猪流行性腹泻病毒野毒株/疫苗株RT-PCR鉴别诊断方法的建立

开放阅读框3(Open reading frame 3,ORF3)是猪流行性腹泻病毒(PEDV)基因组中的惟一辅助基因。前期研究表明,PEDV疫苗株的ORF3在245²93位缺失49个核苷酸。在ORF3缺失区域两端设计合成引物建立反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)可以对PEDV野毒株和疫苗株进行鉴别诊断,野毒株扩增产物为319 bp,疫苗株扩增产物为270 bp。用该鉴别诊断方法对猪传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒、猪瘟病毒、猪伪狂犬病病毒和猪繁殖和呼吸综合征病毒的cDNA进行扩增均无特异性条带,说明该方法特异性强。现地病料的检测结果表明,该鉴别诊断方法能够区分PEDV野毒和疫苗株,而且可以排除其他病毒的影响,有助于减少免疫猪被淘汰的可能,降低经济损失。     

猪流行性腹泻病毒疫苗株与野毒株RT-PCR检测方法的建立与应用

根据GenBank中猪流行性腹泻(PED)疫苗株与野毒株ORF3的特点设计特异性引物,建立能够快速区分PEDV疫苗株与野毒株的RT-PCR检测方法。建立的RT-PCR检测方法能够对PEDV疫苗株与野毒株扩增出特异性片段,其大小分别为278 bp和327 bp。该方法具有快速、特异、通用等特点,可用于实验室快速诊断、野毒株的区分,为该病的诊断及免疫防控提供参考依据。     

猪流行性腹泻病毒疫苗株与野毒株PCR-HRM鉴别检测方法的建立

基于新型的PCR产物分析技术-高分辨率熔解曲线(HRM),大量分析猪流行性腹泻病毒(PEDV)全基因序列的特点,建立鉴别PEDV CV777疫苗株与野毒株的PCR-HRM分析方法。在ORF1保守区域设计区分引物,同时用普通的RT-PCR方法进行对比。检测19份临床样品中,PCR-HRM方法检测均为阳性且鉴定为野毒株,普通RTPCR之后凝胶电泳分析检测18份阳性,为野毒株。结果表明,PCR-HRM方法具有特异性好,灵敏度高,PCR扩增之后产物无需开盖分析,极大地避免了污染问题,是一种新型的鉴别检测方法。     

猪流行性腹泻病毒野毒株及弱毒疫苗株RT-PCR鉴别检测方法的建立及应用

为建立猪流行性腹泻病毒(PEDV)野毒株及弱毒疫苗株快速鉴别检测方法,根据Gen Bank中公布的PEDV野毒株及弱毒疫苗株的ORF3基因序列,在缺失区的两端设计合成1对特异性扩增引物,用以特异性的扩增PEDV ORF3基因片段,根据目的片段大小判断PEDV的毒株类型;通过退火温度等反应条件优化,建立了区分PEDV野毒株和弱毒疫苗株的RT-PCR鉴别检测方法。结果显示:所建立的RT-PCR鉴别检测方法能特异性区分PEDV野毒株和弱毒疫苗株;PEDV野毒株扩增出234 bp目的片段,PEDV弱毒疫苗株扩增出185 bp目的片段;与猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、A群猪轮状病毒(PRo VA)、猪嵴病毒(PKV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、伪狂犬病毒(PRV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪圆环病毒2型(PCV2)、猪乙型脑炎病毒(JEV)及猪细小病毒(PPV)均无交叉反应;敏感性试验显示,该方法能检测到病毒滴度为1.3×10~3TCID_(50)/mL。利用该方法对采集自广西部分地区93份临床腹泻样品进行检测,临床腹泻样品中PEDV野毒株阳性率为61.29%(57/93),弱毒株阳性率为5.38%(5/93)。结果表明:该RT-PCR鉴别检测方法特异性强、灵敏度高、操作简便,能快速、准确地区分PEDV自然感染野毒株和弱毒疫苗毒株,为猪流行性腹泻的快速诊断及病原分子鉴别检测研究提供了可供借鉴的技术手段。     

