二倍体马铃薯栽培品种遗传多样性的SSR标记分析

二倍体马铃薯基因组相对简单,借助二倍体进行育种可以加速马铃薯的育种进程,因此评价二倍体马铃薯种质的遗传多样性,挖掘和有效利用优良性状显得非常必要。为了筛选多态性的SSR标记,用55对SSR引物扩增39个遗传关系相对较远的二倍体马铃薯材料。选取分布在12条染色体上的12个具有高多态性的SSR标记评价192份二倍体马铃薯栽培品种的遗传多样性,共检测到98个等位位点,其中97个为多态性位点;每对SSR引物扩增出的等位位点为6~18个,平均8.2个。用非加权配对算术平均法(UPGMA)进行聚类,显示出所有供试材料的遗传关系:12对SSR引物可以将192份材料中的186份区分开;这192份材料被划分为11个组群,其中第一个组群包含了83.3%的材料。     

梨栽培品种SSR鉴定及遗传多样性

应用SSR技术对梨41个栽培品种进行遗传多样性分析, 12对SSR引物扩增出114个等位基因, 平均每个位点915个。位点杂合度在0.1517～0.7079之间, 遗传多样性指数为0.4630。用两对引物(BGT23b和CHO2D11) 即可区分除芽变品种之外的全部供试品种。系统聚类分析将41个梨品种分为2大类, 即西洋梨和东方梨。原产中国的秋子梨、白梨和部分砂梨品种归类相互交错; 库尔勒香梨和其他新疆梨聚在一起; 我国砂梨品种宝珠梨、德胜香, 日本砂梨品种新世纪、丰水以及韩国砂梨品种黄金梨聚在一起。秋白与蜜梨, 南果梨与满园香、秋子、八里香相似系数高, 分别属于同一品种群。金花梨与金川雪、苍溪雪起源演化相关。     

蟠桃种质SSR标记的遗传多样性分析

以38个蟠桃品种和9个其他类型桃品种为试材,利用24对位于桃参考图谱上8个连锁群的SSR引物进行了蟠桃种质资源遗传多样性研究。24对SSR引物共获得179个扩增位点,其中多态性位点171个,多态率达95.53%。蟠桃资源平均Nei’s基因多样性指数(He)为0.242 5,平均Shannon信息指数(I)为0.379 8;南方蟠桃品种群多态性位点百分率为74.30%,Nei’s遗传多样性指数为0.203 8,Shannon信息指数为0.316 3;北方蟠桃品种群的遗传多样性相对较高,多态性位点百分率为91.06%,Nei’s遗传多样性为0.244 9,Shannon信息指数为0.382 4。群体间存在较小的基因分化系数(Gst=0.065 9),遗传变异有很大一部分是来自群体内,可能与其较大的基因流Nm=7.086 1有关。UPGMA聚类分析结果表明,相似系数为0.66～0.95,在相似系数为0.67时,所有南方品种聚于同一类群,北方品种除新疆蟠桃、黄肉蟠桃及香金蟠外也聚于同一类群,聚类结果支持蟠桃多起源假说。     

椰子ISSR遗传多样性分析

应用ISSR技术分析了来自多个国家的30份椰子品种或类型的遗传多样性。用29条多态性较好的引物共扩增出了157条条带,其中多态性条带110条,多态性比率70%;用NTSYS软件计算出这30份材料的DICE相似系数在0.548～0.962,平均值为0.788。其中相似系数最高的是红矮(14号)和杂交种(16号)为0.962,最低的是海南高种(29号)和斐济高种(5号)仅0.548。用UPGMA方法构建聚类树,所有材料在相似系数0.79处被划分为三大类(类群A,B,C)。A类群包括所有引进的高种、矮种和杂交种,B类群包含了除雄树以外的所有特殊变异类型椰子,而来自海南的所有高种单独聚为C类。综合研究结果表明我国海南的椰子种质资源多样性水平不高,需要进一步引进国外优良种质。     

化州橘红种质资源的SSR标记分析

利用核基因组简单序列重复（Simple sequence repeat,SSR）DNA标记,对11份化州橘红及其相关种质的遗传多样性进行了研究。结果表明：6对SSR分子标记引物共扩增出32个等位基因,每对引物可扩增3～8个等位基因;11份种质在SSR位点上的PIC值介于0.1763到0.4400之间,平均为0.2761。聚类分析表明,在Nei s遗传相似系数0.85处,可将所研究的种质分为6组,其中有5组分布有化州橘红种质,表明化州橘红不同种质间有较大的遗传差异。     

基于SSR标记的现代月季遗传多样性研究

以来自亚洲、欧洲、北美洲的51个现代月季品种为试材,采用18对多态性高的SSR引物进行分析,研究不同起源地的现代月季品种的遗传多样性、遗传结构及遗传距离。结果表明:共检测出64个位点,多态位点比例为96.8%;其中来自欧洲地区的多态位点比例最高,达到82.8%,遗传变异由高到低次序是欧洲月季、北美洲月季、亚洲月季;类群内的遗传分化(91.9%)大于类群间的遗传分化(8.1%),说明类群内变异是其主要变异来源;欧洲地区与北美洲地区现代月季的遗传关系较近。     

