卵泡刺激素β基因编码区SNPs与糯谷猪繁殖性能的关联性分析

本试验采用RCR-SSCP及测序的方法检测了58头糯谷猪母猪卵泡刺激素(follicle-stimulating hormone,FSH) β基因编码区3个外显子的多态性,并分析了不同基因型与繁殖性能的关联性,结果发现,在外显子1和外显子3中未发现多态位点,外显子2中发现了2个新的多态位点,共检测出3个等位基因,5个基因型,未检测到BB基因型。其中A等位基因在6699位点发生了C→T突变,B等位基因在6708位点发生了T→C突变,C等位基因与公布序列一致,A、B、C等位基因频率分别为0.288、0.119、0.593。2个突变均为同义突变,各基因型间的繁殖性能差异不显著。     

乌珠穆沁羊FSHR基因第10外显子的PCR-SSCP检测及序列分析

利用PCR-SSCP技术检测乌珠穆沁羊123个样本的FSHR基因第10外显子的单核苷酸多态性（SNP）。结果未发现多态。测序后获得该羊FSHR基因第10外显子的核苷酸序列,通过DNA序列分析结果表明：绵羊FSHR基因第10外显子序列与小尾寒羊、牦牛、水牛和小鼠的同源性分别为100%、98%、98%和86%。提示：为FSHR基因第10外显子能否作为绵羊高繁殖力相关的侯选基因提供依据。     

乌珠穆沁羊FSHR基因第10外显子的PCR-SSCP检测及序列分析

利用PCR-SSCP技术检测乌珠穆沁羊123个样本的FSHR基因第10外显子的单核苷酸多态性(SNP).结果未发现多态.测序后获得该羊FSHR基因第10外显子的核苷酸序列,通过DNA序列分析结果表明:绵羊FSHR基因第10外显子序列与小尾寒羊、牦牛、水牛和小鼠的同源性分别为100%、98%、98%和86%.提示:为FSHR基因第10外显子能否作为绵羊高繁殖力相关的侯选基因提供依据.     

浙东白鹅和四季鹅GH基因外显子多态性分析

以浙东白鹅和四季鹅为试验材料,采用PCR-SSCP技术,对鹅GH基因5个外显子序列进行多态性分析.结果表明:鹅GH基因外显子2和4发现了4个SNP多态位点,分别为外显子2的C39T、C74T突变和外显子4的T291C、G297A突变,其中C74T突变为错义突变,其他3个均为同义突变.在GH基因外显子2 SNP位点上,浙东白鹅和四季鹅分别以等位基因D和A为优势等位基因;在外显子4 SNP位点上,2个鹅群体均以等位基因A为优势等位基因.在外显子2和4多态位点上,浙东白鹅和四季鹅均处于Hardy-Weinberg平衡.     

兴义矮脚鸡GH基因的多态性研究

兴义矮脚鸡为贵州特有的地方品种鸡。本研究对兴义矮脚鸡GH基因上第一外显子和部分第一内含子序列直接测序进行多态性分析。结果表明,在扩增出来的777 bp序列中,A、T、G、C碱基的平均含量分别为28.1%、23.9%、24.9%和23.1%。A+T的含量(52%)略高于G+C的含量(48%);总共发现10个变异位点,占分析位点总数的1.287%,这些变异位点分别为C124T、T319G、T321C、G333A、A364G、A464C、A507C、C508A、T541C和T630C,其中C124T突变点位于5′端调控区,其余突变点都集中在第一内含子上,均为转换,表现较高的转换偏向。     

天祝白牦牛Leptin和SCD1基因单核苷酸多态性与肌肉脂肪酸含量的关联性分析

试验旨在研究Leptin和SCD1基因多态性对天祝白牦牛肌肉脂肪酸含量的影响。通过对PCR产物直接测序,在Leptin基因外显子2和3共发现7个SNPs位点(其中4个是错义突变);在SCD1基因第5外显子区发现1个SNP位点(错义突变),对所有SNPs等位基因替代效应对25种单一脂肪酸、单一不饱和度指数、多不饱和度指数和去饱和效应指数的影响进行了检测。结果发现,SCD1基因SNP和Leptin基因3个SNPs位点在不同程度上影响到由饱和脂肪酸FA到单一不饱和脂肪酸MUFA的去饱和作用。说明除了SCD1基因对FA去饱和作用的影响外,Leptin基因错义突变也会对肌肉脂肪中FA的组成产生影响。     

