水貂中大肠杆菌、肺炎克雷伯氏菌和不动杆菌三重荧光PCR方法的建立

依据Gen Bank中大肠杆菌、肺炎克雷伯氏菌和不动杆菌的部分已知序列,选取大肠杆菌的uid A基因、肺炎克雷伯氏菌的khe基因和不动杆菌的sec E基因,利用Primer Premier 5设计引物,选出扩增序列的3对引物及相应的Taqman探针,uidA、khe、secE探针5'端分别标记FAM、HEX、CY5荧光发射基因,3'端标记BHQ1淬灭荧光基因。通过优化反应条件,建立一种同时检测大肠杆菌、肺炎克雷伯氏菌和不动杆菌的诊断方法。特异性和敏感性试验显示,该方法能特异地检测大肠杆菌、肺炎克雷伯氏菌和不动杆菌,其最低检测限分别为2×10~(-1) CFU/μL、9.2×10~(-1) CFU/μL和4.3×10~(-1) CFU/μL。整个检测扩增在2小时内完成。该结果表明本试验所建立的三重荧光定量PCR方法的灵敏度、重复性及特异性均较好,可用于同时快速检测三种病原菌。     

铜绿假单胞菌flgE基因PCR检测方法的初步建立

为建立一种基于铜绿假单胞菌flgE基因的PCR检测方法,本试验根据GenBank中已发表的铜绿假单胞菌flgE基因序列,设计合成了1对特异性引物,由铜绿假单胞菌基因组DNA中扩增获得了目的基因。从退火温度、循环次数、Mg2+浓度、dNTPs浓度和引物浓度5个方面优化了反应条件,并检测了该方法的特异性和敏感性。结果成功扩增出了铜绿假单胞菌1 400 bp的flgE特异性基因片段,最佳退火温度、循环次数、Mg2+浓度、dNTPs浓度和引物浓度分别为56℃、30个循环、1.6 mmol/L、0.2 mmol/L和0.3μmol/L。特异性试验表明,仅铜绿假单胞菌中可扩增出目的片段,而多杀性巴氏杆菌、鼠伤寒沙门氏菌、志贺氏菌、致病性大肠杆菌和金黄色葡萄球菌中均未扩增出相应片段。敏感性试验结果表明,本方法可检测到最低10 pg/μL的铜绿假单胞菌基因组DNA以及100 CFU/mL的病原菌。     

兔源性肺炎克雷伯氏菌PCR检测方法的建立

试验拟通过建立兔源性肺炎克雷伯氏菌的PCR检测方法,为规模化兔场肺炎克雷伯氏菌的检测提供理论依据。以肺炎克雷伯氏菌的保守序列khe基因设计特异性引物,建立PCR反应体系,并对反应条件进行优化。选择不同菌株进行PCR扩增来检测该方法的特异性。接着对不同浓度的肺炎克雷伯氏菌DNA进行PCR扩增,以检测该方法的敏感性。对PCR反应体系和反应条件进行优化,结果显示当引物浓度为50μmol/L,退火温度为52℃时,特异性条带最亮。特异性试验结果显示只有肺炎克雷伯氏菌有特异性条带出现。敏感性试验结果显示建立的PCR检测方法能检测出的DNA最低浓度为1.83 ng/μL。研究所建立的PCR检测方法具有良好的敏感性和特异性,适合肺炎克雷伯氏菌的检测。     

