鸡卵清蛋白5''端调控区的克隆和序列分析

通过PCR技术从产蛋鸡输卵管基因组中扩增出1．1kb的鸡卵清蛋白5’调控区，将其克隆入pMD18-T载体的多克隆位点(命名为pOV)，经酶切鉴定和序列测定可作为调控序列来启动外源基因的表达。为下一步构建其调控外源基因的质粒表达载体作准备。     

鸡生长激素cDNA及其5'端调控区的克隆分析

从肉用品种鸡构建的垂体文库中克隆分离了鸡生长激素ｃＤＮＡ,并作了核苷酸序列测定。克隆的鸡生长激素ｃＤＮＡ序列全长为７８９个碱基对,其中５＇非转译区为４０个碱基对,３’非转译区为１０１个碱基对,编码区为６４８个碱基对。通过序列比较分析,克隆的鸡生长激素ｃＤＮＡ序列与已报道的蛋用品种鸡生长激素ｃＤＮＡ序列的同源性为９６％,与鸭生长激素序列的同源性为８７％,但与火鸡生长激素序列的同源性只有５２％。通过ＰＣＲ技术,本研究还扩增了６个鸡品种的生长激素基因５’端调控区。尽管这些鸡品种的生产性能差异显著,但序列分析表明鸡生长激素基因５’端调控区十分保守。因而,鸡生长激素基因表达的差异可能受到内含子或３’端侧翼序列的影响。另外,鸡生长激素对多人数量性状的影响也在本文中进行了讨论。     

猞猁GH基因部分序列及其5‘端调控区的克隆与分析

根据已报道的哺乳动物GH基因序列设计一对引物，利用PCR技术直接扩增猞猁GH基因部分序列和5‘端调控区序列，将PCR产物克隆到质粒pUC19的Hinc Ⅱ位点，重组子经Hind Ⅲ/EcoⅠ双酶切鉴定和序列分析，扩增片段长度为783bp。测序结果与其它报道的哺乳动物GH基因对应片段比较，5‘端侧翼序列和第一外显子高度保守，第一内含子和部分第二内含分子存在89％同源性，且第二个外显子中突变多发生在密码子的兼并位点上。PCR结果和序列分析表明，GH基因在猞猁基因组中为单基因。     

鸡生长激素cDNA及其5′端调控区的克隆分析

从肉用品种鸡构建的垂体文库中克隆分离了鸡生长激素cDNA,并作了核苷酸序列测定。克隆的鸡生长激素cDNA序列全长为789个碱基对,其中5′非转译区为40个碱基对,3′非转译区为101个碱基对,编码区为648个碱基对。通过序列比较分析,克隆的鸡生长激素cDNA序列与已报道的蛋用品种鸡生长激素cDNA序列的同源性为96%,与鸭生长激素序列的同源性为87%,但与火鸡生长激素序列的同源性只有52%。通过PCR技术,本研究还扩增了6个鸡品种的生长激素基因5′端调控区。尽管这些鸡品种的生产性能差异显著,但序列分析表明鸡生长激素基因5′端调控区十分保守。因而,鸡生长激素基因表达的差异可能受到内含子或3′端侧翼序列的影响。另外,鸡生长激素对多个数量性状的影响也在本文中进行了讨论。     

鸡卵清蛋白基因调控序列的克隆与载体构建

卵清蛋白（ovalbumin）基因在鸡基因组中只有一对等位基因,却能每天合成分泌多达2 g的蛋白,占据卵白蛋白质的50%以上,是外源基因载体表达调控构件的首选。该研究从输卵管特异性启动子方面着手,通过对卵清蛋白基因启动子的筛选优化,找出启动子增强因子的位置以及组织特异性区域。将卵清蛋白基因上游-922～-2 073和-2 801～-3 100区域平均分成12个长度约为150 bp的序列,分别插入到-921～+38序列的上游,成功构建12个系列表达载体,为进一步筛选短缩版优化启动子提供材料;卵清蛋白基因第一内含子区域截断成300 bp左右的迷你内含子序列,成功构建8个迷你内含子系列载体,为筛选优化的迷你内含子提供必要的材料;成功分离鸡输卵管上皮细胞并优化电转染条件,通过荧光素酶活性检测初步筛选出具有最强活性重组质粒pGL4 UP 1412和内含子重组质粒pGL4 mini intron 3,同时推断出若干包含增强子序列区域。     

