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1.
香鱼是分布于中国、日本和朝鲜的一种珍稀名贵经济鱼类,本实验比较分析了香鱼养殖和野生群体的遗传多样性。研究结果显示,在长度为445 bp的控制区部分序列上,鳌山卫养殖群体的单倍型多样度h(0.198 4±0.092 4)和核苷酸多样度π(0.000 8±0.000 9)显著低于东张水库野生群体(h=0.810 5±0.067;π=0.002 6±0.002 0),两群体产生了较大的遗传分化(F st=0.447,P=0);单倍型邻接关系树的拓扑结构简单,未呈现明显的地理谱系结构,日本香鱼个体与中国香鱼亲缘关系较远;东张群体的历史动态分析结果表明其可能经历过近期的群体扩张事件。无论是养殖群体还是野生群体,中国香鱼群体的遗传多样性现状不容乐观。  相似文献   

2.
利用线粒体D-loop区和COI基因序列分析了全州禾花鲤(Quanzhou Procypris merus)、融水禾花鲤(Rongshui P.merus)和野生鲤鱼群体的遗传多样性和系统进化关系。基于D-loop区序列分析结果表明:序列长度为927~930 bp,共统计变异位点53个;A、T、G、C核苷酸平均含量分别为33.4%、32.9%、14%和19.7%,A+T(66.3%)明显高于G+C(33.7%);总体的单倍型数(h)、单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为40个、0.95和0.008 3;遗传分化指数(Fst)为0.224 59。基于COI基因序列分析结果显示:序列长度为897~899 bp,共统计变异位点33个;A、T、G、C核苷酸平均含量分别为26.7%、28.5%、17.8%和27%,且A+T(55.2%)高于G+C(44.8%);总体的h为25个,Hd为0.91,π为0.003 16;Fst值为0.191 43。在3个群体内和群体间遗传距离分别在0.003~0.009和0.003~0.01,远小于种群分类水平0.05。分子方差分析(AMOVA)结果表明,77.54%(D-loop)和80.86%(COI)变异来自群体间变异,22.46%(D-loop)和19.14%(COI)来自群体内变异。单倍型进化树和网络图显示,全州禾花鲤和野鲤群体均存在单独聚为一支的单倍型,而融水群体未出现单独成支现象。研究表明,线粒体D-loop区作为反映3个群体间遗传多样性的灵敏度要高于COI基因,并且3个群体均属于高单倍型多样性和高核苷酸多样性。综上,3个群体间出现了较为明显的分化现象。  相似文献   

3.
采用PCR结合DNA测序技术和SSCP技术,分析了中华鳖3个地理群体线粒体DNA(mtDNA)D-loop区部分序列的变异及遗传多样性。在25个个体中,其碱基组成为A+T的平均含量(65.4%)高于G+C(34.6%),共检测到变异位点7个(约占总位点数的5.7%),转换/颠换值为2.76。核苷酸多样性(π)为0.019 95,平均核苷酸差异数(K)为2.453。25个个体分属6个单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.707,单倍型间的平均遗传距离(P)为0.027。6个单倍型构建的UPGMA系统树聚为3个分支。结果表明,中华鳖群体mtDNA D-loop区序列存在着较丰富的变异和遗传多样性,日本鳖的遗传多样性比黄河鳖和黄沙鳖丰富,黄沙鳖与日本鳖、黄河鳖的遗传距离较远。而且PCR-SSCP可以检测到两种类型的电泳图谱,其中Ⅱ型均为日本鳖,该技术可用于78位TT←→AA颠换变异位点的检测。  相似文献   