鉴别犬瘟热病毒野毒株与疫苗株双重一步法RT-PCR检测方法的建立与应用

为了建立一种简单、快速鉴别检测犬瘟热病毒(CDV)野毒株与疫苗株的方法,试验根据GenBank中CDV野毒株与疫苗株H基因序列设计鉴别检测引物,建立鉴别CDV野毒株与疫苗株一步法RT-PCR,并验证该方法的特异性、敏感性、重复性及符合性;利用建立的鉴别CDV野毒株与疫苗株双重一步法RT-PCR检测方法对2017—2020年采集于江苏省11个不同地市的505份发病犬喉拭子样品和病料样品进行检测,确定CDV野毒株与疫苗株双重一步法RT-PCR的临床适用性。结果表明：该方法对CDV野毒株、CDV疫苗株、CDV野毒株/疫苗株可分别扩增出477 bp、677 bp、477 bp/677 bp的特异性条带,而检测犬细小病毒(CPV)、犬腺病毒(CAV)、犬副流感病毒(CPIV)、犬冠状病毒(CCV)均为阴性;该方法的检测灵敏度为23.1 pg RNA;与RFLP方法的符合率为100%;批内重复性检测和批间重复性检测的结果完全一致;利用该方法检测505份临床样品,CDV野毒株和疫苗株的阳性率分别为8.91%和72.48%。说明建立的鉴别CDV野毒株与疫苗株一步法RT-PCR检测方法具有良好的特异性、...     

猪流行性腹泻病毒变异毒株与传统毒株RT-PCR鉴别诊断方法的建立

为建立猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)变异毒株和传统毒株RT-PCR鉴别诊断方法,本研究根据GenBank中PEDV变异毒株(JN381492.1)和传统毒株(JN599150.1)S基因序列,设计两对特异性引物,进行反应条件优化。结果显示:建立的RT-PCR鉴别诊断方法能够特异性区分PEDV变异毒株和传统毒株,能扩增出变异毒株442 bp的目的片段,而传统毒株是270 bp的目的片段,并且与猪传染性胃肠炎病毒、猪伪狂犬病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪细小病毒、猪呼肠孤病毒、猪瘟病毒、猪脑心肌炎病毒、轮状病毒均无交叉反应;敏感性结果表明该方法能检测出变异毒株和传统毒株的底限均为4×104 copies;利用该方法对42份临床腹泻样品进行检测,PEDV阳性率为69%(29/42),变异毒株占总PEDV毒株的93.1%(27/29),传统毒株占总PEDV毒株的6.9%(2/29)。该RT-PCR方法为PEDV的病原鉴别诊断和流行病学调查提供了技术手段。     

鉴别猪流行性腹泻病毒经典株与变异株双重纳米RT-PCR检测方法的建立和应用

为了建立快速高效鉴别猪流行性腹泻病毒(PEDV)经典株与变异株的检测方法,本研究参照GenBank中PEDV经典株CV777和变异株CH-HB1-2018的S基因序列,设计了3条特异性引物,并以纳米金颗粒作为热导介子,通过优化PCR反应条件,建立了能够区分PEDV经典株和变异株的双重纳米RT-PCR检测方法.利用该方法...     

鉴别猪流行性腹泻疫苗毒株与野毒株巢式PCR检测方法的建立及初步应用

根据Gen Bank中猪流行性腹泻病毒(PEDV)的基因序列分别设计两对引物,在完成最佳条件筛选、特异性、敏感性试验的基础上,建立一种快速区分PEDV疫苗毒株与野毒株的巢式PCR检测方法。建立的PCR快速检测方法能分别对PEDV疫苗毒株和野毒株扩增出特异性片段,片段大小分别为774 bp、150bp。该方法对传染性胃肠炎病毒(TGEV)、轮状病毒(Po RV)、猪瘟病毒(HCV)、伪狂犬病病毒(PRV)则不能扩增出特异性片段。该方法具有快速、灵敏、特异、通用等特点,可用于实验室的快速诊断、分子流行病学的调查和野毒株的分离鉴定。     

犬瘟热病毒野毒株与疫苗株鉴别检测RT-LAMP方法的建立

为建立一种鉴别犬瘟热病毒(CDV)野毒株与疫苗株的反转录-环介导等温扩增方法(RT-LAMP),本研究通过比对野毒株与疫苗株H基因设计特异性引物,对反应体系中的Mg2+、Betaine、Bst DNA Polymerase、dNTP和反应温度等条件分别进行优化,建立用于鉴别检测CDV野毒株与疫苗株的RT-LAMP。建立的RT-LAMP方法检测CDV野毒株时,在65℃水浴锅中反应40 min即可完成。该方法具有高度特异性,对犬细小病毒、犬腺病毒、狂犬病毒、犬冠状病毒无交叉反应,敏感度可达40 copies/μL,是常规RT-PCR方法的100倍。     

