广西猪圆环病毒2型的遗传进化分析

【目的】了解广西各地当前流行的猪圆环病毒2型（PCV2）基因型差异、出现的时间、致病性及其今后流行趋势。【方法】根据GenBank中已发表的PCV2核苷酸全序列设计1对引物,从广西不同市（县）采集的猪组织样本（脾脏、肺脏、淋巴结、流产胎儿）中成功克隆获得34株PCV2 ORF2基因序列,并对其进行遗传进化分析。【结果】获得的34株PCV2中有9株ORF2基因全长为705bp,1株为696bp,其余的为702bp;经遗传进化分析,发现PCV2可以分为PCV2a、PCV2b、PCV2c、PCV2d、PCV2e5个基因型,在34株PCV2ORF2基因中,有7株属于PCV2d型,1株属于PCV2e型,25株属于PCV2b型,未发现PCV2a和PCV2c型,而新发现的GXHP-2不归属于任何一个基因型。【结论】广西目前流行的PCV2有PCV2b、PCV2d、PCV2e3个基因型,其中以PCV2b为主。     

猪Ⅱ型圆环病毒江苏株全基因进化及ORF3蛋白的生物信息学分析

对NCBI已经登记的国内分离的PCV2江苏株(GQ358994.1)进行序列比对及进化分析,并对其ORF3编码蛋白的氨基酸序列进行生物信息学方法分析,对其组分、理化性质、跨膜结构域、二级结构、糖基化位点、磷酸化位点和B细胞抗原表位进行预测和推断。结果表明,PCV2江苏株与国内分离株序列同源性极高(>99%),ORF3蛋白无跨膜区域,二级结构中自由卷曲含量最高,为54.81%,不含有糖基化位点,但有8个磷酸化位点。综合分析得出,ORF3蛋白具有大量的抗原决定簇。通过对ORF3蛋白进行生物信息学方法分析,为PRRSV疫苗设计提供理论基础。     

浙江地区猪圆环病毒2型检测及遗传变异分析

为了掌握浙江地区猪圆环病毒2型(porcine circovirus type 2,PCV2)流行病学特点和遗传变异情况,应用PCR检测方法,对2018年浙江地区猪场采集的临床疑似病料进行PCV2检测,并对部分阳性病料进行全基因扩增、克隆、序列测定和ORF2遗传进化树分析。结果显示:329份临床疑似样品中,PCV2阳性率27.4%(90/329),其中宁波地区阳性率最高,为52%;保育猪和肥育猪阳性率最高,分别为38.8%(64/165)和68.8%(11/16)。选取7份病料进行全基因组扩增,每个毒株随机挑选3个或4个阳性克隆进行序列测定,共得到22个毒株进行遗传变异分析。22株病株同源性为93.3%～99.8%,与16个参考毒株同源性为93.5%～99.8%。根据遗传进化树分析,22个毒株分别处于3个分支,其中6株PCV2a,6株PCV2b,10株PCV2d,说明目前浙江地区PCV2d是优势毒株。ORF2遗传进化树分析显示,ORF2核苷酸同源性较全基因组核苷酸同源性低, 3个分支分别处于PCV2b、PCV2d和PCV2e,预示浙江地区流行毒株可能在向PCV2e转变。本研究掌握了PC...     

2010-2012年陕西地区猪圆环病毒2型分子流行病学调查

【目的】调查陕西地区猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)的分子流行病学变化趋势,为进一步预防和治疗猪圆环病毒病提供参考。【方法】于2010-2012年采集陕西西安、咸阳、宝鸡、榆林和延安等地区发病猪群中的141份样品。首先,采用PCR检测样品中PCV2感染情况;然后,通过基因型特异的PCR,检测PCV2阳性样品中PCV2a和PCV2b亚型的感染情况;最后,扩增、克隆和测序PCV2 ORF2基因编码序列,并通过生物信息学软件统计分析所获得基因序列的进化情况。【结果】141份样品中,117份检测为PCV2阳性,阳性率达82.9%,其中的33份病死猪样品中有32份检测为PCV2阳性。基因型特异的PCR检测结果显示,117份PCV2阳性样品中单感染PCV2b的为59份,单感染PCV2a的为11份,另外47份样品为PCV2a和PCV2b混合感染。对32份病死猪PCV2阳性样品的PCV2 ORF2基因序列进行比对分析,结果表明,12份为PCV2b-1A/1B亚型,16份为PCV2b-1C亚型,4份为PCV2a亚型。对各亚型ORF2氨基酸序列的分析结果表明,氨基酸的变异位点主要存在于8-47,59-101,134-169,180-210这4个区域。【结论】陕西地区猪群PCV2感染严重,并且PCV2b-1A/1B和PCV2b-1C亚型是主要流行毒株,氨基酸变异位点主要存在于Cap蛋白潜在表位区。     

