番鸭A-FABP基因单核苷酸多态与生产性状的相关性研究

为了解A-FABP基因单核苷酸多态在番鸭群体中的分布情况,以及单核苷酸多态与生产性能的关联性,采用PCR-SSCP技术对番鸭A-FABP基因进行多态性研究,分析该基因与体重、屠宰性能、常规肉品质的相关性。结果表明:番鸭A-FABP基因上发现A-C突变,位于第2内含子第201处碱基,形成了AA、AB、BB3种基因型,A等位基因频率为0.8241,B等位基因频率为0.175 9,群体纯合度为0.710 0,多态性信息含量为0.247 9。除第2、4周龄外,AA型公鸭早期体重显著高于AB型公鸭,母鸭不同基因型之间无显著差异。公鸭的宰前活重、屠体重、半净膛重、全净膛重、胸肌重、腹脂重、腹脂率指标在不同基因型之间存在显著性差异,AB型均小于AA型。母鸭只有腹脂重、腹脂率在不同基因型间存在显著性差异,AB型低于AA型。番鸭AFABP基因第2内含子A201C单核苷酸突变对腹脂沉积、公鸭体重有显著影响。     

GH基因对黑羽番鸭体重和屠宰性能的遗传效应分析

采用PCR-SSCP方法检测生长激素基因(GH)在黑羽番鸭群体中的多态性,并分析GH基因与黑羽番鸭体重、屠宰性能的关系。结果表明:在GH基因第1内含子上发现了G945A,T1039G共2个SNP,形成了CC型、CD型、DD型3种基因型,群体纯合度为0.5036,多态信息含量为0.3732。在黑羽番鸭早期生长发育过程中,CC型公鸭体重在不同周龄时处于最高值。在13周龄屠宰时,公鸭CC型的宰前活重、屠体重、半净膛重、全净膛重、腹脂重、腺肌胃重显著高于CD型和DD型(P0.05),CC型心重显著高于CD型(P0.05),CC型、CD型、DD型3种基因型间屠宰指标百分比无显著差异(P0.05)。母鸭所有指标在3种基因型间均无显著差异(P0.05)。这些关联分析表明C基因可能是公鸭早期增重的有利基因。     

黑羽番鸭GH基因多态性与体质量、屠宰性能的相关性

以黑羽番鸭为素材,利用PCR-SSCP技术寻找该群体GH基因单核苷酸多态性(SNPs),并分析SNPs与体质量、屠宰性能的关联性。结果表明,在GH基因第1内含子上发现了A1251C、A1322G、T1378C、G1440A共4个SNP,形成了AA、AB、BB 3种基因型,群体纯合度为0.502 7,多态信息含量为0.373 6。在番鸭早期生长发育过程中,BB型公鸭体质量在不同周龄时处于最高值;在13周龄屠宰时,BB型公鸭的宰前活质量、屠体质量、半净膛质量、全净膛质量显著高于AA型和AB型(P0.05);在内脏组织中,BB型腹脂质量、心质量显著高于AB型(P0.05);AA型、AB型、BB型3种基因型间屠宰指标百分比无显著差异(P0.05)。母鸭所有指标在3种基因型间均无显著差异(P0.05)。这些关联分析表明B基因可能是公鸭早期增重的有利基因,在母鸭上还需进一步验证。     

黑羽番鸭及继代选育后代的胸腿肌营养成分测定

为加快优质型黑羽番鸭的培育,同时为黑羽番鸭的饲料配方设计和营养需求提供参考,对黑羽番鸭第13周龄(上市期)、第24周龄(产蛋期)、第51周龄(成年期)以及继代选育后代第13周龄的胸腿肌营养物质含量进行了测定。结果表明:黑羽番鸭胆固醇含量胸肌中为55.01~55.29 mg/100g,腿肌中为50.93~53.09mg/100g;肌苷酸含量胸肌为2.98~3.69mg/g,腿肌为3.02~3.36mg/g,胸肌中公鸭显著高于母鸭,腿肌中第24周龄和第51周龄性别间差异显著;氨基酸丰富且含量高。后代黑羽番鸭中胆固醇含量较上世代减少1.1mg/100g左右,肌苷酸含量提高0.4mg/g左右,风味氨基酸含量除脯氨酸较上世代有所降低外,其余均得到提升,增幅在0.1~0.5mg/g。培育的黑羽番鸭符合优质型肉鸭的特点,具有明显的种质新特性,市场竞争优势明显,产业化前景广阔。     

