萘降解菌NAP2-2的16S rRNA基因克隆和系统发育分析

筛选到1株萘降解菌NAP2-2,对其进行了表观及16S rRNA基因的系统发育研究。结果表明,NAP2-2能以萘作为唯一碳源和能源生长。16S rRNA基因同源性分析显示,该菌株为短芽孢杆菌属(Brevibacillus)的一个成员。对萘降解菌16S rRNA基因序列的系统发育学分析表明,降解菌主要分布在变形菌门和厚壁菌门。因此对NAP2-2菌株的分析揭示了短芽孢杆菌属新的生物学特性,为以后利用此类细菌处理多环芳烃污染提供了重要依据。     

嗜盐菌HBCC-4的16S rRNA基因克隆与系统发育学分析

从盐田样品中分离到1株中度嗜盐菌HBCC-4,为革兰氏阴性,杆状.采用原核生物16S rRNA基因通用引物对分离纯化的HBCC-4进行16S rRNA基因扩增、克隆及序列分析.PCR扩增目的片段长约1.5 kb,测序后得到1条长度为1466 bp的核苷酸序列,并登陆GenBank(序列号:EU409294).利用Clustalx1.8、MEGA 4.0软件对其进行同源性比较和系统发育学分析,结果表明,HBCC-4与志贺氏菌属(Shigella)中的痢疾志贺氏菌Shigella dysenteriae FBD013T 亲缘关系最近,序列相似性为99%.     

产胞外淀粉酶极端嗜盐古菌CY的16S rRNA基因的克隆、测序及系统发育分析

从云南省一平浪盐矿采集盐矿样品,采用丰富的嗜盐培养基富集,平板划线分离,淀粉平板检测,分离到1株产胞外淀粉酶的极端嗜盐古菌,暂时命名为CY。采用通用的引物,对其16S rRNA基因进行PCR扩增、克隆和测序,并对16S rRNA基因序列进行系统进化分析,从16S rRNA基因序列的同源性比对发现CY菌株属于嗜盐古菌Halorobrum属。     

嗜盐菌株LYG86 16S rDNA序列克隆及系统发育学分析

从连云港台南盐场水溶液中分离到1株嗜盐菌LYG86,革兰氏阴性,杆状.采用细菌16S rRNA基因通用引物对分离纯化的LYG86进行16S rRNA基因克隆及序列分析,经PCR扩增出长约1.5 kb的目的片段,测序后得到1条长度为1 503 bp的核苷酸序列.利用Clustalx1.8软件和MEGA 4.0软件对其及相近物种进行同源性比较和系统发育学分析,基于16S rDNA序列构建的系统发育树分析表明它属于盐单胞菌属(Halomonas).该研究为后续连云港地区盐池物种资源开发应用及嗜盐微生物多样性研究提供了参考与依据.     

暗纹东方鲀线粒体DNA16S rRNA基因克隆、测序与在分子系统发育分析中的应用

以暗纹东方鲀（Takifugu fasciatus）肝脏线粒体DNA为模板,按照红鳍东方鲀线粒体DNA序列设计合成特异引物进行PCR扩增,获得了暗纹东方鲀线粒体DNA 16S rRNA基因（1667bp）及3′端上游的tRNALeu基因（73bp）的全序列。16S rRNA碱基组成分别为：胸腺嘧啶（T）22．1％,胞嘧啶（C）23．6％,腺瞟呤（A）35．2％,鸟嘌呤（G）19．0％。运用DNA分析软件对暗纹东方鲀与GenBank中鲀形目其他23种鱼类的mtDNA 16S rRNA序列进行核苷酸同源性比较分析,分别在鲀形目和东方鲀属水平上利用多种鱼类DNA 16S rRNA序列构建分子系统树。结果显示,同目不同科间的16S rRNA序列核苷酸相似性在73．6％～87．4％之间,同属间的核苷酸相似性高达约99．0％。在属间、科级、亚目级水平上,利用较长的16S rRNA序列构建的NJ树和MP树在拓扑图总体趋势相似,各枝的支持率较高。而在东方鲀属内中选取同源性较高的16S rRNA部分序列构建分子系统树拓扑结构虽一致,但各枝的支持率不太高。因此认为,16S rRNA基因较适合于研究鲀形目鱼类中属间、不同种间以及分化较早的种间、科级、亚目级的系统发育分析。本研究结果有助于进一步利用线粒体基因研究分析鲀形目鱼类系统进化关系。     

