水稻地方品种与改良品种内部遗传异质性的比较分析

云南是亚洲栽培稻起源中心和多样性中心,不乏栽培历史悠久的地方品种,它们是有效保护和持续利用作物种质资源的重要研究材料。本研究以3个栽种历史悠久的水稻元阳地方品种(白脚老粳、红脚老粳和月亮谷)以及3个曾经在当地推广但迅速被淘汰的改良品种(楚粳26、楚粳27和合系22)为材料,利用24对微卫星(SSR)引物对其内部遗传异质性进行了比较分析,共检测出103个等位基因,各引物在元阳地方品种中检测到的等位基因数均多于改良品种,后者丧失部分等位基因。可见元阳地方品种的内部异质性较高,带来的选择性压力较小,为地方品种提供了宽泛的适应性。     

不同地理来源水稻品种的SSR分子标记遗传相似性分析

为了评价云南水稻品种与国内外水稻品种间的遗传相似性,利用48个SSR分子标记对90个来自9个不同国家的水稻品种进行遗传相似性分析,结果共检测到269个等位基因（Na）,平均每个SSR标记检测到5.604个,变幅为3~10;共检测到159.775个有效等位基因（Ne）,平均为3.329,变幅为1.578~6.090;每个SSR标记的多态性信息含量（PIC）变幅为0.366~0.836,平均为0.661。90个水稻品种间的遗传相似系数（GS）变幅为0.021~0.875,平均为0.328。90个品种在相似系数0.212处分为籼、粳两亚种类群;聚类树形图能划分品种的地理来源;亚种内,粳型品种较籼型品种的遗传相似度高。云南粳稻育成品种的遗传相似性较高,云南水稻地方品种的遗传多样性较高,应加强对云南水稻地方品种的有效保护和籼粳分化等研究。     

不同类型江苏粳稻主推品种的遗传多样性分析

利用48对SSR分子标记对2007—2013年江苏省审定的65份不同类型常规粳稻品种和7份对照品种进行遗传多样性分析。结果表明：42对分子标记在供试材料间存在多态性,42对SSR标记共检测到101个等位基因,变化范围为2~4个,平均每个位点2.40个。基因多样性指数变异范围为0.03~0.64,平均0.21。多态信息含量(PIC)变异范围为0.03~0.58,平均0.18。65份江苏省常规粳稻品种间的遗传相似系数变异范围在0.78~0.97之间,平均0.91,95.4%的供试品种其遗传相似系数在0.87~0.97之间。3个不同类型的粳稻品种群体内,迟熟中粳检测出的等位基因数量最高,迟熟中粳的平均位点PIC值和基因多样性指数均高于晚粳品种和中熟中粳。UPGMA聚类结果表明,以遗传相似系数0.87为界,可将除‘通鉴981’、‘扬农稻1号’和‘盐稻10号’以外的62份江苏省常规粳稻品种分为2类;江苏省大面积生产主推粳稻品种的遗传多样性不够丰富,品种间的遗传距离较小,同一育种单位选育的品种间遗传距离更小。     

我国水稻两用核不育系SSR遗传多样性分析

利用SSR标记分析中国水稻两用核不育系现有骨干亲本材料的遗传多样性,为创制、选择育种亲本,扩大水稻种质遗传多样性等方面提供参考。本研究利用58个SSR标记对26个中国水稻两用核不育系的遗传多样性进行分析。共检测到191个等位基因,多态性位点百分率(P)100.0%,品种间不同位点等位基因数目3~5个,平均3.29个。Nei's遗传多样性指数(He)变幅为0.074 0~0.671 6,平均为0.449 6。Shannon信息指数在0.163 0~1.224 5之间,平均0.687 1。通过UPGMA聚类分析可知,所供试的26份水稻两用核不育系的遗传相似系数(GS)变幅为0.470~0.970,平均值为0.72;在遗传相似系数0.470处将供试材料分为粳型和籼型两类。上述研究表明,中国水稻两用核不育系遗传基础狭窄,同源性较高;但粳型和籼型群系间在基因位点上具有较大的遗传差异,说明中国的两系杂交水稻骨干亲本的杂种优势利用仍具有较高的空间。     

黑稻资源遗传多样性的SSR分析

利用24对SSR引物比较了来自中国6个省市的29个黑稻品种的遗传多样性。结果表明,24对引物在上述品种中共检测到76个多态位点;多态位点的等位基因丰度、遗传多样性指数和平均香农指数分别为3.17、0.5287和0.9058,品种间遗传相似系数变异在0.0833-0.9583之间,说明黑稻中存在丰富的遗传多样性。利用品种间的遗传相似系数进行聚类分析,可将29份材料分为3个类群,其SSR分子标记分析表现出一定的地域相关性。     

