中国家驴品种遗传多样性及母系起源研究

为了给中国家驴遗传资源的评价、保护和利用提供一些分子生物学基础,本研究通过自行设计引物,采用PCR-SSCP技术对中国家驴线粒体DNA( Mitochondrial DNA,mtDNA)细胞色素b(Cytochrome b,Cytb)基因308bp片段序列的变异进行检测来探讨其遗传多样性和母系起源.发现了3种基因型,结合GenBank已公布的数据进行分析发现在中国家驴品种中共存在15个突变位点,17个单倍型,通过计算各群体的遗传多样性指数发现中国家驴的遗传多样性比较丰富.另外,还通过与两种非洲野驴的Cytb序列进行比对和网络聚类分析方法对所有家驴的样品进行了母系起源的研究,证明家驴起源于非洲的索马里驴和努比亚驴.     

利川马mtDNA Cytb基因遗传多态性分析

利用PCR和生物信息技术,对22匹利川马线粒体DNA Cytb基因全序列的遗传多态性及系统进化进行了分析.结果发现,利川马的Crtb基因全序列为1140 bp,并且检测到9种单倍型和26个核苷酸多态位点,约占所测核苷酸总长的0.53%.利川马mtDNA Cytb基因单倍型多样度为0.840 0,核苷酸多样度为0.0486.表明利川马mtDNA Cytb基因遗传多态性较丰富.根据mtDNA Cytb基因序列构建的NJ树,发现利川马是多起源的物种.     

晋南牛父系和母系起源研究

为了研究晋南牛的父系起源和母系起源,随机抽取30头晋南公牛,分别对Y染色体INRA124微卫星位点和线粒体DNAcytb基因进行分析。Y染色体INRA124微卫星分析表明:30个个体中,具有132bp的等位基因约占总样本76.7%,表明晋南牛具有76.7%的普通牛父系血统;具有130bp的等位基因,约占总样本23.3%,表明晋南牛具有32.2%的瘤牛父系血统。cytb基因的HinfI酶切分析表明,在这31个个体中,没有发现牦牛和班腾牛的母系起源。     

蒙古马mtDNA D-loop区遗传多样性与多重母系起源

【目的】对蒙古马mtDNA D-loop区247bp序列进行遗传多样性分析,探讨蒙古马的起源。【方法】采用PCR方法、测序技术及生物信息学方法,将本试验所测得的21匹蒙古马的mtDNA D-loop区序列,与GenBank中公布的43条蒙古马的对应序列,及世界范围内家马、普氏野马和内蒙古地区古马的mtDNA D-loop区序列一起进行系统发育分析。【结果】蒙古马具有39种单倍型,37个多态位点,核苷酸多样度(π)为0.02756±0.00967,单倍型多样度(h)为0.979±0.007,表明蒙古马mtDNA遗传多样性非常丰富。引用世界家马、古马、普氏野马和蒙古马共1074条mtDNA D-loop序列及本研究中21条mtDNA D-loop序列,共同进行系统发育分析,结果显示,蒙古马分布于A、B、C、D、E和F支系。【结论】蒙古马为多重母系起源,且与国内古马的母系起源几乎一致,推测蒙古马可能是中国北方家马的重要母系来源。     

中国北方家马起源问题初探——以甘青地区为探讨中心

家马作为人类最早驯化的家畜之一,其在人类历史发展进程中的作用自不待言。全文试图以新石器时代晚期至青铜时代甘青地区早期族群生产经营模式的变革以及家畜饲养结构及人畜关系的变化为切入点,借助考古和民族学材料、历史文献等系统分析甘青地区早期家马的利用问题。并最终论证甘青地区在青铜时代早期就已驯化野马,但不排除驯马技术受外来文化的影响。     

基于ND4基因部分片段探讨中国4个家驴品种的母系构成

为了分析中国家驴的遗传多样性,对保种和开发利用这一固有遗传资源提供有益帮助,并对其母性起源提供一些基础资料,作者对我国4个家驴品种(德州、凉州、云南、蒙古)209个个体的mtDNAND4基因编码区409bp片段进行了扩增、单链构象多态(SSCP)检测与测序分析,共检测到5种单倍型8个多态位点,其单倍型多样度为0.4699,核苷酸多样度为0.00308,表明我国家驴的遗传多态性比较丰富。通过对各单倍型序列按照脊椎动物线粒体编码规则翻译成氨基酸序列进行比对发现,部分核苷酸变异引起了氨基酸的变异。构建的简化加权中值网络聚类图显示,4个家驴品种的样品来自两个母系源头,并且,4个中国家驴品种都是由这两个母性世系混杂而成的,即未发现由同一种世系构成的品种。这与以前基于D-loop区序列对于中国家驴的研究结果相似,即地理位置、世系构成以及母性起源之间没有明显的相互关系。     

