association between the mutations of PRKAG3 and chicken meat quality.     

地方鸡种与隐性白羽鸡遗传变异的AFLP指纹

利用6对AFLP引物组合对我国12个地方鸡种和引进鸡种隐性白羽鸡进行了遗传检测,统计了每个引物组合在各个品种中检测到的多态性条带和特异性条带,计算了13个鸡种的遗传相似系数和遗传距离,并据此构建了UPGMA聚类关系图,分析了所研究鸡种的遗传关系.结果表明:6对AFLP引物组合在13个鸡种中共检测到290条多态性条带,平均每个引物组合产生48.3奈多态性标记,同时在每个品种群体中还检测到了数量不等的特异性条带,其中寿光鸡和东乡黑鸡最多,为9条,旧院黑鸡、兴义矮脚鸡和隐性白羽鸡最少,为1条.13个鸡种聚为4类,其中隐性白羽鸡单独聚为一类,鸡种间的遗传相似系数及聚类结果与各个鸡种的地理分布、现实状况相吻合,从而表明AFLP指纹用于我国地方鸡种的遗传多态性分析、品种鉴定及品种间亲缘关系分析是可行的.     

3个品种鸡的蛋品质比较研究

随机选取43周龄的拉萨白鸡鸡蛋、藏鸡鸡蛋和白来航鸡鸡蛋各30枚,进行蛋品质测定。结果表明,3个品种鸡的蛋品质存在差异,除蛋比重差异不显著（P〉0.05）外,拉萨白鸡鸡蛋、白来航鸡鸡蛋与藏鸡鸡蛋的蛋重、蛋壳颜色、气室直径、蛋壳百分率、蛋壳强度、蛋黄重量、蛋壳厚度均存在极显著差异（P〈0.01）;拉萨白鸡鸡蛋、藏鸡鸡蛋与白来航鸡鸡蛋的蛋形指数存在极显著差异（P〈0.01）;拉萨白鸡鸡蛋与藏鸡鸡蛋、白来航鸡鸡蛋的蛋白高度、哈氏单位存在极显著差异（P〈0.01）;蛋白重量、蛋黄比色在3个品种鸡的鸡蛋中存在极显著差异（P〈0.01）;拉萨白鸡鸡蛋与藏鸡鸡蛋、白来航鸡鸡蛋的蛋白百分率存在显著差异（P〈0.05）;3个品种鸡的蛋壳重量和蛋黄百分率相互表现出显著或极显著差异（P〈0.05或P〈0.01）;拉萨白鸡鸡蛋、白来航鸡鸡蛋与藏鸡鸡蛋的血肉斑存在显著差异（P〈0.05）。综合来看,拉萨白鸡的蛋品质最佳,具有良好的市场前景,应加大对拉萨白鸡的品种培育力度。     

鸡MHC-B-F基因外显子3PCR-RFLP-Tas Ⅰ的多态分布

研究利用PCR—RFLP方法检测了MHC-B—F基因外显子3 TasⅠ位点不同基因型在9个鸡品种计235个个体中的分布情况。结果表明MHC—B—F基因外显子3 TasⅠ位点中存在3种基因型，命名为AA、AB、BB。它们在不同品种中的分布各异，AA基因型在杏花鸡、灵山香鸡、丝羽乌骨鸡中的频率显著甚至极显著地高于其它品种（P〈0．05 or P〈0．01），AB基因型在来航鸡与隐性白洛克中的频率相当低（P〈0．05 or P〈0.01），BB基因型在隐性白洛克中的分布频率则极显著地高于其它8个品种（P〈0．01）。     

New alleles of chicken CD8 alpha and CD3d found in Chinese native and western breeds

Chinese native chicken breeds provide useful resources for the study of genetic diversity. In this study, the alleles of CD8 alpha and CD3d cDNA from Chinese native and introduced western breeds of chicken were analyzed at the sequence level. Six alleles were found, due to 13 amino acid replacements in the extracellular domain of the CD8 alpha sequence. There were four alleles detected in the Chinese strains, and alleles 5 and 6 were identified for the first time. Allele 6 was shared by Langshan, Beijing Fatty and Recessive White Feather chickens. Allele 2, found in the Bigbone strain, was the same as that found in the Leghorn strain H.B15.H7, and allele 3 in the Xianju breed was also the same as in the Leghorn strain H.B15.H12. Two Leghorn lines (RPL line 7 and AY519197) and the Camellia possessed an allele (alleles 1, 4 and 5), respectively, that was not found in the other lines. Nine out of 13 amino acid replacements were situated in the putative major histocompatibility complex (MHC) class I binding CDR1 (positions 30, 33 and 34), CDR2 (positions 58, 62, 63 and 65) and CDR3 (positions 90 and 106). Except for the Xianju breed, the CD8 alpha cDNA of Chinese native chicken breeds shared high homology. Two alleles were found in CD3d. Three additional nucleotides were found at positions 64, 65 and 66 in the newly discovered allele 2. This led to a difference of four amino acids (at residues 22, 23, 24 and 25) in the extracellular domain of CD3d cDNA from the Gushi, Recessive White Feather and ISA chickens compared with these of the White Leghorn and T11.15 (NM_205512). Five hybridoma clones (1C9, 1H5, 4B11, 6G5 and 13C5) against chicken CD8 alpha were generated by DNA immunization. Two monoclonal antibodies (mAbs), 6G5 and 4B11, showed reactivity to the splenocytes from five Chinese native chicken breeds, the Recessive White Feather chicken and the Leghorn (AY519197), while mAbs 1C9, 1H5 and 13C5 showed no reaction with these breeds.     