太湖地区10份抗褐飞虱粳稻SSR指纹图谱的构建及遗传相似性分析

本研究利用分布于水稻12条染色体上的12个SSR标记构建了太湖稻区10份抗褐飞虱粳稻的DNA指纹图谱,并对粳稻品种之间的遗传相似性进行了分析,旨在为水稻抗性育种、种子纯度鉴定和新品种知识产权保护方面提供支持。研究结果显示:12对引物共检测到35个等位基因,每对SSR引物检测到等位基因为1~6个,平均为2.8个;筛选出3对核心引物(RM336,RM5414,RM190)并建立了10份抗褐飞虱粳稻的SSR指纹图谱;10份粳稻品种之间的相似系数变幅为0.20~0.91,平均为0.63,遗传相似系数在0.50以上的材料占全部的82.22%。UPGMA聚类结果显示:在遗传相似系数0.55处,10份粳稻材料可以分为2个类群。研究结果表明,太湖地区绝大多数抗褐飞虱粳稻品种遗传相似性高,遗传多样性不够丰富。     

20份特异玉米地方品种的SSR遗传多样性分析

利用28对稳定的SSR引物分析了20份玉米地方品种的遗传多样性,共检测到124个等位基因,平均每个位点4.43个,每对引物可以稳定检测到2～9个多态性片断,遗传相似系数为0.56～0.85.聚类分析将此材料划分为3个大群,其中来自山西地方品种划分在一个类群内,而来自河南的地方种质分布在3个类群中,多样性较高.据此结果,可对这些地方品种进行针对性的保存和改良利用.     

黑龙江省主栽水稻品种的遗传多样性分析

选用分布于水稻12条染色体上的42对SSR引物,对80份黑龙江省主栽水稻品种进行SSR遗传多样性分析。结果表明,42对SSR标记共检测到139个等位基因,每个位点2~8个,平均3.31个。遗传相似系数(GS)的变化范围为0.564~0.984,平均0.753。根据供试品种的遗传相似系数,按UPGMA法进行聚类分析,在遗传相似系数0.5处可聚为6个类群,利用42对SSR标记能将80份供试品种完全区分开。通过SSR标记的遗传多样性分析的结果表明,黑龙江省水稻种质资源的亲缘关系较近、遗传基础狭窄,大部分供试品种具有相似的遗传背景。     

贵州地方红米品种的遗传多样性分析

利用分布于水稻12条染色体的56对SSR标记对来自贵州省内的147份地方红米水稻种质进行遗传相似性和遗传多样性研究.共检测到147个等位基因,品种间不同位点的等位基因数(Na)变幅为2～5个,平均2.6429个;有效等位基因数(Ne)变幅为1.0346～3.9788个,平均1.7585个,有效等位基因所占比例为66.5...     

抗黑胫病地方烟草品种遗传多样性分析与评价

为了拓宽黑胫病抗性育种亲本材料的遗传背景以及充分发掘和利用地方品种的抗病基因资源,本研究利用筛选获得的25对SSR引物对35份抗黑胫病地方烟草品种进行了亲缘关系聚类分析和遗传多样性分析。结果表明:(1) 25对SSR引物共检测到85个多态性位点,聚类分析结果表明35份地方烟草品种的遗传相似性系数分布范围为0.57~0.87;(2)在遗传相似性系数为0.57时,可以将35份抗黑胫病地方烟草品种分成两个类群,A类包括20份烤烟品种,B类包括15份晒烟品种。在遗传相似系数0.62烤烟分为2个类群,晒烟分为3分类群;(3)在抗黑胫病地方烟草品种中观测等位基因数的平均值为3.32个;有效等位基因数的平均值为2.651;观测杂合度的平均值为0.395;期望杂合度的平均值为0.596。平均Nei’s基因多样性指数(H)为0.558,平均Shannon’s指数(I)为1.020。不同地方的抗黑胫病烟草品种间具有一定的遗传差异,品种之间具有较高的遗传多样性,且品种间的亲缘关系和品种的地理来源之间具有一定的相关性。     

