3株H9N2亚型禽流感病毒全基因组序列进化分析

为明确3株不同源性的H9N2亚型禽流感病毒(AIV)A/Chicken/Jilin/22/13(简称JL22)、A/Chicken/Jilin/24/13(简称JL24)、A/Duck/Jilin/37/13(简称JL37)基因组的遗传变异情况,本试验采用RT-PCR技术,分别扩增出3株AIV的8个基因片段,克隆后进行序列测定。结果显示,3株H9N2亚型AIV的主要致病基因均属于经典的欧亚种系。氨基酸比对发现JL22的HA氨基酸序列与A/Chicken/Hong Kong/G9/97和A/Duck/Hong Kong/Y280/97的HA氨基酸序列相比,在551位多了1个潜在糖基化位点。JL22、JL24、JL37的HA序列,在226位的氨基酸残基均为Leu,具有同哺乳动物唾液酸受体结合的特性,说明对人的感染性增强。M基因在31位上均发生了Asn取代Ser的现象,说明这些病毒对金刚烷胺产生了耐药性。由系统进化树可知3株毒株亲缘关系较远,各个基因所属分支也不具有统一性,且部分基因分别与鸡源、鸭源和猪源3种源性流感病毒株高度同源,推测这3株毒株是不同动物不同毒株经过长时间进化而发生自然重排的产物。     

两株H6亚型禽流感病毒全基因组序列测定及遗传进化分析

为研究2016年在活禽交易市场鸭体内分离的2株H6亚型禽流感病毒(AIV)[分别是A/duck/Jiangxi/88/2016(H6N6)(简称DK/88/16)和A/duck/Jiangxi/219/2016(H6N2)(简称DK/219/16)]分子特征及遗传进化规律,本实验对其进行了全基因组扩增和测序,并进行了遗传进化分析。结果显示,2株病毒间HA基因同源性较低,仅为94.5%,但与我国近年分离的H6亚型病毒株保持较高同源性。DK/88/16和DK/219/16的NA基因分别与我国近年流行的流感病毒N6和N2基因保持较高同源性。对2株病毒的内部基因分析显示,其内部基因的来源较为复杂,其中DK/88/16的内部基因PA来源于我国最近流行的H5N2或H5N6病毒,显示该株病毒为新的重组病毒。对2株病毒的分子特征分析显示,除M1蛋白的30和215位点及NS1蛋白的42位点具有增强病毒对小鼠致病力的分子特征外,其余均保持低致病力分子特征。以上结果表明,H6N2和H6N6亚型AIV在我国鸭群中持续存在,并不断的遗传重组,需要进行持续的流行病学监测。     

一株绿鹭源H9N2亚型禽流感病毒全基因组序列分析

为了解野生水禽绿鹭(Butorides striata)中分离到的1株H9N2亚型禽流感病毒(A/striated heron/Yunnan/2018)的生物学特性;对其进行全基因组序列扩增、测序、进化分析;序列分析显示:该分离株HA、NA基因位于Y280-like分支、PB2、M基因位于G1-like分支、PA、PB1、NP、NS基因位于F98-like分支,分别与H9、H7、H10等多种亚型的AIV同源性较高,该分离株不同基因片段来源较复杂。HA裂解位点氨基酸序列为333PSRSSR↓GL340,符合低致病性禽流感病毒(LPAIV)氨基酸序列特征;S145N突变增加了一个糖基化位点,提示该位点出现可能会使毒株致病性提高,免疫原性发生改变;HA受体结合位点发生Q234L突变,表现出人流感病毒受体结合特性;NA基因出现第63—65位氨基酸缺失,M1发生N30D,T215A突变,M2发生S31N的突变,PB2、PB1、NS、NP、PA关键位点未发生变化,分析结果提示当前分离株已出现耐药性、致病性增强的变化。本研究表明该分离株呈现遗传演化的多样性及基因重组的复杂性,因此加强对野生水禽类禽流感病毒的监测和研究具有重要的公共卫生意义。     