德州驴心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因的克隆及序列分析

本试验对德州驴心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因进行了克隆测序,并与GenBank中11个物种相应基因编码区核苷酸序列、氨基酸序列进行了比对分析,同时通过最小进化法(ME法)、邻接法(NJ法)和非加权组平均法(UPGMA法)对H-FABP基因编码区核苷酸序列进行了物种间分子系统进化树分析。结果表明,德州驴H-FABP基因由4个外显子和3个内含子组成,外显子1、2、3、4大小分别为73、173、1025、7 bp,内含子1、2、3大小分别为3500、1980、1425 bp。CDS序列全长为405 bp,前体氨基酸数为134个;德州驴与马、野猪、人、牛、山羊、牦牛、大鼠、小鼠、红原鸡、绿头鸭、斑马鱼各物种在H-FABP基因编码区核苷酸序列上有较高的保守性,同源性大小分别为96.79%、91.36%、89.14%、88.89%、88.89%、88.64%、84.07%、83.46%、75.80%、74.81%、67.90%;3种方法构建的物种间分子系统进化树基本一致,并且3种分子进化树结果与动物学分类一致,表明H-FABP基因适合于构建不同物种间的系统进化树。     

欧拉型藏羊CAPN1基因部分序列多态性检测

利用PCR-SSCP方法,设计两对引物(L1、L3)对134只欧拉型藏羊CAPN1基因部分序列进行多态性检测.检测结果分析表明L1引物存在从、AB和BB 3种基因型.不同基因型PCR产物测序结果分析发现在第5内含子和第6外显子上各存在1个单核苷酸多态位点,分别是扩增序列190 bp处的A→G的突变和扩增序列260 bp处的A→G的突变,但外显子的突变为同义突变.L3引物PCR-SSCP检测未发现多态位点.群体遗传学分析表明:该群体在突变位点的多态信息含量为0.345 2,属中度多态,X2检验表明该群体处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05).     

马可·波罗盘羊和5种家养绵羊MHC-DRB3基因第2外显子遗传多态性分析

【目的】 分析马可·波罗盘羊MHC-DRB3基因第2外显子多态性，确定其等位基因数及核苷酸、氨基酸多态位点，以及与家养绵羊的遗传进化关系。【方法】 采用PCR-SSCP方法对39只马可·波罗盘羊、159只塔什库尔干羊、72只藏绵羊、76只宁夏滩羊、36只柯尔克孜羊和26只多浪羊MHC-DRB3基因第2外显子的等位基因进行检测，对不同绵羊品种产生的差异等位基因进行克隆及测序，并对等位基因单倍型序列进行分析；利用生物信息学在线软件分析马可·波罗盘羊MHC-DRB3基因第2外显子编码蛋白的理化性质、结构和功能。【结果】 试验共获得66个MHC-DRB3等位基因，马可·波罗盘羊、塔什库尔干羊、藏绵羊、宁夏滩羊、柯尔克孜羊和多浪羊的等位基因数分别为23、14、12、12、4和1个。马可·波罗盘羊、塔什库尔干羊、藏绵羊、宁夏滩羊和柯尔克孜羊MHC-DRB3基因第2外显子等位基因序列中的核苷酸多态位点分别为74、76、45、49和25个，表明相较于藏绵羊、宁夏滩羊和柯尔克孜羊，马可·波罗盘羊和塔什库尔干羊的多态性更高。系统发育分析表明，马可·波罗盘羊和塔什库尔干羊MHC-DRB3基因均呈两支分化；马可·波罗盘羊、塔什库尔干羊和藏绵羊MHC-DRB3基因单倍型的相似性较高。马可·波罗盘羊MHC-DRB3基因第2外显子编码产物为不稳定亲水性蛋白，二级结构主要以无规则卷曲和α-螺旋为主，其生物学作用主要在细胞质中体现。【结论】 本试验确定了马可·波罗盘羊和5种家养绵羊MHC-DRB3基因第2外显子的等位基因数及核苷酸、氨基酸多态位点，为进一步探究绵羊MHC-DRB3基因的调控机理及进化意义提供材料。     

