犬瘟热病毒地方分离株F蛋白编码区5′端部分基因克隆与序列分析

犬瘟热(Canine Distempter)是一种急性、烈性、致死性、传染性极强的病毒病。在幼犬中本病的死亡率较任何其他传染病为高。近年来，随着人民生活水平的提高，家养宠物犬的数量越来越多，本病所带来的严重危害也越来越受到人们的重视。本病的病原体是犬瘟热病毒，该病毒基因组为单股负链RNA分子，由15690个核苷酸组成，共编码六种结构蛋白，其中融合蛋白(fusion protein，F)在CDV感染宿主细胞的过程中起重要作用。本研究应用基因克隆技术成功地克隆出采自本学院附属宠物医院一病例中犬瘟热病毒cUNA的F蛋白编码区5′端部分序列，并对其进行序列分析，为今后宠物犬的犬瘟热病快速诊断及分子病理学研究提供理论依据。     

猪水泡病病毒非结构蛋白编码区的克隆与序列分析

以猪水泡病病毒(Swine vesicular disease virus，SVDV)HK’70为材料，用特异性引物扩增出非结构蛋白编码区的4个重叠目的片段，连接于pMD 18-T载体，转化JMl09感受态细胞。经对重组质粒双酶切、PCR鉴定、序列分析表明，HK’70非结构蛋白编码区核苷酸长4002nt，氨基酸长1334aa；与J1’73、H／3’76、SVDV(Seechrn等测株)、NET／1／92的核苷酸同源性分别为98．6％、98．3％、98．3％、91．2％，推导氨基酸序列的同源性分别为98．9％、99．1％、99．2％和97．2％。     

禽脑脊髓炎病毒内蒙古分离株3′端序列的克隆及序列分析

应用反转录PCR，扩增国内禽脑脊髓炎病毒株（AEV-NH937)3′端706bp的片段，然后将该片段克隆并进行序列分析。结果表明，该部分序列与国外株Van Roekel同源率达98.1%。与Calnek1143的一致性为94%。     

猪传染性胃肠炎病毒TH-98株S基因5′端部分片段克隆及序列分析

本研究扩增出猪传染性胃肠炎病毒 (TGEV) TH- 98株 S基因 5′端 6 72 bp片段 (TS1) ,包括 B、C两个主要抗原位点。将该片段克隆到 p MD 18- T载体上 ,经鉴定 TS1片段正确插入 p MD 18- T载体上。序列测定和分析表明 ,该片段的核酸序列与国外 TGEV毒株 Miller,Purdue15 ,FS772 /70等有很高的同源性 ,达 96 .88%以上 ,氨基酸同源性为 95 .0 9%以上 ,抗原位点 C(S蛋白第 4 8位氨基酸 )的丝氨酸变为脯氨酸。本研究首次克隆国内分离株 TH- 98株 S基因含有抗原位点 B、C且在 PRCV中缺失的片段。为进一步揭示 TGEV强弱毒株差别的分子机制和分子诊断的研究奠定了重要基础。     

猪乳糖酶基因5’非编码区多态性分析

研究检测国内外猪种乳糖酶基因5’非编码区多态性位点。采用PCR、TA克隆和直接测序的方法,分析大白猪、长白猪、杜洛克、荷包猪、民猪乳糖酶基因5’非编码区多态性。结果表明,在猪乳糖酶基因5’非编码区-630 bp处及增强子区-797 bp处出现G/A两种不同的等位基因,在-539 bp处出现C/T两种不同的等位基因,在-442 bp处出现C/A两种不同的等位基因。     

用3''RACE方法扩增并克隆口蹄疫病毒基因组3''末端序列

应用3’RACE方法扩增并克隆了口蹄疫病毒(FMDV)0H99株基因组3’端真实序列。测序结果表明,所扩增的目的基因片段长1500nt,包括3D基因部分序列、3’端非编码区(Non—Coding Region,NCR)和Poly(A)尾巴,其中3’NCR位于终止密码子TAA之后,长93nt,Poly(A)尾序列至少含有56个A。与参考毒株进行序列比较,结果显示,OH99株与0TY TW／97株的核苷酸同源性较高,为91．4％,而与O1K、CHINA99、A12等毒株的核苷酸同源性较低,其同源性分别为68．1％、71．0％、70．2％。3’NCR的末端存在保守性较高的基序：CCCTCAGATG,TTTTCCC—CGCTTCCT。本研究为进一步研究FMDV基因组的功能、构建OH99株的反向遗传操作系统奠定了基础。     