基于线粒体DNA 4个基因/区域的矮小梅花鹿群体结构与起源进化分析

通过线粒体DNA上12S、ND5、Cytb和D-loop 4个基因或区域对分布于吉林省通化地区的矮小梅花鹿群体进行群体结构和起源进化分析,结果表明,各基因在群体中均包括3种单倍型,且每种单倍型个体组成相同。将4个基因整合后形成组合单倍型H1～H3,结合系统发育树判断,H1和H2单倍型与梅花鹿东北亚种聚为一类,而H3单倍型与梅花鹿四川亚种聚为一类,种群历史分析表明,该群体没有经历过扩张。因此认为,该矮小群体有3个母系起源,其中,H1和H2起源于东北亚种,H3可能起源于四川亚种,因为不确定四川亚种群体是否受到东北亚种影响。     

利用细胞色素b基因全序列分析研究大额牛的母系起源与分类地位

对11头大额牛细胞色素b(cyt b)基因全序列1 140 bp进行分析,共发现96个变异位点,定义了6种单倍型。结合GenBank中牛属(Bos)普通牛、瘤牛、牦牛、印度野牛、林牛和爪哇牛6个近缘种的cyt b基因同源区序列进行分析,以水牛作为外群,分别采用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建分子系统发育树,得到基本一致的拓扑结构,结果推测大额牛可能是某种现已灭绝的野生牛的后代。同时还指出目前我国有相当比例的大额牛受到外来血统的入侵,我国的大额牛保护工作正面临非常严峻的考验。     

基于cytb和rag2基因探讨叶须鱼属分子系统进化关系

【目的】探究叶须鱼属的分子系统进化关系,筛选种间鉴定分子标记。【方法】构建叶须鱼属的cytb(5个种)和rag2(修长叶须鱼和裸腹叶须鱼)基因序列的NJ及贝叶斯系统进化树,并结合核苷酸多态位点、单倍型、核酸多态性、遗传距离、遗传分化系数和基因流等,分析种间进化关系和种内遗传多样性。【结果】叶须鱼属每个种的cytb序列单独聚为一支,表明cytb基因序列能将叶须鱼属5个种区分开;种间高度遗传分化(F_st>0.25),物种之间基因流较弱(N_m<1);修长叶须鱼遗传多样性水平最高,锥吻叶须鱼遗传多样性水平最低。基于rag2基因序列的分子系统发育进化树显示,修长叶须鱼和裸腹叶须鱼均单独聚为一支,为独立的种。【结论】cytb和rag2可作为叶须鱼属种间鉴定的分子标记基因,这为叶须鱼属物种的鉴定和系统分类奠定了基础,也为叶须鱼属鱼类保护措施的制定提供了遗传学依据。     

马链球菌马亚种新疆株SeM基因的克隆及序列差异分析

为研究马链球菌马亚种新疆株SeM基因的分子特征,分析新疆地区马链球菌马亚种的分子流行特征以及为马腺疫的防治提供依据,对分离并鉴定的5株马链球菌马亚种提取基因组、扩增并克隆其SeM基因(GenBank登录号分别为:KJ486792、KJ486793、KJ486794、KJ486795、KJ486796),采用生物信息学方法对该基因及其编码蛋白进行疏水性、抗原性及三级结构分析,并与Genbank登录菌株的SeM基因序列进行系统进化分析和比较。克隆获得的SeM基因长度为1 530bp,包含1个1 527bp的完整开放阅读框,编码509个氨基酸;新疆分离株SeM基因与Genbank登录分离株SeM基因同源性为98.0%~99.4%。结果表明,新疆分离株KJ486793、KJ486796与美国分离株亲缘关系较近,属同一个进化分支,另外3株新疆分离株KJ486792、KJ486795、KJ486794构成一个独立分支。     

基于smad7基因为靶序列的RNA干涉作用研究

本文旨在探讨小干涉RNA(siRNA)对靶基因Smad7 mRNA表达的阻断作用。用体外转录方法制备Smad7基因的小干涉RNAs(siRNAs)，脂质体介导瞬时转染BERP35T-2肺癌细胞系，Northern blot杂交检测靶基因mRNA的表达丰度。根据Smad7编码区序列在体外成功地制备了针对两个不同靶序列的siRNAs，Northern blot杂交显示，在转染siRNA和BERP35T-2细胞中，不管是内源性的还是外源性的Smad7 mRNA的表达丰度均明显下降，Smad7基因编码区中542bp-563bp及701bp-722bp两个区域均是siRNA作用的有效靶序列；本研究设计并制备的siRNAs能有效抑制smad7基因的表达。     

磺胺-6-甲氧嘧啶(DS-36)在马体内代谢动力学的研究

本文初步分析了DS-36在4匹健康成年马体内的药代动力学过程。静脉注射按100mg/kg,血药浓度——时间曲线符合开放式二室模型要求。按开放式二室模型计算得的血药浓度与实测值接近。按开放式二室模型公式计算出DS-36药代动力学参数。