黑羽番鸭LPL基因多态性与肉质性状的关系

采用PCR-SSCP技术对黑羽番鸭脂蛋白脂酶(LPL)基因进行多态性研究,分析该基因与常规肉品质、肌肉营养成分等指标的相关性。结果表明:黑羽番鸭LPL基因第3内含子上发现了A4G突变,群体纯合度为0.5054,多态信息含量为0.3723,形成了EE、EF、FF 3种基因型。EF型母鸭腿肌失水率显著高于FF型(P0.05,下同)。EF型公鸭腿肌中镁含量显著高于FF型。EE型公鸭胸肌中Ala含量显著高于EF型、FF型;FF型母鸭胸肌中Asp、His含量显著高于EF型;FF型公鸭腿肌中Ser、Pro含量显著高于EE型;EE型母鸭腿肌Lys含量显著高于EF型,EF型Cys、Val含量显著高于FF型。     

不同性别黑羽番鸭屠宰性能、常规肉品质分析

以13周龄黑羽番鸭新品系为材料,测定其屠宰性能、常规肉品质等。结果表明,除了腹脂重,13周龄黑羽番鸭公鸭的各项屠宰指标均极显著性高于母鸭。公、母鸭的屠宰率分别为91.85%、90.21%,均在90%以上;公、母鸭的半净膛率分别为85.41%、82.51%,均高于80%;公、母鸭的全净膛率分别为79.29%、75.36%,均高于75%;公、母鸭的胸肌率分别为17.85%、18.50%;公、母鸭的腿肌率分别为11.67%、10.19%。黑羽番鸭公鸭胸、腿肌pH值、腿肌剪切力、胸肌失水率等3个指标与母鸭差异不显著,公鸭胸肌剪切力、腿肌失水率显著高于母鸭。同性别黑羽番鸭中,腿肌pH值、剪切力显著高于胸肌,失水率显著低于胸肌。     

鸭A-FABP基因单核苷酸多态性分析及其与体脂性状相关的研究

以樱桃谷鸭为试验材料,对脂肪细胞型脂肪酸结合蛋白(A-FABP)基因进行单核苷酸多态性检测(SNPs),并对该基因型与体脂等性状进行关联分析.结果表明:在内含子2中发现A76T、T78C、T93C、C134T 4个单碱基突变,鸭群中表现出3种基因型(AA、AB和BB).方差分析结果表明:该品种的活重、屠体重、半净膛重、全净膛重、肝脏重、皮脂重、胸肌脂肪含量和肝脏脂肪含量在不同基因型间差异不显著;BB型腹脂重、腹脂率显著高于AA型和AB型;BB型皮脂率和腿肌脂肪含量显著高于AB型.结果提示A-FABP基因可能是影响鸭脂肪代谢的主效基因或与控制该性状的主效基因连锁.     

A-FABP和H-FABP基因多态位点及聚合基因型对白耳鸡胸肌肌内脂肪含量(IMF)的效应分析

研究采用PCRSSCP方法检测白耳鸡A-FABP基因外显子1和H-FABP基因内含子2区域单核苷酸突变位点,并分析多态位点不同基因型及聚合基因型与90日龄胸肌肌内脂肪（IMF）含量的关联。结果在A-FABP基因外显子1和H-FABP基因内含子2处分别检测到C51T和C1523T突变,突变均产生3种基因型（TT/TC/CC）,各等位基因频率均处于H-W平衡状态。关联分析和基因型效应分析结果表明多态位点与胸肌IMF含量显著相关（P<0.05）,A-FABP基因和H-FABP基因不同基因型对白耳鸡胸肌IMF含量的加性效应分别为0.265和0.207,显性效应分别为0.042和0.021,主效应指数（MEI）分别为8.99%和6.93%。TT为两种有利单基因型,对胸肌IMF含量具有显著的正向贡献率（CP：8.23%,6.17%,P<0.05）,其对应的个体胸肌IMF含量为3.350%和3.286%。两种有利单基因型聚合个体TT/TT的胸肌IMF含量为3.660%,显著高于其他基因型聚合个体（P<0.05）。     