牛Nramp1基因5′调控区序列的克隆及序列分析

采用LA—PCR技术扩增牛Nramp1基因2515bp的5′调控区序列,构建了重组克隆载体pEASY—T3-Nramp1,对阳性克隆进行了PCR扩增、限制性酶切鉴定、DNA测序及生物信息学分析。结果表明,试验成功构建了包含Nramp1基因5′调控区的重组质粒。经同源性比对发现,Nramp1基因5′调控区在不同物种中具有一定的保守性,在转录起始位点近端的启动子区域,牛与人、鼠、猪、羊的同源性分别是60．50％,58．52％,72．18％,81．95％。经预测．该调控区富含GR、SP1、c—Ets-1、NF—W2等转录因子结合住点。本研究为进一步确定牛Nramp1基因核心启动子区域及该基因的表达调控奠定了理论基础。     

野桑蚕、家蚕LSP基因5′侧翼区的克隆与序列分析

根据已报道的家蚕朝日×东海的幼虫血清蛋白LSP基因序列设计1对引物,以野桑蚕、家蚕苏*菊×明*虎的基因组DNA为模板,分别克隆了野桑蚕、家蚕苏*菊×明*虎的LSP基因5′侧翼区,约1.9 kb,并进行了序列测定与分析.结果表明:克隆的野桑蚕、家蚕苏*菊×明*虎的LSP基因5′侧翼区涵盖了第一内含子、第一外显子、启动子区及其5′上游区;野桑蚕LSP基因5′侧翼区与朝日×东海LSP基因5′侧翼区的同源性达96.4%,其中第一内含子、第一外显子的同源性分别为91.6%,100%;家蚕苏*菊×明*虎的LSP基因5′侧翼区与朝日×东海LSP基因5′侧翼区的同源性达98.9%,其中第一内含子、第一外显子的同源性都为100%,核心启动子区具有典型的TATA盒,还有数种昆虫脂肪体内组织特异性表达基因的共有序列和推定的激素响应元件等功能元件;野桑蚕的LSP基因启动子的5′上游区(-304～-598 bp)与J139家蚕丝素轻链基因第一内含子区域(7 639～7 933 bp)的同源性达90.6%,-913～-1 383 bp为失活的部分水手转座子元件.     

鸡卵清蛋白基因5’端调控区的克隆及其序列分析

应用PCR技术从鸡输卵管组织基因组中扩增出了1．00kb的鸡卵清蛋白基因5‘端调控区序列。序列分析表明，该区域含有TATA框及激素识别位点，具备输卵管定位表达的调控能力。为外源基因在鸡输卵管中的定位表达奠定了基础。     

野桑蚕、家蚕海藻糖酶基因5''侧翼区的克隆与序列分析

海藻糖是一种双糖,广泛存在于包括细菌、酵母、植物和无脊椎动物在内的生物体内,主要功能是储备生物代谢所需的能源.在昆虫血液中,海藻糖是一种最重要的糖类,具有供给能量和提供合成生物大分子的底物等功能.其功能主要是通过海藻糖酶(Trehalase)的作用来实现的.家蚕海藻糖酶有可溶型和膜固定型两种类型,可溶型主要存在于蛹期中肠,而膜固定型存在于包括卵巢在内的多种组织.这两种类型酶是由同一个基因表达而形成不同的成熟海藻糖酶.海藻糖酶膜固定型存在于向血液面的卵巢膜内,该基因的表达是由滞育激素诱导调控.卵母细胞通过位于膜内的海藻糖酶,将血液中海藻糖降解成葡萄糖,然后吸收到胞内,最后合成糖原,从而导致蚕卵的滞育.从而海藻糖酶基因是从分子水平来解明家蚕滞育机理的一个重要途径.本实验从野桑蚕、家蚕苏@菊×明@虎基因组中分别克隆了野桑蚕和家蚕的海藻糖酶基因的5′侧翼区片段并进行了测序分析,以供进一步的启动子功能研究,现报道如下.     