河北水稻地方种质品质多样性分析

为了揭示河北水稻地方种质资源品质性状遗传多样性,采用多样性指数、主成分分析、聚类分析等方法对收集的109份河北水稻地方种质15个品质性状进行了遗传多样性评价。结果表明：河北水稻地方种质存在丰富的遗传多样性。15个品质性状平均变异系数为23.03%,平均多样性指数为1.92。垩白粒率、垩白度、粒长、蛋白质含量、米饭硬度5个性状多样性指数大于2,表明这些河北水稻地方种质在这些性状上遗传变异丰富。根据主成分分析,15个品质性状可归纳成为4个主成分因子,其累积贡献率包含了15个变量83.04％的信息。米饭食味、直链淀粉含量、精米率、垩白度是影响河北水稻地方种质品质的主要因素。采用4个主成分因子欧式距离聚类分析结果表明,在遗传距离D=16.5处,可以将109份地方种质分为4类,但不同来源的河北地方水稻种质交错分布聚类。本研究为河北地方水稻种质的利用提供了科学依据。     

云南地方老品种水稻中恢复基因位点遗传差异分析

目前生产上使用的水稻恢复系之间的遗传基础过于狭窄,应积极开发水稻新恢复系的选育工作。云南地理气候条件特殊,地方老品种资源丰富,是筛选新恢复系的理想材料。以61份云南地方老品种水稻资源为父本,通过测交筛选到6份可以恢复野败型不育系的品种。再利用5对特异引物,对这6份恢复材料和7份恢复系的恢复基因位点遗传差异进行分析。结果表明：5对特异引物对6份恢复材料的扩增结果各不一样,而与对照恢复系仅有2.8 kb的一条扩增带型一致。说明云南地方老品种水稻中蕴藏的恢复基因与目前生产上应用的恢复基因的亲缘关系较远。从云南地方老品种水稻中发掘利用新型恢复基因和资源,是突破水稻恢复基因遗传基础狭窄、筛选新质源恢复系的一种有效策略。     

云南哈尼梯田红米地方品种遗传多样性分析

云南元阳哈尼梯田有丰富的水稻品种,特别是红米资源。本研究利用均匀分布于水稻基因组的100对简单序列重复（SSR）标记分析元阳哈尼梯田60份红米地方品种遗传多样性。100对SSR引物共扩增条带477个,平均每对引物扩增4.770个条带;有效等位基因数（Ne）从1.035~6.000,平均为2.518;香农多样性指数（I）为0.086~1.912,平均为1.016;多态性信息含量（PIC）范围为0.064~0.838,平均为0.519;基因杂合度（H）从0到0.950,平均为0.167;聚类分析可将60个红米品种分为两大类,第一类为籼稻亚种,包括57个水稻品种,第二类只有3个品种,为粳稻亚种。研究表明云南哈尼梯田水稻红米品种具有丰富的遗传多样性。     

Comparison of eating quality and seed storage protein among Korean rice landraces

Improving eating quality and nutrition is one of the most important objectives in rice breeding program. Palatability factors and seed protein patterns of 69 Korean rice landraces were compared in this study. Of seven palatability factors, setback viscosity (SBV) had the largest variance, ranging from -144 to 45. Water content (WC) had the lowest variance, ranging from 11.0 to 13.0. In correlation analysis, eating quality was positively correlated with all palatability factors except gelatinization temperature (GT). In principal component analyses (PCA), the first PC with Eigen value of 5.06 explained 42.2% of the total variance. Cool paste viscosity (CPV) was the variable that had the largest positive loading. The second PC with Eigen value of 2.09 explained an additional 17.4% of the total variance. SBV was a variable that had the highest negative loading. Peak viscosity (PKV) had positive variance between PC1 and PC2. The 69 Korean rice landraces were clustered into four groups based on physicochemical properties and palatability factors, with groups I and II showing higher EQ than other groups. SDS-PAGE analyses revealed five seed storage patterns in the 69 Korean rice landraces. Among them, 84% (58 landraces) had pattern I. These results indicate that it is possible to develop high palatability cultivars using Korean rice landraces. In addition, screening of landraces based on variation in seed storage protein profile using SDS-PAGE could be highly effective for the identification of valuable rice genetic resources.     

云南栽培稻生态型矿质元素含量的多样性

用ICP-AES测定了新平县相同生态条件下种植653份云南稻资源糙米8种矿质元素含量，并按丁颖的栽培稻生态型对其遗传多样性进行了研究。结果表明，云南水稻改良品种糙米P、Fe和Zn含量比地方稻种分别下降10.53%、14.76%和35.16%，但改良品种特别是粳稻Ca含量比地方种高, 8种矿质元素以Ca的多样性指数最大；糙米P、Ca、Mg、Fe、Zu、Cu和Mn平均含量以粳稻的Mg、Fe和Zn，水稻的P、K和Mg，陆稻的Fe和Zn，糯稻的K和Fe，早稻的Mg和Fe相对较高。8种矿质元素平均遗传多样性指数依次为粳>籼,陆>水,粘>糯,早中稻>晚稻和地方种>改良种,且P>K>Mn>Mg>Cu>Zn>Fe>Ca；其变异系数依次为Fe>Ca>Cu>Zn>Mn>K>Mg >P。     