牦牛乳球蛋白基因5'调控区的分离、克隆及序列分析

根据文献设计1对PCR引物,寡聚核苷酸序列上游引物为5′-gCg,AAT,TCA,TCC,CAC,gTg,CCT,gC-3′,下游引物5′gAg,AAT,TCC,Tgg,ggA,ggg,ACC,TT-3′.经68℃退火及30轮循环的PCR程序后扩增出长度为1447 bp的DNA片段,将该片段从琼脂糖凝胶中回收,克隆到pMD18-T Vector后进行序列测定.序列分析结果表明,牦牛乳球蛋白基因5′调控区与文献报道的奶牛该基因同源性为97.65%,突出的碱基差异为牦牛乳球蛋白基因5′调控区发生了1个位点连续3个碱基的缺失突变和另一位点1个碱基的插入突变.该研究也为开展以牦牛乳球蛋白基因5′调控区为启动子的乳腺生物反应器研究准备了条件.     

猞猁GH基因部分序列及其5＇端调控区的克隆与分析

根据已报道的哺乳动物GH基因序列设计一对引物,利用PCR技术直接扩增猞猁GH基因部分序列和5＇端调控区序列,将PCR产物克隆到质粒pUC19的HincⅡ位点,重组子经HindⅢ/Eco R I双酶切鉴定和序列分析,扩增片段长度为783 bp.测序结果与其它报道的哺乳动物GH基因对应片段比较,5＇端侧翼序列和第一外显子高度保守,第一内含子和部分第二内含子存在89%同源性,且第二个外显子中突变多发生在密码子的兼并位点上.PCR结果和序列分析表明,GH基因在猞猁基因组中为单基因.     

鸭骨形成蛋白4基因的克隆和序列分析

通过比较基因组学方法,采用RT-PCR技术克隆了鸭骨形成蛋白4(BMP4)基因的1 256 bp cDNA序列,包含44 bp的5'非翻译区和1 212 bp的完整编码序列(编码404个氨基酸);对该基因的结构分析得知鸭BMP4基因包含2个外显子和1个内含子.经同源比对发现该编码序列与鸡的BMP4基因相似性达95.5%...     

小尾寒羊催乳素基因5'侧翼调控区的克隆与序列分析

采用PCR技术扩增出小尾寒羊催乳素基因5'侧翼调控区的161 bp大小的片段,经SSCP检测到2种基因型(AA、AB),将这2种基因型片段分别克隆到pGEM-T Easy质粒中,重组质粒用PCR扩增进行阳性克隆鉴定,然后测定核苷酸序列.催乳素基因扩增片段第63处发生了单碱基的改变(C→A).小尾寒羊催乳素基因2种基因型核苷酸序列与母牛的同源性为92.5%.     

小鼠ISG15基因5′调控区序列的克隆及序列分析

采用LA-PCR技术扩增小鼠ISG15基因1194bp的5′调控区序列,构建了重组克隆载体pEGFP-N1-ISG15,对阳性克隆进行了PCR扩增、限制性酶切鉴定、DNA测序及生物信息学分析。结果表明:试验成功构建了包含小鼠ISG15基因5′调控区的重组质粒;经同源性比对发现ISG15基因5′调控区在不同物种中同源性不高,在转录起始位点近端的启动子区域中小鼠与人、牛、乌鳢的同源性分别为41.36%,37.89%,38.71%;经过预测该调控区富含GAS、GR、SP1、NF-1、CBF-B等转录因子结合位点,有五处Enhancer区、一处ISRE元件以及一处保守的NF-κB结合位点。本研究为进一步确定小鼠ISG15基因核心启动子区域及该基因的表达调控奠定了理论基础。     

番鸭催乳素基因的克隆与序列分析

为探明番鸭的遗传分化,以番鸭脑垂体的总RNA为模板,用反转录—聚合酶链式反应(RT-PCR)方法扩增了含有催乳素(PRL)基因的DNA片段,将其克隆到pMD18-T载体上并进行了序列分析.结果表明,番鸭PRL基因由765 bp组成,编码229个氨基酸;与已报道的北京鸭、马岗鹅、皖西白鹅、莱茵鹅、家鸡、火鸡、鹌鹑等禽类PRL基因相比,PRL基因的核苷酸和氨基酸序列同源性为91.0%-99.0%和98.3%-99.1%.说明PRL基因在进化过程中相当保守.番鸭PRL基因氨基酸序列与北京鸭比较两者并没有太大差别,仅在第9(K/E)、176(V/I)、194位(K/I)各有一个突变,可以推测这两者之间就巢性的差异可能与PRL的结构关系不大;但与家鸡的氨基酸序列差异则较大.     