吐鲁番斗鸡MAOA基因12个外显子的SNP分析

为探讨影响吐鲁番斗鸡攻击行为相关基因的分子标记,以单胺氧化酶A(monoamine oxidase A,MAOA)为候选基因,采用PCR-SSCP方法对吐鲁番斗鸡60只、新罗曼鸡及其杂交(吐鲁番斗鸡♂×新罗曼鸡♀)子一代鸡各200只进行了MAOA基因12个外显子的SNP分析。结果显示MAOA基因12个外显子15对引物中只在MAOA-2、MAOA-3、MAOA-4-1、MAOA-12外显子上检测到多态位点,而且,MAOA-3、MAOA-4、MAOA-12在3个鸡群中均存在着多态,只MAOA-2在吐鲁番斗鸡和杂交子一代上检测出多态,经序列比对发现在25506位点上发生TC碱基突变并引起丝氨酸变为丙氨酸的氨基酸变化。因此,推测MAOA-2的突变可能是影响吐鲁番斗鸡攻击行为的分子标记。     

猪乙型脑炎病毒E基因的克隆与序列分析

根据GenBank中猪乙型脑炎病毒SA14-14-2基因序列设计2对引物,从分离的猪源乙型脑炎病毒SD-001株的细胞培养物中扩增出包括E基因全长的两段基因,将扩增的目的片段进行克隆与序列分析。结果表明,所克隆的E基因编码结构域（Domain）区段与SA14-14-2、P3、Beijing-1等毒株的核苷酸与氨基酸序列同源性分别达97.2%与96.8%以上,属于Ⅲ型乙型脑炎病毒,与疫苗株SA14-14-2的Domain区相比,共有8个氨基酸位点变异。     

麦洼牦牛UCP基因多态性及其与生长性状的遗传效应分析

为了探讨麦洼牦牛UCP2和UCP3基因多态性及其与生长性状的相关性,为牦牛育种工作中遗传标记的辅助选择提供数据参考,试验以97头麦洼牦牛为研究对象,采用直接测序法获得UCP2基因第1,2,3,4外显子及部分内含子和UCP3基因第3,6外显子及部分内含子序列,比对获得多态位点,研究其遗传多态性与麦洼牦牛生长性状间的关联性。结果表明:UCP2基因第4外显子检测到1个多态位点(T1 499C),第4内含子检测到2个多态位点(A1 766G、C1 925T); UCP3基因第6外显子检测到1个多态位点(T13 190C)。4个突变位点在麦洼牦牛粉嘴和纯黑类群中均处于HardyWeinberg平衡状态(P0. 05); 4个多态位点均表现为低度多态[多态信息含量(PIC)0. 25]。UCP2基因T1 499C位点CT基因型个体体重均值显著高于TT型(P0. 05)。说明麦洼牦牛UCP2和UCP3基因存在多态性,其中UCP2基因T1 499C位点可作为麦洼牦牛生长发育性状遗传育种辅助选择的分子标记。     

