家蚕基因组测序 世界首个"框架图"在渝问世

有关专家介绍,家蚕基因组“框架图”的完成只是家蚕基因组研究和开发计划的第一步,而其“精细图”预计在明年完成。家蚕基因组“框架图”与“精细图”有什么区别呢?中国家蚕基因组计划项目主持人、中国工程院院士向仲怀介绍,“框架图”是相对于“完成图”或“终图”而言,但实际上,真正的“完成图”并不存在,因为它总会存在一些空隙,而“精细图”则比“框架图”更进一步,更为准确、精细。基因组“框架图”的要点包括:测序工作量达到基因组的5倍;基因覆盖率达到90 %以上,即经初步组装的“一致性”序列占整个基因组的90 %以上;经初步组装的“一…     

美加等国正式启动牛基因组测序工程

由美国、加拿大、澳大利亚和新西兰等国政府机构和私营公司参与、总预算为5300万美元的国际“牛基因组测序工程”日前正式启动。 美国农业部长维尼曼当天在美国农业部举行的启动仪式上说,测定牛的基因组将造福人类健康和促进农业科技的突破。她认为,这项工程所产生的研究成果,将为提高食品安全、控制和治疗动物疾病等提供巨大机遇。     

羊草全基因组测序计划全面启动

近日,由中国农业科学院草原研究所牵头,联合中国农业科学院深圳农业基因组研究所等单位共同合作的羊草全基因组测序计划已全面启动。该计划完成后,将对我国极为丰富的羊草资源的新品种选育、人工草地建植、天然草原生产力提高以及产业开发等工作带来重要推动作用。     

华大和GT宣布首个中国仓鼠卵巢细胞系基因组测序完成

(GT)深公圳司华1大月基6因日研共究同院宣(B布G首I)次与完G成T L对ife中S国cie仓nc鼠es卵巢(CHO)细胞系基因组的测序工作,并提供对其基因组序列数据的优先访问途径。双方此次的合作成果在对优化哺乳动物细胞系研究,促进重组药物蛋白的表达,提高蛋白产量,降低生产成本等方面均具有重大意义。     

利用全基因组重测序数据检测8个鸭品种基因组拷贝数变异

旨在鉴别与鸭重要经济性状潜在相关的拷贝数变异(copy number variations, CNVs),为解析CNVs对鸭经济性状的影响提供前期研究基础。本研究利用从美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information, NCBI)公共数据库中下载的8个鸭品种共78个个体的全基因组重测序数据,采用CNVnator和CNVcaller软件进行全基因组CNVs检测,同时只保留两个软件检测结果中存在至少1 bp重叠的同类型CNVRs,以消除假阳性对试验结果的影响。结果显示,8个鸭品种的CNVs合并后共检测出7 550个CNV regions (CNVRs),其中包括7 098个duplications和452个deletions。这些CNVRs在鸭29条常染色体上呈不均匀分布,总长度为16 111.2 kb,平均长度为2 134 bp,约占鸭基因组的1.51%。此外,本研究在8个鸭品种共筛选到4 304个潜在的品种特异性CNVRs,覆盖1 230个注释基因。通过基因功能Gene Ontology(GO)富集分析,鉴别到38个可...     

细菌全基因组测序技术用于沙门氏菌流行病学调查的可行性分析

为探讨细菌全基因组测序（whole genome sequencing,WGS）技术在基层沙门氏菌防控中的优势与可行性,对前期分离的9株沙门氏菌进行细菌全基因组测序,并进行血清型预测、多位点序列分型（multilocus sequence typing,MLST）和耐药基因分析,将全基因组测序结果与传统血清分型和耐药性分析结果进行对比。结果显示：基于全基因组测序数据的血清分型结果与传统血清分型结果符合率为100%,两种方法对9株沙门氏菌血清分型结果完全一致;两种方法分析出的β-内酰胺类、氯霉素类、喹诺酮类和氨基糖苷类药物的耐药基因与耐药表型符合率为100%,即耐药菌株中均含有4大类抗菌药物的耐药基因;用全基因组测序检测到利福平、磺胺类和四环素3大类抗菌药物的7个耐药基因,表明9株沙门氏菌可能对这3大类抗菌药物耐药。结果表明：全基因组测序结果与传统实验室诊断结果完全一致,且具有快速、低成本、操作简单等优势,并且随着测序技术的发展,其检测成本和周期将进一步缩减,因此基于细菌全基因组测序开发沙门氏菌快速分型和耐药性分析方法有一定的应用价值和可行性。     

