桉树人工林根际土壤DNA提取的优化

通过优化土壤微生物总DNA的提取方法,获得高纯度、高得率和完整性好的总DNA,为桉树种植地土壤微生物群落多样性的分析奠定基础。综合比较已报道的土壤微生物DNA提取方法的优缺点,设计了7种从巨桉(Eucalyptus grandis Hill ex Maiden)人工林根际土壤中直接提取微生物DNA的方法,并通过PCR扩增、DGGE电泳及荧光定量PCR分析比较了不同方法所提取DNA的质量以及对后期分子生物学研究的适用性。结果表明,使用PVPP和硫酸铝铵联用吸附腐殖酸杂质后,采用PEG 8 000沉淀能够有效地提取桉树根际土壤DNA。该方法提取的DNA纯度最高,OD260 nm/OD230 nm达到2.45,OD260 nm/OD280 nm达到1.78,DNA得率为5.56μg/g土壤,适用于PCR扩增和荧光定量分析,并且通过DGGE电泳分离出最丰富的条带,是一种高效的提取土壤微生物DNA方法。     

不同土壤微生物DNA提取方法比较

用4种土壤微生物DNA提取方法提取了3种类型土壤的微生物总DNA,利用分光光度法测定4种DNA的OD260、OD280,并计算和分析DNA提取物的产率和纯度.研究发现：方法4即改良的DNA提取方法,无论是提取DNA的产率,还是提取DNA的纯度,都较其他3种方法高,说明改良的DNA提取方法能够准确有效地提取3种类型土壤的微生物DNA.     

一种高效提取高海拔地区土壤微生物总DNA的方法

为优质、高效地提取高海拔地区土壤微生物基因组DNA,在综合了多种土壤微生物DNA提取方法的基础上,采用双酶-改良酚氯仿DNA提取法提取了3份高海拔地区土壤样品的DNA,同时比较了其他3种常用方法的提取产率和纯度,该方法优于其他3种方法。采用PVP缓冲液预洗,去除腐殖酸;DNA提取液、溶菌酶和蛋白质酶K共同裂解土壤微生物细胞,保证获得大片段的DNA,提高DNA产率;酚氯仿法抽提,简便易操作,能有效地去除蛋白质和其他杂质。该方法是一种简便高效、适用于高海拔、生境类型复杂的土壤样品DNA提取的方法,DNA质量可满足PCR扩增的要求。     

5种提取三七基因组DNA方法的比较

用高盐低pH值法、尿素法、CTAB(十六烷基三甲基溴化铵)法、SDS(十二烷基磺酸钠)法、PVP(聚乙烯吡咯烷酮)法提取一年生三七叶的基因组DNA,用紫外分光光度法测定提取的DNA浓度,用琼脂糖凝胶电泳法测定提取的DNA质量。结果表明:用CTAB法提取的基因组DNA含量、得率最高,分别为41.434 3~43.233 6μg/mL、114.829 5~127.282 4μg/g,且D260 nm/D280 nm均在标准值范围内,D260 nm/D230 nm小于1.9,有RNA污染;SDS法、PVP法、尿素法也可以提取基因组DNA,但含量较低;高盐低pH值法提取的DNA浓度最低,电泳图基本看不到明显条带。将这5种方法进行对比,最终确定CTAB法为三七基因组DNA的最佳提取方法。     

樟树干叶DNA提取方法的研究

利用硅胶干燥的樟树幼叶为材料,用改良的CTAB法进行DNA提取实验,并以樟树新鲜嫩叶为对比。结果表明,加入质量分数为3%可溶性PVP粉与材料充分研磨,在提取缓冲液中加入体积分数为2%的β-巯基乙醇,能有效地去除材料中的多酚类物质;用氯仿/异戊醇(24∶1)提取裂解液2次所获得的上清,加入1/20体积5 mol/L的NaC l,并用无水乙醇沉淀DNA,可以有效地去除多糖的干扰,所提取的DNA产率和纯度均较高。尽管干叶提取的DNA的平均产率(373 ug/g)和纯度(A260/A280比值为1.54~1.92)比鲜叶提取的DNA的平均产率(467 ug/g)和纯度(A260/A280比值为1.6~1.9)略低,但两者的RAPD-PCR扩增的条带都清晰、稳定、明亮,完整性好。     

