白沙蒿肌动蛋白基因核心片段的克隆和序列分析

本研究以荒漠植物白沙蒿总RNA为模板,运用RT-PCR方法扩增出肌动蛋白基因核心序列。将获得的片段克隆到T载体后进行测序,序列分析表明：白沙蒿肌动蛋白基因核心片段长599bp,编码198个氨基酸。将该序列在GenBank中注册,并与多种植物肌动蛋白序列进行同源性比较,发现该片段的核酸序列同源性在75％以上,氨基酸序列同源性在85％以上,具有高度保守性。     

少动鞘氨醇单胞菌ZX4儿茶酚2,3-双加氧酶基因的克隆与序列分析

利用PCR扩增分离得到了少动鞘氨醇单胞菌(Sphingomonas paucimobotis)ZX4菌株的儿茶酚2，3-双加氧酶基因(c230-ZX4)。核苷酸序列测定与分析表明，该基因片段全长924bp且具有一个完整的阅读框，编码306个氨基酸残基。序列分析结果表明，该基因与已报道的来自菌株Sph.yanoitcuyae B1和Sphingomonas sp．KMG425的xylE基因(编码产物均为C23O)具有较高的核酸序列同源性，分别为94．37％和94．05％；与研究较多的Pseudomonas putida的TOL型质粒pWWO上的xylE基因同源性仅为57．79％。与其同源性较高的xylE基因编码的多肽氨基酸序列比较发现，c23O-ZX4编码产物的第86、92、113、125、126、182、185、186、216及218位的氨基酸残基均有所不同。     

甘薯多酚氧化酶cDNA的克隆及序列分析

植物多酚氧化酶（olyphenol oxidase,PPO)是一类核编码的铜金属酶，含有2个保守的铜结合区域（CuA和CuB)，N端和C端部分缺乏明显的同源性。根据植物PPO的结构特点，从2个保守的铜结合区域的氨基酸序列设计一对简并引物，扩增了甘薯（Ipomoea batatas L.) PPO保守区之间的cDNA片段，测序表明该片段含595bp，编码195个氨基酸，推导的氨基酸序列包含了植物PPO的2个保守的铜结合区域，与葡萄（Vitis vinifera)，番茄（Lycopersicon esculentum)马铃薯（Solanum tuberosum)和蚕豆（Vicia faba)PPO保守区的同源性分别为71．3％，80．8％，79．8％，70．6％。在此基础上设计引物通过3'RACE和5'RACE的方法获得了甘薯PPO cDNA的3'和5'端的片段。最后根据保守区的cDNA片段，3'RACD片段和5'RACE片段的序列信息进行拼接，推导出甘薯PPO cDNA的全部序列信息。结果表明：甘薯PPO cDNA全长含1984bp，有完整的阅读框，编码588个氨基酸。另外5'非翻译区16bp,3'非翻译区202bp，其中包括1个多聚腺苷酸化信号AATAAA，以及1个含17个腺苷酸的ploy(A)尾。由甘薯PPO cDNA推导的氨基酸邓列由葡萄，番茄，马铃薯和蚕豆PPO cDNA推导的氨基酸序列进行比较，它们之间存在较明显的同源性，同源性分别为49％，48％，47％和49％。     

猪5-HT4b受体基因cDNA克隆和序列分析

利用RT—PCR技术克隆了猪5-HT4bR基因的核苷酸序列，并利用生物信息学手段进行了验证。核苷酸序列测定与分析表明，该基因片段全长1209bp且包含一个完整的开放阅读框，编码402个氨基酸。该序列已在GenBank登录（Accession No．AY566638）。序列分析结果表明，该基因与已报道的人、鼠等5种动物5-HT4bR基因具有较高的核酸序列和氨基酸序列同源性，分别为92．56％和93．63％。该基因编码的蛋白具有7次跨膜结构，属于G蛋白偶联受体超家族。     

