羊源与骆驼源羊口疮病毒免疫相关基因的比较分析

试验旨在探究羊口疮病毒（Orf virus,ORFV）在感染不同物种后其免疫相关基因所表现出的差异变化。对采集到的羊和骆驼ORFV病料进行病毒基因组提取,分别命名为ORFV-Y和ORFV-LT。根据GenBank中ORFV全基因组序列（登录号：KF234407.1）设计并合成3对特异性引物,分别扩增ORFV-Y和ORFV-LT的B2L、F1L和VIR基因片段,并将扩增得到的基因片段分别克隆到pMD19-T载体上,转化大肠杆菌DH5α感受态细胞,对重组质粒进行鉴定,选取阳性克隆质粒进行测序,用DNAStar软件对所获序列进行拼接后,与NCBI上已公布的13组ORFV全基因组相应基因序列进行同源性比对、氨基酸序列分析和系统进化树构建。结果显示,两组基因组与参考序列的B2L、F1L和VIR基因核苷酸同源性分别为92.8%~99.2%、95.7%~99.5%和77.6%~100%。将两组基因组与参考序列进行氨基酸序列比对分析后发现,两组基因组之间的免疫相关基因均表现出较为明显的差异,且F1L基因有一定的规律可循。对B2L、F1L和VIR基因进行系统进化树构建分析后发现,ORFV-Y与中国福建山羊株亲缘关系较近,而ORFV-LT与参考毒株进化关系均较远,且单独成为一个分支。综上,ORFV在感染羊和骆驼时其免疫相关基因出现了较为明显的差异,为深入探究ORFV感染不同物种其基因序列发生的变化及未来针对不同物种的疫苗研制提供参考。     

羊口疮病毒疫苗株与野毒株VIL-10基因的比较分析

试验旨在比较分析羊口疮病毒（orf virus,ORFV）VIL-10基因在疫苗株和野毒株之间的差异特征。参照GenBank中公布的ORFV NZ2株的VIL-10基因序列设计并合成1对特异性引物,分别以疫苗株和野毒株提取的基因组DNA为模板,采用PCR方法扩增ORFV的VIL-10基因全序列并进行测序,应用生物信息学相关软件分析基因的核苷酸、氨基酸变异情况及蛋白结构。结果显示,本试验测定的疫苗株和野毒株VIL-10基因核苷酸序列同源性为94.4%,差异主要是单个碱基的突变,其中疫苗株在132~134 bp核苷酸序列出现缺失;氨基酸序列同源性为92.5%,出现了15个氨基酸位点的突变,其中疫苗株第42位氨基酸天冬酰胺出现缺失;蛋白质在一级结构及理化性质、二级结构、三级结构、抗原表位参数及有无信号肽之间均存在一定程度的差异,而疫苗株和野毒株编码的蛋白质均无跨膜结构域。系统进化树分析结果表明,本试验测定的野毒株与疫苗株属于不同分支,遗传关系较远。研究结果提示,野毒株与疫苗株的VIL-10基因发生较明显的变异,这些变异可能与ORFV疫苗株的毒力致弱有关。     

羊口疮病毒强毒株与传90代毒株毒力相关基因的序列比较

为比较羊口疮病毒(ORFV)强弱毒株毒力相关基因序列,将分离自山东省某发病羊场的强毒株ORFV/QD/2015,在山羊皮肤成纤维细胞上连续传90代,然后将ORFV/QD/2015强毒株和传90代后毒株的质粒测序结果与已经公布的9组ORFV全基因序列中的ORF020、ORF112、ORF117、ORF127基因进行比对。结果显示:ORFV/QD/2015强毒株与公布毒株毒力相关基因的同源性高,而传90代毒株与其同源性有所降低。将强毒株与传90代毒株4组毒力相关基因的核苷酸进行比对,发现其基因编码氨基酸均发生了多处变异,其中ORF020发生了7处,ORF112发生了52处,ORF117发生了14处,ORF127发生了15处。比对后发现,核苷酸与编码氨基酸变异最多的为ORF112基因,最少的为ORF020基因。两毒株间的抗原指数也有明显变异。研究认为,ORFV毒力相关基因的变异可能与其毒力有很大联系,这个变化可能与传代过程中基因发生多处变异有关,也可能是这些毒力基因共同作用的结果。     

