18S rRNA/rDNA为主的分子生物学技术在瘤胃原虫分类鉴定中的应用

<正>在反刍动物瘤胃微生物菌群中,瘤胃原虫占总微生物量的50%以上(Williams等,1992)。但是由于其特殊的生长条件和复杂的形态,不能很好地研究其在瘤     

16S rRNA/rDNA序列分析技术在瘤胃细菌微生态系统研究中的应用

作者指出了反刍动物瘤胃细菌微生态系统研究的难点，介绍了细菌分类学中新兴的分子生物学指标（16S rRNA/rDNA序列同源性），综述了16S rRNA/rDNA序列分析中所采用的分子生物学方法和技术，并阐述了瘤胃分子微生物学研究的流程。     

18S rRNA序列差异在马梨形虫分类学中的应用

为揭示18S rRNA V4高变区在物种分类学的本质意义,及进一步阐述马泰勒虫(之前称马巴贝斯虫)的分类学地位,本试验参考马泰勒虫(DQ287951)和驽巴贝斯虫(FJ209026) 18S rRNA基因序列,在其V4高变区设计引物.将获得的片段克隆至pMD19-T进行测序,正确的结果与其他种梨形虫的相应序列进行分析.系统发生树结果显示,泰勒虫和巴贝斯虫处于明显的两个分支,而称之为马巴贝斯虫的物种和泰勒虫有着较为密切的关系,他们处于同一分支,其亲缘关系较巴贝斯虫更远.序列对齐分析表明,巴贝斯虫核苷酸序列相对于泰勒虫种序列存在多个位点的缺失和突变.而马巴贝斯虫和泰勒虫18S rRNA V4高变区核苷酸序列的相似程度较高,与巴贝斯虫在该序列上的差异较大.以上结果表明,泰勒虫种和巴贝斯虫种18S rRNA V4高变区核苷酸序列间的这种缺失和突变可作为泰勒虫和巴贝斯虫分类依据的本质因素之一.马巴贝斯虫应隶属于泰勒虫科,泰勒虫属.     

基于16S/18S rRNA/rDNA的分子技术在定量瘤胃微生物中的研究进展

瘤胃微生物是反刍动物与日粮间的纽带。用传统或经典的亨氏滚管法和最大似然法测定瘤胃内微生物总数的结果可能偏低。采用培养方法培养的已知菌种可能不完全适合或进入了未培养状态。由于缺少可行的方法,未知菌种从未培养过。由于任何一个细胞都含核糖体,rRNA/rDNA有进化守恒的特性,建立在16S/18S rRNA/rDNA的现代分子技术在不需要培养微生物的条件下,不仅能用于描述分子特性,而且能检测数量和提供用于预测自然进化关系的分类方法。基于不同的16S/18S rRNA/rDNA的守恒区能设计出通用、属、种甚至株特异性探针或引物,通过分子杂交能检测、量化细胞含量和测定细胞活性。杂交可得到某个序列或微生物的相对或绝对量。然而,杂交的灵敏度较低,它仅能检测出超过106个细菌/m l瘤胃液。竞争PCR和实时PCR已开发并用于检测瘤胃微生物,其灵敏度达到检测单个细菌。16S/18S rRNA/rDNA方法已成功用于瘤胃环境研究而且很快获得认可。但是基于16S/18S rRNA/rDNA的现代分子技术不能排斥经典传统微生物方法,但它将成为一项便利技术用于瘤胃微生物研究。     

ITS1 rDNA序列用于瘤胃原虫研究可行性的探讨

文章主要探讨瘤胃原虫rDNA序列的ITS1区段用于其群体研究的可行性和有效性。试验1由3只瘘管山羊提供瘤胃液、以不同结构碳水化合物底物(可溶性淀粉/滤纸纤维:A,100:0、B,70:30、C,50:50、D,30:70、E,0:100)进行体外培养;试验2以4只瘘管山羊为试验动物,以A(鱼粉)、B(羽毛粉)、C(玉米蛋白粉)和D(豆粕)等蛋白质饲料配制的4种等氮日粮进行4×4拉丁方试验,采用ITS1rDNA序列的遗传指纹检测及细胞计数技术研究原虫群体组成的变化。遗传指纹检测结果表明,在试验1不同碳水化合物结构底物培养条件下或在试验2不同蛋白日粮条件下,原虫群体组成都发生了变化。细胞计数的研究结果与之一致。依据本研究结果可见,ITS1rDNA序列是原虫研究的良好素材。     