哈尼梯田水稻农家品种遗传多样性的原生境保护研究进展

以元阳哈尼梯田水稻农家品种种植现状为例,回顾了现有的关于元阳哈尼梯田水稻农家品种遗传多样性的研究,包括表型遗传多样性和基因遗传多样性;归纳了元阳哈尼梯田原生境保护下生态环境对水稻品种遗传多样性的影响,主要包括地理条件影响和生物因素影响;总结了元阳当地传统知识和文化对元阳哈尼梯田水稻农家品种遗传多样性的影响;探究了原生境保护水稻农家品种的优越性。研究旨在为水稻农家品种及相关农家作物资源的保护工作提供科学依据。     

水稻AGPase小亚基基因的克隆测序及种质间遗传分化的研究

淀粉是构成和影响水稻产量和品质的最主要因素;ADP-葡萄糖焦磷酸化酶(AGPase)基因是影响淀粉合成的关键酶基因之一。本研究用编码AGPase小亚基基因(AGPsma)序列的特异引物(序列为F:5’-TACGCTATGCTCTTGAAAC-3’;R:5’-TATCTTCCCAGTAACCATCA-3’)对普通野生稻(元江)、粳稻(榆密15)、籼稻(93-11)及籼粳交品系(南34)进行PCR扩增、克隆、测序和序列对比。又用该引物对来源于13个国家的15份AA基因组和5份CCDD基因组的共20份野生稻及205份包括40份籼稻和165份粳稻的云南地方品种和改良品种(系)进行PCR检测。在以上4个不同类型水稻材料该引物上扩增出184bp和215bp的2个片段均为AGPase小亚基基因的序列。在该序列的109bp处,元江普通野生稻和榆密15为T,而93-11和南34为C;籼粳交品系南34在121~151bp区间缺失31个碱基。所有的225份供试材料可分为3类。第一类具有215bp大小的条带,包括了全部的野生稻材料和196份籼粳材料。其中籼稻数占籼稻样本总数的95%,籼稻地方品种占籼稻地方品种总数的75%;粳稻数占粳稻样本总数的83.6%,粳稻地方品种占粳稻地方品种总数的60%。第二类具有184bp的条带,包括28个籼粳材料。第三类同时具有215bp和184bp的片段,此类只有1个父母本具不同片段的滇型杂交粳稻品种。结果表明AGPsma序列在野生稻中可能尚未出现分化,但在籼稻、粳稻和地方老品种及改良品种中都出现了遗传分化。     

中国不同省份籼稻地方品种的遗传结构分析

利用78对SSR引物,对原产于中国14个省份的280份籼稻地方品种进行遗传多样性分析。在此基础上,采用Powermarker、Structure2.2和Popgen32三种软件分析其遗传结构。基于Nei’s遗传距离的聚类结果显示,供试材料可分为6个类群,相邻省份的品种基本聚在同一类群中,且在每个类群中各省份籼稻地方品种单独形成一个小类群,说明同一省份内品种的遗传基础较相似。而陕西籼稻地方品种聚在2个类群中,台湾籼稻地方品种聚在3个类群中,这两个省的籼稻地方品种遗传背景较复杂。按Structure 2.2软件分析结果,供试材料可分为4大类群,地理位置较近的省份籼稻地方品种基本聚在同一类群中,而陕西和台湾籼稻地方品种较分散聚于不同类群,与基于Nei’s遗传距离的聚类结果类似。按Popgen 32软件分析结果,供试材料各省份也分为4大类群。除个别省份外,相隔较近的多数省份基本聚在同一小类群或大类群中。3种软件的分析结果虽有一些差异,但基本趋于一致,并互为补充。总体而言,同一个省份的籼稻地方品种基本聚在同一小类群;相隔较近省份的籼稻地方品种多数聚类在同一个类群中,聚类结果与品种所处的地理位置相关。陕西和台湾籼稻地方品种的遗传基础较复杂。     

贵州禾落粒性基因qSH1调控区SNP分析

贵州禾是在贵州省黔东南地区种植的一类特殊的稻种,为探究其遗传特性,本研究对49份贵州禾和来源中国11个省市(自治区)和韩日的112份稻种的落粒性基因qSH1调节区序列进行测序分析.结果 表明,161份供试品种在696个碱基序列上存在13个变异位点,归为6种DNA单倍型,在功能位点12 290上,仅H6为T,属不易落粒单...