利用苹果SSR引物分析山楂属植物遗传关系

SSR引物在不同物种间具有通用性,从141对苹果属(Malus spp.)SSR引物中筛选出10对适合于山楂属(Crataegus spp.)植物的SSR引物,并对8个种37份山楂种质资源的遗传关系进行了分析。10对SSR引物共检测到91个多态性谱带,每个位点的等位基因数为3～13个,平均为9.1个。位点杂合度为0.432～0.790,平均为0.688。10对SSR引物可以将20份山楂资源区分开,17份不能区分的资源分为3组,第1组为3个伏山楂品种,第2组和第3组分别包括大果山楂的2个和12个品种。基于SSR标记构建的聚类树状图将供试37份山楂资源分成2个类群,第1类群包括6个山楂野生种,第2类群包括供试的所有伏山楂、山楂和大果山楂资源。该聚类结果与传统形态学分类一致。     

不同生态类型西瓜种质资源遗传多样性的SSR分析

采用SSR分子标记技术对96份不同生态型西瓜种质资源的遗传多样性进行研究。从398对引物中筛选出38对扩增条带清晰、多态性高的引物分析供试材料,共得到7043条清晰可辨条带,其中多态性条带826条,占11.7%。平均每对引物对96份材料扩增出185.34条带,其中21.74条具有多态性。96份材料间的相似系数为0.42～0.99。聚类分析结果表明,野生西瓜与栽培西瓜的亲缘关系较远。在栽培品种内华北生态型、华南生态型和西北生态型西瓜的亲缘关系较近,说明我国西瓜种质资源同源性较高,遗传基础狭窄,有必要引入更多种质资源以拓宽西瓜育种背景。     

五十五份小白菜自交系的SSR遗传多样性分析

以55份小白菜自交系为试材,采用SSR分子标记技术对其遗传多样性进行分析,以期为育种中杂交组合的选配及种质创新提供参考依据。结果表明:从分布在10条染色体上的110对引物中筛选出44对稳定的多态性引物,得到105个多态性位点,平均每对引物扩增的条带数为2.4,每条染色体上平均多态性位点为10.5个,遗传距离在0.016 9~0.754 4,平均为0.373 0,参试材料间差异较大;聚类分析将55份材料分为四大类群,其中第Ⅰ大类31份材料,第Ⅱ大类8份材料,第Ⅲ大类5份材料,第Ⅳ大类11份材料。在这些材料中,大多数来源相同的聚为一类,少部分个体分布在不同类群中,可能是由于这些材料在人为与自然选择以及栽培环境的影响下发生了变异。     

蟠桃种质SSR标记的遗传多样性分析

以38个蟠桃品种和9个其他类型桃品种为试材,利用24对位于桃参考图谱上8个连锁群的SSR引物进行了蟠桃种质资源遗传多样性研究。24对SSR引物共获得179个扩增位点,其中多态性位点171个,多态率达95.53%。蟠桃资源平均Nei’s基因多样性指数(He)为0.242 5,平均Shannon信息指数(I)为0.379 8;南方蟠桃品种群多态性位点百分率为74.30%,Nei’s遗传多样性指数为0.203 8,Shannon信息指数为0.316 3;北方蟠桃品种群的遗传多样性相对较高,多态性位点百分率为91.06%,Nei’s遗传多样性为0.244 9,Shannon信息指数为0.382 4。群体间存在较小的基因分化系数(Gst=0.065 9),遗传变异有很大一部分是来自群体内,可能与其较大的基因流Nm=7.086 1有关。UPGMA聚类分析结果表明,相似系数为0.66～0.95,在相似系数为0.67时,所有南方品种聚于同一类群,北方品种除新疆蟠桃、黄肉蟠桃及香金蟠外也聚于同一类群,聚类结果支持蟠桃多起源假说。     

吉林抚松人参遗传多样性的SSR分析

利用SSR技术对吉林省抚松地区的78份人参样品进行了亲缘关系分析研究。结果表明:同一地区的人参种质资源也存在较大差异,这一差异主要是由其遗传因素决定的;25对引物共扩增227条带条,其中多态性的条带206条,多态性90.75%。     

