应用RACE技术扩增鸭A-FABP基因及序列分析

为揭示鸭A-FABP基因的结构和功能,运用RACE方法克隆并鉴定了鸭A-FABP基因的全长cDNA序列。用1对含高度保守的DNA片段的兼并引物,从鸭腹部脂肪组织总RNA扩增部分A-FABP片段,测序结果与已知序列一致;根据已知的鸭A-FABP基因序列设计新引物分别从5′和3′RACE扩增延长该片段。经DNASTAR中的SeqMan软件拼接5′RACE产物和3′RACE产物以及已知序列而获得片段大小为652 bp的cDNA序列。该cDNA序列由64 bp的5′非编码区、399 bp的编码序列和189 bp的3′非编码区组成。鸭A-FABP基因399 bp的开放阅读框编码132个氨基酸。经Blastn和Blastx比对分析,鸭A-FABP基因的编码区核苷酸序列与人、猪、鸡和鹅分别有76%、78%、93%和93%的同源性。     

猪ICOS基因部分cDNA的克隆与序列分析

研究旨在对猪T细胞诱导型刺激物(ICOS)基因的cDNA序列进行克隆与分析。根据已报道的人ICOS基因cDNA序列设计引物,首次从猪脾脏组织总RNA中扩增出ICOS基因编码区全长cDNA序列,克隆于pMD18-T载体后进行测序并进行序列拼接,运用生物信息学分析DNA序列。结果表明:该基因编码区全长630bp,编码210个氨基酸,包含5个外显子。该序列与人全基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列的同源性分别为80%和85%;与狗和小鼠的推导氨基酸序列的同源性分别为81%和75%。这为进一步研究该基因的结构特点和功能奠定了良好基础。     

内蒙古绒山羊 CDK2 基因的克隆与序列分析

采用同源序列克隆技术结合RT-PCR和RACE技术,首次从内蒙古绒山羊睾丸组织中克隆出羊CDK2基因的全长cDNA序列（GenBank登录号为EF035041）。结果显示：羊CDK2基因的cDNA序列长为1355bp,5′端非翻译区为174bp,3′端非翻译区为266bp,开放阅读框为894bp,编码298个氨基酸。与牛CDK2基因cDNA序列同源性为98％,氨基酸序列完全一致;和其他哺乳动物CDK2基因的cDNA序列同源性也达92％以上;氨基酸序列同源性为93％以上。说明CDK2在结构和功能上有很高的保守性。     

山羊小热休克蛋白Hspb10基因cDNA克隆及序列分析

通过RT-PCR和RACE方法克隆了山羊Hspb10基因cDNA序列并进行了序列分析。结果表明:山羊Hspb10 cDNA全长1 056 bp,编码区全长780 bp,共编码259个氨基酸,提交至GenBank数据库中,收录号为JX067553。用Clustal W方法比对不同物种氨基酸序列同源性,山羊Hspb10与牛的同源性最高,核苷酸和氨基酸序列相似性分别为93.4%和96.5%;编码氨基酸序列BLAST比对结果也表明,哺乳动物Hspb10氨基酸序列极为保守,与禽类差异较大。获得山羊Hspb10 cDNA序列,可以为分子水平上研究山羊Hspb10的生物学功能奠定基础。     

和田羊FGF5基因的鉴定及特征分析

为探究和田羊成纤维细胞生长因子5(fibroblast growth factor 5,FGF5)基因特征,利用RT-PCR成功扩增和田羊FGF5基因,对其核苷酸序列及其编码的氨基酸特征进行同源分析,并绘制进化树。结果表明,和田羊FGF5基因CDs区全序列长度为813 bp,为一个完整的开放阅读框,编码270个氨基酸,测序结果经比对后与已发布的绵羊FGF5基因CDs区序列同源性为99.8%,氨基酸序列同源性为99.3%,编码的氨基酸有2处突变,氨基酸序列中20种氨基酸数量分布差异较大。与其他已公布的哺乳动物FGF5基因CDs区同源比对结果显示,该基因同源性在86.9%～99.0%之间,其中与山羊的同源性最高,为99.0%。对上述动物FGF5氨基酸序列绘制进化树发现,和田羊FGF5基因所编码氨基酸与牛、山羊和绵羊处在同一分支,表明其亲缘关系接近。通过对和田羊FGF5基因和编码氨基酸的特征和同源性进行分析,为深入探究和田羊FGF5基因编码蛋白提供了理论依据。     

