实时荧光定量PCR法检测对虾皮下和造血器官坏死病毒

应用实时荧光定量PCR最常用的TaqMan探针技术设计了探针和引物,并且用质粒技术构建了含有传染性皮下及造血器官坏死病毒(IHHNV)基因片段的阳性质控品,建立了检测IHHNVV的实时荧光定量PCR方法。对影响PCR的主要因素进行了优化,Mg2+浓度、引物和探针浓度、退火温度等均对扩增效率有明显影响。当Mg2+浓度为3.0-4.5mmol,退火温度为59～60℃时可获得最佳扩增效果。灵敏性试验表明该反应可检测体系中10拷贝的病毒核酸;该体系检测IHHNV具有很高特异性;对临床样品检测结果表明,该方法能快速、准确地检测样品中的IHHNV。     

传染性脾肾坏死病毒TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立及应用

为建立传染性脾肾坏死病毒（infection spleen and kidney necrosis virus,ISKNV）的定量快速检测方法,根据GenBank中的ISKNV衣壳蛋白（MCP）编码基因保守序列设计一对特异性引物和探针,建立了ISKNV TaqMan荧光定量PCR检测方法,并对其特异性、敏感性和重复性进行了检测。结果显示：以重组质粒标准品构建的标准曲线相关系数为0.997,具有良好的线性关系;检测下限为10 copies/μL,敏感性是常规PCR的10倍;对传染性造血器官坏死病毒、病毒性神经坏死病毒、黄颡鱼杯状病毒、大口黑鲈虹彩病毒、鳜鱼弹状病毒的检测结果均为阴性,仅ISKNV检测结果为阳性;批次内和批次间的变异系数均小于2%。应用建立的方法对已知结果的233份临床样品进行检测,检出76份阳性、157份阴性,与已知结果一致。结果表明,建立的TaqMan荧光定量PCR检测方法具有敏感、快速、特异以及可定量、重复性好等优点,可用于ISKNV感染的快速鉴别诊断、定量检测以及分子流行病学调查。     

金鱼造血器官坏死病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立

金鱼造血器官坏死病毒(Goldfish haematopoietic necrosis virus,GFHNV)是一种可感染金鱼等鲤科鱼类,并可导致其死亡的疱疹病毒。为了快速检测病原,本研究根据GFHNV的主要衣壳蛋白(Major captor protein,MCP)序列中的一段保守基因序列,设计引物和Taq Man探针,建立了GFHNV特异性的实时荧光定量PCR检测方法 ;并利用PCR反应扩增出的MCP基因,制备了p UC-GFHNV重组质粒作为阳性对照。经试验,该方法检测限最低可达10个拷贝数的目的基因,而且与锦鲤疱疹病毒(Koi herpesvirus,KHV)、甲鱼虹彩病毒(Softshell turtle iridovirus,STIV)、流行性造血器官坏死病毒(Epizootic haematopoietic necrosis,EHNV)、斑点叉尾鮰病毒(Channel catfish virus,CCV)以及白斑综合症病毒(White spot syndrome virus,WSSV)等5种水生动物病毒无交叉反应。该方法具有简便、快速、敏感、特异等优点,为该病的诊断与病原检测提供了一个重要手段。     

实时荧光定量PCR技术

荧光定量PCR技术是一种目前国内外应用较为广泛的定量PCR技术,是通过始点定量和荧光检测系统实时监测累积荧光强度而实现的,具有灵敏度高、特异性强、线性关系好、操作简单等优点,不但能够用于基因定量检测,还能准确定量疾病相关基因的表达,现已广泛应用于人类和动物疾病的快速检测、定量分析、早期诊断、基因分型等方面。它可以采用绝对定量和相对定量2种方式实现定量检测,但都有各自的优缺点,需根据具体的试验选择合适的定量方式,从而得到更准确的试验结果。提高荧光定量PCR技术的特异性和灵敏度需从多方面着手,主要指特异性探针及引物的设计,选择合适的Mg2 浓度、引物和探针浓度、循环数等。     

