MiR-143在山羊卵巢组织中的表达及功能分析

旨在分析miR-143在妊娠与非妊娠山羊卵巢组织中的表达情况,并探讨其在山羊卵巢功能发挥以及其他生物学过程中所起的作用。采用Solexa测序及荧光定量PCR技术在妊娠和非妊娠山羊卵巢组织中检测miR-143的表达水平,并对其进行靶基因预测和GO富集分析。Solexa测序在山羊卵巢中检测到miR-143的表达,共发现miR-143及其异构体1 074个,总拷贝数为109 523,平均拷贝数为102;定量结果显示miR-143在妊娠山羊卵巢中的表达量是非妊娠山羊的12倍且差异显著(P0.05);GO分析表明miR-143广泛参与机体生殖发育、细胞增值分化等多个生物学过程。miR-143在妊娠山羊卵巢中的表达水平显著高于非妊娠山羊,而且其可能在卵巢激素分泌与作用应答、妊娠维持等生殖生物学过程中发挥潜在作用。     

应用Solexa测序技术挖掘山羊卵巢组织microRNA

【目的】旨在构建、分析山羊卵巢组织miRNA表达谱,为进一步研究特定miRNA与山羊卵泡发育及性激素分泌等相关生殖活动的关系奠定理论基础。【方法】首先从山羊卵巢组织总RNA中分离小片段RNA,然后进行Solexa测序和生物信息学分析,最后利用q-PCR技术验证miRNA在山羊卵巢组织中的表达。【结果】共鉴定出508个山羊卵巢组织表达的miRNA和19个对应的miRNA*,这些miRNA在哺乳动物（绵羊、牛、猪、马、狗）进化过程中高度保守;q-PCR验证了8个miRNA在山羊卵巢组织中的表情况,定量结果与测序结果一致。【结论】成功构建了山羊卵巢组织miRNA表达文库,山羊卵巢组织miRNA表达丰富且其表达量各异。     

山羊C D 4基因的克隆及组织表达分析

CD4基因是质膜上的转运系统之一,为动物辅助性T细胞(TH)和部分胸腺细胞的共受体与信号传导分子,参与TCR介导的TH细胞活化和胸腺细胞分化过程.该研究首次克隆了山羊CD4基因(GenBank登录号:EU913093),并分析了该基因的组织表达情况.结果表明:所克隆的山羊CD4全长cDNA序列为1 555bp,开放阅读框(ORF)为1 368bp,编码455个氨基酸的蛋白,相对分子质量为5.05×104,等电点为9.52.山羊CD4蛋白前体由信号肽、胞外区、跨膜区和胞浆区4个部分构成.胞外区含有4个Ig样结构域,2个二硫键(C41—C109和C143—C180)及3个N糖基化位点(N231,N263和N343).氨基酸序列比对表明山羊CD4与绵羊CD4的氨基酸相似性为98%,与猪、人、兔、狗、猫、蝙蝠以及小鼠的氨基酸相似性分别为81%,74%,73%,72%,70%,70%和66%.系统发育树表明山羊CD4与绵羊和猪的CD4蛋白聚成一支,表明它们有较近的亲缘关系,其中山羊与绵羊的亲缘关系最近,而与狗、蝙蝠、兔、人和小鼠的亲缘关系相对较远.实时荧光定量PCR分析发现,CD4在山羊淋巴中的表达量最高,在睾丸中表达量较低,表明山羊CD4是一种免疫分子.     

基于高通量测序的山羊卵巢基质、卵泡转录组分析

【目的】比较山羊Capra hircus卵巢基质、大卵泡和小卵泡间的m RNA表达图谱,为探究卵泡发育机制提供一定的研究基础。【方法】采用高通量测序技术对发情期川中黑山羊的卵巢基质、大卵泡和小卵泡进行转录组测序,利用生物信息学方法检测mRNA表达谱,筛选差异基因,对其进行GO和KEGG通路分析,最后随机抽取5个差异基因进行荧光定量PCR验证。【结果】卵巢基质vs大卵泡、卵巢基质vs小卵泡和小卵泡vs大卵泡的差异表达基因分别为524、180和403个。筛选出INHA、TNFRSF19等15个与卵泡发育相关的基因,其主要富集在内质网蛋白质加工、类固醇生物合成、卵母细胞减数分裂等信号通路。通过q RT-PCR验证,定量结果与测序结果基本一致。【结论】川中黑山羊卵巢基质、大卵泡和小卵泡的基因表达模式不同,小卵泡与卵巢基质的基因表达模式更相近。     

