长江宜宾江段圆口铜鱼遗传多样性的微卫星分析

选用实验室克隆的23个圆口铜鱼(Coreius guichenoti Sauvageet Dabry)微卫星标记分析了长江宜宾江段的圆口铜鱼群体遗传多样性,统计分析了有效等位基因数、观测杂合度Ho、期望杂合度He、多态信息含量(PIC)等遗传学指标。结果表明:23个位点有14个微卫星位点呈单态,9个位点出现多态,在这9个位点中共检测到48个等位基因,其平均有效等位基因数为5.3,多态信息含量在0.440～0.839之间变动,平均为0.670,除YT17和YT22位点属于中度多态外,其余7个位点均属于高度多态。平均观测杂合度为0.753,平均期望杂合度为0.728,表明该群体的遗传多样性较为丰富。     

长江流域铜鱼和圆口铜鱼的遗传多样性

利用线粒体DNA控制区序列多态性分析了长江流域铜鱼（Coreius heterodon）和圆口铜鱼（Coreius guichenoti）各4个群体的遗传结构;同时利用9对自行开发的多态性微卫星标记分析圆口铜鱼4个群体的遗传结构。结果显示,铜鱼线粒体DNA（mtDNA）D-loop序列共检出22个多态位点,28种单倍型,平均单倍型多样性指数（h）和核苷酸多样性指数（7r）分别为0．849和0．00257。圆口铜鱼线粒体DNA（mtDNA）D-loop序列共检出18个多态位点,28种单倍型,平均单倍型多样性指数和核苷酸多样性指数分别为0．902和0．00424。分子变异分析（AMOVA）结果提示,铜鱼和圆口铜鱼分别有98．80％和99．17％的遗传变异发生于群体内部,表明铜鱼和圆口铜鱼未出现种群分化。选用的9个微卫星标记在圆口铜鱼群体中共检测到48个等位基因;群体平均观测杂合度在0．631～0．753之间;平均期望杂合度为0．598-0．728：平均多态信息含量为0．548～0．670。结果表明,长江流域铜鱼遗传多样性较低,长江上游圆口铜鱼遗传多样性较高,且均未出现种群遗传分化。圆口铜鱼SSR固定指数为0．12l58,高于D．1oop固定指数,显示SSR标记对圆口铜鱼群体间遗传差异的检测更为灵敏。[中国水产科学,2008,15（3）：377-385]     

圆口铜鱼

名称 圆口铜鱼学名Goreius guichenoti (Sauvage et Dabry)，属鲤形目、鲤科、绚亚科、铜鱼属。地方名：四川称方头、圆口、水密子、肥沱；云南称胡子鱼、鸽子鱼、阿猫鱼；湖北称出水烂。     

圆口铜鱼

名称圆口铜鱼学名Coreius guichenoti(sauvage et Dabry),属鲤形目、鲤科、鮈亚科、铜鱼属。地方名;四川称方头、圆口、水密子、肥沱;云南称胡子鱼、鸽子鱼、阿猫鱼;湖北称出水烂。形态特征体延长,前段近圆棒形,后段稍侧扁。头较宽平扁,吻短圆,口下位,口裂宽阔呈弧形,口角有须一对,甚长且较粗。咽齿一行,侧线鳞54～57。背鳍起点距吻端较其基部后端至尾鳍基为小,胸鳍末端远超过腹鳍基部,体色带金黄色,腹部淡黄色,是长江水域中的中小型鱼类,常捕个体重在1斤半以下。地理分布分布于长江上游水系的干流和金沙江及其它一些支流。其分界线上至云南合庆县朵美附近的金沙江段,下至湖北省     