商洛野生蕙兰基因组DNA提取方法的比较

为探讨野生蕙兰基因组DNA最佳提取方法,本研究以商洛野生蕙兰幼嫩叶片为材料,采用SDS、CTAB、高盐CTAB法提取商洛野生蕙兰的基因组DNA,并通过琼脂糖凝胶电泳对所提取DNA进行完整性检测,用紫外分光光度法对DNA进行纯度、浓度和提取率检测。结果表明,3种方法所提DNA的浓度分别为2 223,2 980和3 371μg·mL-1,提取率分别为222.3,298.0和337.1μg·g-1,D260/D280分别为1.583,1.672和1.967,高盐CTAB所提取DNA的D260/D280比值1.8～2.0,浓度、纯度及提取率均最高,电泳条带清晰,由此初步确定3种方法中高盐CTAB法为商洛野生蕙兰基因组DNA最佳提取方法。     

Trizol法提取普通小球藻总基因组DNA

Trizol法主要应用于动植物RNA提取,由于其在提取RNA的过程中将DNA有效分离到有机相中,并且在有机相中DNA未被降解,因此本研究采用Trizol法提取具有细胞壁的普通小球藻的基因组DNA,发现提取得到的DNA纯度和产率高,且DNA完整性好。经检测:D260 nm/D280 nm=1.86,平均得率为977μg/g鲜质量;琼脂糖电泳检测其条带清晰,未发生降解。该方法具有简单快速获得高纯度和高产率的小球藻基因组DNA的优点。     

盐芥根际土壤微生物DNA提取方法的比较

目的:实验通过采集黄河三角洲地区耐盐植物盐芥的根际土壤,采用Martin法、SDS法、高盐改进法3种方法提取根际土壤的总DNA,测定提取的纯度和浓度。方法:对以上3种方法进行改进后,获得了较高的DNA质量和提取率。结果:采用SDS加蛋白酶K和溶菌酶的方法,提取总DNA的浓度为145.3μg/g,A260/A280为1.82;在高盐改进法中将样品反复冻融5次,提取总DNA的浓度为141.3μg/g,A260/A280为1.81。优化后的提取方法均得到了纯度较高的DNA样品,本实验为后续微生物多样性的研究提供了基础。     

利用改良CTAB法提取卷丹百合鳞叶基因组DNA

为了获得高质量卷丹百合鳞叶基因组DNA,在传统CTAB法的基础上进行了改良和优化,筛选出较理想的DNA提取方法.结果表明:用改良CTAB法提取的卷丹百合鳞叶基因组DNA电泳条带清晰,无降解现象,D260 nm/D280 nm为1.6 ～1.9,用于ISSR-PCR扩增时其稳定性和可重复性都很好,说明DNA纯度和产率完全满足PCR扩增分析的要求.     

火龙果根际土壤微生物2种DNA提取方法的比较

为获得高质量的火龙果根际土壤微生物总DNA,比较了CTAB-SDS法和SDS法的提取效果,结果表明:2种提取方法均获得约23.1 kb的DNA片段。其中,CTAB-SDS法获得的DNA提取上清液颜色为淡黄色,提取总DNA的量为7.4～7.7 mg·kg~(-1),OD_(260/280)值在1.81～1.95之间,OD_(260/230)值在1.26～2.03之间, DNA平均质量浓度为0.51 g·L~(-1)。SDS法获得的DNA提取上清液颜色为深棕黄色,提取总DNA的量为3.5～4.15 mg·kg~(-1),OD_(260/280)值在1.52～1.68之间,OD_(260/230)值在1.35～1.53之间,DNA平均质量浓度为0.075 g·L~(-1)。可见,CTAB-SDS法提取DNA的片段较完整,纯度较高,可直接用于后续实验操作,更适用于火龙果根系土壤微生物总DNA的提取。     