实时荧光定量PCR技术研究进展及应用

实时荧光定量PCR(Real-time fluorescent quantitative polymerase chain reaction,Real-time PCR)技术是20世纪90年代中期发展起来的一种新型核酸定量技术.它利用荧光实时检测PCR反应,具有灵敏度高、特异性强、节约时间等优点.文章就常用的4种方法,即DNA结合染色、水解探针、分子信标和杂交探针的原理和特点进行介绍,同时综述了荧光定量PCR技术在实践中的应用.     

荧光定量PCR技术及其应用研究进展

荧光定量PCR是近年发展起来的一种新的实时定量检测特定核酸技术,它是核酸探针技术、荧光共振能量传递技术和PCR技术的有机结合,而荧光探针是荧光定量PCR的核心.荧光定量PCR具有特异性强、灵敏度高、重复性好、定量准确、速度快、全封闭反应争特点,是对原有PCR技术的革新,扩大了PCR的应用范围.论文综述了FQ-PCR技术的原理、FQ-PCR实时定量检测系统及其应用.     

传染性胰脏坏死病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用

传染性胰脏坏死病毒(infectious pancreatic necrosis virus,IPNV)是一种严重危害鲑鳟鱼类的重要传染性病原。为建立IPNV快速检测方法,根据IPNV VP2蛋白编码基因保守序列,设计并筛选出特异性引物和Taq Man探针,并优化筛选引物以及探针检测浓度、退火温度和退火时间,建立了一种实时荧光定量RT-PCR检测方法,并对方法进行了评价。结果显示：该方法灵敏度高,对IPNV的检测限为5 copies/μL;特异性强,对传染性造血器官坏死病毒、鲤春病毒血症病毒、病毒性出血性败血症病毒、草鱼呼肠孤病毒、流行性造血器官坏死病毒等其他病毒核酸扩增均呈阴性;重复性良好,组内与组间重复平均变异系数均小于3%;用本研究建立的实时荧光定量RT-PCR方法,对40份经病毒分离鉴定的样品进行IPNV检测,符合率为100%。结果表明,本研究建立的方法具有快速、特异、敏感等优点,可检测病毒含量较低的组织样品,对于IPNV的快速检测更具优势。     

锦鲤疱疹病毒荧光定量PCR检测方法的建立

根据锦鲤疱疹病毒(KHV)胸苷激酶(TK)基因的保守序列设计一对引物和相应的TaqMan探针,建立荧光定量PCR方法,用于锦鲤疱疹病毒快速、灵敏、可定量的检测手段。构建并制备实时荧光定量PCR的标准品,对反应体系进行优化,并做特异性,敏感性和重复性试验。结果表明,成功构建荧光定量PCR标准品,建立荧光定量标准曲线,标准曲线的相关系数为0.992,所建立的荧光定量PCR方法特异性强、敏感性高,重复性好。     

实时荧光定量PCR法检测转基因猪外源基因整合拷贝数

以GFP转基因猪为研究对象,以转铁蛋白受体基因为内参基因,通过SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR建立针对外源基因GFP和内参基因的双标准曲线和方程。对转基因猪基因组DNA中外源基因和内参基因的拷贝数同时定量检测,外源基因与内参基因起始模板拷贝数的比值即为外源基因在转基因猪中的整合拷贝数。同时,利用Southern-blot进行验证分析。结果显示:实时荧光定量PCR法检测2头转基因阳性猪外源基因拷贝数分别为3和2,2头转基因阴性猪外源基因拷贝数均为0,结果同Southern-blot检测一致。结果表明:实时荧光定量PCR法高通量、灵敏、方便,可以更好的用于转基因猪外源基因整合拷贝数的检测。     