基于转录组测序的圆口铜鱼微卫星标记筛选

分析圆口铜鱼(Coreius guichenoti)的遗传多样性,可为其人工繁殖家系鉴别、分子标记辅助育种及长江上游珍稀特有鱼类的种质资源保护提供理论依据和技术支撑。以室内循环水养殖的圆口铜鱼为研究对象,提取其肝脏RNA,通过Illumina HiSeq~(TM) 2000高通量测序平台进行转录组测序,利用MISA软件对测序获得的unigene进行微卫星(SSR)位点挖掘和特征分析,设计SSR位点引物并进行验证。结果显示,圆口铜鱼转录组测序共获得80 688条unigene,通过查找获得34 155个SSR位点,分布在25 947条序列上,发生率为32.2%。圆口铜鱼SSR中主要重复单元类型为单碱基和二碱基,其中A/T和AC/GT为优势单碱基和二碱基重复单元,占总SSR数量的57.2%和19.7%。SSR重复数在5～60次,其中有40.3%的SSR序列集中在11～15次;SSR序列长度变化显著,单碱基至六碱基重复类型的总体长度在11～101 bp,其中12～35 bp序列长度占78.8%。随机选取50个SSR位点合成引物对9尾圆口铜鱼样本进行PCR扩增验证,可稳定扩增出目的条带的有40对引物,其中16对具有多态性,证明了通过转录组测序开发圆口铜鱼SSR标记的可行性。     

金沙江一期工程对保护区圆口铜鱼早期资源补充的影响

2008、2010－2013年在金沙江下游水富／宜宾断面进行了鱼类早期资源调查,研究金沙江一期工程对长江上游珍稀特有鱼类国家级自然保护区圆口铜鱼早期资源补充的影响。共采获圆口铜鱼卵苗6190粒（尾）,其中鱼卵74粒、鱼苗6116尾;2013年向家坝水电站蓄水后在水富／宜宾断面未采集到圆口铜鱼卵、苗。各年圆口铜鱼卵苗江汛期和最大日径流量分别为：2008年6月12日－7月2日、3．79×107粒（尾）,2010年6月22日－7月10日、3．47×107粒（尾）;2011年6月23日－7月4日、9．58×107粒（尾）;2012年6月24日－7月13日、1．22×107粒（尾）。圆口铜鱼卵苗江汛与金沙江下游的水文流量持续增长相关,卵苗日径流量高峰值与洪峰过程较一致,最大日径流量基本先于最大水文流量前出现。圆口铜鱼繁殖盛期在6月中旬－7月上旬较短时间内（2～3周）。2008年向家坝水电站截流前长江上游珍稀特有鱼类国家级自然保护区的圆口铜鱼早期资源补充量为2．12亿粒（尾）;2010－2012年导流施工期间早期资源补充量分别为1．65亿、1．61亿、0．82亿粒（尾）,呈下降趋势;2013年无早期资源补充。溪洛渡、向家坝2个梯级大坝一定程度上阻隔了圆口铜鱼卵苗向下游漂流的途径。要合理制定水电梯级调度方案,促进或引起圆口铜鱼自然繁殖过程,并降低圆口铜鱼卵苗在库区的死亡率;加强圆口铜鱼现有栖息地保护,严格控制或禁止在产卵场捕捞亲鱼;开展圆口铜鱼在梯级大坝上下游间群体交流连通性的可能性研究和圆口铜鱼全人工繁殖技术研究。     

圆口铜鱼精浆的理化性质分析

对圆口铜鱼(Coreius guichenoti)精浆离子和氨基酸成分及精液生理特性进行了检测分析。结果显示,圆口铜鱼精液pH值为7.3,呈弱碱性;精液浓度为39.7%,精子密度为5.3×10~9个/mL;精浆离子以Na~+含量88.7 mmol/L最高,其次是K~+,之后为Ca~(2+)、Mg~(2+)、Zn~(2+)、Cu~(2+);精浆水解氨基酸总量为2 872.69μmol/100mL,其中以脯氨酸含量最高,蛋氨酸、酪氨酸和组氨酸含量最低。该结果填补了圆口铜鱼繁殖生物学的相关数据,为圆口铜鱼规模化人工繁育提供了基础资料。     

