如皋鸡Mx基因2032位点多态性与经济性状的关联分析

采用错配PCR-RFLP对如皋鸡Mx基因2032位点多态性进行检测,结果如皋鸡Mx基因2032位点经RsaⅠ酶切后,检测到AA、AG和GG3种基因型,基因型频率分别为0.161、0.678和0.161,抗性等位基因A的频率为0.500。χ2适合性检验表明,如皋鸡Mx基因在RsaⅠ酶切位点上等位基因的分布显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态。分析这3种基因型与如皋鸡一些经济性状间的关联性,结果表明:抗性纯合子AA基因型的个体各阶段体重、体尺以及主要屠宰性状均小于AG和GG基因型的个体,但是除了体斜长和胫围外,AA基因型个体的重要经济性状包括常规肉质与AG和GG基因型的个体差异不显著。     

鸡Mx基因2032位点单核苷酸多态性研究

研究采用错配PCR-RFLP的方法对15个品种鸡的Mx基因进行筛查,旨在探索不同鸡品种MxcDNA第2032位点抗病基因A与易感等位基因G的多态性,为生产转基因鸡的可行性提供理论基础。结果表明:15个鸡品种Mx基因的2032位点存在A、G2个等位基因,AA、AG、GG3种基因型,其中鹿苑鸡、狼山鸡、斗鸡未发现AA型个体,茶花鸡、红色原鸡未发现GG个体;携带Mx抗性基因A和易感基因G的比例分别是0.350、0.650;抗性等位基因A的检测比例为0.034~0.984。红色原鸡的抗性等位基因A基因频率(0.984)高于地方鸡种的抗性等位基因A的基因频率(0.321);地方鸡种中的观赏型、蛋肉兼用型、肉用型、蛋用型鸡种的抗性等位基因A的基因频率分别为0.221、0.297、0.425、0.462。χ2适合性检验表明,15个品种的鸡群均处于Hardy-Weinberg平衡状态。     

安卡鸡Mx基因A2032G变异位点对经济性状的效应分析

采用错配PCR-RFLP对安卡鸡Mx基因2032位点多态性进行检测,结果表明,安卡鸡Mx基因2032位点经Rsa Ⅰ酶切后,检测到AA、AG和GG 3种基因型,基因型频率分别为0.232、0.681和0.087,抗性等位基因A的频率为0.572.X<'2>适合性检验结果表明,安卡鸡Mx基因在Rsa Ⅰ酶切位点上等位基因的分布显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态.分析这3种基因型与安卡鸡一些经济性状间的关联性,结果表明,抗性纯合子AA基因型的个体各阶段体重、体尺、主要屠宰性状及常规肉质与AG和GG基因型的个体差异不显著,安卡鸡Mx基因2032位点对重要经济性状没有显著的负效应.     

太行鸡INHA基因多态性与产蛋性状相关性研究

研究旨在探究抑制素A(Inhibin A,INHA)基因多态性与太行鸡产蛋性状的相关性,挖掘影响太行鸡产蛋性状的分子遗传标记。通过对125只麻羽太行母鸡INHA基因进行测序,检测其多态性并分析其与产蛋性状的相关性。结果显示：在太行鸡INHA基因上共存在7个SNPs位点（C187T、T248C、G410A、A680G、T1040C、T1037C、T324C）。在C187T位点中,优势等位基因为C,与500日龄产蛋数关联分析中显示该位点的TT基因型比CC基因型产蛋数显著增高（P<0.05）。在A680G位点中,优势等位基因为A,与开产日龄、300日龄产蛋数和500日龄产蛋数关联分析显示该位点的AG基因型开产日龄显著早于AA基因型（P<0.05）,且产蛋数极显著增高（P<0.01）。两位点基因型分布均处于Hardy-Weinberg平衡状态。其余位点未发现显著关联。结果表明：INHA基因多态性对太行鸡的产蛋性状存在一定的影响,推测C187T和A680G可能是太行鸡产蛋性状的重要SNPs位点。     