基于SSR标记的暗褐网柄牛肝菌遗传多样性分析

以33份暗褐网柄牛肝菌样品为试材,采用SSR标记技术,对其遗传多样性进行研究,以期为暗褐网柄牛肝菌商业菌株鉴定奠定基础。结果表明:15个SSR标记中有5个标记在供试样品中表现出多态性,每个标记检测到2~6个等位基因,平均3.20个,Shannon′s信息指数平均值0.76,多态性信息含量平均值0.43。聚类分析结果显示,在相似系数为0.99时,供试材料可被分为11个类群,对应11种多位点分子表型,与样品的来源有较好的对应关系。根据多位点分子表型构建了供试材料的SSR指纹图谱。     

基于SSR分子标记的早熟杨梅优株遗传多样性分析

基于SSR分子标记技术探讨22份杨梅早熟优株与35份国内杨梅地方品种的遗传多样性。结果表明,12对多态性SSR分子标记共扩增获得139条条带,平均每对引物可扩增12条条带,平均每对引物的有效等位基因数为4.326 2,Shannon信息指数范围为0.946 9~2.157 0;使用UPGMA法构建所有试材的系统聚类树,供试材料共分为3个组及3个亚组,聚类结果与试材地域来源关系密切,而与果实成熟期没有明显的关联。另外,大部分早熟杨梅优株亲缘关系倾向于"荸荠种"和"硬丝"等早熟品种。     

基于SSR标记的芡实遗传多样性分析及指纹图谱构建

为进一步明确我国芡实种质资源的遗传背景,采用SSR标记扩增和籽粒品质性状测定,对10份芡实材料进行了遗传多样性分析。基于10对SSR引物对10份芡实材料的扩增及检测结果,共获得29个位点,其中28个具有多态性,多态百分率为96.6%,品系间Nei&Li相似系数平均值为0.580 3,以相异系数0.57为阈值可将所有材料分为4组;基于籽粒品质性状测定结果,品系间欧式遗传距离平均值为4.057 5,以欧氏遗传距离3.50为阈值可将所有材料分为3组。试验结果明确了现有芡实材料之间的遗传距离,构建了芡实种质资源DNA指纹图谱。     

基于SSR标记的海南54份榴莲种质资源遗传多样性和群体结构分析

对海南省引种种植的54份榴莲种质资源采用荧光SSR分子标记技术,进行SSR多态性分析、聚类分析、群体结构分析、遗传多样性分析。结果表明,筛选获得19对多态性较高的SSR引物,通过DNA扩增共检测出117个多态性等位基因,平均多态性等位基因数为6.158个,平均有效等位基因数为3.398个,香农指数平均值为1.372,观察杂合度和期望杂合度的平均值均为0.689,多态信息指数平均值为0.643,表明具有一定的遗传多样性。基于UPGMA方法进行聚类分析,在遗传距离0.6处54份榴莲种质资源可以分成3个类群,第一类群共45份种质资源,包括引种于不同国家的不同榴莲品种;第二类群共8份种质资源,均为引种于不同国家的猫山王榴莲;第三类群共1份种质资源,是引种于泰国的红榴莲。以遗传距离0.3为阈值,第一类群又可以分为9个亚群。基于Structure可以将54份榴莲种质资源划分为5个亚群。综合聚类和群体结构分析,明确了部分未知种质资源的品种所属,对不同亚群的遗传变异、遗传距离和遗传分化分析发现,个体的变异是总变异的主要来源,亚群5与其他亚群的遗传距离和遗传分化程度最大,不同亚群整体基因流较大,遗传分化...     

基于SSR标记的板栗地方品种遗传多样性与关联分析

采用SSR标记对山东等10个省份95个板栗地方品种的遗传多样性、群体结构进行分析,并进行板栗18个农艺性状与SSR标记关联分析。结果表明：（1）17对SSR引物在95个板栗品种中检测出44个等位位点,平均为2.6个,Shannon’s指数（I）和多态性信息含量（PIC）平均值分别为0.67和0.352,遗传多样性较为丰富;（2）山东群体和江苏群体的多态性位点比率（P）最高,均达到94.12%,观察等位基因数（Na）分别为2.53和2.18,亦高于其他群体;（3）根据Evanno等统计模型,92个板栗品种被划分为3个亚群,分别包含25、40和27个品种,且均有着复杂的地理起源,另有3个品种没有明确的类群归属;（4）利用GLM和MLM模型进行关联分析,并经过假阳性检验,发现叶柄长度和淀粉含量分别与标记CsCAT 5和CsCAT 22显著关联,关联系数分别为0.4027和0.1869。     

云南蔷薇属部分种质资源的SSR遗传多样性研究

利用简单重复序列SSR标记技术对蔷薇属（Rosa L．）13份野生种、变种、变型及29份栽培品种的遗传多样性进行了研究。用筛选出的18对SSR引物对42份材料DNA进行PCR扩增,在18个位点共检测到148个等位基因,每一位点的等位基因变幅为6～14个,平均8．2个。材料问遗传相似系数为0．282—0．892,表明在分子水平上具有丰富的遗传多样性。在相似系数为0．456时,基于SSR标记的聚类分析将13个蔷薇野生种分为5个组,这与植物形态学分类结果大体一致。在遗传相似系数为0．43水平上,聚类分析将42份供试材料分为5大组群。初步探讨了野生种之间以及野生种与栽培品种之间的亲缘关系。     