西尼罗病毒的基因进化分析

为更好的了解西尼罗病毒在世界各地的流行特征,从GenBank中随机选取45株西尼罗病毒的全基因或部分基因序列,进行同源性分析构建了基因进化树.发现西尼罗病毒可以分为两个谱系,1系病毒广泛分布在非洲西部、中东、东欧、印度、美国和澳大利亚等地,2系病毒分布在非洲亚撒哈拉、马达加斯加等地.1系的西尼罗病毒可进一步分为3个分支.对其中的22株西尼罗病毒部分基因序列进行同源性比较,发现1系病毒之间核苷酸同源在76.8%以上,氨基酸同源性在78.3%以上,而2系病毒与1系病毒核苷酸同源性约为64.7%～76.2%,氨基酸同源性约为64.7%～93.0%.     

羊口疮病毒上海流行株的分离鉴定及其保护性抗原基因遗传进化分析

为了解上海地区羊口疮病毒(ORFV)流行毒株的分子生物学特性与遗传变异情况,采集疑似ORFV感染的羔羊唇部结痂组织,应用PCR、MDBK细胞分离培养、电子显微镜观察、间接免疫荧光技术等方法,进行分离鉴定,并对这2个分离毒株保护性抗原基因F1L、B2L进行克隆与序列分析。结果表明,成功分离到2株ORFV,将其分别命名为ORFV-F416、ORFV-F429。其中,2株分离株F1L基因与参考毒株核苷酸序列同源性分别为95.2%~99.4%,推导氨基酸序列与参考毒株氨基酸序列同源性分别为94.4%~99.4%,遗传进化树分析均显示2株均属于同一分支,且与福建株FJ-YX(KC568410)亲缘关系最近。但与相关参考毒株相比,分离株FIL基因编码的氨基酸在44~66位不存在核苷酸的缺失,表明上海流行株与FJ-YX株存在一定的变异。2株分离株B2L基因与参考毒株核苷酸序列同源性为96.7%~99.6%,氨基酸序列同源性为94.7%~98.9%,且在遗传进化树上均与广西株GX-YB(JQ904793)有较近的亲缘关系,但与中国疫苗株(JQ904789)亲缘关系较远。表明从上海地区分离得到的2个毒株与流行于中国南方地区的ORFV毒株有较近的亲缘关系,但分离株的FIL基因和B2L基因存在一定变异。     

湖南省4株伪狂犬病病毒的分离鉴定及其免疫与毒力相关基因的序列分析

为了解湖南省近年来伪狂犬病病毒(PRV)的分子流行病学情况,更好地控制伪狂犬病,2012-2014年从湖南平江、汨罗、浏阳、长沙4地的4个规模化猪场送检的病料(脑组织)中检测到PRV野毒。将脑组织接种PK-15细胞,经PCR和动物接种鉴定为PRV。4个毒株分别命名为PRV-XiangA、PRV-GA、PRV-YY和PRV-LY。对这4株PRV的免疫(gB、gG、gH、gI、gL、gM)与毒力(gE、PK、TK)相关基因进行序列分析,结果显示这4株PRV的免疫与毒力相关基因核苷酸同源性为99.8%~100.0%,说明分离得到的4株PRV变异极小;将这4株PRV与国内外的主要毒株进行序列比对,结果表明这4株PRV与国内的分离毒株同源性很高,与BJ-YT株和TJ株的亲缘关系最近,核苷酸同源性为99.8%~100.0%,说明当前国内流行的PRV毒株变异较小。     

广西柳州猪瘟流行毒株E2基因的扩增及序列分析

为了了解猪瘟流行毒株间的差异,试验应用RT-PCR技术对1株广西柳州流行的猪瘟野毒的E2基因进行了扩增、克隆及测序,利用DNAStar分析软件将其与国内外参考毒株的抗原序列进行比对分析,并绘制了系统发育进化树.结果表明:柳州株的核苷酸序列及推导的氨基酸序列存在多处替换,与中国标准株Shimen和疫苗株HCLV核苷酸序列...     