猪圆环病毒3型河北株全基因组序列特征和遗传进化分析

【目的】扩增猪圆环病毒3型(PCV3)全基因组序列,对其进行序列特征及遗传进化分析.【方法】以PCV3阳性样品为模板,利用两对引物扩增全基因组片段并测序,通过DNA Star和MEGA-X软件进行遗传进化分析.【结果】发现1株新PCV3毒株(GenBank登录号:MK105924),PCV3 Cap蛋白为3b亚型,与河北省9株PCV3 Cap蛋白的同源性在97.8%～99.8%;所获得的PCV3与PCV1和PCV2全基因组序列的同源性均小于50%,遗传进化树分析3种PCV处于不同的分支,表明其属于不同的基因型;与国内外其他43株PCV3全基因组序列的同源性在98.7%～99.3%,其中与俄罗斯PCV3毒株(GenBank登录号:MG679916)的同源性最高,为99.3%,表明不同PCV3毒株之间的全基因组序列的同源性很高,尚未发现明显的变异;与GenBank上已发表的全部国内外174株PCV3的全基因组序列进行遗传进化树分析,发现全球PCV3及其亚型的分布有地域的差异.【结论】获得1株新PCV3毒株,其与PCV1、PCV2属于不同的基因型;不同PCV3毒株之间存在着较高的同源性;全球...     

河南省及周边地区猪圆环病毒2型分子流行病学调查

为了解河南及周边地区猪圆环病毒2型(PCV2)的分子流行病学情况,运用PCR方法对2014—2015年采集到的河南及周边地区山东、山西、河北、甘肃5省共158份病料进行PCV2检测,将PCR扩增得到的PCV2 ORF2基因片段进行测序,分析研究PCV2遗传变异情况。结果显示,158份样品中,有69份样品为PCV2阳性,得到19株病毒的ORF2基因序列;将检测到的PCV2 ORF2序列与国内外分离株进行比对发现,核苷酸序列的同源性为89.9%~99.9%,其氨基酸序列同源性为88.0%~99.6%。综上可知,河南及周边地区PCV2流行广泛,病毒变异频繁。     

猪圆环病毒2型的流行特点和综合防治措施

<正>20世纪90年代,许多国家在一些猪体内检测到了一种新型猪圆环病毒(PCV)。PCV发病率可达50%,死亡率可能因猪场条件、继发感染情况而不同,一般在5%⁷0%[1]。该病对养猪业的危害较为严重,现就猪同环病毒的有关情况介绍如下,供广大养殖户参考,以增强其对该病的防治意识。1病原猪圆环病毒病的病原为PCV,隶属网环病毒科圆环病毒属,是目前已知动物病的毒中最小。PCV分为2种血清型,即猪圆环病毒1型(PCV1)和猪圆环病毒2型(PCV2),其中PCV1无临床致病性,广泛存在于正常猪体内;PCV2对各品种、各年     

猪圆环病毒2型ORF2基因的原核表达

【目的】构建猪圆环病毒2型(PCV2)ORF2原核表达质粒载体,高效重组表达PCV2壳蛋白Cap,为进一步建立PCV2 ELISA的检测方法及Cap蛋白单克隆抗体的制备研究奠定基础。【方法】根据猪圆环病毒2型ORF2基因序列设计带有BamHⅠ、HindⅢ酶切位点的引物,进行ORF2的PCR体外扩增。用扩增的ORF2基因构建pMD18-T-ORF2质粒,经测序检测正确后,与pET-32a(+)连接获得原核表达重组质粒pET-32a-ORF2。重组质粒pET-32a-ORF2转化BL21-ΔE3后用IPTG诱导表达,对获得的纯化表达产物进行了SDS-PAGE电泳、Western blot检测。【结果】PCR扩增得到了预期580 bp的目的基因,连接载体后经测序完全正确;pET-32a-ORF2在BL21-ΔE3得到高效表达,获得以包涵体形式存在的体外重组原核表达PCV2 Cap蛋白;Western blot检测结果表明,所得到的蛋白能够识别PCV2多克隆抗体。【结论】重组质粒pET-32a-ORF2在BL21-ΔE3高效表达重组PCV2 Cap蛋白,且具有免疫学生物活性。     