鸡抗病毒Mx基因的克隆与序列分析

用干扰素诱导剂poly（I）／（C）诱导鸡胚成纤维细胞,提取细胞总RNA,采用RT—PCR方法扩增了北京白鸡Mx基因全长编码区序列。序列分析表明：该基因编码区长2118bp,编码705个氨基酸残基,其第631位为天冬酰胺,理论上推测具有抗病毒活性。通过与GenBank中已登录的7个品系鸡Mx基因进行核苷酸系统进化树分析,结果显示,北京白鸡Mx基因与WL—N品系鸡Mx基因的亲缘关系最近。北京白鸡Mx基因序列与其他动物Mx基因序列的比较结果显示,核苷酸同源性为49．5％～76．8％,氨基酸同源性为44．1％～61．6％。据此可以推断：克隆的Mx基因具有抗病毒活性的分子特征和特征性功能结构,不同种属动物Mx基因的同源性与其亲缘关系呈正相关。     

Mx基因抗性位点在12个地方鸡种中的分布及遗传结构分析

通过PCR-RFLP技术检测Mx基因S631N位点的抗性等位基因A和敏感性等位基因G在我国地方鸡种中的分布差异。结果表明：PCR-RFLP能准确检测出抗性等位基因A与敏感性等位基因G在12个地方鸡种内的突变,抗性等位基因A在所有群体内的基因频率平均为0.304,敏感性等位基因G的频率平均为0.696;12个地方鸡种群体Mx基因S631N位点的观察杂合度平均为0.657 2,Shannon信息指数平均为0.524 0。在该位点上,12个地方鸡种除仙居鸡显著偏离Hardy-Weinberg平衡（P〈0.01）外,其余11个群体均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P〉0.05）;经Ewens-Watterson中立性检验,该位点在各群体内（除白耳鸡群体外）都属于中立性选择。基于该位点等位基因频率构建的UPGMA聚类图将12个地方鸡种分为3大类,聚类结果反映了12个地方鸡种在Mx基因抗性方面存在的差异和优势。     

Mx基因抗性位点在11个不同鸡种中的分布及遗传结构分析

通过错配PCR技术检测Mx基因S631N位点的抗性等位基因A和敏感性等位基因G在11个不同鸡种中的分布差异。结果显示,错配PCR-RFLP能准确检测出抗性等位基因A与敏感性等位基因G在不同鸡种内的突变,抗性等位基因A在所有群体内的基因频率平均为0.502,敏感性等位基因G的频率平均为0.498;11个不同鸡种群体Mx基因S631N位点的观察杂合度平均为0.506 7,Shannon信息指数平均为0.562 9。在该位点上,11个鸡种,漳州斗鸡、吐鲁番斗鸡、皖南鸡、文昌鸡、如皋鸡、安卡鸡偏离了Hardy-Weinberg平衡(P<0.05)外,其余5个群体均处Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);经Ewens-Watterson中立性检验,该位点在各群体内(除如皋鸡群体外)均属于中立性选择。基于该位点等位基因频率构建的UPGMA聚类图将11个不同鸡种分为3大类,聚类结果反映了11个不同鸡种在Mx基因抗性方面存在的差异和优势。     

安卡鸡Mx基因A2032G变异位点对经济性状的效应分析

采用错配PCR-RFLP对安卡鸡Mx基因2032位点多态性进行检测,结果表明,安卡鸡Mx基因2032位点经RsaⅠ酶切后,检测到AA、AG和GG 3种基因型,基因型频率分别为0.232、0.681和0.087,抗性等位基因A的频率为0.572。χ2适合性检验结果表明,安卡鸡Mx基因在RsaⅠ酶切位点上等位基因的分布显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态。分析这3种基因型与安卡鸡一些经济性状间的关联性,结果表明,抗性纯合子AA基因型的个体各阶段体重、体尺、主要屠宰性状及常规肉质与AG和GG基因型的个体差异不显著,安卡鸡Mx基因2032位点对重要经济性状没有显著的负效应。     

安卡鸡TLR4基因外显子2多态性及其与经济性状的关联分析

研究采用PCR-SSCP对安卡鸡TLR4基因外显子2多态性进行检测,并分析其多态性对经济性状的影响。结果表明:安卡鸡TLR4基因存在AA、AB和BB 3种基因型,基因型频率分别为0.3143、0.4000和0.2857,等位基因A、B的频率分别为0.5143和0.4857。χ2适合性检验表明,安卡鸡TLR4基因外显子2等位基因的分布处于Hardy-Weinberg平衡状态。序列分析结果显示,TLR4基因外显子2的114 bp和142 bp处各有1个G/A突变,G114A为沉默突变,没有引起氨基酸改变,G142A为错义突变,氨基酸由谷氨酸转变为赖氨酸。分析这3种基因型与安卡鸡一些重要经济性状间的关联性,表明,3种基因型个体间的生长发育性状、屠宰性状以及常规肉质等重要经济指标差异不显著,安卡鸡TLR4基因外显子2对重要经济性状没有显著的影响。     