基于RAD-seq测序的狼山鸡基因组选择信号分析

试验旨在分析狼山鸡基因组选择信号,发掘狼山鸡重要种质特性基因。采用简化基因组RAD-seq测序鉴定狼山鸡及其他18个地方鸡种基因组SNP标记,构建系统进化树阐明狼山鸡的遗传结构,采用ZHp选择信号检测方法鉴定狼山鸡基因组受选择区域（基因）。结果显示,在狼山鸡中鉴定出320 874个SNPs。19个地方鸡种总体上聚为五大类,与品种形成历史和区域分布基本一致。狼山鸡16个常染色体上的46个区域受到选择作用（ZHp<-3.5）,包含122个受选择基因,其中部分区域在遗传聚类同分支的安义瓦灰鸡（15个区域）、边鸡（14个区域）、大骨鸡（11个区域）和北京油鸡（13个区域）中也受到选择。GO分析结果显示,狼山鸡122个受选择基因显著富集在血细胞生成、转录调控、嗜酸性粒细胞趋化、骨化等生物学过程（P<0.05）。KEGG分析结果显示,狼山鸡122个受选择基因显著富集在心肌细胞肾上腺素能信号传导、Toll样受体信号通路、Ca²⁺信号通路、细胞质DNA传感通路、NOD样受体信号通路等（P<0.05）。选择作用主要体现在对狼山鸡刺激响应、先天免疫、代谢、神经系发育等方面的塑造。研究结果可为狼山鸡品种评价、保护及利用提供重要遗传信息。     

桑树（川桑Morusnotabilis）全基因组测序

人类栽桑养蚕起始于5000年之前,所开创的丝绸之路极大地影响了世界历史的进程。家蚕的基因组已经被解析,与之相辅,我们在此描述了桑树（川桑）的基因组。经过组装之后的桑树基因组大小为330Mb,含有128Mb的重复序列,编码了29338个基因,转录组数据支持了其中60．8％的基因。分析桑树基因组发现,桑树基因的进化速度是蔷薇目其他物种的大约3倍,这一特征可能促进了其在地球上的传播和分布。桑树在过去的1亿年中没有经历基因组加倍事件,这一现象只在除了几个蔷薇目物种的少数真双子叶植物中出现。然而,在桑树及其他树种中却发现了一系列新的多倍体类型,这一种新型的加倍事件可能对其更加有利。在家蚕的血淋巴和丝腺中鉴定到了5个预测的桑树来源的miRNA,暗示了植物和植食性昆虫之间在分子水平上存在相互作用。除此之外,对桑树中与分化选择、抗性和乳汁中表达的蛋白酶抑制子等相关的编码基因的鉴定和分析将推进桑树改良的研究进程。     

40个基因组完全重测序揭示蚕的驯化事件及其相关基因

我国家蚕基因组研究再获重大突破,研究成果再登《science》杂志,影响广泛。本刊特设专栏刊发该论文中文译文以及相关评述,以满足广大读者的需求。     

全基因组重测序在畜禽研究领域的应用进展

全基因组重测序(whole genome resequencing, WGRS)是对已知参考基因组序列的物种进行不同个体间的全基因组水平的测序,具有检测变异类型丰富、高性价比、应用广泛等优点。随着测序成本的降低和畜禽基因组测序工作的完成,全基因组重测序技术已成为畜禽遗传变异研究的重要工具。全基因组重测序技术可获得大量基因变异信息,包括单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)、插入缺失(insertion/deletion, InDel)、结构变异(structural variation, SV)和拷贝数变异(copy number variation, CNV)等,丰富了现有的基因组序列,形成的大量数据集为探索畜禽表型性状和遗传改良提供了一个基因组信息库,以促进对畜禽遗传资源的深入研究与利用。作者概述了全基因组重测序技术及其关键影响因素(测序深度、序列比对和变异检测),重点综述了该技术在重要畜禽(牛、羊、猪、鸡)研究领域的应用进展,并对将来侧重于整合分析重测序数据、精准表型记录和多组学信息的研究趋势进行了展望。     

