山羊无浆体16S rRNA、MSP4和GroEL(HSP60)基因的克隆测序及分析

对疑似感染山羊的无浆体16SrRNA基因、主要表面蛋白4(MSP4)和编码HSP60的GroEL基因进行克隆测序及系统发育分析。发现所克隆的无浆体16SrRNA、MSP4和GroEL基因序列长度分别为1 464、870、977bp,GenBank登录号分别为JX898992、JX898990和JX898991。所获得的无浆体16SrRNA序列及GroEL序列与公布的羊无浆体南非OVI株(16SrRNA:AF414870;GroEL:AF441131)同源性最高,分别为98.8%和99.8%,而MSP4序列与重庆忠县羊无浆体ZX17株(HQ840746)同源性最高,达100%。系统发育分析显示,本试验获得的无浆体16SrRNA、MSP4和GroEL基因序列均被聚类到羊无浆体群。本试验首次同时克隆分析了山羊无浆体16S rRNA、MSP4和GroEL基因序列,从分子水平证实羊无浆体在重庆存在,建议在进行无浆体种类鉴定时,最好同时选择2个或2个以上物种鉴定基因进行克隆分析,以确保研究结果更可靠。     

产丁二酮的嗜热链球菌的筛选和鉴定

从酸马奶中分离出五株链球菌，其中KM18的丁二酮的产量为20mg／mL。利用PCR扩增该菌的16SrRNA基因，将测序结果同该属内菌株的16SrRNA基因序列作多序列比较，并建立链球菌属的系统发育树。结果表明，KM18的16SrRNA基因序列同S．thermophilus的同源性百分比为98．2％。综合系统发育树的结果，将KM18鉴定为S．thermophilus。菌株KM18的16SrRNA基因序列已经在GENBANK申请国际序列注册号，为D0176426。     

禽霍乱病原菌的鉴定与主要特性分析

从河北某养鸡场80日龄左右鸡群所发生的禽霍乱病死鸡中，分离到了相应病原菌多杀巴斯德氏菌（pasteurella multocida）。对分离获得的16株菌（HPs-1至HPs-16）进行了形态特征、培养特性、理化特性等方面的鉴定，同时选取代表菌株（HPs-1）进行了16SrRNA基因的分子鉴定，测定了16SrRNA序列，构建了系统发育树。结果表明分离鉴定的16株细菌均为多杀巴斯德氏菌败血亚种（P．multocida subsp．septica），所测代表菌株的16SrRNA基因长度142bp，在GenBank登录号为AY999017，该菌株与检索出的22株巴斯德氏菌属（Pasteurella Trevisan，1887）细菌16SrRNA基因序列同源性均在98％～100％。另外，药敏试验结果显示分离株对供试的青霉素G等33种抗菌药物高敏、对克林霉素敏感、对苯唑青霉素等3种耐药。     

中华蜜蜂外部形态描述(之四)

腹部及其附器:工蜂、蜂王、雄蜂腹部形状不同。雄蜂腹部宽大,末端呈圆形,可见节为七节,不具蜡腺。工蜂(图二十六)。蜂王腹部可见为六节,但蜂王腹部呈椭圆形,末端稍尖。工蜂整个腹部呈卵形,前端宽大,后端逐渐削尖成圆锥状,第二腹节前端形成一柄状,前缘与并胸腹节背板的一对关节突起相连接,在两关节之间的背面有半球形的膜质突起。第二腹节后端突然宽大形成一峭壁状的背板。(图二十五～1)前端两侧宽曲,适与第一背板后端与节间膜吻接,背板的两侧有一对圆形的气门,第四背板(图二十五～2)前端两边有一突起。一般以工蜂第三背板加第四背板的长度与第四节距的长度可衡量蜜囊的大小。工蜂第三背板长2.008mm,第四背板长为1.806mm,3 4背板长为3.814mm。蜂     

家蚕线粒体基因组1.8kb片段的克隆及序列分析

克隆并测定了家蚕 (Bombyxmori)线粒体基因组 1781bp的EcoRⅠ和HindⅢ双酶切片段序列 ,根据序列同源性比较 ,推测该DNA片段包括 :ND1基因、16SrRNA基因 3′端、tRNALeu(UAG)基因和一个尚待确定的tRNA基因。家蚕与果蝇ND1基因序列同源性约为 81 85 % ,16SrRNA基因 3′端序列同源性约为 74 5 %。在家蚕、果蝇、蜜蜂、蝗虫、卤虫和人 6个物种中 ,线粒体ND1编码的疏水性氨基酸比例较稳定 ,显示了ND1基因的保守性。对上述 6个物种ND1基因序列和 16SrRNA基因 3′端序列进行系统进化分析 ,构建了系统进化树。     