家蚕质型多角体病毒(苏州株)S10片段的cDNA克隆及序列分析

为了探讨质型多角体病毒基因的遗传与变异,通过RT-PCR从家蚕(Bombyx mori)质型多角体病毒(Cytoplasmic Polyhedrosis Virus,CPV)苏州株(BmCPV-suzhou)的dsRNA中成功克隆了S10片段。该片段cDNA含有一个744bp的完整开放阅读框(ORF),编码由248个氨基酸残基组成的多角体蛋白,其分子量为28.46kD,等电点为7.12。比较不同宿主来源的CPV多角体蛋白基因氨基酸序列发现,同型CPV多角体蛋白基因高度相似,而不同型的CPV多角体蛋白之间几乎没有同源性;基于质型多角体蛋白基因的核苷酸序列和氨基酸序列的系统进化分析表明,BmCPV的不同株系与舞毒蛾(Lymantria dispar)CPV(LdCPV)和马尾松毛虫(Dendrolimus punctatus)CPV(DpCPV)聚为一类,表明三种CPV的亲缘关系较近。研究结果为深入探讨质型多角体病毒的变异与分子进化提供了新的参考。     

23株猪瘟病毒E2基因主要抗原编码区序列差异分析

用RT－PCR及测序获得了17株猪瘟病毒（HCV）215bp的E2基因主要抗原编码区序列，经DNAStar软件对获得的17株HCV及已发表的6株HCV毒株序列进行了比较和分析，并构建了HCV遗传发生树。结果，这23株与石门株的序列相比，所有毒株的碱基变化随机地分布于整个序列，无缺失和插入，其中变化较大的区域位于序列的3’端。23株HCV E2基因主要抗原编码区核苷酸及氨基酸同源性分别74．1％－100％、79．7％－100％，其中4株20世纪70－80年代分离毒株的核苷酸及氨基酸同源性分别为76．3％－86．2％、81．1％－87．8％，10株20世纪90年代分离毒株的核苷酸及氨基酸同源性分别为75．4％－100％、79．7％－100％。所绘制的遗传发生树分为2个组群（group），每个组群分为2个亚组群（subgroup），14株猪瘟（HC）流行毒株在2个组群中均有分布，20世纪70－80年代分离的3株（75％）在组群2，20世纪90年代分离的5株（50％）在组群1。     

用3′RACE方法扩增并克隆口蹄疫病毒基因组3′末端序列

应用 3′RACE方法扩增并克隆了口蹄疫病毒 ( FMDV) OH99株基因组 3′端真实序列。测序结果表明 ,所扩增的目的基因片段长 15 0 0 nt,包括 3D基因部分序列、3′端非编码区 ( Non- Coding Region,NCR)和 Poly( A)尾巴 ,其中 3′NCR位于终止密码子 TAA之后 ,长 93nt,Poly( A)尾序列至少含有 5 6个 A。与参考毒株进行序列比较 ,结果显示 ,OH99株与 OTY TW/ 97株的核苷酸同源性较高 ,为 91.4 % ,而与 O1K、CHINA99、A12等毒株的核苷酸同源性较低 ,其同源性分别为 6 8.1%、71.0 %、70 .2 %。 3′NCR的末端存在保守性较高的基序 :CCCTCAGATG,TTTTCCC-CGCTTCCT。本研究为进一步研究 FMDV基因组的功能、构建 OH99株的反向遗传操作系统奠定了基础。     

伪狂犬病病毒闽A株gE基因表位抗原编码区的克隆与序列测定

用PCR方法以伪狂犬病病毒闽A株的基因组DNA为模板扩增到了gE基因表位抗原决定域的编码区段。PCR产物连接到pMD18-T载体后，转化大肠杆菌XL1－blue菌株，重组质粒经测序并与GenBank中已登录的gE基因序列比较，确证含有PRV闽A株gE基因的表位抗原编码区，此区段与PRV Rice株相应区段的DNA序列同源性为97．3％，氨基酸序列同源性为94．7％。     

家蚕核型多角体病毒IE-1基因启动子的克隆和序列分析

利用ＰＣＲ方法扩增了家蚕核型多角体病毒苏州株（ＢｍＮＰＶｓｕ）的ＩＥ－１启动子全序列并进行克隆和序列分析，结果表明ＢｍＮＰＶｓｕ的ＢｍＮＰＶｓｕ启动子符合真核生物启动子特点，在其序列中有典型的增强子类似元件、加帽位点、ＴＡＴＡ盒等基序。与ＧｅｎＢａｎｋ报道的其它几种ＮＰＶ病毒基因组中的ＩＥ－１启动子序列进行同源性分析表明ＢｍＮＰＶｓｕ与ＩＥ－１（家蚕核型多角体病毒Ｔ_３株）、ＡｃＭＮＰＶ（首蓿尺蠖核型多角体病毒）、ＯｐＭＮＰＶ（黄衫毒蛾核型多角体病毒）、ＬｄＮＰＶ（舞毒蛾核型多角体病毒）的同源性分别为９９．５％、９６．４％、６６．２％和５０．２％。根据各ＮＰＶ基因组中ＩＥ－１启动子序列分析了几种ＮＰＶ的进化关系。     