全基因组关联分析鉴定太行鸡产蛋性状功能基因

鸡蛋是人类重要的蛋白质来源,产蛋性状是鸡重要的经济性状,鉴定鸡产蛋性状相关的重要功能位点对于蛋鸡育种意义重大。本研究采集了1 100只太行鸡样本,记录其产蛋数和开产日龄2个表型,使用目前在农业动物中广泛应用的低深度重测序技术对全部样本进行基因分型。本研究共鉴定到覆盖全基因组的680万个单核苷酸多态性位点。针对产蛋数性状和开产日龄性状分别进行方差组分估计和全基因组关联分析,遗传力估计结果显示2个性状的遗传力均较低,其中开产日龄估计遗传力为0.155,产蛋数估计遗传力为0.102。在全基因组关联分析中发现了影响开产日龄的4个候选主效基因CPD、ENSGALG00000007646、ENSGALG00000007656和CDX4,以及16个SNP标记。通过功能富集分析鉴定到了细胞黏附和细胞膜相关通路、质膜钙信号通路以及磷脂酰肌醇信号通路等在产蛋数性状中发挥的重要作用。本研究为太行鸡产蛋相关性状选育提供了重要的分子标记,为下一步的保种育种工作奠定了基础。     

MC4R基因表达及其与鸡屠宰性状的相关分析

根据鸡MC4R mRNA和看家基因β-actin mRNA序列,分别设计1对引物,以半定量RT-PCR法研究不同品种鸡肾上腺中MC4R基因mRNA表达水平,并分析了其与屠宰性状间的相关关系。结果表明,京海黄鸡公鸡MC4R基因在肾上腺中的表达水平显著高于尤溪麻鸡公鸡(P<0.05);京海黄鸡公鸡的胴体重、胸肌重、腿肌重与MC4R基因在肾上腺中表达水平存在极显著相关(P<0.01);尤溪麻鸡公鸡的胴体重与MC4R基因在肾上腺中表达水平存在极显著相关(P<0.01),胸肌重、腿肌重与MC4R基因在肾上腺中表达水平存在显著相关(P<0.05)。     

MC4R基因表达及其与鸡屠宰性状的相关分析

根据鸡MC4R mRNA和看家基因β-actin mRNA序列,分别设计1对引物,以半定量RT-PCR法研究不同品种鸡肾上腺中MC4R基因mRNA表达水平,并分析了其与屠宰性状间的相关关系。结果表明,京海黄鸡公鸡MC4R基因在肾上腺中的表达水平显著高于尤溪麻鸡公鸡（P＜0.05）;京海黄鸡公鸡的胴体重、胸肌重、腿肌重与MC4R基因在肾上腺中表达水平存在极显著相关（P＜0.01）;尤溪麻鸡公鸡的胴体重与MC4R基因在肾上腺中表达水平存在极显著相关（P＜0.01）,胸肌重、腿肌重与MC4R基因在肾上腺中表达水平存在显著相关（P＜0.05）。     

太行鸡CYP19A1基因克隆及生物信息学分析

试验旨在克隆蛋鸡CYP19A1基因,对其遗传结构进行生物信息学分析并探究其在太行鸡不同组织中及不同产蛋量个体中的表达情况。以河北省太行鸡为研究对象,通过设计引物对CYP19A1基因CDS区进行克隆测序,运用生物信息学软件对其功能结构进行预测。结果显示,CYP19A1基因含有一个1 509 bp的开放阅读框（ORF）,编码502个氨基酸。同源性比对和系统发生树分析结果表明,太行鸡CYP19A1基因与鸭的同源性较高（90.7%）,并且在不同物种间高度保守。对CYP19A1蛋白理化性质进行预测分析发现,该蛋白为亲水蛋白,蛋白分子式为C₂₆₀₂H₄₁₀₃N₆₇₅O₇₁₉S₃₆,分子质量为57.51 ku,理论等电点为5.99,其中含量最高的是亮氨酸（为14.0%）。蛋白质二级结构由α-螺旋、延伸链、β-折叠及无规则卷曲4种结构组成,所占比例分别为58.95%、2.18%、3.93%和34.93%。组织表达谱分析发现,CYP19A1基因在不同组织中均有表达,但其在卵巢中表达量最高。实时荧光定量PCR结果显示,CYP19A1基因在太行鸡高产组卵巢中的表达量显著高于低产组（P<0.05）。上述结果为研究太行鸡CYP19A1基因提供了重要的研究数据,为进一步挖掘太行鸡高产基因提供了参考。     