山羊PHGPx基因在不同组织中的表达特点及性腺中的定位

【目的】研究磷脂氢谷胱甘肽过氧化物酶(PHGPx)在山羊各种组织中的表达特点及在性腺中的定位情况。【方法】提取各种组织总RNA,应用实时荧光定量PCR方法检测各种组织PHGPx mRNA表达规律,利用免疫组化技术对睾丸和附睾PHGPx进行定位分析。【结果】PHGPx mRNA在各种组织表达水平由高到低依次为:睾丸心脑附睾肾肝肺脾背最长肌,在性腺和附睾中:睾丸附睾尾附睾头附睾体;免疫组化结果显示睾丸间质组织、生精细胞均有阳性产物,附睾头部平滑肌纤维表达弱阳性,附睾尾部附睾管中的单层柱状上皮表达呈强阳性。【结论】PHGPx在不同组织广泛表达,发挥重要的生物学功能,免疫组化结果直观显示了睾丸及附睾表达差异的部位,需深入研究其作用机制。     

山羊卵巢颗粒细胞差异表达基因消减文库的建立

为了从单卵泡水平建立非闭锁大小卵泡颗粒细胞基因表达的消减文库,选择繁殖性能正常、空怀高繁殖力黄淮山羊2只,以氯前列烯醇处理40h后取卵巢,计数卵泡并测量卵泡直径,钝性分离采集卵泡颗粒细胞,置于液氮内保存,取样后的卵泡部分组织采用原位缺口末端标记法(TUNEL)进行闭锁鉴定。选择直径6和4mm非闭锁卵泡,提取颗粒细胞mRNA,扩增cDNA,监测抑制消减杂交及其文库构建的试验环节。结果表明:消减文库的阳性克隆测序成功率100%,从正向文库中随机挑取96个克隆进行差异表达的筛选,发现12个全新表达序列标签;应用RT-PCR对已知序列的抑制素βA亚基基因(INHBA)和谷胱甘肽S-转移酶A1基因(GSTA1)进行表达水平测定,证实了颗粒细胞2个基因mRNA的表达模式与差异显示的结果相同。表明消减文库构建成功。     

福清山羊与努比亚黑山羊发情期卵巢组织RNA-Seq分析

【目的】 研究福清山羊与努比亚黑山羊发情期卵巢组织转录组差异表达水平,一方面为山羊繁殖性状形成的分子机制提供理论依据,另一方面为利用努比亚黑山羊杂交改良福清山羊提供可加快遗传进展的分子标记。【方法】 利用转录组测序方法对福清山羊和努比亚黑山羊发情期卵巢组织进行研究,筛选品种间的差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）,并对DEGs功能进行注释和若干基因荧光定量PCR（quantitative real-time PCR,qRT-PCR）验证;同时通过与参考基因组比对,分析和筛选测序样品中存在的SNP/InDel。【结果】 6个样品共得到46.68Gb Clean Data,DESeq分析发现了福清山羊和努比亚黑山羊发情期卵巢组织的DEGs149个（包含25个新转录本）,其中表达上调53个,表达下调96个;初步认为输卵管素基因（oviductin,OVN）、类固醇合成快速调节蛋白基因(steroidogenic acute regulatory protein,STAR)、早期生长应答1基因(early growth response 1,EGR1)可作为福清山羊繁殖性能的候选基因。149个DEGs中的108个基因能被GO（gene ontology）数据库注释,30个DEGs能够被COG（Cluster of Orthologous Groups of proteins）数据库注释,91个DEGs能够被KEGG（kyoto encyclopediaof genes and genomes）数据库注释。KEGG通路分析表明DEGs共富集到21条信号通路中,6条通路显著富集。经过进一步的与参考基因组序列比对分析,共发掘1 506个新转录本。经qRT-PCR验证,所选基因（转录本）表达变化模式与转录组测序结果一致,表明测序结果可靠。【结论】 在转录组水平上筛选出了福清山羊和努比亚黑山羊发情期卵巢组织的149个DEGs,发掘了1 506个新转录本,初步揭示了OVN、STAR和EGR1在山羊繁殖过程中可能发挥重要作用,为进一步探索山羊繁殖性状相关机理提供参考依据。     

季节对山羊胚胎移植中卵巢及胚胎发育的影响

[目的]探究季节对山羊胚胎移植的影响。[方法]以波尔山羊与槐山羊、豫西白山羊的杂交后代为试验材料做胚胎移植试验,研究相同的处理方案、季节对卵巢及胚胎发育的影响。[结果]卵巢发育以繁殖季节为好,全部为良等级以上,其中好等级占66.7%,非繁殖季节没有好等级,只有良、一般等级;繁殖季节超排的卵泡基本都已排卵,达到84.2%以上,非繁殖季节超排的卵泡数量虽不少,但是排卵形成黄体的少,仅有33.3%;繁殖季节里冲出的胚胎发育到了桑椹胚至早期囊胚阶段,非繁殖季节冲出的胚胎发育到了8~16细胞期。[结论]山羊胚胎移植存在季节性因素的影响,相同的处理方案下,繁殖季节与非繁殖季节超排后卵巢发育存在差异,胚胎发育程度也存在差异。     