鹅源星状病毒ORF2基因原核表达及遗传进化分析

应用RT-PCR方法扩增鹅源星状病毒(goose astrovirus,GoAstV)HLJ01株的ORF2基因,将扩增产物克隆至pET32a原核表达载体,并在大肠埃希菌BL21进行表达。通过SDS-PAGE分析表明,重组菌诱导后得到大小约为106 ku的ORF2蛋白,与理论值相符。将诱导表达的蛋白经镍亲和层析柱纯化后免疫小鼠制备多克隆抗体,并测定其抗体效价。Western-blotting结果显示,ORF2蛋白可被鼠抗GoAstV阳性血清识别。序列分析表明,该毒株与其他鹅源星状病毒参考毒株的核苷酸相似性介于37.8%～99.3%之间,HLJ-1801分离株与已发表的8株鹅源星状病毒毒株位于同一分支,表明其属于一种新型星状病毒成员。利用原核表达系统成功高效地表达了GoAstV ORF2蛋白,融合蛋白以包涵体形式存在。本试验成功获得了纯化的ORF2重组蛋白和小鼠抗GoAstV多克隆抗体,为进一步研究ORF2蛋白对星状病毒感染的诊断试剂的研发奠定了基础。     

一株高病毒载量 PCV2 毒株的基因组特征及序列分析

【目的】了解广东省某猪群中猪圆环病毒 2 型（Porcine circovirus type 2,PCV2）流行毒株的遗传进化情况,丰富 PCV2 分子流行病学数据,为当地 PCV2 疫苗候选株的选用和研发提供参考。【方法】使用 qPCR 方法对疑似 PCV2 的样品进行检测,发现 1 株具有高病毒载量的 PCV2 毒株,命名为 GD222858。通过 PCR 方法进行全基因组分子克隆及遗传进化分析。使用 MegAlign 软件将该毒株 ORF1、ORF2 基因编码的氨基酸序列与 PCV2 同亚型参考毒株进行比对,分析氨基酸序列的相似性;采用 DNAStar 预测该毒株的 Cap 蛋白二级结构及 B 细胞表位,并与 4 株疫苗株 DBN-SX07-2（HM641752）、LG（HM038034）、SH（HM038027）、ZJ（AY686764）的 Cap 蛋白抗原指数进行比对分析。【结果】GD222858 毒株基因组长度为 1 767 bp。遗传进化分析表明该毒株属于 PCV2d 亚型。与国内外 82 株参考毒株的核苷酸相似性为 91.4%~99.6%,与越南毒株 Han8（GenBank 登录号：JQ181600）的亲缘关系最近。在 ORF1 编码的 Rep 蛋白处发现多个特异性突变位点 F70Y、F77L、W202R、N256S;ORF2 编码的Cap 蛋白相对保守。Protean 预测 Cap 蛋白的氨基酸第 5~18、24~25、39~41、48~49、57~65、99、101、112~114、139~140、145~150、162~165、175~181、188~189、205~211、227~232 位 置 处 均 可 能 存 在 潜 在 的 B 细 胞 表 位。GD222858 毒株的 Cap 蛋白抗原指数与 4 株疫苗株均有差异,在氨基酸 45~57、124~132、223~233 位置处抗原指数明显高于 4 株疫苗株,且与疫苗株 HM038034 差异最大。【结论】GD222858 毒株感染猪群的原因可能是 Rep 蛋白多个位点发生特异性突变及疫苗株选用不当所致。     

猪圆环病毒2型ORF2基因片段的克隆与原核表达

为在原核表达系统中表达猪圆环病毒2型(PCV2)ORF2基因片段,提取感染PCV2的细胞基因组DNA,PCR扩增ORF2基因片段并克隆至pMD-18T载体上,经PCR、酶切及测序鉴定后,将该基因重组至pET-28a原核表达载体,构建了表达载体pET-28a-ORF2。该重组质粒在大肠杆菌BL21中经1mmol/LIPTG于37℃诱导5h得到最佳表达。表达重组蛋白的分子量为26.0kD,以包涵体形式存在。Western-Blot分析表明,该重组蛋白与PCV2阳性血清发生特异性反应,表明该重组蛋白具有良好的反应原性。     

