百宜黑鸡PRLR基因多态性对产蛋性能的影响

以催乳素受体(PRLR)基因作为候选基因,对95羽相同饲养管理水平的百宜黑鸡PRLR基因外显子3和外显子6序列进行PCR扩增,采用PCR扩增产物直接测序方法对该基因的SNP位点进行筛选,同时对不同基因型与产蛋性能进行关联分析。结果表明,在百宜黑鸡PRLR基因的序列中只发现1个SNP位点,位于第3外显子36 bp位置发生了C/T突变,将该突变位点所对应的纯合子和杂合子分别定义为CC型和CT型,其中CC型为优势基因型个体,等位基因C为优势等位基因,该基因座不处于Hardy-Weinberg平衡状态,遗传参数分析发现该位点属于低度多态;36C/T位点与百宜黑鸡产蛋性能关联分析结果表明,任何一种基因型与产蛋性能间均不显著(P 0. 05)。     

大围山微型鸡、云龙矮脚鸡和拉伯高脚鸡mtDNA D-loop遗传多样性分析

大围山微型鸡、云龙矮脚鸡和拉伯高脚鸡是近年在云南发现的地方鸡遗传资源,具有优良的种质特性,为了阐明其群体遗传背景,采用mtDNA D-loop区序列为遗传标记,对采自3个地方鸡的共257个样品进行了检测分析。结果表明:大围山微型鸡、云龙矮脚鸡和拉伯高脚鸡的单倍型多样度分别为0.083±0.018、0.851±0.029和0.784±0.039;核苷酸多样度分别为0.014 67±0.000 45、0.013 42±0.000 80、0.011 66±0.001 55;群体内遗传距离分别为0.014±0.003、0.014±0.003、0.012±0.003。中介网络分析显示:本研究检测的257个样品分布在A、B、C、D、E、F和G等7个世系中,其中大围山微型鸡包含A、B、C、D、E、F和G等7个世系,B、D世系为其主要世系;云龙矮脚鸡包含A、B、C、E、F和G等6个世系,E世系为其主要世系;拉伯高脚鸡包含A、B、E和G等4个世系,G世系为其主要世系。AMOVA分析表明:3个群体间遗传分化指数(Fst)分别为0.120 84、0.239 46、0.263 68(P0.01),群体内遗传变异占80.61%,群体间变异为19.39%(P0.01)。本研究结果揭示3个地方鸡群体遗传多样性较丰富,都含有多个母系血统,支持家鸡多个母系起源的观点,但它们之间存在较大的遗传分化。     

兴义矮脚鸡生长激素受体基因内含子2的多态性

为合理利用兴义矮脚鸡的遗传资源,利用PCR-RFLP技术对兴义矮脚鸡生长激素受体(GHR)基因内含子2的多态性进行了研究。结果表明,兴义矮脚鸡GHR基因内含子2 Hind-Ⅲ位点表现出多态性,具有B、C 2个等位基因。公鸡中检测到BB、CC和BC 3种基因型,在母鸡群中仅检测到BB、CC 2种基因型,未检测到杂合型BC。     

不同龄期百宜黑鸡与黑化鸡的生长发育规律

为确定百宜黑鸡的种质特性,弄清百宜黑鸡与黑化鸡的生长发育规律,了解百宜黑鸡黑羽遗传资源的特点,进行了百宜黑鸡与当地有色地方鸡种的正反交黑羽黑化试验.结果表明:经过3个世代选育后,百宜黑鸡与当地有色地方鸡种交配的F1代黑化鸡具有杂交生长优势;LL组合在第4周生长强度最大;8周时,LL组合骨骼生长慢于LE组合和EL组合.     