40个蚕基因组测序揭开了其选育史

中国古代通过处死那些将蚕或蚕卵走私出国的人来保护蚕丝生产的秘密。在蚕丝生产技术传播到日本、韩国、中东和欧洲之前,这种处罚措施一直持续了几千年。但是现在,中国无私地提供家蚕的秘密：在这个星期SCIENCE杂志在线网络上（http：／／www．sciencemag．org／cgi／content／abstract／1176620）,     

全基因组测序技术在猪源沙门氏菌血清分型和耐药性分析中的应用

【目的】为研究全基因组测序技术在猪源沙门氏菌血清型和耐药性检测方面的应用能力。【方法】以60株猪源沙门氏菌为研究对象,应用传统玻片凝集法和微量肉汤稀释法对其进行血清分型和耐药性检测,并提取所有菌株核酸进行全基因组测序组装,利用SeqSero2和ResFinder4在线预测每株菌的血清型和耐药基因,然后与传统方法进行比较分析。【结果】血清凝集试验共鉴定出8种沙门氏菌血清型,而全基因组测序鉴定出9种血清型,二者分型结果的符合率为90.0%;对11种抗菌药物的药敏试验显示：沙门氏菌对四环素（73.3%）的耐药率最高,其次为氨苄西林（66.7%）、磺胺异噁唑（66.7%）和复方新诺明（53.3%）,基于全基因组预测的恩诺沙星、美罗培南、头孢噻呋和阿奇霉素的耐药性与药敏试验结果完全一致,对氨苄西林、磺胺异噁唑、四环素预测的结果符合率也均大于90.0%。【结论】全基因组测序分析的沙门氏菌血清型和耐药性与常规检测方法的符合率较高,且具有操作简便的优势,可以作为分析沙门氏菌血清型和耐药性的有效方法。     

基于简化基因组测序的永登七山羊遗传多样性分析

旨在通过简化基因组测序(specific-locus amplified fragment sequencing, SLAF-seq)技术分析永登七山羊群体遗传多样性和群体结构,为永登七山羊作为新发现资源申报提供支撑。本研究以甘肃省4个地方绵羊群体(每个群体随机选取10只成年健康母羊)作为研究对象,利用SLAF技术检测全基因组范围内的单核苷酸多态性位点(SNPs)。通过perl编程计算观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)、香浓维纳指数(SHI)和基因多样性指数(Nei)等5个遗传多样性指标;PopLDdecay软件分析每个品种连锁不平衡情况;elgensoft软件进行主成分分析(PCA);mega x软件构建4个绵羊品种的系统发育树;structure软件进行群体遗传结构分析;gcta软件进行亲缘关系分析。结果表明,40只绵羊个体共检测到1 658 596个SNPs位点,其中大部分SNPs位点位于基因间区域。永登七山羊群体Ho、He、PIC、SHI、Nei指标值分别为0.082、0.277、0.221、0.411和0.305,且永登七山羊的连锁不平衡系数较高,...     

《40个基因组完全重测序揭示蚕的驯化事件及其相关基因》在线支撑材料

1材料与方法 1．1样品收集 为了囊括全世界实验室所保存的主要的蚕系统,我们收集了各种的地理区域的品系,如中国、日本、欧洲和热带地区（主要是东南亚：印度,柬埔寨和老挝）,和突变系统。列于表S1的29个家蚕品系来自中国西南大学蚕学与系统生物学研究所。     