16S rRNA序列分析技术在瘤胃微生物区系研究中的应用

反刍动物瘤胃是一个极其复杂的微生态系统,内含有大量细菌(细胞数约为1×1011个/mL,包括200多个种)、纤毛虫〔数量为1×(104~106)个/mL,包括25个属〕、厌氧真菌(游离孢子数为1×103~1×105个/mL,包括6个属)和噬菌体〔颗粒数为1×(107~109)个/mL〕[1]。瘤胃微生物生长需要复杂的营养因素和严格的厌氧环境,且某些菌的共生性很强。显微镜直接观察和分离培养比较的结果表明,在体外培养成活的细菌仅占瘤胃总细菌数的10%。因此,利用传统的体外分离培养法研究瘤胃微生物具有局限性。近年来,以核糖体RNA为主的分子生物学技术发展迅速,使瘤胃微生…     

狍18S rRNA基因的克隆测序

为了研究狍与鹿种其它动物之间的系统关系和进化历史 ,用所查文献引物 ,对鹿科动物狍的 18SrRNA基因序列进行基因克隆、测序 ,序列测定测得的序列长度为 115 4bp ,并与其它鹿科动物的相应序列进行比较。同时将该序列发送到Genebank上 ,其登录号是AY6 2 6 16 1。     

16SrRNA/rDNA序列分析在瘤胃微生物区系研究中的应用

随着rRNA为主的分子生物学技术在瘤胃微生态研究中的不断应用与发展,动物瘤胃内环境微生物区系研究进入了一个新阶段,为动物营养学研究技术的发展提供了新的可靠的方法和手段。笔者综述了rRNA／rDNA序列分析技术应用于瘤胃微生物区系研究中的理论依据,以及该项技术在瘤胃微生物区系分析中的应用现状和前景。     

基于18S rRNA基因测序基础上的锥虫分子分类学

利用18S rRNA基因序列分析方法,对我国湖北、广西、新疆和浙江4省的伊氏锥虫及1株布氏锥虫进行分子分类学研究.用分离的锥虫感染实验动物,自感染小鼠的红细胞或全血中提取基因组DNA,根据GenBank中已发表的雏虫18S rRNA序列设计1对锥虫通用引物,通过PCR扩增目的基因片段,将扩增产物连接到pGEM-T载体中,经酶切、PCR确定,进行序列测定.结果显示,7个锥虫分离株的18S rRNA基因大小为2 188 bp.利用DNAS-tar对试验所获得的这7株锥虫和GenBank中部分锥虫的18S rRNA基因进行比较分析,建立2个进化系统发生树.核苷酸同源性比较及系统发生树显示:自我国上述4省分离的伊氏锥虫来源于同一株系,布氏锥虫和广西分离的伊氏锥虫株的18S rRNA核苷酸与其他锥虫分离株仅有较小差异,与国外的6株锥虫的同源性为99%～100%,与另外7株的同源性为62%.     

驯鹿18S rRNA基因的克隆测序

对驯鹿 (Rangifertarandus)的 1 8SrRNA基因片段进行了克隆测序 ,序列长度为 1 1 47bp ,并且已被发送到Genebank上 ,其登录号是AY1 45 5 2 7。     

肠艾美尔球虫纯种分离及18S rDNA部分序列测定

采用单卵囊分离技术,分离肠艾美尔球虫。根据GenBank中发表的肠艾美尔球虫18SrDNA序列,设计一对引物,建立PCR方法对其基因片段扩增并测序、比对。结果成功分离肠艾美尔球虫,PCR扩增出清晰条带,大小为528bp,最低能检出27个孢子化卵囊。该序列测定结果与Genebank发表的肠艾美尔球虫18SrDNA比对,相似性达98.5%。     

牛源环孢子虫18 S rDNA部分序列的扩增与克隆分析

将采自广东省的牛源环孢子虫样品经套式PCR扩增,获得了18SrDNA基因中大小为296bp的目的片段,对该序列进行了克隆和测序,比较了该虫株与其他原虫的亲缘关系。结果显示,该虫序列与已报道的广州牛源环孢子虫虫株完全一致,与其他艾美耳球虫的亲缘关系较近,在广东首次发现的牛源环孢子虫属于艾美耳科环孢子虫属的一新种。表明18SrDNA基因在环孢子虫进化和分类鉴定研究上是一种有效的分子标记。     

煤炭液化真菌的鉴定及其对煤炭的液化

本文从土壤中筛选出一株具有液化煤炭能力的真菌,通过形态观察、18S rDNA鉴定并构建系统发育树,发现该菌为Hyprocrea属.     