一种改良的旱地土壤微生物DNA提取方法

为了寻求一种快速、简便、经济且高效的旱地土壤微生物DNA提取方法,在QIN等的稻田土壤DNA提取方法基础上,进行改良试验:(1)称0.3 g干土加入300μL无菌水,于-80℃过夜;(2)研究加入CTAB和SDS的最适配比,CTAB、SDS的总体积为500μL,并设置加玻璃珠和不加玻璃珠试验,最后将改良方法与试剂盒法进行土壤微生物DNA提取效果对比分析。结果表明,将称取的0.3 g干土中加入300μL无菌水于-80℃过夜,并调整CTAB与SDS的体积配比为100∶400,所提取的红壤旱地土微生物DNA含量最高达到6.29μg/g(略低于试剂盒法的7.46μg/g),纯度较试剂盒法高,PCR扩增效果良好,此法相对于试剂盒提取法更经济、高效。因此,该改良QIN法适合于红壤旱地土壤微生物DNA的提取。     

优化醋酸钾(KAC)法提取蚜虫基因组DNA

[目的]探索一种简便、有效的单头蚜虫基因组DNA提取方法。[方法]以从不同地区采集的桃蚜为试材,采用改进的KAC法和优化的KAC法提取单头桃蚜的基因组DNA,用紫外分光光度计测定所提DNA的浓度（以OD260/280表示）,用0.8%琼脂糖凝胶电泳检测所提DNA的纯度,比较2种方法的提取效果;对优化KAC法所提DNA进行PCR扩增和电泳检测。[结果]优化KAC法提取的单头蚜虫基因组DNA的OD260/280为1.6-1.9,浓度为20-50 ng/g;改进KAC法提取的单头蚜虫基因组DNA的OD260/280为1.4-1.7,浓度为8-25 ng/g;来自同一地方桃蚜的基因组DNA PCR扩增产物的电泳条带基本相同。[结论]优化改进的KAC法提取的桃蚜基因组DNA浓度和纯度均较高。     

苹果黑星病菌DNA提取方法研究

采用CTAB法、SDS法、Parker法及改进的SDS法提取苹果黑星病菌的DNA,经紫外分光光度计测定,改进SDS法提取的DNA得率较其他3种方法高,约为Parker法的2倍。改进SDS法提取的DNAA260nm/A280nm值为1.700～1.900,DNA纯度较高,而其他3种方法提取的DNAA260nm/A280nm值均高于1.900,DNA中所含RNA的量较高。4种方法提取的DNA在230nm波长处的吸收值分别为0.658,0.257,0.926和0.208,说明DNA不同程度地被酚类物质所污染,但改进的SDS法提取的DNA受污染程度最小。     

一种高质量天门冬基因组DNA提取方法

针对天门冬[Asparagus cochinchinensis(Lour.)Merr.]成熟叶片富含多糖、多酚、蛋白质及其他次生代谢物质的特点,采用改良CTAB法对其基因组总DNA进行提取,并对DNA进行质量检测。结果表明,改良CTAB法可从天门冬成熟叶片中获得纯度高、完整性好的总DNA,其OD260 nm/OD280 nm为1.86,OD260 nm/OD230 nm为2.36,浓度为390μg/mL,产率达11.7μg/g,多糖、多酚和RNA杂质被去除干净,无降解现象,说明该方法提取的天门冬基因组总DNA质量较高。     

不同方法提取土壤、活性污泥中总DNA的比较研究

试验目的在于研究土壤和活性污泥的最适DNA提取方法。采用9种不同的提取方法,对所提取DNA的浓度、纯度、提取率、片段大小、16SrDNA PCR结果进行了比较,结果表明,在土壤中,液氮研磨法提取DNA最优:DNA质量浓度为800mg/L,OD260/OD280为1.7。提取率为320μg/g;在活性污泥中,液氮浸泡法提取DNA最优:DNA质量浓度为1 485mg/L,OD260/OD280为1.59,提取率为594μg/g。     