基于全基因组重测序的岔口驿马分子遗传特性研究

本研究以岔口驿马为主要研究对象,分析了其群体结构以及其与百色马、哈萨克马品种的遗传关系和受选择位点。实验采用PCA分析、系统发育树分析、ADMIXTURE分析以探明群体遗传结构和品种间的遗传关系;采用群体遗传分化指数（Fst）、核苷酸多样性（θπ）和XP-EHH 3种方法检测岔口驿马受选择位点,提取相应的基因进行富集分析。研究结果表明,在这3个马品种中,岔口驿马与哈萨克马的遗传关系更近;使用3种分析方法所筛选到的岔口驿马与百色马的候选基因有110个,岔口驿马与哈萨克马的候选基因有25个;GO和KEGG富集分析结果显示,岔口驿马与百色马的差异基因主要富集在骨骼发育通路,而岔口驿马与哈萨克马的差异基因主要富集在神经发育相关通路。本研究初步揭示了岔口驿马的遗传特性,并为岔口驿马保种选育工作提供了参考依据。     

首个白蚁基因组破译促社会性昆虫进化研究

正白蚁的蚁王具有长久的生殖能力,与蚁后拥有同等的特殊地位,其他社会性昆虫却没有王。因此,白蚁是研究社会性进化重要的昆虫。近日,《自然·通讯》在线发表的文章中,中、美、德等国科学家宣布完成了首个白蚁(内华达古白蚁)基因组测序和分析,在揭示白蚁复杂社会性的分子基础方面获新发现。白蚁与蚂蚁和蜜蜂一样是社会性昆虫。科学家发现在白蚁社会中,仅有少数的个体(称作蚁     

2009年蚕类基因组重测序研究论文在Science上发表

<正>1)2009年1月2日,国际昆虫学著名杂志《Insect Biochemistry and Molecular Biology》正式出版《家蚕基因组特别刊》,详细报道了家蚕基因组精细图成果。受万刚部长委托,科技部专门发来贺信,祝贺我所家蚕基因组研究再次取得重要进展。2)2009年1月12~13日,农业部、财政部在京联合召开现代农业产业技术体系建设工作     

多重耐药胸膜肺炎放线杆菌GD2107株全基因组测序及生物信息学分析

【目的】通过对多重耐药胸膜肺炎放线杆菌(Actinobacillus pleuropneumoniae,APP)GD2107株进行全基因组测序及生物信息学分析,丰富APP基因组数据库信息;构建基于ApxⅣ基因的系统进化树,分析该菌株的进化关系,为探索APP致病机制和临床防控猪传染性胸膜肺炎(porcine contagious pleuropneumia, PCP)提供参考。【方法】通过药敏试验测定分离菌株的耐药谱;采用全基因组测序技术(whole genome sequencing, WGS)对细菌DNA进行全基因组测序,分别利用Illumina NovaSeq、PacBio SequeI测序平台对全基因组测序结果进行基因功能注释及生物信息学分析(包括基因组基本信息、功能元件分析及亚系统分析等);基于ApxⅣ基因构建系统进化树。【结果】药敏试验结果显示,GD2107菌株对青霉素、头孢拉定(先锋Ⅵ)、卡那霉素等14种抗菌药均耐药。对GD2107株全基因组测序得到1条大小为2 271 987 bp的环状染色体(GC含量为41.21%)和2个大小分别为5 027和3 497 bp的环状质粒...     

动物科技学院举办“基因测序与功能分析技术”报告

<正>2014年12月12日动科学院在104会议室举办了基因测序与功能分析技术报告。李越博士简要介绍北京市理化分析测试中心生物技术部及其技术平台,安云鹤博士介绍基于二代测序平台的基因测序技术,重点介绍宏基因组测序、基因组重测序和转录组测序技术及其后续分析。     

家蚕基因组研究重要成果——40种蚕类基因组重测序及遗传变异图

2009年8月27日，国际著名学术杂志《Science））（（〈科学》）在线发表了西南大学主持完成的重要科研成果——《40个基因组完全重测序揭示蚕的驯化事件及其相关基因》（《Complete reseanquencing of 40 genomes reveals domestication events and genes in silkworm（Bombyx）》）2004年发表世界第一张家蚕基因组框架图后，中国科学家再次在《Science））杂志上。