应用盐溶蛋白电泳法对绒泡菌目黏菌的鉴定

对煤绒菌等4种绒泡菌目黏菌显型原质团进行了盐溶蛋白的电泳分析。结果表明:煤绒菌、圈绒泡菌的特征峰分别为4个,针箍菌特征峰5个,扁绒泡菌特征峰2个。特征谱带重复性强,可以作为在原质团水平上鉴定黏菌种类的一种方法。     

西双版纳热带雨林植物叶际细菌群落研究

[目的]了解西双版纳热带雨林植物叶际细菌群落结构。[方法]应用高通量测序分析方法,对随机7个调查采样点采集的39个无细菌症状的植物样品测序。[结果]草本样本细菌与木本植物细菌相比,共有的OTUs数量相似,木本植物细菌间差异的OTUs数量相对小于草本植物间的。在门(phylum)水平上主要检测注释到Cyanobacteria、Proteobacteria、Bacteroidetes,及未归类细菌门。在纲(class)水平上主要检测注释到Alphaproteobacteria、Bacteroidia、与Bacilli、Clostridia及未归类细菌纲。在属种水平上,Methylobacterium、Acinetobacte分布最广,Pseudomonas、Sphingomonas次之。Geobacter、Exiguobacterium、Nocardioides、Hymenobacter、Escherichia-Shigella、Pseudarthrobacter、Comamonas、Vogesella、Massilia与Aeromonas等细菌寄主范围窄,但是分布普遍。[结论]研究检测注释到植物病原细菌、益生细菌、其他细菌及未归类细菌。弄清了西双版纳叶围细菌群落结构,为开发利用潜在生物防治、医疗有益细菌,了解潜在植物致病细菌,认识细菌对热带雨林生态稳定性的角色与机制奠定了基础。     

橘小实蝇、瓜实蝇和南亚实蝇卵共生菌多样性及差异分析

为探究橘小实蝇、瓜实蝇和南亚实蝇卵共生菌群落结构、多样性及其在不同种群间的差异,利用Illumina NovaSeq 6000测序技术分析3种实蝇不同种群卵共生菌的16S rDNA V3-V4高变区序列。结果表明,7个种群的实蝇卵共生菌序列共注释3 495个操作分类单元(OTUs),注释到界、门、纲、目、科和属水平的比例分别为96.08%、76.37%、74.48%、70.99%、61.09%和41.46%。放线菌门细菌主要在南亚实蝇卵中聚集,拟杆菌门细菌主要在橘小实蝇卵中聚集,而厚壁菌门和变形菌门细菌在3种实蝇卵中均有聚集。从3种实蝇实验室种群和橘小实蝇福州种群6～10代卵共生菌中筛选到相对丰度存在差异的细菌属为沙雷氏菌属、普罗威登斯菌属、漫游球菌属、Cosenzaea、米勒氏菌属、乳球菌属和肠球菌属,其中,沙雷氏菌属、普罗威登斯菌属、肠球菌属和乳球菌属为3种实蝇卵共生菌的优势属。此外,橘小实蝇安顺种群与橘小实蝇福州种群第10代、南亚实蝇安顺种群、南亚实蝇实验室种群的卵共生菌Simpson指数和Shannon指数差异显著。本研究可为3种实蝇引诱活性菌筛选及其功能研究提供参考。     

养殖大鲵肠道细菌多样性

纯培养分离大鲵肠道细菌,选用细菌通用引物进行16S rRNA扩增,测序后提交序列并分析;免培养方法采用试剂盒提取肠道内容物总DNA,选用细菌通用引物对总DNA进行16S rRNA扩增,构建克隆文库,对阳性克隆进行PCR-RFLP分析,用HaeⅢ内切酶进行片段插入性验证并进行测序,构建系统发育树。纯培养获得103个菌株,分属于16个不同的可操作分类单元(operational taxonomic units,OTUs),系统发育分析表明这些克隆序列分别属于变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和放线菌门(Actinobacteria)。其中,变形菌门(占克隆总数87. 63%)为最优势类群。免培养结果将随机挑取的105个阳性克隆归为15个OTUs,系统发育分析表明这些克隆序列分别属于变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes) 4个门。其中,变形菌门(占克隆总数的71. 43%)为最优势类群。养殖大鲵肠道细菌多样性丰富,具有进一步开发研究的价值。     