羊口疮病毒大足株的分离鉴定

本研究旨在了解重庆地区羊口疮病毒（orf virus,ORFV）流行情况。从重庆大足等地区羊场采集18份临床疑似羊口疮病料,提取病料DNA,经PCR鉴定为ORFV阳性;将阳性病料做常规处理,接种羔羊睾丸细胞（LT）,并盲传至5代,观察接毒LT细胞病变,将F5代细胞培养物进行间接免疫荧光试验（IFA）、PCR扩增、测序、同源性比对、遗传进化分析和TCID₅₀测定。结果显示,经PCR检测,18份疑似羊口疮病料ORFV核酸阳性率为61.1%（11/18）;大足株病料接种LT细胞36 h后,长梭型细胞变圆、融合、呈拉网状、皱缩,72 h后大部分细胞脱落;间接免疫荧光试验在显微镜下观察到细胞浆中出现特异性绿色荧光,且荧光绕核分布;F1至F5代细胞培养物经PCR扩增出特异性目的条带,大小为1 137 bp;将测序结果与GenBank中19株ORFV B2L基因进行同源性比对,其核苷酸同源性在97.9%~100%之间,与美国SA00分离株同源性达100%,且遗传进化分析显示处于同一进化分支,亲缘关系较近;测定F5代细胞培养物TCID₅₀值为10^-5.68/0.1 mL,在细胞中能稳定增殖。综上所述,本研究成功分离并获得1株ORFV,为后续ORFV研究提供了生物材料,同时为防控重庆地区的羊口疮奠定基础。     

不同宿主来源犬瘟热病毒H基因的克隆测序与分析

应用RT-PCR的方法从2013-2015年来自我国部分地区20份犬、貂、狐和貉源犬瘟热阳性病料中克隆得到犬瘟热病毒(CDV)H基因。序列分析结果表明,20株CDV的H基因核苷酸与推导氨基酸序列的同源性分别为:90.6%~100%和90.5%~100%;相应地,与CDV3、Onderstepoort等传统疫苗株相比,其同源性分为90.4%~99.9%和89.0%~99.8%。基于CDV H基因推导氨基酸序列构建系统进化树的结果显示,除TS1510属于Amecica-1型外,其余全部为Asia-1型。表明Asia-1型犬瘟热病毒仍为目前一些地区流行基因型,弱毒感染动物也可使之产生典型犬瘟热症状。     

羊口疮病毒疫苗株和野毒株F1L基因的比较分析

羊口疮(Orf)是由羊口疮病毒(Orf virus,ORFV)引起的人兽共患传染病,ORFV F1L基因编码肝素结合蛋白。为比较分析ORFV疫苗株和野毒株编码的F1L基因的特征,本试验对疫苗株和野毒株的F1L基因进行PCR扩增、克隆及序列测定,并应用生物信息学相关软件及方法,对两者的F1L基因在核酸水平和氨基酸水平的变异情况及其二、三级蛋白结构变化情况进行了比较分析。结果显示,此次测定的ORFV疫苗株与野毒株F1L基因核苷酸序列相似性为95.9%,氨基酸序列相似性为94.5%。本研究结果为揭示ORFV异源宿主致弱的机制积累了资料。     