家蚕蛋白激酶C受体基因( Bmrack )的克隆及序列分析

蛋白激酶C受体蛋白(RACK)除作为细胞内蛋白激酶C的受体之外,还作为细胞内重要的支架蛋白调节细胞功能。应用生物信息学方法对家蚕RACK蛋白的编码基因Bmrack进行电子克隆,获得了1224 bp的重组序列,基因编码区长960 bp,编码319个氨基酸,蛋白分子质量为36.04 kD,等电点为8.07。从家蚕幼虫脂肪体基因组DNA中PCR克隆了Bmrack基因,序列总长为2 122 bp,含有4个内含子和5个外显子,通过家蚕WGS比对,结果与其中5条序列的一致性为99%,且修复了其中8个缺口。聚类分析表明RACK蛋白的氨基酸序列在鳞翅目昆虫中非常保守。     

H5N1亚型禽流感病毒新疆株NA基因的克隆及序列分析

利用RT-PCR技术对3株H5N1亚型高致病性禽流感病毒新疆株的NA基因进行了扩增,分别得到了3个毒株的NA基因,序列分析表明,3个毒株NA的全长核苷酸序列均为1 380 bp.同源性分析表明,3个分离株之间的核苷酸同源性在95.1%～97.9%之间;与来自青海、浙江、广东、东南亚等不同地区水禽禽流感病毒毒株的同源性为90.3%～98.8%;与分离自香港、浙江、越南等地区的流感病毒同源性为86.7%～97.9%.     

鸡传染性支气管炎病毒国内分离株核蛋白基因的克隆与序列分析

本研究参考已发表的鸡传染性支气管炎病毒核蛋白基因序列，设计了一对核蛋白基因的特异性引物NP5、6，经RT-PCR扩增得到了IBV国内分离株DB株、XJ株、DC株、HD株的1199bp的核蛋白基因片段，并进行了克隆和序列测定。将4个国内分离株核蛋白基因的序列与国外发表的参考毒株的核蛋白基因序列进行了比较和分析，结果显示这4个毒株与澳大利亚群的参考毒株亲缘关系最为密切，核苷酸序列同源性86%-91%。其中DC株发生了较大程度的变异。国内分离株核蛋白基因核苷酸的变异引起了蛋白质二级结构的部分改变。     

鹅IGF-Ⅰ基因5’调控区序列的克隆与分析

根据鸡、鸭等的IGF-Ⅰ基因5’调控区的保守区序列设计一对兼并引物,从五龙鹅的基因组DNA中扩增了IGF-Ⅰ基因5’调控区序列,将其克隆到pMD18-T载体上进行测序,结果得到长796 bp的序列。五龙鹅IGF-Ⅰ基因5’调控区序列与鸭、鸡的同源性分别为98.1％、93.0％,充分显示了IGF-Ⅰ基因在进化上的高保守性;与鸭相比有4处碱基缺失和7处碱基插入;与鸡相比有4处碱基缺失和3处碱基插入。对其序列进行酶切图谱分析发现,共有5种常见的限制性内切酶的酶切位点。     

牛Nramp 1基因5'调控区序列的克隆及序列分析

采用LA-PCR技术扩增牛Nrampl基因2 515 bp的5'调控区序列,构建了重组克隆载体pEASY-T3-Nrampl,对阳性克隆进行了PCR扩增、限制性酶切鉴定,DNA测序及生物信息学分析.结果表明,试验成功构建了包含Nrampl基因5'调控区的重组质粒.经同源性比对发现,Nrampl基因5'调控区在不同物种中具有一定的保守性,在转录起始位点近端的启动子区域,牛与人、鼠、猪、羊的同源性分别是60.50%.58.52%,72.18%,81.95%.经预测,该调控区富含GR、SP1、c-Ets-1、NF-W2等转录因子结合位点.本研究为进一步确定牛Nrampl基因核心启动子区域及该基因的表达调控奠定了理论基础.