A-FABP和H-FABP[WTHZ]基因多态位点及聚合基因型对白耳鸡胸肌肌内脂肪含量（IMF）的效应分析*

 研究采用PCR SSCP方法检测白耳鸡A-FABP基因外显子1和H-FABP基因内含子2区域单核苷酸突变位点,并分析多态位点不同基因型及聚合基因型与90日龄胸肌肌内脂肪（IMF）含量的关联。结果在A-FABP基因外显子1和H-FABP基因内含子2处分别检测到C51T和C1523T突变,突变均产生3种基因型（TT/TC/CC）,各等位基因频率均处于H-W平衡状态。关联分析和基因型效应分析结果表明多态位点与胸肌IMF含量显著相关（P<0.05）,A-FABP基因和H-FABP基因不同基因型对白耳鸡胸肌IMF含量的加性效应分别为0.265和0.207,显性效应分别为0.042和0.021,主效应指数（MEI）分别为8.99%和6.93%。TT为两种有利单基因型,对胸肌IMF含量具有显著的正向贡献率（CP：8.23%,6.17%,P<0.05）,其对应的个体胸肌IMF含量为3.350%和3.286%。两种有利单基因型聚合个体TT/TT的胸肌IMF含量为3.660%,显著高于其他基因型聚合个体（P<0.05）。     

黑羽番鸭屠宰性能及肉品质的研究

为了为品种培育提供依据,以70日龄黑羽番鸭为试验素材,测定其屠宰性能和肉品质.结果表明:除腹脂重外,公鸭的各个重量指标均显著性高于母鸭.母鸭的屠宰率、半净膛率和全净膛率显著性高于公鸭,胸、腿肌率在性别间无显著性差异.公鸭的pH值显著高于母鸭,胸、腿肌的嫩度显著低于母鸭,失水率在性别之间无显著性差异.从屠宰性能和肉品质的各项指标来分析,黑羽番鸭是良好的肉用型产品.     

A-FABP和LPL基因多态性及聚合基因型与中国环颈雉肌内脂肪含量的相关性分析

采用PCR-SSCP方法检测中国环颈雉脂肪型-脂肪酸合成酶(A-FABP)和脂蛋白酶(LPL)基因多态性,并对多态位点不同基因型及聚合基因型与中国环颈雉的胸肌和腿肌肌内脂肪(IMF)含量进行关联性分析。结果表明,A-FABP基因检测到1个突变位点,LPL基因检测到2个突变位点,均产生3种基因型,关联性分析表明:A-FABP基因和LPL基因的3个位点与中国环颈雉胸肌IMF含量显著相关(P0.05),AA、CC和EE为有利单基因型。3种有利单基因型聚合个体中的AACC和AAEE的胸肌IMF含量显著高于其它基因型聚合个体(P0.05)。     

太湖鹅MyoG基因多态性与体重的相关性分析

以太湖鹅为材料,利用PCR-SSCP技术检测该群体Myo G基因单核苷酸多态性(SNPs),分析SNPs与体重的关联性。结果表明,在Myo G基因第1外含子的108位碱基发生了C-T突变,形成了HH,HI,II 3种基因型。H等位基因频率为0.3271,I等位基因频率为0.6729。太湖鹅群体纯合度为0.5598,多态信息含量为0.3422。太湖鹅初生重在不同基因型间无显著性差异。在早期生长过程中,太湖鹅II型体重在不同周龄时处于最大值,杂合子HI型处于中间,HH型最小。在10周龄时,公鹅II型、HI型的体重差异不明显,但均显著高于HH型体重;母鹅II型体重显著性高于HH型,HI型体重与HH型、II型体重并无显著差异。这些关联分析表明I基因可能是太湖鹅早期增重的有利基因。     

雪山鸡GARS-GART-AIRS基因候选SNPs及其与IMP含量的关联分析

以雪山鸡为试验材料,通过MALDI-TOF-MS技术检测雪山鸡GARS-GART-AIRS基因候选SNPs位点多态性,分析GARS-GART-AIRS基因的遗传效应,并对其与肌苷酸含量进行关联分析。结果表明:GARS-GART-AIRS基因SNP1、SNP2与胸肌肌苷酸含量呈显著相关,SNP1中CC型个体胸肌肌苷酸含量显著高于AC型和AA型个体,AC型与AA型个体差异不显著;SNP2中TT型个体胸肌肌苷酸含量极显著高于CT型和CC型个体,CT型与CC型个体差异不显著。腿肌肌苷酸含量与胸肌肌苷酸含量变化趋势一致,初步认为这些SNPs应是肌肉肌苷酸含量的主效QTL。     