兴义矮脚鸡和矮脚黄鸡屠宰性能及肌肉品质比较

对兴义矮脚鸡和矮脚黄鸡的屠宰性能、肌肉品质、肌肉氨基酸含量、组织学性状进行测定比较,结果表明,兴义矮脚鸡和矮脚黄鸡的屠宰率分别为87.21%、88.30%,胸腿肌率分别为40.48%、42.32%,半净膛率分别为78.41%、78.35%,全净膛率分别为59.69%、60.40%,矮脚黄鸡均高于兴义矮脚鸡,但差异不显著(P>0.05).pH值、肉色、大理石纹、熟肉率、96 h贮存损失、粗脂肪含量、干物质含量(腿)等两鸡种差异均不显著,但兴义矮脚鸡的皮脂厚、肌肉的48 h贮存损失、剪切力、干物质含量(胸)等指标都显著优于矮脚黄鸡(P<0.05).兴义矮脚鸡的肌肉氨基酸除苏氨酸外的必需氨基酸及风味氨基酸-谷氨酸含量皆高于矮脚黄鸡,但差异不显著(P>0.05).兴义矮脚鸡的肌纤维直径(胸)极显著地低于矮脚黄鸡的肌纤维直径(胸)(P<0.01).综合研究结果表明,兴义矮脚鸡的肉质性状及风味优于矮脚黄鸡,而屠体性状则为矮脚黄鸡优于兴义矮脚鸡.     

静宁鸡肌肉生长抑制素基因单核苷酸多态性筛查及生物信息学分析

为了在静宁鸡群体中筛选出肌肉生长抑制素基因(myostatin, MSTN)突变个体,通过若干世代选育而培育出产肉率较高的优良家禽品种,以第5世代静宁鸡为试验对象构建DNA混合池,通过分段扩增获得静宁鸡MSTN基因编码序列,并对其进行单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)筛查和生物信息学分析。结果表明:静宁鸡MSTN基因编码区全长1 128 bp,编码375个氨基酸,该蛋白为亲水性蛋白;编码区共筛查到4个SNPs,分别为exon1-c.60GA、exon1-c.195CG、exon1-c.234GA、exon3-c.966GT,均为同义突变;核苷酸突变后mRNA二级结构和自由能的改变导致其结构稳定性发生改变;蛋白质二、三级结构的主要元件为无规则卷曲,延伸链、α-螺旋和β-转角则散布于整个蛋白质结构中。综上表明,静宁鸡MSTN基因具有较高的突变性,为静宁鸡生长性状的标记辅助选择提供了分子基础。     

赤水乌骨鸡TYR基因多态性及生物信息学分析

[目的]找出赤水乌骨鸡和泰和乌鸡TYR基因外显子的多态位点(SNP),为后期利用分子遗传学技术选育乌度更深的赤水乌骨鸡提供参考依据.[方法]采用DNA混池结合PCR产物直接测序法,分析赤水乌骨鸡和泰和乌鸡TYR基因外显子的SNP位点,并对筛选出的SNP位点进行生物信息学分析.[结果]在泰和乌鸡中发现4个SNPs位点,分别为Exonl-C829T、Exon1-C921T、Intron 1-A 1018G和Intron2-T79A,其中,Exon1-C829T和Exon1-C921T为同义突变;在赤水乌骨鸡中发现5个SNPs位点,分别为Intron1-G156A、Intron2-T7C、Intron4-G201A、Intron4-C221T和Exon5-A205G(非编码区).利用在线生物信息学分析软件对TYR基因突变前后编码区序列的mRNA二级结构进行预测分析,结果发现赤水乌骨鸡的mRNA二级结构未发生变化,而泰和乌鸡Exon1-C829T和Exon1-C921T的突变均引起mRNA二级结构改变,使得TYR基因mRNA二级结构最小自由能减小,即二级结构稳定性增加.赤水乌骨鸡TYR蛋白二级结构由α-螺旋、无规则卷曲、β-转角及扩展链组成,分别占26.65%、55.31%、3.41%和14.63%.[结论]Exon1-C921T突变可能会对鸡的肉色产生影响,故推测Exon1-C921T是影响赤水乌骨鸡和泰和乌鸡乌度差异的原因之一.     