羊口疮病毒ORFV114蛋白生物信息学分析、真核表达及亚细胞定位

【目的】对羊口疮病毒(Orf virus, ORFV)ORFV114蛋白进行生物信息学分析、转录动力学、真核表达及亚细胞定位研究。【方法】使用DNAStar软件对ORFV-JS株ORFV114基因进行序列比对分析;分别使用在线网站ExPASy、TMHMM-2.0、SignalP-5.0、SOPMA、SWISS-MODEL对ORFV114蛋白进行理化性质分析,以及跨膜区、信号肽、结构预测;在阿糖胞苷(cytarabine, Arac)存在或不存在的情况下,于ORFV感染HeLa细胞后多个时间点收获细胞,RT-PCR扩增ORFV114基因,确定ORFV114蛋白的动态转录水平;PCR扩增ORFV114基因,将其亚克隆到真核表达载体pEGFP-N1中,构建pEGFP-ORFV114重组质粒,经酶切、测序鉴定正确后,经脂质体Lipofectamine 3000瞬时转染HEK293细胞,通过Western blotting鉴定ORFV114-EGFP融合蛋白的表达;将pEGFP-N1质粒和pEGFP-ORFV114重组质粒瞬时转染HeLa细胞,24 h后使用Hoechst 33342对细胞核染色...     

羊传染性脓疱病毒湖北株的鉴定及分子特征分析

为了确诊疑似羊传染性脓疱病例,分析羊传染性脓疱病毒(Orfvirus,ORFV)的分子特征,作者以湖北某羊场疑似传染性脓疱病料为对象,进行了电镜观察、病理切片染色、特异性目的基因扩增和序列测定及遗传进化关系分析。结果在电镜下观察到ORFV样粒子,切片HE染色可见有炎性细胞浸润,自病料中扩增出特异性目的ORFVB2L基因片段(GenBank序列号GU320351)。结果表明该病例为黑山羊传染性脓疱病毒引起,序列遗传进化分析表明该病毒和2007年分离于中国台湾的毒株(DQ904351)遗传关系最近,和印度2004到2005年分离于绵羊(DQ263306、DQ263305)、山羊(DQ263304、DQ263303)的ORFV同属于一个进化分支。本研究为ORFV分子流行病学研究积累了资料。     

2006－2016年中国羊口疮病毒的遗传演化分析

羊口疮（Orf disease）是由羊口疮病毒（Orf virus,ORFV）引起的人兽共患传染病,该病广泛分布于世界各地,对公共卫生造成了严重的影响。为了解中国ORFV毒株的起源、分子流行病学及病毒系统研究的信息,本研究对中国2006-2016年分离到82株ORFV毒株进行了系统的遗传演化分析,利用DNAStar和Mega 5.0软件对ORFV011（B2L）、ORFV020（VIR）、ORFV059（FIL）和ORFV127（vIL-10）基因序列进行核苷酸和氨基酸同源性比对,并在此基础上构建系统发育树。结果显示,82株病毒B2L基因核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别为95.9%~100%和86.5%~100%,F1L基因核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别为94.5%~100%和94.0%~100%;系统进化分析显示,中国不同地方分离的ORFV毒株处于不同分支上,甚至同一个省内的毒株也分布在不同分支上。表明中国ORFV毒株进化特殊,处于不同的进化分支上,且有发生突变的可能性,世界各地流行的代表性毒株在中国均有变种分布,这增加了中国防控ORFV的难度。本研究结果为中国防控羊口疮的流行和研制高效疫苗提供了基础数据。     

抗羊口疮病毒蛋白ORFV086多克隆抗体的制备及其应用

本试验旨在克隆表达羊口疮病毒(ORFV)蛋白ORFV086,制备兔抗ORFV086蛋白多克隆抗体并检测ORFV086蛋白的表达。以ORFV基因组DNA为模板,利用PCR方法扩增ORFV086的基因片段,将其克隆入原核表达载体pET-33b(+)。将构建的pET33b-086重组表达质粒转化大肠杆菌BL21(DE3) pLys 感受态细胞,经IPTG诱导表达,SDS-PAGE鉴定融合蛋白的表达,以纯化蛋白作为免疫原,免疫新西兰大耳白兔制备多克隆抗体。应用ELISA和Western blotting方法对所得抗体进行检测。结果显示,重组蛋白pET33b-086主要以包涵体形式存在,分子质量约为100 ku;目的蛋白经切胶纯化回收后作为免疫原制备的多克隆抗体效价达1:128000;纯化的多克隆抗体可用于检测重组及天然ORFV086蛋白,特异性好。本试验制备了ORFV086多克隆抗体,为深入研究ORFV086蛋白在羊口疮病毒感染过程中的作用奠定了基础。     