蜡样芽孢杆菌、产色葡萄球菌和肺炎克雷伯氏菌三重PCR检测方法建立与应用

针对蜡样芽孢杆菌(B.cereus)的hblA基因、产色葡萄球菌(S.chromogenes)的sodA基因和肺炎克雷伯氏菌(K.pneumoniae)的khe基因,建立了三重PCR检测方法。结果显示,退火温度为54℃,BC-hblA、SC-sodA和KP-khe引物浓度分别为0.6、0.2、0.1μmol/L为最佳扩增条件;对B.cereus、S.chromogenes和K.pneumoniae的基因组DNA最低检测限分别为35.8、6.3、40.2 pg/μL,菌液最低检测限分别为9.9×10³、1.1×10³、1.0×10⁴ CFU/mL。特异性试验显示,除这3种菌以外,大肠埃希氏菌、沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、链球菌、产气荚膜梭菌和腐败梭菌检测结果均为阴性。14份临床乳房炎乳样的检测结果显示,三重PCR方法B.cereus、S.chromogenes和K.pneumoniae的阳性率分别为35.7%(5/14)、14.3%(2/14)和7.1%(1/14),其中蜡样芽孢杆菌的PCR检测阳性率高于细菌分离鉴定阳性率(...     

奶牛乳房炎致病菌多重Taq-Man荧光PCR检测方法的建立

为同时检测大肠杆菌、无乳链球菌和金黄色葡萄球菌,提高对奶牛乳房炎的诊断率,本试验针对3种病原菌的保守序列设计合成了3套特异性引物,通过优化PCR反应体系和反应条件,建立了多重Taq-Man荧光定量PCR检测方法。结果显示,该检测方法具有高特异性,与肠炎沙门菌、肺炎克雷伯菌及鲍曼不动杆菌等无交叉反应;大肠杆菌、金黄色葡萄球菌和无乳链球菌的最低检测浓度分别为10~(3 )、10~2和10~(4 )拷贝数/μL,敏感度较高。DNA各个拷贝数浓度的变异系数均低于2.02%,表明重复性良好。对24份临床采集奶样的检测结果表明,建立的多重Taq-Man荧光定量PCR检测方法可用于临床大肠杆菌、无乳链球菌和金黄色葡萄球菌感染引起的奶牛乳房炎的检测,具有良好的推广应用价值。     

产IMP酶4种病原细菌的检测及其耐药性

采用16SrRNA和种特异基因的聚合酶链反应(polymerase chainreaction,PCR)鉴定菌株;用VITEK-AMS 60全自动微生物分析仪测定最小抑菌浓度(minimum inhibition concentration,MIC);PCR测序检测已知的超广谱β-内酰胺酶基因(extended spectrum beta-lactamases,ESBLs)和碳青霉烯酶基因;改良型Carba NP法检测碳青霉烯酶类型。对来自4家医院的6株高水平耐碳青霉烯类抗生素临床分离菌株的检测和耐药性研究。结果显示,6株分别为阴沟肠杆菌、铜绿假单胞菌、产酸克雷伯菌各1株,肺炎克雷伯菌3株,且均为blaIMP扩增阳性,并携带1个或多个blaTEM、blaCTX-M-1group、blaSHV、blaVIM、blaOXA-1基因。6株菌均产B型碳青霉烯酶,且对头孢菌素类和碳青霉烯类抗菌药物高水平耐药。结果表明,6株菌对头孢菌素类和碳青霉烯类抗菌药物多重耐药的主要决定因子是产B型碳青霉烯酶IMP,且和携带ESBLs基因也相关。     

水禽4种常见致病菌多重PCR方法的建立及应用

为建立一种能同时检测大肠杆菌、鸭疫里默氏杆菌、多杀性巴氏杆菌、金黄色葡萄球菌的多重PCR方法,试验根据大肠杆菌phoA基因、鸭疫里默氏杆菌ompA基因、多杀性巴氏杆菌kmt 1基因、金黄色葡萄球菌FemB基因的保守区域设计4对特异性引物,通过优化退火温度和引物浓度建立多重PCR方法,检验该方法的特异性、敏感性性、重复性,应用该方法检测145份病死水禽临床样品,并与传统细菌分离鉴定方法进行比较。结果表明：优化后的最佳退火温度为52℃,引物浓度为10μmol/L。建立的多重PCR方法能特异性地扩增出靶基因,沙门氏菌、链球菌、产气荚膜梭菌等临床常见菌均未扩增出条带,对大肠杆菌、鸭疫里默氏杆菌、多杀性巴氏杆菌、金黄色葡萄球菌4种细菌的检出下限是0.4 pg/mL,单一PCR扩增ompA、kmt 1、phoA和FemB基因的检出下限分别为4×10^-3,0.4,4×10^-3,4×10^-6 pg/mL。多重PCR方法对临床样品的检测结果与传统细菌分离鉴定方法的符合率均在90%以上。说明试验建立的多重PCR方法具有结果稳定、重复性高的特...     