1株重组的H5N2亚型禽流感病毒全基因组序列分析

本研究对1株H5N2亚型禽流感病毒(CK/GD02/14)进行全基因测序及遗传进化分析,结果显示,该病毒HA蛋白裂解位点含有多个连续的碱性氨基酸(321PQIEGRRRKR*GLF333),为高致病性禽流感病毒特征。遗传进化分析结果显示,CK/GD02/14与A/chicken/Jiangsu/1001/2013(H5N2)各基因片段都有较高的同源性(97.6%~98.9%)。HA基因位于H5N1亚型遗传进化树的7.2分支,NA基因属于H9N2亚型遗传进化树的BJ/1/94-like分支。其内部基因与1株H9N2亚型病毒的内部基因有较高的同源性,但其M基因属于类H5N1病毒分支,表明该H5N2亚型禽流感病毒为H9N2和H5N1亚型禽流感病毒的重组毒株。结果表明,CK/GD02/14与A/chicken/Jiangsu/1001/2013(H5N2)为同源毒株,可能由江苏传到广东地区。     

一株H4亚型禽流感病毒全基因组序列测定及遗传演化分析

2008年对我国南方活禽市场进行流行病学监测时从鸭体内分离鉴定一株H4亚型禽流感病毒(AIV),命名为A/duck/Guangxi/912/2008(H4N2)(缩写为DK/GX/912/08)。为了解该株H4亚型AIV的来源、特征及其分子演化规律,本研究对其全基因序列进行测定,并与GenBank登录的相关病毒进行遗传演化分析。结果表明:DK/GX/912/08HA基因切割位点附近的氨基酸序列(PEKASR↓GLF)符合低致病力AIV的特征,其分子遗传演化关系属于东半球谱系的欧亚分支;NA基因与A/duck/Jiangxi/1286/2005(H5N2)在同一分支内,核苷酸同源性为98.1%;PB2基因与A/duck/Nanchang/4-165/2000(H4N6)处于同一分支;而NS基因与A/duck/Jiangxi/1786/03(H7N7)同源性最高。因此,推测DK/GX/912/08可能是不同来源的基因在鸭体内经过复杂重组演变的一株重组病毒。     

2株海鸭源H3亚型禽流感病毒全基因组分子特征分析

【目的】了解广西沿海地区水禽H3亚型禽流感病毒的基因组分子特征。【方法】本研究通过RT-PCR一步法分段扩增法,对2020年从广西沿海地区分离到的2株海鸭源H3亚型禽流感病毒A/duck/Guangxi/S11359/2020(H3N1)与A/duck/Guangxi/S11374/2020(H3N8)进行全基因组测序与进化分析。【结果】2株H3亚型禽流感病毒的HA蛋白裂解位点序列均为³⁴⁰PEKQTR↓GLFG³⁴⁹,为低致病性禽流感病毒的分子特征,与受体嗜性关联的第226、228位氨基酸均为Q和T,可能仍主要结合禽类受体;BLAST分析结果显示,本研究H3N1亚型禽流感病毒的M、NP基因及H3N8亚型禽流感病毒的PA基因,与H7亚型禽流感病毒相似性最高,分别为99.5%、98.7%和98.9%,表明H3可能与H7亚型禽流感病毒发生了基因交换;2株H3亚型禽流感病毒与越南、孟加拉国、韩国等周边国家水禽源的H3、H4、H6、H7、H9等亚型相似性较高,可能拥有相同的进化来源;遗传进化分析表明,H3亚型禽流感病毒各基因进化分支均属于欧亚谱系,与...     