11个猪品种生长激素(pGH)基因多态性及其遗传分化研究

利用PCR和测序技术,检测了11个猪品种共65个个体的生长激素(pGH)基因全序列多态性,发现43个SNPs和1个位于内含子3的7 bp缺失片段。分析结果表明,pGH基因DNA序列不同功能区变异程度各不相同,外显子区、内含子区、5′和3′端非编码区SNPs位点各占SNPs位点总数的18.60%、74.42%、6.98%;外显子区8个SNPs位点导致4个氨基酸位点变异,外显子2是编码区的高变域;各SNPs的变异属典型的中性突变;不同品种有其独特的单倍型。分子方差分析(AMOVA)结果表明,pGH基因DNA序列品种内的变异(方差比率73.45%)大于品种间的变异(方差比率26.55%),品种间差异极显著(P<0.01),存在较明显的遗传分化;pGH基因自身进化及品种进化主要体现在内含子区,品种间的遗传分化与地理分布和基因交流有关。     

山羊肌生成抑制素(MSTN)基因的克隆及生物信息学分析

试验对山羊肌生成抑制素(myostatin,MSTN)基因序列进行了克隆及生物信息学分析,旨在为该基因的深入研究提供理论依据。结果表明,山羊MSTN基因序列长1128 bp,编码375个氨基酸,GenBank登录号为GU183368。山羊MSTN蛋白序列与绵羊、猪、兔、马、人、牛、鼠同源性依次为93%、89%、88%、88%、88%、87%、85%,同源性较高,说明该基因高度保守;疏水性分析结果表明,该蛋白大多数氨基酸为疏水性氨基酸;蛋白跨膜结构及方向显示,从内向外和从外向内分别含有1个强跨膜螺旋区;信号肽预测显示,信号肽序列长度为70;亚细胞定位预测发现,该蛋白是一个Ⅱ型膜蛋白,大部分定位于高尔基体、质膜和内质网膜,内质网腔内也有少量分布;结构功能域预测发现N-肉豆蔻酰化位点3个,N端糖基化位点2个,蛋白激酶C磷酸化位点5个,酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点5个,络氨酸激酶磷酸化位点1个,EF-hand 钙结合结构域1个,亮氨酸拉链1个,TGF 家族标记1个;二级结构预测显示,α螺旋占25.33%,β折叠占3.20%,随机卷曲占50.13%,延伸链占21.33%。     

皖南黄兔IGF1基因扩增及其多态性分析

胰岛素样生长因子1(IGF1)是动物生长发育等生命过程中的重要调节因子,目前关于家兔IGF1基因序列扩增和多态性的研究还很少。该研究以安徽皖南黄兔为试验动物,通过PCR方法扩增其IGF1基因编码区全序列,利用混合DNA池测序和生物信息学方法分析了IGF1基因扩增区域的遗传变异特性。结果获得皖南黄兔IGF1基因包含第1~5外显子的基因组序列5条,长度分别为316、657、691、757和403 bp,与种子序列一致性分别为100%、99.5%、99.9%、99.7%和99.8%;5个外显子组成432 bp的CDS序列,编码143个氨基酸残基组成的蛋白质。测序和生物信息学分析结果则表明,在皖南黄兔IGF1基因内含子1中存在3个多态位点(3056GA、3107TC和3164 GA),3个位点并不位于剪接位点,但分别位于MZF1、ATF4、CEBPA、HLF和NKX2-8顺式作用元件位置,因而可能影响基因表达。该研究成功扩增获得皖南黄兔IGF1基因全部5个外显子序列,拼接获得基因编码区全序列,并利用混合DNA池测序法发现了内含子3个新的SNP位点,研究结果为揭示肉兔IGF1基因功能奠定了基础。     

猪DAZ基因的DNA池测序分析

选取大约克猪、白香猪、可乐猪3个猪种的公猪构建品种DNA池。对DAZ基因的部分CDS区和3'UTR进行PCR扩增,并对PCR产物进行测序。结果表明,3个猪种中,DAZ基因的该序列未发现任何突变。同源性分析结果表明,猪与人、猩猩、猴、鼠、牛的DAZ基因该序列核苷酸同源性分别为97.0%、95.2%、96.1%、92.9%、97.0%。说明在哺乳动物中,其DAZ基因CDS部分序列和3'UTR是高度保守的。系统进化分析结果表明,猪和牛在一个进化支上。蛋白疏水性分析表明,在17－20位有个强疏水区。     