利用荧光定量PCR法检测转基因绒山羊外源基因整合拷贝数

外源基因拷贝数是转基因动物检测中的重要内容。本实验室使用PiggyBac(PB)转座子系统获得Tβ4-GFP、FGF5s-GFP、VEGF164-GFP 3种转基因类型陕北白绒山羊,为研究其外源基因整合情况,利用荧光定量PCR方法对其外源基因copGFP的整合拷贝数进行检测。以Gluc为内参基因,建立外源基因和内参基因的标准曲线方程,对转基因陕北白绒山羊DNA进行荧光定量PCR,将copGFP/Gluc的比率作为外源基因的拷贝数。同时,选取Tβ4-GFP转基因绒山羊对其整合位点进行检测,以验证拷贝数结果。结果显示:copGFP与Gluc的标准曲线方程分别为,y=-3.230 6x+39.216(R~2=0.998 8)、y=-3.564 8x+38.440(R~2=0.996 0);成功得到9只转基因绒山羊的整合拷贝数;Tβ4-GFP转基因绒山羊整合位点数目和拷贝数检测结果一致。结果表明,利用荧光定量PCR检测转基因绒山羊外源基因整合拷贝数,操作简单、灵敏方便,是一种切实可行的检测方法。     

猪流感病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

本研究选取猪流感病毒(swine influenza virus,SIV)的NP基因序列设计引物和探针,建立了检测SIV的TaqMan实时荧光定量PCR方法。以梯度稀释的含有SIV目的扩增片段的质粒作为标准品,进行定量PCR反应以确定检测灵敏度。2.0×10⁸至2.0×10²拷贝/μL 7个数量级的范围内定量PCR有\"S\"型扩增曲线,检测灵敏度为20个拷贝/μL。根据病毒拷贝数与Ct值的关系绘制了标准曲线。该方法具有特异性,对猪瘟病毒、伪狂犬病病毒、口蹄疫病毒和猪繁殖与呼吸综合征病毒核酸都没有扩增反应。本研究建立的实时定量PCR方法,灵敏度高、特异性好,可以进行定量分析,在猪流感的快速检测上具有重要意义。     

基于TaqMan探针的虎制品实时荧光定量PCR的特异性鉴定

根据虎线粒体细胞色素b核苷酸保守序列设计引物和探针,建立了一种快速鉴定虎制品的TaqMan实时荧光定量PCR方法。以梯度稀释的含有目的扩增片段的重组质粒作为标准品,进行定量PCR反应。结果显示,5.0×10⁵~ 5.0×10¹拷贝/μL范围内定量PCR均有\"S\"型扩增曲线,检测灵敏度为50拷贝/μL。对豹、狮子、猫等7种非虎哺乳动物DNA样本的检测结果均为阴性。本研究建立的实时荧光定量PCR方法具有灵敏度高、特异性和重复性好、方便经济的特性,在虎制品的检测与鉴定中具有良好的应用前景。     

实时荧光定量RT-PCR检测禽白血病病毒方法的建立与应用

建立了TaqMan实时荧光定量RT-PCR方法检测禽白血病病毒(ALV)。选取ALV病毒的LTR序列设计引物和探针,以梯度稀释的含有ALV目的扩增片段的质粒作为标准品,进行定量PCR反应以确定检测灵敏度。阳性标准品在3.0×102~3.0×107个拷贝共6个数量级的范围内,定量PCR反应有"S"型扩增曲线,检测灵敏度最低为30个拷贝。根据病毒拷贝数与定量反应Ct值的关系,绘制了标准曲线。该方法具有特异性,对新城疫病毒、禽流感病毒、传染性支气管炎病毒、传染性囊病病毒、鸡传染性贫血病毒和马立克病病毒核酸都没有扩增反应。实时定量PCR检测ALV的方法,灵敏度高,特异性好,可以进行定量分析,在禽病的快速检测上具有重要意义。     