SSR标记遗传距离与结球甘蓝杂种优势的关系分析

利用SSR标记对23份春甘蓝自交系和29份秋甘蓝自交系进行遗传多样性分析,结果表明:春甘蓝自交系在遗传相似系数0.61处可以划分为极早熟和早熟2个类群。秋甘蓝自交系在遗传相似系数0.58处可以分为中晚熟群、中早熟群和中熟群3个类群。从上述材料中挑选15份代表性材料作为亲本,采用完全双列杂交法组配105个杂交组合,对其进行杂种优势分析,同时探究SSR分子标记遗传距离与杂种优势之间的关系。结果发现,不同类群间杂交或同一类群不同亚群间杂交产生的后代杂种优势较强,遗传距离与全株质量中亲优势的相关性达显著正相关,表明基于SSR分子标记划分的类群对于杂种优势的预测具有一定的价值。此外还发现,在105个杂交组合中,全株质量中亲优势最强的10个组合的组配方式均为春甘蓝×秋甘蓝,表明春甘蓝×秋甘蓝可能是一种潜在的杂种优势利用模式。     

基于SSR标记的现代月季遗传多样性研究

以来自亚洲、欧洲、北美洲的51个现代月季品种为试材,采用18对多态性高的SSR引物进行分析,研究不同起源地的现代月季品种的遗传多样性、遗传结构及遗传距离。结果表明:共检测出64个位点,多态位点比例为96.8%;其中来自欧洲地区的多态位点比例最高,达到82.8%,遗传变异由高到低次序是欧洲月季、北美洲月季、亚洲月季;类群内的遗传分化(91.9%)大于类群间的遗传分化(8.1%),说明类群内变异是其主要变异来源;欧洲地区与北美洲地区现代月季的遗传关系较近。     

167份西瓜种质材料的遗传多样性分析

以来自世界各地的167份西瓜种质资源为材料,利用形态学标记和SSR标记,结合多样性分析、聚类分析和主坐标分析等方法,对其遗传多样性进行了系统全面的研究。结果表明,29个表型性状Shannon多样性指数的变化范围是0.54~2.03,平均值为1.50,其中质量性状平均值为1.16,数量性状为1.71;18个数量性状的变异系数变化范围为16.43%~90.73%,平均值为34.12%。不同地区西瓜种质遗传多样性比较结果显示,非洲地区的种质遗传多样性丰富,亚洲、北美洲次之,南美洲和欧洲的遗传多样性相对较低。同时,利用22对SSR标记对西瓜种质进行了遗传多样性分析,平均每对引物扩增4.86个等位基因,平均有效等位基因数(Ne)是2.20,平均Shannon多样性指数(I)为0.94,平均观测杂合度(Ho)为0.27,平均期望杂合度(He)为0.52,平均多态性信息含量(PIC)为0.45。进一步分别利用表型标记和SSR标记对167份西瓜种质材料进行分类,结果显示SSR标记的稳定性强,能够很好的对种质材料进行分类。     

基于SSR标记的浙江地方柚类种质资源遗传关系分析

【目的】对浙江地方柚类种质资源进行遗传多样性分析,为其搜集保护和合理利用提供参考。【方法】利用23对SSR引物进行遗传多样性分析并构建种质鉴定图。【结果】23对引物共检测到91个等位变异位点,变异范围为2~7,平均每对SSR引物可检测到4.0个等位位点;23个SSR位点的观察杂合度、期望杂合度和多态性信息含量分别为0.51、0.54和0.47。UPGMA聚类结果显示:18份供试材料在遗传相似性系数为0.71时分成A1~A3、B1、C1和D1共6个组群,其中A1组包括‘四季柚’‘红肉四季柚’和‘佛香柚’等7份种质,A2组包括‘永嘉红心柚2号’‘青田红心柚’和‘木兰柚’3份果肉颜色为粉红色的种质,A3组包括‘处红柚’‘永嘉红心柚1号’‘古磉柚’和‘官南红柚’4份果肉颜色为红色的种质,‘官南土柚’和‘文成红心柚’自成B1和C1组,‘常山胡柚’和‘槾文柑’2个杂种柚类型聚为D1组。【结论】浙江地方柚类种质资源有丰富的遗传多样性,基于AG14、CAG01、CMS-16和CMS-26 4对引物组合构建浙江地方柚类资源的种质鉴定图,可将18份柚类种质进行区分。     

利用SSR技术鉴定西瓜甜瓜种子纯度

利用SSR分子标记技术对西瓜‘W1806’与甜瓜‘M1805’各3个批次及其亲本间的多态性进行引物筛选和种子的纯度鉴定。结果表明,在28对西瓜的SSR引物中,有5对引物在西瓜‘W1806’的F1代与亲本之间有很好的多态性。其中BVWS00839引物特异性好,条带清晰,父母本条带间隔明显,即作为3个批次的西瓜纯度鉴定的引物,其鉴定纯度分别为99.47%、98.96%和97.92%;在18对甜瓜的SSR引物中,只有1对CMBR052引物在F1代扩出的条带为典型的双亲互补型条带,故用该引物对甜瓜进行纯度鉴定,其纯度分别为97.90%、96.80%和97.40%。与田间鉴定结果的吻合率都在98%以上。这2个材料的吻合率说明SSR分子标记技术对西瓜和甜瓜纯度鉴定结果都是可靠的。     