基于线粒体16S rRNA基因探讨蜘蛛几个重要类群的系统发生关系

[目的]基于16S rRNA基因序列探讨蜘蛛几个重要类群系统发生关系。[方法]采用贝叶斯法、最大简约法、最大似然法对蜘蛛目（Araneae）6科2亚科蜘蛛的16S rRNA基因序列进行系统发育分析。[结果]隙蛛亚科Coelotinae是漏斗蛛科Agelenidae的一个亚科,隙蛛亚科＋漏斗蛛亚科是暗蛛亚科的姐妹群;红螯蛛属Cheiracanthium与管巢蛛属Clubiona之间的关系远于管巢蛛属与近管蛛科Anyphaenidae之间的关系。[结论]16S rRNA基因系统发生结果证实了隙蛛亚科和红螯蛛属的分类地位。     

极端嗜盐古菌YC71、YC88 16S rDNA序列克隆及系统发育学分析

运城盐湖位于我国山西省,嗜盐微生物资源丰富.从运城盐湖水样中分离纯化嗜盐微生物得到2株嗜盐古菌,编号分别为YC71、YC88,经革兰氏染色鉴定均为阴性,杆菌.采用古菌通用引物对YC71、YC88的16S rDNA进行序列扩增,各得到1500bp左右的片段,经过测序及分析,最终得到长度分别为1425 bp、1430 bp的DNA片段.利用MEGA4.0软件和Clustalxl.8软件对YC71、YC88及相近物种进行同源性比较和系统发育分析,表明YC71属于盐红菌属(Halorubrum),YC88属于盐盒菌属(Haloarcula).     

新疆土壤芽胞杆菌采集鉴定及其分布多样性

为了解新疆芽胞杆菌的种类及其多样性情况,将采集于新疆4个地点的14份土样用稀释平板计数法进行芽胞杆菌分离,用MIDI鉴定系统和16SrDNA测序法进行种类鉴定。结果发现,从新疆土样中共分离到53株,13种芽胞杆菌,分别为巨大芽胞杆菌、蜡状芽胞杆菌、枯草芽胞杆菌、嗜碱芽胞杆菌、粘性芽胞杆菌、地衣芽胞杆菌和萎缩芽胞杆菌。通过16SrDNA序列的系统发育树分析发现,分离的菌多数和模式菌株亲缘关系较近,也有少数几株菌与模式菌株亲缘关系较远,可能是由于芽胞杆菌属中各个种之间具有较近的亲缘关系,在种的系统发育上也存在一定的交叉,各菌株间序列差异较小。根据土壤中芽胞杆菌多样性研究发现,不同土壤标本内的芽胞杆菌含量差异显著表现为阿拉尔市>新疆喀什>阿克苏>塔克拉玛干沙漠。而每个地点中同种芽胞杆菌的含量差异也较显著,如:蜡样芽胞杆菌在阿克苏的含量为5.230×105 cfu.g-1,而在塔克拉玛干沙漠的含量仅仅为0.7×103cfu.g-1。新疆芽胞杆菌较丰富,不同地点芽胞杆菌在种类和数量上都有很大差异,每个地点都含有独特的芽胞杆菌。     

基于16S rRNA基因的7种乳酸杆菌的分子系统发生

对7种乳酸菌的16SrRNA基因的部分序列进行了PCR扩增和序列测定,进行序列比对后,以清酒乳杆菌为外组群,运用MEGA2.0和Tree-Przz5.0遗传分析软件以邻接法(NJ)、最大简约法(MP)和最大似然法(ML)构建系统发生树。结果表明:4种乳酸菌(类干酪乳杆菌、干酪乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、戊糖乳杆菌)为一支系,另外3种(类植物乳杆菌、弯曲乳杆菌、草乳杆菌)构成另一支系,这两个支系又互为姊妹群。结果还显示,乳酸菌高级分类单元(超科及以上分类阶元)的系统发生与现行形态分类体系间存在明显的分歧。     

根瘤菌参比菌株23S rRNA基因数量和定位及其系统发育群

    为了明确23S rRNA基因数量和定位是否可更好地揭示根瘤菌参比菌株的系统发育关系,采用I-CeuI酶切和脉冲场凝胶电泳(PFGE)结合的方法,对根瘤菌株23S rRNA基因的数量和定位进行分析,并依据其相似性进行聚群.结果显示.根瘤菌参比菌株可聚为19个系统发育群.其中,在属的水平上,13个系统发育群与现行分类群(不包括依据16S rRNA基因序列分析结果)一致,6个不一致.在种的水平上,现行分类群中同种的根瘤菌可进一步细分为不同的系统发育群.这表明:I-CeuI酶切和PFGE结合的方法能从基因组特征角度对根瘤菌参比菌株进行更加细化的系统发育分类,并使其属种间的同质性更好.     