巢湖麻鸭MSTN基因单核苷酸多态性与体重和屠体性状的关联分析

应用聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)的方法,检测巢湖麻鸭公母群体共144只个体MSTN基因外显子3和内含子2的SNPs位点,分析SNPs与8周龄体重、12周龄体重和屠宰性能(胸肌率、腿肌率)的关联性。结果表明,在外显子3（6375 bp）检测到G/A突变,形成3种基因型,分别为AA、AB和BB型,公鸭群体中AA型胸肌率显著高于BB型 (P<0.05);母鸭中AB型胸肌率显著高于AA型和BB型 (P<0.05), AA型腿肌率显著高于BB型(P<0.05);各基因型间体重差异不显著(P>0.05)。内含子2（5264 bp）检测到T/C突变,产生的3种基因型分别为DD、DE和EE型,各基因型间体重和屠宰性能差异均不显著(P>0.05); 合并基因型结果显示,ABDD型母鸭胸肌率显著高于AADD型(P<0.05)并且极显著高于AAEE型和BBDD型(P<0.01),ABDD型母鸭腿肌率显著高于BBDD型母鸭(P<0.05);公鸭在各周龄体重上均显著或极显著高于母鸭,但在屠宰性能上普遍显著低于母鸭。综合以上研究结果,巢湖麻鸭公鸭早期生长速度快于母鸭,母鸭ABDD基因型表现出较高的屠宰性能。     

GPAT/AIRC基因对白耳鸡群体肌肉肌苷酸含量的遗传效应分析

 以GPAT/AIRC基因为侯选基因,以白耳鸡为试验材料,采用PCR-SSCP方法对GPAT基因外显子2,AIRC基因外显子8进行SNPs检测。结果各发现了一个单核苷酸多态性位点。各种基因型与胸肌IMP含量的方差分析结果表明：GPAT基因外显子2中AA型个体的肌肉肌苷酸含量显著地高于AB型和BB型个体,AB型个体也稍高于BB型,但差异不显著;AIRC基因外显子8中CG型个体的肌肉肌苷酸含量显著地高于GG型和CC型个体,GG型个体的胸肌肌苷酸含量也显著地高于CC型。两个基因的单倍型对IMP含量也有显著的影响：单倍型为AACG的个体比单倍型为BBCC的个体高1.006mg/g,单倍型的遗传效应大于最优秀的单个基因型效应。因此,可以利用该单倍型对鸡的肉质风味性状进行标记辅助选择。     

GPAT／AIRC基因对白耳鸡群体肌肉肌苷酸含量的遗传效应分析

以GPAT/AIRC基因为侯选基因,以白耳鸡为试验材料,采用PCR-SSCP方法对GPAT基因外显子2,AIRC基因外显子8进行SNPs检测.结果各发现了一个单核苷酸多态性位点.各种基因型与胸肌IMP含量的方差分析结果表明:GPAT基因外显子2中AA型个体的肌肉肌苷酸含量显著地高于AB型和BB型个体,AB型个体也稍高于BB型,但差异不显著;AIRC基因外显子8中CG型个体的肌肉肌苷酸含量显著地高于GG型和CC型个体,GG型个体的胸肌肌苷酸含量也显著地高于CC型.两个基因的单倍型对IMP含量也有显著的影响:单倍型为AACG的个体比单倍型为BBCC的个体高1.006mg/g,单倍型的遗传效应大于最优秀的单个基因型效应.因此,可以利用该单倍型对鸡的肉质风味性状进行标记辅助选择.     