基于高通量测序的土壤中ermF基因宿主细菌多样性分析

为探究土壤环境中抗生素抗性基因宿主微生物的多样性,本研究以天津地区的农田土壤为研究对象,利用高通量测序技术对土样中大环内酯类抗性基因ermF的宿主细菌在不同分类水平的多样性进行了评估。土样中宿主细菌种类覆盖9个门,39个科,42个属。4个土样之间所共有的OTUs只占总OTUs数目的 0.5%,说明样品间宿主细菌群落的差异性显著,可能主要与采样地点不同有关。在所有土样中,ermF基因的优势宿主细菌在门的水平上均为拟杆菌门(Bacteroidetes,相对丰度50.3%～87.7%);同时检测到少量的变形菌门(Proteobacteria),放线菌门(Actinobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes),占比均小于4.2%。土样中ermF优势宿主细菌在科水平上都为拟杆菌科(Bacteroidaceae,相对丰度50.3%～87.5%),在属水平上都为拟杆菌属(Bacteroides,相对丰度50.3%～87.5%),其中相对丰度大于0.1%的ermF的宿主菌属有14种。     

定向栽培连作淮山根际土壤细菌群落的多样性分析

【目的】分析连作淮山根际土壤细菌群落结构,为解决淮山连作障碍提供参考依据。【方法】以淮山品种桂淮2号为试验材料,设置定向栽培连作淮山(T)和对照(CK)两个处理,采用Illumina MiSeq高通量测序技术结合土壤理化性质,分析连作淮山根际土壤细菌群落多样性及其与土壤理化因子的关系。【结果】基于细菌16S rRNA基因分析,对6个土壤样品测序共得到有效序列230961条,可操作分类单元(OTU)3423个。各样本检测到细菌群落含33门95纲242目395科780属1524种。Venn图分析结果显示,T处理和CK共有细菌OTUs数1688个,T处理特有OTUs数1388个。T处理土壤细菌的Shannon指数、ACE指数和Chao l指数均极显著高于CK(P0.01,下同)。物种群落组成分析结果表明,放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、绿弯菌门(Chloroflexi)、酸杆菌门(Acidobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)是T处理根际土壤细菌的主要优势菌群,占物种群落组成的88.45%。主成分分析结果显示,第一主成分(PC1)和第二主成分(PC2)对细菌群落结构的差异性贡献率分别为81.44%和14.49%,细菌群落结构表现为连作受PC1影响明显。土壤理化性状是影响细菌群落组成的重要因子,与变形菌门、绿弯菌门、拟杆菌门、粘球菌门(Myxococcota)、Patescibacteria、疣微菌门(Verrucomicrobiota)和WPS-2的群落分布显著相关。【结论】淮山连作可提高其根际土壤细菌多样性,其优势细菌群落为放线菌、变形菌、厚壁菌、绿弯菌和酸杆菌;连作淮山土壤pH及水解氮、速效钾和有机质含量的变化是影响其细菌群落组成发生变化的重要因子。     

木薯不同组织内生细菌多样性的比较分析

为研究木薯（Manihot esculenta）内生细菌多样性,挖掘木薯内生细菌资源,采用16S rDNA测序技术对‘SC8’和‘SC9’2个木薯品种的块根、茎和叶等不同组织进行了Alpha和Beta多样性分析,分析细菌群落结构组成并对比Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)数据库进行内生细菌菌群基因功能预测。结果显示,从‘SC8’木薯样品中共聚类得到19,087个细菌OTUs(operational taxonomic units)隶属于48个门、126个纲、438个科和805个属;‘SC9’聚类到20,148个细菌OTUs隶属于46个门、130个纲、390个科和863个属。两品种各组织共有内生菌属171个,占属种类的78.44%,‘SC9’特有菌群118个,‘SC8’为100个,茎（韧皮部）内生菌多样性最为丰富。2品种内生细菌的优势菌群有变形菌门、蓝细菌门、放线菌门、拟杆菌门、厚壁菌门和酸杆菌门。木薯内生细菌功能中涉及多种萜类、酮类、氨基酸及维生素等次级代谢产物的生物合成。研究结果表明,木薯植物体样品中均含有丰富的内生细菌种类,且...     