20份葡萄种质亲缘关系的SSR分析

利用SSR标记对20份葡萄材料进行了基因组多态性分析,从245对引物中筛选出19对用于葡萄的SSR扩增。共扩增出144条带,均为多态性条带,多态性百分率为100%。根据SSR扩增结果,利用NTSYSpc2.10e软件进行Jaccard相似性系数分析,20份葡萄材料的遗传相似系数为0.630～0.900,平均遗传相似系数...     

苹果属种质资源亲缘关系的SSR分析

应用SSR技术对59份苹果属材料进行基因组的多态性分析,从20对引物中筛选出12对SSR引物扩增出176个等位基因,平均每个位点14.7个等位基因。位点杂合度为0.4039～0.7412,遗传多样性指数为0.6156。用3对引物(CH02a04、CH02g04和CH01f03b)即可区分全部供试材料。NTSYS软件进行相似系数计算,UPGMA法聚类分析将59份苹果属材料分为3大类群,即栽培品种、地方品种和新疆的野生苹果、野生种或其变种。栽培品种中具有相同亲本起源的品种被紧密地聚到了一起,相似系数较高;地方品种与新疆的野生苹果的聚类相互交错,呈现出新疆的野生苹果作为东亚基因中心的起源种与中国各地方品种在起源演化上的相关性;各野生种及其变种类型均聚到了一起,与传统的系谱基本一致。     

Molecular characterization and genetic relationship among almond cultivars assessed by RAPD and SSR markers

RAPDs and SSRs were used to study the genetic diversity of Iranian almond cultivars and their relationship to important foreign cultivars and three related species. Eight unidentified almond Shahrodi cultivars and three wild almonds (Prunus communis, Prunus orientalis and Prunus scoparia) were also included. Of the primers tested, 42 (out of 80) RAPD and 18 (out of 26) SSR primers were selected for their reproducibility and high polymorphism. A total of 664 polymorphic RAPD bands were detected out of 729 bands. The number of presumed alleles revealed by the SSR analysis ranged from 3 to 10 alleles per locus with a mean value of 6.64 alleles per locus. Both techniques discriminated the genotypes very effectively, but only RAPDs were able to discriminate the cultivars Monagha and Sefied. Results demonstrated an extensive genetic variability within the tested cultivars as well as the value of SSR markers developed in peach for characterization of almond and related species of Prunus. Dice similarity coefficient was calculated for all pair wise comparisons and was used to construct a UPGMA dendrogram. For both markers a high similarity in dendrogram topologies was obtained although some differences were observed. All dendrograms, including that obtained by the combined use of both the marker data, depicted the phenetic relationships among the cultivars and species, depending upon their geographic region and/or pedigree information. Almond cultivars clustered with accession of P. communis showing their close relationship. P. orientalis and P. scoparia were clustered out of the rest of P. dulcis.     

基于SSR标记技术的南丰柑橘种质资源亲缘关系研究

【目的】从分子水平探究南丰柑橘种质间的亲缘关系。【方法】应用SSR技术对28份南丰柑橘种质进行基因组的多态性分析。【结果】从91对引物中筛选得到13对SSR引物,可区分全部供试材料。共扩增得到64个等位基因,平均每个位点4.92个等位基因。以遗传相似系数0.18为界,金柑属金柑单独聚为1类,柑橘属27份供试样品聚为1类。以相似系数0.59为阈值,27份柑橘属供试种质分为5个类群,其中南丰蜜橘品种群(包含小果系、大果系、桂花蒂系、早熟系)所有20份供试种质与‘蜜广’聚为一类,‘小叶广’‘火广’‘火橘’聚为一类,‘红广’‘红橘’‘本地早橘’各为一类。【结论】南丰广橘品种群中‘蜜广’与南丰蜜橘品种群有较近的亲缘关系,而‘红广’与亲本南丰蜜橘和‘红橘’的亲缘关系均较远。‘小叶广’‘火广’和‘火橘’亲缘关系较近。     