鸭Akirin2基因克隆、序列分析与组织表达特性研究

为研究Akirin2基因在鸭生物体中的功能,本试验通过RT-PCR扩增了鸭Akirin2基因,并采用荧光定量PCR方法检测了其在40日龄北京鸭不同组织中的表达差异.序列分析结果表明,鸭Akirin2基因CDS区全长594 bp,编码197个氨基酸,氨基酸水平上与鸡的相似性达99%,其氨基酸序列二级结构具有哺乳动物Akirinl和Akirin2氨基酸二级结构域的共同区域;荧光定量结果表明,鸭Akirin2在肌肉和免疫器官脾脏中都有表达.以上结果支持了鸟类Akirin2可能具有与哺乳动物中Akirin1和Akirin2共同功能的观点,为进一步研究Akirin2基因在鸟类肌肉发育中的作用奠定了基础.     

家鸭GHSR基因部分编码序列的克隆及变异检测

作者旨在克隆鸭GHSR基因mRNA部分编码区序列,并筛查克隆序列中的变异位点。采用RT-PCR法从巢湖鸭下丘脑组织中分离家鸭GHSR基因mRNA中编码区核酸序列,并选用30个个体cDNA,通过构建cDNA池对克隆编码区的序列变异测序检测。结果表明,克隆鸭GHSR基因mRNA部分编码区核酸序列长635 bp(GenBank登录号:EU005225),编码211个氨基酸,与鸡GHSR基因同源核酸相似性达到94%,氨基酸相似性为97%;cDNA池测序检测揭示克隆区段存在3个碱基变异位点,均为同义突变,未使编码氨基酸发生改变。克隆鸭GHSR基因mRNA编码区核酸、氨基酸序列与鸡同源序列的相似性,以及克隆核酸序列的变异检测结果表明,鸭GHSR基因在序列和功能上具有很高的保守性。     

鸭脂联素基因全长cDNA的克隆和原核表达的研究

本研究旨在通过克隆鸭脂联素(Adiponectin)基因序列并进行序列分析,揭示该基因的序列特征、组织特异性表达规律,并对其进行原核表达。采用RT-PCR、5′-RACE和3′-RACE的方法从鸭脂肪组织总RNA中扩增脂联素基因cDNA片段;半定量RT-PCR检测组织表达特异性;构建原核表达载体,建立原核表达体系。从鸭脂肪组织中得到3个脂联素基因cDNA片段,克隆测序后,拼接获得了鸭脂联素基因1374bp全长cDNA序列,其包含一个长度为738bp完整的开放阅读框,编码245个氨基酸;编码区与鹅、鸡脂联素基因序列的同源性分别为94.9%和86.0%,与人、小鼠、狗等物种脂联素基因的同源性在64.2%～67.0%之间;氨基酸序列比较可知,鸭与鹅、鸡的脂联素氨基酸的同源性分别达95.5%和84.0%,与人、小鼠、狗等哺乳动物的同源性在65%左右。半定量RT-PCR研究结果表明脂联素基因在所测组织中均表达,且高度表达于脂肪组织、肌胃、小肠、心和骨骼肌,中度表达于肺、腺胃、卵巢和脾组织中,而在肝、肾和间脑中低度表达。构建得到在其C端含有8个组氨酸的鸭脂联素融合蛋白表达载体pET41a-duck-adp,重组表达质粒转入BL21(DE3)大肠杆菌中表达,经IPTG诱导后并SDS-PAGE检测获得了30ku的鸭脂联素原核表达蛋白。脂联素基因在动物进化中具有一定的保守性,该基因在不同组织中表达水平不同,通过原核表达可获得鸭脂联素的重组蛋白。     

鸭胚成纤维细胞核糖体S12蛋白编码基因的克隆与序列分析

本研究通过鸭胚成纤维细胞（Duck Embryo Fibroblasts，DEF）cDNA文库的构建及酵母双杂交系统筛选，获得了能与鹅细小病毒（Goose parvovirus，GPV）结构蛋白VP1互作的核糖体蛋白S12（RPS12）。RPS12是核糖体小亚基40S的组成部分，属于核糖体蛋白S17Ae家族，主要存在于真核生物中。本研究根据已报道的禽类及部分哺乳动物的RPS12基因相关信息设计引物，运用RT-PCR技术，从鸭胚成纤维细胞总RNA中成功扩增了RPS12基因的表达序列，对其进行克隆、测序及分析。结果表明，鸭胚成纤维细胞核糖体蛋白S12基因的开放阅读框（ORF）长399 bp，编码132个氨基酸，相对分子质量14.474 kDa，pI为7.121。进一步分析发现，鸭胚成纤维细胞RPS12基因与已报道的禽类及部分哺乳动物的基因序列及其编码的氨基酸序列都有很高的同源性。     