嗜水气单胞菌aer毒素基因的克隆及核苷酸序列分析

以自行分离的嗜水单胞菌分离株AHCS02为研究对象,分析其产生的aer毒素基因结构.根据GenBank中aer毒素的基因序列（M16495）,设计扩增编码aer毒素成熟蛋白基因的引物,以AHCS02的基因组DNA为模板,PCR扩增出长度为1 332 bp的核苷酸片段,进行pMD18-T载体克隆.酶切鉴定后进行序列测定和分析,结果表明扩增的片段与M16495的同源性达92%,将测得的序列登录GenBank数据库,所得的序列编号为AY136943.分析推导其核苷酸编码的氨基酸序列显示：其编码443个氨基酸,为aer毒素成熟蛋白的基因,与M16495相比,氨基酸差异主要集中在422氨基酸残基至436氨基酸残基的位置上,在这个位置上共有8个氨基酸残基发生变化,其中在435和437氨基酸残基之间有一个氨基酸密码子丢失,氨基酸的同源性达95.5%.证明aer毒素基因的5＇端保守,3＇端变异较大.     

猪肥胖基因片断的克隆及不同日龄猪肥胖基因表达的差异

从杜长嘉(Duroex Landracex Taihu)猪的皮下脂肪中提取基因组RNA，用RT-PCR扩增肥胖基因(obesegene；ob)，获得1条504bp的片断，以pGEM-T Easy Vector为载体，将该基因片断克隆到大肠杆菌(Eschenchia coli)中。从筛选到的阳性克隆中分离出肥胖基因，测定其序列，分析表明该片段为肥胖基因cDNA的部分序列，编码167个氨基酸组成的多肽，是成熟肽的主体部分。研究得到的基因片段与报道的猪脂肪组织中ob cDNA部分序列同源性达到99．41％。氨基酸序列同源性达到98．94％。以ob基因片段的克隆为基础，构建了优化的半定量RT-PCR法，以β-actin为内标，研究不同日龄的猪脂肪组织ob基因表达的差异，1-28日龄ob基因表达呈上升趋势，28日龄达到最高，随后，到56日龄ob基因表达又呈下降趋势。     

传染性喉气管炎病毒北京株胸苷激酶基因的克隆和序列分析

传染性喉气管炎病毒（infectous laryngotracheitis virus,ILTV)是一种能感染鸡（Gallina)群，导致产生急性上呼吸道感染的α－疱疹病毒。ILTV对鸡群的感染率约为100％，致死率约为40％，致死率约为40％，胸苷激酶(thymidine kinase,TK)基因是疱疹病毒的一个重要的毒力基因，该基因的删除有助于构建缺失tk基因的重组ILTV。为了得到缺失tk的重组ILTV病毒。报道了ILTV北京E2株的tk基因的克隆和测序，并分析了该序列与其它已经发表的其它ILTV毒株tk基因之间的同源性。由DNA序列推导TK的氨基酸序列，并将该序列与其它疱疹毒TK氨基酸序列的同源性进行了分析，可以看到这疱疹病毒TK氨基酸序列在某些区域出现较高的同源性。     

鹅生长激素基因的克隆和组织表达

根据鸡的生长激素基因(GH)序列设计引物对鹅总RNA进行RT-PCR反应，将扩增片段进行克隆和测序。结果获得了包括从ATG开头到TGA结尾的651bp的鹅GH基因编码区序列。鹅与鸡的GH基因的编码区高度保守，同源性达92％，演译成氨基酸后同源性达96％；与人和鼠GH基因编码区序列同源性分别为63．81％和74．31％，演绎成氨基酸后同源性分别为52．51％和72．81％。同时用RT-PCR和Northern-blot对鹅12种组织表达差异分析表明鹅GH基因只在垂体和下丘脑中表达。在心脏、肺、肝脏、小肠、胃、腿肌、脾、肾脏、脂肪和睾丸中都不表达。     

番鸭呼肠孤病毒ZJ99株σC基因的序列分析及其在大肠杆菌中的表达

参考已发表的番鸭呼肠孤病毒(Muscovy duck reovirus, mDRV)的S4序列，自行设计1对扩增σC基因的引物，对mDRV ZJ99株的RNA抽提物进行RT-PCR扩增，成功地获得了843 bp特异性的扩增片段(GenBank: AY619690)。将PCR产物克隆测序，BLASTn比较结果显示, mDRV ZJ99株σC基因与福建MW9710株对应基因的同源性为98％，与法国89026和89330株对应基因的同源性分别为92％和93%； BLASTp比较结果显示, ZJ99株编码的σC蛋白与MW9710、89026和89330株相应蛋白分别具有94％、89％、 89％同一性(identity)和95％、92％、93％相似性(similarity)。进一步将σC基因亚克隆至原核表达载体pET28a， 转化大肠杆菌(Escherichia coli )BL21(DE3)，IPTG诱导阳性重组子，SDS-PAGE电泳检测发现, σC蛋白在大肠杆菌中以包涵体的形式高效表达，目的蛋白的表达量可达到细菌总蛋白的22.9％。     