3种鼠源致病菌多重PCR检测方法的建立

本研究以沙门菌组氨酸转运操纵子hut基因、肺炎克雷伯菌外膜蛋白Pho E基因以及金黄色葡萄球菌耐热核酸酶nuc基因作为靶基因,建立了同时检测这3种致病菌的多重PCR方法,并对混有3种致病菌的盲肠内容物分别采用传统细菌分离培养法和PCR方法进行检测,同时对混有3种致病菌的粪便样品进行PCR检测。该方法能扩增出目的片段分别为495 bp、333 bp、279 bp。在优化条件下,多重PCR同时检测沙门菌、肺炎克雷伯菌及金黄色葡萄球菌的敏感度分别为1.23 pg、1.9 pg、1.185 ng DNA。分离培养法对沙门菌、肺炎克雷伯菌及金黄色葡萄球菌的最低检出限分别为1×10~2CFU、1×10~0CFU和1×10~2CFU。混合有3种致病菌的盲肠内容物和粪便,经增菌培养后,PCR法的最低检出量均为1×10~0CFU。本研究建立的多重PCR检测方法具有特异性及灵敏度高、操作简单、周期短的优点,适用于实验小鼠多种致病菌的快速检测和监控。     

奶牛乳房炎病原菌多重PCR检测方法的建立

为了同时检测奶牛乳房炎多种病原菌,试验采用金黄色葡萄球菌(S.aureus)nuc基因、牛支原体(M.bovis)oppD/F基因、大肠杆菌(E.coli)16S-23S rRNA基因内转录间隔区作为靶标设计3对特异性引物,在优化单菌退火温度的基础上确定多重PCR的退火温度,建立S.aureus、M.bovis和E.coli的多重PCR检测方法,验证多重PCR的重复性、特异性、敏感性及实用性。结果表明:基于单一PCR三者共同的最佳退火温度(55.3℃、56.5℃、57.8℃)优化多重PCR退火温度,最终确定57.8℃为三者最佳的退火温度。该方法能扩增出长度为237 bp(S.aureus)、333 bp(M.bovis)、634 bp(E.coli)的基因片段;靶标菌特异性扩增而非靶标菌无扩增条带,最低检测浓度分别为S.aureus 1 pg/μL、M.bovis 1 pg/μL、E.coli 100 fg/μL;正常乳样和临床乳房炎乳样均检出S.aureus(25.9%、53.8%)、M.bovis(10.3%、17.9%)和E.coli(32.8%、71.8%),但乳房炎乳样的阳性检出率高于正常乳样。说明本研究建立的多重PCR方法特异性和敏感性强、稳定性和实用性高,具有良好的推广应用前景。     

肺炎克雷伯菌环介导等温扩增技术检测方法的建立

本研究旨在建立一种环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)检测食品中的肺炎克雷伯菌。选取肺炎克雷伯菌特有的毒力基因区域,设计2对引物(1对内引物、1对外引物),进行体外恒温扩增反应。对反应体系内的甜菜碱、核酸原料(dNTPs)、内外引物比例、Mg~(2+)浓度、反应时间和温度进行优化和选择,并进行特异性和灵敏性试验检测。应用建立的LAMP方法对灭菌鸡肉人工污染加标样品进行检测。结果表明,通过优化试验,筛选到最优反应体系和反应条件;应用优化后的LAMP反应体系对包括肺炎克雷伯菌在内的18种常见微生物进行特异性检测试验,特异性良好。肺炎克雷伯菌LAMP反应体系对基因组的最低检测限是0.875pg/μL,比传统PCR方法灵敏性高100倍。对人工鸡肉阳性样品进行检测,检测限为30CFU/mL。本试验成功建立了一种能检测食物中致病肺炎克雷伯菌的LAMP检测方法,该方法利用2对引物针对肺炎克雷伯菌目的基因6个区域进行体外恒温核酸阶梯性扩增,灵敏性更高,反应时间更短,检测成本更低。     