猪圆环病毒1型ORF2基因的克隆与序列分析

参照Genbank上公开发表的PCV1全基因序列设计引物,以质粒pSK-PCV为模板扩增出PCV1-ORF2基因,插入pMD18-T载体,对筛选出的阳性质粒进行测序,将测序结果同Genbank上发表的PCV1基因序列相比较,同源性达97％,再与Genbank上发表的PCV2的ORF2基因序列相比较发现PCV1-ORF2和PCV2-ORF2的差异表现在两者在核苷酸序列的2个部位互相存在基因缺失现象。将推导出的PCV1-ORF2的氨基酸序列同PCV2-ORF2进行比较,发现二者在几个功能区相当保守,尤其是N-末端的核定位序列、N-糖基化位点以及酪氨酸磷酸化位点。     

猪圆环病毒2型衣壳蛋白的表达

[目的]检测猪圆环病毒2型（PCV2）核衣壳蛋白（Cap）的表达,为进一步研制PCV2单克隆抗体检测抗原提供参考依据。[方法]根据已经发表的PCV2的衣壳蛋白基因（Cap）设计1对引物,利用PCR方法从已知PCV2病毒中扩增到1条DNA片段。将PCR产物按预定的阅读框架插入表达载体质粒pET28a（＋）中,获得重组质粒pCAP-PCV2,并转化到大肠杆菌BL21（DE3）中。[结果]序列测定表明,所克隆的序列大小为579 bp,与DQ104422的Cap基因序列一致;通过对菌体裂解物的SDS-PAGE分析证明,携带重组质粒pET-PCV2-Cap的大肠杆菌可以表达可溶性的衣壳蛋白。[结论]PCV2衣壳蛋白能通过表达载体质粒pET28a（＋）进行可溶性表达。     

猪2型圆环病毒ORF2基因片段的克隆与序列分析

利用ArrayDesigner2.0软件设计PCV2引物直接从PDNS病料肺组织中PCR扩增获得PCVCQB7基因片段,用pMD18-T载体连接、克隆获得PCVCQB7重组质粒。序列测定和与标准毒株对位比对分析PCVCQB7核苷酸序列全长624bp,系PCV2ORF2基因片段,与PCV2分离株的核苷酸序列相似性在80%以上,与PCV1在66%以下,采用最大似然法构建的系统发生树分析发现PCVCQB7位于PCV2主枝上,并与国内和欧洲分离株Imp.1147、304、375、QD、GD-TS、SH、24657_NL毒株亲缘关系较近形成一小分枝,表明PCVCQB7为引起PDNS的PCV2扩增产物。     

猪伪狂犬病毒病与圆环病毒病2型混合感染的诊断

为诊断贵州省都匀市贵定县某猪场送检病料的感染类型,调查了其流行病学、临床症状和病理剖检特征,并采用复合PCR检测技术对其进行检测。结果表明,该猪场存在猪伪狂犬病毒病与猪圆环病毒病的混合感染。     

2007年中国部分地区猪圆环病毒2型分子流行病学分析

 【目的】对采集自上海、江西、山东、江苏、河南和湖南等省的257份进行了PCV2的检测,确定中国PCV2感染情况及分子特征。【目的】设计一对针对PCV2 ORF2的引物,利用PCR对其进行PCV2基因组的检测,对PCV2阳性的样品,进行了ORF2的克隆、序列测定和分析。【结果】结果显示PCV2阳性率为24.51%（63/257）,并能从健康猪群中检测的阳性;各PCV2分离株间ORF2核苷酸序列同源性为84.4%～100%,氨基酸同源性为82.5%～100%,与所属群的不同而不同。【结论】中国有2个群的PCV2毒株在流行,以PCV2b群为主（70.97%,22/31）,但也有PCV2a群毒株（29.03%,9/31）的流行,同时PCV2流行的基因型没有明显的地域间差异。部分毒株符合高致病性PCV2的特征,暗示中国已存在高致病性PCV2的流行。     

江苏地区6株猪圆环病毒2全基因的克隆与分析

根据已发表的猪圆环病毒2基因序列设计1对PCR引物,用PCR方法从6株PCV2江苏分离株(YZ60615,YZ60721,YZ70717,TZ60607,TZ60804、YC60711)中扩增出相应的全基因组DNA片段。按常规方法克隆,获得6个含有相应片段的重组质粒。序列测定结果表明,6株病毒的基因组大小均为1 767 nt,与GenBank中已发表序列同源性为94.6%~100.0%。遗传进化分析表明,这6株江苏地区的病毒与浙江株(AY678532,AY691169,AY510375)、福建株(DQ180393)、江苏株(DQ104422)亲缘关系较近,与多数中国分离株亲缘关系较近并形成较大的一簇,而与美国株(AF264041)、加拿大株(AF086836)遗传关系较远。