4.
为了解梭鲈种群的遗传结构,实验利用线粒体细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基(COⅠ)基因部分序列分析了中国6个和中亚2个群体的遗传差异,并与欧洲群体的单倍型序列进行了比较。结果在640 bp的COⅠ基因序列中检测到5个变异位点,定义了7种单倍型,发现Hap1为8个梭鲈群体的共享单倍型,且与欧洲群体的HapA相同,在中国群体所占比例(93.36%)高于中亚群体(72.58%)和欧洲群体(53.85%);Hap2和Hap3是中国群体的特异单倍型,而Hap4~Hap7为中亚群体的特异单倍型。单倍型序列的聚类图和网络图均显示Hap1/A为梭鲈群体的原始单倍型,中国和中亚群体的特异单倍型相对于原始单倍型仅有1~2个位点的变异,属于Hap1/A的亚型,与欧洲群体的特异单倍型具有较大的差异。每个群体检测到1~4种单倍型,斋桑湖(ZS)群体单倍型最多,而中国的腾格里湖(NX)、兴凯湖(XK)和鸭绿江(YJ)群体仅有1个单倍型(Hap1);塔什干(TS)群体的单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)最高(Hd=0.514±0.069; π=0.000 79±0.000 11),其次是ZS群体,而中国梭鲈群体的多样性参数较低。AMOVA分析结果显示,梭鲈群体间遗传变异占20.74%,群体间遗传分化程度较高(0.15≤Fst=0.207 36<0.25),TS群体与ZS群体和中国群体间的遗传分化极大(Fst>0.25),中国群体中仅黑河(HH)群体与其他群体的遗传分化较大,而中国其他5个群体间无遗传分化。基于群体间遗传距离的系统进化树显示,来自中国的6个梭鲈群体与哈萨克斯坦的ZS群体聚为一支,而乌兹别克斯坦的TS群体独立为一支。研究结果为梭鲈群体的繁殖及放流管理提供了参考。  相似文献   

5.
任永丽  代金彩  赵年桦  赵贺  魏杰  聂竹兰 《水产学报》2022,46(12):2274-2285
为探究塔里木裂腹鱼群体的遗传多样性和遗传分化现状,选用车尔臣河、克孜勒河和阿克苏河3个不同地理种群的塔里木裂腹鱼共计126尾样本,进行线粒体DNA COII和ND4基因序列的对比分析,探讨了2种标记对塔里木裂腹鱼遗传多样性分析结果的差异和关系。结果显示,塔里木裂腹鱼线粒体DNA COII和ND4基因序列的A+T含量均高于G+C含量,碱基组成具有偏倚性。基于线粒体DNA COII和ND4基因序列分析,126个样本中分别确定了6个和23个单倍型,其中线粒体DNA COII基因序列中3个群体存在共享单倍型现象,线粒体DNA ND4基因序列中未发现3个群体间存在共享单倍型。2种标记下群体的单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.738±0.019/0.904±0.014和0.02129±0.00298/0.04876±0.00149,呈现出高单倍型多态性和高核苷酸多态性的特征。2种标记的分子方差分析(AMOVA)均表明,在所有群体中遗传变异主要来源于群体间,且车尔臣河群体的塔里木裂腹鱼与其他2个群体的遗传分化均达到显著水平(P<0.05)。贝叶斯法(BI)构建的BI树与单倍型网络图结构一致,塔里木裂腹鱼形成了2个分支。COII和ND4基因序列的岐点分布图均呈现双峰型,表明塔里木裂腹鱼现在的分布是先前分化种群发生二次交流的结果。种群结构分析结果亦表明塔里木裂腹鱼已分化出2个明显的地理种群,故建议将车尔臣河群体作为塔里木裂腹鱼的亚种。  相似文献   

6.
张辉  高天翔  庄志猛  金显仕 《水产学报》2010,34(8):1149-1155
比较分析了中国对虾养殖群体与野生群体mtDNA控制区序列。研究结果显示,在长度为563 bp的mtDNA控制区片段中,中国对虾养殖群体与野生群体序列间存在一定程度的遗传差异。野生群体的基因多样度为0.967 2,略高于养殖群体(0.938 0),两群体间未检测到共享单倍型;野生群体mtDNA控制区核苷酸多样度为0.010 6,养殖群体核苷酸多样度为0.009 4,略低于野生群体的核苷酸多样度。基于K-2P模型计算得到中国对虾两群体间的平均遗传距离为0.010 8,野生群体个体间平均遗传距离为0.010 7,养殖群体个体间平均遗传距离为0.009 5;单倍型最小跨度树和NJ系统树均未检测到显著的谱系结构。确切P检验显示两群体间没有随机交配现象(P= 0.000 9)。两群体间的FST值为0.069 8(P=0.00),表明两群体间存在显著的遗传分化。  相似文献   