增殖细胞核抗原在水牛腔前卵泡中的表达与卵巢组织定位

【目的】探讨在水牛中增殖细胞核抗原（PCNA）参与卵泡发生的时期及其在卵巢组织不同时期卵泡中的表达定位;【方法】采用石蜡切片结合免疫组化的方法对PCNA在卵巢组织中进行定位,利用实时荧光定量PCR（QRT-PCR）技术检测PCNA在腔前卵泡中的表达情况。【结果】免疫组化结果显示：原始卵泡中的卵母细胞能检测到PCNA的表达,但颗粒细胞并未观察到PCNA的免疫染色;初级卵泡到次级卵泡,卵母细胞和颗粒细胞中均可检测到PCNA的表达,且在颗粒细胞中的表达有增强的趋势;有腔卵泡中,颗粒细胞、卵泡膜细胞及包围卵母细胞的卵丘细胞中都能观察到很强的免疫染色。定量表达检测结果显示：PCNA在原始卵泡、初级卵泡及次级卵泡中的表达呈上升趋势,并且有显著差异（43.50333±0.138338 vs 1.633804±0.093796 vs 1±0.012219 , P<0.01）;【结论】从初级卵泡开始在颗粒细胞中能检测到PCNA的表达,并且其表达随着卵泡的发育有明显的增强趋势,腔前卵泡中PCNA表达的QRT-PCR测定结果与免疫组化结果相一致,研究结果为阐明PCNA参与卵泡发生的分子调控机制奠定了基础。     

IFN-γ在不同生殖周期奶山羊卵巢中的表达

应用免疫组织化学SP法检测γ-干扰素(Interferon-γ,IFN-γ)在不同生殖周期奶山羊卵巢中的表达情况,探讨IFN-γ的变化规律及其与生殖的关系。结果显示,在间情期三级卵泡颗粒细胞胞膜、发情期三级卵泡和成熟卵泡颗粒细胞、妊娠期卵泡颗粒细胞、妊娠7周粒黄体细胞、妊娠12,16和20周膜黄体细胞胞核中均有IFN-γ的表达;在三级卵泡和成熟卵泡的卵泡液中也有IFN-γ的表达;妊娠12,16和20周粒黄体细胞上IFN-γ表达量很低。IFN-γ可能在不同类型的细胞上发挥着不同的作用。     

波尔山羊生长激素(GH)基因克隆及序列分析

比较生长激素(GH)基因在不同物种间的相似性,设计引物,用PCR方法从波尔山羊基因组中扩增出一条长约2.0kb的DNA片段,然后用PMD-18T载体在感受态DH5α株大肠杆菌中获得GH基因克隆子。DNA测序结果表明,波尔山羊GH基因DNA序列全长1951bp(不含引物序列),含完整的5个外显子编码区。应用ClustalW软件进行同源性分析,结果表明,波尔山羊GH基因与Tokara山羊、澳洲美利奴羊和黄牛的GH基因的相似度分别为98.5%,97.0%和95.4%;内元比外元的变异程度高,在5个外元中,第一外元的保守性最高,其他区域的变异程度随物种亲缘关系的增大而升高,在分子水平上符合物种进化原理。     