山羊GH基因5′侧翼序列多态及生物信息学分析

试验采用PCR-SSCP方法,分析了黄淮山羊、长江三角洲白山羊以及波尔山羊168只个体GH基因5''侧翼区两个位点的遗传多态性,同时分析了三个群体是否为平衡群体.结果如下在GH基因的两个位点上均发现了多态性,其中第1对引物出现6种基因型,存在2处突变;第2对引物出现3种基因型,存在3处突变.群体分析表明,第1个位点三个群体都处于非平衡状态,说明该位点有经过人工选择的可能;而第2个位点三个群体则都处于平衡状态.进一步利用生物信息学软件分析GH基因的5''侧翼序列,发现在其多态位点处存在IA-1、PIT-1、Gsh-2、C/EBP等多个分值较高的转录因子结合位点,其中264位T→C的突变导致PIT-1和Gsh-2结合位点的消失,至于这些位点是否会影响到GH基因的表达,进而影响到山羊个体的生长发育还需作进一步的研究.     

牦牛GH基因多态性的PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP技术对天祝白牦牛和青海高原牦牛的生长激素基因(GH基因)5个外显子及部分内含子序列进行遗传变异分析,以探讨牦牛GH基因的遗传特性.结果表明:2个牦牛群体GH基因第1、第2和第4外显子无多态性,第3内含子1694bp处均发生T→C转换,形成A、B2个等位基因,并检测到AA、AB和BB共3种基因型;天祝白牦牛第5外显子2373bp处发生G→T碱基颠换,形成C、D2个等位基因,检测到CC和CD2种基因型,但碱基改变并未引起氨基酸变化,因此这种碱基转换为沉默突变;天祝白牦牛和青海高原牦牛均为低度多态,经Hardy-Weinberg平衡检验2个牦牛群体均处于非平衡状态.     

鸡GH和POU1F1基因多态性及基因聚合对产蛋数的影响

以GH和POU1F1作为影响鸡繁殖性状的候选基因,采用PCR-SSCP方法,检测白耳鸡GH外显子4和POU1F1外显子3区域的单核苷酸多态性,并利用最小二乘法分析GH、POU1F1单基因型和两基因聚合基因型与72周龄产蛋数的关联.结果表明,GH基因exon4(C2338G\C2341T)的突变和POU1F1基因exon3的突变(A5331T)基因型CC与白耳鸡的72周龄产蛋数显著相关(P0.05),基因型AA、CC对产蛋数的加性效应分别为3.80和3.57.聚合基因型AACC个体72周龄产蛋数(除基因型ABCC外)与对照组差异显著(P0.05).两基因间的互作效应不显著(P0.05).扩繁F1代聚合基因型AACC个体72周龄产蛋数与前一世代相当.     

鸡IHH基因生物信息学及组织特异性表达分析

为分析鸡印度刺猬因子(Indian hedgehog，IHH)基因生物信息学及IHH基因在不同组织中特异性表达规律，选取体重相近、健康强健的6只鸡，借助生物信息学手段，对IHH基因结构、启动子和CpG岛进行分析，并通过实时荧光定量PCR检测IHH基因在鸡心、肝、脾、肺、肾、软骨、下丘脑、胸肌、十二指肠和胸腺组织中的特异性表达规律，同时对IHH蛋白进行相似性比较，并利用生物信息学分析IHH蛋白的理化和结构特性。结果表明，1)鸡IHH基因开放阅读框长度为1 227 bp，可编码408个氨基酸，具有3个外显子、4个核心启动子区和1个CpG岛。2)成功扩增IHH基因，IHH基因在鸡各组织中均有不同水平的mRNA表达，在软骨组织中相对表达量最高，在心、脾和胸腺组织中的表达量相对较低。3)鸡IHH蛋白在禽类中保守性较高，IHH蛋白大小为44.829 36 ku，属于偏碱性蛋白，具有1个跨膜端和1个信号肽；IHH蛋白二级结构中无规则卷曲的比例最高(44.12%)，只含有1个 HH-Signal功能域，内含大部分丝氨酸磷酸化位点，该蛋白还有14个苏氨酸磷酸化位点和5个酪氨酸磷酸化位点，鸡IHH蛋白存在1处N型糖基化位点和6处O型糖基化位点。综上，鸡IHH基因有3个外显子，有多个启动子区，在软骨组织中极显著高表达，鸡IHH蛋白是具有偏碱性、强热稳性和低亲水性的分泌型蛋白，IHH氨基酸序列在物种进化过程中比较保守，本研究为深入研究鸡IHH基因对软骨发育的调控作用提供依据。     