南江黄羊LHβ基因序列测定及分析

参照GenBank中发表的奶牛、绵羊和猪LHβ基因序列设计引物，以35只南江黄羊为研究对象，利用PCR技术扩增并测定了山羊LHβ基因部分序列（GenBank登录号：AY853264），并利用GenBank中不同物种LHβ基因的部分编码区序列进行了系统发育分析。结果表明：在测定出的929bp序列中，包含LHβ基因5’侧翼区（136bp）、2个内含子全序列（分别为297bp和235bp）、第1和第2外显子全序列（分别为26bp和168bp）以及第3外显子部分序列（67bp）。除第1外显子前11bp为5’非翻译区外，其余外显子序列共编码83个氨基酸，前20个氨基酸为信号肽序列。山羊LHβ基因序列富含GC。在测定的35个个体中共检测到8个单碱基突变位点，位于外显子中的2个突变位点均为同义突变，其余6个突变位点位于5’侧翼区和内含子。系统发育分析结果与物种实际的演化顺序不完全相符，可能是由物种间LHβ基因GC含量的较大差异引起。本研究首次报道了山羊LHβ基因序列，为进一步探明山羊繁殖性能的遗传机理奠定了基础。     

奶牛温氏支原体16SrRNA基因的PCR扩增、克隆及分析

目的对奶牛温氏支原体16SrRNA基因进行PCR扩增及克隆分析。方法从自然感染体的广西奶牛无菌采集血液,分离温氏支原体并提取病原基因组,用血营养菌的16SrRNA基因的通用引物进行PCR扩增,将扩增产物克隆到PGEM-Teasy载体后进行溺,I序和分析,并与Genebank上搜索的温氏支原体相应序列进行比较,建立系统发育树。结果PCR扩增得到长约1．5kb的扩增片段,测序结果显示该片段全长为1453bp,同源性分析表明该序列与Neimark公布的温氏支原体（前称温氏附红细胞体）（AF016546）的16SrRNA基因序列同源性达到97．4％,与系统发育进化树表明本株温氏支原体同本地株的关系较近,而与国外株的新缘关系较远。国内公布的广西株同源性为99．8％。结论结果表明证实该病原为温氏支原体,从分子生物学水平证实了温氏支原体在广西的存在。由于本试验分离得到的牛温氏支原体与国外发表的牛温氏支原体核苷酸序列相差2．6％,因此两者的基因型存在一定的差异,这对该病的分子流行病学分析具有一定的意义。     

牛无浆体16S rRNA基因的克隆测序及分析

从自然感染无浆体的重庆黄牛无菌采集血液,提取全血基因组,用血营养菌16S rRNA基因的通用引物进行PCR扩增,得到长约1500 bp的扩增片段,将其克隆到pMD18-T载体后进行测序,并与5条边缘无浆体、4条中央无浆体、4条牛无浆体、4条羊无浆体和3条嗜吞噬细胞无浆体16S rRNA基因序列进行系统发育分析.结果表明所克隆的基因片段长度为1412 bp,GenBank登录号为FJ169957.序列比较结果显示,所获得的序列与Kawa-hara公布的牛无浆体日本株(AB211163)同源性最高,达到99.0%,系统发育分析发现,该序列被聚类到牛无浆体群,并与嗜吞噬细胞无浆体群聚类到一个大的分支.本文从分子水平证实重庆地区存在牛无浆体,牛无浆体与嗜吞噬细胞无浆体的亲缘关系比其他3种无浆体更近.     

20个山羊品种FSHβ基因部分序列测定及与其它8个物种的序列比较分析

利用牛、绵羊等动物FSHβ亚基基因序列设计引物，采用PCR法扩增并测定出20个山羊品种（16个本地品种和4个引进品种）FSHβ亚基基因部分序列（GenBank登录号：AY838283和AY853276）。在测定出的FSHβ亚基基因731bp序列中，包括第1外显子全序列（1～61bp），第1内含子全序列（62～702bp）以及第2外显子部分序列（703-731bp），序列的A＋T含量（66．07％）高于G＋C（33．93％），编码7个氨基酸。在所有测定的序列中共检出3个突变位点，分别是78（-／A）、132（G／A）和343（G／A），这些突变都位于内含子1序列中，它们与产羔率之间的联系需进一步研究。利用山羊以及GenBank中其他8个物种的FSHβ基因内含子1序列进行系统发育分析，部分结果与传统生物分类不一致，可能是由于大部分物种的序列长度不足700bp以及物种之间的关系超过了属阶元的限制。     