铜绿假单胞菌抗体制备及抑菌作用

研究铜绿假单胞菌抗体对铜绿假单胞菌生长的抑制作用。制备兔抗铜绿假单胞菌抗体,纯化后加入液体和固体培养基中,接种沙门菌和铜绿假单胞菌混合物,对沙门菌进行选择分离。试验表明,添加抗体后能够成功抑制铜绿假单胞菌的生长,而不影响沙门菌的分离。将200μL和400μL铜绿假单胞菌抗体添加入相应培养基中,能够抑制铜绿假单胞菌的生长,而达到筛选沙门菌的目的。     

毛皮动物源大肠埃希菌毒力基因二重PCR检测方法的建立

为了建立一种能够快速检测毛皮动物源大肠埃希菌耶尔森菌强毒力岛(HPI)中irp2、FyuA毒力基因的二重PCR方法,根据GenBank中irp2、FyuA基因的序列,设计并合成两对引物,扩增得到irp2、FyuA基因片段,大小分别为300bp和951bp。据此建立双重PCR方法,并将反应条件进行了优化。结果表明,用所建立的二重PCR方法可同时特异性扩增出大肠埃希菌irp2、FyuA毒力基因片段,对沙门菌、金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌、克雷伯菌均无特异性扩增。菌液最低检出量为2.8×105CFU/mL。在78份临床样品检测中,二重PCR检测结果与常规PCR检测结果一致。所建立的大肠埃希菌irp2、FyuA毒力基因二重PCR检测方法具有很好的特异性和灵敏度,能够提高临床样品检测的效率。     

伴侣动物源肺炎克雷伯氏菌的分离鉴定及毒力和耐药性分析

为探究南宁伴侣动物源肺炎克雷伯氏菌的毒力和耐药情况,本研究采集犬、猫粪便拭子,通过分离培养、形态学观察、药敏试验及PCR扩增16S rRNA、khe基因、毒力基因及耐药基因等方法对细菌特性进行分析。结果显示,分离的菌株中有4株能在麦康凯培养基上形成液状菌落,轻挑拉丝且镜检为短杆状革兰氏阴性菌,疑为肺炎克雷伯氏菌。16S rRNA测序结果显示,分离菌与肺炎克雷伯氏菌同源性达99%,同时肺炎克雷伯氏菌特异性基因(khe)阳性。其中,分离株GXKP-C14、GXKP-D15对大部分临床常用抗菌药物敏感,分离株GXKP-D1则表现出高水平多重耐药,分离株GXKP-D4耐药性稍低于GXKP-D1,对临床常用药氨苄西林、哌拉西林、头孢呋辛、四环素、多西环素、呋喃妥因、复方新诺明表现耐药,对头孢吡肟、美罗培南、亚胺培南、阿米卡星、庆大霉素、链霉素、多黏菌素等敏感。部分菌株携带tet(A)、QnrS、bla_(SHV)、sul2、mcr-1等耐药基因和WabG毒力基因。本研究结果为犬、猫源肺炎克雷伯氏菌病的检测、诊断及治疗提供了试验依据。同时,黏菌素耐药基因mcr-1的检出将为多黏菌素的耐药性控制和合理使用提供参考。     