猪CAST基因多态性与生物信息学分析

本研究旨在检测巴克夏猪、霍寿黑猪及其杂交F1代CAST基因多态性,并利用生物信息学分析碱基变异对mRNA二级结构以及CASTⅢ型蛋白的影响.结果表明,巴克夏猪、霍寿黑猪、巴克夏猪×霍寿黑猪都存在AA、AC和CC基因型,等位基因A的频率都高于等位基因C.该突变在3个猪群中均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0...     

鸡DLK1基因的生物信息学分析

DLK1基因是哺乳动物的一个印记基因,DLK1蛋白促进哺乳动物肌肉的生长发育,但抑制脂肪的生长发育。禽类不存在基因组印记现象,目前禽类DLK1基因的功能和调控机制还不清楚。本研究针对鸡等13种动物的DLK1蛋白进行了多序列比较分析、分子进化分析及糖基化分析,同时还比较了人、鼠及鸡的DLK1基因结构、基因同线性、启动子结...     

普定高脚鸡资源现状分析

概述了普定高脚鸡的产地情况、品种特性,对其资源发展现状进行分析,以期保存与发展普地高脚鸡种质资源。     

江口萝卜猪STAT3基因多态性及生物信息学分析

【目的】明确碱基突变对江口萝卜猪STAT3基因mRNA二级结构及其编码蛋白二、三级结构的影响,为更好地开发利用江口萝卜猪种质资源打下基础。【方法】利用江口萝卜猪血样提取基因组DNA构建DNA池,采用混合DNA池结合PCR产物直接测序的方法对STAT3基因进行多态性分析,筛选出SNP多态位点及估算等位基因频率,并进行生物信息学分析。【结果】从江口萝卜猪血样中扩增获得STAT3基因的24个外显子,并筛选出7个SNPs位点,分别是:Exon2-A~(19)C、Exon2-G~(20)C、Exon2-G~(74)A、Exon4-T~(81)A、Exon5-G~(57)A、Exon5-C~(64)A和Exon22-C~(43)A。其中,Exon2-G~(74)A、Exon4-T~(81)A和Exon5-G~(57)A为同义突变,不改变其编码氨基酸序列;Exon2-A~(19)C、Exon2-G~(20)C、Exon5-C~(64)A和Exon22-C~(43)A为错义突变,会导致其编码氨基酸发生改变。Exon22-C~(43)A突变后致使最小自由能降低为-755.90 kcal/mol,结构稳定性增强;Exon2-A~(19)C、Exon5-G~(57)A和Exon5-C~(64)A突变均促使最小自由能增加,分别为-754.00、-753.40和-752.60 kcal/mol,且导致m RNA二级结构改变,结构稳定性降低,其中Exon5-G~(57)A突变导致mRNA二级结构完全改变。Exon2-A~(19)C、Exon2-G~(20)C、Exon5-C~(64)A和Exon22-C~(43)A突变均可导致编码蛋白二、三级结构的改变,具体表现为α-螺旋增加、β-折叠减少,而无规则卷曲除Exon2-A~(19)C突变呈增加趋势外,其他突变均呈减少趋势。其中,Exon2-G~(20)C突变对蛋白二级结构影响最大,而Exon2-A~(19)C突变的影响最小。【结论】从江口萝卜猪STAT3基因的24个外显子上检测出7个SNPs位点,其中Exon2-A~(19)C、Exon2-G~(20)C、Exon5-C~(64)A和Exon22-C~(43)A 4个为错义突变,除了造成编码氨基酸改变外,还导致mRNA及编码蛋白二、三级结构的改变,进而可能对STAT3蛋白的功能造成影响。     