鸡TLR4突变位点对蛋白结构的影响及其遗传多样性

为研究TLR4不同SNPs位点对TLR4蛋白结构的影响及其在不同鸡种中的遗传变异,采用直接测序法发掘TLR4基因外显子中的SNPs,分析每个SNP位点对TL尺4蛋白结构的影响,并检测对蛋白结构影响较大的两位点在不同鸡种中的遗传多样性。结果表明,在7个鸡群中共发现了17个SNPs;C77T和G247A位点对TLR4蛋白功能影响较大;C77T位点在汶上芦花鸡偏离Hardy—Weinberg平衡,在其它4个地方鸡种和2个商业品种都处于Har—dy—Weinberg平衡,其多态信息含量在寿光鸡最高;G247A位点在5个地方鸡种中均处于Hardy—Weinberg平衡状态,而在两个商业品种偏离Hardy—Weinberg平衡,其多态信息含量在寿光鸡最低。本研究表明,TLR4基因C77T和G247A位点在7个鸡群中具有不同程度的遗传多样性,推测与该基因的功能存在相关。     

基于全基因组SNP标记分析中国地方鸡品种的遗传多样性和种群结构

旨在对中国地方鸡品种的遗传多样性与种群结构进行分析。本研究使用Affymetrix Axiom 600K高密度鸡基因分型芯片对来自8个品种的157只地方鸡及233只商品鸡进行基因分型,以品种作为分组来计算各分组的观测杂合度、期望杂合度、次等位基因频率、近交系数及核苷酸多样性分析地方鸡群体的遗传多样性,利用进化树、主成分分析、群体结构、MDS等方法分析鸡群体的群体结构,基于状态同源(IBS)和群体分化系数(Fst)分析种群内部与种群之间的亲缘关系,利用长纯合片段(runs of homozygosity, ROH)估算得到基于ROH的近交系数。结果表明,各群体的观测杂合度均高于期望杂合度,次等位基因频率在0.175～0.236之间,近交系数在0.018～0.205之间,核苷酸多样性在0～6×10^-4之间,进化树与主成分分析表明品种间出现了明显的群体分化,地方鸡群体与商品鸡群的MDS分析发现我国地方鸡与商业肉鸡品种的遗传距离较近;IBS遗传距离在0.092 9～0.319 9之间;各品种成对Fst分析表明,群体间呈现中高分化程度(0.09～0.22);此次分析共得到了...     

鸡Mx基因2032位点单核苷酸多态性研究

研究采用错配PCR-RFLP的方法对15个品种鸡的Mx基因进行筛查,旨在探索不同鸡品种MxcDNA第2032位点抗病基因A与易感等位基因G的多态性,为生产转基因鸡的可行性提供理论基础。结果表明:15个鸡品种Mx基因的2032位点存在A、G2个等位基因,AA、AG、GG3种基因型,其中鹿苑鸡、狼山鸡、斗鸡未发现AA型个体,茶花鸡、红色原鸡未发现GG个体;携带Mx抗性基因A和易感基因G的比例分别是0.350、0.650;抗性等位基因A的检测比例为0.034~0.984。红色原鸡的抗性等位基因A基因频率(0.984)高于地方鸡种的抗性等位基因A的基因频率(0.321);地方鸡种中的观赏型、蛋肉兼用型、肉用型、蛋用型鸡种的抗性等位基因A的基因频率分别为0.221、0.297、0.425、0.462。χ2适合性检验表明,15个品种的鸡群均处于Hardy-Weinberg平衡状态。     

家鸡羽色性状遗传调控机制研究进展

自然界中鸟类呈现出丰富的羽毛颜色,羽色性状在躲避天敌、捕食、求偶及抵御紫外线等方面都具有重要作用。对鸡羽毛颜色性状的研究有助于加强品种区分、识别,在育种工作中建立品种间的显著标识和保障同一品种外观整齐尤为重要。羽毛颜色是禽类表型遗传研究的重要组成部分,它主要由黑色素和类胡萝卜素所决定。目前鸡羽毛颜色性状遗传调控机制的研究大多集中在黑色素相关通路,其中,Wnt、KIT/KITL和EDN3/EDNRB等信号通路对黑素细胞的生长发育、迁移和分化具有重要的调控作用,α-MSH/ASIP-MC1R信号通路负责调控黑色素的合成。已有研究显示,通过全基因组范围内的遗传变异检测技术挖掘与羽色性状相关的基因和变异位点,可以揭示黑羽、麻羽、显性白羽、隐形白羽、常染色体白化、银羽、性连锁不完全白化、深棕色羽、淡紫色羽(灰羽)、非依赖酪氨酸酶的隐性白羽、斑点羽和性连锁横斑羽(芦花羽)等多种羽色性状的遗传调控机制。此外,以图灵模型为理论基础可以解释复杂羽色图案的形成机制。作者通过总结黑色素相关调控通路与图灵模型对家鸡羽毛颜色性状的遗传调控机制,对近年来已经确定基因座的家鸡羽毛颜色性状相关研究展开综述,以期为鸡羽色分子机制研究以及在育种过程中开展鸡羽色性状标记辅助选择提供参考。