云南哈尼梯田当前栽培水稻遗传多样性及群体结构分析

利用118对SSR分子标记对2012年云南哈尼梯田的47份水稻材料进行多态性检测,分析其遗传多样性,并利用Structure 2.3.4软件进行群体结构分析。结果显示,118对SSR标记共检测到255个等位变异,变幅为2~4个,平均每个标记2.161个。基因多样性指数变异范围为0.043~0.656,平均0.303。多态信息含量(PIC)变异范围为0.042~0.583,平均0.256。其中高度多态位点(PIC0.5)有2个,中度多态位点(0.25PIC0.5)有66个;通过遗传相似系数及基于数学模型的群体结构分析均将供试材料分为偏籼和偏粳2个类群;聚类结果和海拔高度总体上没有明显规律,但偏籼类群中的偏籼红米亚群按海拔高低分别聚在一起。研究表明,云南哈尼梯田现有栽培水稻以偏籼水稻为主,但本研究估测的遗传多样性低于前人报道。     

云南元阳哈尼梯田水稻地方品种月亮谷的遗传变异分析

 为了揭示云南元阳哈尼梯田持续大面积种植的水稻地方品种月亮谷的遗传变异,利用20个表型性状和48个SSR标记,对采自元阳哈尼梯田11个村寨的98份月亮谷和8份对照品种进行分析。结果显示,98份月亮谷的质量性状变异系数较小;数量性状变异系数较大,变异系数范围为2.55%~24.90%;48个标记共检测出114个等位变异,平均为2.38个,变幅为1~4个;有效等位变异为87.65个,平均为1.83个,变幅为1~3.02;Nei遗传多样性（I）指数平均为0.64。表型聚类将月亮谷与对照品种分成两大类,所有月亮谷为一类,8个对照品种为另一类;SSR聚类则将所有月亮谷与4份籼型对照品种聚为一大类,4份粳型对照品种单独为一大类;分子方差分析（AMOVA）表明,月亮谷村寨之间变异（67.18%）大于村寨内（37.82%）。11个村寨月亮谷可以分成5个居群,这5个类群与其村寨间地理位置的距离相关,相邻村寨之间月亮谷遗传距离小,遗传相似度高。月亮谷这种特殊的遗传变异是由于独特的哈尼梯田及其传统文化长期作用的结果,月亮谷可作为优异基因资源进一步发掘和利用。     

利用微卫星标记分析浙江省近年来主要水稻品种的遗传多样性

 利用12个DNA微卫星标记分析了浙江省近年来主要的44个常规水稻品种和54个杂交水稻组合,共检测到等位基因68个,每个标记2~10个;带型数共127种,每个标记3~18种;平均多态性频率0.752,变幅为0.567~0905。常规品种和杂交组合均表现为亚种间遗传差异明显、亚种内遗传差异较小,籼型遗传多样性高于粳型。平均遗传相似系数,常规品种籼型为0.672,粳型为0.711,籼粳间为0.103,杂交组合籼型为0.636,粳型为0.669,籼粳间为0.343。聚类分析显示,以遗传相似系数0.618为阈值将常规品种分成6类,以0.601为阈值将杂交组合分成7类,且多数同类型品种或组合聚为同一类。     

利用SSR标记对中国水稻品种进行遗传多样性评价和品种分类的研究

利用54个水稻SSR标记对来自我国六大稻区22个省(市)在20世纪30~90年代育出,并在水稻育种中具有重要利用价值的94份种质材料进行了研究,用以评价SSR标记在检测DNA多态性、鉴别品种类型及种质资源遗传多样性的作用,了解中国常用育种材料的遗传多样性背景。54个引物对在供试品种上扩增得到311条多态性带,58个位点的平均等位基因数为5.36;各位点的平均多态性信息量(PIC)的变幅为0.452~0.833,平均值为0.647;94×94对基因型的遗传相似系数(SM)变幅为0.009~0.845,平均为0.259。利用UPGMA法进行聚类分析,可将供试材料分成两大类,分别符合于籼、粳类型,符合系数95.7%。结果表明,可以有效利用微卫星标记来检测DNA多态性,并进行品种鉴定及遗传资源多样性的分析;中国水稻品种种内具有较高的遗传多样性,但亚种内遗传多样性偏低,其中籼稻内遗传多样性要比粳稻内遗传多样性高。     