猪流行性腹泻病毒变异毒株一步法RT-PCR鉴别检测方法的建立及临床应用

为了建立一种快速鉴别检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)变异毒株的病原学方法和掌握洛阳市PEDV变异毒株的流行规律,试验根据GenBank中PEDV变异毒株的特异性序列设计引物,通过优化退火温度、模板添加量、引物添加量建立PEDV变异毒株一步法RT-PCR鉴别检测方法,并分析了该方法的特异性、敏感性和重复性;同时应用该方法检测采集自洛阳市的251份临床样品,并对不同地区、不同年份、不同养殖模式的检测结果进行比较分析。结果表明：优化后的退火温度为51℃,模板添加量为5μL,引物添加量为0.5μL;该方法对PEDV变异毒株能够扩增出550 bp特异性条带,而检测的PEDV经典毒株、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪轮状病毒(RV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪细小病毒(PPV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪圆环病毒2型(PCV-2)均为阴性;对PEDV变异毒株RNA的最低检测限达到0.74 ng,对3份PEDV变异毒株阳性病料和3份PEDV变异毒株阴性病料重复检测3次的结果完全一致;检测采集于洛阳市251份临床样品的平均阳性率为29.48%,其中不同地区阳性率...     

猪流行性腹泻病毒RT-PCR检测方法的建立

试验根据GenBank上发表的猪流行性腹泻病毒(PEDV)核衣壳(N)蛋白基因序列,设计合成了一对寡聚核苷酸引物,扩增大小为245 bp的目的片段,建立起PEDV N基因的RT-PCR检测方法。试验结果表明,该方法具有很强特异性和很高的敏感性,可作为猪流行性腹泻临床快速诊断的一种方法。     

猪瘟病毒和猪流行性腹泻病毒双重RT-PCR方法的建立

本研究根据GenBank中发表的猪瘟病毒(CSFV)和猪流行性腹泻病毒(PEDV)的基因组序列,设计筛选出两对用于双重RT-PCR反应的特异性引物,通过对特异性、灵敏性和稳定性等试验,建立了检测猪流行性腹泻病毒和猪瘟病毒的双重RT-PCR核酸检测技术。利用建立的CSFV-PEDV双重RT-PCR核酸检测技术,对某规模化猪场病料进行检测,结果表明,扩增出大小约311 bp和501 bp大小的特异性条带,为猪瘟与猪流行性腹泻病毒混合感染。建立的CSFVPEDV双重RT-PCR核酸检测技术具有良好的特异性、灵敏性和稳定性,该方法的建立为CSFV和PEDV的快速诊断、疫情监测及流行病学研究奠定了基础。     

猪流行性腹泻病毒RT-PCR方法的建立

为了进行猪流行性腹泻病毒的快速诊断,本研究根据GenBank中登录PEDV E基因设计一对引物,建立了RT-PCR方法,敏感性结果显示,可以检测到8.50×104个拷贝。特异性试验采用该方法对猪伪狂犬病病毒,猪圆环病毒2型,猪瘟病毒,猪繁殖与呼吸综合征病毒,猪轮状病毒等进行,结果表明只有PEDV能扩增出目的条带;利用本方法对现有PEDV阳性病料进行了检测,结果野毒株9份,占64.2%(9/14)。本方法的建立,为PEDV疫情诊断及防控提供了新的技术支撑。     

猪伪狂犬病病毒疫苗株与野毒株鉴别PCR检测方法的建立及初步应用

本试验根据疫苗株缺失gE基因、野毒株和疫苗株均有gB基因的特点,设计两对引物,建立了PCR方法,使用该方法分别对PRV、PCV2、PPV、CSFV、PRRSV进行PCR检测,结果只能从PRV Fa野毒株DNA提取物中扩增出354、237 bp的核苷酸片段,从PRV Bartha-K61疫苗株扩增出237 bp的片段,其他病毒均未扩出条带,达到了区分疫苗株与野毒株的目的。同时,应用该方法对吉林省各大猪场进行了临床病料检测,结果表明,在采集的205份病料中有32份检测为猪伪狂犬病病毒野毒感染,阳性率为15.6%。     