一株H9N2亚型禽流感病毒全基因组分析

为了研究H9N2亚型AIV A/Chicken/Guangdong/333/2008的全基因组序列变异情况,试验利用RT-PCR方法扩增出该病毒的8个基因序列,并应用DNAStar和MEGA4.0软件分析所得基因序列。结果表明:该病毒HA基因的第226位氨基酸由Q(Gln)变为了L(Leu),其NP基因与Viet Nam/1203/2004(H5N1)的NP基因同源率最高。说明该病毒已具备了感染哺乳动物的分子特征,并可能在遗传演化过程中突变为高致病性的禽流感病毒(AIV)。     

三株H9N2亚型禽流感病毒全基因组序列分析

采用RT-PCR对3株H9N2亚型禽流感病毒基因组进行扩增,测序后再利用DNAStar和MEGA 4对所得到的序列和部分具有代表性的参考序列进行遗传演化及分子特点分析,旨在从分子水平探讨华南地区H9N2亚型禽流感病毒的流行特点,为该病的综合防控提供依据.结果表明,3个分离株CK/GD/162/03、Francolin/GD/298/05与CK/GD/A8/10分别属于B34、B47和B54基因型;3个分离株HA基因未发生明显的变异,符合我国大陆H9N2亚型AIV HA基因的遗传进化特点,但内部基因出现不同程度重组且部分基因与人源高致病性H5N1亚型AIV同源性很高;CK/GD/162/03、Francolin/GD/298/05两株分离株具有宿主多样性.因此,对华南地区H9N2亚型AIV进行监控及分子流行病学调查具有重要意义.     

两株不同致病力H9N2亚型禽流感病毒全基因组序列分析

为了找到H9N2亚型禽流感病毒毒株致病力增强的分子线索,对致病力存在明显差异的2株H9N2亚型禽流感病毒进行了全基因组序列测定和分析。遗传进化分析表明,2株H9N2亚型禽流感病毒发生了基因重配,内部基因来源具有多样性。氨基酸序列分析表明,强致病力毒株A/chicken/Shandong/818/2010和A/chicken/Shandong/196/2011在HA受体结合位点、NA唾液酸结合位点和潜在糖基化位点处存在显著差异,SD/818在PA蛋白55位氨基酸和336位氨基酸等重要功能位点处出现了与致病力增强有关的突变,这种致病力增强的分子机制需要进一步探究。     

一株H5N3亚型禽流感病毒全基因组序列分析及其对小鼠的感染性研究

为了解H5N3亚型流感病毒的生物学特性,本研究对2017年浙江省分离到的一株H5N3亚型禽流感病毒(AIV)[DK/ZJ/S1368/2017(H5N3)]进行了遗传演化分析及小鼠感染性实验。遗传演化分析结果显示,该株病毒的HA蛋白裂解位点处仅含一个碱性氨基酸,属于低致病性AIV。同时,该病毒的血凝素(HA)基因与H5N7亚型流感病毒亲缘关系较近;聚合酶碱性蛋白2(PB2)基因和核蛋白(NP)基因与H10N7亚型流感病毒亲缘关系较近;碱性聚合酶蛋白1(PB1)基因与H1N1亚型流感病毒亲缘关系较近;酸性聚合酶蛋白(PA)基因与H6N2亚型流感病毒亲缘关系较近;神经氨酸酶(NA)基因与H10N3亚型流感病毒亲缘关系较近;基质蛋白(M)基因与H3N8亚型流感病毒亲缘关系较近;非结构蛋白(NS)基因与H1N1亚型流感病毒亲缘关系较近。表明其基因来源复杂。小鼠感染实验结果显示,该分离株无需提前适应即可以在小鼠肺脏和鼻甲中复制,小鼠感染病毒后无明显临床症状,与对照组相比其体质量变化不明显,表明该病毒对小鼠呈低致病性。本研究通过对该H5N3亚型AIV的生物学特性的分析,发现该病毒基因来源复杂,无需提前适应就可以在小鼠体内复制,具有感染哺乳动物的潜在威胁,提示应当持续加强对H5N3亚型AIV的监测和相关生物学特性的研究工作。     