荆江麻鸭THRSPα基因内含子酶切多态性及其与屠体性状的关联研究

采用PCR-RFLP法检测了96只荆江麻鸭THRSPα基因内含子的多态性,并对基因多态性与屠体性状进行关联分析。结果发现,本试验群体中未检测到AA基因型,仅有CC和CA 2种基因型。其中C等位基因频率为0.979 2,为优势等位基因。χ2检验结果表明,该群体处于Hardy-Weinberg平衡状态。最小二乘分析结果显示,荆江麻鸭THRSPα基因内含子CA型个体活重极显著高于CC型(P<0.01),CC型个体全净膛率、胸肌率和瘦肉率极显著高于CA型(P<0.01),其他性状间差异不显著(P>0.05)。     

米易鸡ADSL基因第2和第9外显子多态性与肌苷酸含量的关联

为了检测米易鸡ADSL基因第2、第9外显子的单核苷酸多态性并分析该多态性与胸肌肌苷酸含量的关联性,以四川省优质地方鸡种米易鸡为研究对象,采用高效液相色谱测定米易鸡胸肌肌肉肌苷酸的含量,并运用测序技术测定了ADSL基因第2、第9外显子的单核苷酸多态性。结果表明:ADSL基因在外显子2(A3713G、C3797T),外显子9(C10191T)处出现3个SNP位点,变异引起相应的氨基酸均为同义变异,第2外显子A3713G位点的基因型为AA、GG、AG型;C3797T位点的基因型为CC、CT、TT型;第9外显子的C10191T位点的基因型为CC、CT型。经独立性检验,ADSL基因A3713G、C10191T位点变异处于Hardy-Weinberg平衡状态;应用最小二乘法对基因型与肌苷酸含量进行分析,说明ADSL第9外显子C10191T SNP位点与IMP含量存在显著相关性(P0.05),CT型个体的胸肌肌苷酸含量高于CC型个体,初步推测米易鸡中ADSL基因第9外显子C10151T SNP位点CT型为优势基因型。     

肌苷酸合成酶系PURH基因对苏禽乌骨鸡胸肌肌苷酸含量的关联分析

在分析氨基咪唑氨甲酰核苷酸转甲酰基酶/次黄嘌呤核苷酸环水解酶基因(fused IMP cyclohydrolasegene/phosohoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase PURH)对苏禽乌骨鸡鸡群体肌肉肌苷酸含量的遗传效应。采用PCR-SSCP方法检测苏禽乌骨鸡PURH基因外显子9和外显子16多态性,分析多态位点不同基因型与90日龄胸肌肌苷酸(IMP)含量的关联,各种基因型与胸肌IMP含量的方差分析结果表明:PURH基因外显子16中多态位点T17446C与IMP含量显著相关,TT型个体胸肌IMP含量较CT型高出0.757 mg/g,TT型个体胸肌IMP含量较CC型高出1.083 mg/g,均达到极显著水平(P<0.01),CT型个体IMP含量也显著地高于CC型(P<0.05)。因此,可以利用该基因型对鸡的肉质风味性状进行标记辅助选择。     

基于RNA-Seq鉴定黑羽番鸭肉质风味差异的候选基因

为挖掘黑羽番鸭肉质风味相关候选基因,通过对黑羽番鸭胸肌、腿肌中挥发性风味物质进行测定,并通过Illumina HiSeq2500高通量测序进行转录组对比分析,结合参考基因组对所获得的序列进行序列比对、基因注释和差异表达等分析,筛选出差异表达基因并进行GO富集分析。通过荧光定量PCR(Real-time PCR,qRT-PCR)方法检测4个差异候选基因表达水平,验证测序结果的可靠性。结果表明,黑羽番鸭胸肌中挥发性风味物质辛醛、2,3-辛二酮含量显著高于腿肌,3-羟基-2-丁酮含量显著低于腿肌(P<0.05)。通过参考基因组比对和差异表达分析,初步获得614个差异表达基因,171个差异基因在黑羽番鸭腿肌组织上调表达,443个差异基因在黑羽番鸭腿肌组织下调表达。结合GO分析和KEGG富集分析,最终获得了20个候选功能基因,它们分别参与机体氨基酸形成、糖代谢以及脂肪代谢等生物过程,其中10个差异候选基因在黑羽番鸭胸肌中参与肌内脂肪代谢过程,这些基因可能通过形成肌内挥发性风味物质进而影响肌肉风味。qRT-PCR验证结果表明,筛选出的差异候选基因表达趋势与转录组测序中表达的趋势相似,说明测序...