H7N2禽流感病毒CK/HB/1/02株NA全基因序列分析

采用RT-PCR扩增了国内H7N2禽流感病毒(AIV)CK/HB/1/02分离株的完整神经氨酸酶(NA)基因节段,测定了其核苷酸序列,并与GenBank中AIV NA基因序列进行了同源性比较和氨基酸编码分析,绘制了NA基因的系统发育进化树。结果表明,AIVCK/HB/1/02分离株NA基因的完整序列长度为1467bp,包括5′-末端和3′-末端的非编码区,其最大阅读框(ORF)编码469个氨基酸,第61~65位氨基酸序列为-NITGI-,不同于国内H9N2AIV的特殊遗传标记。该病毒NA基因的核苷酸序列与GenBank中人类流感病毒A/Leningrad/134/57(H2N2)的NA基因同源性最高,为93.3%;其次为香港的鸭源、人源、猪源H3N2病毒(89%~93%);而与我国北京、广东、香港和韩国的H9N2AIV以及美国的H7N2AIV的同源性较低(85%~88%)。在N2基因系统发育进化树中,CK/HB/1/02分离株处于欧亚分支内,与H2N2人流感病毒的亲缘关系较近;与北美H7N2AIV处在不同分支,遗传距离较远。     

一株兔源溶血性葡萄球菌的分离鉴定及进化树分析

笔者对从患肺炎死亡兔肺脏分离得到的一株疑似病原菌进行鉴定及耐药性分析。对可疑菌进行了分离培养、染色镜检、生化鉴定、16SrDNA基因序列分析、构建系统发育树以及药敏试验等。结果显示,该分离菌为溶血性葡萄球菌、分离株16SrRNA序列长度为1450 bp,基因序列与Gene Bank登录号为MH542264.1溶血性葡萄球菌的同源性高达99%,药敏试验结果表明,分离株对呋喃唑酮、头孢哌酮、头孢拉定、万古霉素类抗生素高度敏感;对头孢呋辛、头孢曲松、多粘菌素B中度敏感;对诺氟沙星、克林霉素、复方新诺明、卡那霉素、氨苄西林、头孢他啶、丁胺卡那、氧氟沙星、庆大霉素耐药。希望此次研究能为溶血性葡萄球菌病的诊断及治疗提供参考。     

狍18S rRNA基因的克隆测序

为了研究狍与鹿种其它动物之间的系统关系和进化历史 ,用所查文献引物 ,对鹿科动物狍的 18SrRNA基因序列进行基因克隆、测序 ,序列测定测得的序列长度为 115 4bp ,并与其它鹿科动物的相应序列进行比较。同时将该序列发送到Genebank上 ,其登录号是AY6 2 6 16 1。     

DNA条形码技术在野生哺乳动物物种鉴定中的可行性

为新疆野生哺乳动物物种鉴定找出最好的方法并建立新疆哺乳动物DNA条形码数据库提供资料,本研究选取新疆野生哺乳动物的肌肉、血液、粪便作为研究材料,运用DNA条形码技术检测野生哺乳动物线粒体DNA COI基因序列。共检测片段长度为642～729 bp的52条COI基因序列,52条COI基因序列通过BLAST网站同源性比较,序列同源性达到98%～100%,相似度达到90%～99%。全部COI基因序列中A、T、C和G的平均含量为26. 3%、30. 3%、26. 0%和17. 4%,A+T的含量(56. 6%)高于C+G含量(43. 4%),有明显的碱基偏倚性。种内遗传距离为0%～2%,种间遗传距离为15%～42%,二者分离度高。邻接法和最小进化法构建的系统发育树,两种方法所得的系统进化树拓扑结构高度一致,分支明显,都分配在单个支上。说明DNA条形码技术可用于新疆野生哺乳动物物种鉴定并弥补其他物种鉴定方法的不足和缺点,在新疆濒危野生动物的管理与保护中有重要意义。     

鲟源荧光假单胞菌的分离鉴定及药敏特性分析

从患病鲟体内分离到1株细菌,通过形态学观察、生理生化特性鉴定、16SrRNA基因序列分析及系统进化树构建等方法对分离菌种属进行确定,采用纸片扩散法对分离菌进行药物敏感性分析。结果显示:分离菌为革兰阴性杆菌;可分解葡萄糖和木糖,氧化酶和鸟氨酸脱羧酶试验阳性;16SrRNA基因测序分析与荧光假单胞菌(Pseudomonas fluorescens)同源性大于99%,在系统发育树上与荧光假单胞菌聚为一枝;药敏结果显示,分离菌对氧氟沙星、多西环素、复方新诺明等敏感,对氟苯尼考、卡那霉素、阿莫西林等耐药;人工感染试验结果显示,该菌对小鼠有致病力。本研究为贵州地区鲟细菌性疾病预防及合理用药提供依据。     