猪流行性腹泻病毒和猪传染性胃肠炎病毒一步法双重RT-PCR检测方法的建立与应用

本研究旨在建立一种用于临床腹泻病例中猪流行性腹泻病毒（PEDV）和猪传染性胃肠炎病毒（TGEV）快速检测的一步法双重RT-PCR方法。根据GenBank中收录的PEDV和TGEV的基因序列,分别设计两对特性引物,经最佳反应条件的优化和选择,结果显示,该一步法双重RT-PCR检测方法能同时特异性扩增PEDV和TGEV,该方法可检测到稀释度1×10^-5的疫苗毒。应用本方法检测2015年度实验室收集的疑似样品,PEDV阳性率为100%。本研究建立的方法快速、敏感性高、特异性强,可用于临床PEDV和TGEV的快速检测及流行病学调查。     

猪瘟病毒野毒株与疫苗株E2基因双重TaqMan real-time PCR鉴别检测方法的建立

为建立猪瘟病毒(CSFV)野毒株和疫苗株快速定量鉴别检测方法,根据CSFV野毒株和疫苗株E2基因序列差异,设计了2对特异性引物及1条Taq Man探针,以含CSFV HB株和C-株E2基因的重组质粒p BS-E2C和p BS-E2作为标准品,建立了能同时检测CSFV野毒株和疫苗株的双重Taq Man real-time PCR鉴别检测方法。结果表明,建立的CSFV双重Taq Man real-time PCR标准曲线Ct值与1×101~1×106copies/μL之间的E2基因拷贝数呈良好的线性关系,灵敏度达10 copies/μL,且特异性和重复性很好。综上,本试验建立的Taq Man real-time PCR检测方法可用于CSFV野毒株和疫苗株的鉴别诊断及病原定量分析。     

PEDV疫苗株与野毒株RT-PCR鉴别诊断方法的建立及临床应用

根据猪流行性腹泻病毒(PEDV)疫苗株和野毒株在ORF3基因上的差异,我们设计了一对引物用于建立PEDV疫苗株和野毒株的RT-PCR鉴别诊断方法,其中疫苗株PCR扩增产物长度为213 bp,野毒株为262 bp。特异性试验结果表明,该引物对猪传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒、猪瘟病毒、猪伪狂犬病病毒和猪繁殖与呼吸综合征病毒的扩增均为阴性。2014年3月至2015年4月期间利用该方法对河南省51家猪场的581份腹泻样本进行检测,结果发现,PEDV总阳性率为54.9%(391/581),其中野毒株阳性率84.9%(332/391),疫苗株阳性率为15.1%(59/391),说明当前腹泻样本中的PEDV检出率依然较高,且在这些PEDV阳性病料中以野毒感染为主。     

RT-PCR鉴别小反刍兽疫病毒疫苗株与强毒株方法的建立

根据GenBank中公布的小反刍兽疫病毒的H基因或全基因序列,利用软件Primer Premier5.0设计引物,扩增片段长度为477bp,建立区分小反刍兽疫疫苗毒与基因4系野毒的RT-PCR检测方法,并用于临床检测。结果表明,建立的RT-PCR鉴别诊断方法能特异性区分疫苗株Nigeria75/1与基因4系PPRV,与基因3系、牛瘟病毒、犬瘟热病毒等同属病毒无交叉反应;最低可以检测到浓度为7.7×10-5ng/μL的RNA模板;该方法操作简单,耗时短,可以初步用于临床鉴别诊断。     

猪Delta冠状病毒和猪流行性腹泻病毒双重RT-PCR诊断方法的建立

猪流行性腹泻病毒(PEDV)和猪Delta冠状病毒(PDCoV)已经成为养猪行业的主要疫病。建立能够同时检测且能区分这2种病毒感染的诊断方法,对于临床实践具有重要意义。根据GenBank中登录的PEDV和PDCoV基因序列,分别用PDCoV M基因和PEDV M基因设计了2对引物,并对PEDV的M基因片段和PDCoV的M基因片段进行扩增,通过对PCR反应条件的优化,建立了检测PDCoV和PEDV双重逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测方法。特异性和敏感度的试验表明,此方法对PDCoV和PEDV核酸的最低检测量分别为3.27×10~3拷贝/μL和3.63×10~4拷贝/μL,具有较高的敏感度;该方法可同时扩增出340 bp(PDCoV)和520 bp(PEDV),但不能扩增出猪传染性胃肠炎病毒、猪伪狂犬病病毒、猪博卡病毒和猪繁殖与呼吸综合征病毒。多重PCR与单一PCR符合率100%。表明此方法可以用于PDCoV和PEDV的检测。