黄颡鱼养殖群体遗传多样性与遗传结构的微卫星分析

为研究14个不同养殖群体的黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)遗传多样性及遗传结构,采用8对多态性微卫星引物对14个群体的209尾个体进行遗传多样性和遗传结构分析。结果显示：14个群体的平均等位基因数在8～10之间,平均有效等位基因在5.160～6.882之间,平均观测杂合度在0.633～0.717之间,平均期望杂合度在0.358～0.749之间,平均多态信息含量在0.594～0.681之间,均大于0.5。分子方差分析结果表明：3.69%的遗传变异来自群体间,3.93%来自群体内个体间,92.38%来自所有个体间,变异来源主要来自个体间,其中RB群体和WH群体的遗传分化最大(F_st=0.116),ZL群体和XB群体的遗传分化最小(F_st=-0.009)。基于遗传距离构建了UPGMA系统树,发现14个群体共分为5个聚类支,HJ、YZ、YH、YB 4个群体聚为一支,HQ和LG单独各自聚为一支,LZ和RB 2个群体聚为一支,DB、ZJ、WH、XH、XB和ZL 6个群体聚为一支。基于贝叶斯的Structure聚类分析同样支持14个...     

圆口铜鱼精子超低温冷冻保存

为建立圆口铜鱼(Coreius guichenoti)精子超低温冷冻保存方法,采用计算机辅助精子分析系统(CASA)评价了4种稀释液(D15、D20、L1、D1), 3种抗冻保护剂[二甲基甲酰胺(DMF)、二甲基亚砜(DMSO)、甲醇(METH)]在3种体积浓度(7.5%、10%、12.5%, V/V)下对圆口铜鱼精液的冷冻保存效果,并比较了150 mOsm/kg NaCl与超纯水作为激活剂对精子活力的影响。结果表明,D1组稀释液的精子活率(MOT)最高,为(74.64±13.17)%,与鲜精无显著差异(P0.05);以10%甲醇作为抗冻保护剂的圆口铜鱼精子经超纯水激活后,测得MOT最高,达到(78.11±14.74)%,与鲜精无显著差异(P0.05),精子运动速度达最大,平均曲线运动速度(VCL)、平均直线运动速度(VSL)、VAP(平均路径运动速度)分别达到(50.28±12.46)μm/s、(35.06±10.82)μm/s、(39.44±12.46)μm/s,精子快速运动时间和寿命分别为(8.67±1.15) s、(33.33±5.00) s,显著低于鲜精(P0.05); 7.5%甲醇组和7.5%二甲基甲酰胺组的MOT次之,分别为(77.71±17.74)%、(76.42±12.49)%,抗冻剂二甲基亚砜组的MOT显著低于甲醇组、二甲基甲酰胺组(P0.05)。12.5%的3种抗冻保护剂中,几乎无精子存活;在不同种类不同浓度的抗冻剂保护下,10%甲醇组,相较于使用超纯水激活,用150 mOsm/kg NaCl激活后的精子活率和寿命更高,说明Na~+有延长冻精寿命,提高精子活率的作用。研究表明, D1+10%METH (7.8 g/L NaCl+0.5 g/L KCl+15 g/L葡萄糖+10%METH)可用于圆口铜鱼精液超低温冷冻保存,为圆口铜鱼的繁育工作和种质资源保护奠定了基础。     

安徽两水系黄颡鱼的微卫星遗传多样性分析

为了解安徽省内长江和淮河水系黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)遗传多样性和遗传结构,选用10个微卫星标记对9个自然群体共254尾黄颡鱼进行了遗传分析。共检测到等位基因数(N_a) 245个,平均有效等位基因数(N_e) 9.75个。各群体的平均N_a为5.20～14.80,平均N_e为2.64～8.93;平均观测杂合度(H_o)为0.496～0.671,平均期望杂合度(H_e)为0.557～0.818;平均多态信息含量(PIC)为0.500～0.790。AMOVA分析显示仅8.15%的遗传变异来自群体间,各群体间的遗传分化指数(F_(ST))为0.006～0.236。基于Nei's遗传距离的UPGMA系统树和利用Structure软件的群体遗传结构分析均显示,9个群体可被划分4或5个谱系,其中石台(秋浦河水系)、麻川河(青弋江支流)、阜南(淮河水系) 3个群体的个体遗传结构均比较独立,与其他群体亲缘关系较远;其他6个群体(长江水系的望江、无为、龙窝湖、泾县群体和淮河水系的凤台、瓦埠湖)的较为复杂,可能存在谱系间的混杂。结果表明,研究区域内黄颡鱼野生资源遗传多样性较高,地理群体间存在遗传分化且部分群体可能经历了瓶颈效应。     