岩扇贝原种和繁育后代肠道和内脏团细菌多样性分析

为研究岩扇贝Crassadoma gigantean的生物学特性和消化代谢机能,采用传统培养方法分离培养加拿大原种岩扇贝内脏团(JN)和肠道(JC)及中国育种得到的子一代岩扇贝内脏团(YN)和肠道(YC)4种样品中的细菌,测定分离到的可培养细菌的16S rRNA基因并确定其分类地位;提取上述样品中的总DNA,运用Ion S5~(TM)XL高通量测序平台,对样品中细菌群落多样性进行分析。结果表明:用传统方法获得可培养菌株83株,选取代表菌31株测序并比对,其分别属于嗜冷杆菌属Psychrobacter、动性球菌属Planococcus、弧菌属Vibrio、假单胞菌属Pseudomonas、假交替单胞菌属Pseudoalteromonas、芽孢杆菌属Bacillus、库克菌属Kocuria和副球菌属Paracoccus;高通量测序结果显示,4种样品中有效序列群落结构可分为9个门,分别为变形菌门Proteobacteria、异常球菌-栖热菌门Deinococcus-Thermus、拟杆菌门Bacteroidetes、厚壁菌门Firmicutes、蓝细菌门Cyanobacteria、软壁菌门Tenericutes、放线菌门Actinobacteria、浮霉菌门Planctomycetes和疣微菌门Verrucomicrobia;加拿大原种岩扇贝肠道样品中的优势菌门为变形菌门(占80%),次优势菌门为拟杆菌门(占15%),内脏团样品中的优势菌门为变形菌门(占52%),次优势门为拟杆菌门(占18%);中国育种得到的子一代岩扇贝肠道样品中的优势菌门为变形菌门(占61%),次优势菌门为拟杆菌门(占26%),内脏团样品中的优势菌门为变形菌门(占73%),次优势菌门为拟杆菌门(占17%)。研究表明,岩扇贝的肠道和内脏团微生物具有丰富的多样性,加拿大原种岩扇贝和国内子一代岩扇贝的肠道和内脏团细菌群落结构存在一定差异。     

不同栽培模式人参根内生菌群落多样性分析

人参内生菌广泛存在于健康人参组织内部,是其微生态系统的重要组成部分。为了全面真实客观评估人参内生菌的多样性和资源开发的潜力,采用第二代高通量测序技术分析野生抚育模式(MCG)、农田栽参模式(FCG)及伐林栽参模式(DSGP) 3种不同栽培模式下人参根部内生菌的丰度和多样性。研究发现,3种栽培模式下人参共有内生细菌OTUs 108个(占比22. 27%),共有内生真菌OTUs 218个(占比16. 50%)。野生抚育模式人参根部内生细菌和内生真菌的群落指数Chao1、ACE、Shannon指数值均高于伐林栽参模式,而农田栽参模式下这3种指数最低。农田栽参模式Simpson指数最高。通过相对丰度分析发现,人参根部相对丰度最高的内生真菌类群为子囊菌门(Ascomycota)(80%);内生细菌相对丰度最高的类群为变形菌门(Proteobacteria)(78%)。研究结果表明栽培模式显著影响人参内生菌的形成和多样性。     

