脐橙早熟芽变及其早熟性状回复型材料的AFLP和MSAP分析

【目的】探究不同成熟期的脐橙在基因组、甲基化修饰水平和变异模式方面的差异,为挖掘早熟性状分子标记,探讨脐橙早熟芽变性状与DNA甲基化的关系及早熟性状相关候选基因的筛选奠定基础。【方法】以纽荷尔脐橙、纽荷尔早熟芽变品种赣南早脐橙及赣南早的早熟性状回复型突变体（性状回复型）为试材,采用扩增片段长度多态性技术（amplified fragment length polymorphism,AFLP）和甲基化敏感扩增多态性分析（methylation sensitive amplification polymorphism,MSAP）对其在基因组、甲基化修饰水平和变异模式方面的差异与脐橙早熟性状之间的关系进行探究。【结果】采用AFLP与MSAP技术均发现较多多态性条带,其中AFLP的多态性占比（5.504 6%～5.555 6%）高于MSAP(1.369 9%～3.211 0%),发现7对引物共8条多态性条带与脐橙熟期性状共分离。试材DNA甲基化发生频率为13.7614%～16.818 2%,平均14.911 6%,全甲基化为主要的甲基化方式。试材超甲基化发生频率显著高于去甲基化发生频率,性状回...     

西瓜二倍体及同源多倍体遗传差异的AFLP分析

试验以蜜枚和JM西瓜品种的纯合二倍体及其人工诱导的同源四倍体、三倍体为材料,对不同倍性西瓜AFLP标记的分子遗传变异进行了比较。结果表明:共筛选48对引物组合,获得4800～5000条位于50～600bp的片段,大部分引物组合扩增出的不同倍性之间的AFLP条带没有明显差异;蜜枚品种西瓜具有多态性的条带有3条,其中1条为四倍体特有带,1条为三倍体特有带,1条为二倍体特有带;JM西瓜具有多态性的条带有7条,3条为JM4x特有带,2条为JM3x特有带,2条为JM2x特有带,不同倍性西瓜之间多态性较低。同源四倍体和相应的二倍体相比,有特异性片段的消失或增加,也有扩增出双亲皆有或皆无而三倍体F1消失或增加的DNA片段。     

湖南地区柱状田头菇的AFLP分析

采用扩增片段长度多态性(AFLP)技术对湖南地区8株柱状田头菇(Agrocybe cylindracea)栽培品种进行了遗传多样性分析。指纹图谱结果显示:8对引物组合均能够对酶切的供试菌株基因组DNA片段获得稳定的条带,915条位点条带中,861(94.10%)条具有多态性,多态性较好;扩增片段大小在70～500 bp之间,每个引物组合的多态性片段条数为94～120,平均107.6条。UPGMA聚类分析表明,在相似性系数为0.49时,可将8株柱状田头菇分为3类,遗传距离最大为0.7394,最小为0.3716。AFLP指纹图谱清晰地显示出不同品种的多态性差异。     

安徽砀山酥梨自然保护区梨种质资源AFLP分析

为探讨安徽砀山酥梨自然保护区梨种质资源遗传多样性和鉴定砀山酥梨营养系变异,以该保护区内27个梨资源代表类型为试材,利用AFLP分子标记技术开展研究。运用从36对选择性扩增引物中筛选的3对引物组合进行扩增,每对引物可扩增出50条以上的清晰条带,扩增片段长度为30～600bp,9个引物组合共扩增出清晰可靠的DNA谱带540条。其中498条为多态性条带,平均多态性比率为92.2%。聚类分析表明,当遗传距离阈值为39.2～40.1时,全部供试生物型可分为6类:第1类为砀山酥梨及其变异类型和原产砀山的地方品种、杂交种;第2类包括雪花梨、鸭梨、紫酥、慈梨、早美酥、丰水、新高,白梨和砂梨聚在了一类;第3类包括库尔勒香梨、红香酥;南果梨、红巴梨、杜梨各为一类。与砀山酥梨相比,砀山酥梨的8个营养系变异类型均扩增出了特异带,特异条带出现的数量为5～15条不等。说明安徽砀山酥梨自然保护区梨种质资源遗传多样性丰富;砀山酥梨8个营养系变异类型均在DNA水平发生了不同程度的突变。     