弓形虫感染鼠脾细胞microRNA表达谱的检测分析

MicroRNA（miRNA）是一类约22个核苷酸组成的单链非编码RNA,在分化、发育、肿瘤形成等方面起着重要作用。本研究对弓形虫RH株感染小鼠脾细胞miRNA的表达进行了特异性基因芯片检测分析,并应用荧光定量RT-PCR方法进行验证。结果表明,感染鼠脾细胞中与免疫应答及细胞增殖和肿瘤发生相关的三大类miRNA中,有39种表达下调,同时有36种表达上调。上述结果揭示,弓形虫感染机体后伴随着靶细胞功能性miRNA表达谱的显著改变,这为进一步研究弓形虫感染致病的分子机制开辟了新的方向。     

病毒性神经坏死病病毒核酸检测用标准物质的制备

利用基因克隆和体外转录技术,制备病毒性神经坏死病病毒(Nervous necrosis virus,NNV)核酸检测标准物质。设计NNV RNA2基因的特异性引物,通过RT-PCR获得目的片段并连接至p GEM-T载体;采用体外转录方法,获得大量纯品RNA。初步定量稀释至约10~8 copies/μL,均匀性检验结果显示样品间差异5%;稳定性检验表明,室温(20~25℃)保存7 d、冷藏(2~8℃)保存1个月和冷冻(-20℃)保存6个月的含量均无明显变化。采用核酸浓度测定与拷贝数换算的方法,对转录的RNA片段进行定值,并根据委托单位的定值结果进行不确定度估算。核酸标准物质定值为(8.452±0.068)×10~8 copies/μL,可用作NNV核酸检测的标准质控品。     

禽流感病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为满足禽流感病毒高通量快速检测的需要,建立了一种能够检测各亚型禽流感病毒的实时荧光定量RT-PCR检测方法,并对该方法的特异性和灵敏度进行评估,使用该方法与农业行业标准NY/T772—2013中的禽流感病毒RT-PCR方法同时进行临床样品检测。结果显示,该方法检测耗时短、特异性好,检测下限达10-4 ng/μL,与传统的RT-PCR方法阳性符合率为100%。结果表明,本方法能实现对禽流感病毒的安全、特异、快速、灵敏、简单、高通量检测,从而弥补了现有传统检测技术的不足。     

猪瘟病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立和初步应用

根据GenBank公布的猪瘟病毒基因组5′非编码区基因序列进行同源性比较分析,选择保守序列区作为扩增区域,设计1对特异性扩增引物,通过优化反应条件,建立了一个用于猪瘟病毒快速定量检测的SYBR Green Ⅰ 荧光定量RT-PCR方法。试验结果表明该方法重复性好,反应批内循环阈值差异不显著。与猪繁殖与呼吸综合征病毒、伪狂犬病病毒和猪圆环病毒2型等猪源病毒无交叉反应,具有高度的特异性,而且灵敏度高,最小检出量为2×102病毒基因组拷贝数。利用此方法对15例临床样本进行检测,其结果与兔体交叉免疫试验一致,表明此方法可作为猪瘟实验室快速诊断和疫情监测的一种快速、准确、简便的检测工具。     

流感病毒核酸检测方法研究进展

流感病毒可以引起人和动物高度接触性传染性疾病,对公共卫生和畜禽养殖业均造成极大的威胁.因此,准确而又快速的诊断方法对流感的防控起着非常重要的作用.近年来,流感病毒的核酸诊断技术发展较快,主要有RT-PCR、实时荧光定量RT-PCR、基因芯片、逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)等.论文对这些诊断技术的基本原理和应用现...     

定量检测马动脉炎病毒方法的建立

为建立快速、敏感、准确的马动脉炎病毒检测方法,笔者选取病毒基因组中高度保守的ORF7序列设计引物和TaqMan探针,分别使用马动脉炎病毒的总RNA和含有选定检测序列的克隆标准品进行一步法实时定量RT-PCR,绘制扩增曲线,两曲线斜率之差小于0.1,证明两者的扩增效率相同,可用选定检测序列的克隆标准品对马动脉炎病毒进行定量检测。