固始鸭白细胞介素-18全基因克隆与分子进化分析

根据GenBank发表的鸭IL-18cDNA基因序列设计、合成一对引物,应用RT-PCR技术,无需用非特异性免疫原如PHA等刺激脾淋巴细胞,直接提取脾淋巴细胞总RNA,扩增固始鸭IL-18基因,并克隆、测序。测序结果表明固始鸭IL-18基因全序列为610bp,包含1个完整阅读框,编码1条由200个氨基酸残基组成的多肽。序列分析发现,固始鸭IL-18基因与GenBank中两条鸭IL-18基因(AF336122和DQ490137)核苷酸同源性分别为98.8%、99.8%,与AF336122有5个碱基发生非同义变异,2个碱基为同义变异,氨基酸同源性为97.5%,与DQ490137有一个碱基发生非同义变异,氨基酸同源性为99.5%。固始鸭IL-18前体蛋白第30位谷氨酸处有一个IL-1β转换酶的caspase-1切割位点及在人和其他动物中已证实的IL-1标签序列,推测鸭IL-18成熟蛋白由170个氨基酸组成。固始鸭与人和其他动物的IL-18基因进化分析表明,IL-18基因存在着种的多样性,且亲缘关系越近,同源性越高。     

鸭DCN基因编码区扩增、序列分析及其在大肠杆菌中的表达、蛋白纯化

采用RT-PCR方法从鸭腿肌总RNA中扩增了鸭核心蛋白聚糖基因编码区序列,进行序列分析,并将编码鸭核心蛋白聚糖成熟蛋白的核酸片段连入原核表达载体pET-32a(+)中,加入IPTG诱导其表达后,亲和层析纯化表达的蛋白。采用SDS-PAGE检测,用质谱方法对表达的蛋白进行鉴定。研究成功克隆出鸭核心蛋白聚糖基因编码区序列,序列分析表明,鸭DCN编码区序列由1074个碱基组成,编码357个氨基酸,其中信号肽有16个氨基酸。将鸭DCN蛋白划分为9个结构域(LRR1-9),结合人DCN序列进行序列分析推测结构域中LRR4、5与TGF-β可能存在一定关系。SDS-PAGE检测和质谱鉴定结果表明获得了分子量为54.7ku的鸭DCN融合蛋白。     

半番鸭POU1F1基因序列的克隆与生物信息学分析

根据GenBank中公布的鸭POU1F1基因序列,设计了6对引物,以半番鸭血液基因组DNA为模板,采用PCR方法扩增出POU1F1基因完整的cDNA序列,全长2209bp。对该序列进行生物信息学分析,结果表明该基因编码335个氨基酸,具有POU-specific(POUs)和Homeobox结构域,与鸡、猪、牛、人和小鼠的POU1F1基因氨基酸序列分别具有96.3%、89.5%、89.2%、90.6%和87.5%的同源性。     

鸭维甲酸诱导蛋白Ⅰ基因原核表达和单克隆抗体的制备及鉴定

本试验旨在制备针对鸭维甲酸诱导蛋白Ⅰ（RIG-Ⅰ）全长蛋白的单克隆抗体。从鸭脾脏cDNA中扩增鸭RIG-Ⅰ基因N端长度均为900 bp的a（1-900 bp）和b（751-1650 bp）2段基因片段,将其克隆入原核表达载体pET-30a中;重组质粒转化BL21感受态细胞后,经IPTG诱导表达,将获得的目的蛋白免疫BALB/c小鼠,将其脾淋巴细胞与SP2/0骨髓瘤细胞进行融合,并进行间接ELISA检测。结果显示,筛选出17株与分段表达的鸭RIG-Ⅰ蛋白有良好反应性的杂交瘤细胞株,测定单克隆抗体上清效价均为1：512;间接免疫荧光（IFA）与Western blotting分析结果显示,10H7C3和2A10A2 2株单克隆抗体与原核表达的鸭RIG-Ⅰ全长蛋白有良好的反应性。本研究制备了特异性鼠抗鸭RIG-Ⅰ单克隆抗体,为进一步研究RIG-Ⅰ基因的功能奠定了基础。     