长江干流圆口铜鱼的年龄与生长研究

采用鳞片材料对采自长江干流宜昌和重庆江段圆口铜鱼(Coreius guichenoti)的年龄进行鉴定,并对其生长方程、生长拐点等生物学特征进行了研究。结果表明,调查江段圆口铜鱼的年龄组成以1、2龄个体为主;体长(L)和鳞径(R)呈线性关系,L=15.327R+71.349;体重(W)与体长(L)呈幂指数关系,W=0.00002L2.9942;体长von Bertalanfy生长方程为Lt=730.15[1-e-0.12(t+1.01)];体重生长方程为Wt=7493.05[1-e-0.12(t+1.01)]2.9942;其生长拐点年龄为8.13龄。圆口铜鱼体长生长3龄前为快速期,之后生长减缓。为了保护长江干流圆口铜鱼资源,建议以278mm为最小捕捞个体的体长。     

基于转录组测序的圆口铜鱼SSR标记初步筛选及特征分析

分析圆口铜鱼(Coreius guichenoti)的遗传多样性,可为其人工繁殖家系鉴别、分子标记辅助育种及长江上游珍稀特有鱼类的种质资源保护提供理论依据和技术支撑。以室内循环水养殖的圆口铜鱼为研究对象,提取其肝脏RNA,通过Illumina HiSeq? 2000 高通量测序平台进行转录组测序,利用MISA软件对测序获得的unigene进行微卫星（SSR）位点挖掘和特征分析,设计SSR位点引物并进行验证。结果显示,圆口铜鱼转录组测序共获得80 688条 unigene,通过查找获得34 155个SSR位点,分布在25 947条序列上,发生率为32.2%。圆口铜鱼SSR中主要重复单元类型为单碱基和二碱基,其中A/T和AC/GT为优势单碱基和二碱基重复单元,占总SSR数量的57.2%和19.7%。SSR重复数在5~60次,其中有40.3%的SSR序列集中在11~15次;SSR序列长度变化显著,单碱基至六碱基重复类型的总体长度在11~101 bp,其中12~35 bp序列长度占78.8%。随机选取50个SSR位点合成引物对9尾圆口铜鱼样本进行PCR 扩增验证,可稳定扩增出目的条带的有40对引物,其中16对具有多态性,证明了通过转录组测序开发圆口铜鱼SSR标记的可行性。     

长江干流圆口铜鱼的年龄与生长研究

采用鳞片材料对采自长江干流宜昌和重庆江段圆口铜鱼（Coreius guichenoti）的年龄进行鉴定,并对其生长方程、生长拐点等生物学特征进行了研究。结果表明,调查江段圆口铜鱼的年龄组成以1、2龄个体为主;体长（L）和鳞径（R）呈线性关系,L=15.327R＋71.349;体重（W）与体长（L）呈幂指数关系,W=0.00002L2.9942;体长von Bertalanfy生长方程为Lt=730.15[1-e-0.12（t＋1.01）];体重生长方程为Wt=7493.05[1-e-0.12（t＋1.01）]2.9942;其生长拐点年龄为8.13龄。圆口铜鱼体长生长3龄前为快速期,之后生长减缓。为了保护长江干流圆口铜鱼资源,建议以278mm为最小捕捞个体的体长。     