一株H3N7亚型禽流感病毒全基因组序列分析及对小鼠的感染性研究

H3亚型流感病毒是威胁公共卫生安全以及动物生命安全的主要流感病毒亚型之一。为了解H3N7亚型流感病毒的生物学特性,本研究对2015年浙江省分离到的一株H3N7亚型禽流感病毒(AIV A/duck/Zhejiang/S1075/2015(H3N7)(简称DK/ZJ/S1075/2015)进行了遗传演化分析、抗原性分析以及小鼠感染性实验。遗传演化分析结果显示,该病毒株的聚合酶碱性蛋白2(PB2)基因、核蛋白(NP)基因、神经氨酸酶(NA)基因、非结构蛋白(NS)基因分别与H4N2、H7N3、H10N7、H4N6亚型流感病毒有着密切的关系,表明该株病毒的基因来源具有明显的遗传多样性。分离株的抗原性分析结果显示该病毒株与本实验室分离的多株H3亚型AIV存在16倍以上的抗原性差异,表明其发生了明显的抗原漂移。小鼠感染性实验结果表明,分离株无需提前适应即可在小鼠肺脏和鼻甲中复制,但小鼠感染病毒后无明显临床症状,与对照组相比其体重变化不明显,呈现低致病性。本研究结果为H3亚型流感病毒的全面监测和综合防控提供了数据支持。     

3株H3N2亚型禽流感病毒的基因组特征与演化分析

旨在了解浙江地区家禽H3N2亚型禽流感病毒（AIV）的流行变异情况,采用RT-PCR技术对2021年浙江923份样品进行检测,对AIV分离株进行分子特征及遗传演化分析。结果表明,AIV样品阳性率为7.69%（71/923）;共分离到2株鸡源和1株鸭源H3N2亚型AIVs,其HA和NA基因相似性分别为93.4%～100%和94.0%～99.9%,分离株内部基因片段来源复杂,与H1N2、H1N4、H10N7等亚型亲缘关系密切;遗传进化分析显示,H3N2亚型AIV主要流行于华东地区,鸭是其主要宿主,3株H3N2亚型分离株 HA和NA基因均属于禽源进化分支;分离株HA蛋白裂解位点均为PEKQTR↓GLF,符合低致病性禽流感病毒特征,HA蛋白与受体结合相关位点为226Q和228G,PB2蛋白与哺乳动物适应性相关的氨基酸位点为627E,均不同于人流感病毒对应蛋白的相关位点（226L、228S和627K）,推测其跨种传播至人的潜力较低;分离株PB1蛋白的66位氨基酸突变为S,提示其对哺乳动物的致病性可能增强。综上所述,本研究分离的H3N2亚型AIV符合低致病性禽流感病毒特征,基因片段来源复杂,跨种传播至人的潜力较低,但是否影响对宿主的致病性仍需进一步探究。     

广东一株重组H9N2亚型禽流感病毒的鉴定及全基因组序列分析

本研究于2013年从广东某发病鸡场分离到一株H9N2亚型AIV,命名为A/chicken/Guangdong/LG1/2013.对病毒进行全基因组克隆测序和进化分析,其HA基因裂解基序为333pSRSSR ↓ GLF341,呈典型低致病性AIV分子特征.其HA基因发生Q226突变和A316S突变,NA基因出现第63～65位氨基酸缺失.该病毒株HA、NA和NS基因属于类BJ/1/94分支,PB2属于类SD/H/09分支,PB1、PA、NP基因属于类SH/F/98分支,M基因属于类HK/G1/97分支,该基因型在广东地区未见报道,其内部基因与H7N9亚型人流感病毒SH/02/2013株核苷酸同源性在95.6 ％～98.6％之间.本研究表明我国H9N2亚型AIV呈现遗传演化的多样性及基因重组的复杂性,对该亚型病毒的监测和研究具有重要的兽医和公共卫生意义.     