旱生植物梭梭actin基因片段的克隆及表达模式分析

本研究根据其它植物actin基因的保守序列设计一对简并性引物,以3周龄梭梭整株总RNA为模板,采用RT-PCR的方法扩增出actin基因片段并克隆到PUCm-T载体,阳性克隆经PCR检测后进行测序。序列分析结果表明：该片段长约598 bp,编码198个氨基酸;该序列与GenBank中现有的植物Actin比对发现,同源性均高达84%,同时,翻译得到的氨基酸序列与其它植物的氨基酸序列同源性高达99%。表达实验分析表明在不同胁迫条件下该基因在梭梭不同组织中表达量恒定,可作为内参基因。梭梭actin基因片段的克隆可为研究重要抗逆功能基因在梭梭中的表达和调控机制奠定基础。     

植物EST-SSR标记开发及其应用

随着生物科技的进步,大量的植物表达序列标签（expressed sequence tags,ESTs）已经成为开发SSR标记的重要资源。EST-SSR作为一种新型分子标记,其多态性可能与基因功能直接相关,而且在相近植物间具有良好通用性,使得EST-SSR标记在实际应用中更具价值。采用计算机方法大规模发掘EST-SSR多态性位点极大地提高了SSR标记开发效率。尤其随着新一代测序技术的成熟以及测序成本的急剧下降,利用新一代测序技术产生大量的转录组数据进行EST-SSR多态性标记的计算机大规模发掘将对SSR标记的开发带来深远影响。本文简要介绍了植物EST-SSR分布特点,并对EST-SSR标记开发现状以及相关应用作了综合评述,此外,还对EST-SSR标记的计算机开发新策略进行了展望。     

绵羊皮肤源EST-SSR标记与羊毛性状的关联性分析

为了筛选与绵羊(Ovis aries)毛性状基因座连锁更强的分子标记,本研究选择9个多态性丰富的绵羊皮肤源EST-SSR位点,检测了德国美利奴羊与中国美利奴羊级进杂交F2代群体的遗传多态性,并分析了标记与毛性状间的关联性.分析结果显示,所选的9个EST-SSR位点在供试群体中共检测到39个等位基因,多态性丰富,其中的6个位点基因型间存在显著差异;其中,与自然长度关联的位点有5个,与伸直长度关联的位点有4个,与纤维直径关联的位点有3个.6个EST-SSR位点基因型间存在显著差异;关联性标记对羊毛性状相关效应的F检验结果表明:33176918位点和33176988位点分别对羊毛自然长度、纤维平均直径具有显著的遗传效应(P＜0.05).研究结果提示,与羊毛性状相关的6个位点中,33176918号位点对羊毛的自然长度有较大的标记效应,该位点的CD基因型是羊毛自然长度的有利基因型;33176988号位点对羊毛的纤维直径有显著地标记效应,该位点的BC基因型是纤维直径的有利基因型.这两个位点可能与控制毛形状的基因座紧密连锁.     

慢生型大豆根瘤菌nfeC基因的定位

在前期工作中 ,从慢生型大豆根瘤菌菌株 GX2 0 1的基因文库中筛选到一个含 nfe C基因同源片段的重组质粒 p GXN2 0 1。在本工作中 ,将 nfe C基因同源片段定位在 4 kb Cla I Xba I片段上。对该片段的部分序列分析表明与已报道的 nfe C基因具有 95%的同源性     

猪Fas基因的克隆及序列分析

从PK-15细胞中提取总RNA,用RT-PCR方法扩增出猪F as基因,将其克隆到PM D 18-T载体上,进行序列分析。结果表明,克隆的猪F as基因序列与G enB ank上登录的猪F as基因同源性为100%,与人、牛、羊的F as基因核苷酸及推导的氨基酸序列同源性分别为73.4%、79.2%、76.4%和56.2%、67.0%、64.6%。F as蛋白胞内区的死亡域,其氨基酸序列在猪、人、牛和羊的F as基因中呈现较高的同源性。     