羊口疮病毒GDZC株锚蛋白基因的克隆及序列分析

为研究羊口疮病毒（Orf virus,ORFV）编码的锚蛋白（ankyrin,ANK）基因在感染宿主中的免疫调节作用,本试验从ORFV GDZC株感染的细胞病毒液中提取基因组DNA,用特异性引物进行PCR扩增、克隆出5个ANKs基因,并进行了基因序列及其编码蛋白的生物信息学分析。结果显示,获得的GDZC株ORFV008、ORFV123、ORFV126、ORFV128、ORFV129基因分别编码516、525、497、501和516个氨基酸,与OV-SA00毒株的核苷酸同源性最高,分别为98.3%、98.7%、97.9%、97.3%、98.0%。ORFV编码的5个ANKs都含有ANK结构域和F-box结构域,是结构保守蛋白。蛋白跨膜分析表明,ORFV123和ORFV128不含潜在跨膜区,ORFV129、ORFV008和ORFV126蛋白分别存在1、2和3个潜在跨膜区,且均不含信号肽。本研究结果为深入研究ANK在ORFV致病过程中作用和免疫逃逸机制提供了基础数据。     

Cloning and Sequence Analysis of Ankyrin Genes from Orf Virus GDZC Strain

To investigate the role of ankyrin proteins encoding by Orf virus (ORFV) in the immune modulation to host infection, five ankyrin (ANK) genes of ORFV GDZC strain were amplified using specific primers by PCR amplification and cloning from the viral genome DNA which extracted from virus infection cells,and their sequences and coding protein structure bioinformatics analysis were performed. The results showed that ORFV008, ORFV123, ORFV126, ORFV128 and ORFV129 consisted of 516, 525, 497, 501 and 516 amino acids, respectively, which shared a nucleotide identity of 98.3%, 98.7%, 97.9%, 97.3% and 98.0% with those of ORFV OV-SA00 strain, respectively. All of five ANK proteins contained ANK and F-box structural domain that showed they were structure conservative proteins. The analysis of protein transmembrane showed that ORFV123 and ORFV128 had no potential transmembrane domains, while the ORFV129, ORFV008 and ORFV126 had one, two and three potential transmembrane domains, respectively. And these ANK proteins had no signal peptide. These results provided the basic data for further study of the ANK proteins in the pathogenic and immune evasion mechanisms of ORFV.     

Comparison Analysis of Immune Related Gene of Orf Virus in Sheep and Camels

The purpose of this study was to investigate the variation of Orf virus (ORFV) immune related genes after infection with different species.The ORFV genomes of sheep and camel were extracted and named ORFV-Y and ORFV-LT,respectively.Based on ORFV genome sequence published in GenBank (accession No.:KF234407.1),three pairs of specific primers were designed and synthesized to amplify the B2L,F1L and VIR gene fragments of ORFV-Y and ORFV-LT,respectively,and the amplified fragments were cloned into pMD19-T vector,transformed into E.coli DH5α competent cells.The recombinant plasmid was identified,and positive clones were selected for sequencing,DNAStar software was used to analyze the homology,amino acid sequence and phylogenetic tree of 13 ORFV genome sequences published on NCBI.The results showed that the nucleotide homology of B2L,F1L and VIR genes were 92.8% to 99.2%,95.7% to 99.5% and 77.6% to 100%,respectively.After comparing the amino acid sequence between the two genomes and the reference sequence,it was found that there were obvious differences in the immune related genes between the two genomes,and F1L gene had some rules to follow.The phylogenetic analysis of B2L,F1L and VIR genes showed that ORFV-Y was closely related to the Chinese Fujian goat strain,while ORFV-LT was far from the reference strains,and was a separate branch.The results showed that ORFV had obvious difference in immune related genes between sheep and camels,it provided a reference basis for further research on the changes of ORFV gene sequences in different species and the development of vaccines for different species in the future.