香蕉A基因组品种间遗传关系的SSR检测

应用SSR技术,对32个香蕉A基因组类型品种(系)的遗传关系进行了检测。40对SSR引物在32个品种(系)中分别扩增带数在3～15个,平均每个SSR座位可检测2.99个多态性带;引物的多态信息量(PIC)在0.00～0.88,平均0.62。依据SSR数据计算的品种间遗传距离在0.00%～34.27%,平均12.45%,大多数品种间的遗传变异非常有限,但也存在着遗传差异突出的品种:FHIA25、Yangambi KM5、Pisang Jari Buaya、Rose和皇帝蕉。依据26%的遗传距离,除了FHIA25和Pisang Jari Buaya单独化成1组外,其它30个品种可以分为2组:品种间遗传差异相对较高的组I和品种间遗传差异相对较低的组Ⅱ。Williams与引进的洪都拉斯3号、M931之间,洪都拉斯1号和洪都拉斯2号之间,高脚青芽蕉和高脚顿地雷分别没有区分开来,这可能是同物异名,也可能是同一品种未能分辨的突变体。     

杏遗传多样性评价所需SSR等位变异数目估计

【目的】研究等位变异数目的多少对杏材料间遗传关系分析结果的影响。【方法】以55对SSR引物对140份杏材料的检测结果为样本,运用矩阵相关检测的方法分析由不同SSR等位变异数目组成的相似矩阵与总等位变异相似系数矩阵之间的相关关系。【结果】所用SSR引物共检测到877个等位变异。随着抽取等位变异数目的增加,获得的相似矩阵与原矩阵(877等位变异)间的相关系数迅速增加。当选取的等位变异数目达到575时,与原等位变异共表型的相关性超过90%。【结论】所需最小等位变异数目与样本群体大小之间存在Y=149.5ln(X/12)+200.2的曲线方程,这个方程能够估算出在客观评价杏遗传群体时需要的最少SSR等位变异数目,并且认为这些SSR位点应尽量均匀分布在所有染色体上。     

利用SSR技术鉴定西葫芦杂交种子纯度

为了建立一套快速、简单、准确、高效的西葫芦种子纯度检测方法,以西葫芦'福美1号'及其亲本为试验材料,利用SSR分子标记技术鉴定杂交种子纯度。从114对SSR引物中筛选出了1对引物(SGSSR25),在杂交种和父、母本之间存在显著差异的条带,且杂交种含有父、母本的特异互补带型。利用该引物对23株'福美1号'杂交种进行纯度鉴定,结果为91.30%,与大田种植鉴定结果一致,表明该引物可用于'福美1号'杂交一代种子纯度的快速检测和准确鉴定,SSR分子标记技术应用于西葫芦杂交种子纯度检测具有可行性。     

硝酸银和赤霉素对西瓜雌性系诱雄效果的影响

为了探索硝酸银和赤霉素对西瓜雌性系诱雄效果及生长发育的影响,以雌雄异花同株材料‘XHB’和‘TS409’及其血缘相同的两个雌性系突变体‘XHBGM’和‘TGS409’为试材,于春、秋两季,在西瓜苗期喷施不同质量浓度的硝酸银(100、300、500 mg·L~(-1))和赤霉素(500、1 000、1 500 mg·L~(-1)),调查了处理后植株高度、茎粗度等生长指标及各单株前30个节位内雄花、雌花、两性花的数量。结果表明,赤霉素可促使雌雄异花同株材料产生更多的雄花,但在雌性系材料上无明显的诱雄效果,植株表现徒长现象,植株高度、节间长度明显增加,茎粗度、叶片叶绿素含量显著降低。硝酸银在雌性系和雌雄异花同株材料上均可诱导产生两性花,秋季效果更为明显,且质量浓度越高,诱雄效果越好,但高质量浓度的硝酸银对植株生长产生抑制作用,甚至导致植物死亡;300 mg·L~(-1)是诱导西瓜雌性系有效产生两性花的最佳质量浓度,对植株伤害较小,秋季诱雄效果更佳,生产上可采用此方法来繁殖西瓜雌性系。     

葡萄柚4种备选砧木遗传关系的8SR分析

采用SSR分子标记技术对葡萄柚4种备选砧木的遗传关系进行了分析.结果表明,4种砧木之间的遗传距离变幅为0.059 8～0.217 2,枳与曼赛龙柚之间遗传距离最大,美国酸橙与曼赛龙柚之间最小.依照UPGMA的聚类结果将4种砧木分为2组:第1组包含美国酸橙、酸柚和曼赛龙柚,而枳单独构成第2组.结合嫁接试验结果,以已知适宜砧木为参照,从DNA水平选择葡萄柚砧木具有一定的可行性.