鸭IL-2基因启动子的克隆、多态性与表达的关联分析

为研究鸭IL-2基因调控区单核苷酸多态性对其转录调控的影响,克隆获得了鸭IL-2基因启动子2 850 bp序列,与人、小鼠和原鸡的同源性分别为35.37%,37.52%和34.74%。其中,-1 400/-1 000存在集中的核心转录因子结合位点。对鸭IL-2基因启动子(-1 932/-742)进行单核苷酸多态检测和遗传多态性分析发现,该区域存在两个突变位点(C-1353A、C-1406T),且均处于Hardy-Weinberg极不平衡状态;等位基因A均为优势等位基因。单核苷酸多态与其表达水平的相关性分析发现,突变位点不同基因型与IL-2基因mRNA表达水平和IL-2蛋白水平均无显著相关关系,但基因型AA个体的mRNA表达量均高于其他基因型个体(P>0.05),表明鸭IL-2启动子等位基因A可能有促进IL-2基因转录的趋势。研究结果为IL-2基因转录调控机制的研究提供了理论基础。     

鸭TYR基因序列的克隆与分析

根据鸡和鹌鹑的酪氨酸酶基因（TYR）保守序列设计1对引物,以半番鸭基因组为模板进行PCR扩增,将扩增出的序列进行克隆和测序,结果得到长为630bp的序列。序列分析表明该基因片段包含外显子1部分序列,与鸡、鹌鹑和孔雀的TYR基因分别有93．5％、94．3％和93．4％的同源性,充分显示了TYR基因在进化上的保守性;对扩增序列进一步研究发现第133处存在G／A突变。该基因部分序列的克隆,为进一步开展研究TYR基因多态性与鸭羽色的相关性研究奠定基础。     

北京鸭血管活性肠肽基因cDNA片断的克隆及序列分析

为从北京鸭胃肠道中扩增血管活性肠肽(VIP)基因,根据鸡VIP基因(GenBank登录号X80906),设计了一对简并引物,从北京鸭腺胃、十二指肠和空肠提取总RNA,通过反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增,将从腺胃、十二指肠和空肠中扩增出的产物克隆到pGEM-Teasy载体上,导入大肠杆菌JM109,阳性克隆经双酶切鉴定后测序,将测序结果与鸡和鹅(GenBank登录号为DQ023161)的VIP基因进行同源性比较。本试验扩增到的VIP基因与已知的鸡和鹅核苷酸序列比较,同源性分别为94.61%和94.42%,氨基酸序列同源性分别为93.75%和95.71%。本试验首次成功从北京鸭腺胃、十二指肠和空肠扩增到长度为240 bp、编码VIP的基因片断(已提交GenBank,登录号DQ200173)。     

种番鸭减蛋综合征病毒六邻体蛋白基因的克隆与序列分析

运用PCR技术从表现产蛋异常的种番鸭分离鉴定的减蛋综合征病毒(EDSV)E05株中分段扩增六邻体蛋白基因,分别与克隆载体pMD18-T连接后,转化感受态细胞,对经PCR鉴定和酶切鉴定均为阳性的克隆进行测序.结果表明,E05株六邻体蛋白基因长度为2733 bp,共编码910个氨基酸.序列分析表明,该株病毒与鸡源EDSV 127株和鹌鹑源EDSV QU株六邻体蛋白基因的核苷酸同源性分别为99.6%和96.0%,氨基酸同源性分别为99.9%和99.3%.     