一株H9N2亚型禽流感病毒分离株的生物学特性研究及其全基因组序列分析

本试验对1株2010年从广东省分离的H9N2亚型禽流感病毒A/chicken/Guangdong/QY/2010(H9N2)的生物学特性进行研究并对其全基因组序列进行分析。结果显示,该毒株的鸡胚半数感染量 EID₅₀为10^－9/0.1 mL,鸡胚最小致死量的平均死亡时间MDT为104 h,脑内致病指数ICPI值为0.51,静脉致病指数IVPI为0。用RT-PCR方法扩增病毒的基因组各片段,将扩增片段进行克隆、测序并进行序列分析。结果显示,该毒株的HA基因与Ck/HK/G9/97和Dk/HK/Y280/97在同一分支上,HA的裂解位点为PARSSR↓GLF,有8个潜在糖基化位点,226位氨基酸残基为L,较保守的202位受体结合位点由L突变为P,该毒株的HA和NA核苷酸序列与Dk/HK/Y280/97同源性较高,NS、PA、PB1的核苷酸序列均与Ck/SH/F/98同源性较高,NP基因与A/VN/ 1203/04(H5N1)的核苷酸序列同源性为95.3%。     

1株野鸟源H7N3亚型禽流感病毒的全基因组序列分析及其对小鼠感染性研究

旨在对2021年分离自我国宁夏回族自治区野鸟粪便中的1株低致病性H7N3禽流感病毒(AIV)A/mallard/Ningxia/Y37/2021(H7N3)株进行了全基因组测序、遗传进化分析及对小鼠致病性试验。全基因组序列分析表明,HA基因裂解位点仅有1个碱性氨基酸,符合低致病性AIV的分子特性。遗传进化分析结果表明,HA基因和韩国野鸭源H7N7亚型AIV同源性较高;NA基因与韩国野鸟源H5N3亚型AIV同源性较高;PB2、PA基因与H5N2亚型AIV有较高的同源性;PB1基因与H5N3亚型AIV有较高的同源性;NP基因与H3N2亚型有较高同源性;M、NS基因与H3N8亚型有较高同源性,具有明显的遗传多样性。血凝抑制(HI)试验结果表明,该毒株与H7N9-Re4疫苗株抗血清的HI效价比同源毒株低16倍,抗原性差异显著。小鼠感染性试验结果显示,该病毒能在小鼠的肺部与鼻甲中复制,并引起感染小鼠体重下降,表明该毒株有感染哺乳动物的风险。本试验通过对1株野鸟源H7N3亚型AIV部分生物学特性的分析,为H7N3亚型禽流感的预警和综合防控提供重要理论参考。     

一株鸭源H8N4亚型禽流感病毒分离株的全基因组序列分析及致病性的研究

本研究对2012年从湖南活禽市场中分离到的一株鸭源H8N4亚型禽流感病毒(AIV)A/duck/HuN/S3160/2012(H8N4)进行全基因组序列和进化分析,并对其进行SPF鸡、SPF鸭和BALB/c小鼠的致病性试验.序列分析显示:HA裂解位点序列为339pSIEPK ↓ GLF347,为典型的低致病性AIV特征.内部基因来源较复杂,HuN/160/12的PB1、NS基因分别与A/spot-billed duck/Xianghai/427/2011 (H5N2)和A/wild bird/Korea/A81/2009(H5N2)的同源性最高,其余内部基因同源性最高的病毒株来自H2、H3、H4、H7、H10等亚型分离株,呈现明显的异源性.感染性试验结果显示,病毒在SPF鸭体内可以通过呼吸道和消化道向外排毒,并且能够在气管、肾脏、盲肠扁桃体及法氏囊检测到病毒,而不能在鸡体内有效复制及排毒.对小鼠的感染性试验结果显示,仅在鼻甲和肺检测到病毒存在,其他脏器病毒滴定结果为阴性,体重呈一过性下降,表明该病毒为低致病性AIV.     