7.
丁奎  张辉  张秀梅  宋娜  高天翔 《水产学报》2014,38(6):769-777
为研究许氏平鲉养殖群体与野生群体遗传结构及遗传多样性状况,采用PCR扩增获得许氏平鲉线粒体DNA控制区高变区片段,并对其进行比对分析。结果显示,在长度为451 bp的线粒体控制区片段中,养殖群体单倍型多样度(0.540±0.067~0.815±0.021)明显低于野生群体(0.883±0.053~0.944±0.028),而核苷酸多样度(0.001±0.001~0.007±0.004)与野生群体(0.004±0.003~0.007±0.004)相差不大,遗传多样性水平均较低。在52个单倍型中,养殖群体仅占12个,且有6个单倍型与野生群体共享。群体间遗传分化指数和AMOVA分析结果显示,养殖群体和野生群体之间以及养殖群体之间的遗传分化较大,而野生群体间遗传变异较小,组群间的遗传分化较小且不显著(ΦCT=-0.013;P0.05)。单倍型最小跨度树和NJ系统发育树均未检测到明显的谱系结构。  相似文献   

8.
《淡水渔业》2021,51(4)
为了较全面了解长江中上游草鱼(Ctenopharyngodon idellus)的种质情况,本研究基于线粒体Cyt b基因序列特征,比较分析了长江中上游大范围内草鱼3个野生群体和19个养殖群体的遗传多样性水平。结果显示:677个样本共检测到35个单倍型,17个简约信息位点和42个多态位点;野生群体遗传多样性最高(H_d:0.769;P_i:0.001 43),原种场群体次之(H_d:0.766;P_i:0.001 13),苗种场群体最低(H_d:0.649;P_i:0.000 84)。野生群体中,万州群体遗传多样性最高(H_d:0.857;P_i:0.002 05),中性检验结果表明万州群体曾经历过种群扩张事件;遗传结构分析表明草鱼野生群体间不存在遗传分化,群体间基因交流广泛;对比历史数据,草鱼野生群体多样性水平近10年来未出现下降。苗种场群体中,遗传多样性最高(H_d:0.791;P_i:0.001 47)和最低(H_d:0.247;P_i:0.000 24)的分别是阳新和蔡甸1群体,部分养殖群体遗传多样性下降;遗传结构分析表明养殖群体间存在大范围的显著遗传分化,群体间缺乏交流。综上,草鱼养殖群体遗传多样性下降明显,在进行草鱼苗种繁育时要注意近交等带来的不利影响。  相似文献   

9.
为研究青石斑鱼种群遗传结构以实现资源保护和可持续利用,实验采用PCR技术对东山湾水域53尾青石斑鱼种群的线粒体DNA(mtDNA)D-loop区全序列进行扩增并测序,序列长度为956~1 230 bp,变异很大,这可能是由于5'端含有数目不等的重复序列单元(repeat sequence unit,RSU)或者由于碱基的插入和缺失造成的。按照RSU数目的不同,把53个青石斑鱼样本分为3大类:2RSU类(占11.3%)、3RSU类(占77.4%)、4RSU类(占11.3%)。采用MEGA(version 3.0)和DnaSP(version 4.0)软件对序列进行分析,结果显示,53条序列的T、C、A和G碱基平均含量分别为33.4%、17.3%、35.4%和13.9%,共发现53种单倍型,包括179个多态位点,单倍型间平均遗传距离为0.019 7,单倍型多态性(Hd)为1.000,核苷酸多态性(π)值为0.017 2。研究表明,东山湾青石斑鱼种群的遗传多样性处于中等水平。  相似文献   