陕北黄土丘陵沟壑区苔藓内生细菌群落多样性分析

以延安市当地藓结皮中的土著优势种土生对齿藓(Didymodon vinealis)、反扭藓(Timmiella anomala)和青藓(Brachythecium albicans)为研究对象,分析3种苔藓植株内生细菌的群落组成和多样性,揭示3种不同品种的苔藓植株内生细菌的群落结构及多样性差异。采用高通量测序技术分析3种苔藓植株内生细菌16S rRNA基因V3~V4 变异区序列,使用生物信息学方法分析3种苔藓内生细菌的群落结构及多样性。结果表明：土生对齿藓、反扭藓、青藓3种苔藓测序共获得178 173条有效序列,在97%一致性下共产生705个有效的OTUs。在门、纲和属水平上,土生对齿藓的优势类群分别是蓝藻细菌门(Cyanobacteria,57.91%)、变形菌门(Proteobacteria,41.00%),γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria,35.02%)、α-变形菌纲(Alphaproteobacteria,5.92%)和假单胞细菌属(Pseudomonas,24.92%)、(Massilia,6.26%);反扭藓分别为蓝藻细菌门(Cyanobacteria,40.05%)、变形菌门( Proteobacteria,40.88%),α-变形菌纲(Alphaproteobacteria,30.87%)和(Phytohabitans,4.10%)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas,3.93%);青藓分别是蓝藻细菌门(Cyanobacteria,80.49%)、变形菌门(Proteobacteria,15.26%),γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria,7.66%)、α-变形菌纲(Alphaproteobacteria,7.45%)和假单胞细菌属(Pseudomonas,6.46%)。Alpha多样性和Beta多样性分析表明,反扭藓的Chao1指数(370.667)和Shannon指数(5.368)最大,基于韦恩图分析3种苔藓存在87个共有OTUs,土生对齿藓、反扭藓和青藓独有OTUs分别为7、175和13,说明3种苔藓不仅有较高的细菌多样性,还存在一定的差异。典范对应分析(Canonical Correlation Analysis, CCA)结果表明,土壤中有效氮(AN)和有机质(OM)的含量是影响3种苔藓内生细菌的群落多样性变化的主要因素。3个不同品种的苔藓的内生细菌种类丰富,群落结构组成和丰度均存在较大的差异,且苔藓所生长的微环境如有效氮和有机质的含量会对其内生细菌群落结构和多样性有较大影响。本研究可为苔藓内生细菌菌种资源的开发和生产应用提供理论支持。     

不同连作年限植烟土壤细菌和真菌群落结构差异

为明确不同连作年限对植烟土壤微生物群落结构的影响,选择具有代表性的植烟区域,分别采集不同连作年限的土壤样品,利用高通量测序技术分析不同连作年限植烟土壤细菌和真菌群落结构的差异。结果表明,连作1年土壤样品细菌OTUs数目最多,连作4年土壤样品真菌OTUs数目最多。不同连作年限植烟土壤细菌均以变形菌门(Proteobacteria)比例最高,随着连作年限的增加土壤放线菌门(Actinobacteria)和泉古菌门(Crenarchaeota)丰富度呈现一定的增加趋势,同时土壤细菌的群落差异变大;不同连作年限植烟土壤真菌均以子囊菌门(Ascomycota)比例最高,随着连作年限的增加,植烟土壤真菌中的接合菌门(Zygomycota)呈现上升趋势,连作2年和4年的植烟土壤真菌菌群组成具有一定的相似性。综合分析,连续种植烤烟降低了土壤细菌多样性,提高了土壤真菌多样性,连作4年植烟土壤的细菌和真菌群落结构组成均发生较大变化。     

不同性别湖羊早期定植肠道菌群分析

【目的】分析不同性别湖羊早期定植肠道菌群情况,为深入研究其与机体健康状况之间的关系提供数据支持。【方法】采集48份(母羊31份和公羊17份)45日龄湖羊的粪便,提取基因组DNA,进行高通量测序,筛选有效序列和分类操作单元(operational taxonomic units,OTUs),分析不同性别湖羊肠道微生物多样性,并通过多级物种差异判别分析(linear discriminant analysis effect size,LEfSe)、非度量多维尺度分析(non-metric multidimensional scaling analysis,NMDS)、短期注意/记忆优先(short-term attention/memory priority,STAMP)模型确定菌群在门水平和属水平上的具体差异。【结果】经高通量测序,母羊获得2 014个OTUs,公羊获得1 747个OTUs,二者共有1 637个OTUs。不同性别湖羊早期定植肠道菌群共注释到15个门、25个纲,62个目、118个科和317个属。不同性别湖羊早期定植肠道菌群在门水平和属水平均存在显著差异;在门水平上,厚壁菌门...     