粘细菌纤维堆囊菌的基因组学研究现状

纤维堆囊菌（S.cellulosum）属于粘细菌中的堆囊菌属,它们能产生丰富的次级代谢产物,而且是目前基因组最大的原核生物,现已测序的S.cellulosum So ce56和So 0157-2分别拥有13.03 Mb和14.78 Mb的环状染色体。本文阐述了这两株纤维堆囊菌在序列的组装验证和基因组的分析注释等方面的完成情况,以及人们在测序的基础上,对其展开的结构基因组学、比较基因组学和功能基因组学的研究。通过介绍这两株已测序纤维堆囊菌的基因组学研究现状,我们总结了从纤维堆囊菌的全基因组序列中挖掘遗传信息的方法,为发现纤维堆囊菌中新的功能基因提供一些参考。     

利用cvTree方法构建及分析tRNA序列的亲缘关系进化网络

本文利用cvTree和复杂网络理论相结合的方法,构建了3420条tRNA序列亲缘关系进化网络。计算了相关网络的平均度、平均聚类系数和平均最短路径随进化距离Dis变化的关系。同时还分析和讨论了tRNA序列之间的亲缘关系及其进化机制,观察到一个与其它方法不同的结果：随着亲缘距离Dis的增加,网络的度分布先是从power-1aw分布转变为Gussian分布,然后又从Gussian分布转变为反power-1aw分布。本研究结果说明由cvTree方法和复杂网络理论相结合的方法研究tRNA基因序列的进化的结果也许更加符合其进化历程。     

生物信息学与重复序列分析

介绍了生物信息学的含义、主要内容和研究方法；阐明研究重复序列的重要意义，并对热球菌的重复序列作了分析。     

钩刺山羊草(Aegilops triuncialis)低分子量谷蛋白基因序列分析

根据低分子量谷蛋白亚基(LMW-GS)基因编码区保守序列设计引物,对钩刺山羊草(AegilopstriuncialisL,2n=4x=28,CCUU)PI483029总DNA进行PCR扩增,得到长度为900和1065bp的DNA片段,克隆测序后获得2个LMW-GS基因,GenBank登录号分别为AY841016和AY841017。它们具有小麦LMW-GS基因的典型结构特征。其中,AY841017具有完整编码区,长度为1065bp,可编码322个氨基酸残基的成熟蛋白,第一个半胱氨酸残基出现在重复区第13位。在重复区,AY841017的两个疏水单元为PIIIL和PVIIL,重复区中还存在一个连续13个Q(谷氨酰胺)组成的短肽。AY841016由于编码区内存在提前终止密码子,为假基因。氨基酸序列比较发现,AY841017与普通小麦(IriticumaestivumL.)Glu-D3位点编码的LMW-GS基因有很高的一致性。     

道路景观美学研究初探

随着社会发展和人们生活水平提高,对道路沿线景观欣赏和审美的需求日益增加。自上世纪60年代西方国家已经对道路景观的“视觉美”开展专门研究。而我国直到今天仍鲜有相关报道。我国道路景观美学研究已经迫在眉睫。提出了道路景观美学研究的重大意义,介绍道路景观概念、特征,道路景观美学评价理论和流派,从道路景观组成要素、属性特征、空间序列等方面对道路景观美学做了简要分析。最后提出我国道路景观美学研究的发展方向。     

Single vs. double cropping under two levels of fertilization with and without irrigation

Abstract

A corn‐small grain cropping sequence resulted in a greater total grain yield than corn or small grain alone or grain sorghum double cropped with small grain. Drought restricted yield responses to N, P and K in non‐irrigated plots but under irrigation grain yield for each cropping sequence was directly related to fertilizer applied. All fertilizer treatments increased soil acidity. Phosphorus and K applied at 26 and 50 kg/ha, respectively for each crop in the sequence maintained P and K levels in the soil. After three years, the high rate of fertilizer (87 and 166 kg/ha of P and K, respectively) resulted in greater soil P and K values than the low rate of fertilizer.