H6亚型禽流感病毒厦门分离株全基因序列分析

为了解2017年分离自厦门市某活禽屠宰场的H6N6亚型禽流感病毒(AIV)的遗传变异特征,本研究对分离到的4株H6N6亚型AIV进行全基因组序列测定、遗传进化分析和特殊位点的氨基酸分析。结果显示:4株分离株的HA裂解位点和受体结合位点均符合低致病性AIV特征,但其中1株分离株NA存在颈部11个氨基酸的缺失。NS1发生P42S突变、M1发生N30D、T215A突变、M2发生V27I的突变。8个基因节段均属于欧亚谱系,内部基因与H5N1、H5N6、H6N1及H6N2 AIV亲缘关系密切。本研究结果表明,4株H6N6分离株均表现为低致病性AIV特征,但也存在与耐药性、毒力增强等相关的突变,基因来源呈现多样性。本研究结果为本地区AIV生物学特性研究及其疾病防控提供科学依据。     

一株野鸟源H9N2亚型禽流感病毒的全基因组序列分析及致病性研究

为进一步了解2014年分离自我国南方野鸟粪便中的一株H9N2亚型禽流感病毒(AIV)Wide Bird/Hu N/SC1400/2014(H9N2)(WB/400/14)的生物学特性,本研究对其进行全基因组序列测定、进化分析及SPF鸡、SPF鸭和BALB/c小鼠的感染性试验。序列分析显示:该分离株的HA裂解位点基序为333PAASDR↓GL340,其中不存在多个连续的碱性氨基酸,符合低致病性禽流感病毒(LPAIV)氨基酸序列特征。该分离株不同基因片段来源较复杂,分别与H9、H6、H4、H1、H11、H10、H3等多种亚型的LPAIV同源性较高,呈现明显的多样性。感染性试验显示,WB/400/14不能够在SPF鸡和小鼠体内有效复制,但病毒感染SPF鸭后能够在部分脏器中检测到病毒的存在,并且感染鸭能通够过咽喉和泄殖腔同时向外排毒,而同居感染鸭仅通过泄殖腔向外排毒,表明分离株在SPF鸭群中具有良好的水平传播能力。本研究为AIV的监测和防控提供实验依据。     

鸽源H5N1亚型禽流感病毒株的全基因克隆及序列分析

根据已知禽流感病毒(AIV)的8个基因序列设计合成11对特异引物,通过反转录-聚合酶链式反应技术,分别成功扩增出鸽源H5N1亚型的全基因序列,将其分别克隆到pMD18-T载体后进行序列测定.同时将8个基因片段与GenBank发表的相应序列进行比较,绘制各基因的进化树.结果表明所克隆到的8个片段均包含相应病毒基因的完整开放阅读框架,长度分别为1 730、1 371、1 542、2 322、2 330、2 233、1 020、884 bp核苷酸,分别编码568、450、499、757、759、716、351、230个氨基酸.该毒株有7个潜在糖基化位点;在HA裂解位点附近有6个碱性氨基酸序列插入,符合高致病力禽流感病毒的特点,该毒株与参考毒株的序列比较分析结果表明分离株基因具有多样性.     

两株H1亚型禽流感病毒的全基因组序列测定及其对小鼠的感染性研究

为了解H1亚型禽流感病毒(AIV)的生物学特性,本研究对2015年从我国南方活禽市场分离到的两株鸭源H1亚型AIV A/duck/Hu N/S10153/2015(H1N1)(简称Hu N/153/15)和A/duck/JX/S11233/2015(H1N3)(简称JX/1233/15)进行全基因组序列的测定及进化分析,并对其进行BALB/c小鼠的感染性试验。氨基酸序列分析显示:两株病毒HA裂解位点均只含有一个碱性氨基酸,具有低致病性AIV(LPAIV)的分子特征,其中Hu N/153/15的内部基因片段来源复杂,呈现明显的遗传多样性。小鼠感染性试验结果显示,Hu N/153/15能够在小鼠的肺脏和鼻甲中有效复制,而JX/1233/15在小鼠的各个脏器中均未检测到病毒的复制,表明其暂时还不具备感染哺乳动物的能力。本研究结果为H1亚型AIV的持续性监测和相关生物学特性的研究奠定基础。