10.
野生与养殖银鲳幼鱼氨基酸含量的比较   总被引:5,自引:7,他引:5  
比较了野生与养殖银鲳幼鱼氨基酸的含量。结果显示,野生与养殖银鲳鱼体中均以谷氨酸含量最高,组氨酸含量最低,必需氨基酸中均以赖氨酸含量最高,并且四种呈味氨基酸的含量由高到低的顺序均为谷氨酸>天冬氨酸>甘氨酸>丙氨酸。养殖银鲳鱼体中脯氨酸含量较野生银鲳明显升高(变异系数为11.16%),但丝氨酸、酪氨酸及八种必需氨基酸(缬氨酸、蛋氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、苏氨酸、苯丙氨酸、赖氨酸及精氨酸)的含量均较野生银鲳低。养殖银鲳氨基酸总量(54.17 g/100 g干物质)与必需氨基酸总量(27.16 g/100 g干物质)均分别低于野生银鲳鱼体中的氨基酸总量(57.92 g/100 g干物质)与必需氨基酸的总量(30.04 g/100 g干物质),变异系数分别为4.74%与7.13%;而呈味氨基酸总量与野生银鲳相比差异较小,变异系数仅为2.66%。养殖银鲳与野生银鲳鱼体中必需氨基酸总量与总氨基酸的比值(EAA/TAA)均较高,分别为50.14%与51.87%。此外,养殖与野生银鲳鱼体中的呈味氨基酸与总氨基酸(DAA/TAA)的比值同样较高,分别为37.92%与36.82%。  相似文献   

11.
The silver pomfret Pampus argenteus (Euphrasen) is a new candidate for aquaculture and there is not much information available on its larval rearing. Investigations carried out using microalgae alone in the culture system for the initial feeding of the silver pomfret larvae showed that Chlorella, Isochrysis and Nannochloropsis without rotifers are not conducive to the survival of newly hatched larvae. At 6 days after hatching (DAH), a maximum survival of 3% (1.8 ± 1.69%) was observed with Isochrysis followed by Nannochloropsis (0.35 ± 0.21%) and Chlorella (0.25 ± 0.21%). All control larvae died at 6 DAH without microalgae. Further investigations using the above microalgae with rotifers and a mixture of these same microalgae with rotifers showed that significantly higher (P < 0.05) survival could be achieved in the mixture of microalgae with rotifers in the culture system. At 12 DAH, the larval survival was 9.73 ± 1.39% in mixed species of algae compared with that of Isochrysis (6.93 ± 1.86%), Nannochloropsis (6.83 ± 0.61%), Chlorella (5.93 ± 2.76%) and seawater without microalgae or the control (0.73 ± 0.31%). The first incidence of feeding on rotifers at 4 DAH was significantly higher (P < 0.05) in all treatments with microalgae than that of the control. The incidence of feeding in mixed species of algae at 4 DAH (60.0 ± 0.00%) and in Isochrysis (55.0 ± 35.36%) was significantly higher (P < 0.05) than that of Chlorella (40.0 ± 0.00%) and the control (25.0 ± 7.07%). Prey consumption of individual larvae increased significantly (P < 0.01) at 8 DAH compared with that at 4 DAH. During this period, predation on rotifers by larvae was significantly higher (P < 0.05) in mixed species of algae (12.85 ± 5.73 rotifers larva?1) than that of the control (6.75 ± 1.20 rotifers larva?1). The fatty acid composition of rotifers used during this investigation shows that significantly higher (P < 0.05) ω3 HUFA was present in rotifers treated with mixed algae plus commercial enrichment media ‘Super Selco’ and ‘DHA Protein Selco’. Rearing of silver pomfret larvae up to the juvenile stage using mixed species of microalgae in the hatchery has been discussed. During 38 days of the larval rearing period, it was possible to achieve 3.6–4.2% larval survival with a mean of 3.9 ± 0.42%, which was considerably higher than in previous attempts (survival up to 1.5%).  相似文献   

12.
大鲵遗传多样性分析   总被引:2,自引:0,他引:2  
以线粒体DNA控制区为分子标记,对汉水流域大鲵(Andriasdavidianus)的遗传多态性进行了研究。在获得的757bp的碱基序列中,有18个多态性核苷酸变异位点,占全部碱基数的2·38%;基因突变以转换为主,有一处插入或缺失;A、T、C、G四种碱基的平均含量分别为31·8%、33·0%、20·9%、14·3%,且A+T的含量(64·8%)明显高于G+C的含量(35·2%)。28个样本检测到8种单倍型,单倍型间的核苷酸变异在0·13%~1·74%之间,单倍型多样性(Haplotypediversity)指数和核苷酸多样性(Nucleotidediversity)指数分别为h=0·8230±0·0440和π=0·00446±0·00122,显示了大鲵驯养群体的的遗传多样性水平较低。  相似文献   