黑羽番鸭LPL基因克隆及在肌肉发育中的表达规律

脂蛋白脂酶(LPL)是水解甘油三酯的关键性酶,可以为细胞提供游离的甘油三酯,并作用于脂蛋白循环,与机体的脂质代谢有密切关系。本研究利用同源克隆策略克隆黑羽番鸭LPL基因,并采用实时荧光定量PCR技术分析其在肌肉组织发育过程中mRNA表达规律。结果表明,黑羽番鸭LPL基因cDNA序列长度为1515 bp,包括了1485 bp的编码区,编码494个氨基酸。与禽类LPL基因核苷酸和氨基酸序列同源性均在90%以上,与人和哺乳动物同源性在70%~75%之间。实时荧光定量PCR检测结果显示,LPL基因在第2周龄胸肌中mRNA表达量较低,然后开始上升,达到最大值再出现下降并保持在一定水平上;公鸭腿肌表达规律和公鸭一致,但是母鸭腿肌表达量呈波浪状。     

珠三角地区鸭坦布苏病毒的全基因序列测定与分析

【目的】了解2010年以来分离于珠三角地区鸭坦布苏病毒病(Duck Tembusu virus,DTMUV)GDNS2010.1、GDNS2010.2、GDZQ2012、GDPY2013株的分子特征.【方法】参考Gen Bank收藏的DTMUV JS804株,共设计合成11对特异性引物,扩增了4株病毒的全基因序列片段.【结果和结论】4株病毒全长约为10 990 bp,无Ploy(A)尾结构,仅含有1个大的ORF,共编码3 426个氨基酸,5'非编码区(5'UTR)各含有94 bp.在3'非编码区(3'UTR),GDNS2010.1、GDNS2010.2毒株在103 395~103 411 bp处缺失10个碱基.联合前期试验已测定的2株病毒序列(GDHZ2012.1、GDHZ2012.2),用DNAstar和MEGA6.0序列分析软件将6株病毒同Gen Bank收藏的国内的其他坦布苏病毒株比对,发现核酸序列相似性在98%以上,与Ntaya病毒和Sitiawan病毒相似性较大,相似性都在73%左右;与西尼罗河病毒、日本乙型脑炎病毒、黄热病毒等相似性皆低于63%.6株病毒囊膜蛋白E核酸序列相似性为97.5%~99.9%,推导氨基酸序列相似性在97%以上,其中同一地区分离的毒株相似性最高,达99.9%;在囊膜蛋白E154位存在一潜在的糖基化位点Asn-Try-Ser,在E蛋白结构域Ⅱ第E289位,极性带正电荷的Lys变为极性带负电荷的Glu,推测这一位点可能为病毒的毒力位点.     

鸭病毒性肝炎病毒分离鉴定及VP1基因序列分析

应用无母源抗体的鸭胚从疑似病毒性鸭肝炎的病麻鸭肝脏中分离到1株病毒。该分离毒能致死鸡胚、番鸭胚和麻鸭胚,死胚尿囊液均无血凝性;病毒能被鸭病毒性肝炎高免血清特异性中和;病毒人工感染3日龄麻鸭发病率和死亡率均达50%,并从病死鸭肝脏中回收到分离毒;RT-PCR扩增结果表明分离毒为I型DHV阳性,同时将此扩增的1 052 bp目的片段克隆到pMD18-T载体,对重组阳性质粒进行序列测定和分析表明分离毒的VP1基因与台湾省分离株DHV-03D的亲缘关系最近,同源率为95.7%,对VP1氨基酸潜在位点分析发现该分离毒具有野毒的分子特征。上述结果表明该分离毒为Ⅰ型鸭肝炎病毒,命名为DHV-NA株。     

赤眼鳟myostatin基因的克隆与组织表达分析

以赤眼鳟(Squaliobarbus crriculus)肌肉总RNA为模板,采用RT-PCR结合RACE方法,获得其myostatin(肌肉生长抑制素)基因全长为2 214 bp的cDNA序列,其包含了1个含有1 128个核苷酸的开放性阅读框(ORF),共编码375个氨基酸。赤眼鳟与其他物种myostatin的特征性一致。其编码区序列与鲤鱼同源性最高,为96.99%,与其他鱼类的同源性为76%～81%,与哺乳类和鸟类的同源性较低,为63%左右。赤眼鳟Myostatin蛋白的氨基酸序列与其他物种同源性较高,尤其在C端生物活性区,高度的保守性反映了该基因受到了高度的进化限制以及功能的重要性。半定量RT-PCR分析表明,myostatin基因在除肝脏外的其他组织都有表达,在肌肉和脑中的表达量较高,此结果表明赤眼鳟myostatin基因除了对肌肉生长发育有调控作用以外,还可能在机体中发挥其他功能。