变叶海棠遗传多样性的AFLP分析

 用8对引物对变叶海棠30个不同的变异类型进行了AFLP分析, 共扩增出656条带, 其中多态性带为568条, 平均每对引物扩增出71条多态性带, 多态性带百分率为86.59% , 各变异类型多态性比例介于0.3582～0.6296之间; 依据简单匹配系数对AFLP扩增结果进行UPGMA聚类, 30个变异类型在0.68水平上分为12个类群; 该试验从DNA水平上探明了变叶海棠的遗传多样性是变叶海棠与陇东海棠和花叶海棠产生渗入杂交形成的。     

川中岛桃芽变系的SRAP分析

为从分子水平上区分"川中岛"桃Prunus persica‘Kawanakajima’及其芽变,以川中岛桃及其芽变为材料,在分析其表型特征和观察物候期的基础上,采用SRAP分子标记技术,对其遗传稳定性进行了研究。结果表明,川中岛及其芽变的主要表型差异表现在成熟期提前等方面;选择25对引物进行PCR扩增,仅在2对引物中检测到3条多态性片段,说明川中岛及其芽变遗传物质没有发生较大变异,本研究中所得到的多态性片段可能与物候期的结构基因有关,或者与这些基因的表达调控有关。     

梨果皮色泽变异品种（系）的AFLP与SRAP标记鉴定

为揭示梨果皮色泽变异品种（系）与原始品种的遗传差异,利用AFLP和SRAP标记对3组果皮色泽的变异品种（系）进行了鉴别。54对AFLP引物共检测1 089个位点,其中多态性条带数为688,多态性比率为63.2%;20对SRAP引物可检测210个位点,其中多态性条带为76条,多态性比率为36.2%。分析结果表明,7对AF...     

‘石硖’龙眼芽变系双引物RAPD鉴定的研究

 以‘石硖’龙眼芽变系及其普通系(对照) 为材料, 从80对双引物中筛选出4对双引物在二者之间扩增出稳定清晰的多态性片段。4对双引物共扩增出35条带, 其中多态性带5条, 表明通过双引物扩增可成功地将‘芽变’与母株(对照) 区分开来。在此基础上对双引物产生多态性扩增的原理进行了分析。     

观赏海棠‘王族’自然杂交后代的遗传多样性分析

 利用叶、花形态性状分析及AFLP标记技术,对50份‘王族’（Malus‘Royalty’）观赏海棠的自然杂交后代进行遗传多样性分析。结果表明：自然杂交后代叶和花18个形态指标的变异系数在3.44% ~ 42.68%之间,其中托叶长、托叶宽、叶面积、叶片鲜样质量、花瓣宽、花梗长的变异系数在20%以上,多样性特征显著。9对AFLP分子标记引物共扩增得到349条带,其中多态性条带303条,占总数的86.8%。Nei’s遗传多样性指数在0.24 ~ 0.36之间,Shannon信息指数在0.36 ~ 0.53之间。分析认为,‘王族’自然杂交后代不论是在形态水平上还是在分子遗传水平上都具有丰富的多样性,尤其是形态上的差异更为显著。这些变异为观赏海棠选择育种提供了良好材料。     

草莓品种亲缘关系的AFLP分子标记分析

 利用AFLP技术对我国国家草莓资源圃内保存的107个草莓品种进行了DNA多态性分析。从64对“2 + 2”引物中筛选出10对引物应用于扩增基因组DNA, 共获得清晰可辨的581条带, 其中412条为多态性带。UPGMA方法聚类分析结果显示, AFLP分子鉴定结果与其系谱关系非常一致, 表明AFLP指纹图谱分析能很好地鉴别草莓品种之间的遗传关系。     

萱草部分野生种和栽培品种亲缘关系的AFLP分析

 借助AFLP标记对35份萱草野生种和栽培品种进行亲缘关系研究, 结果表明, 7对引物组合对萱草共扩增出条带380条, 其中多态性条带357条, 平均多态性达到93.39% , 单对引物扩增条带19～85条, 平均每对引物组合扩增多态性条带51条。7对引物扩增出的多态性条带均超过90.0%。种质资源相似系数为0.3822～0.9656, 平均相似系数为0.7039。UPGMA聚类结果将供试材料分为3类, 即早花、中花和晚花类, 同一产地的品种基本能聚在一起。AFLP标记技术能较好地从分子水平揭示萱草种质资源的亲缘关系。     