13.
研究了增加饲料中维生素C(VC)质量分数对银鲳(Pampus argenteus)血清溶菌酶活性及组织抗氧化能力的影响。以鱼粉、虾粉为蛋白源,鱼油为脂肪源配制VC质量分数分别为104.21 mgkg-1、455.33 mgkg-1和800.54 mgkg-1的3组饲料,依次编号为C1(对照组)、C2、C3。每组饲料设3个重复,投喂平均体质量为(6.180.15)g的银鲳幼鱼9周。结果显示,随着饲料中VC质量分数的增加,血清溶菌酶活性逐渐升高,C3组较C1、C2组溶菌酶活性显著性升高(P0.05)。增加VC质量分数可显著提高组织中的超氧化物歧化酶(SOD)活性及总抗氧化能力(T-AOC)(P0.05),但VC对不同组织中SOD活性的影响程度并不相同。随着饲料中VC质量分数的增加,肝脏与肌肉中VC水平显著性升高(P0.05)。同时,高水平VC也显著降低了组织中丙二醛(MDA)的质量摩尔浓度。分析表明,增加饲料中VC质量分数(大于455.33 mgkg-1)可提高银鲳血清溶菌酶活性与组织抗氧化能力,降低组织中脂质过氧化反应。  相似文献   

14.
测定了广东虎门、广西合浦和广西钦州3个群体45 ind居氏银鱼(Salanx cuvieri)线粒体DNA细胞色素b基因1 017 bp序列片段,发现42个多态位点,28个单倍型。平均单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.967和0.006,呈现出高单倍型多样性低核苷酸多样性的特点。合浦和钦州群体间遗传分化指数Fst值为-0.029,表明广西的2个群体间没有遗传分化。虎门群体与合浦和钦州群体间的Fst值分别为0.201和0.218,出现中度遗传分化,推测琼州海峡可能阻碍了广东与广西群体间的遗传交流。邻接树上出现2个无明显地理聚群的较弱谱系分支,表明正处于谱系拣选状态。AMOVA分析表明,居氏银鱼群体内遗传差异(86.54%)大于群体间(13.46%)遗传差异,遗传变异主要集中在群体内部。虎门群体中性检测的Tajima’sD为显著负值(-1.847,P=0.018),不对称分布分析呈单峰模式,表明可能在晚更新世(3.2~8.0万年前)经历过种群的快速扩张。建议广东群体和广西群体各作为一个管理保护单位分别加以保护。  相似文献   

15.
研究了增加饲料中维生素C(VC)质量分数对银鲳(Pampus argenteus)血清溶菌酶活性及组织抗氧化能力的影响.以鱼粉、虾粉为蛋白源,鱼油为脂肪源配制VC质量分数分别为104.21 mg·kg^-1、455.33 mg·kg^-1和800.54 mg·kg^-1的3组饲料,依次编号为C1(对照组)、C2、C3.每组饲料设3个重复,投喂平均体质量为(6.18±0.15)g的银鲳幼鱼9周.结果显示,随着饲料中VC质量分数的增加,血清溶菌酶活性逐渐升高,C3组较C1、C2组溶菌酶活性显著性升高(P<0.05).增加VC质量分数可显著提高组织中的超氧化物歧化酶(SOD)活性及总抗氧化能力(T-AOC)(P <0.05),但VC对不同组织中SOD活性的影响程度并不相同.随着饲料中VC质量分数的增加,肝脏与肌肉中VC水平显著性升高(P<0.05).同时,高水平VC也显著降低了组织中丙二醛(MDA)的质量摩尔浓度.分析表明,增加饲料中VC质量分数(大于455.33 mg·kg^-1)可提高银鲳血清溶菌酶活性与组织抗氧化能力,降低组织中的脂质过氧化反应.  相似文献   