黄藤素对铜绿假单胞菌QS毒力因子的影响

为了研究黄藤素对铜绿假单胞菌群体感应系统中毒力因子表达的影响,试验使用亚抑菌浓度的黄藤素(6.25×10~(-2)g/m L、3.13×10~(-2)g/m L)作用于铜绿假单胞菌,并测定亚抑菌浓度的黄藤素对铜绿假单胞菌生长曲线、外毒素A、绿脓菌素、弹性蛋白酶、蛋白水解酶的影响。结果表明:在亚抑菌浓度条件下,黄藤素对铜绿假单胞菌的生长均无明显影响,但能明显下调铜绿假单胞菌群体感应系统中外毒素A、绿脓菌素、弹性蛋白酶、蛋白水解酶的表达。说明黄藤素能够通过影响铜绿假单胞菌群体感应系统中毒力因子的表达来影响铜绿假单胞菌生物膜的形成,发挥抗病抑菌的作用。     

布鲁菌PCR检测方法的建立

为了研究快速检测布鲁菌的通用PCR体系,试验从GenBank数据库中查到布鲁菌的基因组序列(登录号为JF918757),并选取布鲁菌膜外蛋白BSCP31基因的特异性保守区段,设计了1对PCR引物,对PCR扩增条件进行优化。结果表明:能够扩增出牛种、羊种、猪种布鲁菌模板DNA的384 bp目的基因片段,而对大肠杆菌、马流产沙门杆菌、克雷伯杆菌均呈阴性,最低检出浓度为1.5 pg/μL,对同批和不同批的菌株进行6次PCR扩增,重复性和稳定性较好。说明试验所建立的布鲁菌PCR检测方法具有较高的特异性、敏感性和稳定性。     

禽腺病毒-Ⅰ群、新城疫病毒和传染性支气管炎病毒多重PCR检测方法的建立

为快速检测禽腺病毒-Ⅰ群(FAV-I)感染,且能有效区分常见混合感染的新城疫病毒(NDV)和传染性支气管炎病毒(IBV),本研究建立了多重PCR诊断方法。根据GenBank发表的FAV-Ⅰ的Hexon基因、NDV的F基因和IBV的N基因分别设计了3对特异性引物,通过对引物浓度、退火温度等反应条件的优化建立多重PCR诊断方法,并对该方法进行了特异性和敏感性研究,且对临床样本进行检测。结果发现,本研究建立的多重PCR方法可准确扩增出大小为895 bp(FAV-I)、1 600 bp(IBV)和529 bp(NDV)的特异性片段;3种引物最佳浓度分别为3 pmol/μL、3 pmol/μL和6 pmol/μL,最佳退火温度为55℃;该方法对3种病毒的最低检测限分别为1.46×10~5拷贝/μL、8.93×10~2拷贝/μL和2.11×10~4拷贝/μL;且该方法不能扩增出减蛋综合征病毒、马立克病毒、鸡传染性贫血病毒和H9亚型禽流感病毒等,临床样品检测结果与单项PCR结果相同。表明本研究建立的多重PCR检测方法具有较高的敏感性、特异性和稳定性,可有效地区分FAV-I、NDV、IBV。     

铜绿假单胞菌oprD基因的克隆、表达与纯化

试验研究铜绿假单胞菌外膜蛋白编码基因oprD在大肠杆菌中的克隆及异源表达与纯化。试验根据GenBank中已发表的铜绿假单胞菌oprD基因序列,设计合成了一对特异性引物,由铜绿假单胞菌基因组DNA中扩增获得了该目的基因,随后将其克隆于原核表达载体pET32a中,转化入大肠杆菌BL21 (DE3),以异丙基硫代半乳糖苷(IPTG)诱导表达,并优化了表达条件,同时对表达的蛋白进行纯化。结果显示,试验成功构建了重组载体pET32a-oprD,oprD与组氨酸(His)标签形成的融合蛋白约为65 kD。最佳表达条件为菌液培养5 h时加入0.7 mmol/L的IPTG,37℃下诱导4.5 h,纯化的蛋白经SDS-PAGE分析获得了较高纯度的OPRD重组蛋白。研究结果可以为铜绿假单胞菌OPRD蛋白功能研究及其相关诊断试剂和疫苗的研制提供参考。     