樱桃主栽品种的遗传多样性分析

利用24对SSR引物对30个樱桃主栽品种进行遗传多样性分析, 以了解樱桃产区的资源多样性状况, 为种质资源的开发和利用提供帮助。结果表明: 樱桃产区具有丰富的遗传变异。SSR的遗传多样性指数的分布范围为1.3647～2.9964, Simp son指数分布范围为0.6111～0.9326。30个品种的分子数据聚类结果均呈现一定的地理分布规律。根据系统聚类分析将30个樱桃品种分为两大类: 欧洲甜樱桃和中国樱桃, 与传统分类学的结果相符。同时在两大类内又将品种进行细分, 第Ⅰ类分为3组, 第Ⅱ类分为2组,其结果与地理分布有一定的相关性, 能够反映樱桃的遗传特点及区域特性。     

西双版纳黄瓜群体遗传多样性的SSR分析

 西双版纳黄瓜(Cucumis sativus L.var.xishuangbannanesis Qi et Yuan) 是我国特有的黄瓜变种。以20世纪70年代末收集的30份西双版纳黄瓜种质273个样本为研究对象, 利用SSR技术从群体水平分析其遗传多样性。273个样本的多态位点百分率、Nei's基因多样性指数(H) 和Shannon信息指数(I)分别为92.86%、0.1818和0.2972。比较30份种质的遗传多样性指标, 显示种质间遗传变异54.06% , 种质内遗传变异45.94%。17号种质的遗传多样性最高(H = 0.1376, I = 0.2032, 多态位点百分率37.21% ) 。聚类分析结果显示, 大多数种质的分组与瓜皮色和瓜肉色基本一致。按不同来源地将种质分为5个群体,其中景洪群体的遗传多样性最高, 其多态位点百分率、H值和I值分别为76.19%、0.1562和0.2516。群体间遗传一致度在0.9071～0.9889之间。聚类分析结果显示不同来源地的西双版纳黄瓜在遗传组成上存在差异。群体遗传分化系数和基因流分别为0.2201和1.7718, 表明西双版纳黄瓜群体间基因分化不明显, 基因交流基本顺畅。     

基于SSR 标记的四川野生中国樱桃遗传多样性和居群遗传结构分析

 采用SSR 分子标记技术对四川野生中国樱桃5 个居群共133 株的遗传多样性水平及居群的 遗传结构进行了研究。结果显示：10 对SSR 引物共检测到78 个等位基因,平均每位点等位基因7.8 个。 Nei’s 基因多样性指数（H）为0.6112 ~ 0.6689,Shannon’s 信息指数（I）为1.1984 ~ 1.3786。基于分子方 差分析（AMOVA）,92.53%的变异来自居群内,7.47%的遗传变异来自于居群间。居群间遗传距离（GD < 0.2416）、遗传一致度（GI > 0.7854）、遗传分化指数（Fst = 0.0844）以及较强的基因流（Nm = 2.7125）均 表明居群间的遗传分化水平较低,居群内存在显著近交现象（Fis = 0.3986）,且居群在大多数位点上偏离 Hardy-Weinberg 平衡。基于上述结果,分析讨论了居群较高遗传多样性和居群间较低遗传分化形成的可能 原因,并提出野生中国樱桃的保护利用策略。     

云南蔷薇属部分种质资源的SSR遗传多样性研究

利用简单重复序列SSR（Simple Sequence Repeat）标记技术对42份蔷薇属（Rosa L.）种质资源（包括13份野生种、变种、变型及29份栽培品种）的遗传多样性进行了研究。用筛选出的18对SSR引物对42份材料DNA进行PCR扩增,在18个位点共检测到148个等位基因,每一位点的等位基因变幅为6~14个,平均8.2个。材料间遗传相似系数变化范围为0.282~0.892,表明在分子水平上云南省蔷薇属植物具有丰富的遗传多样性。本研究发现,在相似系数为0.456时,基于SSR标记的聚类分析可以将 13个蔷薇野生种明显分为5个组,这与植物形态学分类结果大体一致。在遗传相似系数为0.43水平上,聚类分析将42份供试材料分为5大组群;同时初步探讨了野生种之间以及野生种与栽培品种之间的遗传亲缘关系。     

甜瓜种质资源遗传多样性的SSR 分析

利用SSR 分子标记技术对72 份甜瓜种质资源及育种材料进行DNA 指纹分类及亲缘关系研
究,20 对SSR 引物共扩增产生76 个多态性位点,平均每对引物产生3.8 个多态性位点。聚类结果将72 份
甜瓜种质资源分为7 个类群,其中类群I 包括新疆本地资源及几乎全部自育甜瓜种质资源64 份材料,这
说明本试验所选用的新疆厚皮甜瓜种质资源遗传背景比较狭窄。