16.
为掌握江苏省重要湖泊湖鲚(Coilia nasus taihuensis)群体的遗传多样性和遗传结构,利用线粒体控制区(D-loop)全序列分析了6个湖泊(太湖、滆湖、高邮湖、白马湖、洪泽湖和骆马湖)湖鲚野生群体的遗传多样性水平和群体分化情况。结果表明,6个群体共214尾样本的D-loop序列中,共发现103个变异位点,92种单倍型。6个群体的单倍型多样性为0.726~0.951,核苷酸多样性为0.00552~0.01036,6个群体整体的单倍型和核苷酸多样性分别为0.857和0.00729,表明湖鲚群体的遗传多样性较高,且符合高单倍型多样性和低核苷酸多样性特点。分子方差分析(AMOVA)结果表明,群体间变异百分比为6.20%,群体内变异百分比为93.80%,说明遗传变异主要来自群体内部。群体总的遗传分化系数(Fst)为0.06199(P<0.01),两两群体间的Fst显示,滆湖群体与其他群体间存在极显著的遗传分化(P<0.001),而其他群体间无显著分化(P>0.05)。单倍型分子系统进化树和网络进化图显示,6个群体的单倍型形成了2个谱系,但谱系组成与群体地理分布无相关性。中性检验分析结果显示,湖鲚群体进化过程中经历过种群扩张,扩张时间大约发生在0.089~0.160百万年前。研究结果表明,湖鲚群体具有较高的遗传多样性,滆湖群体与其他群体具有极显著的遗传分化,且拥有多个独享单倍型,应将滆湖群体单独作为一个管理单位,其他5个群体作为一个整体进行管理和利用。  相似文献   

17.
珠江水系光唇裂腹鱼可渡河种群mtDNA D-loop序列多态性分析   总被引:2,自引:0,他引:2  
40尾光唇裂腹鱼(Schizothorax lissolabiatus)采自珠江水系可渡河,采用PCR扩增和直接测序技术对其mtDNA D-loop区481bp的序列进行了测定分析。该序列共计发现了10个变异位点,占分析总位点数的2.08%。定义了10种单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.733,单倍型间平均遗传距离(P)为0.0051。核苷酸多样性(π)为0.0027,平均核苷酸差异数(K)为1.301。用单倍型间遗传距离构建的NJ树由2个支系组成。该研究显示光唇裂腹鱼可渡河种群mtDNA D-loop区多态性较低,表明光唇裂腹鱼可渡河种群遗传多样性贫乏,有必要采取综合措施开展光唇裂腹鱼可渡河种群的保护。  相似文献   

18.
为研究海蜇群体的遗传多样性状况,采用PCR扩增获得20个海蜇野生群体样品的线粒体COⅠ基因部分序列,并结合GenBank上其他15个海蜇样品的同源序列,对其序列变异和遗传分化进行分析。结果显示,35条序列的A、T、C、G碱基含量分别为26.7%、36.4%、18.8%、18.1%;在长度624bp的线粒体COⅠ基因片段中共发现21个多态位点,定义了17种单倍型,单倍型多态性为0.91±0.03,核苷酸多态性为0.0056±0.0032。同其他几种大型水母相比,海蜇种群的遗传多样性处于较高或中等水平。研究结果表明,不同海蜇种群尤其是相距较远的群体在其分布范围内可能存在遗传分化现象。  相似文献   

19.
不同地理群体裸体方格星虫遗传结构及种群分化研究   总被引:1,自引:0,他引:1  
本研究对福建长乐、古雷、晋江海区裸体方格星虫自然群体91个个体的线粒体COI基因进行序列测定,并与厦门、北海、三亚3个地理群体15个个体的线粒体COI基因序列进行了比较分析。在106个个体中共发现193个核苷酸多态位点和52个单倍型,长乐、古雷、晋江海区3个地理群体中单倍型多样性指数(h)在0.626到0.972之间,核苷酸多样性(π)在0.00155到0.01325之间,表现出较高的遗传多样性。分子方差分析(AMOVA)显示1.97%的变异存在于群体内,而群体间的遗传变异为98.03%,群体间变异是总变异的主要来源。构建的单倍型系统关系树显示单倍型聚合为A、B、C、D 4个不同的具有高支持率的分支,表明我国沿海至少存在4个线粒体具显著差异的类群,并可能存在隐蔽种。单倍型最小拓展网络图揭示裸体方格星虫类群A存在福建沿海和北部湾两个明显的分支,是否可提升为亚种有待进一步考证。研究结果为中国沿海裸体方格星虫种质资源保护、人工苗种放养及遗传育种工作的开展提供了依据。  相似文献   

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