基于AFLP分子标记对广东省番石榴种质资源多样性分析及指纹图谱构建

【目的】利用AFLP分子标记技术对广东省30份番石榴种质资源进行遗传多样性分析并构建指纹图谱。【方法】从80对AFLP引物中筛选得到8对核心引物用于番石榴分子标记,利用UPGMA聚类分析番石榴种质资源多样性,以核心引物E3-M6和E4-M2引物组合构建番石榴DNA指纹图谱。【结果】8对AFLP核心引物扩增30份番石榴样品共得到条带1 118条,多态性条带1 114条,多态性比率为99.6%。通过聚类分析将30份番石榴样品聚为4类,其中广东省高州市野生品种‘胭脂红番石榴2号’遗传分化较大,单独聚为一类。利用核心引物E3-M6和E4-M2组合成功构建番石榴DNA指纹图谱,供试30份番石榴品种(系)每个都有一套唯一的指纹图谱编码。【结论】本研究构建的指纹图谱可用于番石榴种质的分类与鉴定,同时为番石榴杂交新品种选育提供理论依据。     

桃果实非酸/酸性状SCAR标记的转化与验证

 根据筛选到的与桃果实非酸/酸性状紧密连锁的3个AFLP标记特异片段序列信息, 设计特异引物BFPA1/A2、BFPB1/B2和BFPC1/C2。3个特异引物在‘京玉’桃、‘美味’油桃及其正反交F¹代69株群体中的PCR检测结果表明: 引物BFPB1/B2在果实性状表现为酸的后代个体中扩增出分子量大小为158 bp的特异条带, 且根据特异片段AT-CTA₁₉₉不同部位设计的引物都能稳定扩增, 只是片段大小有所差异;特异扩增检测F¹群体分离结果与原先AFLP_AT/CTA标记完全一致, 表明AFLP标记已成功转化为SCAR标记,该SCAR BFPB1/B2标记与D基因的连锁距离为2199 cM。利用SCAR BFPB1/B2标记对‘大久保’桃ב兴津’油桃的F²群体60株个体的果实非酸/酸性状进行检测, 基因型与表型性状符合率为96.7% , 并且表现为共显性标记。特异引物BFPA1/A2和BFPC1/C2的扩增多态性条带在亲本及后代中消失。     

利用RAPD分析鉴别荔枝的焦核突变体

 采用随机扩增多态性DNA 方法, 对荔枝品种三月红、怀枝和它们的9 个自然焦核突变体进行了多态性分析。经500 个随机引物的筛选, 发现仅1 个引物OPL212 能在品种与突变体间扩增出多态性片段,其中2个焦核怀枝的特异片段大小为1 645 bp, 4 个焦核三月红的特异片段大小为722 bp , 初步认为这两条特异片段可能与荔枝的焦核基因相关。     

短雄花序板栗芽变的AFLP分析

 利用AFLP分子标记技术对板栗短雄花序芽变及其母株进行了初步研究, 72种引物组合共产生5 129条清晰谱带, 多态性位点53个, 多态性2.05% , 相似性系数0.9897, 差异片段主要集中于300～900 bp之间。研究表明短雄花序芽变和对照个体之间变异与遗传物质的改变相关, 其中一些可能与雄花序变短的基因有关。     

不同产地人参种质资源RAPD和SSR分析

以15个产地人参种质资源为试材,采用RAPD和SSR分子标记技术对其遗传多样性进行分析。结果表明:2种分子标记均能揭示不同地区人参种质间的遗传多样性。共筛选出11条RAPD随机引物,平均每条引物可扩增出3~17条DNA片段,共扩增出104条清晰条带,多态性条带100条,多态性百分率为96.15%,揭示供试材料间遗传相似系数(GS)为0.505 3~0.989 5,平均值为0.760 4。筛选出5对SSR引物,平均每对引物可扩增出1~8条DNA片段,共扩增出38条清晰条带,多态性条带35条,多态性百分率为92.11%,揭示供试材料间遗传相似系数(GS)为0.400 0~0.960 0,平均值为0.742 1。RAPD和SSR标记的聚类分析在分类上稍有差异,但总体趋势一致,RAPD、SSR及RAPD+SSR均将样品聚为三大类,均能揭示它们之间的亲缘关系,为人参种质资源的收集与利用奠定了基础。     