铜绿假单胞菌藻酸盐algX重组菌株的构建与检测

铜绿假单胞菌病是由假单胞菌属铜绿假单胞菌引起引起人类、家禽和其他动物的局部或全身性感染疾病。为了了解铜绿假单胞菌基因突变与表型的关系,对基因algX进行克隆与序列测定,表明algX基因由1 425 bp组成。通过克隆株供体E.coli S17-1pBBR1MCS-5:algX与受体PDO300△algX杂交,产生PDO300pBBR1MCS-5:algX重组株,重新获得产藻酸盐能力。经过藻酸盐的制备与检测试验表明:二个培养基中的细胞干重(CDM)0.227 g和0.2250 g;藻酸盐产量分别为0.1013和0.0983 g/g,达到野生型菌株产量水平。     

猪源肺炎克雷伯氏菌耐药性及毒力基因分析

为了解猪群中猪源肺炎克雷伯氏菌耐药情况和毒力基因携带状况,2019年采集存栏生猪肛拭子样品125份、宰后生猪肉类样品50份,通过细菌分离培养、药敏试验以及PCR扩增16S rRNA、khe基因、耐药基因和毒力基因等方法对肺炎克雷伯氏菌特性进行分析。结果显示,从125份肛棉拭子样品、50份宰后生猪肉类样品中各分离得到32、4株肺炎克雷伯氏菌;药敏试验结果显示,分离的肺炎克雷伯氏菌对四环素耐药性最高(83.3%),其次是氯霉素(63.9%)。对36株分离菌进行耐药基因和毒力基因检测,发现携带耐药基因tet(A)的达30株、携带floR、mcr-1的分别为23、10株,且有23株菌同时携带tet(A)和floR基因,少部份菌株携带aadA1、blaTEM、blaCTX-M-1、blaOXA、qnrB、aac(6')-Ib-cr;携带毒力基因wabG的达26株、携带uge和fimH的25株、携带kfu的23株、携带aereobactin的7株,且有20株菌同时携带wabG、uge、fimH和kfu基因。结果表明,我国猪群中肺炎克雷伯氏菌检出率可能较高,菌株携带耐药基因及毒力基因较为集中,对部分抗生素耐药性较强。本研究为肺炎克雷伯氏菌的检测、诊断以及合理使用抗生素治疗提供了试验依据,同时也为猪源肺炎克雷伯氏菌防控提供了数据支撑。     

肠出血性大肠杆菌O157多重PCR检测方法的建立

为了建立肠出血性大肠杆菌(EHEC)O157的多重PCR检测方法,本研究选取调控基因fusR与n5512,联合经典的rfbE、stx1和stx2基因,共同作为靶基因,通过对引物浓度等参数优化,建立了稳定性好的检测EHEC O157的多重PCR方法。并检测了该方法的特异性与敏感性,结果显示,该方法对非O157的产志贺毒素的大肠杆菌、肠致病性大肠杆菌(EPEC)、沙门氏菌、假结核耶尔森菌等检测均为阴性,特异性强;对EHEC基因组DNA的检测下限约为2.27×10~(-2)ng/μL,对EHEC CFU的检测下限约为104cfu/mL。对人工感染菌的样品进行检测,增菌前与增菌后的检测限分别为:饲料,4×10~3cfu/g和4×10~(-4)cfu/g;土壤,4×103cfu/g和4×10~(-2)cfu/g;牛肉,8×10-1cfu/g和8×10-3cfu/g;废水,4×103cfu/g和4×10~(-3)cfu/g。该方法还能检出感染了EHEC O157小鼠的粪便。综上,本研究建立了一种优化的EHEC O157多重PCR检测方法,为动物养殖与肉品加工过程中EHEC O157的检测提供了便捷、灵敏、可靠的技术手段。