叉角厉蝽不同发育阶段肠道细菌群落组成、多样性及功能预测

【目的】分析天敌昆虫叉角厉蝽[Eocanthecona furcellata (Wolff)]不同发育阶段肠道细菌群落组成及多样性,并预测其功能,为深入了解肠道细菌对叉角厉蝽生长发育和营养获取方式的影响及开发新的害虫生物防治策略提供理论依据。【方法】选取叉角厉蝽1龄、2龄、5龄若虫和7日龄雌、雄成虫,分别提取其肠道细菌基因组DNA。利用单分子实时测序技术对肠道细菌16S rRNA序列全长进行测序,统计操作分类单元（OTU）数量,分析肠道细菌群落组成结构与多样性,并采用PICRUSt预测肠道细菌功能。【结果】从叉角厉蝽15个肠道样品中共得到202401条有效序列,聚类为222个OTUs,其中共有OTUs为5个。共注释到19门32纲62目103科154属188种细菌,优势门、纲、目、科、属、种分别为变形菌门（Proteobacteria,72.22%）、γ-变形菌纲（Gammaproteobacteria,72.21%）、肠杆菌目（Enterobacterales,72.11%）、肠杆菌科（Enterobacteriaceae,49.39%）、西地西菌属（Cedecea,49.24%）和奈...     

苹果砧木T337不同组织内生菌群落及其功能预测

应用高通量测序技术分析苹果砧木T337根部、枝部、叶部的内生菌群落并利用PICRUSt进行功能预测。从苹果砧木T337不同部位的内生细菌中共获得的有效序列聚类为11 386个操作分类单元(OTUs)。从内生真菌中获得的有效序列聚类为2 718个OTUs。α-多样性分析结果表明，各指数均为根部显著高于枝部、叶部，枝部、叶部间的差异则不显著；从内生真菌多样性上看，除辛普森(Simpson)指数表现为根部、叶部显著高于枝部外，其他指数均表现为根>叶>枝。物种丰度分析结果表明，在门水平上，T337根部的最优细菌门为放线菌门(Actinobacteria),枝部、叶部的最优细菌门为变形菌门(Proteobacteria);在属水平上，T337根部、枝部、叶部最具优势的内生细菌分别为变形菌门的鞘氨醇单胞属(Sphingomonas)、不动杆菌属(Acinetobacter)、甲基杆菌属(Methylobacterium);根部的特有菌属最多，有187个，枝部有5个，叶部有6个。T337根部、枝部、叶部都存在大量未归类的内生细菌(占比分别为35.885%、50.185%、59.884%)...     

转基因棉花对土壤细菌群落的影响

为了评价转基因棉花对土壤细菌群落结构的影响,试验采用转基因棉花品种晋棉26号及其非转基因亲本晋棉7号以及传统棉花品种中棉所12号进行了长期定位试验,利用高通量基因测序法研究了转基因棉花对土壤细菌的群落结构的影响。结果表明,3个棉花土壤细菌共检测到1 585个OTUs、除1个未分类门和4个待定候选门外,其余分别属于已知的21个门;主要优势种群有变形菌门、酸杆菌门、放线菌门、浮霉菌门、绿弯菌门、拟杆菌门;每个品种有独特的种群,转基因棉花晋棉26号独有的种群为栖热菌门,晋棉7号独有种群为WCHB1-60;转基因棉花土壤细菌的多样性降低,但没有改变土壤细菌种群结构。     