雪山鸡生长性状与部分免疫指标的相关性研究

为探讨优质鸡生长性状与部分免疫指标的相关性,以13周龄雪山鸡为研究对象,按体重大小分别将公、母鸡分为大、中、小3个组,公鸡：大体重（≥1 300 g）,中体重（1 100~1 300 g）,小体重（≤1 100 g）。母鸡：大体重（≥1 200 g）,中体重（1 000~1 200 g）,小体重（≤1 000 g））。测定每组鸡的体重、体尺性状（胫围、胫长）和部分免疫指标（血清IL-1β浓度、IgM和IgG含量以及α-干扰素）,并对体重、体尺与免疫指标的相关性进行分析。结果表明,13周龄雪山鸡体重与胫长、胫围存在显著正相关（P<0.05）;除13周龄母鸡小体重和中体重组IgM水平差异不显著外,不同体重组之间免疫指标差异均显著（P<0.05）,且公鸡和母鸡趋势一致。大体重组鸡血清中α-干扰素、IgM、IgG的浓度显著低于中体重和小体重组（P<0.05）;而IL-1β浓度显著高于中体重和小体重组（P<0.05）。公鸡中除炎性因子IL-1β外,体重与免疫指标均呈显著负相关（P<0.05）,相关系数介于-0.271~-0.248;母鸡体重与IgM和α-干扰素呈显著负相关（P<0.05）,但是体尺与免疫指标的关联性不显著。在体重和体尺之间,表现出显著正相关（P<0.05）;在免疫指标之间,也存在显著正相关,尤其是细胞免疫和体液免疫指标之间相关系数较高。研究结果表明,雪山鸡生长性状对免疫性能有显著影响,体重与免疫指标存在颉颃关系。     

山东地方鸡种屠宰及体尺性状的比较分析

本试验随机选取相同环境条件下饲养的170日龄汶上芦花鸡、济宁百日鸡和莱芜黑鸡各30只,测定其屠宰性能和体尺性状,并进行品种间的比较分析。结果表明,170日龄的活体重济宁百日鸡为1532.03 g,莱芜黑鸡为1431.20 g,汶上芦花鸡为1369.83 g;莱芜黑鸡的屠体率、半净膛率、全净膛率和腿比率值均为最高,且与其他品种间存在显著（P＜0.05）或极显著（P＜0.01）差异;3个地方鸡种的肌肉pH在宰后15 min至宰后24 h内均呈下降趋势,各时期pH均符合正常肌肉要求范围。肌内脂肪含量以济宁百日鸡最高,剪切力和肌内脂肪含量均以汶上芦花鸡最低;各品种的体型特征比较接近,胫围和髋骨宽以汶上芦花鸡最小,莱芜黑鸡最大。     

优质鸡肌内脂肪(IMF)和肌苷酸(IMP)含量与屠宰及肉质性状的相关分析

选取92日龄不同优质新品系鸡50只,分析了肌内脂肪(IMF)和肌苷酸(IMP)含量与屠宰性状和肉质性状的相关性。结果显示:肌内脂肪(IMF)含量与腹脂率的相关系数最高(r=0.3234,P=0.0220),与腿肌率的相关系数达到了显著水平(P<0.05);肌苷酸(IMP)含量与胸肌率的相关系数最高(r=0.3604,P=0.0102)。总体上肌内脂肪(IMF)和肌苷酸(IMP)含量与肉质性状的表型相关较弱,其中肌内脂肪(IMF)含量与水分呈显著水平的表型负相关(P<0.05),肌苷酸(IMP)含量与水分呈显著水平的表型正相关(P<0.05),与pH值的相关系数也达到了显著水平(P<0.05)。