北京油鸡和来航鸡脾脏差异表达microRNA的鉴定与分析

【目的】明确北京油鸡和来航鸡脾脏重量、组织结构及其miRNA表达谱的差异,筛选与两个鸡种免疫应答能力差异相关的候选基因,为家禽抗病育种研究奠定基础。【方法】选取1日龄同期孵化的北京油鸡和来航鸡母雏各45只作为试验材料,在相同营养水平和环境条件下饲养,42日龄测量体重和脾脏重。每个品种随机选取3只个体（体重接近群体均值）,取其一半脾脏组织制作石蜡切片,利用H.E.染色,显微镜下观察脾脏组织结构、脾小体的数量和动脉周围淋巴鞘厚度。提取另一半脾脏组织中的小RNA,等量混合组成2个RNA池,构建cDNA文库,利用Solexa平台进行高通量测序。测序结果与参考基因组数据库比对获得表达基因。利用Mireap软件预测新miRNAs基因。利用RPKM（reads per kb per million reads）方法计算基因的表达量,根据FDR（false discovery rate）＜0.001和|log₂ ratio(T/CK)|≥1的标准筛选差异表达的基因。利用TargetScan和Pictar软件预测差异表达miRNA的靶基因,并对其进行GO和KEGG数据库功能注释。利用DAVID软件对靶基因蛋白进行富集分析。将预测靶基因与已知脾脏重和脾脏指数相关QTL区域注解的基因取交集。【结果】在42日龄,北京油鸡的体重和脾脏重均显著高于来航鸡（P＜0.01）。组织学观察显示,两个鸡种的脾脏组织结构发育完整,可见清晰的白髓、红髓、脾小结和动脉周围淋巴细胞鞘。与来航鸡相比,北京油鸡脾小体的数量更多、动脉周围淋巴鞘更厚,鞘内淋巴细胞也更为密集。高通量测序在两组样本共鉴定出486种已知miRNA 、130个候选miRNA 和216个共表达miRNA 。两组间显著差异表达的miRNA共计35种,其中在北京油鸡中有8个表达上调,27个表达下调,它们的变化倍数在1.002-10.41之间。差异基因表达丰度在前5位的miRNA是miR-2954、miR-6606-5p、miR-146b-5p、miR-21-3p和miR-21-5p,对其2 767个靶基因的生物信息学分析结果显示,它们参与了T和B淋巴细胞的分化、免疫器官的发育、蛋白质磷酸化和细胞形态发生等生物学过程,并在泛素介导的蛋白水解、凋亡和磷脂酰肌醇信号系统等14个通路中显著富集。miR-6606-5p、miR-146b-5p的共同靶基因BLM和miR-2954的靶基因IRF8均定位于脾重或脾指数相关的QTL区域。【结论】（1）42日龄北京油鸡和来航鸡脾重、组织结构及其miRNA表达谱的确存在一些差异。（2）某些重要的差异高丰度表达miRNA(如miR-2954、miR-6606-5p、miR-146b-5p 、miR-21-3p和miR-21-5p ) 可能通过对靶基因调控,来参与调节T、B淋巴细胞分化、增殖、激活等过程,进而影响脾脏的重量、组织结构及其免疫应答能力。     

广西都安山羊肝功能状况调查

为了广西都安山羊的健康状况,随机抽取26只本地山羊,对其肝功能指标血浆脂肪(Lip)、总蛋白(TP)、白蛋白(Alb)、球蛋白(Glo)、谷草转氨酶(AST)、γ谷氨酰转肽酶(GGT)、鸟氨酸氨基甲酰转移酶(OCT)、碱性磷酸酶(ALP)、总胆红素(TBil)、直接胆红素(DBil)、间接胆红素(IBil)进行了测定,结果发现7.7%(2/26)的被检山羊肝功能受损相当严重,50%(13/26)的被检山羊肝功能异常。提示肝功能异常的被检山羊存在肝脏损害,可能与寄生虫病感染有关。     

用微卫星标记分析福建地方山羊品种及波尔山羊的遗传多样性

用OARAE101、OARFCB11、MCM218、MCM38、BMS2508、BM143、INRA063及MAF65等8个微卫星座位,对福清山羊、戴云山羊及波尔山羊11个群体350份样本进行遗传多样性检测.结果表明:(1)11群体共检测到69个等位基因,平均每个座位为8.60个,其中23个等位基因为11个群体所共有,4个等位基因为福建地方山羊所特有;(2)福清山羊、戴云山羊和波尔山羊总的有效等位基因数分别为5.33、4.58和4.80;(3)福清山羊的平均杂合度为0.7889,戴云山羊为0.7745,波尔山羊为0.7930;(4)福清山羊与戴云山羊Nei氏标准遗传距离为0.2415-0.3485,与波尔山羊为0.4552-0.5767,戴云山羊与波尔山羊为0.5845-0.7026.本结果表明福建地方山羊的遗传多样性丰富,具有较高的选择潜力.     

奶山羊胎儿成纤维细胞系的建立及其生物学特性分析

试验分别采用组织块贴壁法和消化分离法对奶山羊胎儿成纤维细胞进行体外培养,通过原代培养、细胞传代、冷冻保存等成功建立了奶山羊胎儿成纤维细胞系,并对该细胞系进行了形态学观察、生长动力学分析、细胞活力测定、核型分析和微生物检测等多种生物学特性分析.结果表明:成纤维细胞原代培养采用贴块培养时所需时间较长,消化培养有较多死细胞;传代细胞生长情况良好,群体倍增时间(PDT)约为40.4h;生长总体趋势呈"S"型;冻存后活力为92.3%,生长状况与冻存前一致;细胞染色体中二倍体(2 n=60)占主体;细菌、真菌和支原体检测结果均为阴性,细胞系的各项指标均达到ATCC细胞系鉴定标准.