云南不同地理种群草地贪夜蛾肠道可培养细菌多样性分析

【目的】明确云南不同地理种群草地贪夜蛾幼虫肠道可培养细菌群落组成及种群间的差异,为草地贪夜蛾肠道细菌多样性及其生物学功能研究提供科学依据,并为解析草地贪夜蛾的环境适应机理打下基础。【方法】采用分离培养法对云南省普洱市澜沧、保山市隆阳、昆明市石林、红河州开远4个不同地理种群的草地贪夜蛾幼虫肠道细菌进行分离培养,结合形态学及16S rDNA测序方法进行细菌种类鉴定。【结果】从云南4个地理种群草地贪夜蛾幼虫肠道中共分离获得27株形态、颜色和大小各异的细菌菌株,27株细菌菌株分属4门9科12属19种,优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes),优势菌属为厚壁菌门肠球菌属(Enterococcus)。其中,澜沧、石林、开远和保山种群分别分离到3门4科6属8种共9株细菌、3门5科6属6种共6株细菌、2门3科4属5种共5株细菌和3门6科6属6种共7株细菌;4个地理种群草地贪夜蛾幼虫肠道内均存在肠球菌属和克雷伯氏菌属(Klebsiella)细菌;4个地理种群草地贪夜蛾幼虫肠道细菌的丰富度指数、Shannon指数、Simpson指数和均匀度指数分别为0.705~1.277、0.969~1.381、0.615~0.635及0.602~0.753。【结论】云南4个不同地理种群草地贪夜蛾幼虫肠道内可培养细菌较丰富,不同地理种群肠道细菌多样性存在差异,但优势菌均为厚壁菌门的肠球菌属细菌,肠球菌属细菌对草地贪夜蛾肠道细菌群落起着决定作用。     

林麝粪便细菌多样性研究

为研究林麝粪便细菌的结构与组成,选取6只2~3岁的圈养条件相同且健康的公林麝,饲喂精粗比为2∶8的饲粮,收集其新鲜粪便,提取其总DNA,然后用16SrRNA细菌通用引物进行PCR扩增,并用Illumina Miseq250PE测序平台,对扩增子进行Miseq双端测序。结果显示:1)借助Illumina Miseq250PE测序平台对样品进行测序,共获得85 091条有效序列,5 133个有效OTU。2)所得OTU经物种注释被归类为23个门,其中厚壁菌门(Firmicutes)(51.1%±19.9%)、拟杆菌门(Bacteroidetes)(35.6%±15.5%)、变形菌门(Proteobacteria)(5.2%±5.6%)和未分类菌门(*Unassigned)(2.2%±1.0%)为优势菌门,其总和达到菌群相对含量的94.1%;将其进一步分为240个菌属,其中18个为共享菌属,拟杆菌目(*Bacteroidales)(16.5%±10.2%)、瘤胃菌科(*Ruminococcaceae)(14.7%±13.8%)和梭菌目(*Clostridiales)(13.7%±3.9%)含量相对较高。3)OTUs稀释曲线均未达到平台期,说明测序深度不足以覆盖所有的菌群。4)非加权聚类图(PUGMA)显示样品B和E、C和F的菌群多样性相似度较高,而样品A和其他样品的相似度相对较低。由此可见,在正常状态下,健康林麝粪便分布有23个门类细菌群落,以Firmicutes、Bacteroidetes和Proteobacteria为优势菌群,进一步将林麝粪便细菌群落细分为240个属且发现林麝个体间菌群差异性较小且与其他草食动物优势菌群结构相似。     