向家坝水电站阻隔背景下圆口铜鱼种群遗传结构分析

通过对向家坝坝上坝下不同地点和不同年龄的圆口铜鱼（ Coreius guichenoti）样本的遗传结构进行计算和分析,从时空两个维度上评估向家坝水电站对圆口铜鱼种群所造成的影响。从10个采样点共获得254尾铜鱼,年龄分别在1～7龄,依据各年龄组样本数,将其分为5个世代群体。用于分析的线粒体DNA控制区的片段序列为944 bp,在254个序列中,共检测出变异位点40个,单倍型62种,共享单倍型比例较高,为37.1％（23/62）。254个个体的平均单倍型多样性（ Hd）和平均核苷酸多样性（π）分别为0.94709和0.00489,遗传多样性相对较丰富。10个地理群体间的分化指数（ Fst值）、分子方差分析（ AMOVA）和平均K 2-P遗传距离均表明10个圆口铜鱼地理群体间存在广泛的基因交流,未发生显著的群体遗传分化。5个世代群体的分子方差分析（ AMOVA）结果显示,各世代群体间不存在显著的遗传差异。单倍型的NJ分子系统树和NETWORK网络图显示单倍型的聚类与地理分群没有相关性。结果表明,不同采样点的群体和不同世代群体间均未出现遗传分化,向家坝对圆口铜鱼种群所造成的影响在遗传结构上暂未显现出来。     

圆口铜鱼人工繁殖及胚胎发育研究

鉴于金沙江梯级电站开发运行、鱼类栖息地减少、洄游通道受阻、自然繁殖受到影响、早期资源量显著下降、种群生存面临危机的现状,为了保护鱼类种质资源,通过人工增殖放流是补充其资源量的主要补救措施。利用船体网箱原位活水驯养的圆口铜鱼（Coreius guichenoti）亲鱼,开展亲鱼驯养、人工催产和胚胎发育研究。结果表明,圆口铜鱼亲鱼在船体网箱活水驯养条件下,性腺发育成熟,可用于人工催产。2017年6月17~30日,采用二次注射法人工催产3批次,共产卵约12万粒,在水温20.5~21.9 ℃条件下,针距8~10 h,效应时间18~19 h,平均受精率69.3%,出苗约5万尾。圆口铜鱼卵径1.9~2.2 mm,卵膜径6.4~7.2 mm,胚胎发育过程分为受精卵、卵裂期、囊胚期、原肠期、神经胚期、器官形成期和出膜期7个阶段,在水温20.5~22.5 ℃,溶氧7 mg/L以上条件下,历时48~62 h出膜。研究结果为圆口铜鱼人工繁殖技术提供了参考,为其规模化人工增殖放流提供了保障。     

长江中上游圆口铜鱼的种群死亡特征及其物种保护

根据葛洲坝(1998～2007年)、重庆(2006～2007年)和合江江段(1998～2005年)的渔业资源调查资料,对圆口铜鱼的种群死亡特征进行了评估,并利用Beverton-Holt模型的单位补充量渔获量方程,分析和探讨了长江中上游圆口铜鱼资源的合理利用.结果表明:1)3个江段各年间的圆口铜鱼开发率和捕捞死亡系数均远远大于相应年份最大允许的开发率和捕捞标准的基准尺度F0.1,3个江段的圆口铜鱼资源均处于严重过度捕捞状况;2)葛洲坝江段圆口铜鱼的最适开捕年龄为4龄(体长330mm),重庆和合江江段圆口铜鱼的开捕年龄应至少为5龄(体长375 mm).为保护圆口铜鱼的资源,建议葛洲坝江段三层流刺网的网日(2a)应大于75 mm为宜,重庆和合江江段的网目(2a)应不小于90 mm且同时需要控制各种渔具的日均作业次数.     

圆口铜鱼仔幼鱼驯养初试

2010年6月24日至10月8日,以采自金沙江的34尾圆口铜鱼(Coreius guichenoti)仔鱼(出膜3～4d)为驯养试验对象,仔鱼阶段分别以蛋黄和水蚯蚓碎浆作开口饵料,稚鱼、幼鱼阶段投喂人工配合饲料,圆口铜鱼仔鱼、稚鱼、幼鱼均能主动摄食。经107d驯化培育,总体成活率64.71%,幼鱼平均体长(70.5±4.6)mm,平均体重(5.9±1.3)g,表明圆口铜鱼仔幼鱼易于驯养。