硅胶干燥旱稻叶片制备DNA样品及其RAPD反应体系的建立

进行了硅胶干燥制备DNA样品和RAPD反应体优化的研究。结果表明：①用硅胶干燥的旱稻叶片可制备出高质量的DNA样品。所提取的DNA样品的OD260／OD280（对波长260nm与280nm光线的吸光度的比值）为1.7-1.9，OD260／OD230＞2，DNA分子质量为30.6Mu左右，产率在50－170μg/g，DNA完整性较好，能够成功用于RAPD扩增。②确立旱稻最佳的PCR反应体系是50－100ng DNA模板，1.2U的Taq酶，2.5mmol/L的Mg^2 ，0.25mmol/L的dNTPs，0.5μmol/L引物，10mmol/L Tris-Cl(pH8.0），50mmol/L KC,0 .1％明胶，反应终体积20μL。     

一种高纯度提取草地土壤微生物DNA方法的建立

本文研究建立一套高效、简便的草地土壤微生物DNA的提取和纯化方法。提取的微生物总DNA片段大小在23 kb左右,纯化后的DNA产量为(7.76±1.53)μg·g-1,OD260/OD280为1.78±0.04,OD260/OD230为1.76±0.02。     

一种适宜于文库构建的土壤微生物总DNA提取方法

采用改良的方法提取2种土壤微生物总DNA,并采用透析法对提取的DNA进行纯化,与MO BIO公司PowerSoil DNA isolation Kit试剂盒法进行比较,结果表明,改良的土壤微生物总DNA提取方法提取到的DNA明显高于试剂盒提取的DNA,且A260/A280及A260/A230与试剂盒提取的相差不大,片段也较大,是一种经济方便的土壤微生物总DNA提取方法,比较适合用于构建高质量的宏基因组文库.     

百蕊草根系总RNA提取方法比较及优化

百蕊草根系富含多糖、多酚和其他次生代谢产物,用传统方法提取总RNA难以有效将这些杂质去除。以百蕊草根系为材料,比较TRIzol法、CTAB-Li Cl法、SDS/酚法及改进TRIzol法4种方法对百蕊草根系总RNA的提取效果,并以电泳检测、D260 nm/D280 nm比值测定、RT-PCR试验等对结果进行分析评价。结果表明,4种方法均能提取百蕊草根中总RNA,提取效果差异显著;改进TRIzol法提取总RNA的28S和18S条带清晰,无弥散,28S亮度比18S加倍,完整性好,无明显DNA或其他杂质污染,D260 nm/D280 nm值为1.8~2.0,D260 nm/D230 nm值大于2.0,总RNA得率仅次于TRIzol法;用改进TRIzol法提取总RNA,反转录c DNA片段大小分布在0.2~2.5 kb,可扩增出目的基因片段,提取的总RNA完全适用于后续的分子生物学研究。     

盐湖土壤微生物总DNA提取方法的比较

为了构建运城盐湖土壤微生物宏基因组文库,文章对盐湖土壤微生物总DNA的提取方法进行了比较和探索,通过改良6种植物DNA的提取方法,分别提取了盐湖土壤微生物总DNA,并采用紫外分光光度法、凝胶电泳、内切酶分析和PCR扩增法检测了各个方法所提取的DNA样品的质量。结果表明：改良后的方法3是较适合提取运城盐湖土壤微生物总DNA的方法。采用该方法所得DNA的OD260/280值为1.883,DNA浓度和得率分别为18.1 ng·μL-1和72.4 ng·g-1;DNA片段长度约为23 kb,琼脂糖凝胶电泳条带清晰,无降解;DNA能被EcoRⅠ完全酶切,并可用于PCR扩增分析。