大额牛瘤胃细菌16S rRNA基因序列分析

【目的】研究大额牛(Bos frontalis）瘤胃细菌16S rRNA基因序列,为揭示大额牛瘤胃细菌组成的多样性以及开发这一珍稀生物资源提供分子生物学依据。【方法】采用细菌通用引物F27和R1492对目标基因进行PCR扩增,克隆、测序后利用Neighbor-joining方法构建系统进化树。【结果】共获得147个16S rRNA基因序列,在GenBank登录号为DQ673466～DQ673612。按照97%的相似性标准,这些序列被分为86个操作分类单元。有16个序列与已培养菌的序列相似性≥97%,占总序列的10.9%;另有22个序列与已培养菌的序列相似性为90%～97%,占总序列的15%;剩余109个序列为未培养、鉴定菌,所占比例高达74.1%。系统进化分析显示,大额牛瘤胃细菌主要分布于低G+C含量细菌门（57.1%）和噬纤维菌/屈扰杆菌/拟杆菌门（42.2%）,仅有一个序列位于螺旋体门。【结论】本试验获得了大额牛瘤胃细菌16S rRNA基因序列,为进一步研究大额牛瘤胃微生态系统组成及其与饲料消化之间的关系奠定了基础。     

高体革鯻线粒体DNA 16S rRNA和COI基因片段的克隆与序列分析

[目的]为高体革鯻的遗传资源、物种间的亲缘关系和系统进化等研究提供一定的生物学依据。[方法]采用PCR扩增和序列测定等技术,对高体革鯻线粒体DNA 16S rRNA和COI基因片段进行初步研究。[结果]经PCR扩增和测序,分别得到16S rRNA和COI基因片段的碱基序列,其中16SrRNA基因片段的大小为791 bp,碱基A、T、G、C的含量分别为31.6%、21.4%、20.4%和26.7%;COI基因片段的大小为631 bp,碱基A、T、G、C含量分别为27.7%、23.6%、29.8%和18.9%。在这2个基因片段中,GC含量均低于AT含量,AT/GC分别为1.13和1.05。[结论]通过对高体革鯻16S rRNA和COI2个基因片段遗传特征的研究,发现其种内变异比较低,在3个样本中16S rRNA基因片段序列完全一样,COI基因片段也完全一样,说明高体革鯻的这2个基因都非常保守。     

高体革鯻线粒体DNA16S rRNA和COI基因片段的克隆和序列分析（摘要）

[目的]为高体革鯻的遗传资源、物种间的亲缘关系和系统进化等研究提供一定的生物学依据。[方法]采用PCR扩增和序列测定等技术,对高体革鯻线粒体DNA16S rRNA和COI基因片段进行初步研究。[结果]经PCR扩增和测序,分别得到16SrRNA和COI基因片段的碱基序列,其中16SrRNA基因片段的大小为791bp,碱基A、T、G、C的含量分别为31.6%、21.4%、20.4%和26.7%;COI基因片段的大小为631bp,碱基A、T、G、C含量分别为27.7%、23.6%、29.8%和18.9%。在这2个基因片段中,GC含量均低于AT含量,AT/GC分别为1.13和1.05。[结论]通过对高体革鯻16SrRNA和COI2个基因片段遗传特征的研究,发现其种内变异比较低,在3个样本中16SrRNA基因片段序列完全一样,COI基因片段也完全一样,说明高体革鯻的这2个基因都非常保守。     

小单孢菌211003的分离及16S rRNA基因序列分析

小单孢菌211003分离自海南红树植物海膝根围土壤,采用干热100℃、60 min的预处理,葡萄糖天门冬素培养基(GA)作为分离培养基。该菌株革兰氏阳性,橘黄色基内菌丝,产单个孢子。经16S rRNA基因序列分析,归到小单孢菌属,并成一独立分支。并与M.siamensis TT2-4T的相似率最高,为98.415%。初步判定菌株211003为小单孢菌属一个潜在的新种。     

16S rRNA序列分析在猪肠道细菌鉴定中的应用

为建立16S rRNA基因序列分析鉴定猪肠道细菌的方法,选择细菌的16S rRNA基因为靶序列设计引物,对11株猪肠道细菌进行PCR扩增,并对PCR产物进行测序和序列分析.序列分析结果显示,A2、A4序列与柠檬明串珠菌同源性＞99％;B2序列与鼠乳杆菌同源性＞99％;C2序列与唾液乳酸杆菌同源性＞99％;F3序列与类肠膜魏斯氏菌同源性＞97％;F6和F7序列与融合魏斯氏菌同源性＞99％;M3和M8序列与洛菲氏不动杆菌同源性＞98％;M9和M11序列与粪肠球菌同源性＞99％.表明建立的16S rRNA基因序列分析方法可以应用于鉴定猪肠道细菌.     