工蜂的奈氏信息素

工蜂的奈氏腺位于第七节腹节背板的背面，由大量分泌信息素的腺细胞组成。奈氏腺通常被第六腹节背板的重叠部分隐藏，蜜蜂通过弯曲腹部末端使之暴露，在暴露过程中工蜂通常提升腹部，扇动翅膀以加速奈氏信息素的扩散。蜂王和雄蜂无奈氏腺。     

西方角蝇和截脉角蝇18S rDNA的克隆及其分子系统学研究

为了弄清双翅目昆虫西方角蝇(Haematobia.irritans)和截脉角蝇(Haematobia.titillans)18S rDNA基因序列及其分子进化。本研究测定了两种角蝇的18S rDNA基因序列,将其在NCBI中Blast,并将序列与GenBank中已知9种双翅目昆虫的18S rDNA基因序列进行比较分析,找出它们的同源区和多变区,利用全序列和最保守同源区分别构建系统发育树。结果表明,西方角蝇和截脉角蝇18S rDNA基因序列长度均为1 984 bp,二者同源性为96.4%,存在73个识别位点。两种角蝇与GenBank中已登陆西方角蝇的同源性分别为99.1%和95.7%。11种双翅目昆虫18S rDNA基因序列中均有三段保守程度较高的同源区,分别相当于西方角蝇18S rDNA基因序列中320 bp~693 bp,848 bp~1 181 bp和1 606 bp~1 849 bp,其中第一段同源区最为保守。本文在国内外首次报道截脉角蝇18S rDNA基因序列,并证明了西方角蝇18S rDNA基因序列高度保守。利用18S rDNA基因序列中最保守同源区构建的系统发育树,对11种双翅目昆虫分类更符合传统形态学分类结果。     

黑山羊源野牛平腹盘吸虫ITS2基因序列测定及分析

对首次分离自黑山羊的野牛平腹盘吸虫(Homalogaster paloniae)进行初步的形态学观察,扩增其核糖体内第二间隔转录区基因序列(the second internal transcribed spacer,ITS2)并测序,获得的序列经DNAStar软件处理和人工校对后,得到其精确的ITS2基因序列,长度为295 bp,上传至Gen Bank后获得的登录号为KJ561151。测序结果经对比分析后显示与分离自印度的野牛平腹盘吸虫(GU133056)ITS2基因片段序列一致性为100%。与分离自日本的野牛平腹盘吸虫(AB042190)ITS2基因序列一致性为99%,仅在第69个位点出现差异。     

牛源环孢子虫的发现与分子鉴定

根据GenBank上已发表的环孢子虫序列设计并合成2对引物，利用巢式PCR技术对首次在牛体内发现的形态学特征与人环孢子虫极为相似的牛源环孢子虫的18SrRNA基因进行了扩增，并以KpnⅠ酶对PCR产物进行RFLP分析；扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-T Easy载体，对阳性克隆进行序列测定并对测序结果进行了同源性及系统发育分析。结果显示，扩增的18SrRNA基因片段大小为501bp，不含KpnⅠ酶切位点，与对照的艾美尔球虫的酶切图谱明显不同。序列同源性及系统发育分析显示该牛源环孢子虫与环孢子虫同源性最高，系统树中位于同一分支，可以确定其为一种环孢子虫。     

羊源腐生葡萄球菌的鉴定及生物学特性分析

为鉴定羊源腐生葡萄球菌QJ-01菌株并探讨其生物学特性,进行常规生理生化试验、16 S rD-N A基因序列分析、小鼠致病性试验、耐药基因检测以及药敏试验.结果显示,分离菌株QJ-01与腐生葡萄球菌生化特性基本一致,16 S rDNA基因扩增获得长度为1465 bp的片段,与GenBank中腐生葡萄球菌的同源性高达99...     

棘腹蛙TNFα基因的克隆与序列分析

为了解棘腹蛙TNFα基因的相关信息,对棘腹蛙的TNFα基因进行了克隆和序列分析。克隆了全长为936 bp、ORF长度为675 bp的TNFα-Pb基因;对该基因的蛋白质结构分析显示,TNFα-Pb的信号肽由44个氨基酸组成,随后由2个α螺旋,和10个β折叠形成小分子蛋白;系统进化分析发现,TNFα-Pb与两栖类聚为一枝,与高等哺乳动物存在功能分化的可能。本研究为了解棘腹蛙的生物反应调节机制奠定了一定基础。