家蚕核糖体18S RNA基因的序列分析及分子系统学研究

为研究家蚕18S DNA基因的特点及分子进化,以家蚕丝腺为材料提取家蚕基因组DNA,通过PCR扩增、测序鳞翅目家蚕(Bombyx mori)核糖体小亚基18S RNA基因(18S rDNA)的全序列,将该序列与等翅目、直翅目、衤责翅目、鞘翅目、膜翅目、双翅目、捻翅目、弹尾目、蜉蝣目各一种昆虫的18S rDNA进行了比较。用DNAstav软件分析并进行序列比对,结果表明,昆虫18S rDNA有4段序列较为保守,以18S rDNA比对的第2保守区段构建的分子系统发育树表明鳞翅目和双翅目、膜翅目、鞘翅目进化关系最近,等翅目、直翅目、衤责翅目进化上较为接近,捻翅目昆虫与弹尾目昆虫的亲缘关系较为接近,捻翅目在分类上应是一种古老的昆虫。     

鸭粪中环孢子虫18 S rDNA部分基因和 ITS-1基因的克隆与分析

应用PCR技术对在鸭粪中发现的疑似环孢子虫的18 S rDNA部分基因和ITS-1+基因进行了扩增,将扩增出的片段纯化后连接至pMD-18T载体上,选取阳性克隆进行序列测定,并利用NCBI在线BLAST程序和MEGA 4软件对测序结果进行了同源性比较和系统发育树构建。结果显示,测得的18 SrDNA序列与环孢子虫的相似性最高(98%),且在系统树中位于同一分支上;测得的ITS-1序列高度特异,在GenBank中未发现同源性序列,可以确定其为环孢子虫的一个新种,暂命名为鸭源环孢子虫。     

火鸡隐孢子虫18S核糖体DNA部分序列测定与系统发育分析

从长春地区鸭的粪便中分离纯化了火鸡隐孢子虫（Cryptosporidium meleagridis）卵囊，根据隐孢子虫18S rDNA基因序列设计合成引物，用PCR扩增了卵囊基因组DNA大小586bp的片段，PCR产物经电泳鉴定后用试剂盒回收纯化，纯化后PCR产物直接测序，将测得的序列用Dnastar软件分析并与国外已发表的相应序列进行了同源性比较，并绘制了系统发育进化树。结果初步建立了火鸡隐孢子虫的PCR检测方法，序列分析显示长春外国语源火鸡隐孢子虫与国外9株隐孢子虫相应序旬同源性在82.7%-99.8%之间，其中与国外火鸡源火允隐孢子虫相应序列同源性为85.3%；与C.felis同源性最低，与C.muris同源性最高。本研究为火鸡隐孢子虫病诊断及该病分子流行病学研究打下了良好基础。     

刚地弓形虫18S rDNA基因的克隆与序列分析

采用PCR方法从弓形虫RH株和CN株总DNA中分别扩增到18S rDNA基因,与pGEM-T easy vector连接,并进行DNA测序分析。结果表明,2个虫株均扩增出1745bp的片段,用DNAMAN软件对其与GenBank上2个虫株相应序列进行同源性比较,4个虫株的同源性为99．34％。刚地弓形虫虫株在不同宿主和不同区域上存在着一定的差异。     

菲菜氏温扬球虫18S rDNA基因的扩增与克隆分析

菲莱氏温扬球虫是鸭球虫病的重要病原之一,为了寻找种特异性的遗传标记,本研究采集广东省某鸭场的新鲜鸭粪,通过Sheather's蔗糖漂浮法收集球虫卵囊,经形态学鉴定为菲莱氏温扬球虫;提取该球虫DNA样品,经过PCR扩增,首次获得了该虫的18S rDNA基因部分片段;对该基因进行了克隆和测序,比较了该虫株与其他原虫的亲缘关系.结果显示,对菲莱氏温扬球虫序列与艾美耳科其他球虫关系较近,系统进化树分析属于艾美耳科的另一分支.表明18S rDNA基因在鸭菲莱氏温扬球虫的分类鉴定上是一种有效的分子标记.     

伊氏锥虫、马媾疫锥虫、布氏锥虫、刚果锥虫的18S rDNA部分序列测定与系统发育关系

对伊氏锥虫（Trypanosoma evansi）：新疆株（XJCA）、湖北株（HBM）、云南株（YNB）、广东株（GDB2）；马媾疫锥虫（Trypanosoma equiperdum）、布氏锥虫（Trypanosoma brucei）、刚果锥虫（Trypanosoma congolense）提取基因组DNA，根据已报道的伊氏锥虫株18SrDNA基因序列设计合成引物，用PCR扩增了锥虫虫株基因组DNA,伊氏锥虫新疆株、湖北株、云南株、广东株、布氏锥虫、刚果锥虫均为373bp的片段；马媾疫锥虫为372bp的片段，PCR产物经电泳鉴定后用试剂盒回收纯化，纯化后PCR产物经连接、转化后测序，将测得的序列用DNAMAN软件分析并与国外已发表的相应序列进行了同源性比较，并绘制了系统发育进化树。结果与国外AJ009153、AJ223564、D89527株同源性达到99％～100％，与另外11株同源性75％。本研究为锥虫分子流行病学研究及分类研究打下基础。