羊源杀鲑气单胞菌16S rRNA基因的克隆测序及分析

从重庆市丰都县无菌采集山羊血液,提取全血基因组,用16SrRNA基因的引物进行PCR扩增,得到2条长约1 500bp的扩增片段,将其克隆到pMD19-T载体后进行测序,并与3条豚鼠气单胞菌,3条嗜水气单胞菌,3条中间气单胞菌,4条杀鲑气单胞菌,2条温和气单胞菌,3条维氏气单胞菌和5条舒氏气单胞菌16SrRNA基因序列进行系统发育分析.结果表明:所克隆的基因片段长度均为1 507bp,GenBank登录号为JF823571和JF823572.系统发育分析发现2条序列均被聚类到杀鲑气单胞菌群,并与温和气单胞菌聚类到一个大的分支.同源性比对结果显示所获得的序列与杀鲑气单胞菌法国株(ATCC33658T)X74681和阿根廷株AF134065的同源性最高,均为99.6%,表明重庆地区存在受杀鲑气单胞菌感染的山羊.     

牛瑟氏泰勒虫18S rRNA基因的克隆及分子分类学分析

为分析牛瑟氏泰勒虫延边株18SrRNA基因序列,根据GenBank上已发表的牛瑟氏泰勒虫18SrRNA基因序列设计2对特异性引物,通过PCR扩增目的基因片段,将扩增产物连接到pMD18一T载体中,经酶切鉴定和PCR鉴定为阳性的重组质粒进行测序,对测序结果用DNAMAN软件时其与GenBmlk上8个虫株相关序列进行同源性比较,建立系统发育树。结果显示,牛瑟氏泰勒虫中国延边株的18SrRNA基因大小为1744bp,瑟氏泰勒虫延边株、兰州株、日本株以及水牛泰勒虫中国株彼此之间亲缘关系最近;瑟氏泰勒虫延边株与突变泰勒虫亲缘关系较远：     

鳗鲡病原菌16SrRNA基因序列测定及系统进化分析

对从福建省不同鳗鲡养殖场发病鳗鲡肝脏中分离并经感染证实的35株致病菌的16S rRNA基因进行序列测定和系统进化分析。用CTAB法提取各菌株DNA,以细菌16S rDNA通用引物进行PCR扩增,用限制性片段长度多态性分析1、6S rDNA序列分析和系统进化分析对其进行分子鉴定,构建系统进化树。结果表明:35株致病菌分别属于γ-变形菌纲和厚壁菌门2大类群的6个属和1个科,主要种类是气单胞菌属的嗜水气单胞菌、维氏气单胞菌、简氏气单胞菌和豚鼠气单胞菌等,占63%;其次是芽孢杆菌属细菌;少量为鲁氏耶尔森菌、弗氏柠檬酸杆菌、克雷伯氏菌属、假交替单胞菌属细菌和肠杆菌科细菌。     

热带雨林土壤真菌18S rRNA基因多样性分析

[目的]探讨热带雨林土壤真菌群落结构,阐释微生物与植物之间的互作关系,以期为开发利用热带雨林这一特殊生态环境中丰富的微生物基因资源提供理论依据。[方法]运用扩增18S rDNA限制性分析(Amplified 18S ribosomal DNA restriction analysis,ARDRA)和18S rRNA基因序列分析技术,分析了热带雨林土壤真菌物种丰度、优势种群和进化关系等群落结构特征。试验采用PVPP洗涤-CTAB-溶菌酶-蛋白酶K-SDS热处理等方法,提纯微生物总DNA,构建真菌18S rRNA基因克隆文库,对阳性克隆进行ARDRA分析,选取有代表性的克隆测序,利用DOTUR软件将真菌序列按照97%相似性的标准分成若干个可操作分类单元(Operational taxonomic u-nit,OTU)。[结果]构建的克隆文库包含21个OTU,其中以子囊菌和担子菌为主,各占克隆文库的64.7%和15.5%。子囊菌中以盘菌为主,占到整个克隆文库的47.4%;担子菌中以伞菌为主,占到整个克隆文库的10.4%。接合菌和壶菌均有少量克隆出现在文库中。首次从海南岛热带雨林土壤中发现牛肝菌。研究显示该环境真菌多样性极其丰富,涵盖了真菌主要门的绝大多数。[结论]该研究结果为揭示热带雨林土壤真菌群落结构多样性、挖掘该环境样品的真菌基因资源提供了参考依据。