利用SSR荧光标记分析90个糯玉米地方品种的遗传多样性

试验以2个CIMMYT热带群体Pob 25和Pool26为基础材料,以丹340、掖478及其杂交种F₁(掖单13)为测验种,采用三重测交(TTC)设计,对两群体各性状进行了基因效应分析,在两群体中均发现了部分性状存在显著的上位性效应,并提出了各类上位性分量的可能利用途径,为两群体的遗传改良打下了基础。     

基于SSR标记的花生品种遗传多样性分析

本研究从212对SSR标记引物中筛选出48对引物对63份花生品种进行遗传多样性分析,共得到251个等位变异,变异范围为2~13个,平均每个标记位点有5.23个变异;48个SSR标记的多态性信息含量为0.252~0.873,平均为0.647;63份材料的遗传多样性指数为0.508~2.243,平均值为1.272;品种间的遗传相似系数在0.657~0.960之间,不同类型的花生品种间的遗传相似性较小,不同来源花生品种间的亲缘关系也较远;聚类分析结果表明,63个花生品种在遗传相似系数为0.74处分为4大类,聚类分析结果与传统的花生分类结果吻合。     

SSR标记马铃薯育成品种的遗传多样性分析

分析65份马铃薯(Solanum tuberosum L.)育成品种的遗传关系,为主食化马铃薯新品种选育中亲本的选配提供理论依据。采用轮筛法从100对马铃薯SSR引物中筛选出条带清晰、重复性好、多态性较高的引物。利用筛选出的25对SSR引物对65份马铃薯品种的遗传多样性进行扩增分析,用NTSYS-pc 2.1软件分析供试材料的遗传关系。25对SSR引物共扩增出145个位点,其中多态性位点145个,占总扩增位点的100%。供试材料间的遗传相似系数为0.60～0.93,表明供试材料间遗传差异相对较大。UPGMA聚类结果表明,在遗传相似系数为0.60时,供试材料被分为两大类,‘华恩1号’单独聚为第一类,其余64份材料聚为第二类;在遗传相似系数为0.61时,第二类又分为两个亚类,‘农天1号’、‘甘谷紫’、‘天薯9号’、‘五龙洋芋’、‘天薯10号’聚为第一亚类;其余59份材料聚为第二亚类;在相似系数为0.64时,第二亚类又分为2个亚亚类:第1亚亚类为‘天薯11号’、‘青薯10号’、‘青薯6号’、‘甘谷红’和‘秦州红’,其余54份材料聚为第2亚亚类。结果表明,供试材料中部分品种间亲缘关系较远,但同一育种单位育成的品种遗传差异较小,育种中可以充分利用遗传关系较远的马铃薯品种作为亲本材料。     

用SSR标记划分云南糯玉米地方品种资源遗传类群的研究

利用SSR标记对37个云南糯玉米地方品种遗传多样性和遗传关系进行研究,和5个国内主要自交系进行优势群的划分。结果表明:从国内外所用的63对核心引物中筛选出PIC值高、稳定的20对玉米核心SSR引物扩增出225个等位基因,平均多态信息量PIC值为0.87、标记索引系数MI值9.91、Shannon多样性指数I为0.54;37个云南糯玉米地方品种可划分为5大类群13个小类群;少数的云南糯玉米种质资源与常见的5大杂种优势群的遗传距离较近,而大多数资源则较远,可形成多个单独的类群,云南糯玉米地方种质资源具有广泛的遗传基础;来自不同地区或来自同一地区不同云南糯玉米资源与5大优势群之间的遗传相似度均有很大差异。     

部分常用水稻品种的指纹图谱构建和遗传多样性分析

以不同类型的90份常用水稻品种为材料,利用筛选的19对SSR多态性引物构建了其指纹图谱,并分析了其遗传多样性。结果表明,19对SSR引物在90份水稻材料中共扩增出71个多态性片段,每个SSR位点可检测到2~7个等位基因,平均为3.74个;多态信息含量(PIC)值在0.228 3~0.790 6之间,平均值为0.542 1;Shannon信息指数(I)在0.244 9~1.796 1之间,平均值为1.021。聚类分析表明,90份材料的遗传相似系数在0.59~1之间,以遗传相似系数值0.66为阈值,可以将供试材料分成5个群,聚类结果较好地体现了各品种之间的亲缘关系。     