北京鸭β-catenin基因cDNA的克隆和生物信息学分析

试验探讨了北京鸭β-catenin基因的生物学功能,为进一步研究该基因对鸭皮肤毛囊的影响奠定基础。以北京鸭胚胎皮肤组织为材料,根据GenBank中发表的鸡、鹅等物种的β-catenin基因序列,设计并合成4对引物,采用RT-PCR方法,克隆北京鸭β-catenincDNA,并运用DNAMAN软件及在线工具对所得到的序列进行生物信息学分析。结果表明:北京鸭β-catenin基因cDNA长度为2996bp(Genbank登录号为FJ169885),包含由2346个碱基组成的编码区(CDs),有起始密码子ATG和终止密码子TAA,编码781个氨基酸;北京鸭β-catenin基因核苷酸序列与鸡、鹅、中华鳖、人和家猪相应区段(CDs)的同源性分别为95.06%、94.12%、90.11%、84.83%、84.31%;其氨基酸序列与鸡、鹅、中华鳖、猪、人的氨基酸同源性达99%以上,表明在进化关系上,β-catenin氨基酸序列有很高的保守性。     

Bovine FcgammaRIII with a single extracellular domain

The full length of gene encoding Fc receptor types III for bovine immunoglobulin G (boFcgammaRIII, CD16) was obtained with PCR from the c DNA library of bovine alveolar macrophages. Through molecular cloning and sequencing it is shown that the coding gene has 507 bp and codes for 168 amino acids. There are signal peptide, transmembrane spanning domain and three potential N-linked glycosylation sites in the sequence. Compared with the boFcgammaRIII cDNA sequence cloned by Collins et al, it deletes 82 amino acids and has only one extracellular domain. It is suggested that this cDNA fragment is a special form of the gene structure of bovine FcgammaRIIIA (CD16-II).     

Molecular cloning of insulin-like growth factor-I complimentary DNA and promoter region in the domestic duck (Anas platyrhynchos)*

Complementary DNA (cDNA) and the flanking region of insulin‐like growth factor‐I (IGF‐I) of domesticated duck were cloned. The nucleotide sequence analysis of the cDNA showed seven and eight bases different, respectively, from chicken and turkey IGF‐I cDNA within the coding region. The amino acid sequence of prepro IGF‐I differed by one and two amino acids from those observed in chicken and turkey, respectively. However, no amino acid substitution was observed in the mature IGF‐I region. Sequence analysis of the promoter region and exon 1 of the duck IGF‐I revealed a high degree of similarity to that of the chicken IGF‐I gene. These results suggest that the mechanisms which regulate expression of the IGF‐I gene may be widely conserved in avian species.     

北京鸭Myogenin基因部分序列的克隆及表达时间分析

利用4对引物分别对42、14日龄北京鸭胸肌组织RNA及出生后0日龄北京鸭腿肌组织和孵化22、15日龄胚胎腿肌RNA进行Myogenin基因的PCR反转录扩增，均没扩增出目的基因。资料分析表明在胚胎发育期内Myogenin基因可能只在成肌细胞分化的特定时间内表达，Myogenin基因也可在动物失去神经后或在体外培养的肌卫星细胞内表达。利用DNA扩增出了北京鸭Myogenin基因外显子1260bp部分序列，共编码86个氨基酸，编码氨基酸序列含有bHLH结构域，该结构与鸡、火鸡的同源性非常高。研究结果将为北京鸭Myogenin的表达、全序列的克隆及其分子标记的研究提供理论基础。     

牦牛IL-4基因的克隆及其遗传演化关系分析

克隆牦牛白细胞介素-4（IL～4）基因,并对其进行遗传演化分析。从刀豆素（ConA）和脂多糖（LPS）联合刺激培养的牦牛外周血淋巴细胞提取总RNA．利用RT—PCR方法扩增牦牛IL-4全长cDNA,将其克隆到pMD18～T载体上,测序后进行序列分析。成功克隆到牦牛IL-4基因全序列,序列分析表明,克隆的牦牛IL-4基因序列与GenBank所登录的牛IL-4核苷酸序列及推导的氨基酸序列的同源性分别这99．8％和100％,与人、猕猴、猪、山羊、马等物种的核苷酸及其推导氨基酸序列的同源性分别在44．4％～96．3％和27．4％～91．1％之间。在国内首次成功地从牦牛外周血淋巴细胞中克隆到IL-4的基因,其ORF为408bp,推导编码135个氨基酸。