甘南牦牛H-FABP基因CDS区多态性及生物信息学分析

应用PCR产物混合样本DNA池法检测甘南牦牛心脏型脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因CDS区多态性,并应用生物信息学方法分析甘南牦牛H-FABP蛋白质特性.结果表明:甘南牦牛H-FABP基因CDS区序列与九龙牦牛相同,而与普通牛对比在第3外显子存在*76G>A的同义突变;甘南牦牛H-FABP氨基酸序列没有明显的疏水性区域,也未形成跨膜螺旋区及信号肽,推测其主要在细胞质中发挥生物学作用;甘南牦牛H-FABP基因编码产物二级结构是以α-螺旋和β-折叠为主的mixed型;氨基酸序列与普通牛、山羊、马、人、小鼠、大鼠、鸡、草雀及绿鸭9个物种间同源性较高,与其实际亲缘关系远近一致.     

贵州黑山羊BMP15基因多态性及生物信息学分析

为探究BMP15在贵州黑山羊上的基因多态性,本研究以102只贵州黑山羊为试验对象,采用PCR产物直接测序技术对贵州黑山羊BMP15基因进行SNP多态位点检测。检测结果表明,BMP15存在1个SNP位点在第二外显子6 260 bp处发生C→G突变,通过对其生物信息学分析发现,BMP15基因的等位基因频率、mRNA二级结构、蛋白质二级结构和三级结构预测在突变前后均有差异,翻译的蛋白质为亲水性的具有跨膜结构的不稳定性蛋白。本研究发现的BMP15基因在第二外显子上的突变,可为今后与性状相关联研究提供理论依据。     

泸宁鸡MyoD基因的克隆及生物信息学分析

为了研究MyoD基因在鸡生长发育与肉质形成中的作用,以泸宁鸡为研究对象,采用RT-PCR技术克隆MyoD基因序列,并利用生物信息学的方法,对其氨基酸同源性、理化性质等进行分析和预测。结果表明:泸宁鸡MyoD基因序列长度为988 bp,其编码的蛋白含299个氨基酸残基,具有碱性螺旋-环-螺旋结构(b HLH);根据MyoD基因比对,构建的进化树显示泸宁鸡与人等哺乳动物的同源性为63%~67%,与原鸡、绿头鸭、游隼的同源性为94%~99%。     

鸡干扰素基因刺激因子cDNA克隆及生物信息学分析

试验旨在利用RT-PCR方法扩增鸡干扰素基因刺激因子CDs区,回收产物转化DH5α感受态细胞后提取质粒送测序,并根据测序结果对其进行生物信息学预测分析。结果显示鸡干扰素基因刺激因子基因CDs区为1140bp,编码379个氨基酸。同源性比对和系统进化分析显示,鸡干扰素基因刺激因子基因与环颈雉、火鸡、盔珠鸡等禽类同源性较高。生物信息学分析结果表明干扰素基因刺激因子蛋白理论分子量为42.6kD,平均亲水指数为-0.041,无信号肽,存在1个跨膜区;干扰素基因刺激因子蛋白主要定位于内质网。α-螺旋(54.62%)是主要的二级结构。该研究成功克隆了鸡干扰素基因刺激因子基因CDs区,并利用生物信息学软件对其进行了生物信息学分析预测,试验结果为进一步探讨鸡干扰素基因刺激因子在先天免疫中的生物学功能及抗病毒作用的分子机制提供了理论依据。     

百宜黑羽鸡外貌特征及生长发育研究

从选育中的1,2世代百宜黑羽鸡的外貌特征、生长性能两个方面对百宜黑羽鸡的部分特征特性进行了研究,结果表明:百宜黑羽鸡具有全黑羽带墨绿色(脚、胫、喙、耳毛为黑色),体形中等,肤白色。2周龄时公母均出现日增重率先升后降,分别由0.048%和0.48%上升到41.72%和37.79%,接着又下降到5.69%和5.06%。百宜母鸡的生长曲线从10周龄开始与公鸡的生长曲线分离,17周龄后母鸡的生长速度明显慢于公鸡。