西双版纳糯玉米地方品种遗传多样性分析

利用SSR标记对西双版纳的36个小糯玉米地方品种和2个对照品种进行遗传多样性研究。从800余对SSR引物中筛选出100对多态性好、稳定性高的SSR引物。结果表明, 这100对SSR引物在36个糯玉米地方品种中共检测出353个等位基因, 每对引物检测出2～8个, 平均为3.53个, 平均多态性息量(PIC)为0.53, 平均标记索引系数(MI)为2.00。聚类分析表明, 糯玉米地方品种聚为6个类群, 与对照品种相比, 地方品种独立成群。     

基于SSR标记的云南地方稻种群体内遗传多样性分析

 用20对SSR引物对原产于云南的16份地方稻种和2份选育品种进行单个品种群体内的遗传多样性分析。结果表明,87.5%的地方品种群体内SSR多态性高于选育品种,而12.5%的地方品种群体内SSR标记多态性与选育品种相近。81.2%的地方稻种群体内的等位基因数(Na)和Nei基因遗传多样性指数(He)高于选育品种,而18.8%的地方品种群体内Na和He与选育品种相同或略小。水稻地方稻种群体内He的差异较大,其变异范围为0.0146～0.5117,其中,黄板所 1（1980年收集）、黄板所 2（2007年收集）、麻线谷 1（1980年收集）、麻线谷 2（2007年收集）的群体内遗传多样性较高,分别为0.2327、0.4214、0.5117和0.4489。87.5%地方品种的杂合度(Ho)明显高于选育品种;地方品种群体间遗传多样性差异很大,其中1/4的遗传差异来源于地方稻种群体内,差异极显著。RM333、RM257和RM180在供试云南地方稻种群体内的多态性、等位基因数、多样性指数和变异百分率均较高,适用于云南地方稻种群体内遗传多样性检测。     

Genetic Diversity of Rice Landraces from Lowland and Upland Accessions of China

Genetic diversity of rice landraces from lowland and upland accessions of China was investigated using 66 polymorphic simple sequence repeat (SSR) markers.The total number of alleles detected from all 324 tested accessions was 555 with an average allele number (Na) of 8.409 per locus,the average effective number of alleles (Ne) of 3.574 and the average Shannon’s information index (I) of 1.378.The genetic diversity was higher for the indica landraces compared to the japonica landraces,and the upland landraces were more genetically diverse than the lowland landraces.The SSR markers,RM72,RM232,RM219,RM241,RM224 and RM3 showed the highest rates of polymorphism and these SSR markers were suitable to assess the genetic diversity of rice germplasm resources.A dendrogram of 324 accessions of lowland and upland landraces showed that all rice accessions were mainly subdivided into two groups,japonica and indica,with some being intermediate.The distribution of lowland and upland landraces among the japonica and indica rice groups was distinct,with obvious differentiation between the lowland and upland landraces in japonica rice,but no such clear distinction in indica rice.     

Genetic Diversity of Wild Rice Species in Yunnan Province of China

Yunnan Province of China is one of the important centers for origin and evolution of cultivated rice worldwide.Wild rice is the ancestor of the cultivated rice.Many elite traits of wild rice have widened the genetic basis in cultivated rice.However,many populations of wild rice species have disappeared in the past few years.Therefore,the current status of wild rice resources should be updated and the genetic diversity of wild rice species should be examined for further germplasm preservation and utilization.Our investigations showed that the number of natural wild rice populations declined sharply in Yunnan Province during the past few years due to various reasons.Fortunately,one population of Oryza rufipogon,three of O.officinalis and ten of O.granulata have been newly found in different ecological sites,which were confirmed by inter-simple sequence repeat(ISSR) marker analysis in this study.ISSR analysis and investigation of some important traits of nutritional values indicated that the genetic diversity of the currently existing wild rice resources in Yunnan is still rich.The demonstration of genetic diversity of wild rice by a combined use of geographical distribution,morphological traits,nutrition contents and ISSR markers would be helpful for the conservation and exploration of these important wild rice resources.     