西瓜NBS类同源序列的克隆与分析(摘要)

R基因产物是植物抵抗病原物侵害的重要组成部分,在目前已经发现的植物抗病基因中,NBSLRR类占了绝大多数,在植物抗病基因中占有重要地位。NBS结构域是NBS-LRR基因编码蛋白中最保守的部分,含有8个保守基序,包括P-loop(又称Kinase-1a)、Kinase-2a、Kinase-3a和GLPL疏水结构域等。对西瓜NBS的克隆和分析将有助于筛选西瓜抗病基因及各种抗病基因的分子标记,而且通过对西瓜NBS的结构、表达和调控的研究,将有助于深入阐释西瓜的抗病机制。以根结线虫抗病西瓜材料‘红籽瓜’和感病西瓜材料‘ZDPI0006’为试材,根据西瓜NBS保守区设计简并引物及特异引物50对,根据葫芦科抗病基因序列在西瓜基因组数据库搜索同源序列,并以此设计特异引物1对,分别提取西瓜叶片g DNA和RNA并反转录成c DNA,采用PCR扩增西瓜抗病基因同源序列,琼脂糖电泳检测回收目标条带,克隆测序后结果提交到Gene Bank进行序列比对,提交至Pfam在线分析蛋白质功能,利用Clustalx与其他物种的抗病基因进行同源性分析,利用dnasp等软件进行序列多态性分析。结果表明,49对引物中共有43对引物在抗、感材料中成功扩增到目的片段,其中有4对引物在抗感材料中扩增出差异片段,简并引物W856在抗、感材料间扩增到一条约750bp的差异片段,测序结果提交至NCBI比对显示其与预测的黄瓜抗TMV的N端类似蛋白存在88%的同源性,根据葫芦科抗病基因在西瓜基因组数据库搜索同源序列设计的特异引物W6580在抗、感材料间扩增出大小一致的约800bp的片段,测序结果提交至NCBI比对,结果显示其与预测的黄瓜抗线虫类似蛋白存在90%的同源性,dnasp软件分析显示抗、感材料之间存在4个单核苷酸多态性位点。     

两种柑橘线粒体DNA的获得与AFLP分析

为了研究柑橘种属间线粒体基因组的遗传多样性以及温州蜜柑胞质雄性不育的分子基础，采用了两个柑橘品种‘国庆1号’温州蜜柑和无核‘冰糖橙’的胚性愈伤组织作为提取线粒体的材料。不连续蔗糖梯度超速离心法纯化线粒体。提取的线粒体完整，具很强的荧光活性。mtDNA片段在20kb左右，且无降解。叶绿体探针rubisco L、核探针45 s rRNA Southem blotting没有检测到叶绿体DNA与核DNA，而线粒体探针apt6杂交获得一条5kb大小的带，说明用此提取方法可获得无污染的mtDNA。4对AFLP引物共得到98条带，其中14条带有多态性。     

铁线莲园艺品种ISSR-PCR反应体系优化与引物筛选

以铁线莲的园艺品种Clematis‘Gravetye Beauty’为试材,采用改良CTAB法提取其基因组DNA为模板,采用单因子试验设计,研究模板DNA含量、引物浓度、Master Mix对ISSR-PCR反应的影响,以期构建基于ISSR分子标记技术的铁线莲园艺品种遗传图谱。结果表明:25μL C.‘Gravetye Beauty’ISSR-PCR最佳反应体系的模板DNA用量5ng、引物浓度0.8μmol/L、Master Mix 12μL;利用该体系从38条ISSR引物中筛选出扩增条带清晰、多态性好的11条引物。     

杧果主要品种遗传多态性的AFLP标记研究

 采用扩增片段长度多态性AFLP标记对国内外31个杧果主要品种进行分类与亲缘关系研究。结果表明: 筛选出的14对引物组合在31份杧果种质中共扩增出了1 761条带, 其中多态性带的比例为97%。平均每对引物产生125.8条带和121.6条多态性带, 总的多态性带率为97%; 基于AFLP标记, 以0.48的相似系数为阈值, 所有供试　果材料被分为7大组群, 第一组群内以0.52为阈值, 又可分为6组。与形态标记相比, 基于AFLP标记的杧果分类体系更能反映杧果品种间的亲缘关系。