鸽生长激素受体基因多态性与生长性状及体组成的相关分析

根据鸽生长激素受体（GHR）基因CDS序列设计引物进行PCR扩增,克隆了鸽GHR基因内含子9序列,通过Gen-Bank中Blastn比对表明,与鸡内含子9（AF372659）同源性为70．01％。利用PCR-SSCP技术和DNA测序方法检测GHR基因内含子9、外显子10和3’-UTR的单核苷酸多态性。本试验共检测出3个多态位点,经最小二乘法分析,多态位点与两群体鸽生长性状及体组成均不相关。     

鸡MAOA基因外显子6的SNP分析

研究采用PCR-SSCP方法分析了吐鲁番斗鸡和新罗曼鸡单胺氧化酶A基因外显子6部分序列的多态性。结果表明：吐鲁番斗鸡单胺氧化酶A基因外显子6存在1个单核苷酸多态性（SNP）位点T-102C,产生AA、AB两种基因型;新罗曼鸡未检测到多态,只表现AA一种基因型。χ^2适合性检验结果表明：2个鸡种均处于Hardy—weinberg平衡状态（P〉0．05）,说明吐鲁番斗鸡单胺氧化酶A基因外显子6位点基因型频率的分布与新罗曼鸡差异极显著（P〈0．01）。     

优质肉鸡腺苷琥珀酸裂解酶基因第2和第9外显子单核苷酸多态性分析

以四川大恒家禽育种有限公司培育的8个优质肉鸡群体(5个品系和3个杂交组合)为材料,采用PCR-SSCP技术结合测序检测鸡ADSL基因外显子2与外显子9的单核苷酸多态性.结果表明:在所研究的群体中,腺苷琥珀酸裂解酶(ADSL)基因外显子2的3797位点发生C→T突变,外显子9的10225位点发生A→T突变;适合性检验显示,ADSL基因外显子2、外显子9各基因型频率除1个群体外均处于哈代-温伯格平衡;对群体各位点基因型频率分布进行计算,发现ADSL-3797和ADSL-10225 SNPs位点属于中度多态位点,多态信息含量分别为0.283和0.320.本研究为ADSL基因SNPs位点与优质肉鸡重要肉质性状的关联性研究奠定了基础.     

哈萨克羊iNOS基因多态性与布鲁氏菌病的相关性分析

试验旨在探讨哈萨克羊诱导型一氧化氮合酶（iNOS）基因多态性与布鲁氏菌病的相关性。使用虎红平板凝集试验（RBPT）方法对231只哈萨克羊血清进行布鲁氏菌病血清学检测,参考GenBank中绵羊iNOS基因序列,针对其第6、7、8外显子及其邻近内含子片段设计引物,利用PCR-SSCP技术和DNA测序技术对231只哈萨克羊的iNOS基因进行多态性检测,分析其SNPs与哈萨克羊布鲁氏菌病易感性的相关性。结果表明,67只哈萨克羊为布鲁氏菌感染阳性,阳性检出率为29.00%。在哈萨克羊iNOS基因的外显子6和8片段上未检测到多态位点,在外显子7片段上检测出F7-T18054C和F7-C18084T 2个多态位点,在F7-T18054C多态位点上检测到3种基因型（TC、TT、CC）,优势等位基因和基因型分别是C型和CT型,其等位基因频率和基因型频率分别是0.660和0.446。在F7-C18084T多态位点上检测到2种基因型（CT、CC）,优势等位基因频率和基因型分别是C和CC型,其等位基因和基因型频率分别是0.946和0.892。F7-C18084T属于低度多态（PIC<0.25）,F7-T18054C属于中度多态（0.25 < PIC < 0.5）。相关性分析表明,F7-T18054C和F7-C18084T多态位点与布鲁氏菌病易感性无显著相关性（P>0.05）。试验结果表明,哈萨克羊iNOS基因F7-T18054C和F7-C18084T多态位点与布鲁氏菌病易感性不存在相关性。