野生建兰根际与根内共生细菌种群结构差异分析

【目的】比较野生建兰根际和根内细菌的种群结构差异,为研究根共生细菌与建兰的营养关系奠定理论基础。【方法】采用高通量测序技术鉴定福州鼓山野生建兰根际和根内共生细菌,分析其种类多样性和种群结构。【结果】建兰根际、根内拥有种类多样的细菌,辛普森指数分别为0.99、0.95;香农指数比较显示建兰根际细菌种类多样性显著高于根内。建兰根际拥有10门细菌,优势门为变形菌门(60.5%)、酸杆菌门(20.5%)、放线菌门(15.3%),根内优势细菌门分别为变形菌门(75.3%)、酸杆菌门(7.3%)、放线菌门(14.6%)。根际与根内丰度最高的10个细菌属中,Solibacter、Acidipila仅在根际中,戴氏菌、新鞘氨醇菌和Granulicella仅存在于根内。根际中酸杆菌门酸杆菌纲的丰度显著高于根内,11个差异显著的目,仅肠杆菌目在根内的丰度大于根际,根际有12个属的丰度显著高于根内。【结论】建兰根际与根内细菌种类丰富度存在显著性差异,其原因可能是不同生态位的细菌对建兰的生物学功能存在较大差异。     

特异性敲除肠道miR-146a对小鼠肠道菌群的影响

【目的】miR-146a作为抑炎因子,仍然不清楚其是否参与宿主与微生物间的互作,进而影响肠道稳态,因此本文旨在研究miR-146a对小鼠肠道菌群的影响。【方法】以肠道miR-146a特异性敲除小鼠(CKO鼠)及对照小鼠(Flox鼠)为研究对象,利用16S rRNA高通量测序法检测2组空肠段的微生物菌群分布。【结果】测序共获得1 134个用于物种分类的OTUs,包括37门、80纲、161目、198科、261属、117种的细菌;Flox组和CKO组小鼠的空肠微生物中共有46个相同的OTUs;各组肠道微生物中厚壁菌门Firmicutes、拟杆菌门Bacteroidota、疣微菌门Verrucomicrobiota、变形菌门Proteobacteria和脱硫杆菌门Desulfobacterota是优势菌门;2组肠道微生物群落组成整体相似,但CKO组梭状芽孢杆菌纲Clostridia的平均相对丰度高于Flox组(P=0.067),毛螺菌目Lachnospirales平均相对丰度显著高于Flox组(P<0.05),其他层级组成无显著差异。【结论】miR-146a敲除可改变宿主肠道梭状芽孢杆菌...     

基于高通量测序技术的怀山药与菜山药内生细菌多样性比较

为分析比较怀山药与菜山药根茎内生细菌谱的差异,采用高通量测序技术分别对怀山药和菜山药根茎中的内生细菌16S rDNA V4区域进行扩增和测序,进而对基因序列进行OTU聚类,在OTU的基础上分别对怀山药和菜山药内生细菌的群落组成进行分析。分别从门、纲、目、科、属、种6个水平上分析比较了怀山药和菜山药根茎中的内生细菌的群落组成。怀山药内生细菌分布在拟杆菌门(Bacteroidetes,31.8%)、厚壁菌门(Firmicutes,24.8%)、变性菌门(Proteobacteria,18.6%)、酸杆菌门(Acidobacteria,7.6%)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes,6.5%)、绿菌门(Chlorobi,3.7%)、绿弯菌门(Chloroflexi,3.4%)、放线菌门(Actinobacteria,2%)、黏胶球形菌门(Lentisphaerae,0.6%)、疣微菌门(Verrucomicrobia,0.6%)、装甲菌门(Armatimonadetes,0.3%)和浮霉菌门(Planctomycetes,0.3%)12个门;菜山药内生细菌分布在厚壁菌门(Firmicutes,38.3%)、拟杆菌门(Bacteroidetes,24.5%)、变性菌门(Proteobacteria,13.2%)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes,11%)、绿菌门(Chlorobi,7.9%)、酸杆菌门(Acidobacteria,2.5%)、绿弯菌门(Chloroflexi,1.4%)、黏胶球形菌门(Lentisphaerae,0.6%)和浮霉菌门(Planctomycetes,0.6%)9个门。从ChaoⅠ、Simpson和Faith’s PD等生态指数和Rank-Abundance曲线方面分析了2种山药品种内生细菌群落内的物种丰富度和均度。怀山药内生菌多样性要大于菜山药,且菌落组成比菜山药均匀。怀山药和菜山药根茎中的优势菌属均为狭义梭菌属(Clostridium sensu stricto 1)。