贵州地方水稻品种的SSR遗传多样性分析

利用21对SSR引物对74份贵州"禾"水稻品种及6份国际上常用的典型籼稻和粳稻品种进行遗传多样性研究。共检测到92个等位基因,每个位点的等位基因数变幅为2~9个,平均4.381个;平均Shannon信息指数为0.935,变幅为0·2793~1.8732;期望杂合度为0.5145,范围在0.0988~0.8313;品种间遗传相似系数为0.64~0.98。UPGMA聚类分析表明,在相似系数为0.682处可将"禾"品种分为4大类,大部分材料被聚类到典型粳稻的附近,品种间的亲缘关系与地理来源关系不大;主坐标分析结果与UPGMA聚类结果基本吻合。SSR检测结果表明,贵州省水稻地方品种——"禾"的多样性程度较低,且大多数属于粳稻。     

利用SSR分子标记分析云南陆稻品种遗传多样性

 利用24对SSR引物对云南131个陆稻品种进行遗传多样性分析。共检测到195个等位基因。每个位点的等位基因数平均为8.125个,范围在5(RM55)～13(RM218、RM241)之间;平均表观杂合度为0.0014,平均期望杂合度为0.6545;平均Shannon Weaver指数(I)为1.381;Nei基因多样性指数(H)平均为0.6543,变幅为0.2073(RM235)～0.8689(RM218)。不同地区间陆稻种质资源遗传多样性比较分析表明,滇西南和滇南地区存在丰富的遗传变异,是云南陆稻品种遗传多样性的分布中心。藏缅语族和孟 高棉语族所种植的陆稻品种遗传多样性最丰富。AMOVA分析表明陆稻的遗传变异主要存在于地区内品种间(82%),只有3%遗传变异存在于地区间,品种内的遗传变异占15%。聚类分析显示Nei遗传相似系数为0.22时,云南陆稻品种分为籼粳两个类群,主坐标分析与UPGMA聚类结果基本吻合,并将类群Ⅳ的4个偏籼品种从粳稻类群中重新划归到籼稻类群中,校正了UPGMA聚类的误差,但是不能区分地理组。     

云南元阳梯形稻田土壤碳氮空间分布及其影响因素

 采用地统计、方差分析方法,研究了云南元阳土壤有机碳（SOC）、全氮（TN）的空间分布及其影响因素。该区域内水田土壤表层（0~20 cm)有机碳、全氮含量分别为21.38 g/kg和1.65 g/kg,变异系数分别为36.90%和32.95%,属于中等程度变异。土壤有机碳、全氮的半方差模型均为球型,具有中等程度的空间自相关性（块金/基台值分别为0.67和0.71）。土壤有机碳、全氮含量均随海拔上升而增加。土壤有机碳和全氮含量均随着肥料投入水平上升而降低,过量施肥使土壤有机碳、全氮含量略有增加,但会影响肥料利用效率。因此,应根据土壤养分空间分布格局加强农业生产管理措施调控,以提高土地生产力。     

用SSR标记评估东北三省水稻推广品种的遗传多样性

 利用53个SSR标记和24个表型性状分析东北三省107个水稻推广品种,探讨东北水稻推广品种群体遗传多样性及不同育成年代、省份间的遗传多样性和互补性。结果表明,表型遗传多样性高于DNA水平,年代间表型与微卫星标记的遗传多样性具有较高的相似性,而地区间无明显相似性。东北水稻推广品种遗传多样性比较狭窄,随着时间推移增加的新等位基因多于消失的旧等位基因数。三省水稻推广品种遗传多样性呈现黑龙江>吉林>辽宁的趋势,但由于地区间频繁引种,东北水稻品种在区域上的遗传分化已不明显,其差异主要来源于品种间的基因型差异。不同省份存在较多的互补等位变异,最多的在黑龙江和辽宁之间。不同省份和不同年代间分别拥有各自特有和特缺的等位变异。参试品种可分为5个类群,每一类群均有两个以上年代（省份）品种分布。     

32份茶树地方群体种资源的遗传多样性和群体结构分析

选取均匀分布于茶树15个连锁群上的30对SSR引物,对来自12个省份的32份茶树群体种资源进行遗传多样性和群体结构分析,以期为茶树杂交育种亲本选择和演化路线推断提供参考。研究共获得149个等位基因,平均每个SSR标记检测到5.96个等位基因,引物多态性信息含量均值为0.660。32个茶树群体Shannon’s多样性指数范围为0.691～1.089,平均数为0.954;观测杂合度的范围为0.253～0.633,平均数为0.510;期望杂合度范围为0.430～0.653,平均数为0.590。供试茶树群体遗传分化系数(Fst)均值为0.205,遗传分化水平较高。基于Nei’s遗传距离的聚类和群体结构分析结果一致,供试种质可划分为四大类型,具有明显的地域分布规律。